3MWSA

Crystal structure of group n hiv-1 protease
Total Genus 22
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
22
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPVITVKIGKEVREALLDTGADDTVIEEIQLEGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDNVTIDIQGRKAVGTVLVGPTPVNIIGRNFLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title Autocatalytic maturation, physical/chemical properties, and crystal structure of group N HIV-1 protease: relevance to drug resistance.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 22
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2010-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3mwsA00
3G70A 5P1TA 4TRWA 1XDHA 4D8CA 3OGPA 5P0YA 5P06A 1BDLA 4YOAA 1BVGA 5P0OA 4Y4BA 4ER2E 4Y3ZA 2HAHA 4DQBA 1K2BA 5JG1A 5P1KA 2QI4A 2WKZA 1TW7A 3O9EA 5P13A 3I8WA 1YTGA 4YD4A 3UDQA 3HVPA 5SZ9A 1SGUA 2QZLA 3KDDA 4EHCA 3EL4A 3WZ6A 2XFIA 4LL3A 4GJAA 3CKTA 2QI6A 1Z8CA 3R2FA 3NXNA 5P6JA 1XE5A 5P4CA 1IDAA 5P69A 4OBJA 3TPJA 1WBMA 4Y43A 2AOGA 5P3LA 3KM4A 1META 3JVWA 2ZHTA 3B7VA 3SFCA 4I0IA 5P3EA 4Y4WA 5BRYA 5OZ1A 4YBIA 5COPA 3EKQA 1A9MA 3INHA 5P8GA 1W5VA 1GNMA 5P27A 2B7ZA 5P5LA 3NDWA 3D1YA 3H5BA 1YG9A 5IVTA 5F01A 3KA2A 1DMPA 1G6LA 3O9HA 4AUCA 5HVPA 3EKYA 2AVSA 5P6AA 2HM1A 2Z4OA 1E82E 2Q54A 2AVOA 5OZLA 3O9FA 5JFUA 3CMSA 2I4XA 3SA9A 2J9JB 5P2DA 1AXAA 2OAHA 4Y45A 3OU3A 3LPKA 4D83A 5HE5A 5P6PA 1SDUA 5P34A 2JJJA 1IIQA 2AZ9A 3ZOVA 4DV9A 2OHNA 2QU3A 5ENMA 3NLSA 3SKFA 5OYQA 5OZFA 1HIHA 4ZSRA 2QK5A 1K6TA 4FE6A 2V0ZC 5OZBA 1ZJ7A 5P1DA 2O4PA 4N00A 4RYGA 4Y3GA 3BHEA 5KQFA 3T11A 3PVKA 2G1NA 5OZQA 3BUHA 5P4AA 1W5WA 4Y5KA 5P0IA 3OY4A 5P07A 5P0HA 3UDNA 1G35A 3PI5A 1BXQA 3Q70A 3IGBA 2NNPA 1A8KA 4JPEA 5P6VA 2B42A 1YTJA 2SAMA 1T6GA 4DFGA 2V13A 3PWMA 2V11C 3K1WA 1BXOA 3T7XA 3OUBA 5P8OA 5P2QA 4OBZA 3TPLA 4OBZB 5E5KA 2VIYA 2F8GA 3OUDA 1LS5A 3OUDB 4J5JA 2ZJNA 4Y5LA 2QMDA 4YDFA 1GVUA 3TOHA 2WECA 4Y3MA 2ZDZA 5P0UA 1Z1HA 1DP5A 3LHGA 3B80A 5AH6A 2WF1A 3IA9A 3QPJA 5P6LA 2NXLA 1FIVA 5P6TA 5P8KA 2A4FA 5P3OA 2G1RA 2IRZA 1HRNA 4YA8A 5P0KA 2FS4A 3EKXA 1PFZA 1SGZA 2AOCA 4J54A 5P5XA 5P7QA 2FIVA 4JECA 5P4OA 1MSNA 2VKMA 5P5BA 2R8NA 3UTLA 1DPJA 5P1QA 3Q6YA 4ZPGA 1PPLE 1EPPE 1QBSA 5I70A 5OZ3A 3OUAA 5P0BA 3K5CA 4A4QA 2NNKA 3D91A 4B05A 1MUIA 2ZHVA 4EPJA 1EBWA 2PYNA 5P2SA 1EBKC 5P1YA 1E81E 4F75A 5P3UA 1OD1A 5P8DA 1IZEA 1RV7A 4R91A 4Y3SA 2IDWA 2RMPA 3I25A 3PSYA 1NH0A 2Q64A 3R4BA 2G69A 3URIA 5IE1A 5P4JA 3O9GA 4EP3A 5OZDA 5P3IA 5P3ZA 4Y57A 5P72A 1AJXA 5P56A 2QHCA 4Y48A 3VSXA 5DQ5A 1M43A 1AJVA 1FEJC 2ZHSA 2HC0A 1SIVA 5P6HA 5P7NA 3OQKA 2VNMA 3R0WA 2ZJHA 3T7QA 5KQXA 5P78A 5P3AA 2V12C 5P11A 1W6IA 5TOLA 4QJ6A 4Y3AA 5P54A 1UH9A 5P28A 3NYGA 3PEPA 3HVGA 3UDYA 4Y4ZA 2UXZA 4Y4UA 2FNSA 5P4PA 4Y3YA 3IXOA 2NMYA 3S8IA 2PC0A 4GB2A 4Y44A 4ZSQA 2I1AA 3NU4A 5OZTA 4BFDA 4YD5A 5P4FA 5CLMA 5P52A 4I0DA 2R43A 4Y5MA 2ZJKA 5P2NA 5P2IA 4Y3PA 3HW1A 3NU3A 5DR3A 3AIDA 3DJKA 4Y53A 1FFFC 4YD6A 5J25A 2APRA 1NPWA 5P04A 2WEBA 2OHUA 4CPRA 1MT9A 3APPA 5OZWA 2WJOA 4Y5NA 5HCTA 1W51A 5P0CA 2QZKA 5P87A 3MWSA 5P1VA 2WF4A 1EPQE 1D4LA 5P7IA 1BWAA 5P7WA 2P83A 3OU1A 2OF0A 5P5FA 5P5YA 1ZAPA 5OZNA 1FMBA 3PM4A 1TZSA 2FGVA 5P2HA 3OWNA 3ZMGA 3DUYA 4Y51A 3OQAA 4Y5EA 4AZYA 5P6QA 5P3GA 1BIMA 2ZJIA 3EL1A 4J1FA 3O99A 3HD8A 3MSLA 3OXWA 4CPSA 4Q1NA 4GYEA 4K8SA 4I8ZA 1GVVA 2RENA 3UQRA 5P00A 5P4BA 1RQ9A 2PSUA 1DIFA 4X7IA 4BELA 1SBGA 3TH9A 1FQXA 4Y4XA 4DJYA 4FAFA 1EPOE 5PEPA 1SH9A 1BV9A 1EBZA 5P0SA 4EWOA 2V00A 4Y36A 1U8GA 3FX5A 3L5FA 5P6SA 3QVCA 5P7RA 3CKRA 5P20A 2BPYA 3ZKNA 4Z2ZA 5P1GA 3UPJA 2PSGA 1SMEA 3BUGA 1T7KA 1FMUA 3GI4A 2ER7E 2IGYA 4CPWA 4Y3WA 2UY0A 4I12A 1LF3A 5P3HA 1Z1RA 3PJ6A 4GIDA 4YDGA 5P83A 1BBSA 3LINA 5P30A 1D4KA 4J0YA 2CENA 1FQ5A 5P66A 5P7OA 4B1DA 4GJ6A 4Y4AA 2NXDA 1M0BA 1EPRE 2I0AA 4FSLA 1EC1A 3VFBA 4KUPA 3QRMA 4TRZA 5HDVA 3N3IA 1MESA 3ZPTA 5P5KA 5P5ZA 1GVTA 2BKSA 4K4PA 3KFRA 2V10C 4YCKA 4RCEA 3GGVA 5P4YA 5C9DA 1K6VA 4Z4XA 1EC3A 5P4IA 5P74A 5OZ4A 5P1HA 2G22A 3GGAA 4YCTA 4CP7A 1VIJA 1FQ8A 4R92A 1HBVA 4MC9A 5P6YA 2VIZA 4ZSMA 1B6MA 4DJUA 1TSQA 1EEDP 3T7PA 1NSOA 4L7JA 4Y4DA 5HDZA 5P3MA 3EBZA 3LIZA 4RRNA 2QD6A 3IN4A 2F80A 2AODA 3KDCA 2AVVA 3VF5A 4IVSA 4X2LA 3GGUA 1GNNA 2NR6A 5P0TA 2ZJJA 4QJ9A 1ZTZA 5T4SA 3RVIA 4FL8A 3I6OA 5P63A 5ISJA 5OYUA 4MC6A 3UDPA 4GMIA 3N4LA 5P41A 4HDFA 5P2CA 4TVGA 2I4QA 4Q5MA 4RLDA 2O40A 5P3VA 5P2OA 5UPJA 3DV1A 5P3YA 4FRKA 1LF2A 2WF3A 5P79A 5DQ2A 1HVRA 4LC7A 5P5AA 5P7ZA 4J55A 3UDRA 4LBTA 5P5WA 5HTZA 5P2XA 3DM6A 2XYEA 1KJHA 1ODXA 2R38A 5P0QA 5FIVA 5OZKA 2G27A 5P3JA 2QI7A 3ZKGA 2OHQA 1BILA 4S1GA 4GJ5A 2BQVA 3O9DA 1SP5A 4F73A 3L5BA 2AVQA 5P0XA 1MPPA 2QHYA 1LF4A 2HS1A 3VEUA 5P7FA 5E5JA 3CICA 4FM7A 5P39A 4B0QA 3INDA 2IL2A 2P3BA 4ACXA 1IVQA 5EZXA 3QN8A 4ZE6A 3SM1A 5P4DA 4NJTA 5F00A 5P3KA 1XL2A 3QS1A 5DR1A 2HPFA 2AZ8A 1W5YA 2B60A 3GGXA 5OYYA 4F76A 4J17A 1HTRB 1HVLA 3INEA 5P0PA 5P0AA 4MC2A 3VFAA 2JYSA 5P6DA 1SIPA 5P42A 1UH7A 2R3TA 2Q55A 5P0WA 3G72A 5COKA 4OBDA 5AHCA 4JP9A 5P6KA 3EKWA 1AZ5A 3AUPA 3BGCA 3R0YA 4ZPEA 5P22A 5IVSA 2ZHRA 4FRIA 3OHHA 2H6TA 1C6ZA 2FNTA 4OBGA 3URJA 3BVAA 5P7BA 2G1YA 5P7HA 2PH6A 5EZZA 2FDDA 1CPIA 4L1AA 2FDEA 4L1AB 5OZMA 3FIVA 3H0BA 5P2YA 5P82A 5P02A 2BKTA 3D1XA 5P55A 4Q1WA 5P4XA 3LIXA 1RL8A 1BV7A 1LZQA 4FM6A 2I4WA 5P0VA 5P0DA 1T3RA 2FXDA 5P5OA 1F34A 5KR1A 4RZ1A 1J71A 4YHQA 5P6WA 2I4DA 1GVXA 5AHBA 5OZ9A 4KE0A 1DW6C 4D88A 5P65A 2PK6A 2RKFA 4Z22A 2AOEA 2PWRA 2OHPA 3HAUA 5P8RA 2OHKA 4OBKA 4A6BA 1HOSA 5P1ZA 3BVBA 3F9QA 4EQ0A 2AOFA 1FG6C 3QVIA 2NMZA 4Y3RA 2QI5A 5P35A 1MTBA 4D85A 3L5DA 4Y3EA 3TL9A 4HE9A 1QS8A 1C70A 3T6IA 5OYXA 3UFLA 1HPXA 1AIDA 3EC0A 5P8NA 4Y3FA 5P6MA 4CPUA 4CPXA 2Q15A 5P77A 4DQCA 4Y9WA 2O4LA 1KZKA 3NUJA 5ISKA 5P2FA 1MT8A 5SY2A 1K2CA 3UQXA 4XXSA 3RSXA 2F3FA 3KMXA 4J1EA 1HTFA 1EPNE 2P4JA 5DGUA 2OHMA 3PLLA 5P25A 1T7JA 4DH6A 1FFIC 1K1UA 1HSGA 1M4HA 4K4RA 5KQYA 1HPOA 5P18A 1E80E 5P5NA 3ZLQA 2B7FA 3GW5A 5P6FA 1XN2A 5P01A 1KJ7A 2OHRA 5P8SA 5P70A 4U8WA 2UPJA 4Q1YA 7HVPA 2AZBA 1PPME 1B6JA 4RVIA 1T7IA 3PB5A 1MVPA 3NXEA 3OQ7A 5P7JA 3SA7A 3L5CA 1IZIA 3ZKMA 6UPJA 2WEZA 4LHHA 2FLEA 5P1JA 5P73A 5P1XA 4CPTA 5JFPA 3S2OA 1E5OE 3SA5A 3K4VC 4FM8A 4I11A 3KMYA 1QBUA 2QNQA 3DOXA 2AOIA 1MSMA 4CMSA 3NR6A 1HHPA 3NWQA 4QJ2A 4J0PA 2QZXA 5P3XA 4Y5CA 3APRE 1NPAA 5OZ7A 5P7PA 1YTIA 3LITA 5OZ5A 3VG1A 5P7YA 2HB4A 3LNKA 2WF2A 3ER5E 5KR2A 3IXJA 4PHVA 4R8YA 4Y5AA 4ER1E 4I0JA 4J1HA 4COEA 5AH7A 3PLDA 2EWYA 4Y5GA 5P5QA 3EM3A 4Y58A 2HB3A 3ER3E 4A6CA 4BFBA 1LEEA 4HZTA 1LYWA 5P6UA 3QP0A 1LYWB 2FXEA 3LZUA 1SMRA 2O4NA 5OYWA 3WZ7A 2QMPA 1KJGA 4GJ7A 5OZSA 5P80A 4B70A 4DQHA 1EAGA 3M9FA 4RRSA 3G6ZA 2PH8A 2PSVA 4EJ8A 4NJUA 2ER6E 3SA3A 2P3CA 5P4KA 3KDBA 3PGIA 3D20A 2I4UA 1ZPKA 5P60A 2O4KA 5OZXA 5P40A 3EKVA 3L3AA 4JPCA 4EJDA 3IVIA 5OZIA 5P5CA 1WKRA 3KFSA 5P09A 1TQFA 5P4NA 3KN0A 5OZJA 2VJ9A 3FNSA 1HSHA 5P5DA 3OOTA 5BWYA 4NKKA 6FIVA 3BGBA 4KE1A 5P2EA 5KR0A 2Q5KA 5OYVA 2B8VA 3D3TA 3R1GB 5P4HA 1D4SA 5P5RA 5P75A 1IVPA 2JXRA 4EYRA 1APTE 2RSPA 5P2LA 3ZKXA 1ZPAA 3PSUA 3EM4A 3S45A 4EXGA 5P12A 3NUOA 3SO9A 3QAAA 4K9HA 4Y47A 4RGHA 5HCOA 5HE4A 2WEAA 1D4JA 3QBFA 4ZIPA 5P1RA 1FMXA 5P05A 5P59A 1TSUA 1W6HA 5P1BA 3VF7A 2AZCA 2V16C 3OU1B 4ZLSA 4Y38A 2G1SA 2JJIA 5KQZA 1HEFE 5P2JA 3OQDA 2NPHA 5P49A 5AH8A 2IS0A 4EP2A 5P17A 3ZPUA 5P67A 3UDHA 5SY3A 1BDRA 4Y5BA 2Q11A 1XL5A 2HIZA 2VNNA 4DQGA 2ZYEA 3S85A 4HDPA 1ZBGA 3CYWA 5P57A 5DQ1A 4DJXA 5P2ZA 5P4EA 4YCYA 3U6AA 5ENKA 1MEUA 4I0FA 5IVRA 5SXNA 4PPHA 1MERA 4Y3LA 5P44A 3KYRA 1OEWA 4YD7A 3ZKQA 1HIIA 1EPME 5OZYA 1KJFA 3QIHA 4U7VA 3LPIA 2B8LA 3KT2A 2BPVA 2H6SA 4Y3JA 5AH9A 1HXWA 4Y3QA 1HXBA 1HVSA 1RNEA 5P2BA 1FGCC 1B6PA 3PBZA 2NTRA 5P0GA 3NU9A 2G26A 2ZHUA 3TTPA 5P8TA 1ENTE 2ASIA 2P3AA 4J1KA 5P3NA 3ZKSA 4HLAA 3O9LA 5HDXA 4EJLA 1IBQA 3KF0A 3DCKA 1FQ6A 2FDPA 3U7SA 1DAZC 4FS4A 5P26A 5C9BA 5DR0A 5P2WA 3SKGA 1IDBA 3RTHA 2WF0A 3O9IA 3LZYA 1HTGA 5P4VA 1QDMA 5P71A 5OZ2A 2R9BA 5P3FA 3PCZA 3QI1A 5I3XA 2AQUA 1YM4A 3VYDA 2FGUA 3T3CA 5ER2E 3SA4A 5P6CA 5APRE 3OADA 2HPEA 3OADB 5P81A 3UFNA 5P1EA 4BEKA 4Y39A 4HA5A 4B1CA 4I0HA 4FRJA 5P4QA 4Y3NA 5P3PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3G70 A;  5P1T A;  4TRW A;  1XDH A;  4D8C A;  3OGP A;  5P0Y A;  5P06 A;  1BDL A;  4YOA A;  1BVG A;  5P0O A;  4Y4B A;  4ER2 E;  4Y3Z A;  2HAH A;  4DQB A;  1K2B A;  5JG1 A;  5P1K A;  2QI4 A;  2WKZ A;  1TW7 A;  3O9E A;  5P13 A;  3I8W A;  1YTG A;  4YD4 A;  3UDQ A;  3HVP A;  5SZ9 A;  1SGU A;  2QZL A;  3KDD A;  4EHC A;  3EL4 A;  3WZ6 A;  2XFI A;  4LL3 A;  4GJA A;  3CKT A;  2QI6 A;  1Z8C A;  3R2F A;  3NXN A;  5P6J A;  1XE5 A;  5P4C A;  1IDA A;  5P69 A;  4OBJ A;  3TPJ A;  1WBM A;  4Y43 A;  2AOG A;  5P3L A;  3KM4 A;  1MET A;  3JVW A;  2ZHT A;  3B7V A;  3SFC A;  4I0I A;  5P3E A;  4Y4W A;  5BRY A;  5OZ1 A;  4YBI A;  5COP A;  3EKQ A;  1A9M A;  3INH A;  5P8G A;  1W5V A;  1GNM A;  5P27 A;  2B7Z A;  5P5L A;  3NDW A;  3D1Y A;  3H5B A;  1YG9 A;  5IVT A;  5F01 A;  3KA2 A;  1DMP A;  1G6L A;  3O9H A;  4AUC A;  5HVP A;  3EKY A;  2AVS A;  5P6A A;  2HM1 A;  2Z4O A;  1E82 E;  2Q54 A;  2AVO A;  5OZL A;  3O9F A;  5JFU A;  3CMS A;  2I4X A;  3SA9 A;  2J9J B;  5P2D A;  1AXA A;  2OAH A;  4Y45 A;  3OU3 A;  3LPK A;  4D83 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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