3O9HA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with kd26
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Substrate envelope-designed potent HIV-1 protease inhibitors to avoid drug resistance.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3o9hA00
4DPFA 4B1EA 3D3TA 1RNEA 2QMFA 5P4TA 2O4KA 3H0BA 4DJQA 5ER2E 3VSXA 3PLDA 3I25A 4FRKA 5HCTA 3VG1A 3OXWA 1Q9PA 1FG8C 1T7IA 2F81A 5SY2A 3SM1A 4FRSA 5DGUA 4Y54A 5HE5A 3PSYA 4L1AA 4GJCA 5I3WA 3L58A 1FFIC 5P75A 2NXDA 1SGZA 4I0EA 2H6SA 5CONA 3Q4BA 4ZLSA 2FXEA 3ZPTA 5P6QA 4B77A 3VV8A 1D4HA 4H3GA 2FLEA 4FGXA 5HDXA 3Q5HA 2ZE1A 4I0IA 5P8CA 3PWWA 2HM1A 5KR2A 5P4FA 3KDDA 3JVWA 2PH6A 3UDQA 4GJDA 1FQ5A 1SMRA 4D88A 3PMYA 5P3EA 1FIVA 5P7ZA 4Y5KA 1YX9A 5P1HA 4ACUA 3VV6A 5P7PA 3BXSA 4LAPA 1FG6C 2XFIA 3TOFA 5P0TA 1XL5A 5P3LA 3VSWA 2FGVA 2Q3KA 1VIKA 1A8KA 5P7XA 2ZJMA 2ANLA 2NMYA 4PPHA 5P35A 4OBZB 3KFPA 5P2WA 5P3CA 8HVPA 2NPHA 4Y4ZA 5P19A 1F34A 2WEZA 5P4KA 5P0VA 5P28A 1EAGA 4FM6A 2AZCA 3S8IA 5TOLA 3OWNA 2PYNA 4B05A 1VIJA 5P8OA 1GNMA 5P1MA 2Q15A 1GVVA 5P0YA 3TOHA 3HLOA 4ER2E 4Y38A 5P8PA 2ZHSA 5COKA 2VJ6A 5P4BA 2PMAA 5P3IA 3U7SA 5P6IA 3H5BA 5P1EA 3NDTA 5P4EA 4LXKA 1ZBGA 3PCWA 1ZSRA 5P6UA 3PJ6A 1FMBA 2V13A 5P5MA 5P47A 4RVIA 1XDHA 1MUIA 2AOHA 4F73A 3DOXA 3L5CA 1MVPA 3LPIA 5P8TA 5P4SA 4J1IA 5OYZA 2G20A 5P8QA 5P5VA 1A9MA 4WY6A 3PEPA 5OZDA 4I8WA 1B6JA 1MT8A 3INHA 3VEUA 4JOOA 4CPWA 5DR7A 2AOJA 5BWYA 1ZSFA 2ZJLA 5KQXA 4FS4A 2XYEA 3WZ7A 1EPOE 3O9HA 4GJ7A 3SAAA 2I4VA 1EPRE 3TPRA 5ENMA 3DV5A 2VA7A 2IQGA 3LIYA 1KJHA 4CP7A 4J54A 4APEA 5HTZA 3NDXA 3HDKA 4RCFA 5OZXA 1QBSA 5P4XA 5JFUA 5P5DA 2H6TA 1SGUA 5AHAA 1J71A 3EL9A 3VF7A 5P5AA 4ZPGA 4I12A 5P7IA 3D20A 5CLMA 3SO9A 4BFDA 1GVXA 5P1BA 3S7LA 5P29A 5P7NA 1SIPA 4Y4DA 4RRSA 2HS2A 3LIVA 1RL8A 4U8WA 5P26A 4YD7A 3T7QA 3UQXA 3D1XA 1HVRA 3Q3TA 5P4GA 5P4VA 4Y5PA 1ME6A 5P3KA 4FCOA 1TSUA 4YD5A 4APRE 4DJWA 2V12C 5P5SA 4ER1E 1Z1HA 2WF2A 5P10A 1QRPE 3PBDA 5P0AA 5P85A 1PSOE 4K8SA 5P1LA 3EC0A 1HIVA 3KM4A 3EKXA 4Y3GA 2VIJA 5P3UA 4YOBA 1AVFA 3INFA 3NWXA 3UPJA 1T6EX 3NU3A 5P2KA 4CPUA 5P2HA 3KFSA 2HS1A 3CIBA 1EC1A 1MT7A 5P6DA 1XL2A 3O9FA 5SXNA 1W51A 2ZJJA 5P4YA 4CKUA 2AVVA 3RTNA 3HAUA 3HAWA 3ECGA 2CEJA 3I6OA 4CPXA 5P4PA 4R93A 2I4WA 4LXAA 5P5YA 5P8HA 5P3MA 4ZIPA 2P3BA 5OZCA 2VNMA 4JECA 4QJ6A 2G26A 5KR1A 1SP5A 4H3IA 4YCTA 4D85A 5P65A 5P7QA 2I0AA 3DK1A 1KJGA 3WZ6A 4Y39A 3SA9A 1WKRA 5P6GA 1TQFA 4EJ8A 2QK5A 1HTEA 3CKPA 4MC9A 1RV7A 4EJLA 5OZ2A 2QU3A 4FSLA 1FLHA 3ZPSA 3GI6A 5DQ2A 4Q1WA 5P3TA 3EKTA 1MERA 1CMSA 1G6LA 3F9QA 5OZNA 2G27A 5P13A 1RQ9A 2ZJIA 4XX4A 3BC4A 5P3WA 2P8HA 5COPA 3S85A 5P5ZA 1HPXA 5DQ5A 3OQFA 5OZ0A 3L3AA 2ER6E 2R5QA 5P64A 3K4VA 2IKOA 5P36A 5OYTA 3LZYA 2QI4A 1HWRA 4Y3PA 1BXOA 4S1GA 3QPJA 2J9KA 2RKGA 4PYVA 5P53A 4J0ZA 3GGUA 3KF0A 5DR3A 5KOSA 3OUAA 3UDKA 1LZQA 3HVGA 3UDJA 2AIDA 1T7KA 2QP8A 5P0MA 4L7HA 5P2AA 3UQUA 2PWRA 5P5QA 3UDYA 1ER8E 2NMZA 2ZJHA 3O9BA 2PK6A 2QD7A 5P6XA 3UFNA 1BBSA 4AA9A 4EXGA 3OXXA 3O9CA 1KJFA 3UDHA 3OXCA 3LPJA 3OU4A 5OYRA 2O4LA 1MSMA 5P5NA 3OU1B 5P5HA 5P1IA 5OZYA 5P0QA 5P8MA 3BUHA 2HAHA 1WBMA 5P5TA 2VA5A 1YM4A 3I7EA 3TKGA 2JJIA 5P12A 3VYDA 4Q1YA 2PQZA 4ZSRA 4PEPA 3UTLA 4D89A 4H3JA 5P1WA 4B1CA 3DM6A 5OZJA 4OD9B 5OZTA 5IE1A 4ZE6A 1MESA 3L38A 3ZKNA 5HU1A 5P25A 4DJPA 2G1YA 4J0TA 4Y35A 2XFKA 5KQZA 5P3ZA 2QAKA 4Y51A 2BPWA 3GW5A 1KJ4A 5P7GA 2PYMA 4RZ1A 4YOAA 4FAFA 3QRMA 5P00A 3PCZA 4HDBA 1W5WA 2Q55A 4J0VA 5ENKA 3HBOA 5P68A 2OHKA 7HVPA 2VKMA 4ACXA 3O9AA 1HVHA 1TCXA 2IRZA 3OQAA 4L7GA 4Y3EA 5P3RA 1OD1A 5JG1A 4Y58A 5P6HA 2MIPA 3ER5E 4DUSA 4DH6A 2G1OA 3S53A 3INDA 5C9BA 3ZLQA 1FFFC 5P0EA 2NNKA 1AXAA 1HIHA 5HVPA 5P4CA 4OBZA 5BS4A 5P06A 2R5PA 3QAAA 4BFBA 1AAQA 4Y3RA 2SAMA 3LZUA 3OAGA 5P02A 3OUCA 1XS7D 1PPKE 5P5RA 1LYWB 3QVIA 5P22A 3NDUA 1META 4DI2A 2PSUA 2B60A 2Q5KA 2NXLA 2FNTA 3OUDB 5HDVA 4DVFA 2V10C 4LBTA 1FMXA 5HU0A 2AVOA 4HZTA 5JODA 4DJRA 2VJ9A 3U6AA 1BV7A 3MXDA 3VF3A 1G0VA 4I0FA 3TNEA 1K1UA 5P3DA 4WY1A 2BKSA 1IBQA 5F01A 5AHBA 3SABA 4RCEA 5HD0A 1UH7A 3HW1A 2ER7E 3KT2A 5DPZA 5IVSA 4UPJA 3CMSA 2FDPA 2P83A 4Y4WA 2QZXA 3B80A 3EKQA 3T3CA 3S7MA 1BAIA 5P5JA 2PC0A 4Y43A 3EL1A 3VCMA 4Y3SA 5OZFA 4X7IA 5OYVA 4TRYA 5P8JA 5P7FA 5P07A 4J0YA 5OZ5A 3LIQA 3BVAA 5P8VA 1EEDP 5P2ZA 3OQDA 5P01A 1RPIA 3S2OA 3NDWA 1XN3A 1YTHA 4A4QA 5P2RA 4R5NA 5P38A 5P3GA 3N4LA 2R3WA 5OZWA 1HXWA 3GGVA 4HE9A 1FB7A 4J1FA 4FRIA 1YM2A 4Y53A 1QBRA 2IL2A 1TSQA 3PBZA 3OY4A 4HVPA 1K1TA 2V00A 5P0KA 2ZYEA 1APVE 1LV1A 4F75A 5P39A 4Y5LA 3L5BA 2HB2A 2HC0A 4FE6A 5P2YA 2P4JA 2BQVA 4N00A 2WF0A 1ZAPA 5P3HA 5OZ3A 5P1DA 5OZMA 4TRWA 5P1UA 3PMUA 2G94A 2QZKA 3CYXA 5OZ9A 3IXJA 1W6IA 5P7HA 2VIEA 2BPZA 5P6PA 4Z50A 5P7TA 1BVGA 3I2LA 1LF2A 3AUPA 3FSMA 1MTRA 2ZHUA 2APRA 5P04A 2VA6A 2IEOA 5P80A 4U7VA 4F76A 2AOCA 1B11A 2I1AA 4DQGA 3LZVA 2V16C 5B18A 4Y3WA 5P7LA 2VIYA 2I4XA 5P52A 1C6XA 1DIFA 3TL9A 1HHPA 4OC6B 3DCKA 3R0WA 1LYBB 1APTE 5P6AA 1ENTE 4KUPA 3FIVA 1ODXA 1XE6A 3BHEA 2HPFA 3O9EA 1MPPA 4YHQA 4Y57A 3KDBA 1E81E 3ZKQA 5P0UA 4A6CA 5P03A 1ZTZA 3Q6YA 4Y48A 5P2SA 3EM3A 2BKTA 1PSNA 3FNTA 4Z2ZA 2IENA 3HZCA 4B1DA 3EM6A 2WF4A 1EC3A 2PSVA 4YD4A 5P2IA 1UPJA 1W6HA 4J1KA 4DQEA 3PM4A 5DR8A 3KFNA 3OOZA 4RROA 2NR6A 1HVKA 3OU3A 3WB4A 3NXNA 3WSJA 1GVTA 2QCIA 1FQ8A 1A30A 2NNPA 3C9XA 5P42A 4RYCA 1HPVA 1BILA 4J1CA 3EXOA 2AVMA 1SDVA 5I3YA 3EBZA 2PWCA 5KQYA 4CPQA 5P82A 3SKFA 1PSAA 4Y3NA 4XKXA 1U8GA 5P11A 2FNSA 2QD8A 3IA9A 4Q5MA 1HSHA 5P05A 5P09A 1D4SA 2FDEA 5P2TA 2RENA 5P2VA 1NPVA 4X2LA 2PK5A 2WEBA 3UCBA 4HA5A 4HEGA 2O4NA 3VFAA 3NWQA 4E43A 3FX5A 1MRWA 3T7XA 4K9HA 5P7UA 1APUE 2OHNA 4OBFA 4B78A 5P4DA 3KYRA 5P32A 3SA4A 3UFLA 3OTSA 3PWMA 3OU1A 2BPYA 4J1EA 7UPJA 1OEWA 3GGXA 1D4KA 1MTBA 3FV3A 5P8KA 2G21A 3DV1A 4BEKA 1HVLA 4EQ0A 3S43B 3RVIA 3NXEA 5P1PA 2QNNA 4HDPA 2OHPA 3OQ7A 1SDTA 5P8AA 1HIIA 4YD6A 5P61A 5P5WA 2HB4A 4GYEA 4QJ9A 5P16A 3M9FA 5AH9A 1GNNA 5P8NA 3NU6A 4H1EA 3CKRA 1PFZA 5P4AA 2V0ZC 1B6KA 5P4HA 3BXRA 4L1AB 2A4FA 1C6YA 4YA8A 4DPIA 3ZKXA 1BV9A 1EPQE 4OBHA 5P60A 3B7VA 5P4OA 2RMPA 4JPCA 5I3XA 5P1JA 4EJDA 5P2UA 1BWBA 3IGBA 3TPJA 3CKTA 5P4NA 4GJ5A 5P71A 3OADB 1IZHA 1B6MA 3PLLA 2I4QA 1FQXA 4DV9A 5IVQA 2XYFA 5KOQA 4MC2A 5P48A 3O9DA 4EQJA 5P7DA 4FSEA 1HVJA 4EPJA 3S56A 5P0GA 4NJUA 5P79A 4B0QA 4LHHA 2QI6A 2UPJA 4U7QA 4L7JA 5P0OA 3QI1A 1A94A 5OZ7A 1LYWA 2B7FA 5I3VA 4YD3A 3SA6A 3RTMA 2JXRA 2ZJNA 4R91A 4TRZA 2G1NA 4R92A 3OUDA 3K5CA 4QJAA 1EBKC 4Y5MA 3NU4A 5P67A 3GI0A 3OQKA 4QJ8A 5E5JA 1UH9A 2O4PA 3EL0A 4CPRA 4CPSA 2UY0A 4H3FA 5P8GA 4Y3FA 5ER1E 4ZSPA 2HPEA 5P4JA 4PZWA 1N49A 5P2QA 4ZPEA 1FQ7A 3PI0A 5OYQA 3SM2A 2QI0A 2VJ7A 3QP0A 2QMDA 2XFJA 3NU9A 2PSGA 4ZSQA 5P7SA 1FQ6A 4ZSMA 2OHSA 4LC7A 1EBYA 2NXMA 4PHVA 2OHLA 5OZEA 5P2CA 4J55A 5P88A 4RVJA 2Z4OA 5P89A 1LEEA 3VFBA 2PH8A 5OZBA 5P4RA 2WECA 4J1HA 3PRSA 1IZDA 3QN8A 5P0BA 3ZOVA 1HEFE 2G69A 4Y3XA 6UPJA 1K6PA 3HD8A 3QROA 5P1QA 1DW6C 3T7PA 3ZKIA 3ER3E 5UPJA 5P57A 4OBDA 4PZXA 4Y41A 4Y3AA 3OUBA 5IS4A 5P24A 2BPVA 2F8GA 2ER9E 5P30A 5AH6A 3UHLA 3WB5A 1FKNA 3OHHA 1K2CA 1HPOA 4Y5NA 3RU1A 3DUYA 1T3RA 2G24A 3RTHA 1YTGA 5P7OA 5OZQA 1AM5A 2RSPA 2AQUA 1LF4A 1PPLE 3KFRA 2QHZA 5P5BA 5P6FA 5P5LA 5P43A 5OYSA 1IDBA 1Z1RA 5P2OA 5P1TA 2Z54A 1W5VA 5P0XA 4K4RA 5P6WA 4I0HA 2QI1A 5P7CA 3LITA 3PI5A 5P8SA 3LPKA 2AZ9A 3OOTA 5P72A 5OZ1A 5P2EA 4DQCA 5P87A 1SBGA 5E5KA 5OYYA 3N3IA 5P83A 1LS5A 3O99A 5P34A 5P1AA 1EBZA 1DP5A 5P0ZA 3RSVA 3IN4A 3MSLA 3SA3A 4YDGA 4OC6A 4J0PA 5OZVA 1LYBA 5P0HA 1SH9A 5P7MA 2Q64A 1XE5A 3NSHA 2Q11A 3SQFA 5P77A 4R95A 3CIDA 2BBBA 5P8LA 5P49A 2J9JB 4B00A 2G1RA 2B8LA 5P8UA 3TH9A 9HVPA 3PWRA 2QI5A 3IN3A 3LZSA 4AMTA 4FRJA 1C6ZA 3G72A 3KMYA 1IIQA 1HVCA 3JW2A 3APPA 4D8CA 1OHRA 4NJSA 3VLBA 3QBHA 3O9LB 5OZAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DPF A;  4B1E A;  3D3T A;  1RNE A;  2QMF A;  5P4T A;  2O4K A;  3H0B A;  4DJQ A;  5ER2 E;  3VSX A;  3PLD A;  3I25 A;  4FRK A;  5HCT A;  3VG1 A;  3OXW A;  1Q9P A;  1FG8 C;  1T7I A;  2F81 A;  5SY2 A;  3SM1 A;  4FRS A;  5DGU A;  4Y54 A;  5HE5 A;  3PSY A;  4L1A A;  4GJC A;  5I3W A;  3L58 A;  1FFI C;  5P75 A;  2NXD A;  1SGZ A;  4I0E A;  2H6S A;  5CON A;  3Q4B A;  4ZLS A;  2FXE A;  3ZPT A;  5P6Q A;  4B77 A;  3VV8 A;  1D4H A;  4H3G A;  2FLE A;  4FGX A;  5HDX A;  3Q5H A;  2ZE1 A;  4I0I A;  5P8C A;  3PWW A;  2HM1 A;  5KR2 A;  5P4F A;  3KDD A;  3JVW A;  2PH6 A;  3UDQ A;  4GJD A;  1FQ5 A;  1SMR A;  4D88 A;  3PMY A;  5P3E A;  1FIV A;  5P7Z A;  4Y5K A;  1YX9 A;  5P1H A;  4ACU A;  3VV6 A;  5P7P A;  3BXS A;  4LAP A;  1FG6 C;  2XFI A;  3TOF A;  5P0T A;  1XL5 A;  5P3L A;  3VSW A;  2FGV A;  2Q3K A;  1VIK A;  1A8K A;  5P7X A;  2ZJM A;  2ANL A;  2NMY A;  4PPH A;  5P35 A;  4OBZ B;  3KFP A;  5P2W A;  5P3C A;  8HVP A;  2NPH A;  4Y4Z A;  5P19 A;  1F34 A;  2WEZ A;  5P4K A;  5P0V A;  5P28 A;  1EAG A;  4FM6 A;  2AZC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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