3N4LA

Bace-1 in complex with eln380842
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
389
structure length
375
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGSVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Improving the permeability of the hydroxyethylamine BACE-1 inhibitors: structure-activity relationship of P2' substituents.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 90
structure length 375
sequence length 389
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2010-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3n4lA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3n4lA02
3K4VC 5P1PA 2VJ7A 4MC2A 1W5XA 2V13A 2FDDA 1E82E 5P8VA 5P23A 3T3CA 5PEPA 5P6OA 5P2AA 2HS1A 2F80A 3LIZA 5JFUA 3BXRA 5P49A 3UFLA 3NXNA 3T7PA 3OXVA 1HBVA 4Y51A 5P5QA 1XE6A 3OXXA 5P2SA 2B60A 4J1EA 4ZIPA 3VYEA 3DCKA 3EL0A 5P7DA 4L6BA 3PHVA 4S1GA 1IZIA 2PH8A 3QVIA 2FIVA 1T7KA 4GYEA 5OZOA 4JOOA 1TQFA 3L38A 4FRSA 2OHUA 2IQGA 4XXSA 2WECA 4YD3A 3S8IA 1FQ4A 5P5NA 5KR0A 5P1IA 4U7VA 4R5NA 1XL2A 1BWBA 4Y36A 5P7MA 2RKFA 4Y3AA 5DGWA 4EP2A 3KFRA 1HEFE 3OXCA 1K6VA 3PWMA 1YX9A 2NMZA 3URIA 1BVGA 5AH8A 2QD6A 1AAQA 4I0EA 2J9KA 1HPOA 2ZJLA 1FMXA 4L7HA 4Y5NA 4DPFA 5P6TA 5P04A 4D85A 2NXMA 1A94A 3RU1A 1IZHA 4GJBA 4DH6A 5P4ZA 4Y5GA 3O9LB 3T11A 5P45A 1HOSA 3ER5E 5OZPA 1SDTA 2FGUA 3SKFA 3I2LA 1T3RA 4Y3FA 2F3EA 5OZ5A 5P6EA 5IVSA 5P51A 5P0QA 4DJOA 2VNNA 5P6JA 1UH7A 3QRMA 4OBGA 3R0WA 4YA8A 3R4BA 5JODA 5OZMA 4LXMA 4MC9A 2IDWA 4J1HA 5OZSA 5P7JA 5P05A 1MT8A 2JJIA 2AVQA 5P7QA 1W5YA 3EC0A 4ZLSA 3PM4A 4B1EA 3SA4A 3DJKA 4HE9A 5P33A 3OQFA 1LYBB 3I6OA 3NLSA 2BPWA 5P70A 4AUCA 4B77A 4AA8A 5P22A 3KM4A 2QI7A 4R8YA 5P1RA 2QMDA 5OZ2A 1HPVA 4LHHA 3NU6A 3EXOA 2Q54A 2QI3A 4Y3EA 5DR8A 4FRKA 2G21A 4Y43A 2FGVA 3MSKA 5P0LA 2WF4A 3ZMGA 3K4VA 5P7OA 3OU1B 2FXEA 5P5MA 4Y4XA 4E43A 1A8GA 2BB9A 5AH6A 3IXOA 3ZPUA 1BILA 4FL8A 5P58A 3NU9A 1FQ6A 2IENA 4Z22A 1B6LA 2Q55A 5OZLA 4I0DA 4FS4A 3QROA 2QHCA 4GJ7A 5P5HA 3G6ZA 5OZZA 4COEA 4OD9A 1B6PA 7HVPA 5P86A 3RSXA 1SIVA 2P4JA 5JFPA 1LYWA 1FLHA 1SGZA 5P1WA 5P4UA 2WF2A 4UPJA 3I7EA 4Y3SA 5P60A 1E5OE 5E5KA 2HB2A 3O9CA 4I0ZA 1HPXA 5P2OA 3NU3A 2IKOA 3L5BA 1XS7D 3LPKA 3FV3A 4J17A 3TKWA 1NPVA 5P5YA 5KR2A 5OZCA 3K5GA 3OQKA 3SA6A 5P0PA 4Y4UA 5P6QA 1LEEA 5HD0A 5P3CA 3L3AA 5OZEA 3UDRA 5P8LA 1LYAB 4FCOA 2OHMA 2V12C 4TRYA 2V11C 4RLDA 5P2QA 1XN3A 1HIVA 1ZJ7A 4DJQA 2EWYA 2VA7A 5OZIA 3LIQA 3K5FA 4Y37A 5ENMA 5I3VA 5OYZA 5P3ZA 5P6IA 1KJ7A 5KQFA 5P4CA 1MESA 3SQFA 2G22A 4HDFA 3UDPA 3OUBA 5P1AA 4GJ9A 4EHCA 2G1OA 5P17A 3PLDA 5P28A 4F75A 2F3FA 5P5AA 5P1GA 2JXRA 5P1QA 1MT7A 3FNUA 5HU1A 4Q1NA 4WY6A 3ZPSA 3U6AA 2IEOA 4A4QA 1E81E 4OBJA 5P20A 2VA6A 4ZSMA 4KE0A 5P63A 3EKWA 3EKVA 3UQUA 3U7SA 2MIPA 4Y58A 1ODWA 5P4VA 5P7PA 3ST5A 4CKUA 5P6SA 3T7XA 3NU4A 3VFAA 3SA5A 3HD8A 1QBRA 4OC6B 4EJKA 4Y5PA 4ZSRA 5P89A 4LXAA 4EJLA 1IDAA 1DAZC 4Y39A 3U71A 4EP3A 4FM7A 5P5EA 4IVSA 4NPUA 1IBQA 2OHSA 3R1GB 1GVXA 4DJYA 3HW1A 5P2WA 2H6SA 5OZNA 3SA3A 5P6WA 5P1YA 3LIVA 3ZPTA 3QAAA 4I10A 5P73A 3S85A 4APRE 3L59A 5DR1A 4HA5A 5P6BA 5P0UA 5P62A 2ASIA 1Z8CA 1LF3A 5HCOA 1IZEA 5P2ZA 4LBTA 1META 4YHQA 1LF4A 5P5UA 5P7IA 1K2CA 5E5JA 5P5CA 5OYSA 1M4HA 3MSJA 4AA9A 3UDJA 2AZ9A 4H3IA 5P0EA 5P59A 1WBMA 1PSNA 5P1KA 5P8FA 5P12A 1LV1A 4U7QA 4N00A 5P7NA 5P2LA 3CIBA 3I25A 4I0FA 5P5IA 5DR3A 3H5BA 1MT9A 2QHZA 3VYFA 4OBZA 2Z4OA 2RKGA 4EYRA 1NSOA 1VIKA 3M9FA 4DJVA 1RL8A 5P65A 4GJDA 1CMSA 1D4JA 1SIPA 1YTIA 3FIVA 4H3GA 5P8PA 4I8WA 5P6DA 4HEGA 1GNOA 1K6TA 5P3VA 8HVPA 3OAGA 2R5PA 4LP9A 1EBYA 1BBSA 3GI6A 2Q3KA 5P2UA 1HIIA 3EL1A 2AVVA 4GJ5A 2PH6A 1FQ8A 1GVVA 2ZHVA 3KT2A 5P0DA 5P6PA 1FIVA 3VV8A 1HTEA 5P1CA 4JPCA 5OZQA 5P3TA 4XX3A 4QJ7A 1GKTA 3GI0A 5P87A 3SABA 2QK5A 3UDYA 3OADB 4Y3QA 5P3DA 5HDXA 2AZ8A 3PWWA 3KFSA 5KQZA 2UY0A 3HVGA 5P47A 5P38A 3UQWA 5P2HA 2HS2A 5P4GA 3NSHA 2XYFA 5DR0A 3OGPA 3SPKA 4Y4AA 5P0HA 3O9DA 3ZL7A 5OZJA 4DJWA 3KT5A 1APVE 5OZ0A 5P5FA 1HVHA 5P44A 3I8WA 4J0PA 5P4SA 5P1UA 3DV5A 2ER9E 4K9HA 1PSAA 5P8RA 3BHEA 4Y3LA 4NJSA 3URJA 1QBUA 2ER0E 1EC2A 5P3KA 5C9DA 2XYEA 3TPPA 5COKA 4RZ1A 5P6YA 5P8GA 3WSJA 3L5DA 1EEDP 1Q9PA 3ZKGA 2ZDZA 1RPIA 5P1BA 2WL0A 5P4LA 1B6JA 4L1AB 1HSIA 2ER6E 3L5FA 5P5SA 3O9IA 1MTBA 5P7FA 3PLLA 5P4JA 2O4NA 1MERA 1TZSA 2QHYA 4EQ0A 5P3LA 1W6HA 3OOZA 3UQXA 5P07A 5P8IA 5P1HA 3C9XA 5HE7A 5P2GA 5P4YA 5IE1A 4GJAA 4A6BA 1C6YA 2WF1A 5P18A 5IVRA 2OHRA 3PMYA 4DQGA 4Y3YA 4H1EA 3HVPA 4Y5CA 3EKPA 5P1MA 3SM1A 4Y9WA 5P4XA 2P3DA 3UDMA 3NYGA 5P2XA 3TTPA 1D4IA 1MPPA 3KMXA 5P3RA 1SGUA 4Y38A 4XKXA 3QIHA 4J54A 5P3EA 3URLA 4Y5AA 1YM4A 4Y57A 4FSEA 3PSYA 5P24A 4Y56A 4RVIA 5P41A 5OZXA 5HDUA 2ZJHA 4EXGA 2P83A 4K4PA 3EKXA 2IGYA 1C6XA 4RROA 2NR6A 1AIDA 6UPJA 3NUOA 1WKRA 5TOLA 5P61A 5HDVA 4BELA 3KN0A 3ZKNA 5P4EA 4DFGA 5P03A 1FQ5A 5P48A 3PCZA 5OZGA 4CPTA 1FF0C 1U8GA 4I12A 3RTNA 1MSNA 2BPZA 4Y3NA 3D91A 5P84A 5P7LA 1UH9A 1SMEA 3OUDB 5P3PA 4NKKA 2P8HA 4DQCA 3VV6A 4LL3A 3ZKSA 4GB2A 1M0BA 1B11A 3K5CA 1B6MA 4DJRA 5P3SA 4Y4DA 4EPJA 3AIDA 5FIVA 3IAWA 2VIYA 3S7LA 1IZDA 5P2BA 5OZ3A 5P0WA 3S43B 3UFNA 4DQFA 5AH7A 5DQCA 5P8OA 2J9JB 3BUFA 5OYXA 2VA5A 2I4VA 1B5FB 3OU4A 2O4PA 1A30A 1C70A 1KJFA 2WKZA 5P8DA 1OHRA 5P6AA 1BV7A 2NNKA 4QGIA 5HCTA 2G24A 5P0OA 3S56A 3T6IA 5P6UA 1GVTA 4FAFA 2XFKA 1ZPAA 2NMYA 3SM2A 2OF0A 1QRPE 3GGVA 3VUCA 3ZKMA 2OHPA 3D1YA 5P11A 3KMYA 4JECA 3VLAA 3S7MA 2VIZA 5IVQA 3BVAA 1MUIA 1IIQA 4J1IA 3DOXA 5P0CA 2BJUA 3AUPA 5P0AA 4X7IA 5P0ZA 4Y4BA 1E80E 3VSXA 2WEBA 1HVIA 2AQUA 2R5QA 5HE5A 2NXLA 5P3OA 4L7GA 5P34A 5EZXA 4RVXA 6FIVA 3LPIA 5OZ4A 3O9FA 3S53A 5IS4A 5P75A 2V0ZC 3ZKIA 2I4WA 1GNNA 5P57A 5P3GA 2HC0A 2FXDA 5P09A 5DGUA 5P3UA 5P85A 1EPME 5P4RA 1G2KA 2PQZA 3S45A 1HVKA 1D4HA 4DV9A 5P8BA 5P6MA 2P3BB 1VIJA 1G6LA 4GIDA 4AMTA 5P64A 5P19A 5P7HA 5OYTA 1GVWA 2CEJA 4D88A 1F7AA 3CIDA 1EPNE 2PC0A 5P6CA 5P5GA 3EL9A 3PEPA 5P1XA 2R3TA 3B7VA 4I0GA 3Q70A 1DMPA 2A1EA 4Y6MA 3DK1A 1K1UA 5ISKA 3OQAA 5P8KA 1NPAA 3VF3A 4RGHA 1OD1A 5P1OA 5P42A 3WZ6A 5P4BA 4MC6A 5P8SA 3IA9A 3O9AA 2WJOA 1EBWA 2O4KA 1HHPA 1SMRA 1TSQA 1QBSA 5OYRA 1HSHA 1HTGA 4NJUA 2WEZA 4GJCA 5OZ7A 5P2FA 5P32A 5P66A 2I4XA 5P6HA 1EBZA 4Y4JA 2SAMA 5P2JA 3BUHA 3O99A 3O9BA 4RVJA 3WZ8A 2R38A 3MXEA 5P5LA 5J25A 1DIFA 2QZLA 3APPA 3OXWA 2PK6A 5P4FA 2I0AA 2QD7A 1W51A 1SH9A 2BPVA 5KQYA 5P02A 3OHHA 4R93A 4QJAA 2QI5A 5ENKA 3WB4A 2ZJJA 3RSVA 5SY2A 5P6KA 5P7KA 2QU3A 5P4DA 5P2IA 4Y3HA 3IXJA 1MEUA 5B18A 4PZXA 1HVSA 2QP8A 3ECGA 5P0FA 1T6EX 3R0YA 1TSUA 4HVPA 4YDFA 3BC4A 2ZJKA 5P37A 2HB3A 5P39A 2AVSA 3PRSA 2AOEA 5OZ1A 1W5WA 5P00A 1MIQA 2HM1A 1AM5A 3MXDA 1W50A 5P6NA 4K4QA 3IN4A 3CICA 4YOBA 2G26A 3BXSA 1XL5A 5P7ZA 1EPOE 2Q64A 1T7IA 2BKSA 5DR4A 2BQVA 3O9LA 5F00A 1A9MA 3LHGA 4Y4GA 1EC3A 3Q5HA 1APTE 5BS4A 2OHLA 3PWRA 5UPJA 2I4DA 4Q1YA 4ZE6A 4GMIA 2HPFA 4Q5MA 5P2DA 5P67A 1ZBGA 4DJPA 3UQRA 5P7YA 5P7RA 5C9FA 2G1RA 2I1AA 5P55A 3KFPA 4FAEA 5OZDA 3PMUA 1HSGA 4YD4A 1BDQA 2F8GA 4DQEA 2CENA 3HBOA 5P68A 5P79A 4Y50A 4DQHA 5KQXA 4DQBA 2R43A 4YD6A 3GW5A 2QZWA 5P30A 5OZHA 5P3QA 5P4PA 5P83A 1LYBA 4PPHA 5SXNA 5P1VA 4FGXA 2IGXA 1BDLA 5P26A 3O9HA 5P72A 2BKTA 5JG1A 2VIEA 1ZLFA 2AZBA 3NXEA 5P81A 5P3NA 1KJHA 4DJUA 3L5CA 1SDVA 1YTGA 4YD7A 5P77A 2UXZA 3S2OA 2Z54A 4PYVA 3FX5A 2V10C 4QJ2A 2XFIA 3OU1A 3SA8A 1HIHA 2VJ9A 1W5VA 5P88A 4Y4TA 5P8QA 4ZSPA 5P0GA 2FDEA 4RRSA 5P5BA 2HPEA 2JYSA 4R95A 3CMSA 1CPIA 1EC0A 2AOGA 2V00A 4WTUA 1DPJA 1HXBA 3NWQA 4Y3GA 4CP7A 1BVEA 2P3AA 4Y4EA 4FM6A 5P3YA 2G1NA 2AODA 5I70A 1EAGA 9HVPA 3EMYA 1QDMA 4TRWA 1MSMA 4EJDA 1AXAA 3Q6YA 5HU0A 4FLGA 4J1FA 4Z4XA 3SACA 5P29A 6APRE 2VKMA 3QI1A 5P7UA 4CPWA 3LPJA 1MRWA 4CPXA 5P7EA 5P7SA 2ZHTA 3PJ6A 3CYXA 5P3IA 4J0TA 4KB9A 2PWRA 4H3JA 1KJGA 3JW2A 3GI5A 4AZYA 4A6CA 5IVTA 4WY1A 1AZ5A 2Q11A 5T4SA 4B05A 1LYAA 3UQPA 5P53A 2QI4A 1YTHA 4HZTA 3JVYA 3VCMA 2QI0A 4Y3JA 4ER1E 3NDXA 5AHCA 3INHA 1ZP8A 3PGIA 3QP0A 3EKTA 4Z2ZA 3BRAA 4F76A 4EQJA 3BGCA 2QI1A 3O9GA 4J1CA 1PROA 5OYQA 5OYYA 5P69A 2I4UA 3GGXA 5P0RA 4J0VA 5CONA 5ER1E 4GJ8A 4QJ8A 3FNSA 4QLHA 3PB5A 2AOCA 2WEDA 1YTJA 1Z1HA 4Y3XA 3UPJA 4CPSA 4RYCA 5P7AA 3PI5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3K4V C;  5P1P A;  2VJ7 A;  4MC2 A;  1W5X A;  2V13 A;  2FDD A;  1E82 E;  5P8V A;  5P23 A;  3T3C A;  5PEP A;  5P6O A;  5P2A A;  2HS1 A;  2F80 A;  3LIZ A;  5JFU A;  3BXR A;  5P49 A;  3UFL A;  3NXN A;  3T7P A;  3OXV A;  1HBV A;  4Y51 A;  5P5Q A;  1XE6 A;  3OXX A;  5P2S A;  2B60 A;  4J1E A;  4ZIP A;  3VYE A;  3DCK A;  3EL0 A;  5P7D A;  4L6B A;  3PHV A;  4S1G A;  1IZI A;  2PH8 A;  3QVI A;  2FIV A;  1T7K A;  4GYE A;  5OZO A;  4JOO A;  1TQF A;  3L38 A;  4FRS A;  2OHU A;  2IQG A;  4XXS A;  2WEC A;  4YD3 A;  3S8I A;  1FQ4 A;  5P5N A;  5KR0 A;  5P1I A;  4U7V A;  4R5N A;  1XL2 A;  1BWB A;  4Y36 A;  5P7M A;  2RKF A;  4Y3A A;  5DGW A;  4EP2 A;  3KFR A;  1HEF E;  3OXC A;  1K6V A;  3PWM A;  1YX9 A;  2NMZ A;  3URI A;  1BVG A;  5AH8 A;  2QD6 A;  1AAQ A;  4I0E A;  2J9K A;  1HPO A;  2ZJL A;  1FMX A;  4L7H A;  4Y5N A;  4DPF A;  5P6T A;  5P04 A;  4D85 A;  2NXM A;  1A94 A;  3RU1 A;  1IZH A;  4GJB A;  4DH6 A;  5P4Z A;  4Y5G A;  3O9L B;  3T11 A;  5P45 A;  1HOS A;  3ER5 E;  5OZP A;  1SDT A;  2FGU A;  3SKF A;  3I2L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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