3LZVA

Structure of nelfinavir-resistant hiv-1 protease (d30n/n88d) in complex with darunavir.
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADNTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRDLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title The Effect of Clade-Specific Sequence Polymorphisms on HIV-1 Protease Activity and Inhibitor Resistance Pathways.
pubmed doi rcsb
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-03-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3lzvA00
5P6YA 4I8ZA 4Y4JA 3FV3A 1OHRA 3OK9A 2QK5A 1APUE 1FG8C 5OZ8A 3Q6YA 2B7FA 2JJIA 2I1AA 1IVQA 4A6CA 1HSHA 1EBKC 2P3CA 5P8GA 1DMPA 5P3OA 5P8LA 4H3GA 5KR8A 4Y3LA 3PWMA 5P54A 1MT7A 3MSKA 5SY2A 3PHVA 4Y50A 1WKRA 5P0CA 3NWXA 5IS4A 4CPWA 3GI0A 3BVAA 1B6KA 1LYAB 4Y3EA 1FQ6A 3WZ7A 1HTEA 4EJ8A 4Y5KA 2QNQA 2AOCA 2HC0A 4DJPA 4Y48A 5P3YA 3NU6A 3UDKA 1IDAA 3OWNA 5P14A 3NU9A 4Y3PA 3ZPTA 1MUIA 5P5OA 3L38A 3NU4A 2BPXA 5SXNA 1SMRA 4LXAA 3VYDA 3BVBA 5P6XA 5P47A 3KF0A 4MC1A 5OZ1A 4DH6A 4YHQA 4ZSPA 4R91A 3RSXA 2AIDA 3FIVA 4CPSA 4EJDA 1PPKE 5HU1A 1B5FA 3QN8A 3WZ8A 3BUGA 5I3YA 5P62A 2AVQA 2BB9A 5P26A 1XN3A 3EKVA 3IN3A 1T7IA 1AXAA 4RVXA 5P4SA 4I1CA 1B6LA 4YD3A 3QBHA 1K6CA 4I0FA 4FLGA 4DUSA 2QD7A 2PSVA 1ZSFA 5OZKA 2QZKA 3PI0A 5OYXA 4UPJA 3L5EA 1SP5A 1FKNA 3VFBA 3JVYA 3OU3A 3APPA 2AOIA 1LV1A 1AM5A 4YD4A 2CENA 4DJVA 3NU3A 2ER9E 5P1EA 4DQGA 2IL2A 4YDFA 2I4XA 1HSIA 5P5NA 3KDDA 3VCMA 3EKYA 4APEA 1KJFA 5P63A 2ZHTA 3EKPA 2G1OA 2FGVA 3OXCA 5P5AA 5DR1A 5P5FA 5P6BA 4Y3YA 1OD1A 3NR6A 5P2AA 3LZUA 1BXQA 5P7LA 5P8JA 1SIVA 5P2IA 3OXVA 3I25A 5P2VA 3TL9A 3G72A 3EL0A 5P5QA 1K1UA 5HE4A 3OADA 1EC3A 5P49A 3ZKIA 4Z22A 3OQFA 3LITA 1EC0A 4OC6B 1FMUA 2XFJA 3QVIA 5P4DA 4JP9A 1BIMA 3QPJA 5P3MA 4H3IA 2WKZA 3PBZA 4B77A 5P3FA 2ER0E 4BFBA 3NDUA 4I0HA 3LIVA 2FXEA 4Y3ZA 4HDBA 5P06A 5HDZA 3OQKA 5P1AA 4TRZA 3N3IA 2ZJIA 4LP9A 3NUOA 1EPLE 5P30A 2Q63A 4JECA 5P36A 5P5CA 1YTGA 4Y57A 3OOZA 1UH9A 4LAPA 1GNNA 5P6SA 3FNTA 1FMXA 3UQPA 5P74A 5P3GA 4R92A 5P1TA 2NMZA 3ZLQA 4I0EA 2EWYA 1IZHA 3PB5A 4EXHA 1QS8A 5P3JA 3URLA 2QU3A 5P3RA 1N49A 5OZLA 4PYVA 2OHKA 1NSOA 5P3HA 4Y36A 2F80A 5DR7A 5P66A 1MT9A 5P20A 1FG6C 2Q11A 3OTSA 4TRWA 5P8DA 2ER6E 2J9JA 5OZDA 3ER3E 3URIA 3FKTA 1LF2A 2QZXA 1BILA 5I3VA 2R5PA 3S43A 5P1BA 2OHRA 3OTYA 4Q1NA 5OZ9A 4J0PA 3M9FA 4GJ6A 1LYWB 1DP5A 5P07A 5P7TA 2H6TA 1PPME 5P69A 2OAHA 4AMTA 3LNKA 2IQGA 4Y3NA 3QRMA 3D3TA 4FGXA 5P45A 2AODA 1D4JA 5P7HA 5P29A 3WSJA 3ZL7A 4DJOA 3SA9A 5P5MA 5P1PA 5P4KA 4FAEA 5OZSA 5P4NA 3EL1A 5P25A 5HD0A 4J0TA 4YCKA 1HVJA 3EM3A 2IKOA 3L59A 1K6TA 2OHQA 5P7IA 2VA7A 1W51A 2R9BA 4FM8A 5OYUA 4J17A 3NYGA 1RNEA 3ZMGA 2AOFA 5P5XA 3UTLA 5OZ5A 4FAFA 4Y51A 3U71A 1BVEA 5P4AA 4RYCA 5HDVA 1MT8A 3ER5E 4Y53A 5P5EA 4DQCA 5P0MA 5P7XA 5HCTA 3OUDB 1ER8E 3EKTA 3GGUA 2FLEA 3IVIA 5P8BA 5P5WA 3S45A 5SZ9A 1MSMA 5P0FA 1META 2HIZA 2I4DA 4DI2A 3TH9A 1YX9A 5P03A 5P1FA 5P85A 4IVTA 4Y4TA 5DGUA 4B70A 2I4VA 5I70A 1ODXA 4B0QA 2A4FA 5P2UA 4S1GA 2A1EA 1MVPA 4OD9A 5P28A 1W5YA 4H3JA 2ZJJA 3R4BA 4F75A 3LIYA 1BXOA 3OY4A 4ZPEA 5P1OA 4DJYA 5P1RA 4FE6A 5P7EA 3B7VA 3PWRA 2UPJA 3RTNA 5P6CA 2B60A 4QJ2A 3BGCA 5J25A 4XX4A 4HVPA 3DM6A 5P4YA 5P6DA 4D8CA 5HE7A 5P6IA 5P4UA 4NPTA 3KFNA 3SFCA 4L1AA 2IGXA 5P80A 4J1HA 1E82E 4F73A 1HXBA 1D4KA 5P3NA 4Y4DA 4EXGA 4JPCA 5BWYA 3ZKXA 5P65A 1ZSRA 4J55A 3EKQA 5P2KA 4Y3WA 5P8EA 4XKXA 2O4SA 5P04A 1TCXA 3KT2A 2FXDA 1QBUA 6FIVA 5OYQA 2SAMA 3SA7A 2QZWA 3DCKA 5P7OA 5P5SA 5P5KA 3OU4A 4FIVA 3D1ZA 4Y3TA 5F00A 4Y5LA 3T7QA 3S7LA 1YG9A 1EBZA 3BUHA 3UDNA 3CKTA 5P55A 2O4NA 1QBSA 1MRWA 2QMPA 1SBGA 1SDVA 2RKFA 3B80A 5P7DA 3LZVA 4OBDA 2F3EA 3UDHA 4MC9A 5P31A 2AZBA 1PSAA 5AHAA 3QRSA 5P46A 2VS2A 5CONA 5OZVA 3QAAA 2JYSA 5P7UA 1RL8A 2PWRA 5OYVA 3VV6A 2G1RA 1HVCA 1FB7A 2OHLA 4FM7A 3UFLA 4RYGA 4GJCA 2V13A 1HEFE 3BRAA 2WJOA 4R95A 4WY1A 2FIVA 5TOLA 4PZXA 1BV9A 2F8GA 4ZIPA 1YM4A 2VNMA 1K6PA 4GJDA 4I8WA 5P7AA 1EPME 3EBZA 1FGCC 4OBZA 4ER1E 5P1YA 5P4OA 4LL3A 1A9MA 1EBWA 3PI5A 5P2XA 4Z2ZA 1A8GA 3NDXA 5OYZA 5C9BA 2PSGA 5P4VA 4A6BA 2BKTA 1LF4A 1HTRB 1ME6A 3WB5A 5OYRA 5P4XA 2NXLA 5P7SA 3PSGA 3ST5A 5P3IA 2OHUA 1MIQA 2RKGA 5OYWA 1XE5A 4I11A 4GJAA 2WF3A 5P0DA 3L58A 7HVPA 5P39A 5P7WA 3SLZA 4Y3GA 3OQAA 4RRSA 3WZ6A 1GKTA 1ZPKA 2APRA 5OZBA 4J1CA 5P4MA 1IVPA 4DVFA 4YE3A 1HPXA 5P2MA 4YA8A 1HXWA 2VIEA 5AH8A 3OAGA 3PEPA 4EP2A 2ER7E 1BBSA 1FIVA 2H6SA 1EC1A 4QJ9A 3HLOA 5ISKA 2OHPA 4Y6MA 4L7JA 2Z4OA 3VV7A 4YBFA 4YBIA 3PWWA 5P2QA 1K6VA 3HZCA 5OYSA 5KR0A 1ZBGA 4M8XA 4DFGA 2NNKA 3VF7A 2NR6A 1GVTA 1QBRA 3OU1B 5DQ2A 5AH7A 1HWRA 4Y5PA 4Y5CA 5P57A 4HEGA 5P60A 4K8SA 4GJ5A 4FSLA 2AZ9A 2RSPA 5P76A 3UDRA 2PH6A 3RSVA 3BXRA 1C6XA 5OZHA 4Y37A 1HIHA 4E43A 3NXEA 1XS7D 5P70A 2G20A 4DJQA 3INFA 1NPVA 2QCIA 4DQBA 3HAWA 5P6AA 5P6MA 1MEUA 4U8WA 4DJWA 3KT5A 5P2EA 4RGHA 4Y5AA 3OOTA 1HSGA 3Q3TA 1HTGA 2VJ7A 2I0AA 3O9FA 4Y56A 1HVRA 5AHBA 5OZ7A 4GMIA 3D1YA 1T7JA 5OYTA 3KFRA 5P6FA 1UPJA 2AVMA 3DK1A 1QBTA 5P6QA 4EJKA 1OEWA 1W6IA 1XL5A 5P48A 2AOGA 4DJXA 3D1XA 4DJRA 5P3PA 4U7QA 2ZHSA 3INEA 5P4JA 5P2OA 4LC7A 5ENKA 3O9BA 5P3QA 5P02A 2XYEA 1FQ7A 3HDKA 1LYAA 3RTHA 4BFDA 1W6HA 3QBFA 1Q9PA 5P3CA 2ZJKA 3Q5HA 4HA5A 5DR0A 4FCOA 4CKUA 1PROA 1YTJA 5P1QA 2UXZA 5P4QA 5P3UA 2VJ9A 4OBJA 1D4SA 1KZKA 5OZCA 2QHYA 5SY3A 3O9GA 1F34A 5P2HA 2WHHA 5P50A 5P0AA 2FMBA 5KQXA 2FGUA 2QHCA 5P3VA 2I0DA 2VA5A 3R0WA 3QVCA 2AOEA 5P1GA 1AVFA 5P22A 2Q55A 3INHA 2V16C 3PMUA 5P5HA 2IS0A 1Z8CA 5IVSA 1AJVA 3KDBA 4BEKA 4TRYA 1ZLFA 2Z54A 1EPPE 5DQ5A 4J0VA 2J9JB 5P4ZA 3QRVA 1A8KA 5P61A 4J1IA 5P8QA 4K4QA 4RRNA 1HVHA 2QAKA 3NXNA 4B78A 3SA4A 3VFAA 3DJKA 4Y3HA 5OZQA 3O9DA 2P83A 3IXOA 4ZEAA 2G94A 3S7MA 1CMSA 5P2SA 4U7VA 4MC6A 4OBKA 4ER2E 5P7FA 4EHCA 3S53A 4F74A 5P71A 3UQWA 1D4IA 1HTFA 4NJUA 4Y39A 5OZZA 3SKFA 5OZ4A 3F9QA 2VIZA 1ENTE 3KMYA 5E5KA 5FIVA 3NLSA 3OQ7A 1HVIA 5P12A 1NH0A 2PYMA 3PM4A 2MIPA 2WF1A 5P78A 3OGPA 2I4QA 3HVPA 3OXWA 4NJVA 2JE4A 1B6PA 6APRE 4ZPFA 3GGXA 2J9KA 2VIJA 3FNSA 4YD6A 5P1XA 5P3AA 5P8TA 5P1IA 5P7JA 4KB9A 1IZEA 3PJ6A 3LIZA 5P4IA 4CP7A 1G2KA 1WBKA 3FX5A 5P0PA 1T7KA 1ODYA 4NPUA 3APRE 1FQ5A 3PCZA 2AZCA 4KE1A 3ZKNA 5P7VA 5P0YA 4YCYA 3EL9A 1TSQA 3NDTA 5IVTA 3OHHA 2QHZA 1IDBA 4GZFA 3U6AA 4R5NA 3S85A 4GIDA 5P2ZA 5P6NA 4OD9B 5DPZA 3O9IA 1IZDA 3BUFA 1A94A 2UY0A 5OZFA 3T11A 5P3BA 2P3BB 5P0SA 3BXSA 1UH7A 1LZQA 3K5DA 4B00A 3UDYA 1AZ5A 4Y38A 3TKGA 5P8CA 3VG1A 4WTUA 5ER2E 3VYFA 3PVKA 1ZTZA 2OHMA 3EL4A 4FRJA 4Q1WA 4ZE6A 4WY6A 3ZKQA 4YCTA 2FDDA 4RCFA 5P0UA 5P4PA 4HDPA 4ZPGA 4COEA 4H1EA 2P4JA 5P6JA 3BHEA 2IGYA 5P6KA 5P0LA 4I0JA 2G1NA 3EKXA 1KJ4A 4B72A 2IKUA 1GVVA 2ZHVA 4Y4AA 2O4LA 3OQDA 5P87A 1APWE 3L5DA 2NMYA 3UFNA 3CKPA 3DV1A 1APTE 2IENA 4FRIA 2WL0A 1CPIA 2NXMA 1BWAA 5P2BA 1SGZA 4Y54A 3SAAA 5P6PA 5P5IA 5HTZA 5E5JA 2QU2A 5P89A 1ZPAA 3K5CA 3OUBA 4QJ8A 5P77A 3ZPUA 2P3AA 5P1LA 3SA8A 3LIXA 5COOA 3UF3A 2QMFA 4LHHA 5UPJA 2BKSA 2ZE1A 4ER4E 4LXKA 2VKMA 4I0IA 3L5CA 4R8YA 2G69A 3PCWA 3KA2A 5P68A 5P81A 5P09A 2V10C 1NPAA 1SGUA 3PLLA 5P2NA 1M4HA 3G70A 5P2YA 5C9DA 1W5WA 5P01A 1KJHA 3SKGA 1XDHA 3QP0A 3R1GB 3HBOA 1TW7A 1EPQE 1LYBB 4QJ6A 2CEJA 4D88A 1W50A 2AVSA 4Y3JA 5P3XA 5P5RA 1KJ7A 3UHLA 2V0ZC 5P05A 3MSJA 1YM2A 1BV7A 3EKWA 3D20A 5P59A 4OBZB 5B18A 1FFIC 3K4VC 1CZIE 3UCBA 3VF3A 5P17A 4K4PA 5P0ZA 2ZDZA 5P2CA 3CYXA 1HEGE 1TCWA 1ZP8A 5P86A 2BPYA 4CPQA 1FQ8A 2O4PA 3VEUA 1HOSA 5P2DA 4Y35A 4TVHA 5P7KA 4EYRA 2G21A 3QS1A 5OZNA 5P4EA 2VNNA 1DPJA 3TOGA 1TQFA 3SA5A 5P8OA 3QROA 2B7ZA 5P8FA 5P00A 4ZLSA 1EEDP 3VYEA 5P0VA 3TOHA 4HLAA 4DQHA 4LXMA 3T7PA 2VA6A 3HVGA 5P7CA 2AQUA 3OHFA 3OXXA 2P3DA 2R5QA 3O9LA 2RMPA 4YD5A 5P4TA 5APRE 3UDMA 5JG1A 1RV7A 3SM2A 1D4HA 4HZTA 1MERA 5HU0A 1PPLE 5OZ2A 5P3LA 3N4LA 1ZAPA 5P0JA 3TKWA 5P4FA 2HS1A 4IVSA 5OZYA 2OF0A 4PHVA 5P8SA 1VIKA 1BAIA 2R43A 3S2OA 4NJSA 2PMAA 5P7PA 5P72A 4X7IA 5KQYA 5P58A 4QGIA 1ODWA 5ENMA 5JFUA 1SH9A 5ER1E 4Y9WA 4JPEA 2XYFA 5OYYA 3SM1A 5DQCA 5P5YA 1T6EX 1MESA 3IAWA 2PYNA 4NKKA 3KMXA 5P18A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P6Y A;  4I8Z A;  4Y4J A;  3FV3 A;  1OHR A;  3OK9 A;  2QK5 A;  1APU E;  1FG8 C;  5OZ8 A;  3Q6Y A;  2B7F A;  2JJI A;  2I1A A;  1IVQ A;  4A6C A;  1HSH A;  1EBK C;  2P3C A;  5P8G A;  1DMP A;  5P3O A;  5P8L A;  4H3G A;  5KR8 A;  4Y3L A;  3PWM A;  5P54 A;  1MT7 A;  3MSK A;  5SY2 A;  3PHV A;  4Y50 A;  1WKR A;  5P0C A;  3NWX A;  5IS4 A;  4CPW A;  3GI0 A;  3BVA A;  1B6K A;  1LYA B;  4Y3E A;  1FQ6 A;  3WZ7 A;  1HTE A;  4EJ8 A;  4Y5K A;  2QNQ A;  2AOC A;  2HC0 A;  4DJP A;  4Y48 A;  5P3Y A;  3NU6 A;  3UDK A;  1IDA A;  3OWN A;  5P14 A;  3NU9 A;  4Y3P A;  3ZPT A;  1MUI A;  5P5O A;  3L38 A;  3NU4 A;  2BPX A;  5SXN A;  1SMR A;  4LXA A;  3VYD A;  3BVB A;  5P6X A;  5P47 A;  3KF0 A;  4MC1 A;  5OZ1 A;  4DH6 A;  4YHQ A;  4ZSP A;  4R91 A;  3RSX A;  2AID A;  3FIV A;  4CPS A;  4EJD A;  1PPK E;  5HU1 A;  1B5F A;  3QN8 A;  3WZ8 A;  3BUG A;  5I3Y A;  5P62 A;  2AVQ A;  2BB9 A;  5P26 A;  1XN3 A;  3EKV A;  3IN3 A;  1T7I A;  1AXA A;  4RVX A;  5P4S A;  4I1C A;  1B6L A;  4YD3 A;  3QBH A;  1K6C A;  4I0F A;  4FLG A;  4DUS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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