3O9GA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with af53
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Substrate envelope-designed potent HIV-1 protease inhibitors to avoid drug resistance.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3o9gA00
5P6IA 1D4IA 3OOTA 5P3DA 1EC1A 4GMIA 4I8WA 3QRVA 2J9JB 1BV9A 5OZXA 4RVJA 5P4RA 2P4JA 1W5XA 3QBFA 2Q15A 3O9FA 1HSHA 4NKKA 3LINA 3PJ6A 4Q1WA 5P04A 4HZTA 4TRYA 1HTEA 5P7VA 3OGPA 3PWRA 5P37A 2V12C 1HVKA 1VIKA 2WF2A 3SO9A 1EPPE 1TZSA 1IZHA 1QDMA 4NJVA 5P31A 4PPHA 2ZDZA 5P2YA 2HPEA 1RL8A 1FEJC 2JXRA 3IXKA 4K4PA 5P89A 5COOA 2QMGA 2ZJLA 1META 5P69A 1E82E 2EWYA 4ZE6A 1HTFA 2HB2A 3NU6A 5OZZA 5P2OA 4ER4E 4FM7A 4D88A 5P5XA 3T3CA 3SPKA 4GIDA 5IVSA 3ER3E 5BRYA 4I0GA 3DV5A 1C70A 1T7JA 5DR4A 1PSNA 4B1DA 5P3GA 1RPIA 3N4LA 3EL9A 5IVQA 3KDBA 3GGUA 3S7MA 5P05A 3UDNA 2VS2A 1HPVA 5P7RA 4Y3RA 2VNMA 5P01A 3HBOA 5HDZA 5P59A 1HSIA 5P8NA 1OEXA 1B6PA 5IVTA 3KMYA 3OTSA 3LIYA 2WF1A 2IGXA 5KOSA 2PQZA 5P7AA 4Y37A 3O9LA 4FL8A 5P0JA 4NPTA 3SQFA 3F9QA 2NXDA 5OYWA 4FRSA 3AUPA 1SP5A 3NU9A 5DR0A 3VG1A 1MTRA 2F3KA 5P71A 4AA9A 2QHZA 2FNSA 2AOGA 3CKRA 4GJ6A 2PYNA 3N3IA 2QI0A 5P1FA 1EBWA 2R38A 3WZ7A 2OHTA 2VIYA 2ER9E 2HPFA 3ZKIA 1HVIA 5P68A 3PGIA 5DGUA 2H6TA 3ZKNA 2NR6A 5P8UA 4FAEA 5P79A 1DP5A 1A9MA 1E80E 4I12A 5P81A 3SA4A 5P6XA 4I8ZA 2OHLA 2APRA 4EP3A 2P3CA 2QMPA 1HXBA 4U8WA 5P5EA 3NDTA 2B7ZA 2BPXA 1AJXA 1KJ4A 3EC0A 3KDCA 4HLAA 1UH9A 5P6GA 1B5FB 5P4VA 5P56A 4ZSQA 1IIQA 4E43A 4S1GA 1BDLA 4Y5KA 4CPXA 4EJLA 3LZVA 3NXNA 5P4NA 5P46A 3IXJA 3OQ7A 2QI4A 3SKFA 4PZXA 5OYUA 4NPUA 4TRWA 4EQJA 1QBRA 3ZMGA 5P5PA 2AVOA 1OD1A 4NJUA 2WKZA 5P5KA 5P28A 1WBMA 3EKTA 2PSGA 4ZPFA 1FIVA 1T7KA 4D85A 5P83A 5C9DA 2V10C 5P5WA 4YD3A 3UTLA 2VIJA 1AZ5A 4IVTA 2O4PA 3FX5A 1DW6C 3OQAA 5P8DA 1K6CA 4Z4XA 3OAGA 1EAGA 1ZSRA 2QP8A 5P2SA 1MUIA 3HZCA 2ER0E 2FLEA 3UQWA 2AOFA 4YDFA 5OZVA 3EXOA 5DQCA 5P3UA 5P49A 5P1CA 5P1KA 4B70A 1M4HA 1HVLA 2ANLA 3PCWA 2R3TA 1MVPA 3AIDA 1LYAB 1MPPA 4RVIA 1BXQA 2VA7A 4R92A 4EXHA 1A8GA 5HDXA 3NWXA 3IAWA 5P4OA 3HAUA 4I11A 4I0JA 4YBFA 4F73A 1W51A 2Q3KA 4KE1A 3UPJA 2B8LA 3LNKA 4J1HA 3L5EA 3FNUA 5P1HA 3OADB 4KUPA 3D3TA 5P3HA 1MERA 1W5WA 2O40A 2QHYA 4YBIA 3L5BA 2PH8A 5P12A 2HAHA 4GYEA 3K5DA 1QBSA 2SAMA 5P2KA 4EHCA 3RTMA 1TCXA 1EPNE 2FDEA 4GJ8A 3JVWA 4MC1A 2I4DA 3O9AA 4A6BA 2BPYA 2Q64A 1FQ5A 4CKUA 1T6GA 3ECGA 4Y3MA 3NDWA 2AZBA 5OZDA 3LIQA 1B11A 3EM6A 4Y3AA 2G20A 3APRE 3INEA 3T7PA 5DR1A 5P50A 5P4LA 3SLZA 3NSHA 2AVSA 5P06A 1SGUA 4ZIPA 2G69A 5P8TA 5P5OA 5P0GA 4Y5PA 4Y56A 2AOCA 5P88A 5PEPA 5OZ4A 5P3CA 5P17A 2QI6A 5OYQA 3OXVA 2BPZA 2AOJA 2HC0A 3PWWA 5AHBA 3PB5A 3A2OA 5P45A 1SDTA 5P3AA 1ZSFA 2R8NA 3B80A 3ZLQA 4Y3TA 4Q1NA 4RRNA 4Y4BA 1JLDA 5APRE 5P4MA 3MXDA 5P27A 1EBKC 3CIBA 4OD9A 3CMSA 1HVCA 4L7GA 5KQYA 3PBZA 2JJJA 1NSOA 5OYYA 1T7IA 2V11C 3EL5A 3VSWA 5P0CA 1KZKA 3PSGA 5P3BA 3UFNA 3INDA 3DV1A 1GVUA 3VF5A 4GZFA 4APEA 5P0IA 3FNSA 5I3XA 4J1FA 2O4NA 5P4CA 3ZKQA 5P6UA 5JFUA 5P16A 1N49A 3R0WA 3SA3A 5I70A 3BGBA 1SMRA 2MIPA 4L7HA 1ZAPA 2PSUA 4Y35A 3QI1A 3MWSA 5KQXA 1G6LA 3D1ZA 4XX4A 2WJOA 2ZJJA 4OD9B 2BKSA 1YT9A 5P7QA 6APRE 3BGCA 3PBDA 3S85A 1HWRA 2WECA 5P5TA 4H1EA 4Y50A 5P41A 3TPPA 2R9BA 2PK6A 5P7ZA 1PFZA 4GJ9A 3SA8A 4Y3EA 5OZIA 5P0YA 4DV9A 3S45A 2ZJMA 3BUGA 4B72A 2QMDA 5P8GA 4YCKA 1Q9PA 5P1SA 2H6SA 4HA5A 5P1OA 5HE4A 4Y4AA 5P1RA 4EXGA 1EPRE 5EZZA 4X2LA 2VIEA 3O9DA 4DQCA 3NR6A 3G6ZA 1EC0A 3QIHA 3MXEA 5DQ2A 3R4BA 2NMYA 3BXSA 1LF4A 2G1SA 1FKNA 3QS1A 4L1AA 5DQ1A 4Y3FA 3DOXA 1EC2A 1WKRA 4YOAA 1MRWA 2WL0A 1FFIC 2ZE1A 3UQXA 4BELA 2PSVA 1EEDP 3VUCA 3VFAA 5TOLA 4DI2A 3LZYA 5P7SA 2ZHVA 5P4GA 5P4WA 3UDRA 1APTE 4EJDA 2NXMA 5ISKA 5P0ZA 2J9JA 1RNEA 1ZP8A 3TOFA 3ER5E 1ER8E 5P8HA 5P0TA 2UXZA 2JE4A 4B00A 1LYBB 2G22A 4J1CA 1HRNA 1LV1A 5P80A 4H3JA 5P3IA 3BUHA 4XXSA 5P1XA 5P0XA 1BWAA 1FMUA 2Q5KA 1YX9A 4XX3A 5P13A 1GNNA 4Y4XA 2QZXA 3HDKA 5P00A 4LXKA 1FQ7A 2IEOA 5AHCA 1BIMA 1EBYA 2AOHA 2AOEA 4DUSA 3U71A 1PPLE 3FNTA 6FIVA 1J71A 2NNKA 1HBVA 2WEAA 2P83A 5P6WA 2ZHUA 3R1GB 5SY2A 5P2QA 3VEUA 4QGIA 3S56A 4RGHA 4Y39A 1LYWB 2B60A 2ZHSA 5CONA 5P8JA 5P20A 1C6YA 5P0MA 3SA7A 5P8QA 2XFJA 5P08A 1UH7A 4XKXA 5OZBA 5AH7A 5P6JA 2PMAA 4OBGA 1XE5A 3PMYA 5P2NA 5P3SA 1K6TA 3PLDA 4R91A 5P29A 4OC6B 3UDJA 5KR8A 3KF0A 4Y3JA 1XE6A 3T7QA 4YHQA 4Y5GA 3TOGA 3EKQA 4R5NA 2F80A 4OBFA 2G1OA 5P4FA 2B7FA 4I0FA 3VSXA 3KFPA 5OZFA 5P8RA 3OQKA 3KN0A 2RKFA 1NPAA 4D8CA 1B6LA 4QLHA 4CPUA 7HVPA 2P3BB 1HEFE 5P0NA 5P84A 3KA2A 2B42A 1EPME 5P1YA 1FQ6A 2V16C 4Y51A 5P7YA 3RSXA 5P8LA 5P1EA 1MT9A 3HLOA 2AZ9A 4YD7A 2V0ZC 2OHKA 5P53A 1XS7D 4RYCA 5P4XA 5OZKA 3EKXA 1HIVA 2PK5A 3ZPUA 2I0DA 3OTYA 1BVGA 5P1IA 7UPJA 1IZEA 1IDAA 2RMPA 2VNNA 3T6IA 2A1EA 1AAQA 5F00A 1YTJA 5P5GA 3INHA 2NTRA 5P6QA 1NPWA 5P77A 5P7JA 1LF3A 3WZ8A 3ZKMA 4DFGA 2P8HA 3EKYA 3Q70A 4HDBA 2QAKA 5P6HA 1D4SA 2AODA 3VLBA 5KR2A 4BFDA 4Y58A 5P3TA 3GI5A 3UDYA 2IGYA 5P07A 3L5FA 3WB4A 5C9FA 2QCIA 1K6VA 1AIDA 1EPLE 3EKWA 5P55A 1IZIA 2QU2A 5P8FA 5P2WA 1QRPE 1SGZA 4FAFA 3BC4A 4Y5LA 5P48A 4LAPA 5P87A 5P61A 1B5FA 4H3FA 4PHVA 3S2OA 1T3RA 5P2EA 4Y3WA 2FS4A 3BRAA 1HXWA 1DMPA 2ZJIA 2WHHA 5P3WA 3CKPA 5P7UA 5KR1A 5P4BA 5P24A 3UQRA 4DPFA 4FLGA 5P0QA 4DQFA 1W50A 3PMUA 2ER7E 4YA8A 4D83A 5C9BA 2Q55A 3VV7A 3ZKXA 3KFNA 3H5BA 3NLSA 1CMSA 3KFSA 3PSYA 3DCRA 3HVGA 5P4ZA 4Y47A 1FF0C 2OHQA 4OBKA 2F81A 5DPZA 2NMZA 4I1CA 1FG6C 5P4AA 1BWBA 5P19A 3OGQA 5P43A 5ISJA 4FSEA 5P72A 1HIIA 5P8CA 4AUCA 1FLHA 5P36A 4JPCA 5P18A 2P3AA 5P6CA 3IGBA 5P6AA 1SDVA 2IKOA 1LYAA 5P6SA 2AVVA 4D89A 4UPJA 4J1IA 3HD8A 3URLA 1QBUA 5CLMA 5P64A 3PCZA 3OADA 5P0DA 5P7OA 3O9BA 2QD8A 3SFCA 4RLDA 3VV6A 5P5VA 4QJAA 5P8SA 3U6AA 5P1UA 5P35A 4DQEA 5P6FA 4DJQA 1IDBA 3NUJA 4LXMA 3JW2A 1K2CA 1FMXA 4U7QA 4EJ8A 1FQ4A 1LZQA 5I3YA 1GVTA 5P3JA 5P7GA 1VIJA 3M9FA 5P3QA 9HVPA 1YM2A 4B78A 2V13A 1FMBA 5P6OA 4ACUA 3I8WA 3I2LA 4GJAA 4FIVA 5P62A 4Y3NA 4QJ2A 3L3AA 1FGCC 5P1BA 4HDPA 3FKTA 5P2FA 3T7XA 1C6ZA 3LHGA 4J1EA 3KMXA 2BPWA 4I0IA 5P6DA 1HHPA 4Y4ZA 5P8IA 4GJDA 1HIHA 4AZYA 3OY4A 1ZTZA 2OF0A 5P3NA 1GNMA 3VF7A 2WF4A 4DJUA 2FDPA 3NU4A 5KQZA 4ZSMA 2AIDA 3KM4A 1AVFA 3OU3A 5P1PA 4CP7A 4J0PA 1Z1RA 3D20A 2B8VA 5P5AA 5OYRA 5OZSA 1F7AA 3EM4A 5AH8A 1ZPAA 3Q6YA 5P63A 4Y48A 4YD5A 5P8VA 3G72A 4BEKA 2RENA 3CYWA 3OUCA 5COPA 4B0QA 4B77A 4DJYA 3OK9A 2G1NA 2CEMA 5P85A 3C9XA 2NXLA 3ZL7A 4OBZB 1LF2A 4B1EA 3I7EA 2QNNA 4A6CA 5OYSA 2IL2A 2A4FA 4Q1YA 4J54A 1UH8A 4B1CA 4CPSA 3B7VA 5FIVA 3LIZA 3FV3A 2PH6A 4DJOA 4WTUA 3VLAA 2PWCA 3D1YA 3QRMA 4Y9WA 4K9HA 3K1WA 3ZPSA 5P73A 3RU1A 2I1AA 5P38A 1IVPA 5OZEA 4N00A 4CPTA 2QNPA 5HU1A 2G21A 1HEGE 3PWMA 4Y3SA 1M0BA 1KJ7A 4I0HA 5P7XA 1LEEA 5P30A 3PI0A 4DJPA 1F34A 1SH9A 4Y3PA 1MTBA 5JFPA 3VFBA 3D91A 3TH9A 3SA9A 2G27A 4K8SA 5P4PA 1YTHA 4HDFA 2ASIA 3O9EA 3K5GA 4WY1A 2JJIA 2RSPA 2FXEA 5P3FA 1ME6A 4Y4DA 5OZUA 1E81E 3INFA 2QHCA 5P7FA 4HVPA 2HIZA 3CICA 4ZSPA 5P5IA 5P7KA 3O9GA 1KJFA 3OXCA 4Y43A 5P7IA 3KT2A 2CEJA 4Y5MA 5J25A 1NH0A 2OHPA 3OXXA 1G35A 5DR8A 5OZJA 2R43A 4J0ZA 4ER1E 1MRXA 5OZLA 2Z4OA 2AVMA 3KT5A 5P0HA 3CYXA 1MEUA 4JP9A 3DM6A 5B18A 4YDGA 4YOBA 3L5DA 3EBZA 5BS4A 1HVJA 3S54A 5OZOA 5P10A 4RYGA 2G1YA 4Q1XA 5HCOA 3VYDA 5OZ2A 2QI1A 3QVIA 3QROA 1EPQE 4Y36A 3RTNA 1LYBA 5P2DA 1PPKE 2JYSA 1TW7A 5P4UA 5P22A 2WEBA 4KE0A 5OYVA 5P1ZA 4CPQA 1HPSA 3LITA 5P78A 1A94A 1HTRB 1MT8A 3S53A 4HEGA 1FB7A 5P1AA 2PC0A 1BDQA 4J0VA 4Y3YA 5P1DA 2IKUA 2WEZA 3OQDA 3PRSA 4EWOA 2AZ8A 5ER1E 1G0VA 1NPVA 3NDUA 3OU1B 2VA5A 5P2CA 4TVHA 3K4VA 1D4JA 4Y4UA 4FRIA 3CIDA 2OHNA 1UPJA 4JECA 3NU5A 5P6RA 1D4KA 5P15A 4J5JA 5P4QA 1BVEA 1TSQA 1LYWA 1XDHA 1RV7A 2BPVA 5OZTA 3FSMA 3OQFA 4J17A 1K1TA 4APRE 4CPWA 4OC6A 2I0AA 3QBHA 3DUYA 5P5ZA 4Y4TA 1K1UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P6I A;  1D4I A;  3OOT A;  5P3D A;  1EC1 A;  4GMI A;  4I8W A;  3QRV A;  2J9J B;  1BV9 A;  5OZX A;  4RVJ A;  5P4R A;  2P4J A;  1W5X A;  3QBF A;  2Q15 A;  3O9F A;  1HSH A;  4NKK A;  3LIN A;  3PJ6 A;  4Q1W A;  5P04 A;  4HZT A;  4TRY A;  1HTE A;  5P7V A;  3OGP A;  3PWR A;  5P37 A;  2V12 C;  1HVK A;  1VIK A;  2WF2 A;  3SO9 A;  1EPP E;  1TZS A;  1IZH A;  1QDM A;  4NJV A;  5P31 A;  4PPH A;  2ZDZ A;  5P2Y A;  2HPE A;  1RL8 A;  1FEJ C;  2JXR A;  3IXK A;  4K4P A;  5P89 A;  5COO A;  2QMG A;  2ZJL A;  1MET A;  5P69 A;  1E82 E;  2EWY A;  4ZE6 A;  1HTF A;  2HB2 A;  3NU6 A;  5OZZ A;  5P2O A;  4ER4 E;  4FM7 A;  4D88 A;  5P5X A;  3T3C A;  3SPK A;  4GID A;  5IVS A;  3ER3 E;  5BRY A;  4I0G A;  3DV5 A;  1C70 A;  1T7J A;  5DR4 A;  1PSN A;  4B1D A;  5P3G A;  1RPI A;  3N4L A;  3EL9 A;  5IVQ A;  3KDB A;  3GGU A;  3S7M A;  5P05 A;  3UDN A;  2VS2 A;  1HPV A;  5P7R A;  4Y3R A;  2VNM A;  5P01 A;  3HBO A;  5HDZ A;  5P59 A;  1HSI A;  5P8N A;  1OEX A;  1B6P A;  5IVT A;  3KMY A;  3OTS A;  3LIY A;  2WF1 A;  2IGX A;  5KOS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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