3NDUA

Hiv-1 protease saquinavir:ritonavir 1:5 complex structure
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Investigation of 2-Fold Disorder of Inhibitors and Relative Potency by Crystallizations of HIV-1 Protease in Ritonavir and Saquinavir Mixtures
doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nduA00
4ER4E 3PCWA 2F80A 1DP5A 5HCOA 5P7MA 1MVPA 2O40A 1PFZA 5KR0A 5OYSA 5P4DA 4Y57A 3BGBA 3PSGA 5P8HA 2P3AA 4U7QA 3OGQA 3KA2A 1ZP8A 4CP7A 2H6SA 4X2LA 3FNTA 2VIJA 4ZSQA 3AIDA 3BXSA 4DQBA 1Z1RA 5P6OA 4I1CA 5OZXA 1MTRA 1EPNE 1J71A 3I8WA 1BV7A 5HTZA 3S45A 2OHTA 2QZKA 5OZ8A 3SM1A 3OHHA 3QP0A 1K2CA 5P1YA 1EPPE 3QRMA 1MSMA 1BWAA 1BAIA 3HZCA 3D3TA 5P0VA 5P0AA 1A94A 5OYTA 3ER3E 3S7LA 2QD7A 3INHA 3VSWA 4Y3SA 1IVPA 5AHAA 5ENKA 4J17A 3IXJA 3RU1A 2VS2A 5COOA 2J9KA 3SQFA 1HPOA 5P3MA 1E82E 4BEKA 5OZ2A 3NDXA 2BPYA 5AH8A 2IGYA 1B6KA 4NPTA 5DR8A 5P5ZA 4OBKA 4DJRA 5P7RA 5P8RA 3UDJA 3L5EA 3KN0A 3NUJA 1APVE 1ZSFA 2AIDA 3LNKA 5P74A 9HVPA 4J0PA 5DR4A 1TQFA 1Z1HA 5I3XA 3S2OA 3S85A 1SP5A 3FSMA 5P6TA 3RVIA 4DJYA 5P7FA 4EJ8A 5P7PA 2JJIA 4Y3LA 2QI3A 2F8GA 5F00A 5P06A 1SBGA 4YD6A 1G35A 3D91A 4Y4XA 3UQXA 4Y35A 3SA4A 2ZJKA 2ZYEA 1KJ7A 5P7IA 3INDA 1MTBA 1XDHA 5P4LA 5P58A 2B7ZA 4FS4A 3GI6A 4QJ9A 1SDUA 2IQGA 5P0PA 5P1KA 2QI6A 1FG8C 5P2MA 5P3FA 2P83A 4DUSA 4I8WA 1WBMA 2B7FA 5OZ7A 3UDYA 3MWSA 2QNQA 1NH0A 3HD8A 5P4SA 1C6YA 3L5BA 4CPUA 5I70A 1LEEA 4FE6A 4J0VA 4Z4XA 1YX9A 3LZSA 5P24A 2OAHA 2WEBA 2WF0A 4FCOA 4HDBA 3D20A 4J1HA 5P1IA 3M9FA 3FX5A 1YM4A 2VJ7A 5P2AA 3HVPA 2G1YA 5P11A 5P14A 5P7CA 2WHHA 1HVIA 4AMTA 3OUBA 4NJTA 3TPPA 4Y3FA 2AVOA 3VF5A 4J55A 1K6VA 3GI5A 5P2ZA 3GI4A 5HCTA 1HHPA 2FXEA 3HBOA 3JW2A 5P39A 3EKYA 5DR1A 4Z22A 5P08A 5P09A 2FDDA 2QI1A 1ZSRA 3I7EA 1APWE 3HAWA 2PWRA 5P26A 2IL2A 3BHEA 2FNSA 5DQ4A 4YD3A 1ZJ7A 5P6PA 2QHCA 1HIIA 3DUYA 5P5VA 4EPJA 4Y51A 5HDUA 3KDDA 5P0BA 4TRWA 3VV7A 2ZE1A 1QDMA 4AA9A 5P7UA 1CZIE 4Y3TA 4DQCA 4Y5CA 5P1UA 4APEA 5P87A 5P1ZA 3B7VA 1YT9A 1PPME 2JYSA 2ZJJA 1EC0A 3LINA 4DJOA 5BWYA 4LHHA 5SY3A 3SLZA 4Y36A 2AZBA 5P36A 3LZYA 5P2UA 3TKWA 1XE5A 5IVTA 3OQ7A 1AIDA 3PCZA 5P34A 4FL8A 4L7GA 4ZPGA 4B72A 1PPLE 3OOTA 5P8IA 3WSJA 1KJFA 5C9BA 1APUE 3BUFA 2FXDA 4I0GA 1T7KA 2ZJIA 4DI2A 5P1XA 2F3FA 3N3IA 2QI0A 4I0DA 2V16C 3DK1A 1FMXA 1YTJA 4AUCA 1EBKC 1NPWA 5P31A 3ZKNA 2QI7A 2IKUA 1NPVA 2BJUA 7HVPA 1UPJA 3EM4A 3PGIA 3PLDA 5P8QA 5P4GA 4DQGA 4EJDA 1W5WA 3S53A 2BPZA 4CMSA 5P68A 3ZKSA 2MIPA 5P4AA 3KFSA 4MC6A 5P5FA 3EKWA 3OUCA 5HE5A 5P43A 5P3TA 4GZFA 3UDPA 3QBHA 4B05A 5P2BA 2JXRA 4FSLA 5P7DA 2NNPA 2PK6A 1EBWA 1FQ5A 5P6EA 4J0YA 1EC3A 1EPQE 3OQAA 4YDGA 3QI1A 4YDFA 1UH7A 4GJAA 5P33A 4Y5GA 4ZIPA 5P1PA 1Q9PA 3KYRA 3PSUA 3DJKA 3URLA 1M4HA 2QZLA 1LF3A 5P1RA 2FMBA 2FDEA 5P2FA 1G2KA 4MC9A 5P13A 1HVHA 5P27A 4Y9WA 4XXSA 3QRVA 4OBGA 1FQXA 4ZPEA 3QAAA 5P6SA 4GJBA 3OU1A 4B70A 4FGXA 2QHYA 5DQCA 5P8TA 5AHBA 1HVRA 1TSQA 1FMBA 5P25A 3WZ8A 1VIKA 5P8DA 2EWYA 4KE1A 5OZ1A 1PROA 1QRPE 5P03A 2UXZA 7UPJA 5KQXA 3PHVA 4QGIA 1HRNA 3PBZA 5P4YA 3MXDA 5KOSA 1JLDA 1HVCA 2I4DA 2R38A 1B6MA 5OZAA 5OZTA 5P61A 5JFUA 5P8PA 1G6LA 3OOZA 3VV8A 3S56A 4Y4ZA 5P0QA 4CPQA 5P47A 1GKTA 3L5FA 4EP2A 3KDCA 3OU1B 4R5NA 5P69A 4YCYA 2IEOA 3NYGA 3SKFA 3OADA 1LYBA 1GVXA 3CICA 5P2OA 5P55A 3PWRA 5P77A 2QHZA 3PM4A 4TVHA 4JOOA 3EBZA 1W5YA 3OUDA 1LS5A 5BRYA 3O9LA 4Y6MA 5P6FA 2XFKA 1APTE 2CENA 5DQ1A 5ER1E 5P3ZA 1ODXA 4Y41A 3RTNA 4GJ5A 2ZGAA 1EPME 4FRKA 5P20A 4LP9A 2AOHA 1FFIC 3OADB 5FIVA 1LYBB 5P0HA 1W51A 4U8WA 1W6HA 1LF4A 2RENA 1PSOE 4EHCA 3UHLA 4CPWA 1HOSA 4HA5A 3BUHA 5P7EA 1DMPA 5P79A 5CLMA 2V13A 3OTYA 3TKGA 5P6DA 3OUDB 1SGZA 3GW5A 1OEWA 2AOCA 4MC2A 3O9LB 2QU3A 5P75A 3UPJA 5P00A 4XX3A 4YBFA 5P83A 2ER9E 5P8GA 2HB4A 4F76A 4Y53A 1BXOA 4BELA 4KE0A 5P3RA 2RMPA 2I1AA 5OZ3A 4ER1E 5P2EA 5OZBA 2AVQA 2G26A 4RVXA 4Y56A 2JE4A 3SFCA 5P7LA 4RYGA 5HVPA 3CYWA 1HSGA 3OAGA 5OZYA 5P1CA 3OXWA 5P5CA 4FM7A 3WZ6A 5P1FA 3EL0A 2G69A 4CKUA 1WBKA 5P0EA 3S54A 5OZGA 1SMEA 1ME6A 5OZMA 2NXDA 3UDKA 3I25A 1AJXA 5CONA 5P5MA 4L1AA 3O9GA 5P2TA 3UDHA 1E80E 4Y4TA 1T7IA 5P6WA 2HB2A 4EXHA 3VFAA 5P7SA 2P8HA 5P5OA 5P5YA 5KQZA 3OWNA 4CPRA 4RVIA 2Z4OA 1HEGE 5E5KA 5IVSA 3URJA 5P3QA 4ER2E 3DOXA 4OBZB 5P15A 3OAGB 5P8NA 4TRZA 2G1SA 2FDPA 5P42A 5P3LA 5HE4A 3SA7A 3OK9A 4Y58A 1GVUA 4L1AB 5P4JA 1UH8A 4ZLSA 3KM4A 2PQZA 5P6HA 2I0AA 4Z2ZA 2QI4A 4Y39A 2PK5A 3QIHA 2NXMA 2G1NA 2R3TA 4Y54A 2HAHA 3VYDA 5OYQA 5P3PA 3LIVA 4Y3HA 4Y5MA 3VYEA 5JG1A 3IA9A 5P5AA 5P7AA 3ZKIA 4CPSA 5P6LA 4GMIA 4D8CA 3UTLA 2PMAA 2BPXA 3O9HA 5OZWA 3CIBA 3L5CA 3KFRA 2ZHUA 5P5LA 1BXQA 4I8ZA 2PH8A 3R4BA 4IVSA 3H5BA 1ENTE 4Y48A 3NUOA 1EC2A 5P2SA 2NXLA 2FGVA 3OXXA 4FAEA 3R1GB 5TOLA 5P5TA 4Y3GA 3UFNA 3PMUA 4I0IA 1BDQA 5DR7A 5DR3A 5IVQA 3VSXA 3SA5A 3ZL7A 3NDWA 1A8KA 3FV3A 5P4KA 2XYEA 2OHKA 5P5GA 3WB4A 2V12C 1GVTA 4LBTA 2QMGA 3PRSA 2BPVA 3K4VA 1B11A 1FQ4A 3Q70A 2Q63A 1IDBA 3LZUA 3VLAA 4APRE 3K1WA 1AJVA 3R0YA 1YTHA 3D1YA 4UPJA 3IAWA 5P6YA 4Y50A 3ZLQA 1YM2A 5P8SA 3LIXA 3C9XA 1RNEA 5P3BA 1EEDP 4FLGA 2R9BA 1SH9A 3PB5A 4Z50A 3MSJA 1LF2A 4YD5A 1MERA 8HVPA 2HC0A 3GGXA 4DVFA 1FF0C 2BB9A 1IBQA 3CYXA 4Y4JA 1KJGA 3MSKA 5P4WA 5P7QA 3NDTA 4DPIA 3DCKA 1E5OE 3NXNA 3TL9A 1C70A 2SAMA 1ZAPA 3TPLA 4Y4EA 3ER5E 3T6IA 1HBVA 4Y5BA 5P8OA 3SABA 4OD9A 2Q55A 3EM3A 5AH6A 3R0WA 5P50A 5P5EA 1IZHA 3N4LA 3RSXA 4HE9A 3T7QA 5P1NA 5KQYA 1ZPKA 5P3XA 5I3WA 4Y47A 5OYUA 3VYFA 4WTUA 2HM1A 4Y3ZA 4CPTA 4H3FA 5COPA 4PHVA 1IZEA 3LIYA 4PZWA 3BXRA 1HIVA 3CIDA 3T11A 2QP8A 4Y5AA 5P8LA 5OZPA 1MRXA 5P2CA 5P22A 1EC1A 3S43A 1FLHA 3NU6A 4OD9B 5T4SA 2ZHTA 2PYMA 3ZKQA 2WF2A 3VF3A 5P19A 2AOIA 1A9MA 5P4IA 3BRAA 5OZCA 1HVLA 5ENMA 5P7KA 5P4QA 3EC0A 2QCIA 5P16A 4RRSA 2B8LA 5B18A 2F81A 4FRJA 4GB2A 3Q3TA 1C6XA 5P45A 5P8VA 5P6JA 1FFFC 1XL2A 2V10C 3NR6A 4EWOA 4RRNA 1D4KA 3S43B 5P8AA 5P1OA 3BUGA 2P4JA 4D85A 5P6AA 1FQ6A 2IDWA 3KMYA 3PBDA 2NPHA 5P4HA 4RZ1A 3LPIA 1HTFA 4DV9A 5P0SA 2NTRA 2B42A 4F74A 5P0CA 5P3AA 5P7GA 4Y5EA 3EM6A 4L6BA 5OZVA 5P66A 5EZZA 5P3HA 5P3DA 5P59A 3OQKA 5P2HA 4EJLA 3HDKA 2HIZA 4Y4WA 5P1MA 4QJ2A 4YOAA 2G1RA 5P1HA 3VCMA 1AXAA 4LXAA 3HW1A 4JECA 5P5RA 3DM6A 4H3GA 4JPCA 4Y4BA 1BILA 3EKVA 5P1EA 2Q15A 5P4NA 2ASIA 4Y3MA 2AQUA 5P6IA 2AOEA 2R3WA 5P0TA 3CKTA 2PC0A 4HDPA 1QBTA 5P0KA 4J0ZA 3BVBA 1HXWA 4H3JA 3EL5A 3A2OA 5P6QA 5P6CA 2Q54A 3BGCA 1BDRA 2HPEA 5P8MA 2PSVA 3F9QA 1E81E 4R95A 1U8GA 4Y3QA 4Q1WA 3KT2A 3BVAA 4BFBA 5PEPA 2WKZA 4Y5KA 1DIFA 5P70A 1B6PA 4YD7A 5P4FA 3KDBA 4TRYA 3K5CA 1DAZC 2CEMA 2A1EA 2F3KA 4L7JA 4X7IA 5DGUA 4LXKA 5P8JA 3OQDA 5P3CA 5P2RA 4J1FA 2QMFA 3O9IA 5P3GA 4EQ0A 2XFIA 3IN4A 1IZDA 4EQJA 5OZLA 5P2LA 4RGHA 1XS7D 4J1KA 1META 5P05A 4Y5NA 4M8YA 4OBFA 4J0TA 3MSLA 4Y4UA 1FEJC 5P48A 5P7ZA 1CMSA 3FIVA 3QPJA 5P84A 5OYXA 4D83A 4EP3A 5P0XA 1EPLE 5AHCA 4RCFA 1AZ5A 3H0BA 5OZ4A 3TPRA 4EXGA 4ZSMA 4BFDA 3GGUA 4WY1A 4U7VA 2G1OA 1BWBA 4B77A 1GVWA 5KOQA 5OYYA 4M8XA 1HEFE 1OHRA 5AGZA 3UQUA 2PYNA 5P6XA 4B1EA 3LZVA 2FLEA 4KB9A 1HTRB 5P7JA 2Q64A 3UDQA 4YHQA 4A4QA 4E43A 5IVRA 4Y44A 5P3NA 4FM8A 1W5VA 2UY0A 2VIEA 2QNPA 5DPZA 1G0VA 5COKA 3DV1A 4RVJA 5P53A 2ZDZA 1C6ZA 1QBSA 5P2XA 2P3CA 1FIVA 3O9BA 3U7SA 4QLHA 1Z8CA 1BVGA 3ZPSA 2O4NA 4DJUA 3G72A 1MIQA 4YCKA 1W5XA 5P1GA 3OQFA 5I3YA 4J1CA 1ODWA 2A4FA 4HEGA 5P6MA 5OZ9A 3Q6YA 5P07A 4DQEA 5P1AA 1MEUA 5ER2E 3OHFA 4IVTA 5I3VA 5OZSA 2VA5A 5OZOA 1VIJA 4Y3JA 2AZCA 4J5JA 4ZE6A 3EL1A 3ZKMA 5HU1A 4Y5PA 3PEPA 5P67A 3APPA 2OHPA 3D1XA 3VFBA 3EKPA 3INEA 1SDTA 3IVIA 5P5BA 4F73A 1T3RA 3TOGA 5P1DA 1HTEA 3EMYA 3T7PA 5P23A 4L7HA 1K6PA 1D4YA 1YTGA 3NU3A 3OXCA 4QJ7A 2WF4A 3IN3A 4GJ9A 5IE1A 1PPKE 1NPAA 5P0GA 4ZEAA 1XN3A 1LYAA 3K5GA 4NJSA 5P0IA 3VLBA 5P6RA 5P1WA 1TCXA 3CKPA 3UQWA 5OZ5A 5P3YA 5P8KA 5P62A 4RYCA 4S1GA 3SM2A 5P49A 2AOJA 1A8GA 5OZQA 5P6UA 4K8SA 4OC6A 2P3BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ER4 E;  3PCW A;  2F80 A;  1DP5 A;  5HCO A;  5P7M A;  1MVP A;  2O40 A;  1PFZ A;  5KR0 A;  5OYS A;  5P4D A;  4Y57 A;  3BGB A;  3PSG A;  5P8H A;  2P3A A;  4U7Q A;  3OGQ A;  3KA2 A;  1ZP8 A;  4CP7 A;  2H6S A;  4X2L A;  3FNT A;  2VIJ A;  4ZSQ A;  3AID A;  3BXS A;  4DQB A;  1Z1R A;  5P6O A;  4I1C A;  5OZX A;  1MTR A;  1EPN E;  1J71 A;  3I8W A;  1BV7 A;  5HTZ A;  3S45 A;  2OHT A;  2QZK A;  5OZ8 A;  3SM1 A;  3OHH A;  3QP0 A;  1K2C A;  5P1Y A;  1EPP E;  3QRM A;  1MSM A;  1BWA A;  1BAI A;  3HZC A;  3D3T A;  5P0V A;  5P0A A;  1A94 A;  5OYT A;  3ER3 E;  3S7L A;  2QD7 A;  3INH A;  3VSW A;  4Y3S A;  1IVP A;  5AHA A;  5ENK A;  4J17 A;  3IXJ A;  3RU1 A;  2VS2 A;  5COO A;  2J9K A;  3SQF A;  1HPO A;  5P3M A;  1E82 E;  4BEK A;  5OZ2 A;  3NDX A;  2BPY A;  5AH8 A;  2IGY A;  1B6K A;  4NPT A;  5DR8 A;  5P5Z A;  4OBK A;  4DJR A;  5P7R A;  5P8R A;  3UDJ A;  3L5E A;  3KN0 A;  3NUJ A;  1APV E;  1ZSF A;  2AID A;  3LNK A;  5P74 A;  9HVP A;  4J0P A;  5DR4 A;  1TQF A;  1Z1H A;  5I3X A;  3S2O A;  3S85 A;  1SP5 A;  3FSM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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