3OGQA

Crystal structure of 6s-98s fiv protease with lopinavir bound
Total Genus 22
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
22
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
GTTTTLEKRPEILIFVNGYPIKFLLDTGADITVLNRRDFQVKNSIENGRQMMIGIGGGKRGTNYINVHLEIRDENYKTQCIFGNVCVLEDNSLSVNLLGRDNMIKFNIRLVM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural basis for drug and substrate specificity exhibited by FIV encoding a chimeric FIV/HIV protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Feline immunodeficiency virus
molecule keywords FIV protease
total genus 22
structure length 112
sequence length 112
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-08-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ogqA00
5HE4A 3DCKA 1SDUA 2QK5A 1G6LA 4DFGA 1IDBA 1UPJA 3NU3A 1WBMA 3N4LA 4Y3PA 2V11C 4LXMA 1LYAB 5P7LA 5P1MA 4Y48A 3EKVA 3EC0A 4YDGA 5DQ1A 5FIVA 1CPIA 1EPPE 1MRXA 4I0FA 3QROA 4NPTA 3EBZA 2PMAA 3IAWA 5P5FA 2NR6A 3O9IA 2AOEA 4Z50A 1MTBA 5HE7A 3OXCA 3KMYA 2WF3A 5P0SA 3O9GA 5OZ3A 4Y4UA 5P57A 4DJOA 2WF1A 4EWOA 2VA6A 2VA5A 2FIVA 2HPEA 5P5MA 4EYRA 4B0QA 3WZ7A 3LZSA 4RYGA 5P7VA 3O9CA 4MC9A 5P66A 5JG1A 4OBJA 2AZ9A 4Y43A 4Y3QA 5P76A 1DPJA 5P55A 1QBRA 1HIVA 5KR8A 1C6YA 3MWSA 3S7MA 5P1AA 2P8HA 3G72A 1C6XA 1EPOE 3R4BA 3SKFA 3U6AA 3OQFA 1XE6A 4GJ7A 2OHNA 4Y45A 2P3DA 3KMXA 1HXWA 3ECGA 4J1HA 5BRYA 1MPPA 1RV7A 5P7DA 5HDXA 1D4LA 2NTRA 5COPA 3INHA 4FRIA 3RTMA 5P2QA 3O99A 3NDUA 5P39A 4D88A 4Y3JA 1UH8A 2JJIA 4ER1E 2Q54A 5P4PA 3I8WA 4K9HA 2OHKA 4CPQA 4F74A 5OZVA 3UDJA 3KFPA 4I0DA 4Y4BA 4J0PA 4F76A 1ZP8A 1F7AA 4MC6A 1BDQA 4QJ9A 3O9LA 3BXSA 4EQJA 4TVGA 5P1UA 5P2CA 1ODYA 5HE5A 5OZWA 2BBBA 5P46A 5DR1A 3CIBA 5OZ9A 4YD4A 5P5KA 1SDVA 5P1ZA 2ASIA 2IGXA 5OYUA 4J0YA 2UPJA 4RVJA 5P11A 4OBZA 1BVGA 5P6ZA 1PSOE 1HSIA 3HAUA 3DV1A 5P0BA 3SA6A 4APEA 5P53A 2WEDA 3VSXA 3S7LA 1KJ4A 3IXJA 5P2MA 4LL3A 5P7UA 4YD5A 4HE9A 5P5LA 2O4SA 3INEA 5P15A 5P38A 2BPXA 2PQZA 5P4RA 4PZWA 1FQ7A 1FMBA 3VYDA 1ZTZA 2IGYA 3NR6A 4XKXA 3O9FA 1IZIA 1GNMA 1HVHA 4YE3A 5P0OA 2ZJIA 5OYXA 2B8LA 5HCOA 1YTGA 2AOIA 5P80A 2Q3KA 5P7WA 3S45A 1B11A 3D1YA 3OHFA 5P6QA 1MT8A 2ANLA 2ER9E 5P85A 3VEUA 1APWE 2O4LA 4GJCA 5P4BA 1ODXA 2JYSA 3BGCA 3LZUA 5OZCA 4QLHA 5P3GA 2QMGA 3NWQA 4K4PA 3F9QA 5P3PA 2RKFA 5P48A 1K6PA 2AVMA 5P4YA 3OXWA 3OQ7A 4YCTA 1TW7A 4GJAA 1BWBA 5P7CA 2QZWA 2WJOA 3OTSA 5P6CA 1EAGA 5P67A 2HS2A 1CZIE 5P6UA 2QAKA 3R0YA 2NXDA 5P2EA 3ZKIA 4PPHA 4JOOA 4XXSA 5I3WA 2NPHA 4QJ7A 1FMXA 3H0BA 1FQ4A 5P79A 1B6KA 1W6IA 2PYMA 1IVPA 2QZKA 2P4JA 2V00A 5IVSA 3VF5A 4Q1YA 1LZQA 5P4EA 7UPJA 4Y4AA 4LAPA 5KR0A 2J9KA 4ZPFA 5P41A 4ZSRA 5P6NA 1ZLFA 5KQFA 2AZBA 4IVTA 1A9MA 5P3XA 5IVTA 1XE5A 4CKUA 1W51A 5P61A 2G69A 5P04A 5HVPA 2ER0E 5DQ2A 5P47A 5P5UA 2I4WA 4L6BA 2G22A 4DJPA 5P84A 3QN8A 5P7HA 2JXRA 2I0AA 1AM5A 4YA8A 4RYCA 2IKUA 4FS4A 3TNEA 3IN4A 1YT9A 1DP5A 5P0XA 1LYWA 3BRAA 5P8AA 1W5XA 3D91A 5P3HA 4I12A 3QPJA 4RVIA 4X2LA 4Y50A 2IQGA 4GMIA 2I1AA 3APRE 5P7NA 3VV7A 2IRZA 3EL0A 4CPXA 1A94A 2QZLA 3GW5A 5P8MA 4B78A 3MXEA 5P3EA 5P4AA 5DR8A 4B05A 5P7IA 3S53A 2O4KA 2B42A 2QHZA 3DV5A 5P8OA 3K5GA 3MXDA 2V12C 3PM4A 3Q6YA 3PMYA 5P6SA 1B6LA 5P1EA 1T6EX 2V16C 5P10A 3TOGA 5P3KA 5P7GA 1FEJC 4ZIPA 1PPLE 3LPIA 1NPVA 5P4LA 3L58A 1UH9A 3ZOVA 2O4NA 5P1OA 5P4MA 1BV9A 1BXQA 4ACUA 1N49A 5P7SA 5HTZA 2WF2A 5P0YA 5KQYA 3FIVA 2AVSA 3CIDA 4L1AA 4Y4JA 5P29A 2B7ZA 3PSGA 4GIDA 1GNNA 3CMSA 5P0RA 1SDTA 5OYZA 2A1EA 3EM6A 5P87A 5P64A 5P09A 5P8NA 1NPWA 5OZIA 5P1RA 4CPTA 2WECA 4Y3DA 5P02A 2Q15A 5P3VA 4Y3NA 1RL8A 5P4IA 1MVPA 1SIPA 1HPXA 5P2AA 1QBSA 5KOSA 3BUGA 1GVUA 2ER7E 4RGHA 1HEFE 3APPA 1ENTE 2PWRA 4AZYA 4N00A 5APRE 2ZJKA 3PMUA 3UCBA 4FRKA 4FRSA 5OYRA 8HVPA 5P2RA 3OTYA 4DQBA 1DMPA 3PCWA 3AIDA 4Y5EA 3URJA 3QIHA 4ZEAA 3L5CA 5P81A 5OZYA 2ZJJA 5P40A 1U8GA 3ZKMA 2RENA 5OZUA 1B6PA 5OZ8A 4RLDA 5JODA 4EJLA 1AXAA 5P54A 2QI3A 3UDMA 3SA8A 1M4HA 5P7TA 1ZJ7A 2V10C 3ER5E 2QHYA 1G0VA 5P4FA 5ER2E 2VNNA 2WEBA 3O9LB 4DQFA 4F73A 1K6CA 2PSVA 5P05A 5KR2A 1MESA 2WF0A 4DJRA 3DCRA 1BILA 2BB9A 1AJVA 4AA9A 4M8XA 4Z2ZA 4H3FA 4Z4XA 1NH0A 1SH9A 4DUSA 4FAEA 4CPUA 4R5NA 3BVBA 3HDKA 3LIYA 3PVKA 4OBZB 3VG1A 3NSHA 3GI5A 5P19A 3VSWA 5OZHA 1HVCA 3TKGA 2QI0A 5P2LA 5P4GA 1XN3A 2F81A 2XFKA 4HZTA 4I8WA 3UDRA 3OOZA 5P7ZA 6UPJA 5P2XA 1FF0C 5P8UA 5P6IA 3OADA 4YD6A 2H6SA 2FGUA 5P1HA 3JVWA 5P8KA 3SA4A 5I3YA 3IXOA 2I4DA 1BBSA 3ZPUA 2HB3A 5DR3A 2PH8A 1Q9PA 5P60A 1ZPAA 2WHHA 3HVPA 4FE6A 5P82A 1FG8C 2O4PA 3PI5A 5OZTA 3HLOA 1SIVA 2ZGAA 5P7YA 3NXEA 3OUDA 4FM8A 5P8SA 5P1TA 4JECA 4LP9A 1HVRA 5P5WA 2P3AA 3LZVA 4I0GA 3PHVA 4TVHA 3NUJA 3TKWA 1B5FA 2Z54A 1C6ZA 5OZGA 1D4YA 5P8BA 4B1CA 3NUOA 2HB2A 2NMZA 5KQZA 5OZOA 5P62A 2B7FA 5KAOA 5ER1E 4GJDA 4H1EA 4EP2A 3NYGA 2HPFA 5P78A 3IVIA 2QP8A 1J71A 1BDLA 4YBIA 3CYWA 3OOTA 5P5QA 4L7JA 5OZRA 5P3UA 3PI0A 2HIZA 4FCOA 4A6BA 5P5HA 3O9DA 3GI4A 2PC0A 5P56A 2F80A 4FGXA 4H3IA 5P3MA 3VF3A 1RPIA 4YOAA 5P5CA 1E81E 1NPAA 4ACXA 1E82E 1B6JA 3N3IA 4FRJA 5P5EA 3OUAA 3UQRA 4WY6A 4OD9A 4K8SA 5P51A 1LYWB 4L7GA 4Y9WA 3PGIA 2FXDA 2IS0A 4NJVA 2F3EA 4H3GA 2AOJA 1ODWA 2I4UA 3FKTA 5P8VA 4J1IA 4PHVA 5AGZA 3QRMA 4I8ZA 1DIFA 1K6VA 5P13A 2J9JA 4Y37A 3D3TA 5P6WA 2IENA 2OHQA 1LV1A 3SA3A 5P4VA 2PSUA 5P5DA 5OZ0A 5I70A 3JW2A 2VIZA 5PEPA 3O9AA 1HEGE 3I25A 5JFUA 1HTRB 2VA7A 5OZZA 3RU1A 3Q5HA 4ER2E 2AOFA 1PSNA 5P70A 5P7BA 2XYFA 3I6OA 3ZPTA 2R38A 5P28A 5P1LA 4Y39A 2V13A 3UFLA 5P3QA 5OZBA 3PLLA 4CPSA 3OHHA 5P86A 3VYFA 3NWXA 5P30A 1OEWA 1YTIA 3L3AA 4RRSA 5P0AA 4YCKA 3DJKA 2FDEA 3BUHA 3LNKA 5P03A 3B7VA 1T7KA 3EM4A 3T3CA 4QJAA 2O40A 1A8KA 5P7QA 1EPQE 3LIXA 4ZLSA 5P4NA 5P5AA 1YX9A 4EHCA 3OU4A 4L1AB 4S1GA 1EBZA 2FMBA 3QS1A 1AJXA 5P12A 2JJJA 1SGZA 5T4SA 3OAGA 5P0FA 5AH8A 3EL5A 3OGQA 2P3BA 2G20A 3C9XA 3S85A 1HIHA 3ZMGA 2R3TA 5P6XA 1KJFA 4I11A 3ZKXA 3L5DA 4B77A 3EM3A 3LZYA 1GKTA 2VIEA 5P2JA 5P72A 5P0QA 1FGCC 5P6EA 1MIQA 3WZ8A 5P1VA 1D4IA 3KFSA 4J0VA 1FLHA 5P6BA 1LEEA 1LYBA 3NU5A 1WBKA 3GGVA 3T11A 4IVSA 5P4UA 3OQAA 1E5OE 2G27A 2AODA 2WEAA 4Q1XA 3S54A 3CKTA 5HDZA 5P8LA 1HSHA 2VNMA 2ZHVA 1FIVA 4JPCA 7HVPA 4AMTA 5P73A 3PCZA 2XYEA 3S43A 1F34A 5SY2A 3KT2A 5P5PA 1HTGA 2IL2A 5SXNA 3EMYA 5P2UA 3K5FA 5P45A 1TCXA 3CKPA 3NLSA 5EZXA 5OZ5A 4BEKA 4Y3SA 2G26A 1MT7A 1HIIA 1M43A 3UDYA 3VFAA 2OF0A 3KFNA 5HU0A 4Y5LA 3ZLQA 3OWNA 5P1JA 3VYEA 1SMRA 5P0NA 3UDQA 1ZAPA 3RVIA 1QRPE 1FQ8A 1AAQA 1FMUA 3T7QA 2WF4A 3CICA 4HA5A 3O9EA 1HVKA 4KE1A 4Y5NA 4COEA 5P0TA 5P59A 5P0UA 5P07A 1EBYA 3Q70A 4FM6A 2WKZA 1APUE 1OHRA 5P74A 1ME6A 5P14A 5OZJA 3OADB 3SPKA 1FQXA 5AHAA 2AVVA 4I10A 5P3FA 3EXOA 3IVHA 1E80E 3EKXA 5P18A 3KM4A 2I0DA 2QD6A 1QBTA 4LC7A 4OBGA 3OQKA 1MSMA 2NMYA 1Z1RA 4GZFA 5P2TA 5KOQA 1MTRA 4RZ1A 5DGUA 4GYEA 3PSUA 3EL4A 1YM4A 5P27A 3MSLA 4LXKA 5P8PA 5P8RA 3OUDB 5P4TA 3JVYA 4QJ2A 5P1NA 1T7JA 5P7OA 5BWYA 3U7SA 1GNOA 5P6JA 1EC0A 3LHGA 5P37A 2HB4A 2FDPA 3K5CA 5P8EA 2QMPA 3KN0A 3DM6A 5P8CA 5P1DA 3H5BA 3RSXA 3WSJA 4CPWA 1B5FB 5P3SA 4Y44A 2P83A 5E5JA 5P0CA 2ZHUA 2FDDA 1YM2A 2PH6A 4F75A 5P6TA 1ZBGA 5P36A 5P8FA 3VFBA 5OZAA 4QJ8A 1T7IA 4J1FA 2FGVA 3D1ZA 3URLA 2AQUA 1ZSFA 3BHEA 2AVOA 4Y4EA 5P2DA 1LF4A 3OXVA 2ZJNA 5P5VA 1K2CA 3HD8A 5P1WA 5DQ4A 2CENA 1EEDP 1SBGA 4LXAA 2HC0A 4CPRA 2AZCA 2G1OA 2IEOA 1T3RA 3QRVA 1ZPKA 5P4JA 5F00A 3SQFA 5ENKA 3EL1A 2OHSA 5P4OA 1BVEA 4WTUA 5P8GA 1K2BA 3I7EA 3HVGA 2ZDZA 4Y3AA 3IXKA 2JE4A 2Q55A 3SA9A 4Y3EA 4OD9B 3QP0A 5P32A 4Y4XA 3I2LA 3S8IA 4Y5KA 2QMFA 4OBDA 5P65A 3VCMA 5P5XA 4GJ5A 4A6CA 5P88A 2QD7A 1BXOA 4YCYA 4Y4WA 3M9FA 4ZSMA 3PWMA 4Y5AA 5P0ZA 3GI6A 4MC1A 4Z22A 5P06A 3PLDA 5P43A 1HVJA 2J9JB 3LIVA 3TTPA 2QI7A 1HRNA 4TRZA 4RCDA 1TSQA 5P58A 5P1BA 1FKNA 3KT5A 5P2OA 1HXBA 5P17A 2Q11A 5CONA 4Y3LA 2R8NA 5P7AA 3L38A 1FB7A 5P4XA 5P7KA 3NDWA 4Y4TA 3NXNA 3UQWA 4EPJA 4RCEA 5AH9A 1EC2A 5P5TA 1D4SA 1BAIA 5P5NA 2G1NA 1IDAA 4R91A 5P0MA 1Z8CA 1GVXA 3S56A 2WEZA 2AZ8A 3VV6A 3VLAA 5P0HA 6FIVA 3ER3E 1DAZC 3FNUA 4DJUA 5P8TA 1G2KA 4M8YA 5P1XA 1EC1A 5TOLA 2R5QA 5P5SA 4ZPEA 1TSUA 4J0ZA 2ZHRA 5DR4A 3PB5A 5AH6A 3OU4B 2NNKA 4Y3XA 4ER4E 1ER8E 3OAGB 4DI2A 5JFPA 5OYYA 3Q4BA 2P3BB 1GVVA 3KDBA 4R93A 1LF2A 1OEXA 1HPOA 5P3ZA 4CMSA 4DJVA 3ZKNA 3IA9A 2OHLA 5P6FA 1EPRE 4D8CA 4Y4GA 1PSAA 5P7XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HE4 A;  3DCK A;  1SDU A;  2QK5 A;  1G6L A;  4DFG A;  1IDB A;  1UPJ A;  3NU3 A;  1WBM A;  3N4L A;  4Y3P A;  2V11 C;  4LXM A;  1LYA B;  5P7L A;  5P1M A;  4Y48 A;  3EKV A;  3EC0 A;  4YDG A;  5DQ1 A;  5FIV A;  1CPI A;  1EPP E;  1MRX A;  4I0F A;  3QRO A;  4NPT A;  3EBZ A;  2PMA A;  3IAW A;  5P5F A;  2NR6 A;  3O9I A;  2AOE A;  4Z50 A;  1MTB A;  5HE7 A;  3OXC A;  3KMY A;  2WF3 A;  5P0S A;  3O9G A;  5OZ3 A;  4Y4U A;  5P57 A;  4DJO A;  2WF1 A;  4EWO A;  2VA6 A;  2VA5 A;  2FIV A;  2HPE A;  5P5M A;  4EYR A;  4B0Q A;  3WZ7 A;  3LZS A;  4RYG A;  5P7V A;  3O9C A;  4MC9 A;  5P66 A;  5JG1 A;  4OBJ A;  2AZ9 A;  4Y43 A;  4Y3Q A;  5P76 A;  1DPJ A;  5P55 A;  1QBR A;  1HIV A;  5KR8 A;  1C6Y A;  3MWS A;  3S7M A;  5P1A A;  2P8H A;  3G72 A;  1C6X A;  1EPO E;  3R4B A;  3SKF A;  3U6A A;  3OQF A;  1XE6 A;  4GJ7 A;  2OHN A;  4Y45 A;  2P3D A;  3KMX A;  1HXW A;  3ECG A;  4J1H A;  5BRY A;  1MPP A;  1RV7 A;  5P7D A;  5HDX A;  1D4L A;  2NTR A;  5COP A;  3INH A;  4FRI A;  3RTM A;  5P2Q A;  3O99 A;  3NDU A;  5P39 A;  4D88 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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