3LZUA

Crystal structure of a nelfinavir resistant hiv-1 crf01_ae protease variant (n88s) in complex with the protease inhibitor darunavir.
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTVKIGGQLKEALLDTGADDTVLEDINLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGKKAIGTVLVGPTPVNIIGRSMLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 protease
publication title The Effect of Clade-Specific Sequence Polymorphisms on HIV-1 Protease Activity and Inhibitor Resistance Pathways.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3lzuA00
5P3IA 3UTLA 3OTSA 5P0AA 4Y3LA 4MC2A 5P43A 5P1VA 5OZ5A 2F81A 3ZMGA 4FRJA 2VNMA 5P1BA 2A4FA 2APRA 5P8BA 2QP8A 2XFIA 5P4RA 4D83A 3PI5A 4I10A 2AQUA 2UPJA 1NPWA 1RPIA 3APRE 2FXDA 2MIPA 2PWRA 4PEPA 2G94A 1OEWA 6FIVA 3VF3A 5P39A 5P7EA 2G22A 5P4IA 3K4VC 3LZSA 5P34A 4Y44A 5OZBA 1DMPA 3OQKA 5P3LA 4AA8A 3PWWA 5OZGA 1BDQA 5ISJA 5P5AA 3S7MA 1C6ZA 2VA6A 5UPJA 1FQ4A 5P5LA 1K1UA 5P82A 4Q5MA 3TKGA 4ER1E 4Z50A 1GNNA 5KQXA 1MPPA 5OZ7A 4NJTA 4RLDA 1DPJA 5P3YA 3HD8A 3G6ZA 5P0UA 4I0FA 4FIVA 2VJ6A 1SBGA 5P78A 5P0TA 2NMYA 4Y5PA 5P1OA 4GIDA 4L7JA 2IQGA 3RTNA 2NMZA 3LPIA 4J17A 5P53A 2BPVA 5OZVA 3PSGA 5P1DA 4Y3GA 3QRSA 4DJVA 5BS4A 4MC1A 4ZSRA 2I4DA 5TOLA 4RCFA 3SLZA 3L59A 5J25A 4YD6A 4Y4BA 4GJDA 3ZKGA 2HB2A 4LHHA 5JG1A 3QIHA 3NDXA 5P89A 1K2CA 4Y3AA 5OZSA 5P1FA 1MRXA 4J1IA 5P41A 2A1EA 2PYMA 1BDRA 2R8NA 4H3FA 4DFGA 1KJ7A 4Y35A 5P0MA 4J0PA 3PRSA 5OYWA 3G70A 3VLBA 1YTJA 4EYRA 5P6YA 5P8SA 2BPYA 1IVPA 3IXOA 2R43A 2RENA 5P5PA 4Y5GA 2WF4A 2IGYA 1T7IA 4ZEAA 2AVVA 2OHKA 4Z2ZA 1B6JA 1EPLE 3JVYA 3IVHA 3SQFA 1D4KA 3S45A 4RROA 3IN4A 4Y4EA 4A6BA 5AGZA 1LYAA 2JXRA 3K1WA 4FE6A 4RVJA 2QU3A 5P27A 4M8YA 4RYGA 3L3AA 5C9DA 3KMYA 5P69A 2WEDA 5P5RA 1RL8A 1SGUA 4GJBA 5DR1A 2R5PA 5HD0A 5P6EA 5P3QA 3UPJA 2AOFA 3Q6YA 4B0QA 5OZZA 4CPQA 1XN2A 5P08A 3OXWA 4DJRA 5P1CA 4Y36A 5P6UA 5SXNA 4Y4XA 2QD6A 5OZQA 3KFPA 3L5BA 4TRYA 4MC9A 1A30A 1B5FA 1KZKA 2PMAA 1PPME 2OHQA 3RTHA 1KJ4A 2AVOA 1ER8E 5P0IA 4L1AB 3HAWA 4YD5A 4RGHA 4EXHA 5P1JA 4DQCA 1FFFC 2BKTA 3NU5A 4YOBA 3TPPA 4I8WA 2G26A 3R1GB 2B8VA 2QNPA 2ZGAA 2R3WA 5P12A 4RRSA 3EM3A 4Y39A 2O40A 2R38A 1GVXA 5P0NA 1QBUA 1SIVA 2QAKA 5P1TA 1TSQA 5JFUA 2G24A 4APRE 5P4JA 4TVGA 5P6KA 4YD7A 4NPUA 3LZUA 3UDJA 4OBZB 3TPRA 2AVMA 4Y58A 5AHBA 1W5VA 4Y5BA 1HPVA 5P3MA 3I25A 2J9JA 1SH9A 4Y5MA 5P7QA 3TPLA 2OHRA 3PEPA 2PWCA 1UPJA 3EM4A 3OUAA 3R0YA 3SA6A 1N49A 2FXEA 4R5NA 3QRVA 5P7HA 5P0LA 1T6EX 5P42A 4DJUA 5P0GA 4Y43A 1BWAA 5P7UA 3MSJA 1XDHA 4I0JA 2PC0A 2O4KA 3K5GA 2I4UA 1HIHA 1Z1HA 5COOA 4FRKA 3VV8A 1EPPE 3UDMA 5OYQA 4Y37A 3VFAA 3ZKIA 1EBYA 5P35A 2R9BA 1QBSA 4GMIA 5OYVA 3BUHA 4OBHA 5P4LA 5P8LA 1QBTA 2G27A 2BKSA 4Y48A 1WBMA 4DQGA 1BXQA 3LINA 5P5XA 2WEZA 2ZJIA 4OC6B 1BV7A 1HXBA 5P8MA 1C6YA 1K6TA 2FDEA 4Y3JA 4EHCA 3UDNA 3O9DA 1HPOA 5AHCA 3QBHA 3CYWA 5P59A 3LIYA 4DJWA 2ANLA 3VCMA 4B78A 1YT9A 5OYRA 4ZPFA 5OZ9A 3PHVA 4BFBA 4DQEA 3OOZA 1LEEA 1IVQA 3PWMA 4CPUA 3VUCA 3MSLA 4B1DA 1PSNA 4J54A 5P6JA 4EJDA 1AVFA 5ER2E 8HVPA 5P3UA 1PROA 6UPJA 3OADA 3NDUA 4JOOA 3D1YA 3RTMA 1HTFA 1HPXA 3VYDA 3OUDB 4JECA 1PPLE 1RQ9A 1FLHA 1YTHA 4FAFA 1HTRB 3EKQA 1EPME 3IAWA 5P7LA 4PPHA 4CKUA 3NUOA 4OBGA 5P24A 3QVIA 2AODA 2P3BA 5DPZA 3SKGA 1K2BA 3NXNA 3QROA 4A6CA 5P2EA 5P0WA 4OD9B 5P1YA 5OZCA 4NJSA 4BFDA 4A4QA 5P3OA 4YOAA 5P44A 1PSOE 2PSGA 3DUYA 3RSXA 5OZRA 1YG9A 3TPJA 1ME6A 1EPNE 1W51A 3INEA 3O9LA 5P0RA 2QNNA 2NXMA 1HSGA 2P83A 3K5DA 3T11A 4AA9A 1MIQA 4RVIA 5P2GA 2VS2A 3O9BA 4CMSA 4YBFA 3GW5A 4DJPA 3PLLA 1HVRA 5P6GA 3I7EA 6APRE 5P5CA 5OZHA 5P63A 1VIKA 3GI4A 3LIXA 4Y53A 3RVIA 4Y3FA 5P07A 5P33A 2Q55A 5P7JA 4EJ8A 5P6NA 3SA5A 3NYGA 5P8TA 3GI6A 1T3RA 4YD4A 5P60A 4F74A 3OHHA 5P5DA 4CPXA 5P7VA 5P1ZA 5DR8A 4Y51A 5P2DA 2G1OA 5P76A 2OHTA 4Y3DA 4Y56A 1K6VA 5P8GA 3PBZA 3S2OA 4J1CA 4CPTA 3DV5A 2FMBA 4WTUA 1LV1A 4OBKA 4Y47A 1HVIA 5P4BA 1EEDP 5P5YA 2JYSA 2Z54A 1HIVA 2O4SA 4S1GA 5OYZA 1EPRE 2AZ9A 5HE5A 4J1HA 5P2TA 5P58A 5P0DA 2O4PA 4I0IA 1MT7A 5APRE 4Y5KA 4Y50A 2AOHA 3HZCA 3NUJA 3BC4A 4H3IA 5P8NA 1GNOA 5P48A 2G21A 4F75A 1KJFA 5P05A 1EBKC 2ZHTA 5P5SA 5P6DA 5P75A 4TVHA 1ZAPA 4LP9A 1EBWA 1BWBA 1AJXA 2QI3A 3UFNA 1IDBA 3CKPA 5P2MA 2VJ7A 3EKXA 3FNSA 1FEJC 3VYFA 4NPTA 5P2RA 1Q9PA 2R5QA 5P8AA 2BJUA 4ACUA 5P37A 3BHEA 4Y38A 3UDRA 2ZHRA 5P3XA 4LC7A 1B11A 4J5JA 1ZSRA 1BILA 3NWQA 2B7FA 3UDKA 4QJ9A 5HDXA 5P5IA 3S54A 2G1SA 5P2WA 3QRMA 1A8GA 3L5CA 3EKTA 1SDTA 5P1KA 5P5JA 3UDQA 3GGXA 3EKVA 3UF3A 3O9AA 4Y5LA 1A94A 4K4QA 4Y4TA 1HRNA 5P3CA 1SIPA 2HB3A 2VJ9A 3VF7A 5P01A 3S43A 1GNMA 3OU4A 2RMPA 5KR0A 2JE4A 5P6SA 1BVGA 3CIBA 2PYNA 4IVTA 3O9FA 4HEGA 5I70A 3RU1A 3INDA 4H3JA 4NJUA 3DOXA 5P3DA 3GGVA 3SABA 5OZ2A 5P36A 5P4HA 1FMBA 5P1XA 4ER4E 3DCKA 5P8PA 5P03A 4M8XA 1EPOE 2WKZA 1APUE 5P66A 5P87A 4R8YA 1MUIA 5OYUA 1IZDA 1YTGA 1XN3A 5P0OA 1HIIA 4TRZA 1APTE 4EJLA 5P7MA 1HVJA 5P1QA 5E5JA 3OU3A 4FM8A 3OU1B 3HVGA 5KOSA 5HE7A 5P18A 3VYEA 3QN8A 3NR6A 4B05A 2HS1A 4K4PA 5IVQA 3D20A 5OZ3A 4Y45A 2OHMA 1PSAA 3VSXA 1HVHA 5P7WA 5ER1E 4APEA 5P22A 3UQRA 3MWSA 5P8DA 2XFJA 3LIQA 3OTYA 4CPSA 5P23A 1LS5A 1HEFE 4I11A 4EP2A 2BPZA 2I4QA 4DH6A 4J0TA 4Q1XA 3QS1A 1HPSA 1SGZA 3OQDA 1FQ8A 2Q15A 5P19A 3SO9A 2FDDA 3B80A 2QZLA 3BXSA 1DP5A 5P3GA 2AZCA 5P3HA 5P4GA 5P3SA 4J0YA 5P7DA 1T7KA 3A2OA 3BVBA 4QJAA 5HVPA 5P5WA 5P7GA 4CP7A 5T4SA 3QAAA 2QU2A 5COKA 1W5YA 2IEOA 5C9BA 2WJOA 2ZHVA 4YDGA 5P1WA 1ENTE 4Y3HA 3GI5A 3SM2A 3ZPTA 3IXJA 1B6LA 1AAQA 4FM7A 2I0AA 2V0ZC 5OZLA 2IL2A 5P6BA 3OAGA 5P4PA 5P6FA 1XS7D 3SA4A 2AZ8A 4FCOA 3T7PA 5P4FA 3O9EA 1IZIA 5KOQA 1ODXA 5COPA 1D4SA 5P5BA 2FGUA 2NR6A 5P26A 4ER2E 5P1UA 1M43A 3VSWA 1QS8A 2B60A 3PGIA 4ACXA 2QI6A 2J9KA 3ZPSA 5P0EA 4HDBA 4D85A 2EWYA 5B18A 3PVKA 1ODWA 5HU0A 5P7BA 2FLEA 3ZKMA 2JJIA 4EQJA 4Y3SA 5P6TA 3NDTA 4ZSQA 3BGBA 3NDWA 3OQFA 5OZUA 4Y5NA 3UFLA 5P88A 2RKGA 1HVCA 1FMUA 4Y3QA 5P77A 9HVPA 3BUGA 4ZPEA 2AVQA 1MTBA 4Q1WA 4UPJA 4YHQA 5P6XA 5P7NA 4Y4JA 4ZE6A 4Y4GA 5OYTA 5OZEA 4EJKA 1SDVA 4OBZA 5P3TA 4Y5EA 3NWXA 5P8RA 3FNUA 1LF2A 4PZXA 3WB4A 1FF0C 4DV9A 4Y4WA 5P5GA 5PEPA 5OZNA 1G6LA 4I8ZA 2OAHA 4YCKA 4IVSA 2WF2A 4J1EA 1W6IA 2AZBA 2NNPA 5P4AA 1SDUA 5P3PA 5HDVA 1RNEA 3R2FA 3LZYA 4AZYA 5P2KA 5IE1A 5I3XA 3DK1A 3K5FA 1VIJA 4I1CA 5EZXA 5P7KA 5P6IA 5P7SA 3EL1A 2QD7A 4DQBA 1E80E 1D4YA 3LZVA 5P4XA 3URJA 1KJGA 3OK9A 5P15A 3H5BA 4LXKA 5P02A 5BRYA 5F00A 2AOIA 3N4LA 3PBDA 2QMFA 4LL3A 4AUCA 1NPVA 3K4VA 5P67A 2WF0A 3QVCA 4XX4A 5P6CA 5P3ZA 1TCXA 1GVUA 5P8IA 4RRNA 2QHCA 1WKRA 5P6OA 1U8GA 1QDMA 5OZ4A 3OGPA 1E81E 2ZJLA 5P7FA 2AOCA 5CLMA 4Y5CA 4QJ8A 3MSKA 2HB4A 1YX9A 2Q54A 5P5HA 5ISKA 5P3JA 4EXGA 1K6PA 1B5FB 1ODYA 2IENA 5P73A 5P4WA 3SM1A 2PH8A 2CEJA 2XFKA 5P7OA 3O9IA 1KJHA 4HZTA 5P51A 3KDDA 4OD9A 5P5VA 5DGWA 5P25A 5P6QA 2FNTA 1JLDA 5DR7A 5P70A 2IGXA 2BQVA 3TLHA 5OYSA 2FS4A 3FX5A 5P7AA 2HIZA 5P49A 2H6TA 5OZ6A 3D1ZA 1FG6C 2P3CA 2HC0A 1HHPA 4XXSA 4YA8A 5P3VA 2XYFA 3TKWA 5FIVA 5P14A 1LYBA 4H3GA 3VF5A 4HA5A 5ENMA 5P4SA 4CPRA 4X2LA 2Q11A 4J1FA 2VIJA 1MT9A 2J9JB 5P2VA 2HM1A 5P0XA 4GJCA 4D89A 1K6CA 3BVAA 5ENKA 1D4JA 1EC2A 4EWOA 3L5FA 1OHRA 3MXDA 4FL8A 1TCWA 5JFPA 5P3WA 3D3TA 3KF0A 4DQFA 2IKOA 5P4DA 4R95A 5P0HA 4J1KA 5OZKA 4Y3MA 1MVPA 2I4XA 4ZIPA 2F3KA 3OXXA 4GJAA 3U7SA 3CICA 5P1NA 3EL4A 2WHHA 3NU3A 3SKFA 1HOSA 3FV3A 4EP3A 1XE6A 5EZZA 4YD3A 3TTPA 5P7IA 4HVPA 4PZWA 5P3AA 5KQFA 3HBOA 5P0YA 4HDPA 5KR2A 5P38A 2HPEA 1D4IA 3OWNA 3OY4A 3SA7A 1OEXA 5I3YA 5P6AA 1MSMA 4I0ZA 5P1PA 3EM6A 3CKTA 3EXOA 3KFNA 1RV7A 5E5KA 3OADB 4U7QA 5P20A 5P68A 1A8KA 5P6PA 4Y54A 3O9CA 2G69A 2PSVA 1LF3A 3NSHA 4J0VA 4Y3WA 1D4HA 3SA3A 3OXVA 5P2UA 5P10A 1BVEA 2WL0A 3L5EA 5I3VA 4GJ8A 3DCRA 4QLHA 4FLGA 5P0BA 1IBQA 1W50A 2P3BB 1EC1A 2PQZA 5P16A 5CONA 2I0DA 4L6BA 1G0VA 3U6AA 5OZOA 2IRZA 3BXRA 3PLDA 4J0ZA 2BB9A 5KR8A 3BUFA 2CENA 2WF3A 1M0BA 3O9LB 4Y57A 5P17A 1HXWA 1G2KA 3R0WA 3EBZA 4R91A 3KT5A 1IDAA 4EQ0A 3PWRA 4RCEA 4I0DA 3LITA 2HS2A 2Z4OA 3VG1A 1YTIA 3SACA 2OHSA 3L58A 1APVE 2I4WA 4EPJA 5P50A 2UY0A 3HW1A 3TNEA 3SA9A 1D4LA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3I A;  3UTL A;  3OTS A;  5P0A A;  4Y3L A;  4MC2 A;  5P43 A;  5P1V A;  5OZ5 A;  2F81 A;  3ZMG A;  4FRJ A;  2VNM A;  5P1B A;  2A4F A;  2APR A;  5P8B A;  2QP8 A;  2XFI A;  5P4R A;  4D83 A;  3PI5 A;  4I10 A;  2AQU A;  2UPJ A;  1NPW A;  1RPI A;  3APR E;  2FXD A;  2MIP A;  2PWR A;  4PEP A;  2G94 A;  1OEW A;  6FIV A;  3VF3 A;  5P39 A;  5P7E A;  2G22 A;  5P4I A;  3K4V C;  3LZS A;  5P34 A;  4Y44 A;  5OZB A;  1DMP A;  3OQK A;  5P3L A;  4AA8 A;  3PWW A;  5OZG A;  1BDQ A;  5ISJ A;  5P5A A;  3S7M A;  1C6Z A;  2VA6 A;  5UPJ A;  1FQ4 A;  5P5L A;  1K1U A;  5P82 A;  4Q5M A;  3TKG A;  4ER1 E;  4Z50 A;  1GNN A;  5KQX A;  1MPP A;  5OZ7 A;  4NJT A;  4RLD A;  1DPJ A;  5P3Y A;  3HD8 A;  3G6Z A;  5P0U A;  4I0F A;  4FIV A;  2VJ6 A;  1SBG A;  5P78 A;  5P0T A;  2NMY A;  4Y5P A;  5P1O A;  4GID A;  4L7J A;  2IQG A;  3RTN A;  2NMZ A;  3LPI A;  4J17 A;  5P53 A;  2BPV A;  5OZV A;  3PSG A;  5P1D A;  4Y3G A;  3QRS A;  4DJV A;  5BS4 A;  4MC1 A;  4ZSR A;  2I4D A;  5TOL A;  4RCF A;  3SLZ A;  3L59 A;  5J25 A;  4YD6 A;  4Y4B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3EKY A;  3EC0 A;  2IKU A;  3D1X A;  1XL5 A;  3HDK A;  3QPJ A;  1F34 A;  1ZSF A;  3BGC A;  5P28 A;  5OZ8 A;  3K5C A;  4WY6 A;  5P1E A;  3JW2 A;  5P74 A;  5P52 A;  3GGU A;  3FIV A;  2HPF A;  4DI2 A;  3URI A;  4XKX A;  2NXL A;  2ZHS A;  2G1N A;  3U71 A;  1CZI E;  3UQU A;  3WSJ A;  1J71 A;  3OUB A;  5P4E A;  2BPX A;  5P7Y A;  1FQ7 A;  5P6M A;  2V12 C;  4LXM A;  3OOT A;  3G72 A;  5HDZ A;  3QBF A;  2WEC A;  3VV7 A;  1YM2 A;  5IVS A;  3Q3T A;  1UH8 A;  1SME A;  2IDW A;  2WEA A;  5P0C A;  1MTR A;  1EC0 A;  5DQC A;  1UH7 A;  3PI0 A;  5DQ2 A;  2ZDZ A;  3UDP A;  3LNK A;  3WB5 A;  3AID A;  4Q1N A;  4KUP A;  4Y41 A;  5OZI A;  4ZPG A;  1FQX A;  1ZLF A;  1T6G A;  1HWR A;  5P7T A;  5P0V A;  1FFI C;  4DJQ A;  3I8W A;  5P4O A;  4GB2 A;  1GVV A;  1A9M A;  1AM5 A;  2P3D A;  5AH7 A;  3PSY A;  2Q5K A;  3ECG A;  1FKN A;  3KDB A;  1HVL A;  1FGC C;  4QJ7 A;  4DJO A;  3IGB A;  4DVF A;  5P7X A;  5P4Q A;  5C9F A;  1M4H A;  5AH8 A;  3VV6 A;  1BXO A;  2FIV A;  4R92 A;  5P8C A;  3SPK A;  1MRW A;  5OZW A;  1BAI A;  4KE1 A;  1LYB B;  3LPK A;  2ZYE A;  3FKT A;  4GJ6 A;  5P57 A;  1GVT A;  5P5U A;  4Y3Z A;  2QD8 A;  2NTR A;  2XYE A;  2ER0 E;  3KDC A;  4OBF A;  3L38 A;  5P4M A;  4Y3R A;  3CID A;  1CPI A;  4JPE A;  1EC3 A;  1TSU A;  4I0G A;  5P06 A;  5P2A A;  4E43 A;  3VEU A;  5DQ1 A;  5P55 A;  3NU4 A;  2VIY A;  4FSE A;  4X7I A;  4FM6 A;  3VFB A;  3I2L A;  2P4J A;  5P4U A;  3NXE A;  4FRS A;  2OHU A;  1LYW A;  1K1T A;  2V11 C;  5P5T A;  4JPC A;  2RKF A;  3H0B A;  3ZOV A;  5P31 A;  4MC6 A;  3AUP A;  4DPI A;  5OZM A;  5DR0 A;  3UHL A;  5P84 A;  5P2O A;  5P8O A;  3LHG A;  1E82 E;  3JVW A;  4OBJ A;  1LF4 A;  4K8S A;  4Y3P A;  5OZP A;  4RVX A;  1HVS A;  3TOG A;  4Y4Z A;  3LIZ A;  5P04 A;  1MT8 A;  3L5D A;  5HCO A;  4B1E A;  2O4L A;  4GJ5 A;  5OZT A;  3FNT A;  1ZJ7 A;  4QJ2 A;  5OZA A;  1LZQ A;  5P2L A;  5P1H A;  3S85 A;  2OHL A;  4YBI A;  3PJ6 A;  4ZSP A;  2IS0 A;  5P7P A;  3HVP A;  4N00 A;  1XL2 A;  5P5O A;  5DR3 A;  2VA7 A;  2NPH A;  4BEL A;  2ZJM A;  5IVR A;  5P56 A;  2QK5 A;  1BV9 A;  1IIQ A;  5P1M A;  4FGX A;  5P2H A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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