3NWXA

X-ray structure of ester chemical analogue [o-ile50,o-ile50']hiv-1 protease complexed with kvs-1 inhibitor
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
93
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVIEENLPGWKPKIGGGGFIKVRQYDQIPVEIGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Protein conformational dynamics in the mechanism of HIV-1 protease catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords protease
total genus 16
structure length 93
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-07-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nwxA00
2BPWA 3R4BA 4OBGA 1BVGA 4FM7A 4PPHA 5P5UA 1IVQA 5P68A 5OZXA 5P1WA 3U6AA 3OXXA 4COEA 5P3MA 2HAHA 6APRE 2R3TA 2FIVA 2Z4OA 4OBFA 5P4TA 1D4JA 4Y3YA 2OF0A 1TQFA 5DR3A 5OYYA 2OHSA 5P2SA 4PEPA 2AVOA 2R9BA 2JYSA 2VA6A 5P15A 5KR2A 1HHPA 5P1PA 1NSOA 5P3AA 2ZHVA 3S8IA 1FMUA 2WEBA 1SDUA 5P0RA 1QS8A 1LYWA 5P18A 5OZFA 5IS4A 5OZDA 4CMSA 3FNUA 2ZE1A 4Y51A 2O4SA 3TTPA 3OUDB 1FQ6A 3DK1A 5P73A 4NPTA 5P3ZA 1LV1A 2RKGA 5P6IA 1GNOA 1FQ7A 3MXEA 4DPIA 2Q64A 4QJ2A 5P22A 1PSAA 4BFDA 3LZVA 3IA9A 5P72A 3FKTA 4YDFA 5P45A 4FAFA 3ZKXA 2AVVA 4ZEAA 5P37A 4Y3QA 3INEA 3ZKSA 2ZDZA 5P5XA 1IIQA 5P8OA 5P2VA 5P50A 1HPOA 3UDRA 5P5PA 1QBSA 3OU1A 1NH0A 7UPJA 5OZ5A 3IN4A 1E82E 3URLA 1XE5A 5P6BA 4LXKA 1SMEA 5DQCA 5P4OA 1HXBA 4RVJA 3EKVA 3SLZA 4CPWA 5P3HA 3GGXA 1G35A 2F3EA 3ECGA 3SKFA 4DJYA 3RTMA 4GYEA 5I3XA 3UDMA 4I0EA 3L3AA 3ZPUA 4PYVA 3NDTA 5P4NA 3H5BA 4Y3HA 2NMYA 5IVQA 4DVFA 2QNNA 2Z54A 2Q55A 3VSWA 5P8PA 5P14A 5P6LA 4OBZB 1FMBA 3I7EA 5BWYA 5OZEA 3ZLQA 3O9BA 3AIDA 2I4QA 4QGIA 5P7UA 2AZ9A 3HD8A 5P0WA 5P0AA 3RSXA 5P19A 5P5CA 4KUPA 4NJSA 2G21A 3I25A 1D4KA 1ENTE 5P1AA 4Y4ZA 2PWRA 2ZJJA 5P16A 5P5TA 3BRAA 3GI0A 1U8GA 5HE5A 2V11C 3ZL7A 4APEA 5OZOA 3T11A 3HDKA 5OZKA 4DJRA 3HVGA 1AIDA 5P1GA 1EC2A 5TOLA 4Y4AA 4H3FA 4HEGA 5ENMA 2QP8A 1EPOE 4HVPA 4L7JA 2PC0A 3CMSA 4MC2A 3O9AA 4Y54A 4Y43A 4UPJA 4Q1YA 3HLOA 5P44A 5P3XA 5HTZA 4YE3A 2IL2A 3BVBA 3NR6A 1LF3A 2ZJMA 2O4KA 1RQ9A 5COOA 1DMPA 5P2IA 3I2LA 5P86A 5P8NA 3KDDA 1OHRA 5P4MA 1SP5A 4KE1A 5P17A 3VV6A 5P4EA 3TKGA 5P8SA 4Z2ZA 1BIMA 5P1VA 3F9QA 5P4XA 5P3RA 4E43A 1EC3A 5P0HA 2RSPA 1HIHA 4YD3A 5P4VA 5ER2E 3IAWA 4ZPGA 2QI0A 5P2AA 2BPXA 3VSXA 1META 4Y4JA 2NXLA 1Z8CA 4YOBA 5P0BA 2B8VA 5ISJA 3PBDA 5P1LA 1HVIA 2I0AA 5P88A 4F74A 5KR0A 5P79A 4DJOA 5P5KA 5DGWA 2VIYA 4JECA 3WZ6A 1B5FA 5P7RA 4OBHA 3NYGA 4DUSA 2FXDA 5P61A 3SA3A 1BVEA 5P6KA 1B6JA 3NU9A 4Y3XA 3OGPA 5P1FA 3UQRA 4EPJA 2QZXA 4FRSA 4LP9A 5SY3A 2NNPA 5I3VA 3SPKA 5I3YA 4D85A 4CPSA 2ASIA 4Y5CA 1HEGE 5P5OA 2QI3A 2IRZA 2R43A 2ER0E 3EMYA 4Y3LA 5P69A 5P1SA 3SA7A 5P46A 4MC6A 5P1OA 2PSVA 3VYDA 2OHNA 3NWQA 4B70A 2FS4A 2O4NA 1EEDP 5P7FA 2VIEA 3EL1A 3DV5A 4Y5GA 5P71A 1J71A 2CENA 1YM4A 4QJ7A 5P32A 1F34A 4J0ZA 4Y3MA 4ZPFA 5P8IA 2G94A 3K4VC 3OQFA 5P6JA 5OYWA 3LIYA 4RCDA 5P6UA 2V0ZC 3PM4A 4Y4XA 1A94A 2ZHUA 5P7GA 4CKUA 3FNSA 1VIKA 5SXNA 5P2GA 3S53A 4DJVA 3EL9A 3UDPA 2ZHRA 2Q5KA 3QVCA 5ISKA 4Y4BA 5P6OA 5P8LA 3VCMA 4EQ0A 2OHRA 4ZSPA 3TH9A 2Q63A 4IVTA 3A2OA 3OAGA 1SDTA 2BBBA 3NDXA 3SO9A 1FB7A 2HC0A 3ZKQA 2IKOA 1PFZA 5HCOA 5P7WA 5P5LA 4DFGA 3URJA 4EJ8A 2QU3A 5KR1A 4ZSRA 5OZ3A 1GVWA 2AVQA 5KAOA 1K6CA 4H1EA 5P33A 3LIVA 1MRXA 4R91A 4Y44A 5P2BA 1MSNA 3UDYA 1A30A 3OU4A 3EKXA 3B7VA 2P3CA 3C9XA 5P57A 5T4SA 1HSGA 4L1AA 3D1XA 2AOCA 3UDJA 3UDKA 1B6PA 5P6XA 5KQXA 5P3CA 2QNPA 4OBKA 5DR1A 3ZOVA 3NXEA 1FQ4A 2WKZA 3VF3A 1OD1A 3VG1A 1EPRE 5P6AA 5P00A 4EJKA 1DIFA 2RKFA 1KJ4A 5HDUA 3DCRA 3GGUA 3PWMA 4U7QA 1APWE 2HPFA 1G0VA 4FSEA 5P6FA 1XDHA 2J9KA 2VNMA 4N00A 1B6KA 4Q1WA 5P0IA 3K5CA 4ZSMA 5P3SA 3I6OA 5P6TA 5P7LA 3JVWA 2PK5A 5JODA 2FGUA 3TOHA 5B18A 5P0LA 5BRYA 3PRSA 1XN2A 2FGVA 3KT5A 4FE6A 2PSUA 1E5OE 5P5GA 5PEPA 4Y5BA 4YHQA 1F7AA 4RROA 5P7DA 4HDFA 5P59A 2QK5A 3UDHA 2IENA 4Y47A 5E5JA 3FV3A 4WY1A 1B6LA 3S56A 2AVSA 2BPVA 2G1YA 4Y58A 4DQCA 5P6SA 4Y57A 2AZCA 4DQGA 3CICA 4B1CA 3PSGA 4JP9A 1AAQA 2ZJKA 3OUBA 1DP5A 3VLAA 3URIA 5P7YA 5OYZA 1D4LA 5P1UA 1T3RA 2B60A 1MPPA 3QBFA 4Y48A 2NR6A 1NPWA 4YBIA 1EPLE 5F01A 5P7SA 3VYEA 3L58A 1BXOA 3GGVA 1TCXA 2OHPA 5P0QA 3PI0A 4EJLA 1IDBA 4CP7A 1RL8A 4L7GA 2QI1A 1FQXA 5P7PA 3KYRA 3MSLA 5COKA 5JFUA 4Y53A 1HPVA 4NPUA 3CYXA 2J9JB 3UCBA 4Y39A 3LIZA 3RU1A 1FEJC 3O99A 1YTIA 1WBKA 4Y3GA 1BAIA 5P1QA 3OOTA 5P12A 4DV9A 1B11A 1HPSA 1SIVA 2QI4A 3L5EA 4RCFA 4Y4EA 1AJVA 5P07A 5AH6A 5P7VA 3APPA 4LBTA 2F81A 5OZYA 5P81A 2CEJA 4AA8A 5P0YA 1M0BA 4Y35A 3KT2A 5P7JA 4CPRA 5P1IA 5P8VA 2IS0A 5P84A 5I3WA 1QRPE 3OUAA 4J0TA 3BGBA 2VIZA 5P76A 3O9GA 4EWOA 1MVPA 2V10C 3O9IA 4QJ8A 5P6PA 5P2LA 9HVPA 2CEMA 4K9HA 3VLBA 2IGXA 1GNMA 2PYNA 5OZWA 4H3IA 5P3VA 3UPJA 1QDMA 5P66A 5P58A 4Z4XA 2UPJA 5P41A 1IZDA 5P3LA 4PHVA 5OZBA 1IBQA 3MSJA 3S43A 4JPCA 4YD5A 2RMPA 4HE9A 3JW2A 3VUCA 5P6CA 1CMSA 5CONA 3HVPA 5P40A 3O9LB 1YX9A 3JVYA 4YD4A 4NJUA 5P0MA 5P6MA 3EM3A 5P4YA 4Y37A 4ZSQA 3HZCA 4KB9A 4XKXA 5P8UA 5P2CA 1FFFC 1HTRB 1ZSFA 1XS7D 3OADA 3LINA 3O9FA 5OZTA 2HB4A 4B72A 5P52A 4AZYA 3MSKA 3NU4A 1BDLA 1EBKC 5P78A 5P6NA 5P25A 1PROA 1OEWA 5P2FA 5E5KA 2OHUA 5P63A 4FGXA 4Y41A 2XYEA 5OZ2A 5OZSA 1OEXA 3IXOA 5P1RA 5P0NA 1FQ8A 1GVUA 5P0XA 2WF4A 1MUIA 4J55A 1T7JA 1BWBA 1HPXA 5AH8A 5P8JA 2ZJNA 3EL0A 2B7ZA 1ER8E 4I0DA 4EXHA 4GJ9A 1LYBA 3CKTA 3BHEA 2B8LA 5OZRA 4CPUA 3SA8A 3LITA 5COPA 5P0ZA 5P2MA 4EP2A 4B1DA 1ZLFA 3UQXA 4DJQA 3OXWA 4D88A 4Y4UA 1AM5A 3R1GB 3PCZA 5OZ1A 5P65A 2QD7A 1FKNA 3QP0A 3NWXA 5SY2A 5P2UA 2SAMA 4DJPA 1TW7A 5HDXA 2IDWA 2V12C 3LZSA 5P83A 4DH6A 4K4QA 3QBHA 1AZ5A 2QCIA 5OYQA 1XL5A 5P5WA 3PLLA 5SZ9A 3UF3A 2AODA 2G24A 3SA5A 4Y3TA 4OC6B 4OBJA 2A1EA 1HSIA 3WZ8A 1EBWA 5P4WA 4M8XA 4J0VA 1JLDA 2H6TA 4GJ7A 3ZKIA 5P5DA 4TVGA 3OY4A 5AHAA 5P5QA 3OOZA 3QVIA 3BGCA 1CZIE 3G6ZA 4J1HA 5P02A 5P2WA 3LZUA 1PPLE 3N4LA 4RYCA 3DV1A 5C9FA 1HEFE 1VIJA 3IXJA 5P0OA 3FX5A 4LXAA 2ER9E 4FSLA 5P23A 3WZ7A 5P03A 2QU2A 3PMUA 2Q15A 3LPIA 4OD9B 2H6SA 1LYAA 3QAAA 4LC7A 2P3BA 1YTGA 2VIJA 3EKTA 5OZAA 4FS4A 1HVLA 3TNEA 5P85A 1ZSRA 4DQFA 3D20A 4FCOA 2QI7A 3NU6A 4TRYA 2QD6A 1YTHA 1D4YA 1HXWA 4J17A 5P31A 4YDGA 5P1TA 1UH8A 5OZGA 5P8EA 5P48A 3WSJA 1BDQA 1W6HA 3R2FA 5OYRA 2AQUA 3FIVA 3L38A 3QRVA 2VJ7A 5OZMA 5HDZA 5OZJA 1EBYA 4Y3SA 3CKRA 1MIQA 1ZTZA 3OTYA 1HIIA 1BV9A 3VYFA 3Q3TA 5OZ8A 1ZPAA 5P0UA 3UFNA 5F00A 1GKTA 2OHMA 5DQ1A 3SA4A 3SACA 1C6YA 4FM6A 4GIDA 4HA5A 5DQ4A 2ER7E 2G1SA 4J54A 5P4IA 4Y5AA 5OZ9A 5P2KA 3NXNA 5P55A 4LHHA 1TCWA 4LXMA 3T7PA 5P8DA 2JE4A 3OWNA 3KF0A 1YTJA 4Z50A 2R38A 3KFSA 3S2OA 3R0YA 4XX4A 2WEAA 5P1CA 5P24A 5P7HA 2OHQA 3OUDA 1LEEA 2I4WA 4ACXA 2XFJA 4L7HA 3PVKA 5P2NA 5AH9A 1FLHA 4ER4E 4Z22A 1APUE 3PSYA 4R92A 2EWYA 3KN0A 3D1ZA 5OZZA 3UQUA 5DR8A 4I8ZA 3OUCA 1G2KA 3KDCA 5OZHA 5P6ZA 3APRE 1QBUA 4LL3A 5P28A 3KFNA 1C6ZA 3EM6A 1PPME 1K6TA 2QMDA 1HVCA 2AOHA 3BUGA 5HU0A 3KDBA 5APRE 5P0DA 5P42A 5OZPA 2I1AA 3NU5A 1BDRA 1FQ5A 4PZWA 3EKWA 5P0KA 2QNQA 4D8CA 3ZKNA 3UDNA 3S85A 3O9EA 2AZ8A 3T6IA 3INFA 4I0JA 4I0ZA 2I0DA 5IVSA 4HDBA 3QS1A 5I70A 4I11A 4RCEA 4Y56A 3SM1A 1RPIA 3KFPA 2G1NA 1KJHA 1B6MA 5P6WA 4YCYA 2HIZA 4J1FA 1RV7A 3T7QA 4OBZA 5P7QA 4JPEA 1IVPA 4Q5MA 2AOIA 5P3UA 4D89A 1HBVA 6FIVA 2R8NA 4YD7A 1W5YA 2I4DA 3ZKGA 4Y36A 4GB2A 1IZIA 4F76A 4Y38A 5P3QA 5P8HA 1LYWB 1WKRA 2PH8A 2PMAA 1LZQA 5P62A 5P3GA 1Q9PA 5ENKA 5J25A 2ZHTA 1AJXA 5P2YA 5P6GA 2MIPA 2O4LA 5AGZA 5P6YA 5P4CA 4YOAA 2IEOA 5P4ZA 2HM1A 1T7KA 2QMGA 5P2JA 2JJJA 4Y6MA 1W5XA 3LIQA 3UFLA 2Q11A 2QHCA 3BUHA 5P1MA 5P13A 2BQVA 1MSMA 2XYFA 4YBFA 3IXKA 4BEKA 7HVPA 3OGQA 5P4RA 1UH7A 5P60A 1K1UA 3HBOA 5P5IA 5DR7A 5IVTA 3OU1B 3CIBA 5DQ5A 1HOSA 2ZGAA 2BKTA 4K8SA 3VV7A 5P29A 3SKGA 1T7IA 5P38A 5P54A 5HDVA 5P74A 1N49A 2BPZA 4Y4GA 3K5DA 3I8WA 1BWAA 2FXEA 3OHHA 1LF4A 3VEUA 3SAAA 3U7SA 1UPJA 2AOFA 5P2TA 3DUYA 4I0FA 2QZWA 4GZFA 1ZJ7A 3Q5HA 5P43A 5P27A 2AVMA 5P10A 5P0SA 4Y5KA 4KE0A 2HB3A 3K4VA 5DPZA 5P80A 5P87A 5P8CA 4XXSA 1K6VA 4FM8A 3QI1A 5P5EA 4TRWA 5P82A 5UPJA 2ZJLA 3EM4A 4CPTA 1APTE 2VJ9A 4I1CA 2NPHA 1HWRA 5KQZA 3QN8A 5P36A 3BVAA 3KM4A 4Y3DA 3G70A 4LAPA 5P3OA 2WF1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2BPW A;  3R4B A;  4OBG A;  1BVG A;  4FM7 A;  4PPH A;  5P5U A;  1IVQ A;  5P68 A;  5OZX A;  5P1W A;  3U6A A;  3OXX A;  4COE A;  5P3M A;  2HAH A;  6APR E;  2R3T A;  2FIV A;  2Z4O A;  4OBF A;  5P4T A;  1D4J A;  4Y3Y A;  2OF0 A;  1TQF A;  5DR3 A;  5OYY A;  2OHS A;  5P2S A;  4PEP A;  2AVO A;  2R9B A;  2JYS A;  2VA6 A;  5P15 A;  5KR2 A;  1HHP A;  5P1P A;  1NSO A;  5P3A A;  2ZHV A;  3S8I A;  1FMU A;  2WEB A;  1SDU A;  5P0R A;  1QS8 A;  1LYW A;  5P18 A;  5OZF A;  5IS4 A;  5OZD A;  4CMS A;  3FNU A;  2ZE1 A;  4Y51 A;  2O4S A;  3TTP A;  3OUD B;  1FQ6 A;  3DK1 A;  5P73 A;  4NPT A;  5P3Z A;  1LV1 A;  2RKG A;  5P6I A;  1GNO A;  1FQ7 A;  3MXE A;  4DPI A;  2Q64 A;  4QJ2 A;  5P22 A;  1PSA A;  4BFD A;  3LZV A;  3IA9 A;  5P72 A;  3FKT A;  4YDF A;  5P45 A;  4FAF A;  3ZKX A;  2AVV A;  4ZEA A;  5P37 A;  4Y3Q A;  3INE A;  3ZKS A;  2ZDZ A;  5P5X A;  1IIQ A;  5P8O A;  5P2V A;  5P50 A;  1HPO A;  3UDR A;  5P5P A;  1QBS A;  3OU1 A;  1NH0 A;  7UPJ A;  5OZ5 A;  3IN4 A;  1E82 E;  3URL A;  1XE5 A;  5P6B A;  4LXK A;  1SME A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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