3LZVA

Structure of nelfinavir-resistant hiv-1 protease (d30n/n88d) in complex with darunavir.
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADNTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The Effect of Clade-Specific Sequence Polymorphisms on HIV-1 Protease Activity and Inhibitor Resistance Pathways.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
molecule keywords HIV-1 Protease
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3lzvA00
4TVGA 4PHVA 1RV7A 5P77A 3PHVA 1HBVA 2WHHA 5I3YA 5P7UA 3QAAA 3S7MA 4Z50A 1SMEA 2OHRA 5OYTA 5P03A 4LC7A 1C70A 2QD6A 3TLHA 5HVPA 1HXBA 4Y3YA 3KDCA 5P6EA 1HTFA 4Y3EA 3K4VC 4RVXA 4GJBA 1YG9A 3L5FA 4JECA 5AH8A 5P4VA 5OZ1A 9HVPA 3QRSA 5P0WA 3O9LA 4RRNA 4L1AB 4ZE6A 2PC0A 1QS8A 2V13A 3L38A 4KB9A 3T11A 4OBGA 5P3UA 3KFSA 4J54A 2OHKA 1MTRA 5P7DA 4EJKA 3QRMA 3HLOA 3QBHA 4Y4JA 1XL5A 3NLSA 5P4MA 1M0BA 5P8UA 3ZKXA 2V0ZC 1SH9A 3TOFA 2QI3A 5P17A 5P29A 2ZHTA 1HVLA 3EC0A 4L7HA 2Q5KA 3LZSA 5P56A 4EPJA 2ZJIA 3EKVA 5P6MA 3O9HA 2RSPA 3IXOA 4DJXA 2UPJA 3L58A 3O9LB 3GI0A 4Y3GA 5P5PA 1ZPAA 4NKKA 2QP8A 1FB7A 4CPUA 8HVPA 4GYEA 1EC3A 3S85A 5P23A 2QZLA 4M8YA 4BELA 4FIVA 2NNPA 2APRA 1ODYA 2CEMA 2IRZA 5P5TA 2G20A 1QBRA 3GGUA 3PMUA 3ZL7A 4ZIPA 5KQXA 2O4SA 5P4KA 4Y4DA 4FLGA 3KMXA 2G1YA 4Y3AA 2Q55A 2PQZA 4HDPA 5P7BA 3HW1A 4YD3A 2EWYA 3NUOA 1GVVA 4LBTA 5P0VA 3S8IA 3SACA 1BV9A 3KT5A 1W50A 4Y3TA 2VA6A 1W5YA 2BJUA 3DV5A 1LF2A 1TSQA 1E82E 2AOGA 2J9JA 5OZUA 2HC0A 3PM4A 5HCTA 4DUSA 2WJOA 4B78A 2QI7A 4N00A 5P0IA 5P3XA 4R92A 5P5DA 5P39A 5P69A 3G72A 4GMIA 3T7QA 4J55A 5P6CA 3SLZA 4GB2A 5P08A 5FIVA 2R38A 2FDPA 1AVFA 5P4IA 5OYVA 4F74A 3ZOVA 4YDFA 1HVJA 4FM6A 5P0KA 3OUBA 5OYRA 4Y3HA 4TRYA 1WKRA 3EM6A 4Y36A 2J9JB 5HDZA 1AM5A 1HVHA 4Y37A 2HS1A 3SO9A 4DV9A 1ZBGA 4DPFA 3PSUA 5AH9A 5P74A 2I1AA 4EJ8A 1SP5A 4RCDA 4DPIA 4Q1NA 4R91A 1NPAA 2G69A 5P7OA 1YX9A 2V16C 1EBYA 1SIPA 2QK5A 3ZKSA 3VFBA 5P7NA 3GW5A 4LP9A 5DR4A 2UXZA 3PCWA 1DMPA 5P73A 4XKXA 4YBFA 1T7KA 5P0AA 3KN0A 1G2KA 5P5GA 5P0MA 5JFUA 5AHAA 3OQDA 5IVQA 2I4VA 5P7QA 5P36A 3HVPA 3PSYA 3RSXA 4OBHA 4YD6A 1ZP8A 3FNTA 2Q54A 3KFNA 4CPQA 2QNPA 1QBTA 1TQFA 2PH6A 3LINA 4YHQA 2FGVA 1RL8A 2VIZA 5P0RA 4FAEA 5P58A 3SAAA 3QP0A 3QROA 1QBSA 1BXOA 4B05A 4OBKA 3OGQA 1MEUA 2ZHRA 3NU3A 3UDRA 1XDHA 3G70A 2V12C 3FSMA 5P1UA 3MXEA 5P5BA 4CPTA 5OZDA 3UQPA 4GIDA 5P1XA 3OUCA 5P57A 4AA9A 5P64A 1QDMA 5P40A 3VG1A 5P6HA 3OAGA 4Y3MA 1E5OE 5P49A 3A2OA 1YM2A 3UCBA 3TKGA 4R8YA 4FRKA 4YD5A 2ZJKA 5P7JA 3BUHA 2AOEA 5P4CA 4DJQA 3DOXA 5P1TA 3D1ZA 3HD8A 5OYQA 1RQ9A 1E81E 1YM4A 5P2VA 2G26A 4Y53A 4U7VA 4ZLSA 2ER7E 3TTPA 5P3IA 5P3EA 1A8KA 1LV1A 3VEUA 1HSIA 2QHYA 5P0XA 5P0GA 1U8GA 5DQ2A 1HPOA 3S54A 2Q11A 1SGZA 1EC2A 5DR0A 3IN4A 3DV1A 5P60A 3OAGB 3LZVA 2IL2A 2UY0A 4K9HA 5P4FA 2QNNA 1APVE 1K1UA 4I0IA 1EPNE 1MUIA 2R43A 3PLDA 1FFIC 2QI5A 3L3AA 1HVCA 2FNTA 5P1ZA 4JPEA 4RCFA 3EKYA 5P3QA 2O40A 3OHFA 3LPJA 1SDTA 1GVXA 5P80A 5P6PA 5P0LA 4ER2E 4ZPEA 2WEZA 5P5RA 5OYSA 4J0PA 4FSEA 5P0SA 5P5NA 3TPPA 3IGBA 4Y5EA 5P15A 2IEOA 4APRE 1BILA 3EL0A 3VV7A 3FIVA 5P78A 3HVGA 4I8ZA 1F34A 4DQCA 2FDDA 3ECGA 3GI4A 5AHCA 1FQ8A 2WF0A 1SDVA 5OZKA 5P14A 3IAWA 5P5FA 3KT2A 5P16A 2RENA 4EJDA 4DQFA 2JJIA 5P0OA 5DR7A 4U8WA 5KOQA 5P70A 4Y5CA 5P4BA 4DJWA 2IDWA 4J1KA 5JFPA 4F75A 1EBZA 5P8NA 1MTBA 2RMPA 5P81A 3VF3A 2F3KA 1Z1RA 3OQ7A 5P0NA 2BKSA 3S2OA 2WKZA 1XN2A 5P8CA 1Q9PA 2NXMA 1LYAA 3AUPA 3CICA 4TRZA 5P6BA 1B5FA 4Y39A 2QI6A 3ZPUA 4FGXA 1EEDP 3PBZA 5F01A 6APRE 5P8TA 2IQGA 3ZKQA 5P1PA 3IVIA 2BPVA 2VJ7A 3KFRA 5OZXA 5COOA 1MERA 2G94A 1WBKA 4I0JA 4FRIA 4I0FA 5P2CA 3ZPSA 2JE4A 2QMGA 5P2MA 5P5IA 3QRVA 5P3CA 4Y5GA 2ER6E 5DGUA 4GZFA 1BDLA 2AVQA 3NSHA 1GVWA 1ZPKA 3BXSA 3CKPA 3GGAA 4FRSA 3PI0A 1UH7A 4QJ7A 4DJYA 4Y4EA 3CMSA 2AVVA 3LNKA 5P1SA 5P0HA 2WF4A 5P7GA 2HAHA 3EKQA 1LYAB 5HD0A 3U71A 5P8HA 4TVHA 1MVPA 3UPJA 1B5FB 3NUJA 4ZPGA 3D3TA 3OUAA 5P5WA 3QI1A 4K4PA 5OZ0A 2RKGA 5P27A 4Q5MA 1C6YA 3LZUA 4Z22A 1ODWA 2BPWA 3INFA 3OU1A 4EP3A 2ZJMA 4EXGA 5ER2E 4Y45A 3SFCA 4I8WA 3VYEA 3UF3A 2FDEA 1HVRA 4RROA 3INEA 5P11A 5P37A 5P1OA 4EQ0A 2G24A 3PLLA 3O9GA 1FGCC 2ZHUA 1XE5A 1GNNA 3LITA 5OZOA 1META 1NPWA 4I0EA 1E80E 3B80A 4QGIA 3S53A 1RPIA 5P2UA 2WF2A 1W6HA 4I0DA 5P25A 5P3NA 3OU3A 5P0QA 5OYWA 1LZQA 4A4QA 4DQBA 1Z8CA 1AJVA 5P2JA 2VJ6A 4Y5PA 5P8FA 5P7AA 4Y3RA 3ST5A 2R3TA 1APTE 5P1KA 2I4UA 3RVIA 3FNSA 4Y9WA 1QRPE 4L7GA 5P2RA 4YCKA 5KQYA 1BDQA 3LHGA 2XFJA 4Y5MA 2G1SA 4Y5KA 4HDFA 4Z2ZA 3OU1B 2QAKA 4Y41A 4A6BA 1K1TA 1MT8A 2QMFA 1EC0A 3DM6A 2ZJLA 1ODXA 3O9BA 5P3GA 2MIPA 5P1CA 5P04A 2NXDA 3PVKA 5P0UA 3T6IA 3T3CA 3H5BA 5P85A 5P5YA 1HTRB 3UQWA 5P6DA 1EPQE 5P8LA 4Y3JA 4CPSA 3TOGA 2FS4A 1NSOA 1OD1A 3S7LA 1T6EX 5P6RA 3RTHA 2WF1A 4DJPA 4RVIA 4J1IA 3Q5HA 5P3MA 1MSNA 2PYMA 4HVPA 7UPJA 5P3OA 5P5CA 5OZMA 1ME6A 2Z54A 5APRE 1IZEA 1B6JA 5P6GA 4D88A 1FMXA 2QD7A 4Y35A 3DK1A 3OOZA 1A30A 3CKTA 5OZNA 4B77A 2HPEA 4GJCA 4Y3WA 5P3WA 4Y50A 1FG6C 3RU1A 3RTNA 3TNEA 2JJJA 5P6YA 3ER5E 5P5MA 3SKGA 5P7XA 4YBIA 5P24A 2PSVA 5P7YA 1B6LA 2HB4A 5PEPA 3KMYA 1LYWA 4H3GA 5P3JA 4YOBA 5P7WA 2OHNA 2VIYA 2OAHA 5P7ZA 3PWRA 3EL9A 5P5SA 4J1CA 1ZSRA 5P76A 3T7PA 3DCRA 3BUGA 3IA9A 1LEEA 2XYEA 5OZ2A 4YDGA 3VSWA 5OZSA 3I8WA 5P4OA 4J1EA 4FM7A 5OZ4A 1HVKA 4GJDA 1IVPA 1VIKA 2G1OA 3BXRA 5IS4A 1SDUA 3MXDA 5P3YA 5P22A 2VA5A 1FQ7A 1B6MA 5P86A 1T6GA 2Z4OA 1HIIA 2PSGA 4XXSA 2QZXA 1LYWB 5P84A 5C9FA 4S1GA 3WZ8A 2RKFA 1T7IA 2AZBA 3PGIA 3VLBA 5P79A 2IGYA 5P62A 2BKTA 4EWOA 2QI1A 1GVUA 4Y5LA 5IVSA 3JVWA 2I0DA 4ZPFA 3UQRA 5OZ7A 2G1RA 2AQUA 3Q6YA 5P54A 3TH9A 5P4JA 5I3VA 3SPKA 3QPJA 3LPKA 1AXAA 1TCXA 5P1JA 4GJAA 1FQ5A 4R93A 4EXHA 4Y54A 5P5EA 1HVIA 4B1EA 4NJSA 5P32A 2R5PA 3OY4A 5P8SA 2P3DA 3QVIA 5P48A 1B6PA 3VF7A 5P2HA 3LPIA 2FIVA 3NWQA 3SA8A 4FE6A 4Y4UA 3TKWA 1SMRA 4Q1WA 5P5KA 3INDA 2H6TA 5P4UA 3LIQA 3QVCA 5P3VA 4Y47A 4B00A 3O9FA 5BS4A 1BV7A 3SA9A 2NMZA 4RCEA 3OQKA 5SY3A 5UPJA 3TPLA 3I6OA 3L59A 5OZTA 5P8IA 5DQ5A 4XX4A 1IZDA 3JVYA 4DQHA 2BBBA 2F8GA 5P2EA 1ER8E 1M4HA 3HBOA 1EPOE 2QZKA 1FQXA 3FNUA 5OZIA 4FL8A 3OQAA 4Y3PA 2ZJJA 3I2LA 3UQXA 1HSHA 3PWMA 1IBQA 1M43A 3OADA 4JOOA 3UDKA 5ENMA 3T7XA 3CIBA 3NU9A 5KR0A 3R0YA 4HZTA 1PSOE 2Q3KA 4Y3DA 3O9IA 4Y3LA 2R3WA 1W6IA 5P2KA 1GVTA 5E5KA 5P6TA 2CEJA 4J1HA 3WB4A 1HSGA 5P6SA 1XL2A 5P5OA 1TSUA 4MC6A 1J71A 1WBMA 2NMYA 4RYGA 2AZ9A 3ER3E 5P1FA 1DPJA 5P42A 2FMBA 3SA6A 4OBDA 2QCIA 4D8CA 5P10A 1K6TA 5P2NA 5HDXA 5P7FA 2A4FA 3EM3A 3OQFA 4ZSRA 3OADB 4KE1A 4J0VA 4H3FA 1D4YA 4COEA 5P8QA 5P6QA 5P7IA 5P6LA 3NDWA 2NTRA 4ACUA 4L6BA 2P3BA 2QHZA 3BGCA 3K5GA 3URJA 3VFAA 5P50A 4Y3ZA 1FKNA 5P0TA 4MC1A 2Q63A 5HE5A 4I0GA 2OHMA 1EPPE 3M9FA 1RNEA 5P6IA 1FMUA 1D4KA 2I4WA 5P5ZA 5P6JA 3VYFA 3NDXA 5P89A 4IVSA 1HTGA 4LL3A 4M8XA 1MT9A 4B72A 1MT7A 4RVJA 3VV8A 2B7ZA 4Y5AA 3QN8A 5OYUA 2G1NA 5KR1A 2FLEA 3B7VA 4Y4GA 2VS2A 5P83A 4YCTA 3EL1A 1HRNA 4D85A 4AA8A 3LIVA 2P3BB 1XN3A 1K6PA 4BEKA 1IVQA 2IKOA 3LIYA 5P0CA 5SXNA 1OEXA 2AOCA 4J17A 2B7FA 3EXOA 4ZSMA 5KAOA 1TZSA 1FG8C 5P2YA 3UFLA 5P4WA 5P8RA 2BQVA 3UDHA 5HDVA 4HEGA 3VYDA 1HEFE 4R5NA 4D83A 5P6OA 3UDQA 1APUE 3OXXA 4Y56A 4WY1A 5J25A 5P06A 4YCYA 3C9XA 2VJ9A 5EZXA 4AUCA 1EPLE 3FX5A 1HPVA 4RZ1A 5P1MA 5OZPA 4JPCA 5OZFA 4LXKA 3AIDA 3PBDA 5P1VA 3EKTA 3D91A 2P83A 1DP5A 1D4SA 4Y4TA 2QU2A 4X2LA 1FIVA 5ENKA 2HIZA 3WZ6A 5P8GA 2P3CA 2IGXA 5P2AA 1GNOA 5DPZA 2CENA 1UH8A 3KDBA 5P7MA 5OZ9A 1GKTA 1FF0C 3NYGA 1SBGA 3Q3TA 3OXWA 7HVPA 5P5UA 4Z4XA 2ZHVA 1W5XA 2ER9E 5P0BA 5P4XA 4Y3SA 5HU1A 5I70A 5P3DA 2G21A 2ZYEA 4B1CA 4EYRA 1F7AA 5BWYA 1K2BA 5P3KA 5IE1A 3EM4A 4Y57A 5P2XA 1CPIA 2Q64A 1HTEA 5P1AA 4Y44A 4CPXA 4AMTA 2A1EA 3TPRA 2OF0A 5P2SA 2JXRA 5P3RA 5P6VA 3IXJA 3U6AA 2PYNA 5P6XA 5HTZA 4J0YA 5P66A 3UTLA 4B0QA 4QJ2A 1HEGE 1MRXA 5P1QA 4D89A 1LF3A 3SA7A 4I12A 2OHLA 1KZKA 1FMBA 1EAGA 5P1RA 4H3JA 2WEBA 5P55A 2HS2A 1IDAA 4F76A 4Y4BA 5DQ1A 4DJUA 5ISJA 5P51A 3SA3A 5P3AA 3ZPTA 3PJ6A 5P4QA 1D4HA 4ER4E 4E43A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4TVG A;  4PHV A;  1RV7 A;  5P77 A;  3PHV A;  1HBV A;  2WHH A;  5I3Y A;  5P7U A;  3QAA A;  3S7M A;  4Z50 A;  1SME A;  2OHR A;  5OYT A;  5P03 A;  4LC7 A;  1C70 A;  2QD6 A;  3TLH A;  5HVP A;  1HXB A;  4Y3Y A;  3KDC A;  5P6E A;  1HTF A;  4Y3E A;  3K4V C;  4RVX A;  4GJB A;  1YG9 A;  3L5F A;  4JEC A;  5AH8 A;  5P4V A;  5OZ1 A;  9HVP A;  3QRS A;  5P0W A;  3O9L A;  4RRN A;  4L1A B;  4ZE6 A;  2PC0 A;  1QS8 A;  2V13 A;  3L38 A;  4KB9 A;  3T11 A;  4OBG A;  5P3U A;  3KFS A;  4J54 A;  2OHK A;  1MTR A;  5P7D A;  4EJK A;  3QRM A;  3HLO A;  3QBH A;  4Y4J A;  1XL5 A;  3NLS A;  5P4M A;  1M0B A;  5P8U A;  3ZKX A;  2V0Z C;  1SH9 A;  3TOF A;  2QI3 A;  5P17 A;  5P29 A;  2ZHT A;  1HVL A;  3EC0 A;  4L7H A;  2Q5K A;  3LZS A;  5P56 A;  4EPJ A;  2ZJI A;  3EKV A;  5P6M A;  3O9H A;  2RSP A;  3IXO A;  4DJX A;  2UPJ A;  3L58 A;  3O9L B;  3GI0 A;  4Y3G A;  5P5P A;  1ZPA A;  4NKK A;  2QP8 A;  1FB7 A;  4CPU A;  8HVP A;  4GYE A;  1EC3 A;  3S85 A;  5P23 A;  2QZL A;  4M8Y A;  4BEL A;  4FIV A;  2NNP A;  2APR A;  1ODY A;  2CEM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5P1Y A;  2WED A;  3OU4 A;  2P4J A;  4OBZ B;  3S43 B;  5OZR A;  1BVE A;  1K6C A;  3CYW A;  2ZE1 A;  5P8M A;  5P12 A;  3F9Q A;  4Y48 A;  3URI A;  4LXA A;  1XS7 D;  5P59 A;  5P1I A;  4B70 A;  2V00 A;  4Y4Z A;  2I4X A;  5P6A A;  1B11 A;  5P8K A;  5OZV A;  1FEJ C;  4DFG A;  5P5X A;  5P82 A;  3O9D A;  5P68 A;  5P01 A;  4RYC A;  5JG1 A;  5P8V A;  5P2O A;  5TOL A;  2QNQ A;  3N4L A;  5P5V A;  2AZ8 A;  3R0W A;  4OBJ A;  2R8N A;  5P4A A;  5P8J A;  3OU4 B;  3KFP A;  1PPK E;  3BRA A;  3FV3 A;  5OZJ A;  1IZH A;  5OZW A;  4J1F A;  2NXL A;  5OYY A;  1YTJ A;  4KE0 A;  1EBW A;  1HPX A;  3L5C A;  2B8L A;  1KJ4 A;  4Q1Y A;  2QI4 A;  3OGP A;  3RTM A;  5P2F A;  5P4Y A;  4LAP A;  3UDP A;  2NPH A;  1B6K A;  2IEN A;  5DQC A;  2OHP A;  4Y58 A;  1ZLF A;  5CON A;  5P1N A;  2B60 A;  1YTI A;  4ZSQ A;  5P2I A;  3ZKG A;  4I11 A;  2QI0 A;  3UDN A;  5P2Z A;  2OHS A;  4K4R A;  3KM4 A;  4J0Z A;  5P8A A;  3VV6 A;  3CID A;  2VIE A;  5P3P A;  5P05 A;  4CPR A;  2VIJ A;  2VNN A;  2V10 C;  1HWR A;  5P5H A;  5P6N A;  3MSL A;  3R1G B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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