3MXEA

Crystal structure of hiv-1 protease inhibitor, kc32 complexed with wild-type protease
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-Based Design, Synthesis, and Structure-Activity Relationship Studies of HIV-1 Protease Inhibitors Incorporating Phenyloxazolidinones.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3mxeA00
3FV3A 3O99A 3EKXA 5P6XA 3S7MA 2NR6A 4J0ZA 7UPJA 5P72A 4D88A 5P6KA 5OYWA 5P4MA 5P4BA 5P4FA 5DR7A 3SA7A 4HDFA 1D4KA 5P7YA 1HVCA 5P26A 4D89A 3OU4A 2XYFA 3ECGA 4YOBA 2FGVA 2O4NA 2G69A 5JFPA 1HXWA 5P8LA 1D4SA 5P12A 5P6BA 3QRMA 3S85A 3SA8A 3S53A 2HC0A 4YHQA 2OHRA 2VIZA 4Y4GA 2BPVA 5P3FA 3ZKMA 4DJUA 2I4UA 3OXWA 4A6BA 1K1TA 2G1NA 3R2FA 5P4XA 1HPVA 1NPAA 3O9BA 5OZNA 5P1NA 4Y5MA 3VSWA 2I4QA 3APPA 4RVIA 2IKOA 3OWNA 1MEUA 5P4GA 1F7AA 1TCWA 4B0QA 5P64A 4ER4E 5JODA 2OF0A 3NXEA 3VEUA 3SA5A 2QI3A 5P19A 3U71A 2Q54A 4J0PA 7HVPA 5P28A 3BUFA 4FLGA 1FMXA 4RLDA 1SMEA 4RCFA 4HA5A 2VIJA 3OU3A 5P02A 3UQRA 1YM2A 2AOCA 5P1YA 5P42A 2QMDA 3EKWA 3OUDB 3HAUA 3CKTA 4GJBA 4BFBA 2AOFA 5HD0A 4MC2A 5P56A 4Y3PA 3WZ7A 5P0UA 5P6SA 1UH9A 3CMSA 2ZGAA 4FE6A 1A8KA 3PMUA 5P51A 5P0JA 3HAWA 3VCMA 2ZJHA 4OD9A 3WZ8A 2ZDZA 5P4NA 5P1PA 3FNUA 3VLBA 3AIDA 5P17A 5P7MA 1BXQA 1KJ4A 3NUJA 4F74A 1IIQA 3OQAA 5P8TA 1LYWA 5P4TA 1A94A 5C9FA 5P1IA 1T7JA 1HPOA 1K2BA 2ZHVA 4APEA 4Q5MA 4OBGA 1ZBGA 5P31A 2B8VA 5I3VA 5P34A 3UFNA 4BFDA 1K6CA 2PSUA 1SDTA 1HVLA 2QI6A 5HE4A 2FS4A 2O4LA 4B77A 2A4FA 1FMUA 1HBVA 1HVIA 3I2LA 3T7XA 4Y3MA 4BELA 1SIVA 1LF3A 2Q63A 1FQ8A 5P13A 3EKVA 2JXRA 1HEFE 4EHCA 5P3BA 1G0VA 5P86A 3MXEA 4RCDA 3UDMA 2G27A 5P8RA 2NNKA 1SMRA 2ZJMA 5JFUA 2PK5A 5OZRA 2QCIA 3H5BA 3WB5A 3K4VC 5HVPA 4B1EA 3OU1A 5IS4A 4I0EA 2P3DA 1Z1HA 3K5DA 5P0GA 4GJ6A 1WBKA 1BV7A 4LAPA 4DQGA 4MC1A 4CPWA 2QMFA 2I0DA 5OYVA 1GVWA 1WKRA 4EJDA 5P0EA 2G1RA 5P3QA 1HSIA 2F3FA 2V12C 2PYNA 3UHLA 1D4JA 2BKSA 4LXKA 2QI0A 1YTGA 2I4XA 5OZWA 5OZ9A 5BWYA 4FSLA 5P5FA 5P3VA 3SFCA 5OZAA 1BILA 3S8IA 3NWQA 1EEDP 1T3RA 3NXNA 3MSKA 3OTSA 5P0YA 2AOJA 1LYAA 5P4EA 4CMSA 3NU4A 4GB2A 5I3YA 3OUAA 4H1EA 5P48A 4ZLSA 3OQDA 4RVXA 5P2HA 3T11A 5P25A 3EL9A 3KT5A 2A1EA 3TKWA 3O9GA 1YG9A 3PBZA 1U8GA 4Q1WA 4HDBA 5P37A 3OGQA 1F34A 3N4LA 3EMYA 3PBDA 3NWXA 4NJTA 1G35A 4I10A 5AGZA 2BBBA 3CICA 2ER7E 4PEPA 4TVGA 4WY1A 1W50A 3OHHA 5OZLA 3PWRA 2F8GA 3NR6A 4EQ0A 5P2TA 1J71A 3QVIA 2PSVA 4Y3RA 2QHYA 2B42A 4FSEA 3O9IA 3EM6A 4DV9A 4J1HA 2VJ9A 5OZ7A 5P7DA 5OZEA 5KOQA 4AA8A 4Y47A 5P1DA 2ER0E 1AZ5A 2IS0A 5P2UA 3U7SA 2HAHA 2ANLA 3UFLA 4WTUA 3GI4A 2BJUA 3K4VA 2WHHA 4LL3A 5P6VA 4Z2ZA 1BWAA 3INEA 2O40A 4ZEAA 1HVJA 4FL8A 3I6OA 2AOHA 1OEWA 3ZKXA 3QIHA 3ZLQA 4OBZA 5OYSA 5P5TA 3UDNA 3NDTA 4Y5NA 3VLAA 5P4KA 1BVEA 1CPIA 4TRZA 4CPUA 1NSOA 4OBFA 3MSJA 5P0VA 3LIYA 5OZVA 2XFKA 5P58A 5P75A 2JJJA 2ZJNA 2QD6A 3BGCA 5P3UA 5OZTA 3BUHA 2IEOA 5ER1E 5P7IA 1GNMA 1HSGA 5P3TA 1HVKA 5OZ0A 5OZDA 3TPLA 1GNNA 1HPXA 4YA8A 5C9BA 1HHPA 2WF0A 4TRWA 4U8WA 1BIMA 3SO9A 4YE3A 3UDHA 2VJ7A 5P43A 1KJFA 4DQBA 4K9HA 4E43A 5KR1A 5OZYA 3PSYA 5DGUA 1G2KA 3ZKIA 2FDDA 3SAAA 4YBFA 1T6GA 4QJ7A 5P71A 5P3JA 3FX5A 3L3AA 3QS1A 2FDPA 4KUPA 1ER8E 1RNEA 3BXSA 5P1EA 1MERA 2IDWA 5OZ6A 3IA9A 4I0IA 3BHEA 4Q1YA 3BXRA 5P3LA 5OYQA 1MUIA 4TVHA 1TCXA 5DGWA 1MT7A 3PGIA 1PPME 2CEMA 4XKXA 5P1CA 5P5KA 2P3CA 2G20A 1ZTZA 5P20A 4YCTA 3OQ7A 4K4PA 4EXHA 2F80A 5P6JA 1C70A 4DJPA 1SGUA 2P3BA 5P5ZA 4JECA 1N49A 3KF0A 5P0DA 2R3WA 1EBZA 4EPJA 1B6KA 2R8NA 1HVRA 1ODWA 5AHBA 1SH9A 5OYXA 5P35A 4YOAA 3ER5E 2VA7A 1HIHA 2ZJIA 1CMSA 1BWBA 1KJ7A 4Z4XA 3NU3A 2JYSA 5P1UA 4I8WA 4D8CA 4B1DA 1SDUA 3VF7A 1BVGA 4S1GA 4CPQA 5P33A 1LYBA 2FXDA 1SIPA 1PPKE 4HEGA 4H3IA 3ZPSA 1MSMA 5P74A 1AJVA 5OZKA 5P5BA 4GJ9A 4QLHA 5P3OA 5OYRA 4EP2A 4GJ8A 3RTMA 5P6DA 3EL4A 4X2LA 3PI5A 2RKFA 5HE7A 1XS7D 5P78A 1ENTE 5P40A 1FG6C 1QBTA 3URIA 3OAGA 3G70A 5P00A 3SACA 2WECA 5P4SA 4I0GA 1APTE 5P6GA 5P3RA 3DV1A 2V0ZC 2P8HA 3SLZA 2AOGA 2CEJA 5P5AA 1IVPA 2V10C 4HDPA 4U7VA 3LITA 5P6EA 5P2LA 5P0KA 1QS8A 3QRSA 5P3IA 3DM6A 5HE5A 3EL0A 5P5GA 5P6HA 2WEZA 3IN4A 3CIDA 5E5JA 4D85A 5P8UA 5SZ9A 4DJVA 1YTHA 3UQUA 4PZXA 4J1EA 2QI4A 3URJA 2QD8A 3KFPA 2QU2A 4Y3NA 4XX3A 4HE9A 2AVSA 1LEEA 3OOZA 3HW1A 4DJOA 5P8OA 3O9LB 5P4RA 5P6WA 3ZKGA 4D83A 1B6JA 5P55A 1AM5A 2WEDA 1FQ6A 1E81E 1HIIA 5P8DA 5P8AA 5P3SA 5P5CA 5P8CA 2QI1A 3SPKA 5P01A 4APRE 5KOSA 4KB9A 4WY6A 2G26A 4EXGA 2F3KA 3D20A 5P2EA 2ZYEA 5P63A 1B11A 5OZBA 5P0BA 3SM2A 3VFBA 4B78A 5P5OA 3KM4A 5OZIA 4TRYA 1M4HA 3OK9A 4A6CA 5P1GA 1W5VA 5P6FA 1PROA 4Y56A 2VA5A 5P8FA 3VV7A 5P2ZA 5FIVA 5P5LA 1W5YA 3VUCA 3CKRA 5HCTA 4Y54A 2WKZA 1GVTA 4HZTA 3R0WA 4YCKA 1B6LA 5P8BA 3TOHA 3MWSA 2ZJKA 1UPJA 5P1HA 4ZSMA 4Y9WA 4NPTA 3BGBA 3UDRA 5P6RA 5P8VA 3HD8A 4Q1XA 3QBHA 1QBRA 1K6TA 5OZCA 3EL5A 4LC7A 4IVTA 3S43B 3NDWA 2ZHSA 1W5XA 5P2IA 2BPZA 5AH9A 3AUPA 2PWRA 4LXMA 5P2VA 3SQFA 4FS4A 1KJHA 4ZSRA 4YBIA 3U6AA 5OZZA 4J0VA 3VG1A 5P15A 4ER1E 1TZSA 5P8JA 4QJ9A 5P7EA 3NU5A 5P7RA 5P2FA 3SA3A 5P5IA 3TOGA 2WF3A 4YD7A 4L7GA 3Q3TA 5SY2A 1VIKA 2RMPA 4B70A 2NTRA 2BB9A 2PQZA 3VV8A 4Y4AA 3DCKA 3OUBA 4CPXA 1XL2A 3LINA 4R92A 4J55A 4NJVA 4NPUA 5T4SA 5TOLA 4Y5BA 5P61A 2QMGA 3O9AA 4YDFA 4LP9A 3S54A 2XYEA 1QRPE 4MC6A 1K1UA 1WBMA 1ZSRA 2FLEA 3IGBA 2CENA 3INDA 4JOOA 3OADA 3LIVA 3NYGA 2AZ9A 5HU1A 4FIVA 4CPTA 2G1OA 3OUDA 3SKFA 1HTRB 3L5CA 4RRSA 4Y4UA 5I70A 5P3CA 3R1GB 3NSHA 1T7KA 3GGUA 4Y38A 3LZUA 5P5XA 5P03A 5P7XA 1FMBA 4PYVA 5COPA 5DQ5A 5P82A 5P1OA 4L1AB 5P38A 5P76A 5IE1A 1BV9A 3LHGA 4FRSA 2G22A 1HXBA 5P1WA 2HB3A 4I11A 1EBYA 1XN3A 4RZ1A 4FCOA 1APVE 3EKTA 3SA4A 3PVKA 3C9XA 5P41A 3PRSA 4COEA 3BUGA 3FKTA 4Q1NA 3K1WA 3WSJA 2ZHUA 4RYCA 2VJ6A 6FIVA 5DQ1A 3VYDA 1A9MA 5P7PA 4QGIA 5KR8A 1MT8A 3KFSA 3OGPA 1W6IA 4Y37A 3SABA 3QAAA 4M8YA 1LYAB 5P22A 3N3IA 1ZAPA 2OHQA 5P5PA 4QJ2A 5P59A 1HIVA 5P1KA 2FIVA 4YD3A 4DPIA 3B80A 4Y5GA 3EKPA 5P0RA 5P1JA 2BPYA 3TNEA 4Y4XA 1ZSFA 5P45A 4EWOA 3B7VA 5P69A 5P30A 3RVIA 5P7BA 5BS4A 2PK6A 2VNNA 5KQXA 5KQFA 2QD7A 4GJ5A 5P39A 5P0OA 2RENA 2WF4A 1MESA 5ENMA 4CPRA 4DQFA 2ZE1A 4EJ8A 4CPSA 3L5EA 4Z22A 3GI6A 1K6VA 3UDYA 2ZHTA 4J1FA 5P7WA 1TSUA 3L5FA 4J1IA 5KAOA 4J0YA 4L6BA 2FDEA 3UPJA 5P2XA 1BDLA 5P4AA 5P1FA 1YTJA 1GVXA 3ZMGA 9HVPA 2OHSA 1TSQA 1B5FA 3O9HA 3RSVA 1EPOE 1HTEA 5P6PA 4Y3QA 5P2BA 1NH0A 3PI0A 2PMAA 5IVQA 5OZ2A 2Q5KA 2AQUA 1HWRA 3TPRA 2JE4A 5KR0A 2BKTA 4IVSA 3RTNA 3LIQA 5OYZA 3R0YA 3JW2A 5P06A 1FF0C 5EZXA 1HTFA 3L5DA 5P4WA 4CP7A 2OHUA 3VFAA 3K5FA 3CKPA 5AH7A 5P5EA 1GVVA 4OBZB 2ER9E 1KJGA 2QZLA 5P3PA 1RV7A 4DJXA 3LZSA 3KT2A 1EC0A 1TW7A 5HDVA 5P5JA 2WF1A 3LPKA 5HU0A 3URLA 3KFNA 4HVPA 2IL2A 5P3YA 2R5QA 3NDUA 5AH8A 1HEGE 4Y3FA 1OD1A 2QP8A 4I0HA 3LPJA 3SKGA 5P0ZA 2OHPA 2WEBA 4FM7A 3IXJA 5P7LA 1IDAA 2IKUA 3D3TA 3F9QA 5AHCA 3IXOA 2NPHA 3HZCA 4U7QA 2R3TA 1VIJA 4AUCA 3TOFA 3DUYA 4DH6A 2OHLA 3I7EA 2JJIA 3KMXA 3NU6A 5J25A 5P1RA 3OQKA 1DW6C 4Y6MA 5P08A 1IZIA 5P05A 3O9CA 4Y48A 3PCZA 1HVHA 5E5KA 2V16C 2I0AA 5OZFA 2QI5A 3FSMA 4I12A 5P1AA 5P4OA 2V13A 5P62A 1HOSA 5P88A 2MIPA 4ZPFA 2ZJLA 3L5BA 5DR8A 1HTGA 4OBKA 5DR4A 5P1BA 5P0FA 4OBJA 5P0LA 4PPHA 5DR0A 4FM8A 1FB7A 4Y3GA 2AOIA 2AVOA 4B00A 2Z4OA 4HLAA 5P6AA 3VV6A 1BDQA 5P6OA 4DQCA 4FRIA 3WZ6A 4RCEA 4DJWA 2Z54A 5P66A 4OC6B 5P1MA 2FMBA 3EBZA 5OZPA 1GKTA 5OYTA 1DP5A 1RPIA 1HSHA 3S2OA 5P24A 5AH6A 2P3BB 5P32A 4GIDA 3PM4A 5B18A 4M8XA 4Y4ZA 4YD4A 5P52A 5OZHA 1OHRA 3KYRA 5P1SA 5P8MA 2O4KA 6UPJA 2AVMA 2AZBA 4DJRA 2G1YA 2V00A 3T7PA 5P2SA 3ZPUA 1NPVA 4NJSA 4H3JA 4F75A 4Y3DA 4Y39A 3UDJA 3UDKA 1AVFA 4MC9A 5ENKA 4LBTA 4JP9A 5P8SA 4YD6A 4GJ7A 5HDUA 4ZE6A 2UY0A 2I4DA 4R5NA 2QHZA 3HVGA 1B6PA 4LHHA 3PSGA 1OEXA 5P0CA 2QHCA 5P16A 3RTHA 4DPFA 5P2KA 1FG8C 5P0MA 1QBSA 3HDKA 4YCYA 2I4WA 1AIDA 2QI7A 2F81A 4ZSQA 1C6ZA 3EL1A 5P29A 2IENA 4J0TA 3PLDA 1SBGA 3GI0A 3PLLA 5P6CA 2HIZA 4GMIA 4J54A 2G94A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3FV3 A;  3O99 A;  3EKX A;  5P6X A;  3S7M A;  2NR6 A;  4J0Z A;  7UPJ A;  5P72 A;  4D88 A;  5P6K A;  5OYW A;  5P4M A;  5P4B A;  5P4F A;  5DR7 A;  3SA7 A;  4HDF A;  1D4K A;  5P7Y A;  1HVC A;  5P26 A;  4D89 A;  3OU4 A;  2XYF A;  3ECG A;  4YOB A;  2FGV A;  2O4N A;  2G69 A;  5JFP A;  1HXW A;  5P8L A;  1D4S A;  5P12 A;  5P6B A;  3QRM A;  3S85 A;  3SA8 A;  3S53 A;  2HC0 A;  4YHQ A;  2OHR A;  2VIZ A;  4Y4G A;  2BPV A;  5P3F A;  3ZKM A;  4DJU A;  2I4U A;  3OXW A;  4A6B A;  1K1T A;  2G1N A;  3R2F A;  5P4X A;  1HPV A;  1NPA A;  3O9B A;  5OZN A;  5P1N A;  4Y5M A;  3VSW A;  2I4Q A;  3APP A;  4RVI A;  2IKO A;  3OWN A;  1MEU A;  5P4G A;  1F7A A;  1TCW A;  4B0Q A;  5P64 A;  4ER4 E;  5JOD A;  2OF0 A;  3NXE A;  3VEU A;  3SA5 A;  2QI3 A;  5P19 A;  3U71 A;  2Q54 A;  4J0P A;  7HVP A;  5P28 A;  3BUF A;  4FLG A;  1FMX A;  4RLD A;  1SME A;  4RCF A;  4HA5 A;  2VIJ A;  3OU3 A;  5P02 A;  3UQR A;  1YM2 A;  2AOC A;  5P1Y A;  5P42 A;  2QMD A;  3EKW A;  3OUD B;  3HAU A;  3CKT A;  4GJB A;  4BFB A;  2AOF A;  5HD0 A;  4MC2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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