3LZUA

Crystal structure of a nelfinavir resistant hiv-1 crf01_ae protease variant (n88s) in complex with the protease inhibitor darunavir.
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTVKIGGQLKEALLDTGADDTVLEDINLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGKKAIGTVLVGPTPVNIIGRSMLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The Effect of Clade-Specific Sequence Polymorphisms on HIV-1 Protease Activity and Inhibitor Resistance Pathways.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3lzuA00
4FRJA 5ENKA 5KOSA 4I11A 2ZJKA 1B6KA 3NU3A 3MSJA 3R1GB 3APPA 4ACUA 3EBZA 2ZHUA 2NPHA 4Y3NA 1EBYA 1FB7A 4YBIA 3HAUA 1APTE 2FDEA 1MPPA 5TOLA 1JLDA 2Q54A 3IVHA 5P10A 5BS4A 4GJBA 4FGXA 1MVPA 4JP9A 4Y5NA 1IZHA 4K8SA 4B00A 4Y48A 5P02A 5P1ZA 4ER1E 4YCYA 2VJ9A 3VV8A 1NSOA 5P66A 3IXKA 4YD4A 4TVHA 4RRNA 5P7EA 5P6EA 3T11A 3INHA 5P3OA 2IRZA 5OYWA 3SABA 5P6NA 5P79A 3RTHA 3SM2A 4I0FA 1YX9A 1PFZA 2QMFA 4J1IA 4HLAA 4EXHA 1NPAA 2ZJIA 5P6TA 4CKUA 3BGBA 4JPCA 5AHAA 4PHVA 5BRYA 5P38A 5HDXA 1KJ7A 4OBFA 1YTHA 1ODWA 5P5QA 3EL1A 2I4UA 2AQUA 1MT7A 3ER3E 4RRSA 5P13A 2I4WA 3T7QA 4EQJA 5P70A 4YA8A 3CYXA 5DQ2A 2ER0E 4OC6A 4ZLSA 1FQ5A 5OZRA 4QLHA 2HAHA 4S1GA 5OZ6A 3DUYA 4CPWA 1HEFE 2I0DA 4XX4A 4A6BA 2XFIA 2PYMA 2QMPA 3VCMA 4J0YA 1MIQA 5ER1E 3JVYA 1CMSA 5ENMA 3OGQA 5P52A 3VFAA 4J1EA 1FMUA 2QHCA 4ER4E 5P14A 4I10A 1MERA 2HB3A 5P83A 4MC9A 5AH8A 5PEPA 5P4HA 3URLA 4GB2A 1PSAA 5P0LA 4OC6B 2F3KA 5OZYA 2AZ9A 4Y45A 4EP2A 5P00A 3VUCA 2QZXA 5P4DA 2OHPA 4FM6A 4J1FA 4EJ8A 2BB9A 1ER8E 5P4TA 5OZQA 3T6IA 1AM5A 3K5CA 5P7OA 3VEUA 4HDFA 1MSNA 5P2IA 3VLBA 1ODXA 5E5JA 4E43A 5P1JA 2AZCA 2AVQA 3LPJA 4J0PA 2ZHRA 4YOAA 5HCOA 5P6RA 4I0HA 2G1RA 3IN3A 3S45A 1EPPE 5I70A 5P8MA 5P2YA 5P5HA 5P3LA 2AOGA 3VFBA 1HTFA 3O99A 1FG8C 2AZ8A 2J9KA 1XL5A 2AVMA 3BUFA 1EEDP 4K4QA 3OTYA 1K6CA 4NPUA 5P67A 4YCTA 4K4RA 1IIQA 3GI6A 5P26A 4Y51A 3OU3A 2VIZA 1HVCA 5P2UA 1OEXA 5FIVA 1BVEA 4J54A 1BVGA 5P1EA 5P11A 2P83A 1HTEA 2HPFA 1D4IA 5P49A 1PSNA 3UQWA 1G2KA 1HWRA 5P1TA 5P5FA 3UQXA 4YHQA 2G21A 3HZCA 5OZ7A 2BQVA 2VJ7A 5P6DA 1PPME 3KFNA 5P6XA 1FIVA 1YM2A 1ME6A 3UDYA 4YDFA 3PCWA 5P2NA 3QI1A 2ER6E 5P60A 3OQDA 3OAGA 3S43A 3BXRA 1W5XA 1BDQA 1K2CA 2AOIA 3QVCA 3QROA 2BPVA 1BILA 5P6YA 3ZMGA 3JW2A 3BVBA 2F3EA 3HLOA 4A6CA 1FQ4A 3ECGA 1HRNA 4GIDA 3BVAA 4Q1WA 4YD3A 5P7IA 5P1GA 2A4FA 4I0GA 3PEPA 3I2LA 4OBGA 5P53A 2FIVA 5IS4A 3LINA 4RCEA 2SAMA 3I7EA 3BC4A 3D1ZA 5P0SA 5P3KA 5P6OA 1TQFA 2WEBA 1RL8A 1GNNA 5OZPA 2V0ZC 3EKQA 1HPOA 2I4VA 3OAGB 3S43B 5OZUA 5P4SA 1AVFA 1K2BA 5P5EA 3M9FA 1GKTA 4FS4A 5P4EA 1IVQA 5P41A 3L58A 3ZOVA 4DJRA 1J71A 3UHLA 2HPEA 4NJTA 4DJQA 5P8HA 2UPJA 4ZE6A 1TCXA 1XL2A 4RGHA 3N3IA 3IGBA 3K5FA 4B70A 3BUHA 4NJUA 4I12A 2ER9E 1ZJ7A 5P2GA 3OQFA 3GI4A 4Z4XA 4FSLA 4R5NA 3EL9A 4Z50A 4YOBA 4WTUA 3FNSA 3VV6A 5P3BA 3R4BA 2NNPA 2QNNA 4I8WA 1HVIA 3L38A 3FIVA 3F9QA 2F81A 5P47A 5P0WA 4LXMA 3SA8A 2JYSA 2I0AA 3UQPA 1TCWA 3BHEA 2B7FA 3ZKIA 1EAGA 2CEJA 4Y4TA 2V13A 2APRA 2PQZA 5P6HA 3BRAA 3B80A 2P3CA 5P0UA 3LZYA 5P8OA 3D91A 3WZ6A 1RQ9A 1HVRA 5P5SA 4J5JA 1XS7D 5P7RA 5P8LA 4ACXA 5IVRA 4Y50A 4Y4GA 5DR8A 5P0PA 1ZTZA 1LZQA 2QMGA 4OBHA 3OXCA 2V00A 2OHLA 4APEA 2R43A 2QHYA 5P5JA 5P1VA 2QZKA 4LHHA 4R92A 5P3CA 2G27A 5P1PA 3OK9A 4LP9A 3VYFA 1U8GA 3EKXA 2QZWA 3PMUA 5IVQA 2VKMA 2OHTA 5P7FA 3PHVA 5P7JA 5OYVA 1EC1A 4ER2E 1T6EX 3L5FA 1SH9A 5P71A 4PEPA 1FF0C 3MWSA 5P2ZA 4TVGA 1MTBA 3S2OA 2P3DA 4DQFA 5P7UA 8HVPA 3OUCA 3LIQA 5P5BA 2AZBA 4YDGA 2VIJA 5P0ZA 3SQFA 2VS2A 3OU4B 4J17A 1MESA 4FSEA 3LZSA 3OUAA 5P4KA 4YCKA 1XN3A 4B0QA 5P7VA 1T7IA 5P4QA 3R0WA 3K4VA 5P2BA 5P44A 5P8SA 3C9XA 2EWYA 3SACA 2OHRA 5P78A 3QBFA 5P3HA 5P5YA 3HW1A 5P3TA 2QI6A 5P6PA 3KYRA 5P6BA 2QI5A 5KR0A 1GVUA 5P4FA 3N4LA 1HIHA 5AH6A 5DQ4A 1HVJA 4Y3EA 3UFLA 4CP7A 1MTRA 1Q9PA 5P5PA 4YD5A 3NU4A 4FCOA 5P8NA 5P1MA 3G72A 4MC2A 3QS1A 1EPME 5P57A 5OYSA 4J0TA 3IN4A 5P6UA 1YTGA 4ZPEA 2ZJNA 1N49A 1FQ7A 4CPUA 2BPYA 1E81E 3G6ZA 1FQ8A 5P4PA 1AIDA 2CENA 3TNEA 4FRIA 3EKYA 2NMZA 5OZ5A 5DR4A 2WEZA 4Y54A 1PPKE 2R5QA 2OHUA 2P8HA 4Y4ZA 2G22A 3NYGA 3PVKA 1TZSA 2PSVA 5OZLA 5P3VA 4Y3ZA 3GI5A 2V10C 5P7YA 1APUE 5P4OA 3ZPTA 4DH6A 1B6PA 1TSQA 1SDUA 4PZXA 3NR6A 2FMBA 4DQHA 3SM1A 2QI0A 5F00A 3L5DA 1SGUA 5P4JA 4RVJA 1W6HA 3UFNA 1SMEA 3CKTA 3CICA 4Y47A 5P18A 2Z4OA 5P7QA 1ZSRA 1C6YA 3OUDA 3ZPUA 5P1FA 2BPXA 4Y5MA 4RVXA 5KOQA 4R93A 5OZOA 5P89A 4EXGA 1LYWA 3O9DA 2IL2A 5AH9A 1ODYA 4TRZA 3VF3A 1PSOE 2P3AA 4RROA 1QBSA 5P5WA 4U7VA 2P3BA 4BELA 3EM3A 1DPJA 4Y38A 5HVPA 5P2SA 5JFUA 4YD7A 5COPA 3G70A 1APVE 1AZ5A 1F34A 5P3WA 1AAQA 3NU6A 3PMYA 1RV7A 4EHCA 2Q63A 1G6LA 4K4PA 4QJ8A 3EL0A 1DMPA 2G26A 4Y3AA 1W5WA 1LV1A 5P2DA 2B60A 3DV5A 2QI1A 3GGUA 3EKWA 1RPIA 4D83A 5P2RA 3KF0A 5CLMA 1EC0A 5P7MA 5P8CA 2VIEA 3GI0A 5DR1A 4I0EA 5P0FA 5P5UA 4L1AA 3PSUA 5P8UA 4H3JA 9HVPA 3DM6A 5P1HA 3PI0A 1Z1HA 5P81A 1FQXA 2QP8A 4Y3SA 5P80A 4X7IA 1GVVA 5I3XA 2PH8A 2Q3KA 1T3RA 4Y3XA 1E5OE 4DJUA 5KR2A 5P12A 4GJ5A 3L3AA 4ZSRA 5DQCA 5P1KA 4TRYA 1KJHA 4L1AB 5SY2A 5KAOA 5C9FA 1TW7A 3O9IA 3OY4A 3OWNA 1EPRE 2WL0A 5HCTA 2FLEA 3WZ7A 2VNMA 5DGWA 3PI5A 4Y3HA 3LNKA 3INEA 5OZFA 3MXDA 2FXEA 5P24A 3TOFA 5P4NA 1LS5A 2I4DA 3I25A 5P5DA 2ZE1A 5T4SA 2NXMA 3SO9A 3SA4A 3OHFA 1Z1RA 5P4RA 4DJXA 4ZPFA 1SGZA 4Y5KA 2R9BA 2ZJMA 2BPZA 1K1UA 2ZHSA 1HVKA 1YM4A 3KM4A 3OQAA 5P58A 3WB5A 1QBTA 3QP0A 3SA5A 3KMXA 2B8VA 1HHPA 3NU9A 5JFPA 1A8KA 2QNPA 4M8YA 3HVGA 2G94A 3KN0A 5P4BA 5APRE 5P15A 4H3GA 4RCDA 5P0AA 5ER2E 1SMRA 4NJSA 3NUOA 3UTLA 3VSWA 3SFCA 3UDKA 3ZKXA 3OHHA 4LXKA 5P1SA 5KQZA 1XN2A 4OBDA 5P6WA 4Y53A 5P2JA 1WKRA 5OZ4A 5P2XA 3VG1A 5P37A 2AVOA 3CIDA 4HDBA 1HOSA 4AA9A 3HDKA 4BEKA 4Q1YA 3LZUA 5P3DA 4JOOA 2QI7A 5P0VA 3O9LA 2AVVA 3S7MA 3LIVA 5P08A 3VF5A 4A4QA 5P2HA 5P6JA 5AGZA 3R2FA 2UXZA 5OZTA 3WSJA 5P5MA 3SKGA 4TRWA 2OF0A 5P7LA 3DK1A 5OZBA 3KT5A 1AJVA 5KR1A 5IVTA 5P0KA 2ZDZA 5ISKA 4B1CA 4R95A 4I0JA 4ZIPA 3SA9A 1EPLE 2QU2A 3EM4A 3URIA 2QD8A 1YTJA 5OYQA 3O9LB 2H6SA 5P8RA 4Y39A 5HE4A 3NDTA 2AOEA 2JXRA 4EQ0A 2ER7E 1QBRA 4DJVA 2PMAA 1GVXA 3LPIA 5EZXA 4Y3QA 2XYEA 1YT9A 5P7PA 3NXNA 3K4VC 3SPKA 1A8GA 5P6VA 4R8YA 5P72A 3UQRA 2MIPA 5P8VA 5P4CA 1WBKA 1DIFA 4HE9A 3RTNA 1BWAA 1FGCC 3DOXA 5P33A 3CYWA 5F01A 1APWE 3EC0A 5JODA 4AUCA 2FDPA 2I4QA 2BPWA 5EZZA 2OHQA 3L5CA 2F8GA 5P5XA 3ZPSA 3NWQA 1NPWA 3QBHA 2FDDA 3T3CA 5OYXA 3NDUA 2IKOA 5P01A 3SLZA 5OZ3A 1DAZC 5P43A 5P31A 5P3YA 2O4SA 5P56A 5P8AA 3IAWA 3TKWA 2XYFA 5P51A 4DUSA 6UPJA 4WY1A 3SA7A 1LYBA 4PPHA 1HPSA 5P5TA 4YBFA 4I0DA 5P7NA 3MSKA 1FLHA 5P40A 2VA7A 1RNEA 2R3WA 4GMIA 4Y5CA 5P0NA 2IDWA 2R5PA 5P1RA 5P32A 5P2QA 1CPIA 5P8EA 2FGUA 5P63A 1VIJA 2ZGAA 3SA3A 2QU3A 2PWCA 2BJUA 1SIPA 1OEWA 5JG1A 4GJAA 1HXWA 4Y3LA 2IQGA 4OBZA 1HSHA 1EPQE 5P28A 1ZLFA 4Y3DA 3RSXA 2IENA 1LYBB 3KA2A 3OXXA 5P2AA 2IGXA 1M4HA 5P0OA 2V11C 3OQ7A 5P61A 2WEDA 2XFJA 4Y5PA 4QJ2A 2PSGA 1Z8CA 4Y3GA 4I0IA 4AMTA 3GGAA 4J0ZA 3PLDA 4Y41A 1BDRA 4DPIA 4QJ9A 3UQUA 3KFPA 2BKSA 4OBZB 5P5AA 3APRE 5P0RA 1ZPKA 3H0BA 5OYZA 2PC0A 5OZAA 2O4NA 5P0IA 6FIVA 5P2VA 5P50A 4Y3PA 1ZBGA 5OZNA 2Q15A 5P2TA 2PH6A 5P4WA 2J9JA 2QCIA 4DV9A 4Y3RA 4LBTA 1MEUA 3LIYA 5P3QA 3Q3TA 2G24A 5OYYA 5P8TA 5P2LA 2QMDA 2RMPA 3A2OA 2FNTA 3S8IA 1NPVA 1DP5A 2PK5A 4FAFA 5OZZA 4DI2A 5P42A 1IVPA 4PYVA 1D4LA 5OZCA 4Y5BA 5P0YA 4RYCA 5P2EA 4XXSA 5KQYA 1BWBA 2WF2A 2WF3A 1HSIA 4DPFA 4AZYA 4Z2ZA 2FNSA 4APRE 2J9JB 3BXSA 4HVPA 3ZL7A 4DVFA 4LAPA 1T6GA 3QRVA 4HZTA 3ZKSA 4D8CA 3HVPA 2UY0A 5HE5A 4Y3JA 4DFGA 5KR8A 3KMYA 5P2KA 3KFSA 3OGPA 3Q6YA 1HVLA 2R3TA 3RSVA 2Q5KA 5P1WA 2G1SA 2G1YA 1EBKC 2WF4A 1FMXA 3T7PA 3OXVA 5P20A 3S56A 4HA5A 5P29A 1SDTA 5OZMA 1OD1A 5HU0A 3DJKA 1SP5A 5P3AA 3UDHA 1W50A 4Q1XA 3TPRA 1AXAA 2WHHA 1QDMA 5P19A 4KUPA 2FXDA 4U7QA 1ZPAA 1WBMA 3NXEA 3S53A 5P8FA 1FFFC 4R91A 1W5YA 3LIXA 4RLDA 3ZKQA 5SXNA 2O4KA 1PPLE 5P1LA 1HIIA 5P25A 1KJ4A 2HC0A 1MUIA 4ZSQA 2G1OA 2ZYEA 3CKPA 3OQKA 5P1IA 1EC3A 5AHCA 4FM7A 4Y3MA 1HPVA 4Y9WA 4QJ6A 3IVIA 3WB4A 1HXBA 3HAWA 2P4JA 2Q55A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FRJ A;  5ENK A;  5KOS A;  4I11 A;  2ZJK A;  1B6K A;  3NU3 A;  3MSJ A;  3R1G B;  3APP A;  4ACU A;  3EBZ A;  2ZHU A;  2NPH A;  4Y3N A;  1EBY A;  1FB7 A;  4YBI A;  3HAU A;  1APT E;  2FDE A;  1MPP A;  5TOL A;  1JLD A;  2Q54 A;  3IVH A;  5P10 A;  5BS4 A;  4GJB A;  4FGX A;  1MVP A;  4JP9 A;  4Y5N A;  1IZH A;  4K8S A;  4B00 A;  4Y48 A;  5P02 A;  5P1Z A;  4ER1 E;  4YCY A;  2VJ9 A;  3VV8 A;  1NSO A;  5P66 A;  3IXK A;  4YD4 A;  4TVH A;  4RRN A;  5P7E A;  5P6E A;  3T11 A;  3INH A;  5P3O A;  2IRZ A;  5OYW A;  3SAB A;  5P6N A;  5P79 A;  3RTH A;  3SM2 A;  4I0F A;  1YX9 A;  1PFZ A;  2QMF A;  4J1I A;  4HLA A;  4EXH A;  1NPA A;  2ZJI A;  5P6T A;  4CKU A;  3BGB A;  4JPC A;  5AHA A;  4PHV A;  5BRY A;  5P38 A;  5HDX A;  1KJ7 A;  4OBF A;  1YTH A;  1ODW A;  5P5Q A;  3EL1 A;  2I4U A;  2AQU A;  1MT7 A;  3ER3 E;  4RRS A;  5P13 A;  2I4W A;  3T7Q A;  4EQJ A;  5P70 A;  4YA8 A;  3CYX A;  5DQ2 A;  2ER0 E;  4OC6 A;  4ZLS A;  1FQ5 A;  5OZR A;  4QLH A;  2HAH A;  4S1G A;  5OZ6 A;  3DUY A;  4CPW A;  1HEF E;  2I0D A;  4XX4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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