3MXDA

Crystal structure of hiv-1 protease inhibitor kc53 in complex with wild-type protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-Based Design, Synthesis, and Structure-Activity Relationship Studies of HIV-1 Protease Inhibitors Incorporating Phenyloxazolidinones.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3mxdA00
1EPQE 1W5VA 5P10A 3NU6A 2UXZA 4IVSA 3UDNA 5P1TA 3PMYA 1IVPA 3BXRA 1KJHA 3LINA 3OQFA 5DR4A 4Y4UA 5P5YA 2R8NA 3EXOA 3L58A 4X7IA 2RKFA 4MC6A 3HD8A 3LZYA 5APRE 5P0DA 1A9MA 2ER6E 4YA8A 3NDUA 5P70A 3U6AA 5P4QA 3VYFA 1AAQA 2BPVA 2I4DA 3BVAA 1T6GA 1LYBA 3TKWA 2V00A 3PSGA 5P13A 4B77A 4QJ9A 4OBHA 2OHUA 4R8YA 3DV5A 5P17A 3IVIA 5P2XA 5P1HA 5P4CA 2QMPA 5P0BA 1FMXA 3OHFA 5P6ZA 4I0FA 2FXEA 1NH0A 2O4NA 5EZZA 3EKYA 1W6IA 3HAUA 2FGUA 4K9HA 4Y3QA 3BUFA 1YT9A 5P39A 4YBIA 5P7QA 4EJ8A 5P5MA 3QROA 4PYVA 3S2OA 3UF3A 2G26A 3JVYA 4I8WA 5OZ1A 1EBWA 1NPAA 2QI6A 1FQ8A 5P8GA 3UDQA 3EKWA 4APRE 2I0AA 3OXCA 3UDYA 5KOQA 4M8XA 5P4MA 1MTBA 4XKXA 2HPFA 5P8OA 5OYSA 5P0XA 5OZJA 3PBZA 4H3GA 3VCMA 3QRSA 4RVJA 3OU1B 1LYWB 1K6CA 1TZSA 3EL9A 3OTYA 5P56A 3ZKNA 1MSNA 4Y4DA 4Y3XA 1HIHA 1EBKC 2ANLA 3HW1A 3NU3A 4YCKA 4Y3SA 4EQJA 5F01A 5P5KA 3SA6A 2QNPA 5P11A 3ECGA 1MEUA 5AH7A 1FLHA 4J54A 3D1YA 3RSXA 3QN8A 5P3CA 5J25A 3IXKA 5P8FA 3PWRA 4Y3EA 5P8JA 4J5JA 5P8UA 1ZPAA 3GGUA 3Q3TA 2QI7A 3ZKXA 5P6LA 4EQ0A 5P3JA 2B60A 2V12C 3PCZA 5P30A 1UH7A 3VUCA 1CMSA 2NR6A 4I8ZA 2HM1A 4BELA 3GI6A 1MT7A 3BRAA 3DK1A 5P35A 3B7VA 1TCXA 1RL8A 2QP8A 3K5GA 1PFZA 2H6SA 2ZHRA 3Q70A 1K6TA 4AA8A 4KB9A 2BBBA 1AXAA 1TSUA 5P6NA 4ZEAA 3IA9A 1FB7A 2WF0A 2G1YA 2OHLA 5P57A 3ZKMA 3O9GA 5OZXA 3O9CA 2IKUA 4QJAA 5P4GA 3Q6YA 3UDPA 3KDBA 5BS4A 4EJKA 2F3KA 3L38A 5P12A 2H6TA 5P4HA 2ZHSA 2AVQA 2Q54A 4DJQA 5FIVA 1QBTA 4Y4BA 2A1EA 3RTMA 2FGVA 1T7KA 4Y43A 1A94A 2ZJLA 1MTRA 3TTPA 1FMUA 3S53A 1MRWA 3PI0A 5I3VA 3VFBA 4YOAA 5P4AA 1W50A 1QBUA 5P4PA 1JLDA 4D8CA 1TW7A 2FXDA 3INDA 5P0CA 4Y6MA 2PMAA 4AA9A 5ENKA 2ZDZA 4LBTA 4CPSA 3T7XA 3SLZA 5I3YA 2PC0A 3O99A 3VF7A 1DPJA 4PZWA 4PPHA 4YD5A 3IAWA 4I0DA 1F7AA 2ZYEA 5P5QA 1EC1A 1D4LA 4D83A 1BV9A 4OBFA 5P6YA 4OBJA 1Z8CA 4BFDA 5P38A 2V10C 3BC4A 4DJXA 4RROA 5P40A 1XE5A 5P5ZA 2HC0A 4F75A 3KT5A 3MXDA 5DQCA 1RPIA 3CICA 3EM4A 4U7QA 3C9XA 4CKUA 5P2SA 5P0EA 5P4TA 5P72A 3KMXA 5BWYA 5P2GA 2QU2A 3H5BA 5P5LA 4EXHA 1HXBA 2R9BA 4FIVA 4Y3AA 1W5WA 2AZBA 5I3XA 3OU4A 5HCTA 3SA5A 4Y41A 3QI1A 1T6EX 3HLOA 2OF0A 5COKA 3PBDA 2PWRA 3APRE 4J1IA 3R2FA 5OZ9A 3IXJA 4ZPEA 4Y5EA 4MC1A 4Y3GA 1TQFA 5P8EA 4J1KA 5P04A 4GJCA 4TRYA 5P3OA 3JVWA 5P1GA 3SQFA 4Q1WA 2VA5A 3NWXA 4GJAA 2NNPA 1HPSA 2J9JB 2I4XA 5KR8A 2V0ZC 5P4JA 2P83A 4I0EA 4B70A 5DR8A 5P4SA 4FRIA 2WEAA 4JPCA 4Z22A 2RSPA 5P6KA 1VIKA 1IDBA 5P4YA 1SDVA 5P2BA 5P7PA 2RMPA 1HRNA 1LZQA 3LPKA 4YD3A 5P47A 5P07A 5P4XA 4RYGA 4YHQA 4Y4JA 3D1XA 5KR2A 1EBYA 2PQZA 1HEFE 4WY1A 5P7MA 3UCBA 4Y50A 2R38A 2VIEA 4Y5PA 5OZCA 1ER8E 5HE7A 1KJ4A 4OD9B 4RVXA 1SIVA 5P3UA 5P3BA 3UDHA 4BEKA 5KQFA 4APEA 3KDCA 5P71A 3WZ8A 5P3HA 4ER2E 3TLHA 4TVHA 1FQ5A 4Q1NA 3CIDA 5DQ2A 5HE4A 5HCOA 1HXWA 5P8VA 3SKGA 3UDJA 3K1WA 5P73A 1GVWA 2PH6A 3NUOA 5P6OA 1EPNE 1E82E 5OZTA 1WBKA 5P5SA 3NYGA 5AH8A 3KMYA 5P36A 4AMTA 1BDRA 2CEMA 5I70A 1SDTA 4H3JA 5P3MA 3HBOA 1APVE 2VA6A 2R3WA 3IVHA 4GJ9A 5P49A 4HA5A 3LIQA 4RZ1A 5OZ6A 5P4ZA 3T3CA 1TCWA 2VA7A 5P7XA 4ZPFA 5P60A 1ZTZA 4JOOA 4I0ZA 5P4IA 3GW5A 5KQYA 4B00A 4GJBA 5P0WA 3VEUA 2WKZA 1PPLE 5IVQA 2NXLA 4Q1XA 4LXKA 2V11C 4GJ5A 5P23A 3ZKQA 1HSGA 5P8SA 2ZHUA 4B05A 1AZ5A 1M43A 4Z50A 5B18A 2G1OA 3LIZA 4DQGA 4ACUA 3QRMA 3TOGA 4F76A 1ME6A 1K1UA 5P5AA 8HVPA 3KDDA 5F00A 3L5DA 4OC6B 4Y4XA 2Q5KA 4EXGA 4TVGA 2BKTA 4NJTA 7UPJA 3PRSA 3EKXA 5OZ4A 3KFNA 2ZHTA 4J0ZA 5P19A 3I8WA 4U7VA 3EM6A 4ZSMA 4GJDA 3ER3E 1HTGA 5P3LA 2BPYA 3OU1A 3UFLA 1LYWA 2WF2A 3OAGB 5P22A 4RLDA 5P37A 1AIDA 4MC9A 2WF1A 4Y3LA 3EKTA 3DCRA 2OHQA 2OHNA 4J0TA 5AHAA 3TNEA 4R92A 5P7FA 5P4KA 1XL5A 2HB3A 1QRPE 3KFPA 4JECA 1UH9A 2VS2A 3TH9A 5P48A 4DJOA 1IIQA 4DQEA 2QCIA 5P16A 3NLSA 5DQ5A 3WZ7A 4Y3YA 2IQGA 4X2LA 4DQFA 1EPME 4B1CA 5OZ3A 1XN2A 4OBZA 2ZGAA 3QS1A 4ER1E 5P66A 2VIJA 3EBZA 4J1FA 3ZMGA 1EAGA 4L1AB 3O9IA 2AOGA 5P5JA 5P1AA 3CKTA 3UFNA 4R5NA 2AZCA 5P6BA 5P2AA 2OHMA 4ZSPA 4YD4A 5P79A 1E5OE 2AOIA 4CMSA 5IS4A 2NXMA 3NDTA 4YD6A 1HPXA 2WL0A 1SBGA 5P3PA 4Y51A 5P7SA 5P1YA 5P28A 4B1DA 5UPJA 2QMGA 1NPWA 4Y5GA 3VF3A 3M9FA 5P20A 5ER2E 1ZLFA 1BV7A 4Y9WA 6APRE 3B80A 1F34A 5P5DA 1ZSFA 5DQ1A 5AGZA 1MRXA 3QVCA 4L7GA 4NPTA 3GGAA 3LIVA 3RTHA 5P41A 3OADB 5P0JA 5P7LA 5SXNA 5OYXA 3LNKA 1HWRA 5P6UA 5P75A 3FKTA 1ODWA 4Y58A 4ER4E 2WEBA 4CPTA 5P09A 3VG1A 5P0UA 3LIYA 1GNNA 3KA2A 1SP5A 2G1NA 2QI4A 1HTFA 3LIXA 4E43A 1HIVA 4WY6A 4YCTA 4DPIA 5OZ7A 2ZJIA 3GI5A 2B42A 4HZTA 1QDMA 5HE5A 3PLLA 4ZSQA 4QJ2A 4CP7A 5KOSA 2F80A 2J9KA 5OZLA 1GVXA 2FIVA 3TPPA 1MSMA 2BPWA 3O9DA 3OQDA 1MUIA 1SGZA 3GGXA 2IENA 1NPVA 5P6FA 1ZP8A 2O4LA 1C6YA 1DMPA 5P3IA 1FIVA 5OZKA 1HHPA 5P5FA 1N49A 4ZLSA 4Y3TA 5P08A 4I10A 2HIZA 4UPJA 5OYVA 4ZIPA 3NXEA 5P7YA 4FAEA 1HEGE 2HB2A 1W6HA 1OEXA 3SFCA 3TOHA 5P3KA 1KJGA 4JP9A 1FQXA 1W5YA 3EMYA 3D1ZA 3BXSA 2J9JA 5P0ZA 5P5PA 1HPVA 2CEJA 2G1SA 2NMZA 2QZXA 5P81A 1C70A 2AOHA 2EWYA 5P1KA 3R4BA 3OUCA 4MC2A 2PK5A 3MSLA 3NWQA 3NXNA 5OZRA 2BJUA 2Q15A 4KUPA 2PH8A 4Y4GA 1D4SA 2QK5A 3UTLA 5BRYA 5P1WA 2IGXA 3O9HA 4Y5BA 1PROA 5P2MA 3UDMA 4FAFA 4NJUA 5ER1E 4B1EA 1UPJA 2MIPA 2FMBA 4DI2A 3GI4A 1APTE 3S43B 1MIQA 5P3NA 1YTHA 2AQUA 4OD9A 4HVPA 5P5CA 5OZWA 4Y4AA 1WBMA 3QBHA 2G20A 5P01A 1FQ7A 5P1OA 5SY2A 5P0QA 4Z4XA 5P46A 2ZJKA 4EWOA 2PSUA 2BB9A 5OZMA 4DJUA 4Y5KA 2ZHVA 4XXSA 5P1UA 5C9DA 1FFFC 4RYCA 3KYRA 3EL5A 4A6BA 5DR0A 4PEPA 3NDWA 4PHVA 1CPIA 4OBDA 1B6PA 5P1SA 5P5XA 3VLBA 1GNOA 5P8IA 4Y5AA 3ZKIA 1EC3A 3SPKA 4YBFA 2QU3A 3K5DA 5P7JA 3LPIA 4DVFA 5I3WA 3ZPUA 5P2FA 3HAWA 4I12A 5P25A 5P2VA 1QBSA 3EL1A 4Y3JA 4Q1YA 2XFJA 5HDUA 4F74A 2VNNA 3GI0A 4Y47A 4J1HA 5P7WA 1Z1HA 4FGXA 3OHHA 4Y57A 1W51A 4XX4A 2HB4A 3EKVA 4DJPA 4DV9A 3VFAA 4FM6A 5IVRA 3FV3A 3L59A 1HVCA 4FSEA 5P45A 2QZKA 3TOFA 3PEPA 5DGWA 3O9LB 4Y36A 3VLAA 2ZJNA 5HU1A 5P6XA 1DW6C 4I0JA 7HVPA 3H0BA 5P15A 2IEOA 3EL4A 4TRWA 5P0LA 4CPXA 5DR3A 5P51A 4K4QA 5P6DA 1ZSRA 5P6HA 5P05A 1OHRA 3O9BA 5P2TA 2B8LA 5OZIA 3DM6A 5P7UA 2FDPA 2AIDA 1C6XA 4OC6A 4S1GA 5P4LA 1GKTA 3SM2A 5P0OA 1PPME 5P8HA 5P0AA 2P3DA 3FNSA 3NU5A 3SO9A 3FNTA 3SABA 5P0YA 5P4DA 3ZPSA 5P86A 4J17A 3S54A 3OAGA 4J0VA 1BWBA 3UQRA 1IBQA 4D85A 4Y5NA 5OZYA 5P85A 3S8IA 3T7QA 5P7AA 4KE0A 2NXDA 4RRNA 5HDVA 4FL8A 2P3BB 4FS4A 4Z2ZA 1B5FB 5OYQA 2QI1A 4CPUA 5P1IA 5P42A 5HVPA 2XYFA 4FSLA 3WZ6A 2VJ7A 3PJ6A 5P4VA 5P7BA 5P0FA 4K4PA 3O9FA 1G0VA 3QIHA 4H1EA 1A8GA 5P5UA 1FG6C 3NR6A 2IKOA 5P00A 3TKGA 2VJ6A 3SACA 5P7RA 2V16C 5P6QA 4Y45A 2OHTA 5COPA 1W5XA 3U71A 1RV7A 1XE6A 2QHZA 3OOTA 5CLMA 3KM4A 4HDPA 4L1AA 3I7EA 5P1JA 2I4QA 4HEGA 5ISJA 4Y5CA 4DPFA 3UDRA 4WTUA 6UPJA 5P3ZA 1LS5A 6FIVA 5P0TA 5OYUA 4Y4EA 4LL3A 5E5JA 5P8LA 3I6OA 5P2IA 3HVPA 5P4RA 1A30A 1LEEA 5P3QA 1MPPA 2WECA 5P0SA 2QHCA 3K4VC 3I2LA 5OZGA 5P0IA 4Y39A 2I1AA 1HVIA 2G24A 2ZJMA 5P26A 1SMRA 5DR1A 2I4UA 1NSOA 1ZJ7A 4GMIA 5P0VA 3URLA 4Y53A 5P8CA 5P1BA 4B78A 5AH6A 3VSXA 4F73A 5SY3A 3PHVA 3OADA 3LZSA 2QI3A 3AIDA 3ZOVA 3PLDA 2IS0A 4PZXA 4K4RA 2WEZA 1YM2A 1FGCC 4YD7A 5P5GA 5P6CA 3OWNA 3K5FA 5AHCA 5P67A 5P2RA 5P2OA 3PSYA 4GJ7A 3FX5A 1FQ6A 4L6BA 5P4WA 2PWCA 4RRSA 3URIA 9HVPA 3T6IA 5P8AA 3CYWA 1E81E 4Y5LA 3IN3A 1LV1A 5P02A 5COOA 1BDQA 1ODYA 3UPJA 1BXQA 5OZZA 4NPUA 2OHRA 3FIVA 4Y38A 4EP3A 3SKFA 3U7SA 5OZUA 5P29A 1LYAB 1Q9PA 4U8WA 2O4PA 4ZE6A 3WB4A 5P1FA 5P88A 5P8NA 2HS1A 5P06A 4L7HA 1M0BA 5JODA 2QZWA 4ACXA 1KZKA 3QAAA 1G35A 3LITA 2JXRA 4YOBA 4IVTA 4Y3RA 5P8QA 2Q3KA 3S45A 5HTZA 1C6ZA 1K2CA 4I0IA 3Q5HA 1BBSA 2JJJA 5HD0A 3CYXA 4RVIA 1YG9A 1ZAPA 2V13A 4DJWA 2QD7A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EPQ E;  1W5V A;  5P10 A;  3NU6 A;  2UXZ A;  4IVS A;  3UDN A;  5P1T A;  3PMY A;  1IVP A;  3BXR A;  1KJH A;  3LIN A;  3OQF A;  5DR4 A;  4Y4U A;  5P5Y A;  2R8N A;  3EXO A;  3L58 A;  4X7I A;  2RKF A;  4MC6 A;  3HD8 A;  3LZY A;  5APR E;  5P0D A;  1A9M A;  2ER6 E;  4YA8 A;  3NDU A;  5P70 A;  3U6A A;  5P4Q A;  3VYF A;  1AAQ A;  2BPV A;  2I4D A;  3BVA A;  1T6G A;  1LYB A;  3TKW A;  2V00 A;  3PSG A;  5P13 A;  4B77 A;  4QJ9 A;  4OBH A;  2OHU A;  4R8Y A;  3DV5 A;  5P17 A;  3IVI A;  5P2X A;  5P1H A;  5P4C A;  2QMP A;  5P0B A;  1FMX A;  3OHF A;  5P6Z A;  4I0F A;  2FXE A;  1NH0 A;  2O4N A;  5EZZ A;  3EKY A;  1W6I A;  3HAU A;  2FGU A;  4K9H A;  4Y3Q A;  3BUF A;  1YT9 A;  5P39 A;  4YBI A;  5P7Q A;  4EJ8 A;  5P5M A;  3QRO A;  4PYV A;  3S2O A;  3UF3 A;  2G26 A;  3JVY A;  4I8W A;  5OZ1 A;  1EBW A;  1NPA A;  2QI6 A;  1FQ8 A;  5P8G A;  3UDQ A;  3EKW A;  4APR E;  2I0A A;  3OXC A;  3UDY A;  5KOQ A;  4M8X A;  5P4M A;  1MTB A;  4XKX A;  2HPF A;  5P8O A;  5OYS A;  5P0X A;  5OZJ A;  3PBZ A;  4H3G A;  3VCM A;  3QRS A;  4RVJ A;  3OU1 B;  1LYW B;  1K6C A;  1TZS A;  3EL9 A;  3OTY A;  5P56 A;  3ZKN A;  1MSN A;  4Y4D A;  4Y3X A;  1HIH A;  1EBK C;  2ANL A;  3HW1 A;  3NU3 A;  4YCK A;  4Y3S A;  4EQJ A;  5F01 A;  5P5K A;  3SA6 A;  2QNP A;  5P11 A;  3ECG A;  1MEU A;  5AH7 A;  1FLH A;  4J54 A;  3D1Y A;  3RSX A;  3QN8 A;  5P3C A;  5J25 A;  3IXK A;  5P8F A;  3PWR A;  4Y3E A;  5P8J A;  4J5J A;  5P8U A;  1ZPA A;  3GGU A;  3Q3T A;  2QI7 A;  3ZKX A;  5P6L A;  4EQ0 A;  5P3J A;  2B60 A;  2V12 C;  3PCZ A;  5P30 A;  1UH7 A;  3VUC A;  1CMS A;  2NR6 A;  4I8Z A;  2HM1 A;  4BEL A;  3GI6 A;  1MT7 A;  3BRA A;  3DK1 A;  5P35 A;  3B7V A;  1TCX A;  1RL8 A;  2QP8 A;  3K5G A;  1PFZ A;  2H6S A;  2ZHR A;  3Q70 A;  1K6T A;  4AA8 A;  4KB9 A;  2BBB A;  1AXA A;  1TSU A;  5P6N A;  4ZEA A;  3IA9 A;  1FB7 A;  2WF0 A;  2G1Y A;  2OHL A;  5P57 A;  3ZKM A;  3O9G A;  5OZX A;  3O9C A;  2IKU A;  4QJA A;  5P4G A;  3Q6Y A;  3UDP A;  3KDB A;  5BS4 A;  4EJK A;  2F3K A;  3L38 A;  5P12 A;  2H6T A;  5P4H A;  2ZHS A;  2AVQ A;  2Q54 A;  4DJQ A;  5FIV A;  1QBT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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