3OGPA

Crystal structure of 6s-98s fiv protease with darunavir bound
Total Genus 31
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
31
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
GTTTTLEKRPEILIFVNGYPIKFLLDTGADITVLNRRDFQVKNSIENGRQMMIGIGGGKRGTNYINVHLEIRDENYKTQCIFGNVCVLEDNSLSVNLLGRDNMIKFNIRLVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for drug and substrate specificity exhibited by FIV encoding a chimeric FIV/HIV protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords FIV Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Feline immunodeficiency virus
total genus 31
structure length 112
sequence length 112
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-08-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ogpA00
4Q1WA 2UPJA 5P5GA 3WB5A 1HPXA 3T7QA 5DR7A 4DQGA 3IGBA 1N49A 1APVE 5P6IA 5ER1E 5P5HA 4NJSA 5P0FA 4Q1XA 4A6BA 5OZRA 3S8IA 2QZKA 4I0JA 5P4TA 2HS1A 3QRSA 4ZEAA 3BXRA 2FNSA 5P1RA 5P1ZA 5P52A 5P2DA 1YTGA 2ZHSA 5P6AA 5P8MA 2G1YA 5P07A 1NPWA 3D3TA 5P7ZA 5HVPA 1MTRA 4I10A 4ZIPA 2F3FA 3U7SA 1YM4A 2IL2A 1HEGE 1HWRA 5P1WA 2WECA 1KJ4A 1D4HA 1M0BA 4L1AB 5P0JA 5P8NA 1B6JA 2ZHUA 1EC1A 4LHHA 3NU5A 3CIBA 5P72A 4Z2ZA 5P8UA 1BAIA 5P46A 4XXSA 1EEDP 2VJ6A 3KYRA 1IDBA 5P5OA 1TZSA 2Q54A 3S53A 3HAUA 4D88A 1EBKC 5OZWA 2NR6A 4Y3FA 3TKGA 4QJ8A 4J0YA 5P76A 1FG8C 5OZLA 3H0BA 4FSEA 3LINA 2AVMA 2IEOA 2FXDA 3TOHA 4YCTA 3APPA 4YCKA 3Q3TA 2ZHVA 1EC0A 4I1CA 3D1XA 2XFKA 4J1FA 5P63A 1HSIA 3S7MA 2AZBA 1APUE 5I3VA 3SM1A 2G1NA 4B72A 2VIJA 3RVIA 3PCWA 3CICA 3LITA 5E5JA 1SH9A 5P50A 4B78A 3BRAA 3Q4BA 5P4SA 4FE6A 5IS4A 5P6RA 2FGVA 5C9FA 5OZ8A 2OHKA 1HOSA 3EL0A 3OGQA 3PVKA 4I8ZA 4Y3TA 3OY4A 4RCDA 4WY1A 2R8NA 5P32A 1BVGA 5P7YA 4ER2E 4Y5EA 1B6LA 1EBYA 3UDKA 2OHPA 5P31A 4E43A 2QU3A 4J0TA 4ZSQA 2PSVA 5P2SA 5HE5A 5P2NA 5P7CA 5KAOA 2ASIA 3SABA 5P7VA 4J0ZA 5P1GA 5P19A 4D89A 1FFIC 3PM4A 3EMYA 1CMSA 3BUHA 5OZNA 5KR0A 5APRE 3FNSA 5OYZA 2B7ZA 5P66A 4MC1A 2V0ZC 3T7PA 3URLA 4RCEA 3DJKA 2A4FA 5P1HA 2NNPA 2PH6A 1QDMA 5P14A 1VIKA 1ODXA 1HXWA 5P77A 2IQGA 4J0PA 3TPLA 3EBZA 3OHHA 4Y6MA 5ENKA 3EM3A 3UDQA 5P3CA 3PLDA 3SPKA 5AHAA 3NU4A 3GW5A 4ER1E 4Y53A 2R5QA 3ZPSA 4LXAA 3NUJA 3KFNA 5P4LA 5P60A 3IVHA 3ZMGA 4Y3SA 2ZJJA 1AIDA 3QVCA 5P16A 3NR6A 2IRZA 2SAMA 5OZ5A 3UDYA 1AZ5A 2P3BA 4OBZB 2NTRA 1ER8E 3O9DA 4CPQA 3OHFA 5P2LA 8HVPA 1C6ZA 4RVXA 5P6SA 3ST5A 1SIPA 2J9KA 5P51A 1ENTE 3R0YA 2EWYA 2OHSA 3G70A 5P43A 5P17A 5P8BA 3PSYA 1JLDA 3O9HA 3F9QA 3WZ6A 3CYXA 1MT9A 2VA5A 3H5BA 3S7LA 3EKQA 5P89A 1MTBA 2AZCA 5P0WA 5P0KA 5P5JA 5PEPA 5P7IA 1EPQE 3HD8A 4Y3XA 4RCFA 2VIEA 3M9FA 2ZJMA 3IAWA 3OGPA 5P3XA 5P2HA 3SA9A 3CKTA 5HDZA 4EJKA 5P6QA 2WF2A 5P8VA 3MSKA 4IVTA 4EXGA 3EM4A 5P36A 2R43A 2QU2A 1Q9PA 5P0LA 3OTYA 3QBHA 1OD1A 4Y3ZA 1ZSFA 4U7VA 5P0YA 4J1EA 4LC7A 1KZKA 5AH7A 2AVOA 5P5CA 4TVGA 2VA7A 5IVRA 3K5FA 5P20A 1BV7A 3FNTA 2QI3A 5P7TA 2V11C 2QZWA 5P12A 3D91A 5EZZA 2QD8A 4D83A 1HTGA 4GJ6A 1DW6C 5P3EA 2G22A 1FMBA 3S54A 4ZLSA 4ZPGA 5DR1A 2QMFA 2VNNA 5P0OA 3RSVA 3NU3A 3PWRA 1B6MA 2G1OA 1PPKE 3K4VA 1W50A 5P4UA 5P2MA 1PFZA 5JG1A 4FSLA 3VV8A 5P5XA 5P57A 5P2YA 5P84A 3CKRA 1B5FA 1K6CA 4I0DA 4OC6B 1LEEA 3OU1B 5P7UA 2OHQA 5P6ZA 5P86A 1QRPE 3DV1A 4Q1NA 4Y5NA 4MC6A 1BIMA 2IDWA 3LZYA 5HDVA 4ACXA 5OZZA 3OUCA 1FQ6A 3KA2A 2R38A 4QJ7A 4JPEA 4HDFA 4J1IA 4Y43A 3KDDA 1IZIA 1LYBA 5P8CA 5COPA 2F80A 2NNKA 3T6IA 5SXNA 3RTHA 1XN3A 1B11A 1HPOA 2XFJA 3UQRA 5P1DA 2P4JA 3UDMA 3LHGA 5P4RA 1BXOA 2J9JA 2FS4A 2PC0A 1G35A 5KR8A 3HAWA 5P3VA 3O9FA 4I0GA 5OYRA 4NJVA 3CYWA 5P15A 3FNUA 1C70A 1XE5A 5HU0A 5P5TA 2ZGAA 3O9AA 3O9LB 4RRNA 1W5WA 4FRJA 5P5ZA 5UPJA 1FLHA 5EZXA 1B6PA 5I3XA 4KUPA 4QJ9A 4F75A 3HVPA 4ZSRA 3QBFA 4U8WA 3VF3A 3OUBA 1ZJ7A 3ZPUA 3FKTA 5P2OA 5P2FA 1PSOE 1HVHA 5P4JA 5P82A 3RTMA 5DQCA 2AOEA 5P5SA 2FNTA 1YG9A 3S2OA 5P3FA 1AJVA 4OBKA 3ZL7A 2V13A 5P8LA 1MT7A 2QI4A 3EM6A 1HRNA 3RU1A 4ZE6A 4WY6A 5P23A 3ZKNA 4TRYA 2OHTA 5P3ZA 4FM6A 5P4DA 5SZ9A 3CMSA 4PHVA 6FIVA 5P6UA 4BFBA 4JPCA 2VA6A 1MVPA 4YHQA 5P55A 1AM5A 2G20A 3QVIA 5P85A 5P8EA 4R5NA 4Y5BA 5C9DA 1MUIA 1ZPKA 3QN8A 4Y39A 2QD7A 1XL2A 1APWE 3UQWA 2H6SA 4H3IA 5HCOA 4YCYA 2XYEA 4Y3QA 3LZUA 3A2OA 3MSJA 3R2FA 2AOCA 3GI4A 1HVSA 2FDEA 3SLZA 4DJYA 4D8CA 5KOQA 5COKA 2ZJLA 5IE1A 3BC4A 3TNEA 5P5NA 5FIVA 1TW7A 3OQDA 3PCZA 1ZBGA 1FQ7A 3SKGA 3FSMA 4D85A 2QHZA 5P8HA 5OYVA 5OZ0A 3VLAA 4DFGA 1UH8A 5P01A 1YT9A 5AH8A 3B7VA 4OD9A 2ER9E 5ISKA 5P6EA 4J55A 3LPKA 2I4WA 5P5FA 5P7SA 4XX4A 3LIZA 4JP9A 4QJ2A 1K6TA 4J1CA 3KMXA 3EL1A 5P5PA 2O4LA 4Y3NA 5DGUA 1TSQA 3SA4A 4EPJA 5P45A 5P3DA 2Q63A 3GGAA 4N00A 3AUPA 5P2KA 5P4OA 2F8GA 3SM2A 5P1TA 5P1UA 4BEKA 2RENA 1FMXA 4Y58A 1FQ8A 3KM4A 4Y5MA 4H3GA 3INDA 1QBRA 1HEFE 3OXCA 1ODWA 5P8OA 1ZLFA 2P83A 2PWRA 3NDWA 5P6TA 5P7KA 3TOFA 3JVWA 3JVYA 5P5AA 3PBZA 4H1EA 1FEJC 3OXWA 3UCBA 2RKGA 2HPEA 3K5CA 5P0EA 3MXEA 5DGWA 5P40A 1D4JA 3DOXA 4HDPA 1AJXA 2IENA 5E5KA 5P81A 4I0EA 5P8RA 3SA3A 5AH6A 1EC3A 3PWMA 4YD3A 1MERA 3Q70A 5P34A 1META 2I4XA 4Y3LA 3ER5E 2I4QA 5P7OA 3LIYA 3NWQA 4Y3RA 4PYVA 4GJBA 1LZQA 2ER0E 2NXLA 4K4RA 3OUAA 1IVQA 5OZYA 3ZPTA 3O9CA 3KT5A 3UF3A 3UDHA 1HPSA 5P5IA 1GVTA 4DVFA 3LZVA 5BWYA 5P6XA 5AH9A 5P6LA 2ZE1A 5P27A 5P7GA 4Y5AA 5P3KA 5OZJA 5P38A 2BB9A 4Y4JA 4DQFA 2B7FA 1GNNA 4K9HA 1GNOA 5P3WA 5P4ZA 1EC2A 2P3CA 1IZEA 7HVPA 5P8PA 3OAGA 1KJHA 4FAFA 1FF0C 3PSUA 2JYSA 1HTRB 4IVSA 3GI6A 3LZSA 5P10A 5P4CA 1SGZA 4L7HA 2PWCA 4Y3PA 3HLOA 1W6IA 2O4NA 3FX5A 1CPIA 4GYEA 3PRSA 2FLEA 4ER4E 3TH9A 2ER6E 5P8AA 6APRE 5P59A 3OQ7A 3EXOA 5P6MA 3IN4A 5OYQA 5HCTA 2OHRA 4CPSA 5KOSA 3ECGA 5P33A 2WJOA 3VF7A 4FGXA 2QMPA 1HPVA 1OEWA 2QI1A 5P4FA 5OZTA 3PJ6A 3PWWA 5P0BA 4I11A 5DR3A 4J0VA 3SAAA 1FQ5A 4ACUA 5I3YA 5DQ2A 1UH9A 5P25A 3NLSA 1SDTA 3UDRA 3NU6A 5P4KA 3OAGB 2HB3A 1HVRA 1A8GA 3LPJA 4Y3AA 2AVQA 2ZJIA 4HA5A 4OBGA 1AAQA 5P0CA 1RPIA 2RMPA 4JOOA 1A9MA 4Y47A 2G1SA 4B77A 2OHNA 4RZ1A 2UXZA 1BILA 2B8LA 5P8JA 1SMEA 5P0NA 4GJAA 4EJ8A 3R1GB 1T7IA 5P3UA 1HVLA 3EL9A 1KJFA 1U8GA 4CPUA 3DV5A 2JJIA 1BXQA 3UQPA 3ZLQA 4NKKA 4FRIA 4RGHA 4Q1YA 5OZGA 2VJ9A 2XYFA 5P7EA 5HE7A 1LYAA 2HM1A 1IDAA 1DP5A 5P06A 3O99A 1SMRA 1D4IA 4Y54A 2WF0A 2WL0A 4L7JA 5P7PA 2G1RA 2F3EA 5P4YA 4Y4EA 1YM2A 1D4SA 2RKFA 3K5DA 3UHLA 1G0VA 2G69A 2HC0A 4X7IA 2Q3KA 4FIVA 3VF5A 5P2IA 1GNMA 4MC9A 5P0ZA 5P3QA 1XN2A 4R92A 4YBFA 5P44A 5OYYA 4AUCA 2HB2A 5P6KA 3SO9A 3LNKA 2OAHA 4Y4WA 5OZ1A 3NUOA 5OYXA 3IA9A 2VIYA 3L3AA 1GVXA 5P87A 3QPJA 3QROA 4DJWA 2BJUA 3BGCA 1SP5A 2Q64A 5JFUA 1UH7A 5P3LA 1HSGA 5OZBA 1SBGA 5P37A 5F01A 2FDPA 1LF4A 2R9BA 2XFIA 3VSXA 2WEDA 3C9XA 3VCMA 5OZCA 2NMZA 2HS2A 2QNNA 2P3BB 1Z1RA 5P4VA 5CLMA 1WBMA 5P2JA 1FFFC 2V16C 5IVTA 4NJUA 4GZFA 1B6KA 2FIVA 1YTJA 4J5JA 4LP9A 2CENA 5P02A 4RYGA 5OZ3A 1MIQA 1IIQA 2G94A 1ZTZA 5P6FA 4FL8A 1K6PA 1Z1HA 1E80E 1BDLA 1M4HA 5P4IA 3PGIA 4GJ5A 3EKVA 2AVSA 5P1OA 5P64A 2V10C 2PSUA 3I6OA 1HTFA 3KDCA 1YTIA 4GJDA 3EKTA 4R91A 4B1CA 4L7GA 5F00A 4B05A 5P39A 2AOFA 2BPWA 1HXBA 5P4MA 5P1SA 2NXMA 5KQYA 3G72A 1IBQA 2BPYA 2PYMA 5DR8A 5P6PA 3U71A 5HU1A 1ODYA 4ZPFA 3T7XA 3WZ8A 4QJ6A 2BPVA 4ZPEA 4YD6A 1G2KA 1EPPE 1QBSA 7UPJA 1GVWA 4Y50A 3UFNA 1HIVA 2QNQA 5P5KA 3ZOVA 1KJGA 1C6XA 2ER7E 5P30A 4HDBA 2I0AA 2QAKA 5P1CA 2ZJHA 5P75A 5P2UA 4YD5A 4LXKA 2PK5A 4EJLA 1T7JA 4MC2A 3O9EA 3S43A 3OXXA 3L5EA 5P3SA 4Y41A 2ZJNA 4HLAA 5P8SA 1HVIA 2ZHRA 1F7AA 2O4KA 5P2RA 5P42A 2H6TA 4DUSA 3BVAA 5P2TA 5P7QA 3UDNA 1B5FB 1TCXA 2HAHA 5I70A 5OZIA 3DCRA 5OZEA 5P28A 1XS7D 3NDXA 2QHYA 4DJUA 4YA8A 1E81E 5P54A 5P53A 1WBKA 3TL9A 1BVEA 2R3WA 5P8KA 4RROA 5P49A 4OBFA 5P5UA 5P1JA 4DPIA 3FIVA 5ISJA 4K8SA 3OU4A 2Z54A 1RQ9A 5P26A 3ZKXA 5P3MA 4ZSMA 3DK1A 3TOGA 3N3IA 1Z8CA 3NXNA 4RYCA 5OZFA 1LYBB 1HIHA 1W5YA 5P2WA 5P70A 2I1AA 4Y3DA 4CPWA 3OK9A 2PSGA 4Y3JA 2QD6A 4HE9A 1K2CA 1IZHA 3ZKQA 4Y5CA 1KJ7A 5P0HA 3UQUA 3KFRA 3KDBA 1CZIE 5P05A 5SY3A 5P5WA 2J9JB 4I8WA 4YBIA 1DMPA 4Y3HA 5AGZA 1TSUA 4FM8A 3PHVA 5P11A 5P4HA 3OADA 2QI6A 2HB4A 5OZAA 3TPRA 2ANLA 5OZMA 5P8GA 4Y35A 1APTE 2IGYA 5DQ1A 5DQ4A 3NU9A 3SA5A 5OZVA 3PMUA 4BFDA 5P3OA 1NSOA 4FLGA 2IKUA 2O4PA 2I0DA 3RSXA 4CKUA 4Y3WA 1MSMA 3OU4B 4Y5KA 4OBJA 3IXKA 3OUDA 1SDVA 3GGXA 1LYWA 4EP2A 4A4QA 5P88A 1TCWA 4J1HA 4FRKA 3APRE 5P3IA 4GJ8A 1XE6A 3KN0A 4AMTA 1QBTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Q1W A;  2UPJ A;  5P5G A;  3WB5 A;  1HPX A;  3T7Q A;  5DR7 A;  4DQG A;  3IGB A;  1N49 A;  1APV E;  5P6I A;  5ER1 E;  5P5H A;  4NJS A;  5P0F A;  4Q1X A;  4A6B A;  5OZR A;  3S8I A;  2QZK A;  4I0J A;  5P4T A;  2HS1 A;  3QRS A;  4ZEA A;  3BXR A;  2FNS A;  5P1R A;  5P1Z A;  5P52 A;  5P2D A;  1YTG A;  2ZHS A;  5P6A A;  5P8M A;  2G1Y A;  5P07 A;  1NPW A;  3D3T A;  5P7Z A;  5HVP A;  1MTR A;  4I10 A;  4ZIP A;  2F3F A;  3U7S A;  1YM4 A;  2IL2 A;  1HEG E;  1HWR A;  5P1W A;  2WEC A;  1KJ4 A;  1D4H A;  1M0B A;  4L1A B;  5P0J A;  5P8N A;  1B6J A;  2ZHU A;  1EC1 A;  4LHH A;  3NU5 A;  3CIB A;  5P72 A;  4Z2Z A;  5P8U A;  1BAI A;  5P46 A;  4XXS A;  1EED P;  2VJ6 A;  3KYR A;  1IDB A;  5P5O A;  1TZS A;  2Q54 A;  3S53 A;  3HAU A;  4D88 A;  1EBK C;  5OZW A;  2NR6 A;  4Y3F A;  3TKG A;  4QJ8 A;  4J0Y A;  5P76 A;  1FG8 C;  5OZL A;  3H0B A;  4FSE A;  3LIN A;  2AVM A;  2IEO A;  2FXD A;  3TOH A;  4YCT A;  3APP A;  4YCK A;  3Q3T A;  2ZHV A;  1EC0 A;  4I1C A;  3D1X A;  2XFK A;  4J1F A;  5P63 A;  1HSI A;  3S7M A;  2AZB A;  1APU E;  5I3V A;  3SM1 A;  2G1N A;  4B72 A;  2VIJ A;  3RVI A;  3PCW A;  3CIC A;  3LIT A;  5E5J A;  1SH9 A;  5P50 A;  4B78 A;  3BRA A;  3Q4B A;  5P4S A;  4FE6 A;  5IS4 A;  5P6R A;  2FGV A;  5C9F A;  5OZ8 A;  2OHK A;  1HOS A;  3EL0 A;  3OGQ A;  3PVK A;  4I8Z A;  4Y3T A;  3OY4 A;  4RCD A;  4WY1 A;  2R8N A;  5P32 A;  1BVG A;  5P7Y A;  4ER2 E;  4Y5E A;  1B6L A;  1EBY A;  3UDK A;  2OHP A;  5P31 A;  4E43 A;  2QU3 A;  4J0T A;  4ZSQ A;  2PSV A;  5P2S A;  5HE5 A;  5P2N A;  5P7C A;  5KAO A;  2ASI A;  3SAB A;  5P7V A;  4J0Z A;  5P1G A;  5P19 A;  4D89 A;  1FFI C;  3PM4 A;  3EMY A;  1CMS A;  3BUH A;  5OZN A;  5KR0 A;  5APR E;  3FNS A;  5OYZ A;  2B7Z A;  5P66 A;  4MC1 A;  2V0Z C;  3T7P A;  3URL A;  4RCE A;  3DJK A;  2A4F A;  5P1H A;  2NNP A;  2PH6 A;  1QDM A;  5P14 A;  1VIK A;  1ODX A;  1HXW A;  5P77 A;  2IQG A;  4J0P A;  3TPL A;  3EBZ A;  3OHH A;  4Y6M A;  5ENK A;  3EM3 A;  3UDQ A;  5P3C A;  3PLD A;  3SPK A;  5AHA A;  3NU4 A;  3GW5 A;  4ER1 E;  4Y53 A;  2R5Q A;  3ZPS A;  4LXA A;  3NUJ A;  3KFN A;  5P4L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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