3LZUA

Crystal structure of a nelfinavir resistant hiv-1 crf01_ae protease variant (n88s) in complex with the protease inhibitor darunavir.
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTVKIGGQLKEALLDTGADDTVLEDINLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGKKAIGTVLVGPTPVNIIGRSMLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Effect of Clade-Specific Sequence Polymorphisms on HIV-1 Protease Activity and Inhibitor Resistance Pathways.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 protease
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3lzuA00
3HAUA 4Y3GA 5P83A 1UPJA 1ODXA 4X7IA 5P5KA 1DP5A 5P7NA 3FNUA 2ER6E 4XKXA 5P5QA 5P3MA 3GI0A 4YOBA 2PSUA 4QGIA 4B72A 1K2CA 4ZSRA 3UQWA 4EJLA 1IZEA 5KOSA 2AVVA 2QZKA 3EL0A 2B8LA 1IBQA 4LBTA 1BWBA 4Y3JA 5P6RA 2R38A 2BB9A 2QD6A 1G2KA 3URIA 3UFLA 5P80A 5P56A 1LF2A 4HLAA 3ZL7A 2I1AA 3INDA 1TSUA 5P6YA 5P7PA 5P6ZA 3BUFA 5P2FA 2F8GA 5P84A 1XL2A 1K1UA 2PK6A 5P6JA 4PEPA 5P2AA 5P22A 1KJ4A 4Y3TA 3K4VA 1HPSA 3VEUA 2AVMA 3SKGA 2QMPA 5COKA 4H3IA 1J71A 5OZBA 3GW5A 5P1BA 4FRKA 2VA7A 5P28A 1LYWA 5P4LA 5P88A 4ACUA 3HZCA 5P6HA 5P05A 1AVFA 3UFNA 1SH9A 1SMRA 1QRPE 4Y3ZA 4DJVA 3OAGA 3OXVA 3JVWA 4D89A 3S8IA 3OTYA 3RVIA 5P7RA 5P26A 1LYAB 4QJAA 2AOHA 3NWQA 5P82A 2BPVA 5DQ2A 3LHGA 3O9DA 3KT2A 2F81A 4RVJA 1MESA 3I25A 2I0DA 5KQXA 4Y4EA 5P4ZA 3BGBA 1TCWA 2QMDA 3PSGA 1VIJA 3ZPTA 1ZSRA 4JP9A 5P1AA 2G1SA 4B70A 1FMUA 4NJVA 5HVPA 4DI2A 1APVE 5P5TA 1B6JA 3SA7A 3VSXA 2AZ9A 1SDVA 2R43A 5P6UA 4L1AA 3O9FA 1MT8A 4TRWA 3ZKXA 1XN2A 3SA8A 1HVHA 5P5HA 3G72A 3LZYA 3FV3A 3D1XA 5P7DA 5ENKA 3H5BA 1MTBA 2NXMA 2ZJJA 3NU5A 5P18A 4B1DA 2Q11A 4NJTA 3SO9A 3SA4A 3ZKNA 1ODWA 5P4OA 4ZPEA 5P12A 3VFBA 5P4GA 2ZYEA 4DPFA 5HD0A 5HDUA 3TTPA 4A4QA 3KDCA 5P8NA 3LZVA 1D4YA 2O4LA 5P1TA 4YD5A 5P40A 1YTJA 4M8YA 3OHFA 2V10C 5P4SA 2IGYA 3EMYA 3EKTA 4YHQA 2OHTA 3NR6A 2G1YA 5P7KA 4HZTA 2QZLA 4XX3A 1D4HA 4Q1NA 5P1DA 3C9XA 1HTEA 4ER2E 1MSMA 3LNKA 3L5CA 3N4LA 2P3BA 5P4DA 5HU1A 2ZDZA 3PI0A 5E5JA 1VIKA 4Y3QA 4Y58A 2FXDA 3LIXA 3S54A 3LZSA 5P8QA 1MVPA 2PQZA 5P5JA 1SGZA 5OYVA 1EBZA 3VSWA 5KAOA 2RSPA 3FNTA 5P5MA 3MXEA 5P5SA 5P00A 4Y3SA 2IKUA 2I4VA 4H1EA 4Y3YA 2VNMA 3UF3A 3SABA 1EPNE 1HXBA 5OZSA 2AZ8A 5AHCA 1FF0C 5OYYA 4F74A 1MUIA 3TKGA 3D20A 2G20A 4LHHA 3BC4A 5P53A 3NU4A 1FMBA 4GJ5A 5OYXA 4OBDA 3KFRA 1OEWA 3KT5A 4R93A 4Y4UA 5P3WA 2AZBA 1HSGA 2FMBA 3OU1A 2XYFA 5P3RA 4EYRA 4DVFA 2G1RA 4CPRA 1PROA 2AVSA 3EM4A 1HBVA 5P65A 1EBYA 2B7FA 5OYQA 5P10A 3VG1A 4L7HA 4YCKA 5P6GA 4Y57A 5P38A 2OHLA 4ER1E 3DJKA 5P0MA 4J1KA 1QBUA 5P3UA 3R4BA 3SPKA 3TOFA 2PWRA 3LIQA 1GVTA 2OHRA 2QMGA 4GJ7A 5OZPA 5P4QA 4HA5A 5OZ0A 5P1OA 4PZXA 3OXWA 3Q5HA 1K6PA 3I7EA 4Y5AA 5P7BA 2APRA 5OZNA 2OHQA 3ZLQA 3TOGA 3EBZA 2G94A 3PSUA 5P4MA 5P3CA 3OWNA 1HVSA 4U8WA 3S43A 3ZMGA 3DOXA 1A8KA 1BDQA 5P44A 3S2OA 2FNTA 3OK9A 5OZIA 4OC6A 3NDXA 5IVTA 4GJ9A 4B00A 3PBDA 5ER1E 1FFIC 2RKGA 2VNNA 1B5FB 3HVGA 2JJIA 4ZE6A 1DAZC 5CONA 3UQXA 2BJUA 5P72A 2ANLA 5P2VA 4Y54A 5E5KA 2PSVA 3CKPA 4DQFA 4FAFA 3OQDA 3L3AA 5I3WA 2ZGAA 5P6VA 1EPRE 5P0FA 1FIVA 3OU3A 3DM6A 4GB2A 5P8VA 1M4HA 4I8ZA 5P89A 5HTZA 5P0LA 2RENA 5P2HA 4Y3WA 3EKQA 3EKXA 5I70A 2ZJLA 4Q1WA 4RLDA 1GVUA 3ZKMA 3TPLA 1ODYA 2FS4A 4Q1YA 5P74A 4I0EA 3Q3TA 4FS4A 3PM4A 4ZIPA 2QHCA 3D1YA 5P02A 4KB9A 1DPJA 3FNSA 4LC7A 4YDFA 3Q4BA 5P3KA 4Y4GA 5P8TA 3VUCA 1EC2A 1TSQA 2QNQA 5P2QA 4DJXA 5P8EA 3MXDA 5OYUA 5P67A 4MC2A 5OZMA 4YOAA 5P4UA 3QRVA 5P0BA 4Y5LA 2IDWA 5ER2E 5P4FA 3I6OA 3HLOA 3EXOA 5P4PA 3QIHA 5P25A 2Q5KA 4DJQA 1HVJA 2JJJA 3CKTA 6APRE 1FKNA 1PPKE 2CEJA 3VFAA 3EKPA 2J9JB 1APWE 3K4VC 1JLDA 1IDAA 3U71A 2HS1A 1E80E 2ZJMA 3NDWA 2I4DA 3QVIA 1W5XA 1FFFC 2QI4A 3OQFA 1EPQE 1GNOA 4D88A 5SXNA 4QLHA 5JFPA 1RQ9A 3RTMA 4I0FA 2QI7A 2H6TA 1HHPA 2VA6A 3JW2A 1BVGA 5I3XA 1A8GA 3G6ZA 2WHHA 5P6NA 5P29A 2QU3A 2ER0E 5P2ZA 5P71A 1YTIA 5P6EA 5P5ZA 3TNEA 4HE9A 3SA3A 4Y5NA 5JG1A 1MERA 5P7HA 4Q1XA 4APRE 2AOCA 2IL2A 1XL5A 1FQ7A 4YBFA 3L58A 4Y39A 2VIYA 4ZSQA 5P3TA 5P7SA 5OZ5A 1RV7A 5OZRA 1HVCA 5P7UA 2HC0A 1G0VA 5P19A 2AOGA 3QBFA 2PSGA 3F9QA 5OZWA 4OD9A 5OZLA 3LPKA 5P5BA 4F75A 5T4SA 1IZIA 4L7GA 9HVPA 2BQVA 1WKRA 1MT9A 5P7IA 3RU1A 1HOSA 5P6AA 2VIJA 5P1IA 4YA8A 4PHVA 4PPHA 5P57A 3OUDB 4Q5MA 3NU9A 4FIVA 5P32A 2WKZA 3PRSA 2V00A 5DGWA 5P7MA 5P42A 5P31A 4FE6A 2OHMA 2SAMA 5P4XA 4Y45A 5P64A 3LPJA 5P7WA 4OBJA 2ZJIA 5P4BA 1NH0A 2FGUA 2CEMA 2I4UA 5P5UA 1FQXA 5P6WA 3IA9A 2P3AA 3SA6A 4Y51A 1QDMA 3BVAA 4YCYA 4EQ0A 2AIDA 1EPLE 2V12C 5P5OA 5P20A 3DK1A 5KR0A 4FLGA 2WF3A 3OOTA 3K5FA 5PEPA 5DQ4A 5P4IA 1RL8A 3NXNA 3OOZA 5P6FA 5P01A 5HE4A 5P3GA 1AXAA 4J0YA 1MRXA 3QS1A 1G35A 2WEAA 2WEDA 3SM2A 3IXOA 5P4CA 3PLDA 4YD3A 3OQAA 2G69A 3QBHA 3PLLA 5SY2A 2QHZA 5ISJA 2NMYA 5P73A 5UPJA 5P3FA 4N00A 5P4TA 4B05A 3KMYA 5P0SA 1GVVA 1IZHA 2ER9E 3UCBA 4YD4A 4Y3NA 5P8AA 5J25A 1MRWA 4Y4TA 5IVRA 4Y38A 2IRZA 2PK5A 5DGUA 2V16C 2ZHRA 2QI6A 2IGXA 4JOOA 1FQ8A 4CMSA 1SIPA 3R0WA 1Z8CA 1YM2A 2P3DA 1E5OE 3HDKA 2O4KA 5P0RA 5P4KA 4D83A 5P2YA 3OAGB 4R8YA 5P1NA 3VF3A 1YTHA 5IE1A 4FGXA 5P8BA 4J0PA 5P8OA 3QP0A 1M43A 3UDPA 3VCMA 4GJ8A 3OXXA 4DV9A 5P8GA 3DCKA 4GZFA 1XE5A 5P0WA 1QBRA 1XDHA 4AMTA 5P3EA 5P7QA 4Y56A 5P4NA 4Y3MA 3RTNA 3UDQA 4NKKA 3VYEA 4GIDA 2OHPA 4ZPGA 5P0ZA 1GNMA 3QVCA 1FQ6A 1LF4A 3NDUA 1ZJ7A 4MC9A 4RCFA 1LV1A 1CPIA 5EZXA 4L1AB 2G26A 3UPJA 1XS7D 2OAHA 4MC6A 3PVKA 5P7YA 8HVPA 1LYAA 1G6LA 1UH9A 3IGBA 4OBZA 5P0UA 3WSJA 4CPSA 4KUPA 5P8DA 4ZEAA 4Z50A 4I8WA 3U7SA 1BDRA 3SM1A 5KR8A 3VV8A 2O4PA 1IDBA 2QMFA 1LEEA 1HEFE 4EP3A 3S56A 1HTFA 2XFJA 5P5FA 2QP8A 4RVIA 4NPUA 1NPWA 4FL8A 3EKYA 2FXEA 3LITA 2FNSA 5P7AA 4DQGA 3PHVA 2AZCA 5I3VA 2PH8A 4FSLA 1HVRA 5P4JA 3ZKQA 5P17A 3K1WA 2P3BB 2J9KA 5P61A 5P8HA 1HSHA 5P2WA 3GGVA 3L5DA 4JECA 3K5CA 5OZZA 1DMPA 2ZJHA 3OGQA 4FSEA 2CENA 5P6PA 2ZHSA 4COEA 5P0VA 2AQUA 1APUE 5JFUA 5DR1A 5P79A 2JYSA 4XX4A 1A94A 1QBSA 3IVHA 4EPJA 5P48A 5DR4A 3APPA 5COPA 1F34A 3VYFA 1GNNA 1Z1HA 5HDVA 2NNKA 5P3SA 5P7TA 5OYWA 5P1FA 3QPJA 3TPPA 3WB5A 5DR3A 4AZYA 1YM4A 2F3KA 3NU3A 2NNPA 5HE5A 4K9HA 4CPQA 2AODA 4EJDA 4Y3LA 5P4RA 3LIZA 4B1CA 2HM1A 3DCRA 4FCOA 2BPXA 1AJVA 4FRIA 1B11A 4Y3HA 4S1GA 5P7OA 5OZXA 5P1XA 4FAEA 5P7JA 1D4KA 4KE0A 3MSKA 2G24A 1D4LA 5IS4A 2IEOA 1IVPA 5I3YA 5P8IA 5P2IA 4Z4XA 4JPEA 5AH9A 3CMSA 1EEDP 4RVXA 3KN0A 3KF0A 2Q15A 5P3PA 5P6DA 1ZBGA 3WZ8A 1SBGA 4YBIA 5P1YA 4HDPA 4Y3FA 5P8UA 5P3IA 4X2LA 4J1FA 5P1JA 1PSOE 5APRE 5P1QA 4I12A 4DQBA 4J17A 4A6CA 2B42A 2NXDA 4OBHA 3O9LA 3NU6A 4D85A 4L7JA 1CZIE 4A6BA 5OYSA 3EL9A 4CPUA 2G1OA 3ECGA 3INFA 3UDKA 4FRSA 5P0TA 3ZPSA 1EBKC 4EQJA 5P3ZA 2HPFA 3OQKA 5FIVA 1C6XA 3S43B 1MEUA 3NSHA 2WF0A 3EKVA 3OTSA 4I10A 4LL3A 3M9FA 4Y5CA 1ZAPA 4KE1A 3FX5A 2I4QA 4RCEA 4I0DA 5P60A 4OC6B 3A2OA 3IVIA 1PPME 3TH9A 1KJ7A 4UPJA 4Y3EA 1HTGA 1TW7A 1BDLA 3D91A 2PH6A 4QJ8A 2H6SA 3HW1A 5P1LA 5P16A 4HVPA 3O9IA 1OHRA 1BIMA 2I4WA 5P5EA 1HPVA 4L6BA 3URJA 2QK5A 2WJOA 4Y4BA 4Y9WA 3O9HA 3SFCA 5C9FA 5P2TA 2MIPA 3DUYA 1GVWA 5P0IA 4I1CA 3INHA 3OU4B 4BEKA 1T7IA 4IVTA 2QI5A 1D4SA 5OZ7A 1W50A 2O4SA 3BUHA 3RTHA 5P7ZA 5P1PA 2OHNA 3O9CA 1B5FA 2QD7A 4E43A 3EM6A 3OXCA 5P6IA 6UPJA 5P3JA 1C6YA 6FIVA 2BBBA 5P35A 3LIYA 2XYEA 1MT7A 1SDTA 1EBWA 3LIVA 3LZUA 3PB5A 4R95A 4Y43A 1BWAA 5P2EA 1UH8A 1SMEA 3WZ7A 5P8LA 2QU2A 4Y3XA 1W6HA 4Y50A 4DJYA 5KQYA 5P06A 5P5XA 4DQEA 1HVIA 5P0KA 3KFPA 5P62A 2FLEA 3BUGA 2IS0A 1ZP8A 2QHYA 1MTRA 5P0HA 2VKMA 5OZ8A 1BILA 5P5CA 5P7CA 5OYRA 1DW6C 1U8GA 5P8FA 3B80A 4DJWA 5BRYA 3TLHA 1BVEA 3I8WA 3BHEA 3B7VA 2XFIA 3VLAA 2EWYA 2Q54A 3IXJA 4EP2A 5OZ4A 5P5LA 4I11A 5OZYA 4CPXA 2HIZA 5P5YA 5P8KA 5P85A 3QROA 3OQ7A 5TOLA 2G22A 2IENA 2J9JA 3OY4A 1YX9A 5KOQA 1K2BA 2AVOA 2A4FA 4Y3PA 2HB2A 2FDPA 1TZSA 3PWMA 5P3DA 2AOJA 4J1IA 2G21A 5OZ2A 5P50A 1W6IA 5ENMA 1HTRB 4J0TA 1IZDA 3BXRA 5OZ6A 2ZJKA 1MPPA 2I0AA 1FG8C 4OD9B 4Y5PA 3OADA 2R3WA 4GMIA 4Y4XA 3QAAA 5P1KA 5P3VA 1LYBA 1SGUA 1ZLFA 3RSXA 1AM5A 2HB3A 2WECA 4DJPA 5OZTA 4WY6A 5P1WA 1SDUA 2NMZA 3OUBA 5P5RA 4LP9A 5P1SA 1TQFA 4EHCA 5OZAA 3GI6A 2VIEA 4NJSA 5EZZA 5OZJA 4Z2ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3HAU A;  4Y3G A;  5P83 A;  1UPJ A;  1ODX A;  4X7I A;  5P5K A;  1DP5 A;  5P7N A;  3FNU A;  2ER6 E;  4XKX A;  5P5Q A;  5P3M A;  3GI0 A;  4YOB A;  2PSU A;  4QGI A;  4B72 A;  1K2C A;  4ZSR A;  3UQW A;  4EJL A;  1IZE A;  5KOS A;  2AVV A;  2QZK A;  3EL0 A;  2B8L A;  1IBQ A;  4LBT A;  1BWB A;  4Y3J A;  5P6R A;  2R38 A;  2BB9 A;  2QD6 A;  1G2K A;  3URI A;  3UFL A;  5P80 A;  5P56 A;  1LF2 A;  4HLA A;  3ZL7 A;  2I1A A;  3IND A;  1TSU A;  5P6Y A;  5P7P A;  5P6Z A;  3BUF A;  5P2F A;  2F8G A;  5P84 A;  1XL2 A;  1K1U A;  2PK6 A;  5P6J A;  4PEP A;  5P2A A;  5P22 A;  1KJ4 A;  4Y3T A;  3K4V A;  1HPS A;  3VEU A;  2AVM A;  3SKG A;  2QMP A;  5COK A;  4H3I A;  1J71 A;  5OZB A;  3GW5 A;  5P1B A;  4FRK A;  2VA7 A;  5P28 A;  1LYW A;  5P4L A;  5P88 A;  4ACU A;  3HZC A;  5P6H A;  5P05 A;  1AVF A;  3UFN A;  1SH9 A;  1SMR A;  1QRP E;  4Y3Z A;  4DJV A;  3OAG A;  3OXV A;  3JVW A;  4D89 A;  3S8I A;  3OTY A;  3RVI A;  5P7R A;  5P26 A;  1LYA B;  4QJA A;  2AOH A;  3NWQ A;  5P82 A;  2BPV A;  5DQ2 A;  3LHG A;  3O9D A;  3KT2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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