3OGPA

Crystal structure of 6s-98s fiv protease with darunavir bound
Total Genus 31
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
31
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
GTTTTLEKRPEILIFVNGYPIKFLLDTGADITVLNRRDFQVKNSIENGRQMMIGIGGGKRGTNYINVHLEIRDENYKTQCIFGNVCVLEDNSLSVNLLGRDNMIKFNIRLVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords FIV Protease
publication title Structural basis for drug and substrate specificity exhibited by FIV encoding a chimeric FIV/HIV protease.
pubmed doi rcsb
source organism Feline immunodeficiency virus
total genus 31
structure length 112
sequence length 112
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-08-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ogpA00
5P7FA 4Y4TA 4OD9A 1F7AA 2O40A 5P4RA 3MXDA 4BELA 5P4HA 3NU4A 3QBHA 5P0TA 5COOA 2R8NA 2OF0A 4AA8A 5OZ0A 5I3XA 2G94A 3NU6A 2PH6A 1HIIA 3OHHA 5OZ9A 5OZZA 3NDTA 5P04A 4FAEA 2OHPA 5P4DA 4OBZA 5P1BA 4Y5LA 4FGXA 2OHLA 3LIZA 4Y48A 5P4LA 4I0JA 1Z1HA 5P5PA 3S7LA 5E5JA 2P3BA 5P45A 2AVSA 3NUOA 4K4RA 3K5GA 3VV8A 4Q1NA 4RYCA 1SDUA 3NLSA 3PRSA 4PZXA 3KDBA 5P0FA 2RKGA 3TLHA 4DJUA 3ST5A 2O4LA 3VV7A 2NXDA 5P8IA 3VCMA 5P35A 3O9HA 5I3VA 1YM2A 1ZPKA 3OXWA 5P1NA 1APVE 4R92A 4DI2A 4YD6A 5DR3A 3RVIA 1OEXA 4M8YA 5HDXA 1BBSA 1YX9A 5P3BA 5P4UA 4FS4A 4OD9B 4DJXA 4Y3JA 4HEGA 3KFRA 2G1SA 5P87A 5P0KA 5P68A 2AVQA 5P14A 2ZGAA 4Y9WA 4OBGA 2Q64A 3GI6A 4B00A 3NU3A 4R93A 4OBFA 4OBZB 3T7PA 3O9GA 4DQCA 5FIVA 5P37A 3LZYA 5P18A 2UPJA 4J17A 5AHAA 1A94A 5HE7A 5P5CA 4XXSA 5P3GA 1EBKC 3MXEA 1OHRA 1DW6C 2VJ9A 3QROA 1EC2A 4R8YA 4Z2ZA 1LS5A 3TH9A 5P16A 2P3BB 2QI0A 5P53A 5P34A 5P30A 5P6FA 2AOJA 5P8DA 5TOLA 3SPKA 1UH9A 2NNKA 4GIDA 2NTRA 3KF0A 5P3HA 5OYTA 3EC0A 4LHHA 5DPZA 5P2AA 3EKYA 5AHCA 2BPVA 1LF4A 2FDPA 3PJ6A 5P6IA 1T3RA 1ZLFA 5P3UA 5J25A 5DQ1A 3I25A 5P4ZA 1D4JA 1GVWA 3SKFA 5OZ5A 5P7AA 1G0VA 2ZDZA 2WEZA 3GI0A 3CYWA 3PBZA 2H6TA 2WF0A 1HOSA 2BKTA 5P3SA 4I0ZA 1KJGA 5P3TA 2QI3A 1HVJA 3SA9A 3EKQA 4Y3NA 2HAHA 3B7VA 1BWAA 3Q4BA 4X7IA 5HCTA 4ZSPA 4PYVA 5P32A 5P71A 2ZE1A 4XKXA 3KFPA 5P17A 4Y5GA 3O9CA 5DQ5A 2OHRA 3KN0A 4UPJA 1IVPA 3VUCA 3ZKXA 1HPXA 4EP3A 5P8VA 4RLDA 3ZPUA 4ZE6A 4EYRA 5P5KA 4FRJA 4YDFA 1ZSFA 4HDPA 4YCTA 2QHYA 1HWRA 1B6LA 1RV7A 1FQ4A 4F76A 4D89A 1ME6A 2J9KA 4NPUA 5OZEA 1QBRA 5P7KA 3PB5A 3WZ8A 5P7RA 3OU3A 1EC1A 1ZP8A 4RVXA 5HTZA 2Q63A 3L5FA 4MC1A 2IGXA 5IVTA 3APPA 3WB4A 5P5HA 2ZJKA 1B5FA 1LYWB 1CZIE 4RVJA 4DJVA 5P5TA 5P7SA 3NU9A 1B6KA 3JVYA 2I1AA 4N00A 2HB3A 3DUYA 5P61A 2XFJA 2R3WA 5DR0A 3PHVA 4CPQA 2BPZA 5SY2A 3LITA 1K6VA 1SGZA 3I6OA 4Y50A 2JJJA 1BDQA 1ODWA 3SA6A 2I4XA 2BPYA 5P5IA 5OZBA 5P6UA 3TPRA 3UQWA 4EP2A 1KJ4A 5P75A 4Y4GA 4ACUA 3LIQA 2AVMA 2G1NA 4EHCA 3L3AA 2I4VA 4GJ7A 4DPIA 1FGCC 1EBYA 4Y3XA 5P01A 3ECGA 3QP0A 3BGCA 3HW1A 3IXOA 3EKWA 4TVHA 3FKTA 4RCEA 2PSGA 4RCFA 2FS4A 5KQXA 3VLAA 1EBWA 3OU4A 5P3QA 6UPJA 2QI5A 5P0RA 1TQFA 5P6TA 1FQ8A 5P8LA 5P8AA 3S2OA 3DOXA 2R43A 5ENMA 3BRAA 5P7WA 4L7GA 3B80A 3OXCA 5P6LA 1B5FB 2AQUA 1G35A 2CEMA 5P63A 1FFIC 1IDBA 3EM6A 3CKPA 4YD3A 2PC0A 3K5DA 5KR1A 2Q55A 4Y3DA 5IS4A 2OHNA 2QK5A 1ZAPA 3HVGA 5OYQA 4QJ8A 5P0BA 3O9BA 3S53A 3VF5A 1FG8C 3OQAA 2QNPA 3UDKA 3T11A 2IDWA 3LHGA 5OZIA 2WF1A 3S45A 3BUGA 2HS1A 1HSIA 3HVPA 3URLA 1HTRB 3HAUA 1W51A 3PWRA 3DCKA 4Y58A 1A9MA 1FLHA 3CICA 2BPXA 5OZFA 3NXNA 5P77A 3GW5A 4Q1WA 1APTE 5P3YA 3LZVA 3OU4B 3ZL7A 5P5YA 5OZ7A 4APRE 2WEAA 2A1EA 4GJ8A 2PMAA 4R91A 5P7LA 3IVIA 3NXEA 3ZKQA 5P2HA 3OY4A 5HDZA 3D91A 5P03A 4Y5PA 3FNSA 3R0WA 2OHSA 3WZ6A 2BBBA 1OD1A 3OU1B 5P3DA 2PSUA 3QAAA 2PH8A 4J5JA 3UCBA 4CPSA 5P1UA 3Q3TA 5P1VA 3Q5HA 4U7QA 1BV7A 3QVCA 4J1KA 2G20A 2VA5A 5P6PA 4Y4XA 5CONA 5P7EA 1YTGA 2I0DA 5P6OA 1EEDP 1DAZC 3MSJA 4RCDA 1E81E 2ZJLA 4Y3HA 5P2ZA 2G26A 1W6HA 3PMUA 1RNEA 2VIYA 3DJKA 5OYVA 2AODA 4WTUA 2VJ7A 3TPPA 5P2UA 1XE6A 4Y5MA 4DJOA 4KE1A 1Z1RA 2V10C 1MRXA 4JPEA 3PLDA 5P1XA 5P8MA 2F3KA 5P5WA 4Z50A 3URJA 4WY1A 2VIZA 5P2CA 3ZPSA 2G1RA 4GJBA 4FLGA 4Y39A 1SBGA 5P58A 3LPKA 4ZSRA 1BVGA 5OYZA 2ZHUA 4Y3SA 1HXWA 4ZSQA 4RGHA 2BB9A 1QRPE 2ZJJA 2AZCA 5P5DA 1HVIA 2P3DA 4JECA 1K6CA 4OBDA 5ER1E 2O4SA 4YA8A 2XYFA 1LYBA 1PPME 4GZFA 3N3IA 3KFNA 1GNNA 1SMRA 1MUIA 1SDTA 3ZOVA 1HEFE 4Z4XA 5P7NA 4RVIA 4PZWA 5P19A 1MEUA 5P5AA 3UDHA 4F75A 5JODA 5OZRA 2G69A 2HPEA 3C9XA 4Y4AA 5P41A 5P3LA 1MTBA 4GJCA 2O4KA 1UH7A 2AOHA 2OHUA 5OZDA 1K6TA 3UDJA 1TSQA 5IVSA 2OHMA 1Z8CA 5P5JA 5P29A 4NPTA 5P0CA 3UDMA 5P62A 2RSPA 5UPJA 1D4IA 2FNTA 2I0AA 2AVOA 2VNMA 3UDYA 2ZHRA 1MTRA 5DQ2A 5P1OA 4Y5BA 1LYAA 4Y51A 4YOBA 4ACXA 3IA9A 3GGVA 3T3CA 4YE3A 3BVAA 4DUSA 4KE0A 5P2SA 2OHQA 3VEUA 3BUHA 3K4VC 2QNNA 5OZLA 4D85A 4Y4EA 3GI4A 5P1LA 4RROA 5P48A 5P2EA 1MSMA 5P4CA 4Y3YA 4YCYA 3HD8A 3O9FA 3S85A 1LYBB 5P7QA 4HVPA 5P3PA 1D4HA 4F73A 2AZ8A 2FDEA 1NH0A 5HDVA 4COEA 1K1UA 2P8HA 5P0NA 1EAGA 3OQDA 3PCZA 5P6YA 1ZPAA 5P0DA 3TPLA 1W5YA 4J0YA 4I11A 2ZHSA 2AOGA 5P72A 5HE4A 1GNOA 3Q6YA 3SA8A 1TW7A 2WHHA 5DR7A 2XFKA 4Y47A 5OZ4A 1K6PA 1EPQE 1FQ7A 1BDLA 3L58A 4H3JA 2I4UA 1EBZA 5P82A 2AOEA 1AJXA 5P3XA 5OZ8A 2B7ZA 3OTSA 5P2FA 5HU0A 1RPIA 3ZKNA 1W50A 4FL8A 3UFNA 1D4YA 1ODXA 5COPA 3LINA 2MIPA 1B6MA 5I3WA 5SY3A 5P25A 5P4VA 2VIJA 1LYAB 1IZEA 3D3TA 4I0EA 3I8WA 5P4IA 4I8WA 5P2BA 1NPVA 4DJQA 4TRWA 2NMZA 2ZJIA 4X2LA 5P79A 2PWCA 1W5XA 5P3RA 5P8KA 4LXAA 2A4FA 3O9IA 1HHPA 5P6RA 3OGQA 5P2GA 2IKUA 1MT9A 5PEPA 4A6BA 3WB5A 4GJ6A 2P4JA 2PK6A 5KAOA 2QZKA 3DV1A 3JVWA 3UPJA 3LPJA 4H3FA 3URIA 3TOFA 3O9DA 4RRNA 3NU5A 4Y4WA 1RQ9A 1HPSA 4J1EA 2NXMA 3VFBA 1GVUA 4I0FA 4MC2A 5P5EA 5AHBA 5ISKA 5P3AA 4RRSA 4FM6A 3OGPA 1FKNA 3U7SA 3UDRA 3K5CA 5P80A 2WF4A 5P4EA 2NPHA 2I4QA 5P0EA 3OWNA 3BHEA 5P8FA 4J1IA 5KR2A 3PMYA 2VS2A 4I8ZA 5P1HA 4DQFA 3OUBA 4YDGA 5CLMA 5P43A 4MC9A 5P64A 1HVCA 1LYWA 3IGBA 2AOFA 4CP7A 3KFSA 5OZHA 5P69A 2WF2A 5P5RA 3BUFA 4AMTA 1F34A 4ZPGA 5OZUA 1GKTA 1PSNA 3ZKIA 3UQPA 1NSOA 2V13A 5P6SA 2NR6A 3AIDA 2QD7A 3D1XA 1QS8A 5P1TA 1IBQA 1CMSA 5DR1A 5P4QA 4QLHA 5P0ZA 1E80E 5P24A 4DVFA 3SACA 1G2KA 1HTGA 2J9JB 1PPLE 4RYGA 1HIVA 5APRE 2G24A 3FX5A 1GNMA 5P1WA 1META 5JG1A 3KMYA 3I2LA 5P4GA 5P3ZA 2B8LA 4Y4DA 3OHFA 3O99A 3QVIA 5P4BA 5P6JA 5P31A 4Y56A 2ZHVA 1XN3A 3EMYA 3ZKMA 2QNQA 1IZIA 2V00A 5P2XA 5P1IA 2AVVA 3PWWA 5P44A 4TRZA 2WEBA 3S43A 3VV6A 4J1HA 2PYMA 3BVBA 1MVPA 3S54A 4DPFA 1K2BA 4B70A 3ZPTA 1M43A 1XDHA 5OZ3A 5P8OA 2P3CA 3AUPA 3OAGB 5P1MA 4B05A 5P6BA 3OUCA 3NDWA 5P0JA 4J0TA 2VJ6A 2FMBA 3QN8A 1QBUA 1SDVA 3SM2A 5AH8A 3EL0A 4AA9A 1T7JA 2BPWA 2VA7A 2R5QA 3VF7A 2PWRA 4Y3WA 1EPPE 3S56A 5P1QA 5P8SA 3O9LB 3PSUA 5HDUA 4H3GA 1HPVA 5P84A 2VIEA 2JXRA 5EZXA 1XN2A 4Y5CA 5BWYA 2FXEA 5OZVA 1ZSRA 5AH9A 3QRMA 5P7IA 3RTNA 1TSUA 4Z22A 3RU1A 1SP5A 2QHZA 4I0GA 4YD5A 1YT9A 3SA4A 5P5LA 2ZHTA 4QJ7A 5P4AA 2NNPA 2QD8A 4BEKA 4Y4BA 4A4QA 5P27A 5OZQA 5JFPA 3IVHA 1MRWA 4LXMA 5P50A 4WY6A 3PI0A 2ER9E 4Y5EA 5P07A 3FSMA 5P5VA 3LIXA 3S43B 3SABA 3ZKSA 4XX4A 5P6WA 5P00A 3VYFA 4FM8A 3BXSA 5AH6A 1KJFA 5P4FA 5DR4A 2P83A 2WJOA 1XL2A 5P0IA 2QI4A 2WF3A 1MT8A 4Y3TA 5OZNA 3NDUA 1C6YA 3N4LA 4NKKA 4CPUA 2QMFA 4LBTA 5P6CA 1WKRA 5P7MA 1W5WA 2FGVA 3EKXA 3OU1A 1BV9A 4QJ2A 4Y54A 5DQ4A 3KT2A 2G1OA 3OOTA 4OBHA 3TKWA 4TRYA 5P0SA 3SA7A 3RSXA 2G1YA 3L5BA 5P1FA 3NR6A 4CPRA 3D1ZA 2SAMA 4I1CA 5KQFA 1IVQA 3HBOA 1IDAA 5P0HA 2QU3A 4B1CA 5SXNA 4BFBA 5OZ2A 4Y3EA 5P5BA 3D1YA 3HLOA 5DGWA 3IXKA 5P8QA 3A2OA 4NJUA 1BAIA 2F81A 1AAQA 4ZSMA 4LC7A 3VSWA 3CKRA 3PSGA 5P2OA 1T7KA 3EXOA 3EKTA 4Y5NA 1IZHA 1B6PA 4E43A 3CMSA 3GI5A 3PCWA 4K9HA 3TPJA 4IVTA 2BQVA 4L7HA 3APRE 2WL0A 3OQFA 2NMYA 5P7JA 5P1PA 5KQZA 5P7CA 1WBMA 3UFLA 1SGUA 1SIVA 1K2CA 4YBFA 5IVQA 4DH6A 5P0GA 4EJ8A 5P7BA 2HS2A 3UHLA 2IL2A 4DQEA 3H0BA 4Y3AA 1SMEA 5P51A 2FXDA 1A30A 1YTJA 3UQUA 5AGZA 1OEWA 3KA2A 1NPWA 2I4WA 5OZAA 2OAHA 5ENKA 5P1ZA 5P7TA 3TKGA 4PPHA 5P33A 1GVVA 3PVKA 2Q3KA 1EPLE 5P4SA 4B0QA 3SKGA 4F74A 2RMPA 5P2MA 3BGBA 2QZLA 5P1SA 5P6NA 4DJRA 5P2NA 3EBZA 1T7IA 2HC0A 2R3TA 4HZTA 5C9BA 1WBKA 5P23A 4YD7A 5P3WA 3UDPA 1KZKA 4B72A 4ER4E 3WSJA 5P6DA 3T7QA 2F3FA 4YD4A 1QBSA 1UPJA 1EPNE 3TL9A 4NJVA 5P8CA 2IENA 2B7FA 5P1AA 5P5FA 5P7PA 1KJHA 4EJLA 6FIVA 4L1AB 2FGUA 3SA5A 3SQFA 5P49A 4EJDA 4OBKA 3R1GB 5P3CA 4GMIA 2F3EA 3LPIA 1J71A 1FMUA 2Q15A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7F A;  4Y4T A;  4OD9 A;  1F7A A;  2O40 A;  5P4R A;  3MXD A;  4BEL A;  5P4H A;  3NU4 A;  3QBH A;  5P0T A;  5COO A;  2R8N A;  2OF0 A;  4AA8 A;  5OZ0 A;  5I3X A;  2G94 A;  3NU6 A;  2PH6 A;  1HII A;  3OHH A;  5OZ9 A;  5OZZ A;  3NDT A;  5P04 A;  4FAE A;  2OHP A;  5P4D A;  4OBZ A;  5P1B A;  4Y5L A;  4FGX A;  2OHL A;  3LIZ A;  4Y48 A;  5P4L A;  4I0J A;  1Z1H A;  5P5P A;  3S7L A;  5E5J A;  2P3B A;  5P45 A;  2AVS A;  3NUO A;  4K4R A;  3K5G A;  3VV8 A;  4Q1N A;  4RYC A;  1SDU A;  3NLS A;  3PRS A;  4PZX A;  3KDB A;  5P0F A;  2RKG A;  3TLH A;  4DJU A;  3ST5 A;  2O4L A;  3VV7 A;  2NXD A;  5P8I A;  3VCM A;  5P35 A;  3O9H A;  5I3V A;  1YM2 A;  1ZPK A;  3OXW A;  5P1N A;  1APV E;  4R92 A;  4DI2 A;  4YD6 A;  5DR3 A;  3RVI A;  1OEX A;  4M8Y A;  5HDX A;  1BBS A;  1YX9 A;  5P3B A;  5P4U A;  4FS4 A;  4OD9 B;  4DJX A;  4Y3J A;  4HEG A;  3KFR A;  2G1S A;  5P87 A;  5P0K A;  5P68 A;  2AVQ A;  5P14 A;  2ZGA A;  4Y9W A;  4OBG A;  2Q64 A;  3GI6 A;  4B00 A;  3NU3 A;  4R93 A;  4OBF A;  4OBZ B;  3T7P A;  3O9G A;  4DQC A;  5FIV A;  5P37 A;  3LZY A;  5P18 A;  2UPJ A;  4J17 A;  5AHA A;  1A94 A;  5HE7 A;  5P5C A;  4XXS A;  5P3G A;  1EBK C;  3MXE A;  1OHR A;  1DW6 C;  2VJ9 A;  3QRO A;  1EC2 A;  4R8Y A;  4Z2Z A;  1LS5 A;  3TH9 A;  5P16 A;  2P3B B;  2QI0 A;  5P53 A;  5P34 A;  5P30 A;  5P6F A;  2AOJ A;  5P8D A;  5TOL A;  3SPK A;  1UH9 A;  2NNK A;  4GID A;  2NTR A;  3KF0 A;  5P3H A;  5OYT A;  3EC0 A;  4LHH A;  5DPZ A;  5P2A A;  3EKY A;  5AHC A;  2BPV A;  1LF4 A;  2FDP A;  3PJ6 A;  5P6I A;  1T3R A;  1ZLF A;  5P3U A;  5J25 A;  5DQ1 A;  3I25 A;  5P4Z A;  1D4J A;  1GVW A;  3SKF A;  5OZ5 A;  5P7A A;  1G0V A;  2ZDZ A;  2WEZ A;  3GI0 A;  3CYW A;  3PBZ A;  2H6T A;  2WF0 A;  1HOS A;  2BKT A;  5P3S A;  4I0Z A;  1KJG A;  5P3T A;  2QI3 A;  1HVJ A;  3SA9 A;  3EKQ A;  4Y3N A;  2HAH A;  3B7V A;  1BWA A;  3Q4B A;  4X7I A;  5HCT A;  4ZSP A;  4PYV A;  5P32 A;  5P71 A;  2ZE1 A;  4XKX A;  3KFP A;  5P17 A;  4Y5G A;  3O9C A;  5DQ5 A;  2OHR A;  3KN0 A;  4UPJ A;  1IVP A;  3VUC A;  3ZKX A;  1HPX A;  4EP3 A;  5P8V A;  4RLD A;  3ZPU A;  4ZE6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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