3NR6A

Crystal structure of xenotropic murine leukemia virus-related virus (xmrv) protease
Total Genus 27
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
27
sequence length
124
structure length
120
Chain Sequence
TLGDQGGQGQEPPPEPRITLKVGGQPVTFLVDTGAQHSVLTQNPGPLSDKSAWVQGKRYRWTTDRKVHLATGKVTHSFLHVPDCPYPLLGRDLLTKLKAQIHFEGSGAQVVGPMGQPLQV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of XMRV protease differs from the structures of other retropepsins.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/inhibitor
source organism Xenotropic mulv-related virus vp62
molecule keywords Protease p14
total genus 27
structure length 120
sequence length 124
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nr6A00
4GJ5A 1HVRA 5P2QA 3OY4A 2G27A 4EQJA 4ER2E 5IE1A 5P75A 4RCFA 1MT8A 4J1FA 3BUHA 3DCRA 5P5ZA 5P1CA 5P2AA 2HB3A 3OU3A 5P4UA 1CZIE 4MC6A 5P02A 3PI5A 5P4TA 2NXLA 5P70A 3SA3A 1HWRA 5P2JA 2HM1A 3NDWA 5P24A 5P4PA 3BUGA 1Z8CA 4AZYA 3SA4A 4Y4WA 4L7GA 4Y4JA 1PPLE 5P5MA 3IVIA 3PSYA 2I1AA 5P28A 2WEZA 4YOAA 5OZ9A 4ZSQA 4I10A 3VLAA 5P18A 4RCDA 5P5SA 5AH8A 5C9DA 3OQ7A 2QI7A 2I4UA 2FDEA 1MTRA 3PSGA 3GGXA 1LYWA 2PK5A 3SACA 5P7VA 5P0QA 5P17A 1RNEA 3PCZA 3HD8A 4FRSA 5P0VA 5P7KA 3L59A 4D8CA 4Z50A 4Y3ZA 1HEFE 1ODYA 1RQ9A 4Y5CA 3IN3A 1BVEA 4Y3NA 3OU1A 1RV7A 5P78A 3O9EA 4Y3GA 2OHMA 5J25A 3FNUA 3NU6A 5KR8A 4LXKA 5P10A 5P0EA 1FIVA 5P1ZA 5P6UA 4Y5NA 3ZPTA 5P31A 4Y45A 3IVHA 2P83A 3DK1A 4FSLA 3N4LA 5P0HA 4EWOA 5DGWA 3PBZA 3KN0A 5B18A 5KQXA 5P1JA 5P3QA 2BBBA 5OYYA 3KFPA 3UQRA 1D4HA 2ZGAA 3SLZA 4CPSA 3WSJA 5P1XA 4EJDA 5P3XA 2JJIA 3ZL7A 5P6JA 4Y6MA 5P0OA 5AHCA 2P3CA 3RU1A 3KMYA 3MXDA 2ZJKA 4LP9A 3VV7A 4DQHA 3D1XA 4J55A 1HTGA 3ZKNA 1HTRB 4I8ZA 4Y3LA 5AHAA 2BPYA 5P6ZA 5P65A 1SDTA 2AOFA 5P3DA 2QNQA 1KJ4A 5P2GA 2V10C 6APRE 2PK6A 1MT9A 5P0WA 3ZKGA 4GJ8A 3SA6A 2ZJNA 2ZHSA 4FS4A 4QJAA 3QP0A 4MC1A 1MIQA 1EPME 5OZLA 4Y9WA 5P8MA 1T7KA 4YCKA 3VFAA 1K1TA 2ANLA 5P7LA 2QZLA 2OHPA 5KR2A 4DQBA 1HVSA 2R3TA 4Y53A 2VNNA 4EJLA 4RRNA 2IKUA 1C6YA 2VKMA 3T7QA 1FG8C 5P5VA 3ZKIA 5P38A 5P0MA 7UPJA 4Y3HA 4DUSA 5I3XA 5DQCA 5I70A 1QBTA 4JP9A 3ECGA 3FSMA 4MC9A 1D4KA 2JXRA 3D1ZA 3OQFA 4Y44A 2V00A 3O9HA 5OYUA 5P09A 5I3VA 2PWCA 4Y5EA 2J9JB 3GGAA 4B72A 2G69A 5P3NA 2O40A 5P6YA 1IZIA 2G1OA 1YTIA 3VYFA 1K6CA 2WF2A 4RVJA 8HVPA 5KR0A 2VA6A 4Y4TA 5P40A 3TKWA 3SPKA 1PSNA 3LPIA 1EBKC 4CPUA 5P1GA 4DJYA 5HDVA 1AVFA 4Y35A 3IGBA 5P5CA 3D3TA 3NU4A 2IKOA 5P0PA 4FM6A 3NU9A 5P7ZA 5P4AA 1C6ZA 4I0FA 3OXWA 1SGUA 3C9XA 4Y4UA 5P42A 1APVE 4S1GA 4YE3A 3VV6A 1ZPKA 2ER9E 3EKPA 5P7SA 2CEJA 4EYRA 5HE7A 5P7QA 5DQ2A 1PROA 3NYGA 4Y3FA 1IZHA 3BVBA 2ZJLA 1MESA 3LPJA 3SQFA 5OZAA 5P8KA 5OZVA 5P2MA 1BV9A 4GJ7A 5P2RA 3O9FA 5OZEA 3QN8A 4TRZA 3OXCA 5P0AA 4XXSA 1TSQA 3NLSA 4I0HA 1NH0A 4Y38A 4L6BA 1VIKA 5OZKA 5HU0A 5P8EA 3KFRA 5OZNA 5P2IA 1ME6A 4ZEAA 5P20A 5P2YA 3K5GA 3OXVA 2HS2A 1B6LA 4HDFA 4E43A 2ZE1A 5P6KA 1M4HA 4HEGA 4DJRA 3IA9A 4ZPFA 1HXBA 4Y3AA 5P8IA 4ZSRA 5P0DA 1MVPA 3KT2A 4DVFA 3WB4A 2Z4OA 1GKTA 3OXXA 5P2FA 3GI4A 4U8WA 3TTPA 1BILA 3N3IA 2NR6A 4GJBA 5P50A 2QNNA 2R5QA 4X7IA 5HDUA 5P5DA 2RENA 5P3IA 4NPTA 5P27A 4OD9A 1WKRA 3URLA 1FFFC 5CONA 5P1NA 3I6OA 4YDGA 1TQFA 1HVHA 4WY6A 4I0JA 2HC0A 4Y3JA 5OZWA 3EM4A 5KAOA 3KT5A 1K6PA 1GVXA 1F34A 5P6RA 4L7HA 5P3AA 2I4WA 3CIBA 5P6EA 3UDYA 1WBMA 2RMPA 1MRXA 4DFGA 1PSAA 5P7BA 5P4ZA 5P7CA 4F75A 4JPEA 5P6LA 1XE6A 3Q5HA 5P7PA 3UDRA 4CPWA 5P6GA 1SDVA 5P0SA 4LC7A 5P5HA 3D91A 5P2XA 5P8OA 5P6HA 5P84A 1GVUA 1DW6C 4COEA 3DUYA 4J0TA 5OZ2A 2P3BB 3OADA 4JPCA 3PWWA 1HPOA 2BPVA 2QZWA 5P7MA 5IVQA 3NWXA 2WF0A 3QROA 4Y3RA 2QD8A 3PRSA 1ZJ7A 3NUOA 1G35A 4NPUA 4Y3QA 5P5EA 3OGPA 4HZTA 3CKRA 5OZSA 2V0ZC 4Y3XA 1PFZA 4XX3A 2AVVA 5P8RA 5P8LA 2F3EA 3SAAA 4RLDA 4KUPA 1T7IA 1K1UA 3NU5A 5E5JA 2NNPA 2F81A 3BGBA 1SDUA 1DP5A 5SY3A 3PEPA 3OUBA 1MERA 4FRIA 3L5DA 3PGIA 4RYCA 2ER0E 3INDA 5P3OA 4H3JA 5OZ0A 5COKA 5P82A 5P6XA 2I4DA 5BS4A 2AVSA 4XKXA 4TRYA 3JW2A 1MRWA 2VIEA 4KB9A 5UPJA 5P7UA 3SM2A 4CPXA 4QGIA 5OZ4A 1VIJA 5BRYA 5DGUA 3K4VA 3S43B 5P0GA 3QPJA 5OYSA 5P7NA 4EXGA 3ZPSA 1FGCC 4Y4XA 1XN2A 2O4KA 5P76A 3U7SA 2F3FA 2VS2A 1HSHA 3ZKMA 5P4GA 4HDBA 5P3LA 3R0YA 1ZSRA 2NPHA 4Z2ZA 1EC0A 5KOQA 3OHFA 3LINA 2B7FA 1LF3A 5P2LA 5P89A 2R3WA 5P8GA 3BVAA 3S7LA 5P3EA 2G20A 2WKZA 3NDUA 4YD3A 5P7WA 2G1YA 5P8PA 5P4MA 2G1RA 4A6BA 2QD7A 3BHEA 4FIVA 2IGXA 5P6TA 2Q54A 4B05A 4D83A 4Y5LA 5P1OA 3CKPA 2NNKA 4YD6A 5P3CA 3HVPA 4H3IA 5OYRA 2P4JA 5C9FA 5HD0A 3HVGA 5P3YA 2P3DA 5P1BA 4ACXA 1DPJA 4I0EA 3SA8A 5P0CA 3LZYA 5P5FA 4GZFA 1BWBA 2OHUA 5P8SA 3SM1A 3G70A 3RTMA 3O9DA 5P5BA 2Q15A 4B78A 1SP5A 5IVTA 1LZQA 2XYFA 5P1PA 3O9IA 5P0KA 1GNOA 1SMRA 2IDWA 4RRSA 1MSMA 3EKYA 5SZ9A 3OAGA 1W5WA 3O9GA 2VJ9A 2ZJJA 5P6DA 2QZXA 5P7HA 2QNPA 5DR4A 3NU3A 2RKFA 1T6EX 4YBIA 4J1CA 2AOCA 5P08A 4YD4A 1AAQA 4LBTA 2AVOA 5APRE 3TPRA 2UY0A 5P8VA 3UF3A 3QAAA 1BDLA 4ZPGA 1A9MA 4LL3A 4Y3YA 2ASIA 3DOXA 3R2FA 3ZKSA 3T7XA 2QMGA 1J71A 1TSUA 3EKWA 4BFBA 3INHA 5JODA 4GB2A 1W5VA 5P6MA 2WEBA 4LAPA 4KE1A 1HVLA 2HB2A 4EP3A 2O4SA 4Q1NA 4Y51A 2AOJA 3UQPA 3UQXA 4GJCA 4QJ8A 3UDQA 4YD5A 3Q4BA 1XDHA 4EPJA 4Y5GA 1T3RA 4GMIA 2I0AA 2RSPA 4PHVA 5ENKA 5P71A 1AZ5A 5P1QA 1A8KA 5P0IA 4DQCA 4FSEA 1HVKA 1TCXA 4Y5PA 4QJ7A 4I0DA 2IS0A 2OF0A 1KZKA 1TW7A 4DQFA 2FXDA 1B5FA 2PC0A 1TZSA 2HPFA 5P7EA 2O4PA 2J9JA 4FAFA 5HE5A 4RVIA 5P32A 2PYMA 3FX5A 3FV3A 3T11A 3PB5A 1DIFA 5P11A 3ZKQA 4GYEA 4EHCA 1FQ6A 1GNMA 5TOLA 4TVHA 5P30A 2F8GA 2AOEA 3HAWA 5P43A 3VYDA 5P4EA 2G94A 1FMUA 5P61A 3DV1A 4B1EA 3IXKA 3NUJA 2OHRA 5AHBA 3TOGA 3OAGB 5P01A 1QS8A 5P1WA 3O99A 5OZOA 1QBRA 5P3RA 4HE9A 2BQVA 2V11C 4J54A 4Y4GA 5P5UA 3L5BA 1FMXA 2ZYEA 3DV5A 5P1MA 4K8SA 5P1SA 1SH9A 5P2OA 3MWSA 4F76A 2QHYA 2AZBA 3EM3A 3T3CA 5P0XA 1W6HA 4RROA 3APRE 5P1TA 4FCOA 4J17A 4IVSA 3VFBA 3VLBA 4EJ8A 5P79A 1ZAPA 1XE5A 1A8GA 5IVSA 4Y5AA 4ZSMA 1BDRA 5OZZA 1B6MA 5P0FA 1E82E 1HPVA 3AIDA 5P1EA 3LZVA 4Y3PA 3S45A 3PJ6A 2VNMA 3K4VC 4L7JA 3DJKA 4D89A 3HAUA 3QBHA 5OYWA 4QJ2A 5P6VA 3FIVA 3I25A 5P7OA 4CMSA 3LPKA 1SBGA 1FFIC 2O4LA 3LNKA 1EBZA 4J0ZA 1UH9A 5OYQA 1ODXA 2PH6A 5P05A 3PWMA 3SFCA 4TVGA 1XL2A 5KR1A 2ZJMA 5P4IA 1QBUA 1B5FB 4J0VA 5P2HA 1CPIA 4M8XA 3LIQA 4FRJA 5P53A 3URIA 4NJUA 5OZJA 4D85A 2WF4A 4DPFA 3QRMA 2FDDA 1NPAA 4I11A 4RVXA 1LYAB 3EBZA 3HZCA 4I0IA 4K9HA 1EBYA 1ENTE 1QRPE 4A6CA 1AJVA 3L5EA 5P6BA 1B11A 3TLHA 4X2LA 5SXNA 3ST5A 3VSXA 1C6XA 1HOSA 1MT7A 9HVPA 4LXMA 1XN3A 4MC2A 5P29A 2VJ7A 3UDJA 1LYBB 3INEA 3EKVA 3RTHA 5P68A 3PLDA 1TCWA 2F3KA 3VSWA 5P7FA 4ZE6A 2I0DA 5P5AA 1BXQA 5P5IA 5P2DA 1U8GA 3KF0A 4JECA 2HB4A 1AXAA 2VIZA 1T6GA 1D4IA 2ZDZA 2B60A 1MPPA 4B00A 2OAHA 1YT9A 2P3BA 2IQGA 1LV1A 5P41A 3S2OA 1E5OE 2SAMA 1FEJC 5P7TA 5P4RA 3NR6A 1ZBGA 2V16C 3EL4A 2QMFA 2FLEA 5P83A 1ZLFA 5P2CA 4Y5BA 5OZHA 5P03A 5AH6A 3UDHA 4Y39A 3JVYA 2NMZA 2QI5A 2V12C 5P52A 1YG9A 5P7RA 3GI6A 4QLHA 5P0UA 5P3BA 2IGYA 4Y57A 5PEPA 2FNTA 1D4YA 4EJKA 3OUDA 5P0BA 1IDBA 5P0JA 1YM4A 4Q5MA 5P36A 3TKGA 3O9CA 3EMYA 3KA2A 1XL5A 2APRA 1PPKE 4DJQA 4PEPA 4DJXA 3OGQA 1FQ5A 4H3GA 1MUIA 5P5JA 2VIYA 5OZ8A 3SKFA 5P13A 5DR0A 3ER5E 5OYVA 3MXEA 1FB7A 3I7EA 4R93A 1UH8A 3S43A 3MSKA 3UFLA 5P1UA 4OBDA 5HE4A 2R38A 5P69A 1HPXA 3VF7A 3OUCA 5P2EA 2JYSA 5OYTA 3IXOA 4Y41A 3FNTA 1FG6C 2QU3A 1APUE 5P6CA 3GI5A 4J1KA 3RSXA 2BPXA 4N00A 3OWNA 1EEDP 4B1DA 3TOFA 2QMDA 2PSGA 5P1IA 3L3AA 3S54A 4ZLSA 2Q5KA 5P19A 5P87A 5ER1E 3QIHA 1T7JA 2Z54A 2BJUA 3UPJA 3L58A 2G22A 2XFKA 1LEEA 3O9LB 3SA9A 4B0QA 3OQKA 1KJFA 2QI0A 2AIDA 4H3FA 2IL2A 3KFNA 2P3AA 3BGCA 5P8TA 1PPME 3PBDA 1HIIA 3CMSA 5P57A 4I8WA 1G2KA 2OHLA 4Z4XA 3KDCA 4L1AA 5P7DA 3SA7A 1EPRE 5P22A 2QI3A 5COPA 5I3WA 5P2ZA 2I4XA 2JJJA 3KDDA 3OU4B 3OUDB 2OHSA 5P1KA 1APWE 3H0BA 5P5GA 2RKGA 4Z22A 1W6IA 4AA9A 5P60A 3EL1A 3CYWA 2FMBA 1B6KA 1M0BA 3HDKA 4Y3MA 5P8NA 4XX4A 4OBHA 5P4QA 2G1SA 1K6VA 5DQ1A 1META 2QK5A 1AM5A 3BUFA 5P4HA 1OHRA 5KOSA 2O4NA 3SABA 3QVIA 4GJ9A 5P6WA 3FNSA 1EPLE 4Y47A 3R4BA 2QI6A 4ZIPA 5P07A 1UH7A 5P8CA 2JE4A 1FQ4A 1EC1A 4WY1A 4CPRA 5I3YA 5P48A 1IVQA 3VYEA 1N49A 4Y5KA 1Z1HA 5P88A 5P7XA 1AJXA 3G6ZA 2FDPA 1HTEA 5P45A 5P6IA 2AZ9A 1G6LA 5P3ZA 5P47A 2FGUA 2WEAA 2WJOA 5HVPA 4WTUA 1KJHA 4J0PA 1FQ8A 2Q63A 5COOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GJ5 A;  1HVR A;  5P2Q A;  3OY4 A;  2G27 A;  4EQJ A;  4ER2 E;  5IE1 A;  5P75 A;  4RCF A;  1MT8 A;  4J1F A;  3BUH A;  3DCR A;  5P5Z A;  5P1C A;  5P2A A;  2HB3 A;  3OU3 A;  5P4U A;  1CZI E;  4MC6 A;  5P02 A;  3PI5 A;  5P4T A;  2NXL A;  5P70 A;  3SA3 A;  1HWR A;  5P2J A;  2HM1 A;  3NDW A;  5P24 A;  5P4P A;  3BUG A;  1Z8C A;  4AZY A;  3SA4 A;  4Y4W A;  4L7G A;  4Y4J A;  1PPL E;  5P5M A;  3IVI A;  3PSY A;  2I1A A;  5P28 A;  2WEZ A;  4YOA A;  5OZ9 A;  4ZSQ A;  4I10 A;  3VLA A;  5P18 A;  4RCD A;  5P5S A;  5AH8 A;  5C9D A;  3OQ7 A;  2QI7 A;  2I4U A;  2FDE A;  1MTR A;  3PSG A;  3GGX A;  1LYW A;  2PK5 A;  3SAC A;  5P7V A;  5P0Q A;  5P17 A;  1RNE A;  3PCZ A;  3HD8 A;  4FRS A;  5P0V A;  5P7K A;  3L59 A;  4D8C A;  4Z50 A;  4Y3Z A;  1HEF E;  1ODY A;  1RQ9 A;  4Y5C A;  3IN3 A;  1BVE A;  4Y3N A;  3OU1 A;  1RV7 A;  5P78 A;  3O9E A;  4Y3G A;  2OHM A;  5J25 A;  3FNU A;  3NU6 A;  5KR8 A;  4LXK A;  5P10 A;  5P0E A;  1FIV A;  5P1Z A;  5P6U A;  4Y5N A;  3ZPT A;  5P31 A;  4Y45 A;  3IVH A;  2P83 A;  3DK1 A;  4FSL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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