3OGPA

Crystal structure of 6s-98s fiv protease with darunavir bound
Total Genus 31
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
31
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
GTTTTLEKRPEILIFVNGYPIKFLLDTGADITVLNRRDFQVKNSIENGRQMMIGIGGGKRGTNYINVHLEIRDENYKTQCIFGNVCVLEDNSLSVNLLGRDNMIKFNIRLVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural basis for drug and substrate specificity exhibited by FIV encoding a chimeric FIV/HIV protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Feline immunodeficiency virus
molecule keywords FIV Protease
total genus 31
structure length 112
sequence length 112
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-08-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ogpA00
3BUHA 3NU4A 2BPVA 1D4JA 5P3MA 3I25A 5P3DA 5P60A 4J55A 4M8YA 4Y38A 5OZUA 4OBGA 1TSUA 3Q5HA 5P2FA 4ZSPA 5HE7A 1MT8A 2OF0A 1PFZA 3T7PA 4X2LA 4J0PA 3ZOVA 4B0QA 2APRA 5OZ9A 5P7YA 4QGIA 3SPKA 2ZHRA 5HU0A 3ER3E 2JE4A 3FKTA 2ER0E 3O9AA 3SA3A 3SA8A 5P2TA 1LZQA 4Y5BA 4AZYA 5OZ6A 3NUJA 1IZEA 5P67A 5P2MA 1BV7A 3PSUA 3QN8A 5P5PA 4XXSA 4Y54A 5P1PA 5P38A 2G69A 1EC2A 5P24A 4DJWA 4YD3A 2WECA 3CIDA 3FSMA 5P5KA 5P7OA 4U8WA 3LIXA 3VSWA 4B05A 5P5HA 3O9DA 1UH9A 5P12A 3SA5A 4I0HA 1PPLE 1FIVA 4RCFA 5JFPA 4NJUA 2NNKA 3L5CA 2QD7A 4OBFA 3OU1A 3I8WA 4Y4UA 3TPPA 2AZBA 4EJKA 5BS4A 3PLDA 5OZZA 4CPWA 4APRE 5HCOA 3IN4A 3OU1B 1META 1K6VA 2AOCA 1IVQA 2PSGA 2PH8A 3OXCA 5P1XA 1DPJA 2I0DA 2FGVA 1FLHA 3L5FA 4Y48A 3UFNA 2AZ9A 3D3TA 5P7HA 5P1AA 5P8IA 3OXWA 1BWBA 1APUE 1MPPA 2WJOA 2ANLA 1LF3A 1T7KA 4I12A 1EPME 4OD9A 3QI1A 1DAZC 4FRIA 1MUIA 5P7IA 3KF0A 2G1YA 5P2KA 4OD9B 5P8KA 3PBZA 2BKSA 2QD8A 5P6FA 3EM6A 4WY1A 5OZAA 2QMPA 3VF3A 1U8GA 1PSOE 1Z1RA 4XX4A 1XS7D 2Q15A 2XFIA 2WL0A 3UDQA 2CENA 4J1KA 5EZZA 4FRKA 5P3TA 3O9EA 5P1YA 4LBTA 3HD8A 2AVSA 3TL9A 4H3JA 5P80A 1KJ4A 3AUPA 4L7GA 2G1NA 3U6AA 3EKYA 5JG1A 1HTGA 3TOHA 4ER4E 4FAEA 5DR4A 4A6CA 1EC1A 2WEDA 5P47A 3N4LA 2NNPA 4KE0A 3RTHA 3JVWA 4D85A 1C6YA 2BJUA 1LYBA 3ZKQA 3NU9A 3NWXA 4I0DA 3ZPSA 5P2SA 5P8FA 3KN0A 3TKWA 3NWQA 1T6GA 3UQRA 5P33A 1EC0A 2V0ZC 3SM2A 2AVQA 4Q1YA 3NXEA 5P1FA 3L59A 2IKUA 5OZQA 5P0EA 5P2CA 3C9XA 2VIJA 2VIYA 4DJPA 5P3UA 4HVPA 5P0GA 5P50A 1FQ6A 4ZPGA 1EBYA 5P2NA 2QZKA 5OYSA 4J1HA 4KUPA 4LXMA 2OHSA 5AH8A 2I4WA 5OZEA 4ZIPA 4Y3MA 5DQ5A 3SKFA 1OEXA 5P3VA 2FNTA 5P2JA 5P7VA 1FQ5A 1FG8C 1LYAA 5P0DA 5I70A 1MSNA 5OZWA 1VIKA 2IGXA 5B18A 4D8CA 4Y9WA 1HVRA 1Z8CA 2HPEA 1WBMA 2VA7A 2ZJHA 5P16A 5KQYA 5P4SA 2VA6A 1SGUA 1ZPKA 2BPXA 1HIIA 2ASIA 5P3ZA 4FL8A 4FIVA 5P06A 5P1DA 2FDDA 2O40A 2OAHA 2A1EA 3AIDA 6FIVA 1PPKE 5P01A 1SIPA 3URJA 1G2KA 4BFDA 1EPLE 3OHHA 4Z2ZA 1K1TA 4EQ0A 3SM1A 5P23A 1A30A 5P4GA 1IVPA 1EBZA 1ZPAA 2XFJA 4AMTA 3EMYA 5HE5A 1NPWA 4F74A 5P4MA 1K2CA 3KFRA 5P2AA 5AH7A 5P1WA 5P04A 1XN3A 2AOHA 5SY2A 3IXJA 3UTLA 5OYVA 3ZPUA 5P2LA 3NDWA 1IIQA 1D4IA 3Q3TA 5P3XA 5C9BA 5P5TA 2ZHTA 3KFPA 5P6PA 2AVOA 3UHLA 5IS4A 3Q70A 4LL3A 3OK9A 3N3IA 2OHNA 3NDXA 4GJAA 3FNTA 5P4EA 5C9DA 3D1YA 4EP2A 3QPJA 3HVGA 4R93A 1BWAA 4Y4ZA 5P62A 5I3WA 4Y5NA 1YM2A 2F81A 2FNSA 3L5BA 2FDEA 3BXSA 1DIFA 5P5BA 5AHCA 3VFBA 5P0WA 2B7FA 5P54A 4YBIA 4GZFA 4D89A 4TVGA 3KDDA 5P68A 1KJ7A 2NMZA 3S53A 5T4SA 1E80E 1MRWA 5P7RA 2PYNA 4RRSA 4Y3QA 3OU4A 5P2DA 5P86A 3WSJA 4Y4DA 2JJJA 3O9GA 3R0WA 3OU4B 1BXQA 3INDA 5P82A 5KR1A 5P0RA 5P8RA 3BC4A 1LF2A 2NXMA 3DM6A 3U71A 2VIEA 5JODA 4Y3YA 5OZ4A 5P0KA 3L3AA 5P0LA 5OZ2A 3SAAA 1HPXA 2QU3A 3R4BA 5P6UA 4ER1E 5P61A 5OZRA 1ZSRA 5P07A 2IKOA 5P84A 5P1QA 5HDVA 3A2OA 1XL2A 5P3EA 3D20A 5P0OA 5P5YA 5P5WA 3NYGA 3QP0A 5OZDA 1E82E 5P4IA 5P7LA 3EKVA 4A6BA 1MERA 5C9FA 2QI0A 1HBVA 5SZ9A 1HEGE 3S54A 2NTRA 3SABA 5OZGA 3EKTA 5P2HA 3D1XA 4HDPA 5P2VA 3EL4A 2PSVA 1D4LA 2ZHVA 3UFLA 5DR8A 5P2EA 5P71A 1B6PA 5P13A 4IVSA 3BRAA 2HS1A 5P0PA 3LIQA 5OYZA 1TZSA 3D1ZA 3ST5A 4Y4XA 1HIVA 4FSLA 3CIBA 2XYFA 1A9MA 5P3RA 2PK5A 4Y36A 5HVPA 1B6KA 3PB5A 5P19A 5P1BA 3IN3A 2QZLA 5AH6A 2RENA 1MVPA 4DQHA 4R8YA 1W6HA 4I10A 4XX3A 4Y3XA 1HPVA 1QBTA 4GJ5A 1SIVA 3NU5A 4GJ9A 5P37A 4H1EA 2IRZA 5P51A 1HVLA 4J1EA 4LXKA 4B1EA 5P6XA 1B6LA 5F00A 5P14A 5P8LA 1HTFA 4J1CA 1GNMA 3EL0A 5KOQA 4FM7A 5P4AA 3EC0A 5P0UA 4K4PA 3KDCA 4YDGA 3LZYA 5P49A 3LITA 4B70A 2PK6A 4WTUA 5P8SA 5P0XA 4B1DA 1G6LA 5P8QA 4QJ6A 2QMGA 4Y3EA 5P73A 4YOAA 4YCYA 3T11A 1AJXA 4GJ7A 4D88A 4LP9A 5OZ5A 4DJUA 3PCZA 3KM4A 2ZHUA 5P6IA 3VSXA 4JPCA 4NPTA 5P1RA 4ZE6A 1MIQA 4N00A 4DQGA 1A8KA 3MXDA 4I0ZA 5P5GA 5P4NA 2QHYA 2AIDA 2FXDA 3VLBA 5I3YA 3S45A 4I0FA 5P1GA 5I3VA 3LPKA 5P7EA 2IGYA 3VEUA 2I4VA 4U7QA 2ZJJA 4DH6A 4FAFA 5P44A 4EP3A 5P66A 5P28A 3GI4A 2IENA 3GGUA 3T3CA 2G1OA 1NSOA 2CEJA 1ME6A 5P3IA 1YX9A 5P05A 3KFSA 3GI0A 2R8NA 5P3QA 5P5UA 4RZ1A 1PROA 3OTSA 2ZHSA 4DUSA 1DMPA 4DQBA 3URIA 5P1HA 5ISJA 1T6EX 3URLA 5P4LA 4Y5KA 1APTE 3LZSA 4RRNA 2QNPA 3HBOA 5P6GA 2OHMA 4XKXA 2AVVA 3DK1A 4J0YA 3SQFA 7HVPA 3O9BA 4YOBA 3VFAA 5P3HA 4RVXA 4CMSA 1M4HA 4QJ9A 3L5DA 1SDTA 3UDRA 4B1CA 2QD6A 3JW2A 1T3RA 3INFA 4GIDA 1FG6C 1GVXA 4GJBA 5IVQA 5P39A 5OYWA 5P7JA 3UDMA 5P35A 5P57A 2V12C 1RNEA 5P3CA 2HM1A 3WB4A 1BXOA 5P5FA 3S7MA 1LV1A 4RVJA 3WZ6A 4CPXA 5KQZA 4PPHA 1BDRA 4Y56A 4AUCA 3VV6A 5P72A 3OUDA 1HOSA 4R5NA 2FLEA 1CMSA 2J9KA 2UY0A 4Y3RA 4Y3SA 4I1CA 3OUDB 2AOEA 2Q11A 4LHHA 5P4KA 5P4DA 1W5YA 4DPIA 4Y44A 4Z22A 3TPLA 4Y47A 2B7ZA 1HSIA 5P8HA 4I8ZA 3TPRA 3PVKA 4I0EA 3QRVA 3FIVA 3LNKA 5P8UA 3VLAA 4DQFA 3OAGA 3GGVA 3RTMA 2PQZA 4FE6A 4Z50A 5DQ2A 3OAGB 1YTJA 2VJ6A 1K2BA 5P0FA 5P7PA 5OYXA 1W6IA 4GYEA 1IBQA 5P1LA 1ENTE 3VCMA 4ZSRA 4B77A 5P7FA 1FMUA 3UDPA 2I4DA 1C6XA 3UDKA 5P63A 1KJFA 5P8AA 4GB2A 4PYVA 1M43A 1ZAPA 2VIZA 5P5XA 1ZLFA 2AZCA 4ZPFA 5SY3A 5P7DA 5DGWA 4QJ2A 4GJDA 4CPUA 5P7UA 4Y5AA 5OZMA 1BDQA 1KJHA 4TRWA 1EBWA 2P3BB 3KMYA 3UPJA 5P2GA 3BUFA 5P8GA 2ZJKA 5P2RA 1FQ7A 4OC6A 1C6ZA 3HZCA 5P0JA 2ER6E 3UDHA 4IVTA 3HAWA 1HVJA 2G27A 2ER9E 4OC6B 5P8PA 5P26A 5P8OA 6UPJA 5P1TA 2WF0A 4UPJA 2B60A 5P8CA 3S56A 3O99A 3Q4BA 5P6TA 2AQUA 5P8VA 3NUOA 3ZL7A 2AODA 4Q1NA 5P45A 4ACXA 4R91A 5DR0A 5FIVA 5P6CA 1APWE 1FGCC 3ZKMA 2MIPA 5P4UA 3VV7A 4CPRA 4FS4A 5P83A 1HIHA 3OXVA 3BHEA 4Y3GA 2V11C 5P81A 5P11A 2Q3KA 1W5XA 3DUYA 5P56A 5KR8A 5P3YA 4F76A 1TQFA 5DR7A 1TCXA 5KR2A 3LPIA 3K4VA 5OZLA 5P52A 1WKRA 3QVIA 5P3KA 5CLMA 3ZKNA 5AH9A 4QLHA 5P2YA 3SKGA 3QS1A 3CKPA 5P5NA 1EC3A 1B11A 4L7JA 5OZKA 1SH9A 4EPJA 3INEA 5P6DA 5P7AA 1WBKA 1NPAA 5P4QA 5P0TA 3VF7A 1T7IA 2HB3A 4Y51A 1EPRE 5P2XA 1XDHA 1BIMA 1MEUA 5P7QA 5P1CA 1FQ8A 5P7ZA 3DJKA 5I3XA 1EAGA 1HEFE 3OHFA 5OZOA 4PZWA 1AXAA 1Q9PA 1FQ4A 1KJGA 2O4PA 5P6EA 5E5JA 5P1VA 2HPFA 3GW5A 3FNUA 3U7SA 1LF4A 5P6OA 5P4WA 3VG1A 5OZJA 5P8MA 4RCDA 2ZGAA 5P1ZA 5HDUA 5OZTA 5P2ZA 5TOLA 3T7QA 3M9FA 2B8LA 2I4UA 5AGZA 4M8XA 3TOGA 2IQGA 3O9LA 3WB5A 3ZKIA 5P10A 4OBDA 5P0IA 3SO9A 3FNSA 5BRYA 3S7LA 2SAMA 2OHQA 4Y3TA 5P3BA 1SDVA 3O9LB 5P5MA 2VS2A 3K1WA 4CPQA 1YM4A 3O9FA 1EPOE 5P3LA 4H3GA 5P6KA 9HVPA 1SGZA 1EPQE 5OZBA 1B6JA 3B80A 1AAQA 3DCKA 2ZJIA 1PSNA 3K5FA 2R5QA 4GJ6A 2WF1A 2Q55A 3NR6A 4YE3A 2R3TA 3QBHA 3I2LA 3OQAA 5P7NA 3SLZA 4X7IA 2ZYEA 3Q6YA 3PI5A 5P78A 1BVEA 3EXOA 5OZHA 1BDLA 1FEJC 5P2WA 2HIZA 4J0TA 1QDMA 2Z54A 5P5ZA 2ZJLA 4L7HA 5ISKA 3O9HA 2QHCA 2HAHA 1RQ9A 5P8DA 4CKUA 4I11A 4FM6A 2QMFA 1AIDA 2WF2A 2OHKA 2QNNA 5P32A 5P42A 5P4OA 2HC0A 1SMRA 5COKA 4ZEAA 5P29A 2O4KA 2PH6A 2G1SA 4RCEA 5JFUA 3SFCA 1QBUA 1SBGA 2ER7E 1TSQA 2QZXA 1KZKA 5SXNA 1HRNA 3LINA 3DV5A 1K6PA 4B78A 1ZTZA 5P88A 3FV3A 4K4RA 2VNMA 2P3CA 4DJQA 1AZ5A 4DJVA 4HDBA 4Y5GA 1NH0A 5P53A 4OBZB 4AA8A 4TRYA 3QIHA 3O9IA 5P0AA 4Y4JA 5P0MA 3BVBA 4DV9A 5P74A 2R43A 5P1OA 5HU1A 3IAWA 1HVCA 3T7XA 2F80A 2OHLA 1ZBGA 4K4QA 1FFIC 2Q54A 8HVPA 2HB4A 1UPJA 1W51A 1N49A 3UDJA 3PWRA 4JECA 4L6BA 3EKQA 5P3OA 5P5RA 4COEA 2VKMA 2JXRA 1YG9A 4FRSA 4Y6MA 3S43A 4YD7A 4PHVA 5P4RA 2OHUA 4Q1WA 2R3WA 3CICA 4EJDA 3LIVA 3BGCA 4APEA 3S43B 2HB2A 2O4LA 2O4NA 2G21A 3OOTA 3MXEA 2JYSA 5DR1A 4NJVA 3IXKA 5ENMA 3MSJA 2Q64A 5P87A 4BELA 5P41A 2IS0A 3TPJA 5P09A 3DOXA 1EEDP 3VF5A 3HDKA 5OZIA 5P0YA 1ER8E 4FGXA 4RLDA 5P02A 3EL5A 3OGPA 3L58A 5P5CA 1J71A 3GI6A 3IVHA 5P7WA 5P3JA 1MT9A 1UH8A 1A8GA 3ZMGA 4Y5MA 2UXZA 5OYTA 3BVAA 3PMUA 4AA9A 3BXRA 5BWYA 2FMBA 1OHRA 4J17A 4DQEA 4OBHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3BUH A;  3NU4 A;  2BPV A;  1D4J A;  5P3M A;  3I25 A;  5P3D A;  5P60 A;  4J55 A;  4M8Y A;  4Y38 A;  5OZU A;  4OBG A;  1TSU A;  3Q5H A;  5P2F A;  4ZSP A;  5HE7 A;  1MT8 A;  2OF0 A;  1PFZ A;  3T7P A;  4X2L A;  4J0P A;  3ZOV A;  4B0Q A;  2APR A;  5OZ9 A;  5P7Y A;  4QGI A;  3SPK A;  2ZHR A;  5HU0 A;  3ER3 E;  2JE4 A;  3FKT A;  2ER0 E;  3O9A A;  3SA3 A;  3SA8 A;  5P2T A;  1LZQ A;  4Y5B A;  4AZY A;  5OZ6 A;  3NUJ A;  1IZE A;  5P67 A;  5P2M A;  1BV7 A;  3PSU A;  3QN8 A;  5P5P A;  4XXS A;  4Y54 A;  5P1P A;  5P38 A;  2G69 A;  1EC2 A;  5P24 A;  4DJW A;  4YD3 A;  2WEC A;  3CID A;  3FSM A;  5P5K A;  5P7O A;  4U8W A;  3LIX A;  3VSW A;  4B05 A;  5P5H A;  3O9D A;  1UH9 A;  5P12 A;  3SA5 A;  4I0H A;  1PPL E;  1FIV A;  4RCF A;  5JFP A;  4NJU A;  2NNK A;  3L5C A;  2QD7 A;  4OBF A;  3OU1 A;  3I8W A;  4Y4U A;  3TPP A;  2AZB A;  4EJK A;  5BS4 A;  3PLD A;  5OZZ A;  4CPW A;  4APR E;  5HCO A;  3IN4 A;  3OU1 B;  1MET A;  1K6V A;  2AOC A;  1IVQ A;  2PSG A;  2PH8 A;  3OXC A;  5P1X A;  1DPJ A;  2I0D A;  2FGV A;  1FLH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2UPJ A;  2ZDZ A;  3KYR A;  3NXN A;  2ZE1 A;  2V16 C;  3I7E A;  3SA9 A;  3PGI A;  4Y5E A;  5P7M A;  4Y3H A;  5P6Q A;  5DQ1 A;  1DW6 C;  2NXD A;  4Y4E A;  3GGX A;  5P1J A;  3APR E;  2QI1 A;  3OQD A;  5P4V A;  3CYW A;  1HVI A;  3DV1 A;  2R5P A;  3QBF A;  2WEZ A;  5P0B A;  1LYW A;  4Y3A A;  3RVI A;  3OQ7 A;  4I0G A;  2P8H A;  4FSE A;  3T6I A;  4YD5 A;  2OHP A;  1B5F A;  3LIY A;  1FMB A;  5P7K A;  1LYW B;  4FCO A;  2H6T A;  1MTR A;  5P6Z A;  4EYR A;  1B5F B;  3OXX A;  1D4K A;  2O4S A;  3TKG A;  4TVH A;  2QNQ A;  5IVT A;  5P1M A;  4FLG A;  5P70 A;  5P18 A;  1BAI A;  4EXG A;  5P0H A;  4DJO A;  3PWM A;  5P0Z A;  1RPI A;  3OOZ A;  5P30 A;  3QRS A;  4KB9 A;  4Y37 A;  4E43 A;  1MTB A;  4EXH A;  2WEA A;  5P6R A;  3SA7 A;  5APR E;  4Y4T A;  2G94 A;  5P8T A;  5P27 A;  4Y4W A;  4WY6 A;  5P55 A;  1W50 A;  3VV8 A;  1T7J A;  5P36 A;  5OZ0 A;  4D83 A;  2P3A A;  1XE5 A;  2P3D A;  2BBB A;  3ZKG A;  1C70 A;  2IDW A;  3UQW A;  2VA5 A;  4OBZ A;  1MES A;  1QS8 A;  2G1R A;  1GVT A;  3G70 A;  1IDA A;  5IVR A;  5P6V A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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