3OQ7A

Crystal structures of multidrug-resistant clinical isolate 769 hiv-1 protease variants
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Contribution of the 80s loop of HIV-1 protease to the multidrug-resistance mechanism: crystallographic study of MDR769 HIV-1 protease variants.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 Protease
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3oq7A00
2QMPA 2R3TA 1YX9A 5P72A 1HTGA 4J0TA 4Q1WA 1ODXA 5OYXA 2AZBA 5FIVA 5P37A 2G24A 2G26A 5KOQA 1DIFA 2UY0A 5HTZA 4Y3XA 3L3AA 3PWWA 2ZJJA 4Y3YA 1K1TA 3ZKXA 5ENMA 5P4UA 1RNEA 1XE5A 4S1GA 1LYAA 1MERA 5UPJA 4DQEA 3S43A 1HSHA 1GNNA 2QHCA 2HM1A 3O9CA 1MUIA 5P7MA 1HHPA 3O9GA 5DQ4A 4F76A 3OXXA 2AOEA 2UXZA 3OU3A 1RV7A 1FQ4A 3D1YA 3HAWA 3QVIA 4A4QA 4Y3ZA 1MEUA 4Y6MA 3EM6A 5P1ZA 5IS4A 1YM4A 4YE3A 3MXDA 1HVSA 2VA5A 2G22A 2QU2A 4YHQA 4M8YA 4ACUA 2OHNA 4ER2E 4M8XA 3R4BA 1BAIA 3PMUA 5OZDA 5P1XA 5ISJA 1M4HA 3U71A 5JFUA 4YCKA 5OZFA 3VF5A 5OYRA 4Y5LA 4RROA 2ER9E 3WSJA 5P8MA 3UF3A 1NPVA 2F81A 3DM6A 3DUYA 4Y3PA 1PPLE 4K4RA 1LYBA 5P6AA 5ER1E 5P41A 3FV3A 5P1QA 2ZHSA 4LXMA 1A9MA 4Y5EA 3BGBA 1HVJA 5P6PA 3LINA 4XX3A 4H3FA 1ZPKA 4DQHA 1HXWA 5P3SA 1CZIE 5P1LA 4EJ8A 4CPWA 2QI5A 1TZSA 4I0DA 2QMFA 5P0UA 1KZKA 4YD6A 3ST5A 3T6IA 3PLDA 4D88A 1K6CA 3DV5A 3PBDA 4TRZA 5DR7A 5P5PA 5OYYA 2IKOA 5P1TA 3CICA 3B7VA 4LHHA 4Z50A 5P0CA 5P2YA 3GW5A 4QJ7A 1SDUA 3QROA 3PHVA 1MSNA 3NU4A 5P4JA 2ZGAA 1E81E 1EC1A 5P5BA 1A30A 4APEA 5P28A 2QD7A 3IN3A 5P74A 3OADA 2BJUA 4B05A 4QJ9A 2JE4A 5P1CA 4FM6A 5CONA 4I0GA 4GJDA 3TL9A 2AOJA 3HD8A 2IENA 2FNSA 1T7KA 2F3EA 4Y35A 1SH9A 1AJXA 5P3VA 5AHAA 4HZTA 4Y3GA 3MXEA 3TNEA 2HB3A 3QVCA 2AVMA 5P06A 5P1IA 3LIQA 4L7HA 3FKTA 4RCDA 5B18A 1AM5A 2VKMA 3PB5A 2H6TA 2ZDZA 1UH8A 5OZMA 4ZSMA 3VFBA 1Z1HA 3UDJA 5P1EA 1HXBA 2QU3A 2R3WA 3KDBA 3UDRA 3Q5HA 4OC6B 4H3JA 1TSUA 5P02A 4TRWA 1QBTA 5P5WA 5P0EA 3EMYA 2QNPA 3S7MA 4Y5KA 1HIVA 3ZKSA 3ZKMA 4Y4XA 1YM2A 3ZKGA 5P09A 2G1YA 2WF1A 5SY3A 5P2AA 4ZSRA 5P3MA 1M43A 3LIXA 4ER4E 5P6UA 5P3WA 5P7ZA 3UDNA 3IN4A 1RL8A 1F7AA 5P7DA 5P62A 5P6GA 5P0DA 4JP9A 3UCBA 1W50A 1ZPAA 5P8EA 3RU1A 4ZSQA 2BKTA 5P82A 2B60A 5P89A 5JODA 4Y44A 1E82E 4COEA 4Y3WA 2NXDA 4Y4JA 1BDRA 5P8IA 3O9AA 1SDVA 5P3RA 1ENTE 4FM7A 4EJDA 1GKTA 4J1HA 4Y3JA 2Q63A 3SLZA 5P86A 3I8WA 5P8UA 5OZCA 4EP2A 3PSGA 2V11C 5P8FA 1F34A 5P8JA 5OZTA 4NJVA 5P48A 3BXSA 3INEA 5P84A 4H3GA 3OU4B 5P1AA 5P7PA 5P0XA 2PWCA 4LBTA 4Y43A 5P8SA 4EP3A 2ZJMA 5P7HA 4Y4TA 2IGXA 3QS1A 1EPRE 1G6LA 2QZXA 1FGCC 3GGVA 2P3DA 5IVTA 3PVKA 1A8KA 1ZJ7A 3NWQA 3UPJA 3OHHA 3HDKA 1N49A 4QJ8A 3I25A 2I4UA 4LP9A 4YBFA 3OUDB 5P4EA 3O9LB 1HPOA 4FRSA 3BUGA 3IXKA 4GJ7A 4L6BA 2BPXA 2OHSA 1HOSA 5OZ5A 3TKWA 5P6ZA 4FE6A 1KJ7A 3GI4A 3O9DA 4PZWA 1BBSA 2ZHRA 2WEBA 4GJ8A 1WBMA 1EC3A 3R0YA 2I4WA 5P87A 2OHPA 4QJAA 3ECGA 5E5KA 1D4HA 2ZJKA 4E43A 3ZKIA 1DAZC 1BWBA 5P33A 3BVBA 3PM4A 4PZXA 1LF4A 5OZAA 5P7FA 5P50A 4FSLA 2B7FA 2ZJLA 3EKTA 5DR4A 1BXQA 4Y4BA 5P2MA 4WTUA 4EXGA 1RPIA 3IGBA 3CKTA 4EXHA 5IVSA 2XYFA 3INFA 5P04A 4KE0A 5P5GA 3BUHA 4R91A 1MSMA 4RCEA 3NDWA 5OYSA 4DQBA 1D4LA 5P6CA 5IVQA 1K6TA 5P2QA 3Q6YA 2QNQA 5P1FA 1JLDA 3OUDA 1UH7A 3ZOVA 4Y3FA 4QLHA 5P1HA 4B72A 5P0LA 2O4SA 2Q5KA 4I11A 3S56A 4IVTA 5P34A 4HDBA 5C9DA 1HVRA 4Y58A 1T6GA 1SP5A 5P51A 3UQWA 4ZEAA 3PMYA 3F9QA 3EKVA 1PSNA 5P8CA 3VSXA 5P4XA 3SACA 2V10C 3JVYA 2FLEA 3OGPA 4WY6A 5OZ8A 4Y39A 4Y5BA 4MC1A 1FB7A 5P1UA 5P46A 3HZCA 3EL4A 5HE7A 5P2BA 1Z8CA 2IEOA 4Y54A 3ZPTA 5P3XA 3LPJA 5AH9A 2HPFA 4OD9B 4J0YA 5OYUA 1FIVA 2AOGA 1UH9A 3VCMA 5P6JA 5P55A 5HU0A 5P27A 4YA8A 5COOA 5P7NA 5P88A 1A94A 3GI5A 3LIZA 3AUPA 1C6XA 3SA8A 3TTPA 5P8RA 5P3FA 4U7QA 4X7IA 1BV7A 1VIKA 3G72A 1YG9A 2WF0A 4J0PA 4K9HA 1W6IA 1A8GA 1ER8E 1HVCA 5P2VA 3N4LA 2JJJA 3LZSA 1LF3A 3VLBA 5P8LA 2ZE1A 3KFPA 3R2FA 5P1OA 1D4KA 5P70A 1MTRA 4HDPA 2ZHTA 5F00A 1LZQA 3OU1B 2NPHA 3NDTA 2WJOA 5P5YA 1BVEA 3OQDA 4RVIA 5OYZA 5P0VA 2XFIA 5T4SA 3BXRA 4OD9A 1BIMA 4GJAA 3UDYA 2O4LA 4HA5A 2Q11A 3SA7A 5P00A 1OD1A 2Z4OA 5OZIA 3S7LA 3K4VA 3CYWA 4NJTA 5P1RA 3FX5A 1HIHA 3O9IA 5HCTA 5OZWA 5P2LA 5P05A 2PYNA 2FXDA 5COKA 4CPRA 3NU5A 4FRKA 2FMBA 5OZGA 5P3CA 4ACXA 5HE4A 3SA9A 1FMUA 4Y3TA 2QHZA 5P5EA 4HLAA 3EKQA 2P3AA 1W5XA 5P5LA 1HEGE 2QZLA 3EM4A 3GGUA 5P4FA 3URJA 4GYEA 1EAGA 3D1ZA 5P0PA 4CMSA 4Y53A 1GVUA 2IL2A 4Y51A 3OU1A 4YCYA 5P8OA 5P2HA 1SMEA 3L59A 2ZHUA 3UDKA 5EZXA 4Z4XA 2CEJA 1FKNA 5DR1A 2XFJA 4Y4UA 5P5KA 3OOZA 5P3NA 4Q1NA 1ZSRA 3VYDA 3UQUA 1BWAA 2UPJA 5HDZA 4NKKA 3G70A 5P7JA 1G35A 3K1WA 3IAWA 3JVWA 5P4AA 3SM1A 2Z54A 1K2CA 3KM4A 3WZ8A 3URIA 5P8NA 4H3IA 2IQGA 4LXAA 5I3YA 5P7LA 2BPWA 2EWYA 2HIZA 1Q9PA 3VEUA 1J71A 5P0BA 3DJKA 5P1WA 2IGYA 2F8GA 2ER6E 5P5XA 3OAGB 4YCTA 1LS5A 2AVSA 4Y36A 5P13A 1DMPA 5P4RA 4AZYA 1AAQA 4MC9A 4HE9A 4Y37A 5P2RA 5P4GA 5P2SA 3SA4A 2AZ9A 2QD6A 3EL5A 5OZ0A 5P5JA 3QRSA 1W6HA 4DV9A 1TW7A 3L38A 5P2FA 5P2IA 3PGIA 5P44A 1EBKC 1BV9A 1TQFA 3NYGA 4RRSA 4Y4GA 5P3YA 1K6VA 5OZEA 4CPSA 2FDEA 5P3UA 4I12A 2B8LA 5OZ9A 5OZRA 4KUPA 3EXOA 5P59A 5P8PA 3LZVA 5P6RA 2PYMA 3LPIA 3RTHA 5P1GA 2XFKA 4EQJA 4DJRA 2NNKA 1APWE 4KE1A 3OAGA 3SO9A 2WECA 5P20A 1T7JA 4OBKA 5C9BA 5P31A 3RSXA 5IE1A 1WBKA 2WF2A 4PEPA 1HVLA 2RENA 2R38A 5P80A 4BFDA 5P81A 1HVHA 5ER2E 1W5YA 3DOXA 4CPTA 1FEJC 3QRVA 5P8KA 1ODYA 4U7VA 1KJGA 2ASIA 4D8CA 3K5CA 4DJPA 3OK9A 1OEWA 3I6OA 3KN0A 3NXEA 1OEXA 3PSUA 1IDAA 1K6PA 4GIDA 4LC7A 5P63A 1TCXA 2PQZA 5OZ2A 2ZJNA 3PJ6A 5P4PA 4JOOA 2BBBA 2QAKA 3WB5A 2OHRA 2I0AA 5HDXA 2FDPA 5P67A 5P4OA 1HEFE 2O4PA 5P6DA 1C6YA 4RRNA 2HS2A 3VFAA 3R0WA 2I4VA 3NR6A 3KDCA 3D91A 5P3LA 3K5DA 5AHCA 1ZSFA 1YTJA 5P5FA 5P6WA 5I3WA 2G20A 5AH7A 2O4NA 5P6LA 3S45A 1EC2A 5P85A 5P5HA 3KMYA 5P2OA 1DW6C 5P7TA 3RTNA 4Y57A 2SAMA 3PI5A 3KFRA 3NUOA 1EBYA 4BEKA 1OHRA 1META 3SKGA 2OHLA 5P56A 5OZ6A 4J55A 3RSVA 1SBGA 4B1CA 3QBHA 1MIQA 4TVHA 2WEDA 1HWRA 2VJ7A 3OXVA 3VF7A 5P3ZA 4YD4A 1TCWA 2RMPA 3FIVA 4EHCA 5P08A 1SIVA 1ZTZA 5OZ4A 2PH6A 5P01A 2NMZA 4Y4WA 1MRXA 5P4NA 3MSKA 5DGWA 3SPKA 3SABA 3L58A 2QI3A 3GGAA 1HVKA 5P3TA 2RSPA 5P4LA 1SGZA 3PI0A 5P2TA 3QBFA 1EPNE 5OZ1A 2Q54A 5P0WA 5OZ7A 4QJ6A 1IBQA 3OHFA 3B80A 1XN3A 2A1EA 3NU3A 3IXOA 5AGZA 3SA6A 3EKYA 3TOHA 2AOIA 1GVXA 4OC6A 2F3KA 5P5SA 2PK6A 5P4ZA 4EWOA 2J9KA 3PWRA 3T7QA 5P40A 5P5CA 4OBFA 3UDQA 4MC6A 5IVRA 4B0QA 5KAOA 2WKZA 6APRE 4J1KA 3OWNA 1D4IA 4I10A 3QRMA 3S53A 2H6SA 5AHBA 3OUAA 1APTE 2AOFA 3PRSA 3EL1A 4NJSA 5P5AA 4YD5A 1QBUA 5P0KA 4R95A 1HRNA 5P1JA 5P0RA 4D85A 4Y5CA 3VLAA 2QI7A 2VIYA 2WL0A 1E5OE 1NPAA 2MIPA 3OTSA 2J9JB 2QK5A 5KOSA 1HSGA 5JG1A 3O9FA 4FM8A 5P5ZA 1LYWB 5ISKA 1KJ4A 5OZHA 3UDPA 4KB9A 5P4IA 2QHYA 3TH9A 1DP5A 5P38A 4DQGA 3K4VC 2FNTA 2P8HA 5P2KA 2Q55A 5OZJA 1FMBA 5P3AA 4J1IA 4RLDA 3OU4A 2BPVA 3KMXA 3WB4A 1FF0C 4J5JA 5P5QA 2QI0A 4DPIA 4I0ZA 2Q64A 4I8ZA 1MT8A 4RVJA 2R9BA 4DJWA 5BS4A 4DQFA 1T7IA 4EPJA 4Y3MA 5P71A 3EKXA 2B7ZA 3Q3TA 4J54A 3U6AA 1C70A 4CP7A 5P8GA 3KDDA 4OBHA 2VIJA 1RQ9A 1T3RA 4FSEA 9HVPA 3QAAA 3NSHA 4J17A 5KQYA 2PSGA 5P78A 3S2OA 3SM2A 4Y3EA 1Z1RA 4Q1XA 4Y47A 1B6MA 3O9LA 5P03A 2WEZA 5P24A 3UHLA 5P8DA 4EJLA 5OZYA 1ODWA 5P6HA 5OYWA 1FQ6A 5P49A 3OY4A 4DQCA 2VA6A 5I3XA 3L5DA 3LIVA 1B5FB 8HVPA 1LF2A 5P0TA 3BGCA 3KYRA 1GVVA 2JJIA 3OQKA 5P2EA 1B6KA 4Y5MA 1EBZA 2APRA 2FXEA 4FAEA 4Y4ZA 1B6JA 3NU9A 4XKXA 4Y48A 3HW1A 2R8NA 2AOHA 5P5OA 4I0IA 5P7CA 4NPTA 5P3GA 4EQ0A 4ZIPA 2F3FA 4DJYA 1UPJA 4GMIA 4J0ZA 3S8IA 4Y4DA 2P3BB 5P10A 4RVXA 1EPLE 4OBZB 4I0JA 4DUSA 1B11A 1YT9A 5P3BA 5KQXA 1NPWA 1XS7D 2NR6A 4A6CA 5P8QA 4H1EA 2G1NA 3TPPA 3HAUA 4Y3SA 1QS8A 2ZJHA 4WY1A 3NWXA 5P0SA 1HIIA 2QZKA 4DJXA 5P19A 1AIDA 3SA3A 4TVGA 3H5BA 4YDFA 2NXMA 5P5DA 4OBJA 3IA9A 1B5FA 4YD7A 2AZ8A 1GNMA 5P65A 3BRAA 1W51A 4TRYA 2ZJIA 5P4DA 5OZLA 4DJVA 4L1AB 5DQ2A 5P1YA 3FSMA 1SMRA 5P5VA 3APPA 5F01A 5P1KA 2G27A 5P47A 3CKPA 1EC0A 4F73A 4GJCA 1HTEA 3IXJA 3ER3E 4Y3NA 3SKFA 5P0NA 2G1RA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QMP A;  2R3T A;  1YX9 A;  5P72 A;  1HTG A;  4J0T A;  4Q1W A;  1ODX A;  5OYX A;  2AZB A;  5FIV A;  5P37 A;  2G24 A;  2G26 A;  5KOQ A;  1DIF A;  2UY0 A;  5HTZ A;  4Y3X A;  3L3A A;  3PWW A;  2ZJJ A;  4Y3Y A;  1K1T A;  3ZKX A;  5ENM A;  5P4U A;  1RNE A;  1XE5 A;  4S1G A;  1LYA A;  1MER A;  5UPJ A;  4DQE A;  3S43 A;  1HSH A;  1GNN A;  2QHC A;  2HM1 A;  3O9C A;  1MUI A;  5P7M A;  1HHP A;  3O9G A;  5DQ4 A;  4F76 A;  3OXX A;  2AOE A;  2UXZ A;  3OU3 A;  1RV7 A;  1FQ4 A;  3D1Y A;  3HAW A;  3QVI A;  4A4Q A;  4Y3Z A;  1MEU A;  4Y6M A;  3EM6 A;  5P1Z A;  5IS4 A;  1YM4 A;  4YE3 A;  3MXD A;  1HVS A;  2VA5 A;  2G22 A;  2QU2 A;  4YHQ A;  4M8Y A;  4ACU A;  2OHN A;  4ER2 E;  4M8X A;  3R4B A;  1BAI A;  3PMU A;  5OZD A;  5P1X A;  5ISJ A;  1M4H A;  3U71 A;  5JFU A;  4YCK A;  5OZF A;  3VF5 A;  5OYR A;  4Y5L A;  4RRO A;  2ER9 E;  3WSJ A;  5P8M A;  3UF3 A;  1NPV A;  2F81 A;  3DM6 A;  3DUY A;  4Y3P A;  1PPL E;  4K4R A;  1LYB A;  5P6A A;  5ER1 E;  5P41 A;  3FV3 A;  5P1Q A;  2ZHS A;  4LXM A;  1A9M A;  4Y5E A;  3BGB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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