3NUJA

Crystal structure of hiv-1 protease mutant i54v with antiviral drug amprenavir
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFVKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Amprenavir complexes with HIV-1 protease and its drug-resistant mutants altering hydrophobic clusters.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nujA00
5P55A 4BELA 2R3TA 1NPWA 5P8IA 1IZHA 4JPCA 2F3KA 3PCWA 2BBBA 1FFFC 5OZRA 1W6IA 5P38A 3TOGA 1HVSA 4RRNA 4BFBA 1QBRA 3I2LA 3ZKXA 2ER0E 1GVTA 3I7EA 4Y5KA 4KUPA 5P40A 3GI4A 5P6WA 5P7IA 3U7SA 1HOSA 4Y3MA 4E43A 5P02A 5P51A 5P3PA 1Q9PA 3RU1A 3S7LA 3EC0A 3OWNA 3VFAA 4QGIA 4Y3AA 3O99A 1EC3A 3OXXA 3OTSA 1Z1RA 5P1CA 3VV6A 5P0ZA 4TVHA 5P6VA 3Q3TA 3ZPUA 3HZCA 3OAGA 2Z54A 5OYVA 3HLOA 4I0JA 4CKUA 3UDHA 5P7MA 4M8XA 4FGXA 3GGXA 2UPJA 4Y36A 2Q15A 4Y4WA 2VIEA 2VNNA 3NUJA 3EL1A 4Y3HA 5P2BA 3NWQA 5P54A 5OZ1A 3LIZA 5AGZA 3NU5A 1E80E 5OZPA 1AIDA 1EBZA 3MXDA 5P1AA 3ZKGA 2P3BA 1HVRA 3GW5A 2NMYA 5P1ZA 4MC2A 4D89A 3PLDA 5P2DA 5P3TA 2FNSA 3UPJA 3OXWA 4J1CA 3LNKA 5DGUA 5P3RA 4Y4ZA 3VEUA 1XE6A 3DCRA 2QNQA 3EM4A 2PSGA 1BXOA 4Z2ZA 1F7AA 3VYFA 1W50A 2QNNA 4FLGA 5P7DA 5P7XA 3ZKIA 1CZIE 2Z4OA 2VIYA 1LYWA 5P81A 3GGUA 4YD3A 5P60A 1BDLA 5P8OA 3T7XA 3SA6A 1GNMA 1B5FA 3DK1A 3VSXA 5P33A 5HE7A 2H6SA 1ODXA 4Y58A 4B70A 1LEEA 4DQCA 2WEDA 2F3FA 2HM1A 5P1SA 1SGZA 1FQ8A 5OZKA 4FM6A 3SM1A 2FGUA 2FIVA 5AH9A 1IZEA 1GNNA 4YBFA 2RMPA 3BXSA 2A4FA 5P2CA 5OZTA 1W6HA 3QBHA 5P23A 1EEDP 3JVWA 5P2IA 4FRSA 1DAZC 4B00A 5I70A 1A94A 1A30A 4Z22A 5P8EA 2MIPA 2VKMA 1MSMA 5P1HA 2QZWA 4J5JA 2NXDA 4KE0A 3UTLA 3LZVA 3PI0A 5P5IA 2VA6A 5P0XA 4OC6A 1HIIA 4Q1YA 5P0UA 3RSVA 3OGPA 2JJJA 4Y3LA 4YE3A 5DR0A 3QIHA 5P48A 5P25A 6FIVA 5DQ5A 4RCDA 5P15A 1APWE 1MEUA 3FIVA 1SGUA 3CMSA 5P03A 4QJ7A 5P5WA 5P3EA 4BEKA 5ENKA 1UH7A 1ZBGA 5P2OA 1OD1A 2P3DA 2V10C 1KJHA 4L7GA 1GVVA 4LXKA 5J25A 2IGXA 4J1EA 1FG8C 5P8FA 3QRVA 3UQUA 1U8GA 4RGHA 1MUIA 5P5KA 2AVSA 5OYZA 3VSWA 2QZKA 1AXAA 2CEJA 3JVYA 2WF0A 3CIBA 2AOFA 1HVLA 1PSAA 3ZOVA 1BDRA 4CPWA 4R95A 5P6DA 1GVWA 2AIDA 4OBZA 1N49A 3QN8A 5HDUA 4YD5A 4TVGA 5P78A 4OD9B 5P5OA 4EQ0A 5OZ9A 3KDDA 4Y54A 5P45A 5P71A 3NU4A 1HTGA 1GVXA 4WY6A 5P3NA 3NYGA 2IGYA 2ZHSA 5P7JA 5IVRA 1LYBA 4B05A 3PBDA 2VJ7A 5C9DA 3A2OA 1BILA 3EL5A 5P0EA 4YD7A 4Y3GA 5P1IA 4Z4XA 2OHKA 5OYWA 5P30A 2R3WA 1QRPE 5P4FA 2QNPA 3DCKA 5C9FA 4CMSA 1NSOA 5KQYA 3RSXA 5P1DA 3M9FA 5P4PA 4D8CA 3IGBA 3WZ6A 3OK9A 3QRSA 1LF4A 3KFNA 3SA3A 4Y3QA 5P5TA 1MTRA 3R2FA 3SAAA 3U71A 4YD4A 4TRYA 1XDHA 5OZXA 1HHPA 3R0YA 3EMYA 3UDYA 5P2XA 3MSKA 3O9IA 1PSOE 1B6LA 1DIFA 4N00A 3NDUA 5CONA 2G24A 5P5BA 2WKZA 3VF7A 3OQKA 3HVPA 3IN3A 3FSMA 5P67A 5P6NA 5P4JA 4Y3WA 2ZJKA 4COEA 4LXAA 3INFA 3SKFA 2QP8A 2O4PA 5OZZA 5P6CA 5P8BA 4K8SA 5P3AA 1YTHA 2B7ZA 1Z1HA 5P6SA 5ISJA 5P4EA 1K2BA 5DR8A 5P6YA 1RL8A 1F34A 5P2TA 4Y5CA 1EPNE 3ECGA 5P28A 2B42A 5P05A 4Y4BA 2NNPA 5P5ZA 3I8WA 5P53A 4I0EA 5P39A 5P89A 3NU9A 2AVVA 3QRMA 5OYRA 5P7FA 3UDQA 2ER6E 5P4AA 2CEMA 4L1AA 4J0PA 5P66A 3OXVA 4QJ9A 5P22A 3WB5A 5P7EA 3S56A 4DQHA 3OUAA 2IQGA 4GZFA 4R91A 4FAFA 5P35A 4HLAA 4GJDA 3UDNA 5P3FA 2FGVA 3OADA 1YTJA 1XN2A 2ZHRA 2PYNA 2ASIA 3FNSA 3CYWA 4CPRA 1A8KA 2AOEA 5OZ4A 5P4TA 1XE5A 4J0VA 3EM6A 1A9MA 4DVFA 3T11A 2HB3A 1HTEA 2BKTA 4LXMA 4ZSMA 4NJTA 4GJ5A 3NU3A 4ZSRA 3VV8A 1FKNA 1RNEA 3HVGA 3BUFA 5P7WA 4GJ9A 2AOIA 5P6EA 5DR4A 4LP9A 5OYUA 3L59A 2WF3A 5P4GA 5P6RA 3OU4A 2J9KA 5P6PA 5P4WA 5P2AA 2AVMA 5KR2A 2FLEA 2BPYA 3OU3A 3O9AA 1HTRB 2AVQA 5P52A 5JFPA 1EPOE 3VLAA 3SKGA 2VNMA 3CKPA 1CMSA 1XL5A 1HVKA 5P4IA 4FSLA 1EBWA 3HDKA 5COOA 2ZE1A 5P18A 1Z8CA 1APUE 9HVPA 5P0OA 2OHQA 5P5CA 1WKRA 3VYDA 2RSPA 4EXHA 5P1YA 5I3VA 5P7QA 1LYWB 2QI4A 5P5UA 2JYSA 2O4KA 4Q1WA 3K5DA 4HDBA 4WTUA 3GI5A 5P4YA 5P7LA 4ER2E 4CPSA 1WBKA 1PPKE 1T7IA 2ZJIA 2ZDZA 1T7KA 5P87A 3NU6A 5UPJA 2ZHTA 1HEFE 2QAKA 4B78A 4RVIA 2OHSA 3ZKNA 4Y5PA 5P86A 4TRWA 5P8MA 3VG1A 3B7VA 1J71A 1G0VA 5HDXA 2I4QA 3U6AA 4Y4AA 3KDBA 2XFKA 4Q5MA 5DR3A 5P4QA 3O9LA 5P2GA 5HTZA 4X2LA 8HVPA 5P2YA 4Y3EA 1KJ7A 3LZUA 5APRE 5JG1A 5BS4A 5OZUA 5P7AA 4GJCA 5AHBA 5P3VA 4LAPA 4GJAA 3RTNA 4HE9A 5P5EA 1ZLFA 3EXOA 3LHGA 3OQFA 1FEJC 4EHCA 1FMXA 5P06A 5P3OA 2OHNA 3LPJA 5OZLA 5OZOA 5P29A 1PFZA 1BAIA 1HSGA 4QLHA 2QU3A 1IBQA 5IVSA 2ZJNA 5OZHA 5P1LA 4Y35A 3UQXA 2R5PA 2WF4A 3LINA 2XFJA 3KMXA 5P43A 5P8CA 1FQ4A 4B72A 1G2KA 1BBSA 5P80A 3KT2A 3GGAA 3N3IA 5OZDA 1D4IA 2JE4A 3G70A 5P3KA 2F81A 1HWRA 3EKYA 5P8GA 4YDFA 4RVXA 1FB7A 2IDWA 1EC0A 3AUPA 4Y3NA 4J0YA 4I0HA 1SDUA 5OZGA 5P1KA 3UDKA 4Y3RA 3TPRA 5P3HA 1SDVA 3DOXA 2G22A 1MT9A 3OU1A 5P3MA 1AJVA 3BUHA 5P1UA 1BWBA 3Q4BA 2VJ9A 4JP9A 4ZPFA 5ER1E 3L58A 3INDA 6UPJA 3QVCA 5FIVA 2OHMA 1PSNA 4I1CA 5P2RA 4Y3PA 3ZPSA 1LYBB 2BJUA 5P3ZA 3HW1A 4XX3A 3EL4A 4D83A 3CIDA 3NXEA 2WF2A 5P5MA 3NDTA 5P1WA 5P0DA 5P17A 4PYVA 5P69A 2QU2A 5P84A 3IA9A 2ER9E 3SACA 4DQFA 2V16C 5OYSA 2ZJMA 2VJ6A 2ANLA 2F8GA 4JECA 4DJWA 1W5YA 1D4SA 2Q5KA 1LYAA 4Y50A 5P04A 5P2VA 2BKSA 5P2EA 3L5BA 3LZSA 4L7HA 3QVIA 2JJIA 1NH0A 3L5CA 4DJYA 4PHVA 4F74A 3BVAA 4I8WA 3ZLQA 1AVFA 1G6LA 3PMUA 5P75A 5P7RA 3URLA 5OYQA 3VF3A 2BQVA 2BB9A 3ZMGA 5P13A 5BWYA 2NMZA 1QDMA 1IIQA 3F9QA 2ZHVA 4FAEA 1OEXA 2AOHA 3PWRA 1IDBA 5P8LA 3SFCA 2QI7A 3FX5A 2PWRA 4DQBA 3Q70A 1G35A 2SAMA 3R0WA 3PI5A 2V11C 3D1YA 5KR0A 4LHHA 4J0TA 5KQFA 2F80A 1D4JA 3INEA 3O9BA 4Q1NA 2RKGA 2BPVA 4MC1A 4DQEA 2WEBA 5KOQA 5P4XA 5P88A 4YDGA 1ZP8A 4YCKA 2I4XA 1EPME 4DJOA 3K4VC 4NPUA 2ZJJA 5P63A 4ZIPA 5P8QA 4DPFA 5P12A 3TH9A 4Y5MA 3PJ6A 2PH8A 4Y5LA 5OZAA 2Q55A 4F76A 5B18A 5P00A 3HAUA 3IXKA 4DUSA 5P7YA 3LIVA 4Y3DA 4HEGA 5P6GA 4S1GA 5OZFA 1HVCA 2QD6A 5P62A 1QBSA 5P7TA 3NR6A 4DJRA 2ZHUA 2PWCA 4M8YA 1MTBA 5OYTA 4I0IA 4Y47A 1MT8A 5OZ8A 3OADB 3JW2A 4CP7A 3I6OA 4QJ2A 3ER5E 5P0LA 1T6EX 5P4CA 2ZJLA 1UPJA 3KF0A 5I3XA 1HPVA 4XXSA 2O4LA 3WZ8A 3EM3A 5P8DA 4J1FA 4OBKA 5HE4A 5P58A 5P5HA 4GMIA 5P0KA 4U7QA 2BPWA 3UDJA 1K6TA 5P0VA 3QI1A 1MVPA 2IKUA 1BVGA 4Y38A 2XYFA 2R8NA 3Q6YA 3VV7A 1AZ5A 4JPEA 1LF2A 3HBOA 3ST5A 5P0GA 5P14A 1JLDA 5P34A 1YT9A 3LITA 3OU4B 2HPFA 4Y3JA 4CPXA 2QZLA 1PROA 2BPXA 5EZXA 3BXRA 1IDAA 1LS5A 2O4SA 5P8SA 4DV9A 2P3CA 1BIMA 1AJXA 3SO9A 1KZKA 3O9EA 4K4RA 4Y4XA 1LF3A 2WL0A 1DP5A 1ZPKA 2P3AA 3PBZA 3INHA 1UH9A 5P4SA 5P83A 4DJPA 3ZKMA 4FE6A 3TPLA 5DGWA 5P2SA 1KJ4A 3L5EA 4QJAA 4HDFA 3D1XA 1HIHA 4Y51A 3MXEA 3IXOA 5P8PA 5P8VA 3SA7A 4DQGA 1T7JA 5AH6A 5P2KA 2Q54A 1EBKC 3PLLA 3IVHA 5P44A 1FGCC 5P0WA 5ENMA 1ZPAA 5P5FA 5AH8A 7UPJA 4Y3SA 4EPJA 4EJLA 3OUBA 5P1JA 3LPKA 1BDQA 3G72A 2G1RA 3IAWA 1SIPA 2PK6A 4R93A 1MESA 5P11A 2OAHA 3K1WA 1RPIA 5P2NA 1FF0C 4D88A 1FQ7A 3APPA 3T6IA 3Q5HA 5P8UA 2PMAA 5P37A 3OUDB 1TW7A 1E5OE 4IVSA 2PSVA 5P5LA 4DFGA 3OQAA 3O9LB 2VIZA 5IE1A 4Y39A 1SDTA 3QBFA 1TCXA 4FL8A 5KR8A 2QI1A 3OUCA 4YCTA 2G21A 3PSUA 1QBTA 3PWMA 2AQUA 2G1OA 5P4LA 5P1RA 3NDXA 4A6BA 1HVHA 3T7QA 2G94A 1NPAA 5P2HA 1C70A 1SIVA 2FXDA 5P5SA 1MPPA 5P4UA 4RYCA 5OZEA 5P8NA 1OEWA 3ER3E 3FKTA 4Y4TA 5OYYA 5DQ2A 5OYXA 4F73A 3UQPA 1AM5A 5I3WA 2I4VA 3NWXA 5P0HA 2AOCA 1GKTA 4ACUA 5COPA 1YX9A 3TL9A 1DW6C 2F3EA 5P0BA 1XL2A 1FFIC 4Y48A 5P01A 3OY4A 3EL0A 4R92A 5P08A 5P3SA 4J1HA 2JXRA 3ZKSA 5OZSA 3UQRA 4ZPGA 5P65A 5P19A 6APRE 2B8LA 3OAGB 3QAAA 5KQZA 2G1YA 2G20A 2QCIA 1D4YA 4AUCA 5P49A 1C6XA 2I0DA 5P3BA 3SQFA 2V0ZC 4Y5AA 3OU1B 3GGVA 1ZSRA 1SBGA 4RCFA 2VA5A 3IXJA 2Q64A 3TNEA 3DJKA 5CLMA 3TOHA 1LZQA 5SY3A 5P16A 3QROA 2P3BB 2QHZA 3OGQA 3H0BA 5ISKA 4RLDA 2Q11A 5HDVA 2PC0A 2R38A 3EKQA 1T3RA 1HTFA 3QP0A 5P4ZA 4I12A 1YTIA 3H5BA 5P5NA 3EKXA 2I4WA 2G26A 2QD8A 5P6TA 2P83A 4Q1XA 3FV3A 4NJUA 2NNKA 5P6BA 4FRIA 4UPJA 1TCWA 2G69A 3D1ZA 3PSYA 2RKFA 1VIKA 2AZ8A 3KMYA 1FG6C 2NXMA 1M4HA 3KN0A 4RVJA 1QS8A 2QHCA 2G1NA 4OBDA 1IVQA 1B5FB 4R5NA 3CICA 5OZWA 4CPTA 3CYXA 1M0BA 5P36A 3DM6A 2AVOA 4GJBA 3B80A 5P5YA 2NXLA 3PSGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P55 A;  4BEL A;  2R3T A;  1NPW A;  5P8I A;  1IZH A;  4JPC A;  2F3K A;  3PCW A;  2BBB A;  1FFF C;  5OZR A;  1W6I A;  5P38 A;  3TOG A;  1HVS A;  4RRN A;  4BFB A;  1QBR A;  3I2L A;  3ZKX A;  2ER0 E;  1GVT A;  3I7E A;  4Y5K A;  4KUP A;  5P40 A;  3GI4 A;  5P6W A;  5P7I A;  3U7S A;  1HOS A;  4Y3M A;  4E43 A;  5P02 A;  5P51 A;  5P3P A;  1Q9P A;  3RU1 A;  3S7L A;  3EC0 A;  3OWN A;  3VFA A;  4QGI A;  4Y3A A;  3O99 A;  1EC3 A;  3OXX A;  3OTS A;  1Z1R A;  5P1C A;  3VV6 A;  5P0Z A;  4TVH A;  5P6V A;  3Q3T A;  3ZPU A;  3HZC A;  3OAG A;  2Z54 A;  5OYV A;  3HLO A;  4I0J A;  4CKU A;  3UDH A;  5P7M A;  4M8X A;  4FGX A;  3GGX A;  2UPJ A;  4Y36 A;  2Q15 A;  4Y4W A;  2VIE A;  2VNN A;  3NUJ A;  3EL1 A;  4Y3H A;  5P2B A;  3NWQ A;  5P54 A;  5OZ1 A;  3LIZ A;  5AGZ A;  3NU5 A;  1E80 E;  5OZP A;  1AID A;  1EBZ A;  3MXD A;  5P1A A;  3ZKG A;  2P3B A;  1HVR A;  3GW5 A;  2NMY A;  5P1Z A;  4MC2 A;  4D89 A;  3PLD A;  5P2D A;  5P3T A;  2FNS A;  3UPJ A;  3OXW A;  4J1C A;  3LNK A;  5DGU A;  5P3R A;  4Y4Z A;  3VEU A;  1XE6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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