3OK9A

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease with new oxatricyclic designed inhibitor grl-0519a
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Probing Multidrug-Resistance and Protein-Ligand Interactions with Oxatricyclic Designed Ligands in HIV-1 Protease Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-08-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ok9A00
4XX4A 5OZCA 4I0ZA 4CMSA 5P75A 4KUPA 1RPIA 5C9FA 3VYFA 4B77A 4BELA 4YD5A 1NSOA 3WSJA 1PPKE 1FIVA 2Q11A 4Y51A 4KE0A 5P27A 4Y3NA 2ER6E 3PWRA 4FM8A 4DJOA 3ZKNA 5P76A 4F75A 2HC0A 1T3RA 1SH9A 5P1AA 3SAAA 4CP7A 5HD0A 3N4LA 3I7EA 5P31A 5P7IA 5HVPA 1LYWB 5ISJA 4YHQA 5P4LA 5COKA 3TNEA 4RVJA 3PJ6A 3LZUA 3D1XA 4Y5AA 2PH8A 5I70A 1EEDP 2NTRA 5P58A 4Y5CA 4Y54A 2VJ7A 2P3DA 3F9QA 1TW7A 5P08A 1YX9A 1T7JA 3NLSA 5P0QA 2ZJIA 1HIVA 4TRWA 5OZRA 3CYXA 3URIA 5P1CA 2UPJA 4B00A 4PZWA 5OZWA 5OZVA 3OOTA 3PLDA 5P29A 2AVOA 3KA2A 5OYVA 3ZLQA 3CIBA 3PBZA 3UDRA 4FAFA 5P62A 4B1EA 4EJLA 2ZJKA 5P65A 1RNEA 5P7ZA 1DAZC 4Y39A 5P3PA 5P0IA 3SABA 4Z4XA 4BFBA 3PMUA 3PGIA 5P3XA 2AOGA 1TSUA 4CPWA 5P10A 1FKNA 1EC2A 5EZZA 2ER9E 2OHRA 1MUIA 2ZE1A 5AHBA 5P1LA 4R95A 2ZHUA 3QAAA 5P67A 1YM2A 5OZ0A 3QPJA 3UF3A 1K6TA 1LF2A 5DPZA 2QMFA 2VJ6A 4DH6A 2Q63A 2NXLA 3OXCA 2O4KA 4Y57A 1XN3A 3DCKA 2F3FA 5P8KA 1ZLFA 1UH8A 5P71A 3S54A 5P7TA 3RSXA 9HVPA 1PFZA 3NDUA 1ODYA 1XDHA 5P7NA 1UPJA 4YCTA 1LYAA 5P4GA 5P0KA 2R5PA 2IQGA 2VNMA 5P2GA 1LV1A 3IA9A 2HAHA 3UDNA 2R43A 5P5MA 5P22A 4NJVA 2RMPA 5P6EA 5P1YA 4OBFA 3VF5A 2AOIA 4DJVA 2IENA 1BDLA 4Y50A 2QK5A 2Z54A 1LYWA 3OU4A 1MSMA 1D4JA 5P3HA 3EXOA 5P4WA 5P7AA 3CICA 3INHA 3QBHA 5P5ZA 3ZPSA 5DR4A 4GB2A 5P5VA 4DJXA 4GMIA 3IN3A 1FG6C 5P14A 3BGCA 5OZBA 4OC6B 3U71A 2H6TA 3UDHA 5P6GA 4JP9A 3ZOVA 4GJBA 5P2CA 5P73A 5IVTA 5KQXA 2AZCA 3EKYA 4Y38A 5P1HA 3TTPA 4J1HA 1MPPA 1APTE 1HOSA 3KYRA 4PEPA 3T7QA 2APRA 3OU1B 2ZHTA 1GVWA 2FDDA 4RCFA 1NH0A 4WY1A 3OQKA 5P1TA 1CMSA 3S8IA 2NMYA 4D83A 3EL4A 3KN0A 1GNNA 1IZIA 3SKFA 3PHVA 4E43A 4F76A 5HU0A 1WBKA 3LIYA 2OHUA 3O9BA 5J25A 1C6ZA 1IBQA 2CEJA 1EC3A 8HVPA 3D3TA 1PSOE 2XFJA 3KDBA 5P80A 4GJ7A 4R5NA 5ENKA 3Q3TA 4Y3ZA 3NWXA 2JJIA 5OZLA 5P64A 2P3BB 2HPEA 5PEPA 4Y3SA 5JFUA 1HBVA 2Q54A 4Y36A 4AMTA 3HBOA 5P51A 1JLDA 1HIIA 4ZE6A 2AZ8A 3KT5A 5P1SA 2WF4A 5P5JA 3MXEA 4EJDA 1XL5A 4NPTA 3MSKA 1ZP8A 5P0MA 1WKRA 1EBZA 5P8IA 2G24A 5P1OA 4DJQA 2B60A 4Y47A 5P5BA 4YD4A 3DUYA 5OZOA 3VFAA 3OQFA 3K5FA 3ER3E 3INFA 5P8CA 3ZKQA 4JECA 1LZQA 3NXNA 3OHHA 3S7MA 4UPJA 3VFBA 4KE1A 4R8YA 3IAWA 4HLAA 4Y4GA 1OHRA 2P4JA 5P2VA 2OHNA 3GGXA 2JE4A 2QHZA 2ZJLA 5OYSA 3TH9A 1VIJA 4OC6A 3T7XA 5P2HA 4I8WA 5P40A 1EC0A 1HTRB 2B7ZA 5P0WA 5P0LA 4J0YA 5P32A 5P6FA 2G21A 5P8NA 1W5VA 3URJA 4Y9WA 3D1YA 4OBZB 5OZ3A 2V11C 1M4HA 5HDZA 1F34A 2QI4A 5P7OA 4Y4BA 1SIVA 1C6YA 4DQFA 1AZ5A 1HPOA 1W5YA 3GI4A 4QLHA 1AM5A 5OYZA 3AUPA 5BWYA 3SLZA 1BIMA 4FGXA 2PYNA 5P7FA 1W5WA 4Y3MA 4RVXA 4Y4XA 5HU1A 3ZKMA 4FSLA 2ZDZA 5OZ9A 4PPHA 5P61A 1APUE 4N00A 3UQPA 4EWOA 4TRYA 5P63A 2QI7A 3PLLA 5OZ7A 2FNSA 3LZVA 5DGUA 5P8VA 1HSHA 5OZ4A 1SDVA 5KQZA 3PWWA 5OZ1A 5P8LA 5P4JA 3KMXA 5P6PA 3NYGA 3FX5A 4YCKA 1BWAA 3VV7A 5DGWA 3VV6A 4DQBA 5KAOA 1BILA 1ZTZA 5AHCA 5UPJA 5P25A 6APRE 4DFGA 4Y3HA 2VA7A 5KR1A 2QD6A 3VYEA 2OAHA 4B70A 4DQEA 3OGPA 4YD3A 3SA5A 4OD9B 5P3NA 2VIYA 2A1EA 5P02A 1HXWA 3UDYA 5P2WA 4Y35A 5P4EA 3FV3A 5CONA 1MIQA 2ZHVA 1TZSA 4DJPA 1HWRA 3CMSA 5I3YA 5P3VA 2O4PA 1D4YA 3KM4A 1YTGA 4B1CA 3WZ6A 3TPPA 3KFRA 1PPLE 5P4NA 2Q55A 1FGCC 3MWSA 4Y4WA 5P5RA 1T7KA 2JJJA 5P56A 2FGUA 2O4NA 3SA4A 2G20A 5OZ2A 5EZXA 5OZEA 3UFLA 4I0HA 3L59A 1UH9A 4Q1XA 1PPME 2QNNA 4OBDA 2CENA 4CPQA 5P35A 4Y37A 4HZTA 3LZYA 3BUGA 5P68A 5P8DA 2F8GA 3UDJA 5BS4A 4AZYA 5P09A 3TPRA 3OADA 3TPJA 1EPOE 1D4IA 1HVJA 5P6MA 3MSJA 3BVAA 3L5DA 5P54A 1BXOA 4FLGA 1PSAA 4GYEA 5P70A 4ZLSA 1B6PA 3EM4A 1NPVA 5SY3A 3LPJA 1Q9PA 5P1VA 3B80A 1W50A 5P26A 4RRSA 5P16A 3EM3A 3FKTA 1F7AA 3KFPA 3LPIA 2F3KA 3LNKA 5P7YA 3PI0A 2G1YA 5P04A 3JVYA 3PWMA 3OOZA 5P82A 5KR0A 5P7GA 4MC2A 5P2QA 4J5JA 4Y6MA 4EYRA 3I8WA 1GVUA 5P4AA 4HEGA 3UQXA 3DV1A 3ER5E 3ST5A 5P50A 2RENA 5P4OA 4DUSA 2QMGA 5FIVA 4L7JA 1MT7A 5P8GA 5DR7A 5P7UA 5DR3A 3HLOA 2OHKA 3ECGA 3G72A 3FSMA 5P86A 5COPA 1UH7A 2I4QA 4FRKA 4YOAA 1E81E 3HDKA 3HAWA 2NPHA 1AVFA 1TSQA 2AVVA 2HM1A 4OBKA 5P0FA 1HPSA 5P7HA 5P7RA 5P2JA 3SA7A 4Y41A 3LITA 1MT8A 2CEMA 4Y4UA 5AHAA 2G1RA 2BPXA 5P6RA 1XS7D 4LXAA 1LYBA 3SFCA 5KR8A 4DQHA 5IS4A 5P5OA 5P8QA 4A6CA 1HEFE 1NPWA 4LXMA 1YTHA 5P6LA 3EKPA 3L5FA 5P2XA 5P01A 3L5CA 3IXKA 5P8MA 5P87A 4DPIA 4B1DA 2AOEA 4OBHA 4R92A 2WKZA 3CKPA 4XKXA 1OEXA 2PK6A 3G6ZA 5P3OA 5P0JA 1LYAB 2NXDA 2FDEA 3UQUA 4AUCA 5P8AA 3PVKA 3EKTA 2P3AA 5DQ2A 4PHVA 3K5DA 3BUFA 3O99A 5P83A 3U6AA 5P2AA 3H0BA 3TKGA 2VIEA 4Y3AA 3CKRA 5ER2E 5HE4A 1YM4A 5I3VA 4Y3EA 1AJXA 1FEJC 1ODWA 1META 3TOGA 1BWBA 3OU4B 5P1GA 4X7IA 5P1PA 5DQ1A 3VLAA 3VYDA 3HVGA 1Z1HA 5P1UA 3BVBA 1HTGA 4J0ZA 4RCDA 3EL0A 3TPLA 2R3WA 5OZSA 5P2YA 3K1WA 2WL0A 3DK1A 3M9FA 3PEPA 1M0BA 4QJ7A 1DPJA 2IL2A 2QZLA 3A2OA 5HE7A 3LIXA 3FIVA 4EQJA 1FLHA 2WECA 3TOHA 5P8PA 3ZKIA 2F3EA 5P57A 2WF1A 1KJHA 2XFKA 1WBMA 1EPPE 5P1ZA 5P5NA 2IKUA 4DJWA 5ENMA 1IZEA 2BKTA 2OF0A 1HEGE 4A4QA 5P6DA 4Y3RA 5P3TA 4CPXA 5OZQA 3UDPA 5P3GA 5P0RA 3BRAA 1BDRA 3GGVA 5P6VA 1A8KA 4QJAA 1FQ4A 4LXKA 1IDBA 5DQ4A 5P5FA 4FRSA 4GJAA 2BB9A 3EBZA 2WEBA 5P6SA 3PSYA 5P0GA 2G26A 4Q5MA 2ASIA 3EL1A 2ZJNA 2WJOA 3S43A 3L5EA 2V00A 2B42A 3GGUA 3K4VC 3K4VA 3HD8A 2UY0A 2XFIA 2ZGAA 5P36A 2OHMA 3QI1A 1CZIE 5P3JA 1SIPA 5P78A 2PQZA 4U7QA 4IVTA 5P6HA 4JPEA 4RRNA 3AIDA 2I1AA 3UQWA 5P8SA 1HXBA 4K9HA 3NUOA 1W5XA 4RGHA 5OZ5A 4Y45A 4EXGA 2VA5A 1T7IA 5I3WA 3OUAA 2PYMA 2H6SA 5P7SA 1G35A 2AIDA 3EKXA 5P2NA 2WEAA 5P11A 4Y4JA 4QGIA 1W6IA 1XL2A 2B8LA 3NUJA 4D88A 4Y3QA 4CKUA 5C9DA 4B05A 3O9EA 4I11A 5P0PA 2BBBA 1IVQA 3APRE 1E82E 3URLA 1K6CA 3PI5A 1HTEA 4D8CA 3SACA 1IVPA 3NDWA 5P2ZA 3NXEA 1QS8A 1GNMA 3T7PA 1ZJ7A 2AZ9A 2OHTA 4J1FA 5P5KA 4EP2A 4EPJA 4RCEA 5P74A 1DMPA 5OYUA 3LPKA 4Y5GA 3VG1A 4DVFA 5P1DA 4FSEA 3NSHA 3BXSA 5JG1A 3HW1A 3IGBA 5P38A 4NJSA 2F80A 3OGQA 1HIHA 2P83A 3I2LA 5HE5A 3PM4A 1GNOA 5P4UA 1KZKA 1BBSA 5OYYA 4J1IA 2IGYA 3GI6A 3RSVA 4J0VA 4GJCA 1K1TA 3PSUA 3S45A 4I0EA 1EBYA 1K6PA 1MT9A 2R9BA 1C70A 1EPQE 2F81A 5P4RA 4EQ0A 5P5IA 3QRMA 3IXOA 1ZSRA 4NKKA 4Q1NA 5AH8A 4OBJA 5P0NA 5C9BA 5OZUA 2NXMA 5HDUA 4L7HA 3UFNA 5P4QA 2Q5KA 5APRE 4I0JA 1W51A 3LIQA 4HDBA 7HVPA 3HZCA 4CPUA 3I25A 2HIZA 2BQVA 4J1CA 4CPRA 5P2SA 4K4PA 5P1BA 1LF3A 1DP5A 4Y3XA 4GJ6A 3OQ7A 4D85A 4L1AB 4RLDA 4LHHA 3RTMA 5P8OA 5P4FA 2ZHSA 3ZKSA 4Y48A 5P4ZA 1GVTA 5ISKA 1FMXA 4YBFA 5P28A 3PBDA 1AJVA 1A30A 2ZYEA 2QI1A 5P2UA 5P5PA 3Q6YA 4X2LA 3BUHA 5P13A 3OU3A 1HVHA 1BXQA 5P72A 3UCBA 5DR0A 4F74A 4I0FA 4Y3FA 1MEUA 4RZ1A 3VUCA 3IVHA 5P7EA 2V13A 4J0PA 3JVWA 1J71A 5P0BA 4NJUA 7UPJA 3Q5HA 5P2KA 5P23A 5P24A 3EKVA 5P7PA 3OY4A 4GJ8A 2QI0A 5ER1E 3BHEA 5P2MA 1B6KA 5OYTA 3OADB 4TVGA 1D4KA 2QNPA 2QI6A 3ZPTA 5P1WA 5P6YA 2VJ9A 4D89A 5DQ5A 2QCIA 5P4KA 1QBTA 2QAKA 4ZSMA 2EWYA 3QVCA 2B8VA 2J9JA 3GI0A 2HS1A 4BFDA 5IVSA 5P3ZA 4L6BA 2XYEA 3LIZA 1B6JA 1K1UA 4DJUA 3L58A 2QHCA 1E80E 5P6KA 3PCWA 4EJKA 2A4FA 4RVIA 5P4IA 5P6XA 4GJ9A 1YT9A 4Y5BA 5F01A 5P5WA 5P0CA 4J54A 5OZIA 3WZ8A 1EBKC 1HSGA 3RU1A 4LP9A 5P46A 4RYCA 5P0ZA 4J1KA 3DM6A 2HB2A 4GZFA 5P0YA 3WB4A 3CKTA 2MIPA 3GGAA 5P1RA 2WHHA 5P6BA 4L1AA 3B7VA 5P5XA 4Y5PA 1DIFA 2Q3KA 1MRXA 4IVSA 1HVLA 2IKOA 5KQYA 4Y5LA 5OYWA 4CPSA 5P3DA 2I0DA 2R38A 2OHSA 2PK5A 3I6OA 1LYBB 3VF3A 2ER7E 4RYGA 1T6GA 2I4UA 5P07A 5P3UA 5P5TA 2PC0A 4J1EA 1HVIA 4HDFA 2G27A 4Y3GA 5P17A 2O4SA 3O9LA 3NU3A 4TVHA 2BKSA 2R5QA 2WF0A 2P3CA 4M8YA 3ZKXA 5SZ9A 1ENTE 4BEKA 4Q1YA 3KF0A 6FIVA 1EC1A 1Z8CA 5P5EA 4B72A 1CPIA 1APVE 3L3AA 3PRSA 1SGUA 4ZSQA 5P6ZA 1Z1RA 3CYWA 3K5CA 4MC9A 1SDTA 5DR8A 4WY6A 3GI5A 5P6JA 5P8HA 2Q15A 3KT2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4XX4 A;  5OZC A;  4I0Z A;  4CMS A;  5P75 A;  4KUP A;  1RPI A;  5C9F A;  3VYF A;  4B77 A;  4BEL A;  4YD5 A;  1NSO A;  3WSJ A;  1PPK E;  1FIV A;  2Q11 A;  4Y51 A;  4KE0 A;  5P27 A;  4Y3N A;  2ER6 E;  3PWR A;  4FM8 A;  4DJO A;  3ZKN A;  5P76 A;  4F75 A;  2HC0 A;  1T3R A;  1SH9 A;  5P1A A;  3SAA A;  4CP7 A;  5HD0 A;  3N4L A;  3I7E A;  5P31 A;  5P7I A;  5HVP A;  1LYW B;  5ISJ A;  4YHQ A;  5P4L A;  5COK A;  3TNE A;  4RVJ A;  3PJ6 A;  3LZU A;  3D1X A;  4Y5A A;  2PH8 A;  5I70 A;  1EED P;  2NTR A;  5P58 A;  4Y5C A;  4Y54 A;  2VJ7 A;  2P3D A;  3F9Q A;  1TW7 A;  5P08 A;  1YX9 A;  1T7J A;  3NLS A;  5P0Q A;  2ZJI A;  1HIV A;  4TRW A;  5OZR A;  3CYX A;  3URI A;  5P1C A;  2UPJ A;  4B00 A;  4PZW A;  5OZW A;  5OZV A;  3OOT A;  3PLD A;  5P29 A;  2AVO A;  3KA2 A;  5OYV A;  3ZLQ A;  3CIB A;  3PBZ A;  3UDR A;  4FAF A;  5P62 A;  4B1E A;  4EJL A;  2ZJK A;  5P65 A;  1RNE A;  5P7Z A;  1DAZ C;  4Y39 A;  5P3P A;  5P0I A;  3SAB A;  4Z4X A;  4BFB A;  3PMU A;  3PGI A;  5P3X A;  2AOG A;  1TSU A;  4CPW A;  5P10 A;  1FKN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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