3NLSA

Crystal structure of hiv-1 protease in complex with kni-10772
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of HIV-1 Protease in Complex with KNI-10772
rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nlsA00
3OU1A 4LXAA 3L38A 3QRMA 3AUPA 2HC0A 1HPSA 3PB5A 5ENMA 4Z50A 3HZCA 2APRA 2OHLA 3I2LA 2V11C 3NXNA 4OBHA 5P4OA 2F81A 5P1IA 3S43B 5P2XA 3TH9A 1Z8CA 2ZHUA 4DPFA 5P3EA 4PEPA 5P0YA 3K4VA 5P2SA 2QMFA 4NKKA 5P68A 3VF7A 2G1SA 5DR8A 1QBTA 5P3LA 1NPVA 5P4HA 4ZE6A 4Y3YA 5P7HA 5P0PA 4DFGA 4EJKA 3WZ6A 2ER7E 4DQHA 3UQUA 1GKTA 2G1OA 4Y5AA 3ZKSA 2P4JA 4CMSA 5P09A 1MRXA 2QCIA 3LZUA 2G21A 1T7JA 2FGVA 5HCOA 4Q1YA 3T7PA 5OZGA 1IVPA 4A6BA 1MUIA 1HSIA 4LL3A 3DUYA 1FGCC 3OUBA 5P1ZA 5P4WA 5P5VA 3VSXA 3D1ZA 4HZTA 1W5WA 4YD6A 4I10A 2JJIA 3VLBA 4DJRA 4Y54A 3U6AA 5P7QA 3URLA 1PPME 1PROA 3LIXA 2P8HA 5CONA 2ER9E 1W5XA 1AAQA 2HAHA 1BVEA 2QI0A 3S2OA 4QLHA 4GZFA 4FIVA 5P8TA 5T4SA 1PSAA 2B7FA 4RRNA 3ZPUA 4D83A 3HBOA 4DJYA 5P6QA 4B05A 1K2CA 2WHHA 1ZPAA 2OHPA 2WKZA 5P0CA 4YCYA 3PWWA 4FSEA 5I3YA 2NPHA 3D91A 5P10A 4FM8A 1XDHA 4FE6A 5P8BA 3NU3A 1BV7A 3S7MA 3PVKA 5P78A 1SDVA 1YG9A 1FF0C 5P8DA 3BXRA 3KDBA 2IKOA 2QMGA 1C6YA 4H3FA 3ZOVA 4YHQA 3SLZA 2NTRA 2J9JB 5OZLA 1G0VA 1LF4A 4U7QA 3T7XA 3KT5A 1FIVA 1GNOA 1ER8E 4FRIA 5P36A 2SAMA 3OQFA 3OXCA 5P6DA 2PSGA 2AOGA 1UH7A 1EC1A 3B80A 1B6PA 5P1QA 5P2JA 1ZBGA 4HDFA 1TCXA 1DAZC 4N00A 4Q5MA 5P65A 3TKWA 4J17A 1LEEA 4E43A 4RZ1A 2PQZA 1TCWA 3R4BA 3LIZA 5OYRA 5I70A 2ZJKA 1K6VA 2IGYA 5P89A 3UQXA 4DH6A 5P07A 4D89A 3NWXA 3TKGA 5OZZA 5FIVA 1HHPA 3OAGA 5P4IA 1MIQA 2QHCA 5P3SA 1Z1RA 4DJXA 2WF2A 4GJ6A 3O9LB 5P0RA 4I0FA 2F3FA 3FKTA 2A4FA 4FRKA 2AVMA 3PBZA 3NXEA 4TVGA 4Y5PA 1FG6C 5P6KA 4EP2A 5P1VA 5P5QA 4Y4ZA 5P2BA 1EEDP 2P3CA 2B8VA 3IVHA 4H3IA 5P6XA 3SM1A 2Q55A 5P7KA 2FGUA 4B1EA 3N4LA 3JW2A 4J1KA 3WZ7A 1HVHA 5OZ0A 1WBKA 4Y3EA 1FEJC 4GJ5A 1FQ4A 4HLAA 4FM7A 3SA9A 4D88A 4GIDA 4Y3TA 1NPWA 3SACA 2AZCA 5P6AA 4RYGA 5P1RA 2WEAA 4KE0A 3SKGA 1QDMA 3OQAA 4CPRA 3HAUA 2IS0A 2NXMA 2FMBA 4GJCA 5P85A 4FAFA 4I0DA 5P7XA 5I3XA 2NMZA 2NNKA 3GI5A 4OBZA 3CMSA 2OAHA 1ZSFA 3OOTA 2R8NA 3UQPA 5DR4A 5OYYA 3QPJA 5P7VA 1UPJA 1APVE 1IZIA 1QRPE 5P38A 3VYDA 3SKFA 5KR1A 1XN2A 3EKVA 3JVWA 2I0AA 3SO9A 1D4LA 5DR7A 1AJVA 4COEA 2I4UA 4J0ZA 5P4DA 5KAOA 5P7JA 1XN3A 1E81E 3LPJA 1B11A 3NU4A 3L5FA 4Y3JA 5P6RA 4RCDA 1MTRA 3EL4A 1W51A 4BELA 3PCWA 5P3FA 5P3MA 4Y5LA 1PPKE 2AVSA 5P7GA 5P44A 1OD1A 1HVJA 2AOCA 5OZWA 4Y39A 4HDPA 5P37A 1ZSRA 3VSWA 3ZKXA 3VYEA 5P8SA 4BFBA 2Z54A 2ZGAA 4Y3NA 1F34A 3KDCA 3LNKA 1FB7A 5P8EA 3S43A 1E5OE 5P3UA 5KR8A 2BKTA 4Y5MA 5OZ8A 1MTBA 4OD9A 5P7DA 5UPJA 3S54A 4Y3HA 5P7RA 4I0ZA 2QI5A 1LZQA 4GMIA 4DJOA 3GGAA 5P8GA 5EZXA 2PH8A 5P6HA 4X7IA 7UPJA 2HM1A 3EKWA 5P4CA 5P4ZA 4DJWA 2AVOA 3OQKA 1A8GA 5PEPA 4Y5GA 5CLMA 5SZ9A 3G70A 1E82E 5COKA 2ZJIA 4DQCA 1FFIC 3FNUA 1IBQA 3HVPA 5P5LA 3PMUA 3SA3A 3QIHA 4Q1WA 2AVQA 1HTRB 3UDYA 4BEKA 1EBWA 3QS1A 5P1YA 5P0IA 3NU6A 4KB9A 3TPPA 3WB4A 4FL8A 1ZP8A 5P06A 2ZHSA 4Y45A 1HBVA 2G1YA 1IDBA 4Y56A 5KQXA 5P2ZA 5P66A 3ZL7A 5P3WA 4I0HA 1FG8C 4B00A 3RTNA 1FMUA 1KJGA 5P0DA 3NUOA 3R2FA 4Y41A 2Q3KA 4YBIA 5P4MA 5P0FA 4Y4JA 1B6MA 1FQ8A 4YE3A 2WEBA 2OF0A 3GI6A 4I8WA 1JLDA 1AXAA 2AQUA 4EPJA 5P8QA 3K4VC 3OUCA 5P3JA 3CYWA 1HXBA 3OHHA 3OTSA 5HDVA 1MSNA 2J9JA 3O9HA 1EBZA 5P4AA 5JFUA 1HVRA 3K5GA 4Y3PA 5P0EA 2QU2A 3B7VA 5DQ4A 4CPTA 3S45A 3UDRA 5ER1E 2QZWA 3T6IA 3EMYA 4DJQA 5AH6A 5P6IA 5P1CA 5P2HA 2ANLA 3DCKA 4FCOA 2ZJMA 5ENKA 4Q1XA 2AZ8A 5P61A 1RV7A 4JOOA 2ZYEA 4I8ZA 1T7KA 1GVTA 1HOSA 3IAWA 4TRZA 4Y6MA 3OGPA 2AOHA 2NXLA 1UH9A 3UDPA 3RSXA 3L5DA 5DR3A 4B78A 5P0KA 5ER2E 3QRVA 5P87A 2Q15A 1G6LA 3T11A 4FGXA 5P8JA 1IIQA 6FIVA 5P0BA 4S1GA 1W6IA 2G27A 5P6UA 5P24A 4EYRA 4EHCA 3L5EA 1XE6A 5P35A 3PM4A 5P2VA 1SH9A 3APPA 4LBTA 1KZKA 2G22A 2Q54A 5P6ZA 4YOBA 2UY0A 4DQGA 5SY3A 2VA6A 4YD4A 3UDMA 2ER0E 1MEUA 5P2LA 2PK5A 4MC1A 4A4QA 3QBHA 3NSHA 2A1EA 3QVIA 4YDFA 5P2IA 5KQZA 5P1FA 3PGIA 2XFKA 5P2YA 1C6XA 5BS4A 2G94A 5P45A 5P72A 5OZ4A 4MC9A 5P1BA 4IVSA 1DP5A 3D20A 5IS4A 5P69A 1E80E 3VEUA 5P6PA 5P8AA 5P8FA 4XX3A 3UDKA 5P5YA 4D8CA 2QD6A 5P3CA 4Y5BA 5KOSA 5P5CA 4F75A 1SGUA 5IVQA 3LIYA 5P5SA 3ST5A 4ACXA 3WZ8A 5P25A 5P2GA 2V13A 5OZJA 5P6VA 2ZJHA 4AA8A 1F7AA 1WBMA 3KFPA 5P75A 5OZQA 3MSKA 3DM6A 4FS4A 5OYSA 5P5KA 2IRZA 1MT8A 2ER6E 5SY2A 1AZ5A 1RQ9A 4PZWA 5P4UA 2IENA 3F9QA 2JYSA 4Y53A 3C9XA 2HPFA 3PJ6A 5P84A 1D4IA 4OD9B 4OBFA 2NMYA 4EXHA 1D4YA 5P0GA 1RPIA 3VUCA 5P7LA 5HTZA 3CICA 2PYNA 4CP7A 5P16A 2VA5A 4EJ8A 5P8IA 3OXXA 1AM5A 3H0BA 4YD3A 4LAPA 5OZYA 1HVIA 5OZSA 1PSOE 3GGUA 4J0YA 5P18A 1KJ4A 2R38A 4K4RA 4WTUA 4L1AA 1SP5A 4TVHA 4NJUA 3K1WA 1MVPA 2O40A 3O9DA 3EXOA 3OY4A 5OZOA 2BPYA 3EBZA 3OUDB 5P3GA 1HPVA 5OYZA 5P5HA 1HWRA 3SM2A 3BUHA 5P1UA 3SPKA 3QBFA 1G2KA 5P7MA 2WEDA 2VJ9A 5IVRA 1EPPE 1SBGA 4Y3WA 5P0TA 4CPQA 2QZKA 4PZXA 2AVVA 5OZMA 5ISKA 4JPCA 4YCKA 4HA5A 5P3YA 4Y3AA 1ME6A 3PWMA 1NSOA 3EC0A 5P5FA 2Q11A 2NXDA 3TOHA 1BVGA 2P3DA 5P6JA 3O9GA 1HTEA 5P3HA 2FNSA 1GVUA 1K2BA 2I1AA 5P46A 3MXDA 4Y35A 3PEPA 5DPZA 3DV5A 2HIZA 5P70A 4Z2ZA 5P12A 4J1HA 1OHRA 2Q63A 2HS1A 5P32A 5I3WA 5OZKA 5AH7A 3MSJA 1BXQA 4J5JA 5OZTA 5P1NA 4CKUA 1B6KA 2H6SA 5P7TA 1YT9A 2XYFA 2QI3A 2XFJA 4EP3A 5OZDA 5P3DA 1IZHA 2G20A 5P1TA 5P8OA 2AZBA 1DPJA 3IVIA 3DJKA 4Y3GA 5P22A 1LV1A 3NR6A 5P3PA 3PLLA 5P6LA 1QBSA 4ZEAA 2G24A 4LXKA 4HE9A 2O4KA 4H1EA 5P1MA 5P0SA 4Y3LA 4LP9A 5P6WA 1LF2A 2ZDZA 5OZRA 4X2LA 2G1RA 2WF4A 4RRSA 5P04A 1HPOA 3KA2A 3MSLA 1SDUA 5P1JA 3ZKQA 3S7LA 5HD0A 6APRE 4XX4A 4Y5CA 5P7WA 4Y4BA 1FFFC 4L6BA 5P2CA 2I4QA 5OZ6A 5P4BA 1TSUA 2AZ9A 4Z22A 4APRE 4OBKA 1EPOE 1HVCA 3OTYA 5P1PA 2RENA 5P50A 1B6LA 4F74A 4LHHA 3QAAA 2ZJNA 3Q4BA 4DVFA 1M0BA 2FDEA 4GJDA 3CIDA 5P7FA 2IQGA 1DMPA 4Q1NA 5P26A 5HDXA 3NU9A 2ASIA 3NYGA 1LYWB 5P4JA 1HSGA 3PI5A 5P33A 3SA6A 3SA5A 5P34A 5P27A 3S85A 4U7VA 2I4DA 5P05A 3NUJA 1EBKC 2XYEA 1GVXA 3H5BA 4M8XA 5OZ2A 5OYQA 1YX9A 5P6CA 1MPPA 5P5RA 5P0MA 3I8WA 3BHEA 5P5BA 2R9BA 3FIVA 3NDTA 4QJ6A 2QMPA 3PSUA 5P40A 5JODA 2RMPA 1ZLFA 4YDGA 2AOJA 2ZHVA 4TRYA 4B72A 2IL2A 1ZAPA 2NNPA 4PYVA 2ZJJA 5HDUA 1T7IA 2HPEA 1KJFA 3OQ7A 2B8LA 2R5PA 3NDWA 4J1EA 2FS4A 3VFAA 7HVPA 4JECA 2QP8A 1EC3A 2QZLA 1SMRA 1FMXA 5P01A 1W50A 4Y4EA 5P88A 5P58A 3EL0A 3SA4A 5P77A 4K4QA 4Y4XA 3NLSA 5DR0A 5P5ZA 2FIVA 1T6GA 2HB2A 2R43A 5P4SA 5APRE 2FXDA 5AHAA 4Y3RA 4DJVA 5P2OA 4EQ0A 5P73A 3CKTA 2HS2A 5P6NA 5OZUA 4JPEA 3GW5A 3CKPA 2VJ7A 1HTFA 5P5OA 3OOZA 3IXOA 4RROA 3FSMA 3VV6A 5DGUA 5OZ3A 3U7SA 1BBSA 3OADB 3T3CA 3Q6YA 5AGZA 5P5TA 4K8SA 1TW7A 5P56A 1TQFA 9HVPA 4L1AB 4QJ7A 3EKYA 5P82A 4PPHA 4KE1A 1BAIA 2WF3A 2PH6A 1EPLE 3RSVA 5P76A 5OZNA 4J1CA 5P15A 3K5DA 5P14A 3TPRA 4GJAA 5ISJA 3HW1A 1ODYA 2F3KA 1EC0A 5P2UA 5DQ5A 4NJSA 2QI6A 5OYUA 4RLDA 5P1XA 3KFSA 2RKFA 3G6ZA 5P5IA 1C70A 1SGZA 4ZPFA 4FLGA 3L5CA 5P47A 1ZJ7A 4Y5EA 5P52A 4J54A 5DQCA 5E5KA 3VFBA 4Y4GA 5P3BA 3TOFA 3TL9A 2BBBA 2OHQA 4H3GA 5P2DA 3IA9A 3N3IA 5P03A 5P1SA 5P5XA 5P51A 2WL0A 3QVCA 4Y9WA 1W5YA 2P3AA 3EM4A 5P8MA 4R93A 5P4EA 2V12C 3ZKGA 5P63A 2ZE1A 5P4GA 4I0IA 2CEJA 4R95A 4QGIA 4J0PA 2BKSA 3NWQA 3OHFA 3DK1A 4OC6B 1IZEA 1LYAA 5OZXA 4ZPEA 5P71A 2V10C 3VV7A 1ODXA 3OUDA 2VJ6A 3MXEA 5P79A 3A2OA 3PBDA 3BGCA 3HAWA 2QD8A 3PSGA 3PLDA 3D1YA 5P31A 1BDQA 5P39A 3KYRA 5P8PA 3VF5A 1CPIA 5P49A 4Y4DA 4RVJA 1XL2A 4ACUA 3QI1A 3L5BA 5P41A 4Y43A 4K4PA 2QNQA 4EJDA 1A9MA 2PWCA 1A94A 1ZPKA 3BVAA 1MERA 3L59A 3OQDA 5HE4A 3UDNA 5P02A 4DI2A 1AJXA 3LZSA 5P7NA 5P54A 2VS2A 2BJUA 5P1DA 4I0GA 5I3VA 5P5GA 3PMYA 3JVYA 1BDRA 4Y5NA 3TOGA 4HEGA 2OHSA 1LYBB 1HPXA 5P3RA 1FKNA 3FNSA 4YA8A 3CIBA 5P80A 1W5VA 1TSQA 2V00A 5P8VA 5P0NA 1APWE 2V16C 4AUCA 3IXKA 4J55A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OU1 A;  4LXA A;  3L38 A;  3QRM A;  3AUP A;  2HC0 A;  1HPS A;  3PB5 A;  5ENM A;  4Z50 A;  3HZC A;  2APR A;  2OHL A;  3I2L A;  2V11 C;  3NXN A;  4OBH A;  5P4O A;  2F81 A;  5P1I A;  3S43 B;  5P2X A;  3TH9 A;  1Z8C A;  2ZHU A;  4DPF A;  5P3E A;  4PEP A;  5P0Y A;  3K4V A;  5P2S A;  2QMF A;  4NKK A;  5P68 A;  3VF7 A;  2G1S A;  5DR8 A;  1QBT A;  5P3L A;  1NPV A;  5P4H A;  4ZE6 A;  4Y3Y A;  5P7H A;  5P0P A;  4DFG A;  4EJK A;  3WZ6 A;  2ER7 E;  4DQH A;  3UQU A;  1GKT A;  2G1O A;  4Y5A A;  3ZKS A;  2P4J A;  4CMS A;  5P09 A;  1MRX A;  2QCI A;  3LZU A;  2G21 A;  1T7J A;  2FGV A;  5HCO A;  4Q1Y A;  3T7P A;  5OZG A;  1IVP A;  4A6B A;  1MUI A;  1HSI A;  4LL3 A;  3DUY A;  1FGC C;  3OUB A;  5P1Z A;  5P4W A;  5P5V A;  3VSX A;  3D1Z A;  4HZT A;  1W5W A;  4YD6 A;  4I10 A;  2JJI A;  3VLB A;  4DJR A;  4Y54 A;  3U6A A;  5P7Q A;  3URL A;  1PPM E;  1PRO A;  3LIX A;  2P8H A;  5CON A;  2ER9 E;  1W5X A;  1AAQ A;  2HAH A;  1BVE A;  2QI0 A;  3S2O A;  4QLH A;  4GZF A;  4FIV A;  5P8T A;  5T4S A;  1PSA A;  2B7F A;  4RRN A;  3ZPU A;  4D83 A;  3HBO A;  4DJY A;  5P6Q A;  4B05 A;  1K2C A;  2WHH A;  1ZPA A;  2OHP A;  2WKZ A;  5P0C A;  4YCY A;  3PWW A;  4FSE A;  5I3Y A;  2NPH A;  3D91 A;  5P10 A;  4FM8 A;  1XDH A;  4FE6 A;  5P8B A;  3NU3 A;  1BV7 A;  3S7M A;  3PVK A;  5P78 A;  1SDV A;  1YG9 A;  1FF0 C;  5P8D A;  3BXR A;  3KDB A;  2IKO A;  2QMG A;  1C6Y A;  4H3F A;  3ZOV A;  4YHQ A;  3SLZ A;  2NTR A;  2J9J B;  5OZL A;  1G0V A;  1LF4 A;  4U7Q A;  3T7X A;  3KT5 A;  1FIV A;  1GNO A;  1ER8 E;  4FRI A;  5P36 A;  2SAM A;  3OQF A;  3OXC A;  5P6D A;  2PSG A;  2AOG A;  1UH7 A;  1EC1 A;  3B80 A;  1B6P A;  5P1Q A;  5P2J A;  1ZBG A;  4HDF A;  1TCX A;  1DAZ C;  4N00 A;  4Q5M A;  5P65 A;  3TKW A;  4J17 A;  1LEE A;  4E43 A;  4RZ1 A;  2PQZ A;  1TCW A;  3R4B A;  3LIZ A;  5OYR A;  5I70 A;  2ZJK A;  1K6V A;  2IGY A;  5P89 A;  3UQX A;  4DH6 A;  5P07 A;  4D89 A;  3NWX A;  3TKG A;  5OZZ A;  5FIV A;  1HHP A;  3OAG A;  5P4I A;  1MIQ A;  2QHC A;  5P3S A;  1Z1R A;  4DJX A;  2WF2 A;  4GJ6 A;  3O9L B;  5P0R A;  4I0F A;  2F3F A;  3FKT A;  2A4F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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