3M9FA

Hiv protease complexed with compound 10b
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Epsilon substituted lysinol derivatives as HIV-1 protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3m9fA00
5P41A 5P5CA 3SA6A 1KZKA 4Y6MA 5P4VA 3UQRA 5P5SA 5OZQA 3UPJA 3H0BA 3QBHA 5DGUA 1ZBGA 1EC3A 2QI7A 4Y4EA 5P8AA 5DQ4A 4J5JA 3VCMA 3R0WA 1B6LA 5P7ZA 3PCZA 1ZLFA 3TKGA 5P6UA 5P0KA 5OZ5A 5P6EA 4KE1A 1SIVA 3U7SA 1OEXA 4L1AA 1XL2A 3NU4A 4Y57A 5HU1A 4J1CA 1PFZA 5JODA 2AZBA 3EM4A 4YA8A 5BS4A 6UPJA 5P0QA 3EKQA 5P4GA 5JFUA 2QMFA 1AAQA 1MRWA 3K4VA 5KAOA 5P3VA 3PBDA 2WEBA 5CLMA 5P63A 1BV7A 2JE4A 4OBHA 3SAAA 4H3GA 5P4YA 4DV9A 4GMIA 5P0WA 2G20A 1BIMA 3R4BA 3Q5HA 3NLSA 2XFIA 5P1VA 4X2LA 2G69A 2PSGA 5TOLA 4B05A 2FGUA 3QROA 4NPTA 2AVMA 2ZJMA 1C6XA 2QMDA 4YD3A 3LZVA 4QJ9A 1TZSA 1SIPA 5P3GA 5JFPA 5P8EA 2IENA 1XE5A 3NUOA 2RSPA 5P10A 3INEA 2V10C 4Y3LA 3EKVA 2QZLA 1FIVA 1C70A 5HE5A 1FLHA 2G21A 3FKTA 5OZXA 4DQCA 3Q70A 5P4EA 2QU2A 3PI0A 2HB3A 4FRJA 4TRZA 1HPSA 5P7YA 3O9EA 5OYXA 1A8KA 3D1YA 4ZPFA 3SA9A 1HVLA 3OQAA 4ZSMA 4Y56A 2FIVA 1DAZC 1B11A 4JP9A 5P3UA 5P7XA 3URLA 5P0DA 5P2WA 3IXOA 4Y3PA 5P3ZA 3G72A 3HVGA 3SLZA 1HVKA 1HVCA 4ER1E 2Q55A 4FLGA 5OYVA 1N49A 4Y4WA 4Z22A 5DR1A 2XFJA 5COPA 5OZIA 5P5TA 2ZJLA 1T6EX 5OZAA 3LIXA 4I0EA 5P5OA 4PYVA 4EXHA 4HZTA 5P0ZA 4EYRA 3TL9A 3L38A 1FQ7A 3VLAA 1G6LA 1BDRA 2ER9E 2G1YA 3NDWA 5E5JA 4QJ7A 1XL5A 1HVJA 5P3AA 2PYMA 2IDWA 2QNNA 2PC0A 5P3EA 5P85A 1MIQA 4QJ8A 5IE1A 1HSIA 1UPJA 3VSWA 4J0TA 5OZTA 2J9JB 4Y4BA 3L58A 2RENA 5P12A 5P0JA 2Q3KA 5P19A 1SMRA 4HDBA 1Z1RA 2G24A 1DP5A 5DGWA 5OZLA 3UQPA 5C9DA 2JJIA 5P6QA 2WF4A 4Y3AA 4Y47A 3G6ZA 5KQFA 4EJKA 3INFA 2NXMA 2Z4OA 1T7JA 4DJUA 4CPSA 4Y3QA 3KA2A 3QVCA 1FMUA 3O9IA 4DPIA 1K6TA 3ER3E 5DQCA 1LZQA 5P3OA 4J54A 4JPCA 2HAHA 3VFAA 2QNQA 3BUGA 3S53A 3FSMA 5OZ2A 3I6OA 4RRNA 1EEDP 4Y3MA 5P4DA 5P1UA 3OUDA 4ER4E 3SA4A 5HCTA 3S43A 4CPTA 5P6BA 1EPNE 2H6SA 2VJ7A 5P5GA 2QCIA 1E82E 1FEJC 4L6BA 2EWYA 3VEUA 3KFSA 3EM6A 1EC1A 1HPOA 5OZ0A 1HIVA 5T4SA 4OD9B 3D20A 5IVRA 4L7GA 4LBTA 3L5FA 5P1QA 3EL5A 6APRE 5P3XA 3EM3A 3MSJA 5P3HA 4DQHA 4J0YA 5P68A 5J25A 5P5VA 5HE4A 3TPJA 3UFLA 5P3NA 4H3IA 1FQ6A 5AHAA 4HE9A 5P2YA 5P7GA 2ASIA 1DMPA 2AOGA 5KR0A 1EC0A 3NYGA 3FIVA 5AH6A 4Z2ZA 5P1GA 3WB5A 3LPJA 5P7TA 3IVIA 5P1MA 5P1CA 2F3KA 5OZ6A 2R38A 3SA5A 1FMBA 1GVXA 1TCWA 3EL1A 3DCRA 2FXDA 3CYXA 3NWXA 4JPEA 2QHYA 2O4KA 4OC6A 2B42A 7HVPA 3PCWA 3UTLA 1AZ5A 3KDCA 4YBIA 5P5LA 1MERA 2FDEA 4YDFA 3WSJA 5OZ1A 4DI2A 3OQDA 5P8PA 2XFKA 1NPAA 3OUBA 2FXEA 4Y3RA 4RVJA 3UDYA 2J9KA 5KR8A 5P4NA 1FQ4A 4DQBA 2H6TA 5P1OA 4R95A 1E5OE 3OTSA 4Q1NA 3QRMA 1AXAA 4F74A 2NNKA 2R3TA 4Y3XA 3CMSA 5P18A 5P76A 5C9FA 4R93A 3L59A 2Q5KA 3NU9A 4KE0A 5BRYA 1UH8A 2HC0A 4ACXA 1EBKC 2HB4A 5OZNA 4GZFA 5DR4A 5KOSA 2AVVA 1MT7A 3LZSA 4D88A 4Y4JA 3NWQA 5P55A 1PSAA 4I12A 5P5WA 1YT9A 1C6ZA 4Y5CA 1D4SA 1UH7A 4B78A 4BFDA 2HPEA 3T3CA 2AVSA 3K1WA 1BVGA 4Y35A 1PPLE 3RSXA 3ZKMA 5P81A 4MC2A 3BVAA 2NTRA 4GJ6A 5P3KA 5P2IA 3NXNA 4EJ8A 2G1RA 4Y4GA 4YOAA 5OZMA 1HSHA 2V13A 1FKNA 2WEZA 2OHNA 5P4MA 1META 4DVFA 2AZ9A 9HVPA 4I0HA 5P4BA 4OBDA 3TLHA 3LZYA 1D4IA 2Q11A 3DM6A 3OU4A 5OZCA 1BV9A 3VV7A 5DQ5A 5P2HA 5P6ZA 2V16C 2BPVA 3TTPA 4D89A 3SQFA 3BUHA 1T7KA 4DJXA 6FIVA 5P6AA 5P00A 3UQUA 4K9HA 5OZ7A 2O4PA 3OUCA 5P7IA 1T3RA 5P2EA 4B72A 5DQ1A 3DV5A 4YHQA 3AIDA 2R5QA 3OHFA 2PMAA 2HIZA 2XYEA 1G35A 3HBOA 4NKKA 4Y3FA 5OYQA 1LYWA 5OZ3A 2UPJA 5P04A 2IQGA 5OZUA 5P8RA 5P8DA 3ZLQA 2NMZA 2QD7A 2BQVA 5P3MA 1BXOA 1WKRA 5P6HA 2I4QA 5P6MA 3KT2A 5P0GA 5P08A 2FLEA 5P17A 5P6CA 1EPLE 5P0NA 5P2QA 3L5CA 3Q3TA 3SM1A 3A2OA 4OBZA 2VNNA 3D3TA 4FAEA 5P6XA 4E43A 1ODXA 3H5BA 3PBZA 5E5KA 3SPKA 1QBUA 5P2MA 5P0AA 5P6VA 4GJ8A 4RCFA 1EBZA 3ZKQA 1FFFC 3IN3A 1HTGA 4ZPGA 5P7BA 1RPIA 2PSUA 5P8TA 1FQ8A 1HVHA 5OZJA 5SXNA 2WF0A 3APRE 2CEMA 5P5FA 5P5RA 3PHVA 1HPXA 2PWCA 2FS4A 1D4KA 2O4SA 5P3IA 5P54A 4ZLSA 1XE6A 1FMXA 5P82A 4PHVA 1C6YA 4PZWA 5P1BA 5I3YA 5P6NA 3UDMA 3UQXA 5P1AA 4LAPA 2B7ZA 3KF0A 4Y48A 2R9BA 4FS4A 1XS7D 5P0UA 4B1CA 3PJ6A 5P6WA 1G0VA 2AOFA 4QJAA 2FDPA 2ZGAA 2CENA 5P89A 3SKFA 4GJBA 5P52A 4I10A 2XYFA 3QPJA 3UCBA 5OZEA 3IXKA 3UHLA 5P4PA 3TPLA 4GJ7A 3D1ZA 1GNNA 2BPYA 5P1TA 3T11A 1SDVA 2Q63A 5P7EA 1PPKE 2WF2A 1HRNA 4J55A 2AVOA 2P3BB 1BDQA 4LL3A 4B77A 4J1FA 1D4HA 3LIZA 4J0VA 2V0ZC 3T7QA 1QDMA 2I0DA 4LC7A 2OHSA 2IGYA 1BAIA 4HDFA 3I8WA 3ZKIA 1W5WA 1HSGA 5OZFA 1QBRA 1M43A 3MXEA 4TRWA 4I0DA 1YTIA 2IS0A 3BXSA 5P7PA 1JLDA 1SBGA 4HLAA 3N4LA 2IL2A 3VFBA 2UY0A 5P8VA 1YG9A 5P3BA 3OY4A 4APEA 2WEAA 5CONA 2WL0A 3UDJA 3C9XA 2P3AA 1K2BA 3ZOVA 5P1ZA 2PYNA 2PK5A 3LIYA 5P3YA 2BPZA 5P87A 5P8HA 2VKMA 4RRSA 4TRYA 3GGUA 5PEPA 1B6PA 5P5JA 1ME6A 1ZAPA 5P6JA 1TW7A 2SAMA 5KQXA 5P4UA 3PMYA 5P6SA 3PWRA 5KR1A 3JW2A 3G70A 4RZ1A 4FAFA 5P06A 4Y4DA 1EPPE 4I0ZA 4OBKA 1EBWA 2WF1A 5P0IA 1IDBA 2HPFA 2QZKA 3S43B 3FNUA 5P51A 5P50A 2ZHTA 4F75A 4DJPA 2WECA 5P1EA 4CPWA 2QI3A 1MEUA 2ZHVA 4ACUA 1OEWA 3NU3A 2MIPA 5P1XA 3CYWA 1K1TA 5P7DA 1MTBA 3OUAA 2WEDA 5P71A 4X7IA 3GW5A 3HZCA 3URJA 1HEGE 1A30A 1E81E 5P0SA 3PSUA 1HBVA 5P8IA 3ZKXA 4L7HA 4Y54A 5P7FA 3GGXA 1AVFA 4QLHA 2HS1A 3DK1A 2AIDA 1BXQA 2HB2A 2VJ9A 3OXWA 5P09A 3FV3A 5P4OA 3I7EA 4Y45A 5COKA 5P02A 1K6CA 1ZSFA 5OZSA 5P59A 3RTNA 5P42A 5P48A 4HEGA 2G1OA 4Y4TA 5P88A 4DJRA 5APRE 3OOTA 4EWOA 2JJJA 2PH6A 2B8VA 5P5AA 4GIDA 1YX9A 4OC6B 5OYSA 2AODA 4MC6A 3R0YA 5OZPA 1AJVA 1LYAB 2P4JA 1IZHA 3BUFA 4EQJA 4Y4AA 5B18A 3BGCA 4ZSRA 1F34A 2VNMA 3SA8A 5P4AA 1W5XA 3OTYA 3VV8A 3ST5A 3ER5E 3QIHA 5P45A 1NPWA 3LINA 3QAAA 2AQUA 2OHQA 5P5UA 3VYEA 3L5EA 4A6BA 3OWNA 5OYUA 5P5XA 3KYRA 5P2XA 4I8ZA 3ZKGA 5P2GA 4B70A 5OZHA 2Q64A 1MSNA 5OZOA 3R2FA 3HVPA 3O9DA 4XXSA 1ODWA 1BWAA 5P5ZA 1LV1A 5P1RA 4Y3JA 1M0BA 4FE6A 5P30A 3UDRA 1KJGA 4Y3SA 3I25A 3DJKA 2QD8A 3K5CA 1D4JA 1ZP8A 2P83A 4WY1A 4Y3HA 5P2RA 2R8NA 3APPA 3T6IA 5P6LA 5P2AA 2APRA 3DUYA 4Y43A 5ER1E 5I3WA 2JYSA 3VF7A 4EP2A 1MT9A 1MRXA 5KR2A 2NXLA 5P6GA 5P2VA 2O40A 4Y51A 3URIA 4Y5BA 3K4VC 5P4RA 2QNPA 5AH7A 3TKWA 4WY6A 5ISJA 2BB9A 4B1DA 4DJYA 3EL9A 4KB9A 4ZSPA 5P5BA 4GJAA 3UDKA 1QBTA 3PM4A 1ER8E 5P24A 1LEEA 1LF2A 3L5DA 4LP9A 3PLLA 1SDUA 1B5FB 5P70A 5P6YA 2QMGA 5P66A 5P3RA 4CMSA 1ZSRA 5P0TA 5C9BA 5IVQA 4OBGA 3WZ6A 4DQEA 1HVRA 1EPME 4R92A 1MTRA 5P01A 3S8IA 3LIQA 5ENMA 5P8SA 4J1IA 2QZXA 5DR3A 1LF4A 2AOJA 4RYCA 5P5PA 5P5KA 4HDPA 4U7VA 4UPJA 5P5IA 3AUPA 5COOA 1OD1A 1PPME 1SMEA 1B6KA 4FM7A 2J9JA 5P46A 3ZPTA 4RGHA 2QI0A 2RKGA 4J17A 5OZRA 3RSVA 2VA5A 4TVHA 5P7HA 2VA6A 3MXDA 4Q1WA 4U8WA 5P47A 3OQ7A 4Y3EA 5I70A 4AUCA 1MSMA 5P4ZA 3PGIA 3OOZA 5P43A 3TPRA 2F8GA 1HOSA 3KMXA 5P7RA 1HVSA 2P3CA 2RMPA 1IVQA 5P07A 4XKXA 4DJWA 4ER2E 4F73A 5HU0A 3UF3A 4YE3A 2PWRA 4J1EA 3LPIA 2G26A 2VIJA 3UDQA 1APVE 5SY3A 3IGBA 3GI4A 1GVVA 4BEKA 4NJTA 1SP5A 2VS2A 5P38A 2QAKA 5P0XA 1GKTA 5P15A 5P8QA 4Y41A 5P33A 4YDGA 3CIBA 3U71A 4OD9A 5P44A 5OYTA 4N00A 2IKUA 4AMTA 4FL8A 4Y9WA 3WZ8A 2V00A 3O9AA 1A8GA 5HDZA 1FB7A 2O4NA 2R3WA 4CPUA 3D1XA 5P2BA 5P79A 5P6KA 1LS5A 1EC2A 5P8OA 3EC0A 5OZWA 5HTZA 1J71A 1TSQA 4Y5MA 2ZHRA 5DR7A 4PPHA 4QJ2A 4RLDA 4B00A 1M4HA 2A1EA 5DPZA 3OU3A 2BJUA 5P5QA 5P56A 1BILA 5P77A 5P3WA 5EZXA 4Z4XA 5P61A 1E80E 3LPKA 4EJDA 1HTRB 2NNPA 2I4DA 2WF3A 5OZ9A 1NSOA 2F3EA 2QI6A 2OHUA 1ZJ7A 4L1AB 3PB5A 4OBJA 4FM6A 4EQ0A 3PMUA 4B1EA 3PI5A 5P0EA 3QRVA 4YD7A 4CPQA 4B0QA 5P2FA 1TCXA 4DJQA 1T6GA 2FGVA 5P2JA 4NPUA 3LZUA 5AH9A 5P28A 3TPPA 3PVKA 5AH8A 5P4SA 2I0AA 5P3TA 5P75A 1K6VA 4CPRA 1HEFE 5P31A 4JOOA 5P2LA 2WJOA 4OBFA 4J0PA 1YTJA 2UXZA 3QS1A 1RL8A 5P37A 3BXRA 5EZZA 3S85A 3CKPA 3MSKA 3S7MA 4CPXA 5P0LA 5P7WA 3U6AA 3S45A 1KJFA 3R1GB 5P7JA 1D4YA 5P3FA 3PEPA 1MPPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P41 A;  5P5C A;  3SA6 A;  1KZK A;  4Y6M A;  5P4V A;  3UQR A;  5P5S A;  5OZQ A;  3UPJ A;  3H0B A;  3QBH A;  5DGU A;  1ZBG A;  1EC3 A;  2QI7 A;  4Y4E A;  5P8A A;  5DQ4 A;  4J5J A;  3VCM A;  3R0W A;  1B6L A;  5P7Z A;  3PCZ A;  1ZLF A;  3TKG A;  5P6U A;  5P0K A;  5OZ5 A;  5P6E A;  4KE1 A;  1SIV A;  3U7S A;  1OEX A;  4L1A A;  1XL2 A;  3NU4 A;  4Y57 A;  5HU1 A;  4J1C A;  1PFZ A;  5JOD A;  2AZB A;  3EM4 A;  4YA8 A;  5BS4 A;  6UPJ A;  5P0Q A;  3EKQ A;  5P4G A;  5JFU A;  2QMF A;  1AAQ A;  1MRW A;  3K4V A;  5KAO A;  5P3V A;  3PBD A;  2WEB A;  5CLM A;  5P63 A;  1BV7 A;  2JE4 A;  4OBH A;  3SAA A;  4H3G A;  5P4Y A;  4DV9 A;  4GMI A;  5P0W A;  2G20 A;  1BIM A;  3R4B A;  3Q5H A;  3NLS A;  2XFI A;  5P1V A;  4X2L A;  2G69 A;  2PSG A;  5TOL A;  4B05 A;  2FGU A;  3QRO A;  4NPT A;  2AVM A;  2ZJM A;  1C6X A;  2QMD A;  4YD3 A;  3LZV A;  4QJ9 A;  1TZS A;  1SIP A;  5P3G A;  5JFP A;  5P8E A;  2IEN A;  1XE5 A;  3NUO A;  2RSP A;  5P10 A;  3INE A;  2V10 C;  4Y3L A;  3EKV A;  2QZL A;  1FIV A;  1C70 A;  5HE5 A;  1FLH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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