3LZVA

Structure of nelfinavir-resistant hiv-1 protease (d30n/n88d) in complex with darunavir.
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADNTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Effect of Clade-Specific Sequence Polymorphisms on HIV-1 Protease Activity and Inhibitor Resistance Pathways.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3lzvA00
1B6KA 4EQJA 3HLOA 5COPA 5P78A 3PB5A 2QI4A 5P7NA 1BAIA 3PMYA 3O99A 1FQ4A 2QHZA 1W5XA 5AHCA 5JFUA 4B70A 4KB9A 5HCOA 2B7FA 2FLEA 3IN4A 4Y3YA 2PQZA 4DJUA 5P2BA 5P80A 5IVRA 5P1BA 4ZPEA 5P4IA 2SAMA 3KN0A 2I4DA 3OUBA 4MC1A 2AVVA 2QMGA 2B7ZA 4GJ8A 4DV9A 1U8GA 3D1YA 4Y39A 3OU3A 3OWNA 3O9BA 4GB2A 4DQEA 2B60A 4APRE 1SGUA 5OZTA 4J1EA 1BV7A 1N49A 2G27A 5P2SA 4EYRA 1SDTA 2JJJA 2BKTA 1FQ5A 4LXKA 4Y36A 4D83A 5EZXA 2CEMA 1GVVA 5P7WA 1HIIA 3Q4BA 2AVQA 2J9JA 5P87A 3OQ7A 4ER2E 5DPZA 5P03A 5KR0A 1UPJA 5P2FA 5P8VA 4B1EA 3EBZA 2A1EA 1HTEA 4I0IA 1TCWA 1DP5A 3TOGA 2UXZA 2BBBA 2JE4A 3RTHA 7HVPA 5P6EA 3BUHA 4YD5A 4KE0A 5P2NA 1ZSRA 1SMEA 3WSJA 1C6ZA 3VFAA 3VCMA 5P32A 5DR8A 5KQXA 2P3DA 3IVHA 2QCIA 5FIVA 2BQVA 3CIBA 5P0UA 4JPEA 1ENTE 3T11A 4A4QA 4Y43A 3TKWA 5P7AA 3DV5A 4GMIA 2G94A 3EKYA 4BEKA 1ZP8A 1OHRA 1XL5A 5P3IA 1HVKA 1IIQA 4OBZB 4PHVA 5P7BA 4L7JA 1YT9A 5P5SA 3FIVA 4Y4AA 4K4RA 5OZ5A 4Y3DA 3INDA 4Y5PA 2IENA 3OUDA 5DGUA 4CKUA 5OZXA 5TOLA 1BVEA 2NTRA 4FRJA 5P16A 2HB4A 3R0YA 3EXOA 1B6PA 3QIHA 3OQFA 1HXBA 1PPKE 5P15A 5P6SA 2O4NA 1B11A 5P8QA 4ZSQA 2ZDZA 5HDXA 4I12A 1A8KA 1PFZA 2VNMA 5I70A 4Y51A 5UPJA 1K6PA 4L1AA 4R8YA 3NU3A 1HIVA 5P30A 1XN2A 5DR0A 3EMYA 5OZDA 5P63A 5OYSA 2QI3A 3Q3TA 3RU1A 5B18A 1SBGA 5P8BA 5OZ6A 5P0VA 5P3ZA 4BFDA 3QS1A 5P57A 4FRIA 1HVLA 4K4QA 5OZIA 3S8IA 3UDHA 1M43A 2QNQA 4Y5LA 4EJ8A 1G35A 2AZBA 2ER7E 5DQCA 1HXWA 1ODWA 3UPJA 5P67A 1HWRA 5DQ1A 5HCTA 5CLMA 2CEJA 5P5RA 3QN8A 2FMBA 4FSLA 5DGWA 3UQWA 2QP8A 2QU3A 5IE1A 1LYBA 4ZSMA 2OAHA 2WF2A 2VJ7A 3EL9A 2NPHA 4Y48A 4Y3MA 3UHLA 1XE6A 5OZOA 3VSXA 3MWSA 3F9QA 5P04A 3UDJA 3NDXA 4FAEA 3CKPA 5P6KA 3U6AA 3B7VA 3NSHA 1FG6C 2HPFA 5P7QA 5P1VA 5P39A 1AAQA 1WBMA 1FG8C 5P3SA 4HLAA 4Y35A 4KE1A 3ZPUA 4WY6A 5P1PA 3MSLA 4DVFA 4CPSA 2QMPA 2ANLA 5P3EA 2WKZA 2QHYA 1BWAA 3FNUA 1BXQA 4FE6A 3BGBA 4E43A 2WF0A 3I8WA 3ER5E 3UQPA 4Y4TA 3PWWA 2OHTA 4OC6A 3K4VC 4FIVA 3KFPA 5P6DA 3EM6A 1IZIA 3VYEA 4Y3NA 2NMZA 2AZ8A 3FX5A 1FMUA 5P5PA 1WBKA 3MSKA 2JXRA 5P6WA 5HDVA 3O9CA 3APRE 3UDNA 4J1CA 3JVWA 4J0YA 5IVTA 4DJXA 4NKKA 5AHAA 3RSVA 2VA7A 2AVMA 3BUFA 4TRYA 2ZJNA 3PJ6A 5I3WA 4GZFA 3PI0A 4I8WA 3TPJA 4Q1XA 2QNPA 1QS8A 4NJSA 1W51A 1K6CA 4ZPGA 4PPHA 3EKPA 4ZSPA 4QJ9A 4ER4E 4Y3QA 5P4SA 3O9LA 5P10A 1BDQA 5OZ4A 5OYQA 5P47A 8HVPA 2J9KA 1AZ5A 2IEOA 4DJOA 5P42A 3L58A 5P37A 1MT9A 4FL8A 5P65A 2QHCA 5KQZA 5P2UA 3DOXA 1K6VA 2OHMA 1EC0A 1FLHA 4FLGA 5P73A 3ER3E 1MUIA 3LIYA 4ZIPA 2HPEA 2WHHA 1C6XA 1LS5A 5HTZA 5P2GA 5P4BA 5P5CA 4Y4UA 2ZHRA 4DJRA 4YDGA 4Y4JA 5PEPA 5P2MA 2PWRA 2QZKA 4Y57A 4JOOA 3WB5A 1W5WA 2G1OA 3QRSA 2OHPA 1MRWA 1Z8CA 5P02A 4NJVA 5P89A 5P4EA 4FRSA 1MSMA 1RV7A 4X7IA 3L5BA 2HB3A 3NU5A 5P1FA 2ASIA 5P22A 4AA9A 4LP9A 5C9FA 2IRZA 4PZXA 5AH9A 1HPVA 4J0PA 5P4XA 1W5VA 2G24A 5BS4A 3URLA 2Q63A 5P5UA 4Y5NA 3OXXA 1QDMA 2JYSA 4YBIA 5P3WA 3I2LA 5P48A 2QMDA 4HE9A 1C70A 3D3TA 2QD6A 3O9IA 5P5QA 4QJ7A 5P7PA 5P27A 1ER8E 5BWYA 1KZKA 5E5JA 4FM8A 5P7OA 3QRVA 3VUCA 1AJXA 3PMUA 5P23A 3MXDA 6FIVA 5KQFA 2I0AA 3QBHA 1Z1HA 1VIKA 4FGXA 2QZWA 3VYFA 5P19A 3TPRA 2ZJKA 5C9BA 1EEDP 5P5HA 1LF2A 1RNEA 4EP3A 5OZ8A 5P6XA 5P35A 1DMPA 3TL9A 3IXOA 4OD9B 3NWQA 5OZZA 3LNKA 2ZGAA 3K1WA 4YD7A 3OQDA 2G1RA 5AH6A 2BJUA 2UPJA 4F75A 5P1NA 5P4QA 1FQ6A 1QBUA 3PSUA 2V11C 4Y3EA 4I11A 3OQAA 2R38A 3SM2A 2Q3KA 3EKVA 4I0EA 2NXMA 5P0KA 3BC4A 4HVPA 3FSMA 2O40A 1E82E 1FF0C 3HD8A 2V0ZC 3G70A 5P1SA 5P8GA 4I0FA 2G1NA 3KT2A 5P0AA 5P69A 5P52A 3UQXA 5P5KA 3PVKA 4GJ6A 5BRYA 1MRXA 5OZ7A 4GJDA 1HIHA 1NPWA 4B77A 4K8SA 2J9JB 1K2BA 3UFNA 1W6HA 1FMXA 3PBDA 4TVHA 1FEJC 4DQBA 4NJTA 4QJ8A 1IZDA 1HVSA 2NNPA 4LHHA 1BV9A 5P3JA 1EPOE 5P2QA 4DPIA 2IQGA 1TSUA 1LYAA 5P82A 3D1ZA 3NWXA 5DR1A 3OTYA 3TLHA 5P2RA 4CPRA 2AOIA 3R0WA 2VJ9A 4GJ7A 1FKNA 5P8SA 1UH7A 1HVIA 4RVIA 5P61A 3QAAA 2WEAA 5OZ3A 3ST5A 5OYXA 5HU0A 3WB4A 3GI5A 5HDUA 3KM4A 3PLLA 4J55A 3ZMGA 2FXEA 5P72A 3OU1B 5OZSA 4Y9WA 3D91A 4AZYA 3SA7A 3S43A 4TVGA 5KR2A 2R8NA 5P8DA 4YCYA 1MESA 1AXAA 1SDVA 1K1UA 2QI6A 2WEZA 3O9GA 2FIVA 3G72A 1AM5A 2H6TA 1UH8A 3GW5A 5P1ZA 4D85A 3QROA 4YCKA 4Z4XA 4Y47A 4Y4DA 5P14A 5P38A 3CICA 2BPYA 4Q1NA 4U7QA 2ZHVA 3NDWA 2IL2A 5CONA 5P5WA 2VS2A 3OU4A 5P0WA 5P13A 4DJWA 1OD1A 1K2CA 3PGIA 2F3EA 4BELA 4L1AB 3HBOA 1MPPA 5OZQA 5P4RA 5DR7A 5P83A 3T7XA 1HPOA 2WF4A 3NUOA 5P12A 5P4WA 2HAHA 1QRPE 5P1WA 3IAWA 5P5AA 3H5BA 4DQFA 3IVIA 4OBKA 1SGZA 5P7CA 3PSGA 3DM6A 1E80E 1BDLA 4YD6A 1C6YA 2ER6E 4RZ1A 3VF7A 2V13A 4AMTA 2IS0A 1D4HA 5P0OA 1D4YA 4YHQA 1ZBGA 1KJ4A 2QI1A 3K5FA 5P0QA 5P51A 3L5CA 5P1DA 1DAZC 5P6VA 2P3BA 3G6ZA 3UDPA 5HU1A 5P5JA 3ZKMA 1LYBB 5AH7A 1QBSA 5P2JA 3T3CA 3VSWA 5P5MA 3LIVA 5P20A 4S1GA 5P55A 1DW6C 2R9BA 5P0NA 4Y3TA 5P8UA 3ZKNA 5P50A 1D4LA 3DJKA 1SP5A 1F7AA 2FS4A 4RLDA 1EBYA 1BIMA 3INEA 2PSGA 1QBRA 3TNEA 2WL0A 4ZE6A 5P59A 1HBVA 2NNKA 3BRAA 4EPJA 5OZ0A 3LZUA 5OYTA 5P08A 3AIDA 3SQFA 2VIYA 2QI0A 5P4JA 1GVTA 2R3TA 5HE4A 4DQCA 4EQ0A 5P7GA 3OK9A 4B00A 1FB7A 4QGIA 5P3NA 4XX4A 4IVSA 4EP2A 5P8AA 2I4VA 1FGCC 2Q54A 3ZKGA 3PSYA 4WTUA 2ZHUA 2OHQA 4B78A 1J71A 4Y4WA 4J1HA 5P01A 2FNTA 3TKGA 3INFA 4YDFA 2R5QA 3BVAA 3UCBA 5P4ZA 2ZHSA 3A2OA 4Y3LA 5P2XA 2AOFA 3LZYA 3EL1A 5P1XA 5F00A 1YM4A 5OZEA 3DCRA 2PSVA 4Y3FA 3CMSA 4OC6B 2Z4OA 3LZVA 4LL3A 3NLSA 1BWBA 2CENA 5P2WA 4CPTA 1HPXA 5P3TA 1G2KA 5P8CA 2BB9A 1IZEA 4HDFA 1BILA 4OBGA 4YA8A 2G1YA 5P3RA 2RKGA 5P7JA 4Y3GA 1IDBA 2FGVA 2NR6A 3GGUA 5P6CA 3VV7A 1ME6A 1EPME 1ZLFA 4U7VA 5P0RA 1MIQA 5P5ZA 5P2HA 5SY2A 1XS7D 2BPXA 5P6PA 5P2ZA 5P5OA 4Y4EA 3O9LB 5KR8A 3NU6A 4L7GA 5P2AA 4EJDA 3ZKIA 3APPA 3LPKA 1F34A 2HS1A 2PK5A 5P0ZA 1W5YA 2O4PA 4OBZA 3ZLQA 5P75A 5P6YA 3PCWA 5P6NA 1DPJA 5P1CA 3UDYA 3K4VA 5P6HA 4MC2A 3BHEA 4D88A 1META 3EL4A 5P6QA 3SO9A 3K5DA 3FNTA 5P8PA 5P5DA 5P7EA 4ZLSA 5P4HA 2QNNA 4RVJA 4ACXA 7UPJA 6APRE 2NXLA 2PMAA 4KUPA 2NMYA 5P49A 5P7HA 5DQ2A 3FNSA 1LF4A 4YOBA 5P6RA 5P25A 2P4JA 4GJCA 4R95A 2PYNA 1D4SA 5P4TA 5OZPA 5P0FA 5P1OA 4YCTA 1W50A 5P79A 5P8NA 1GKTA 3O9HA 5P54A 1FQ7A 5P6ZA 5AH8A 3WZ6A 2VIEA 3GI6A 4FM7A 1ZPKA 2H6SA 2G22A 5P43A 5P2IA 2PH6A 5P2KA 5OZNA 4Y3JA 1FMBA 4YE3A 3SA9A 2AVSA 2F3FA 4R91A 1GVWA 4XKXA 2ER0E 5OYRA 5C9DA 4Y3SA 2OHKA 5P7MA 2P3AA 4Y5CA 3SACA 4NPUA 3PM4A 3NU9A 5P6JA 1TW7A 1HVRA 4CPUA 5P62A 4Y41A 5DQ5A 3S53A 5P4GA 2VIZA 4COEA 3PLDA 5P71A 1T7KA 5KOSA 5KAOA 2G26A 2V00A 5P6BA 1AIDA 3R1GB 4AUCA 1A94A 5P4KA 5P3AA 4RYGA 4B72A 2WF1A 1NPVA 5P58A 4HDPA 3UQUA 1NH0A 5P8KA 5KQYA 3QBFA 3RTMA 2QU2A 5OZMA 3OGPA 4EJKA 5J25A 5P1UA 4J1FA 5ISJA 4RGHA 3LPJA 5P7VA 5P00A 3QP0A 3OAGB 1W6IA 5ER1E 3NDTA 4EWOA 3IXJA 4D89A 5OZ2A 3ZL7A 3R4BA 4LBTA 3SLZA 5P34A 2ZJHA 4LXMA 4Y54A 3CYXA 1GVXA 4EHCA 3NR6A 5P09A 1FQ8A 2R5PA 5P1TA 3KFSA 4DH6A 5P2EA 3OXCA 5ER2E 2QK5A 1B5FA 4Y37A 3OGQA 3IGBA 2OHLA 3C9XA 3L5FA 1B6JA 5P7SA 1M4HA 4B1CA 2VKMA 2O4KA 2WEDA 1HRNA 2RENA 5P0GA 5OYYA 4L7HA 2O4SA 5P4CA 5P6UA 5P7IA 1APTE 2I4XA 1E5OE 5I3YA 4Y4GA 5P4YA 1EBWA 4Z2ZA 3L59A 3OXWA 3ECGA 3GGVA 3S7LA 2XFIA 5P3YA 2FDEA 5P8TA 5P5BA 5SZ9A 1EPNE 5OZYA 3TH9A 4F74A 1LYAB 3S45A 3MSJA 4Q1YA 1OEWA 5P86A 5COOA 3S54A 4AA8A 4Y3ZA 1HTRB 5DQ4A 5P2TA 5P2LA 3T7QA 1XE5A 5P1IA 4K9HA 5OZ1A 3LIZA 3EKQA 1RQ9A 1PSOE 5P56A 3SPKA 3HVGA 3RVIA 3KFNA 4B0QA 5P70A 4Y45A 4DFGA 5I3XA 3VFBA 2HIZA 4RCFA 4CMSA 5P8HA 2OHRA 5OZFA 2I0DA 3QPJA 4X2LA 2P83A 5P3VA 5P1GA 2AZCA 2V16C 1YTGA 4CPXA 4PZWA 1T6GA 5P44A 3GI0A 4FAFA 3RSXA 2PH8A 4BFBA 4Y5GA 5P0BA 1EC2A 5P26A 5P1MA 4F73A 3B80A 4RYCA 1T3RA 5P5GA 1XN3A 2ZE1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1B6K A;  4EQJ A;  3HLO A;  5COP A;  5P78 A;  3PB5 A;  2QI4 A;  5P7N A;  1BAI A;  3PMY A;  3O99 A;  1FQ4 A;  2QHZ A;  1W5X A;  5AHC A;  5JFU A;  4B70 A;  4KB9 A;  5HCO A;  2B7F A;  2FLE A;  3IN4 A;  4Y3Y A;  2PQZ A;  4DJU A;  5P2B A;  5P80 A;  5IVR A;  5P1B A;  4ZPE A;  5P4I A;  2SAM A;  3KN0 A;  2I4D A;  3OUB A;  4MC1 A;  2AVV A;  2QMG A;  2B7Z A;  4GJ8 A;  4DV9 A;  1U8G A;  3D1Y A;  4Y39 A;  3OU3 A;  3OWN A;  3O9B A;  4GB2 A;  4DQE A;  2B60 A;  4APR E;  1SGU A;  5OZT A;  4J1E A;  1BV7 A;  1N49 A;  2G27 A;  5P2S A;  4EYR A;  1SDT A;  2JJJ A;  2BKT A;  1FQ5 A;  4LXK A;  4Y36 A;  4D83 A;  5EZX A;  2CEM A;  1GVV A;  5P7W A;  1HII A;  3Q4B A;  2AVQ A;  2J9J A;  5P87 A;  3OQ7 A;  4ER2 E;  5DPZ A;  5P03 A;  5KR0 A;  1UPJ A;  5P2F A;  5P8V A;  4B1E A;  3EBZ A;  2A1E A;  1HTE A;  4I0I A;  1TCW A;  1DP5 A;  3TOG A;  2UXZ A;  2BBB A;  2JE4 A;  3RTH A;  7HVP A;  5P6E A;  3BUH A;  4YD5 A;  4KE0 A;  5P2N A;  1ZSR A;  1SME A;  3WSJ A;  1C6Z A;  3VFA A;  3VCM A;  5P32 A;  5DR8 A;  5KQX A;  2P3D A;  3IVH A;  2QCI A;  5FIV A;  2BQV A;  3CIB A;  5P0U A;  4JPE A;  1ENT E;  3T11 A;  4A4Q A;  4Y43 A;  3TKW A;  5P7A A;  3DV5 A;  4GMI A;  2G94 A;  3EKY A;  4BEK A;  1ZP8 A;  1OHR A;  1XL5 A;  5P3I A;  1HVK A;  1IIQ A;  4OBZ B;  4PHV A;  5P7B A;  4L7J A;  1YT9 A;  5P5S A;  3FIV A;  4Y4A A;  4K4R A;  5OZ5 A;  4Y3D A;  3IND A;  4Y5P A;  2IEN A;  3OUD A;  5DGU A;  4CKU A;  5OZX A;  5TOL A;  1BVE A;  2NTR A;  4FRJ A;  5P16 A;  2HB4 A;  3R0Y A;  3EXO A;  1B6P A;  3QIH A;  3OQF A;  1HXB A;  1PPK E;  5P15 A;  5P6S A;  2O4N A;  1B11 A;  5P8Q A;  4ZSQ A;  2ZDZ A;  5HDX A;  4I12 A;  1A8K A;  1PFZ A;  2VNM A;  5I70 A;  4Y51 A;  5UPJ A;  1K6P A;  4L1A A;  4R8Y A;  3NU3 A;  1HIV A;  5P30 A;  1XN2 A;  5DR0 A;  3EMY A;  5OZD A;  5P63 A;  5OYS A;  2QI3 A;  3Q3T A;  3RU1 A;  5B18 A;  1SBG A;  5P8B A;  5OZ6 A;  5P0V A;  5P3Z A;  4BFD A;  3QS1 A;  5P57 A;  4FRI A;  1HVL A;  4K4Q A;  5OZI A;  3S8I A;  3UDH A;  1M43 A;  2QNQ A;  4Y5L A;  4EJ8 A;  1G35 A;  2AZB A;  2ER7 E;  5DQC A;  1HXW A;  1ODW A;  3UPJ A;  5P67 A;  1HWR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4XXS A;  3UDK A;  3K5C A;  5P36 A;  4H3I A;  1FFF C;  5P5I A;  3OQK A;  2RKF A;  5OZW A;  5P33 A;  5P3X A;  5P3K A;  3TOF A;  3WZ7 A;  1D4K A;  4D8C A;  1K6T A;  4R92 A;  4TRZ A;  3WZ8 A;  4CPQ A;  4GJ9 A;  1D4I A;  4RRO A;  3SM1 A;  3INH A;  4IVT A;  1YX9 A;  4DQH A;  5P31 A;  5P88 A;  3S85 A;  1TQF A;  3KFR A;  5P0E A;  5P4F A;  1APU E;  1HVC A;  3NXE A;  1XDH A;  1CPI A;  4DJQ A;  4A6B A;  4Z50 A;  4FRK A;  4UPJ A;  2F81 A;  5P05 A;  5P3O A;  3JVY A;  5P2C A;  3KDB A;  3OOT A;  3L5E A;  3LIT A;  3PEP A;  1ZJ7 A;  4Y50 A;  4QJ2 A;  4Y4Z A;  1UH9 A;  3KA2 A;  5P6A A;  3LIQ A;  1HSG A;  2B8L A;  4HEG A;  1HEG E;  2HC0 A;  3SA6 A;  5P64 A;  3KYR A;  9HVP A;  1MT7 A;  5P0P A;  5P4M A;  1Q9P A;  2P8H A;  5P29 A;  3H0B A;  4I0D A;  1BXO A;  5P5Y A;  2IKU A;  1EPR E;  4JPC A;  2HB2 A;  4ZSR A;  5P1K A;  2QZX A;  4J0Z A;  3SKG A;  3PWR A;  4EXH A;  4ER1 E;  1HVH A;  1LEE A;  3M9F A;  1XL2 A;  5COK A;  5SXN A;  2G21 A;  3OUA A;  3HAU A;  4Y3R A;  2WEC A;  2VIJ A;  4H3J A;  4L6B A;  1MSN A;  1HPS A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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