3MXDA

Crystal structure of hiv-1 protease inhibitor kc53 in complex with wild-type protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-Based Design, Synthesis, and Structure-Activity Relationship Studies of HIV-1 Protease Inhibitors Incorporating Phenyloxazolidinones.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
molecule keywords HIV-1 protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3mxdA00
5P5YA 3CIDA 4ZSRA 3A2OA 3D91A 3KA2A 2V0ZC 5KOQA 1XN3A 2PWRA 2VA7A 4YBFA 3O9DA 4J0VA 5F01A 1B6MA 5P13A 5T4SA 3NU4A 5OYZA 4Y45A 1FFIC 2NPHA 3EMYA 3HDKA 4RYCA 1W5VA 1TSQA 5P1QA 4OBZB 1EC2A 1M43A 2IKOA 4EHCA 2BPYA 1EPOE 2HB2A 5P4FA 5P0XA 1MIQA 3OGPA 5P3WA 4Y56A 1HPXA 2JJIA 4YD7A 1HHPA 5SY2A 3OHFA 3QAAA 3S2OA 1D4SA 2V10C 5P29A 4OBHA 2PH8A 2QI7A 4ZEAA 2QZWA 3OOTA 2O4NA 2VIEA 5P53A 1OEWA 2VS2A 4YD5A 5P5AA 3GGVA 5KOSA 5E5JA 5P5XA 2Q54A 5OZ7A 5P8RA 3OOZA 2Z4OA 1FMXA 5P49A 2QNNA 1G0VA 4A6BA 4EPJA 2UXZA 4XKXA 4Y5BA 3IGBA 2WEZA 5KQYA 2I4UA 4R92A 5BRYA 2O4PA 1APWE 1BAIA 5P3DA 5P2WA 1IDAA 2QCIA 4DQFA 5P7NA 5P6BA 4HDBA 5P6MA 5P6EA 4OBDA 5P5PA 5P1WA 3MSKA 5P6YA 4HLAA 5P5RA 3TOHA 3LIVA 3CIBA 1SGZA 1MRXA 4CMSA 6APRE 2A4FA 3OY4A 5P0CA 3L38A 5KQFA 4LL3A 4TRYA 1FG6C 3MWSA 2O4LA 2G27A 3APPA 5P7ZA 5P1MA 4CP7A 1PROA 3QIHA 3OAGA 1YT9A 5JG1A 4D8CA 2ASIA 5OZPA 4LXMA 5DQ5A 4E43A 3SKFA 2PC0A 4QLHA 2WEDA 1KJFA 1EBZA 3FIVA 2BPXA 5P2EA 5P5LA 1HEGE 5P2LA 2FDDA 3EC0A 3VV6A 2OHUA 5P61A 3R0WA 3IN3A 2AVVA 4ZPFA 2B60A 1F34A 3ZPSA 4Y3SA 1D4YA 1SH9A 5P3EA 2QZLA 5P11A 1A9MA 2AOIA 4Y5NA 3QVIA 4FRIA 2QNPA 3FV3A 3HD8A 4KB9A 5ISKA 5DR7A 3PSGA 1TZSA 2J9JB 1QBRA 5P5IA 5P27A 2EWYA 1ZPAA 3SA4A 3KF0A 4PHVA 3F9QA 3O9GA 5P2SA 3VCMA 5OZWA 5P3FA 2BPZA 3KM4A 4EJ8A 2BJUA 3IA9A 3OADB 1IBQA 4DPFA 1HVKA 3N4LA 5OZNA 2SAMA 1IVPA 5OZQA 1DIFA 2QI5A 1FFFC 3INFA 2R8NA 1UH8A 4L7HA 2FXDA 1MTRA 1HVLA 4GJDA 3PJ6A 1HTGA 4GJ9A 2QMDA 4OBGA 1EBWA 4F73A 3OUAA 4B1CA 4FRKA 6FIVA 5P5EA 1LZQA 4YHQA 4S1GA 5P6DA 4R8YA 3D20A 3ZKXA 2APRA 4YA8A 4D89A 4RVXA 3O9BA 4ZSMA 1YM2A 5P14A 3OU1A 1NH0A 4L6BA 2G21A 1AIDA 5P1BA 4ACUA 4J17A 5HDXA 5P3TA 5APRE 2P3AA 4FL8A 1QS8A 3BHEA 1W6IA 3O99A 5P8FA 5P0HA 4YOBA 3OUDB 3PHVA 5OZJA 2ER9E 1LF2A 4WY1A 5DGUA 4QGIA 3EKPA 5P3AA 5OZVA 3O9IA 1PFZA 4EXGA 2I1AA 3IXJA 4DQHA 5P7CA 4EJKA 3ZKGA 1K1TA 3LPJA 5P4SA 2B8LA 1ZP8A 4ER1E 3QN8A 4LXKA 5P0QA 3C9XA 1FIVA 5P5WA 3PMYA 3GI4A 2BKSA 5P4CA 3SQFA 1B6KA 1ZBGA 4QJ7A 5P58A 5P7KA 3K4VA 3OU4A 2OHNA 5P51A 1MSNA 4Y57A 2WECA 5P2NA 3EM4A 1RV7A 1N49A 2PK6A 5P33A 5P7MA 5C9FA 5P6AA 2ZHSA 1KZKA 1Z8CA 2QZXA 5P15A 5P0UA 5P32A 4L1AB 1MPPA 1TCWA 2B42A 3AUPA 5P1EA 1M4HA 3L5EA 2V00A 3L5DA 1A8GA 2HC0A 3H5BA 5KR0A 4LHHA 5P7OA 1K1UA 1LV1A 4Y38A 3OWNA 3PLDA 3SM2A 2FLEA 3INEA 3K4VC 3T11A 2WF3A 1SDTA 5HCTA 3VYDA 3HW1A 4OD9A 5P7JA 3SA9A 4YOAA 5P1AA 5P71A 5COOA 5P1SA 1OHRA 3EXOA 3TOGA 2PK5A 1NSOA 1ZLFA 4Y5LA 3KYRA 4I12A 1TSUA 2BBBA 1HVHA 4YD6A 1W5WA 2HB4A 5P76A 2RKGA 4Y3DA 3O9LB 5P6LA 1LYWB 4K4QA 4R5NA 1IZHA 2AZBA 1K6VA 4RCEA 1IVQA 5P6WA 5P01A 3CKTA 2QK5A 4K4PA 4ZPGA 3VYEA 5P24A 5P65A 5P7GA 5P7UA 3DJKA 3QS1A 1BBSA 4HDPA 5COKA 1ENTE 4Y5EA 4RZ1A 5P7VA 4Y41A 4I11A 5COPA 1ER8E 3TPJA 5DR1A 4K8SA 4Y50A 3NLSA 5P4VA 3EKVA 5P6ZA 7HVPA 1HTEA 4K9HA 1LEEA 3IVHA 2CENA 3KFRA 5P64A 4OBFA 2WEAA 1HSGA 5P1NA 1FF0C 4J0ZA 2IRZA 4LAPA 4GIDA 3LZSA 4H3GA 3TPRA 5P2FA 2WF2A 5OZ3A 3K5GA 2G20A 3L3AA 1EPNE 1HIIA 1K6CA 5P00A 1RPIA 5P41A 4Y3PA 2AODA 4QJ8A 2R9BA 2AZCA 2QI4A 3MSJA 4NJSA 1BDLA 4Y53A 4H3IA 5P72A 4B72A 2IKUA 5P2JA 5P0MA 2ZDZA 2F8GA 4Y4JA 5P5HA 1VIKA 4J0TA 1C6YA 2ER7E 4KE1A 5P20A 3GI6A 5P66A 5P7AA 5P56A 5OYYA 3CYWA 3IVIA 3UFLA 3ZKMA 4FLGA 4OBJA 5B18A 5AH6A 2OHLA 4Y3TA 1LYBA 2B7FA 2AZ9A 1GVVA 3VFAA 1FMBA 1MVPA 1PSOE 2NNKA 5P1OA 3UDKA 2VJ6A 1UH9A 3S43B 1LF4A 3NU6A 3PLLA 5P26A 5P36A 5P5FA 1BIMA 5P5MA 2A1EA 5P0EA 4DFGA 1BV9A 3TOFA 3LIZA 5DQ2A 4RRNA 4F75A 1HEFE 3QRSA 5P7RA 5OZ4A 1LYAB 3QP0A 2PMAA 2OF0A 1B6PA 5OZSA 5P54A 3T7PA 2AOEA 1HTRB 1HIHA 3LHGA 2AOHA 5P0RA 2ZGAA 4Y6MA 1HBVA 4EWOA 5JODA 5P31A 5P7QA 1PSAA 5OZUA 1D4LA 2FGUA 3KDCA 1FQ4A 4DH6A 5HE5A 2F80A 5P3SA 4I0EA 3DV5A 4GMIA 2RSPA 5P2MA 3ZPUA 3LZVA 3OXXA 4I0DA 5P86A 5P6JA 5HTZA 5P3XA 3I8WA 1YTHA 1TW7A 5AHBA 2NTRA 2MIPA 5P4DA 3OUCA 2AQUA 1C70A 3ZLQA 1FQ5A 1A8KA 5P2AA 5OZOA 1M0BA 4JECA 2G24A 4PZXA 3D1YA 1HVIA 5P1YA 3NDTA 5P0KA 5P2OA 5AH9A 4OC6B 5P12A 2IDWA 3GW5A 5FIVA 2OHMA 3KDBA 3D1XA 3DCKA 1W6HA 1GNNA 5DR3A 5P4LA 2HIZA 1C6ZA 3LIXA 3FNTA 4APRE 3UHLA 3NWXA 4J55A 1SMEA 3QI1A 5OZLA 4I0IA 3NDWA 5OYRA 3MSLA 5BS4A 4GJAA 5DPZA 5OZTA 1U8GA 3WB4A 5P42A 3UDYA 3UQWA 4Y4EA 2QU2A 3LIYA 4B1DA 4ZE6A 4BEKA 1FGCC 5OYQA 3FKTA 5P30A 4XX4A 2NNPA 3PCZA 1IDBA 4FM6A 1YTJA 1DAZC 2HB3A 5P1DA 3CYXA 2WF0A 3KFSA 5ENMA 3UQRA 5P73A 4J1EA 2NXLA 4DJXA 4PEPA 4Y5CA 5F00A 1IIQA 3Q3TA 1DMPA 4LXAA 1APVE 2XYFA 1TCXA 3NUJA 5P0JA 4DVFA 4CPQA 3EM3A 5P1RA 2I0AA 4B70A 4EXHA 1AJVA 1FQ6A 3GGAA 4YE3A 5P3VA 5P1GA 3OK9A 1XS7D 5P6SA 4OBZA 3BGCA 1AM5A 3ZPTA 1YTIA 5P04A 2V11C 1HSIA 5P3HA 1NPWA 4BFBA 1LS5A 2PSUA 3NU9A 1EPME 5DQ1A 3H0BA 5OZDA 5P3BA 2G22A 2P4JA 4B0QA 3RSXA 1ZSFA 1ZJ7A 4RVIA 1EBYA 1BVGA 1XE5A 2HPEA 2PSGA 1YX9A 5P78A 2HAHA 4Y47A 4M8XA 3BC4A 2B7ZA 3SO9A 3DUYA 3L5BA 1ODWA 5OZ9A 4I10A 1RNEA 1MESA 5P1HA 1RL8A 1ZSRA 1K6TA 3APRE 3LITA 3WZ7A 1WKRA 4U7VA 2NMZA 5P57A 2IL2A 3B7VA 3PSUA 3SKGA 2QD7A 4A4QA 3GGUA 3EBZA 5P4WA 1QBTA 4Y3ZA 1E80E 3INDA 1ODXA 2ZHRA 5P8GA 2G94A 3I7EA 3KFPA 3PB5A 1OEXA 5P70A 1HVCA 5CONA 4ZLSA 3UDNA 1ODYA 4YD4A 2G69A 3URJA 5AHCA 4ACXA 1FKNA 3VLBA 4Y39A 4CPTA 2ER6E 1EPLE 4Y3XA 4NJUA 2AIDA 5P8DA 3OQDA 5HE4A 1HRNA 5P0DA 4Y4TA 4Z22A 5OZ2A 1T7JA 1HPVA 4B05A 1SDUA 5P1ZA 1D4JA 2R5PA 3VLAA 3URLA 8HVPA 1T7IA 4F76A 4GJ8A 4Y44A 4Y3FA 2I4VA 1UPJA 4TRZA 5P0SA 4Y4ZA 2QP8A 2NR6A 3BRAA 3TTPA 1BV7A 4U7QA 5P02A 4X2LA 5P16A 2J9JA 5P4PA 5SXNA 5P4QA 3S45A 5I3VA 5P6GA 3ZKIA 4Y3LA 2PYNA 2FDEA 5IVSA 5P4HA 4Y3MA 4IVSA 3TLHA 4J1FA 2G26A 3UQXA 4Y3EA 3OU3A 5P88A 1BXOA 3OADA 2BB9A 2VJ7A 1MT9A 2FDPA 1HSHA 4NJVA 3NXEA 3LPIA 2O4KA 3SFCA 3VUCA 2CEMA 3NDUA 4XX3A 1MEUA 3TPPA 5P8LA 3OXWA 1E5OE 4FAEA 2J9KA 2QNQA 4LP9A 2ZJKA 3PM4A 5P6IA 3NWQA 4NKKA 5P8BA 3BXSA 2VNMA 5P6RA 2IENA 1G2KA 4RRSA 2Q15A 4R93A 3T7XA 4MC2A 5P3PA 5P0WA 5P7DA 2VA5A 2I4WA 5EZZA 4YBIA 3SA5A 3HAWA 1ZAPA 2OHTA 3FSMA 3QBHA 1NPVA 3OUDA 4EJLA 5P7SA 2FNTA 2JE4A 4Z50A 1W51A 2UY0A 3L59A 5P5BA 1XL5A 3IXKA 3CKRA 4RROA 3BUHA 5OZHA 3OTYA 3T7QA 4TVGA 3UPJA 3OTSA 3EL1A 1VIJA 5P37A 3IXOA 5P59A 1E81E 3EL0A 2PYMA 5P0FA 4I0ZA 4QJ2A 1BWBA 2V16C 2QI3A 2QZKA 5P4GA 3RSVA 2VIYA 5P0TA 6UPJA 1GKTA 3QRVA 4J5JA 5DGWA 4L1AA 2O4SA 5DQ4A 1KJ4A 4GJ5A 5P6FA 1AZ5A 3KMXA 1QDMA 2AVOA 2FIVA 1B5FB 2R5QA 3TL9A 3S7LA 2UPJA 3LNKA 5P5KA 5P74A 5P2QA 5OZ1A 4GJ7A 4EQ0A 5P3KA 1ZTZA 4CKUA 1BDQA 3VYFA 1HVJA 4CPSA 2AOGA 1HVSA 2AVQA 5P4KA 1FQ8A 1GVWA 2BPWA 3DCRA 1XN2A 5P1JA 3LINA 3HBOA 3KT2A 4QJ6A 2ER0E 5P7YA 1BDRA 5P18A 4OBKA 2OHSA 3K5DA 3O9LA 1AJXA 1LYWA 1APTE 4Y3NA 4I8WA 4TRWA 1XE6A 3GI0A 4J1KA 4I0HA 3ER3E 5C9BA 1ZPKA 3S56A 4L7JA 2Q64A 2QU3A 3NXNA 2AVMA 5P5VA 5E5KA 5P50A 5P80A 3KFNA 1SP5A 5P22A 5P6HA 4HA5A 5P0GA 3PI0A 4DJWA 3GI5A 2IQGA 3ZKNA 5P69A 5P67A 3S53A 2ZJLA 5P2CA 3NYGA 3VFBA 3KN0A 5P87A 4UPJA 2P3DA 4Y43A 5P2BA 2Q55A 2V12C 2QD8A 3ECGA 5P5DA 4J1CA 1EPRE 4EQJA 4PYVA 5P81A 5IVTA 1KJGA 1MTBA 3EL4A 2HS2A 4H3FA 2IGXA 5P7IA 3OXCA 2ZHTA 5P47A 4Y4GA 3OUBA 3TKGA 2NXMA 3EL9A 1EBKC 1XDHA 4B1EA 3T3CA 2ZHUA 5P3JA 1MT8A 1A30A 5P7FA 4FCOA 4AA8A 5P8EA 1IZIA 5P3LA 5P4YA 3DV1A 5P79A 4CPRA 3KDDA 3HZCA 3O9CA 4EJDA 4HDFA 4B77A 2H6TA 5P8IA 4FGXA 4EP3A 5P3MA 1SBGA 1HPSA 4IVTA 2P3BB 4MC1A 1EC0A 3S43A 3Q70A 3SA6A 1EC1A 4Y3AA 3WZ8A 4MC9A 5CLMA 3UTLA 5P2KA 2FXEA 2G1SA 5P8VA 3PVKA 1EEDP 4KE0A 5P2GA 4K4RA 3DOXA 3Q6YA 4Q1YA 4Y4AA 2AOCA 1LYAA 2BQVA 1YTGA 5KQZA 3L58A 5P6CA 2AVSA 4DPIA 3ER5E 2PSVA 4DJOA 5P6UA 5P6PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5Y A;  3CID A;  4ZSR A;  3A2O A;  3D91 A;  3KA2 A;  2V0Z C;  5KOQ A;  1XN3 A;  2PWR A;  2VA7 A;  4YBF A;  3O9D A;  4J0V A;  5F01 A;  1B6M A;  5P13 A;  5T4S A;  3NU4 A;  5OYZ A;  4Y45 A;  1FFI C;  2NPH A;  3EMY A;  3HDK A;  4RYC A;  1W5V A;  1TSQ A;  5P1Q A;  4OBZ B;  1EC2 A;  1M43 A;  2IKO A;  4EHC A;  2BPY A;  1EPO E;  2HB2 A;  5P4F A;  5P0X A;  1MIQ A;  3OGP A;  5P3W A;  4Y56 A;  1HPX A;  2JJI A;  4YD7 A;  1HHP A;  5SY2 A;  3OHF A;  3QAA A;  3S2O A;  1D4S A;  2V10 C;  5P29 A;  4OBH A;  2PH8 A;  2QI7 A;  4ZEA A;  2QZW A;  3OOT A;  2O4N A;  2VIE A;  5P53 A;  1OEW A;  2VS2 A;  4YD5 A;  5P5A A;  3GGV A;  5KOS A;  5E5J A;  5P5X A;  2Q54 A;  5OZ7 A;  5P8R A;  3OOZ A;  2Z4O A;  1FMX A;  5P49 A;  2QNN A;  1G0V A;  4A6B A;  4EPJ A;  2UXZ A;  4XKX A;  4Y5B A;  3IGB A;  2WEZ A;  5KQY A;  2I4U A;  4R92 A;  5BRY A;  2O4P A;  1APW E;  1BAI A;  5P3D A;  5P2W A;  1IDA A;  2QCI A;  4DQF A;  5P7N A;  5P6B A;  4HDB A;  5P6M A;  5P6E A;  4OBD A;  5P5P A;  5P1W A;  3MSK A;  5P6Y A;  4HLA A;  5P5R A;  3TOH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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