3MXDA

Crystal structure of hiv-1 protease inhibitor kc53 in complex with wild-type protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Structure-Based Design, Synthesis, and Structure-Activity Relationship Studies of HIV-1 Protease Inhibitors Incorporating Phenyloxazolidinones.
pubmed doi rcsb
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3mxdA00
3TTPA 5OYRA 4Y3WA 1MIQA 1GVTA 1W5VA 3IVHA 1QS8A 4EPJA 4Y39A 3LIQA 5HU0A 5P6CA 4Y4XA 4RCFA 1VIJA 2NMYA 2OHNA 4J0PA 5PEPA 5P5OA 4FM8A 2VA6A 2PYNA 2AOGA 3LNKA 5P0EA 5P7UA 1HEFE 5P53A 4QJ7A 5P1GA 4L1AA 3EKYA 2QZXA 1APUE 2R38A 4ACXA 5P6UA 3OGQA 4ER1E 2PSVA 4KB9A 4FRIA 5KR1A 3OHHA 1IDBA 1MTBA 2I4UA 2P83A 5SXNA 2QZLA 5P7JA 5EZXA 5P50A 1KJFA 2O4KA 6UPJA 5P8PA 3GGUA 1MSMA 5IVSA 5P69A 5FIVA 5OZ2A 7HVPA 1HSIA 1MT7A 5P0BA 4OBKA 2PMAA 5P05A 5P46A 2VIYA 5OZGA 1UH7A 5IVRA 1PPME 1ZP8A 1DW6C 4WTUA 3RTHA 2AOJA 1SDTA 3HD8A 3FNUA 1B6KA 4HDFA 5KQFA 5P15A 3Q4BA 2OHTA 1K2BA 3NWQA 3QPJA 5P5YA 1D4JA 5P0AA 4DQCA 1SMRA 5P5TA 3PBZA 1G2KA 5P5DA 2RKFA 1EBZA 5P37A 3O9CA 3VG1A 5P4ZA 1B6LA 1AAQA 3L59A 3PB5A 5P0PA 1W50A 2AIDA 3RSVA 3O9LA 2Q5KA 4H3FA 4RCEA 3K4VA 3T6IA 5P25A 3GI0A 3SABA 2ER7E 5P5JA 3QIHA 2HB3A 3OQAA 1QBTA 5P0YA 3VYDA 4HA5A 1DIFA 5P89A 5P6JA 4EHCA 2J9KA 1SGUA 2UPJA 5P87A 5P4OA 4A6CA 3PRSA 2ZJIA 5P0KA 5P7KA 2HM1A 4NPUA 1EPME 2BKTA 5OZCA 5P3TA 1KJ4A 2OHSA 2HPFA 5P6YA 4HE9A 3JW2A 5HD0A 5P27A 5DR1A 3DCKA 1ZJ7A 4J1CA 3UTLA 4Y3JA 1SMEA 4LXMA 2BBBA 3RTNA 4GYEA 3KYRA 5AGZA 2G1OA 4DQEA 3CKPA 5P8DA 5P40A 2ER0E 5P3DA 3ZKMA 5OYZA 5P7QA 3D20A 3TNEA 5P66A 2QD6A 5OZDA 2QI0A 5SZ9A 5P07A 2ZJMA 3DOXA 5P2BA 4EYRA 3OAGA 3BUFA 3HDKA 3VFBA 1N49A 2HB2A 1EAGA 5P8GA 5P0QA 4Q1YA 4FCOA 5AH8A 5ENMA 4A6BA 2QI1A 5P62A 5C9FA 3TL9A 4YOAA 2IL2A 1ODYA 4L7HA 3NUJA 2WECA 5P4SA 4I0IA 5P4MA 5P2YA 4Y3EA 5P8QA 3IXKA 2P3AA 2FIVA 3TPRA 5P6QA 2I0DA 3EXOA 1LV1A 3SM2A 2ZGAA 2F3FA 3LHGA 4R95A 5P19A 1K1TA 4GIDA 3OXCA 3VUCA 3UDJA 5P4CA 6FIVA 2VKMA 3S43A 5P3BA 4CPSA 2QAKA 1FQXA 1FMXA 4Y4GA 4MC1A 3HVGA 3DUYA 2IKOA 2V13A 1EPOE 5P1WA 4Y3XA 5P3UA 4H3JA 1MERA 3SM1A 1MESA 5OZ0A 2I4WA 3OADA 1MRWA 1BXOA 1META 4EJDA 1SH9A 3IN3A 4YD4A 2VNMA 1SP5A 5P4GA 4K4QA 3VSXA 5IE1A 1LYWA 4D85A 1FKNA 2NMZA 4DJUA 4OC6B 5P4LA 4TRYA 1FLHA 2BPYA 5P8OA 4R5NA 1XL5A 3L5CA 4Y3PA 4NJVA 3S7LA 4DI2A 4D88A 4Z4XA 2FDEA 5AHAA 5P5IA 4Y48A 2PWRA 4ZPFA 4LL3A 5P01A 3LPIA 2RENA 2SAMA 1PSOE 5P2TA 2IQGA 1B6PA 4Y51A 1MUIA 1F34A 5OYWA 2QMFA 1HOSA 3NSHA 1HVKA 3APRE 3Q5HA 1U8GA 5P12A 5DQ2A 1BBSA 2O4LA 2P3CA 5P3SA 1FIVA 2XFIA 1RNEA 3EL0A 3SA8A 4EXHA 4Z22A 2ZHVA 4I0HA 9HVPA 4RRSA 1HTFA 3APPA 4PYVA 4MC6A 5P4TA 1IZDA 3ZKSA 5P47A 5I3WA 2PC0A 4Y57A 5OZZA 5P0UA 5P17A 6APRE 1IVQA 3CIBA 4OBJA 4AMTA 2VIEA 2AOHA 3EKVA 5C9BA 5OZOA 4J0VA 3LZSA 4B1EA 3OHFA 5OYUA 3NU6A 5P3VA 4Y3YA 2PH6A 2WF4A 1AVFA 5P0XA 5P4PA 3CIDA 5P08A 5P5MA 2WF1A 5P5SA 1IBQA 3KMYA 2FXEA 3S53A 3OWNA 2QI7A 4R8YA 3L5EA 4R92A 3WZ7A 5P10A 5P4DA 3VV8A 2PK6A 2G1SA 5P1MA 3TLHA 1YTIA 3VCMA 2QK5A 1K6CA 1E5OE 5P3KA 5P33A 3VSWA 1W5XA 3G70A 1A94A 2AZBA 2I4VA 3BUHA 2G26A 1BVEA 3NDTA 1T6EX 2QHYA 5P41A 1MEUA 3DJKA 3QVCA 5P8BA 5HDZA 3RSXA 3BGBA 1ZPKA 1NPWA 5P2GA 5P70A 1BV9A 4DH6A 5P2JA 1AM5A 4TVHA 1BAIA 4L1AB 5P67A 4Y9WA 4Y37A 4DJQA 2NPHA 4H3IA 4Y3NA 5TOLA 3SFCA 3TKWA 5P7IA 5P7CA 5P24A 3UDPA 4TRWA 5P8LA 4APEA 5P8CA 5OZTA 1LF2A 3O9IA 5OZPA 4FRSA 1ZBGA 3WZ8A 5COPA 5P0SA 3AIDA 2QHZA 4B1CA 5P80A 5P3LA 2O40A 5P1NA 3ST5A 1TCXA 3UDHA 5P7RA 1HRNA 4U7QA 2H6TA 3UCBA 5P0DA 4EP3A 5P51A 3QN8A 4B0QA 4J0ZA 4Y6MA 4CPQA 2AVQA 4J17A 5KOSA 3U6AA 4GJ5A 4ZPGA 2ZHUA 1HVHA 3AUPA 5P8VA 3CYXA 5AH9A 2R43A 1ZLFA 4BELA 5P4VA 4DJXA 1BDLA 2OHRA 1HVJA 2HS2A 3I6OA 3INDA 5KQZA 3UDKA 5P79A 1HVLA 4Y4ZA 3URJA 1D4IA 5P03A 3O9LB 5OYQA 4Y3GA 3PCZA 2J9JA 2QMDA 4I0EA 1APTE 1BILA 1FGCC 5P00A 5OZ4A 4ZLSA 1K6TA 2HC0A 1HPSA 3HLOA 1NSOA 4FM7A 3NR6A 4I11A 2QU2A 3QRSA 1LYAA 2QMPA 3EM6A 5P4BA 3TPLA 4LC7A 1HPXA 5P8IA 2QHCA 5P3JA 3OU4A 5ISKA 2BB9A 2I4XA 4EJ8A 2B42A 2QI6A 3R1GB 3O9BA 5P8NA 5HCTA 1NPVA 4NPTA 4QJ6A 4DPIA 5P86A 2I0AA 4ACUA 2JJJA 5P2RA 3TOGA 5P8KA 3UQXA 5P7FA 3PVKA 3SPKA 3F9QA 5CONA 1BIMA 1SGZA 5P0IA 4OBGA 5P5EA 2OHQA 5OZSA 5P56A 5OZLA 2R8NA 5P5GA 2B8VA 1C6XA 4Y5AA 4Y3FA 2WEZA 3WSJA 5P6BA 5OZMA 2P8HA 4LXKA 3OAGB 3FV3A 2AOFA 4PEPA 5P18A 4X2LA 1HBVA 1T7IA 1YX9A 4OBHA 5P28A 2RMPA 3KMXA 4N00A 1BWAA 5P5XA 5P3RA 2Q54A 5P1XA 3PWMA 3ZLQA 4PPHA 5P5VA 5P4HA 3L38A 4YCYA 5HVPA 3HAUA 1AIDA 4FIVA 3ZKQA 3SA3A 2PQZA 4DPFA 5P5HA 5P0WA 2Q3KA 3VFAA 3LITA 3PGIA 2ZHRA 3S43B 2F8GA 3H0BA 5P8HA 2FGUA 4B77A 5P3XA 5P1TA 5KQYA 3L3AA 4GJBA 4DJOA 3UFLA 1DAZC 3HBOA 4F74A 3UF3A 4RRNA 1IVPA 3OUAA 4YD3A 4B70A 3OOTA 3KDCA 5P1KA 5P4YA 4JECA 5P1YA 5P7HA 4Y58A 5KR2A 2ZYEA 3T7QA 3OADB 3OXXA 5P7BA 5P2DA 1LYWB 1KJ7A 5P57A 3TH9A 4Y53A 4L6BA 2F80A 5P0OA 1GNMA 2FXDA 4EQJA 3TPJA 4J1KA 2CEMA 2PYMA 3OQKA 3UHLA 4X7IA 4GJ6A 4CP7A 5P6AA 5P60A 4S1GA 3URLA 1SIPA 4YCKA 4K4PA 5OZIA 5OZ9A 1MSNA 3S56A 2IDWA 1PPLE 2QI3A 4FE6A 5P7ZA 2BKSA 5OZNA 5JODA 2P3DA 4FSEA 4R93A 3HVPA 3N3IA 2ZJNA 4AUCA 4J54A 3NWXA 2QD7A 2UXZA 1SIVA 5P16A 4DV9A 2NTRA 4DJVA 5P26A 5P74A 5P02A 1QDMA 1SDVA 5P2IA 3WZ6A 3NXEA 4GJAA 2QI4A 5P20A 1HHPA 4YD5A 3SA4A 3C9XA 1GVUA 1HVCA 1W6HA 5P7WA 4Z2ZA 4EJLA 4Y4AA 5APRE 2B7ZA 1KZKA 1BWBA 3ECGA 5OYTA 1RL8A 2I1AA 5P0RA 5P23A 4B72A 5P3EA 3VLBA 2PSUA 2WEBA 1LS5A 3KF0A 3D91A 1PROA 5P2QA 3A2OA 1EPPE 5P1AA 4EXGA 3SA6A 5P1JA 4B05A 4QJAA 4J0YA 2G27A 1QBRA 2I4DA 4CPRA 4HDPA 3EBZA 5P88A 2G1NA 5P14A 3KA2A 4KE0A 3L58A 4Y50A 3R4BA 5P29A 3EL9A 3LINA 3OUBA 5P65A 1DMPA 1EC3A 3NXNA 5P5BA 5BWYA 2G20A 4Q5MA 2BPXA 3JVWA 5P4JA 5P5KA 1FQ7A 5P78A 1AXAA 2QZKA 5P7TA 4IVTA 1M4HA 5P72A 3R2FA 3QRVA 4EQ0A 3CMSA 5ISJA 4OBZA 1AJVA 1B11A 3OQ7A 5OZKA 3L5DA 5P35A 2WEDA 1AZ5A 2ZHSA 5P11A 5DQ4A 3Q6YA 1HIIA 2VIZA 5P34A 2ZJHA 2QD8A 3O9EA 4YHQA 1TW7A 2WF2A 5P0TA 5OZRA 1ZSRA 5E5JA 1FB7A 1EC2A 5P0CA 4L7GA 5OZQA 3RVIA 2HPEA 5P39A 4Y4WA 1HIVA 3UDQA 1XE6A 4GJCA 5P1EA 4F76A 5ER1E 4YD7A 1LZQA 3DV1A 2VS2A 4Y5PA 1RV7A 5P85A 1BXQA 4ZPEA 4FAEA 2AODA 4RVJA 1LF4A 1YTJA 4I10A 5P1RA 3ZKNA 5HDXA 2Q64A 3GGVA 3D1ZA 3EL4A 4U8WA 3SLZA 1CPIA 2OF0A 3KDBA 2FLEA 2AVOA 1PFZA 1HVSA 3O9DA 1BDRA 3KFRA 3NLSA 5UPJA 5I3YA 2B60A 2QZWA 2OAHA 5P4IA 5P5ZA 3OTYA 1D4LA 3S85A 3EKTA 2WJOA 5P45A 3PMUA 5P2NA 1FFFC 4GJ7A 4Y36A 1A30A 4Y5BA 3H5BA 5DPZA 3SKFA 5DR8A 2AZ8A 4I8WA 3HZCA 1W5WA 2ZJKA 4TRZA 3LIVA 3EMYA 5P6FA 3ZKIA 2J9JB 3BGCA 5P3OA 2QNPA 2OHKA 4J1HA 2QU3A 4J5JA 4J0TA 2VA7A 1BDQA 1ME6A 2ANLA 3NDUA 5P76A 1FFIC 1LYBA 2AZ9A 1PSNA 4AZYA 5AHBA 4EP2A 3QRMA 5P1ZA 2QI5A 4JPEA 3OQDA 5I70A 1LYAB 2BPWA 3O9FA 3IXJA 4DVFA 3K4VC 4ZSRA 1EBYA 3LIXA 3OU4B 5OZ1A 4M8XA 3S8IA 4Y3ZA 1HEGE 5P2VA 5P1VA 3HAWA 5P48A 4AA8A 1EC1A 4CPXA 4Y3HA 2O4SA 1EPNE 3OU1A 5P7YA 1TSUA 4NJTA 3EKPA 5P82A 5P8EA 5DR7A 4XKXA 4B00A 2R5PA 4DQGA 4RYCA 3CKRA 5HE4A 2AOEA 5P8RA 5P4RA 3OY4A 4YCTA 1HIHA 5OZ6A 5P5PA 1C6YA 1M43A 5P8FA 1FQ4A 2B8LA 3UQPA 3O9AA 5P0MA 5OZUA 5OYSA 5P75A 4CPTA 1XS7D 5P0HA 3BRAA 3UFNA 3NU4A 5P6HA 1APVE 1K2CA 5P2UA 1ODXA 2ER9E 4U7VA 1BVGA 5OZAA 5DGWA 5P3QA 3CICA 3D3TA 5P2WA 1HVIA 5P1BA 2Z54A 5P84A 3ZKXA 1EBKC 2NXMA 5P2LA 2JXRA 3GGXA 3TOHA 1FG8C 4WY1A 5P2ZA 4GZFA 3ER5E 3SQFA 2A1EA 5P4NA 4ZIPA 2QP8A 1DPJA 1QRPE 5OYXA 1IZHA 1E80E 4R91A 2AOCA 1MRXA 3SA5A 3INHA 4Y4UA 5P09A 2NNPA 1HTRB 1EPQE 5P6PA 1IIQA 4L7JA 2Q15A 3IAWA 1ZPAA 4FGXA 4M8YA 1XL2A 2NR6A 3D1XA 3KFNA 5P7LA 3PWWA 5P4KA 2V16C 5P55A 4EJKA 1UH9A 5P8SA 4Y5KA 1RQ9A 4CMSA 2XFKA 4XX4A 3K5GA 4H1EA 1Q9PA 1YM4A 3K5FA 5P2XA 3TPPA 1Z8CA 2F81A 2NXDA 5CLMA 3LPKA 1D4SA 3BXSA 3S54A 3PHVA 2BJUA 1HSGA 1YT9A 5P5RA 3OUDA 1D4KA 5P3GA 1B5FA 5P68A 1GVWA 3ZPSA 4FAFA 4LAPA 3QVIA 4Y4EA 5P7XA 2VA5A 3LIYA 1IZIA 4D8CA 1EBWA 4DUSA 2I4QA 3OQFA 2FNTA 2OHUA 4EWOA 3MXDA 3LZYA 1HVRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TTP A;  5OYR A;  4Y3W A;  1MIQ A;  1GVT A;  1W5V A;  3IVH A;  1QS8 A;  4EPJ A;  4Y39 A;  3LIQ A;  5HU0 A;  5P6C A;  4Y4X A;  4RCF A;  1VIJ A;  2NMY A;  2OHN A;  4J0P A;  5PEP A;  5P5O A;  4FM8 A;  2VA6 A;  2PYN A;  2AOG A;  3LNK A;  5P0E A;  5P7U A;  1HEF E;  5P53 A;  4QJ7 A;  5P1G A;  4L1A A;  3EKY A;  2QZX A;  1APU E;  2R38 A;  4ACX A;  5P6U A;  3OGQ A;  4ER1 E;  2PSV A;  4KB9 A;  4FRI A;  5KR1 A;  3OHH A;  1IDB A;  1MTB A;  2I4U A;  2P83 A;  5SXN A;  2QZL A;  5P7J A;  5EZX A;  5P50 A;  1KJF A;  2O4K A;  6UPJ A;  5P8P A;  3GGU A;  1MSM A;  5IVS A;  5P69 A;  5FIV A;  5OZ2 A;  7HVP A;  1HSI A;  1MT7 A;  5P0B A;  4OBK A;  2PMA A;  5P05 A;  5P46 A;  2VIY A;  5OZG A;  1UH7 A;  5IVR A;  1PPM E;  1ZP8 A;  1DW6 C;  4WTU A;  3RTH A;  2AOJ A;  1SDT A;  3HD8 A;  3FNU A;  1B6K A;  4HDF A;  5KQF A;  5P15 A;  3Q4B A;  2OHT A;  1K2B A;  3NWQ A;  3QPJ A;  5P5Y A;  1D4J A;  5P0A A;  4DQC A;  1SMR A;  5P5T A;  3PBZ A;  1G2K A;  5P5D A;  2RKF A;  1EBZ A;  5P37 A;  3O9C A;  3VG1 A;  5P4Z A;  1B6L A;  1AAQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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