3OQ7A

Crystal structures of multidrug-resistant clinical isolate 769 hiv-1 protease variants
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title Contribution of the 80s loop of HIV-1 protease to the multidrug-resistance mechanism: crystallographic study of MDR769 HIV-1 protease variants.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3oq7A00
3BHEA 2AIDA 2QMFA 3CMSA 3ZPSA 2ZJLA 3BRAA 4FCOA 5DQCA 1T3RA 1EC2A 2HS2A 2IL2A 3K4VA 3BXRA 3ZKNA 3OWNA 3DV5A 2ZGAA 3TOFA 1RNEA 5P4MA 5P7ZA 4KE1A 5OZCA 5P6BA 3SO9A 1QBUA 3NU4A 1BDRA 1W6IA 2Z54A 3NYGA 5P4OA 3SA8A 3NSHA 3NU6A 4APEA 2AODA 5SY2A 4COEA 5P5VA 5P8KA 4K4QA 3TPRA 5P1YA 3NLSA 1G35A 4Y36A 3DUYA 5KQYA 3L5DA 1Z8CA 4XKXA 5P75A 4DJOA 5P2UA 1ODYA 5P1DA 3QBFA 3ZMGA 5P7WA 2FMBA 3MSJA 5P7PA 2V16C 5P07A 2AZ9A 1GVVA 1YTJA 1J71A 4EP3A 3MXDA 5P17A 4M8YA 5P1IA 1HTRB 2FDEA 3EM3A 4NJSA 1EBKC 4RROA 4A6CA 4B1DA 4DI2A 3ZKXA 1BVEA 4PHVA 2P3CA 5P8PA 5P6UA 4J1IA 5DQ1A 5P1OA 2HS1A 4GJ9A 5DGWA 5ER2E 1FB7A 2NXMA 5OZLA 5P8OA 3UDHA 4J0TA 2NXDA 4R8YA 1FG6C 3AIDA 3K5GA 1FQ7A 3FNSA 1BXOA 3U71A 3SLZA 4AZYA 5FIVA 4RCDA 2QI1A 4Y5GA 5P0ZA 3CKRA 2O40A 5P5KA 6FIVA 1BIMA 2R5QA 3QP0A 4Y5MA 5P0DA 4GJ5A 3GI5A 4RVXA 3R1GB 5P5HA 4APRE 1PFZA 1EPNE 7UPJA 3DV1A 5P1EA 3AUPA 5DR7A 5HVPA 5IS4A 4A4QA 5P8AA 4Y44A 3EL5A 4R95A 2AVOA 2ZHUA 3NDWA 1MUIA 5HDZA 2B7FA 5P6LA 1HPSA 2VIJA 3PSGA 2QHCA 3UCBA 5P5DA 2BB9A 3PBZA 4EPJA 3KT5A 3TLHA 2FGUA 2JJJA 5OZZA 1HBVA 3SA6A 5P2XA 2Q55A 5P0KA 4D89A 3IGBA 3Q5HA 2ANLA 3VG1A 3HW1A 5P6NA 1CMSA 5P4CA 3ZKQA 2Q15A 3S45A 4I0DA 2NTRA 4I0GA 4H3JA 1WBKA 3HBOA 2IKUA 2G1SA 4LXKA 5I3VA 4Y3WA 5P3DA 3OHHA 4ZIPA 1MT8A 2F3EA 4RCFA 3UQUA 5P11A 4FRKA 4Y4ZA 5HDVA 5P05A 5P64A 3O9LA 3OOZA 2ER7E 1LYWA 1C6YA 3F9QA 5OZXA 4Y5BA 4QJ2A 3MSKA 5P78A 1SGUA 4Q1WA 3SA3A 1MRXA 4EP2A 1K6TA 2ER0E 3TPPA 5P1ZA 1E81E 5P20A 2AOEA 4ZE6A 5P52A 3KFNA 1FMBA 2EWYA 4OC6A 4QGIA 4QJ6A 2AOIA 3EL4A 5IVTA 5P6IA 2AOFA 2QD8A 4J1KA 4JPCA 3UDJA 5P68A 5P7CA 1B6KA 5P4KA 3PI0A 5P6ZA 3OQAA 3U7SA 1ODWA 5P2VA 5DR3A 1QBRA 2MIPA 5P2TA 3VSXA 1EPLE 3Q6YA 4R5NA 5P7AA 1AVFA 4J1EA 1K6PA 4KE0A 5P4EA 5P70A 1XN2A 3L5EA 4HDPA 3ZKSA 2AZCA 5JODA 3KF0A 4RRSA 5P72A 3L38A 1N49A 2H6TA 4QJAA 3GI0A 2P3BB 1TCXA 3OU1B 1TSQA 4DQCA 5P73A 5P6FA 5P61A 4B00A 3DM6A 1HIVA 5OZPA 3OU4A 2XFKA 4ZSRA 1FKNA 3I25A 5P4BA 3IXOA 2F3KA 5P8BA 2AOCA 1A30A 5P0LA 4YBFA 3QIHA 5P4VA 3S56A 5P4YA 3APRE 3GGAA 4MC1A 2I0AA 4YOBA 3T3CA 5P2MA 5KR8A 2ZJHA 4GMIA 1HVLA 4Y38A 5P8IA 4Y3GA 3ZPUA 5OZ4A 3VYEA 3EMYA 1KJGA 3SQFA 5P24A 2QMDA 5P1SA 2Q63A 2ZYEA 2PK5A 2APRA 5OYRA 1SGZA 2I1AA 3FV3A 4F76A 5P4SA 1LF2A 4U7VA 2FXDA 2AVVA 2Z4OA 1XS7D 1HHPA 1FEJC 5KAOA 4H3GA 2IKOA 3SKGA 5AH9A 3O9GA 4YD6A 3PLDA 1SDVA 4GJ6A 4CPRA 2WKZA 1UPJA 5P2WA 5P1UA 5DPZA 1FIVA 5P1JA 3ZOVA 5P6KA 3INEA 4U8WA 4WY1A 4GZFA 4Y4AA 4ACUA 1HSHA 1BDQA 5P57A 5P0NA 2NR6A 2P8HA 5P5FA 1BILA 4AUCA 2VJ6A 2ZJIA 5P42A 1BXQA 4I1CA 3OAGA 5P56A 4B1CA 4ER2E 5P09A 5P4AA 3OUDA 1LV1A 2I4XA 1T7JA 4PEPA 5OZVA 4J0PA 3FIVA 4BFDA 5OYWA 5AHBA 4Y3NA 3Q3TA 2FDDA 2R8NA 4RYGA 1HVSA 1PPME 3HAWA 3OXVA 1ZLFA 2G24A 4Y4XA 4NKKA 5P5PA 5P0RA 5P0WA 2Q5KA 4Y5KA 2BKTA 4RLDA 3UQWA 1DIFA 1HPXA 1SMRA 3OXCA 5P3UA 1D4YA 5P7XA 4FIVA 1FMXA 3L5CA 3TOGA 1ZPKA 1EC3A 2BJUA 4Y54A 3QI1A 3ZKGA 5P85A 4D85A 3EM6A 1SBGA 1NH0A 1HVCA 4DH6A 1QS8A 1EPQE 4H3IA 5OZ7A 4Z2ZA 5P87A 5P6YA 2HAHA 1SH9A 5P0TA 6UPJA 5P06A 3QPJA 5P0XA 5OZKA 3IXJA 2QNQA 3PWRA 4DQHA 2HB4A 5HD0A 2WF1A 5P35A 4Y4WA 5KR1A 4YOAA 5IVQA 4DJRA 1W5VA 5P3SA 3PSUA 5P3AA 2QI3A 1HTGA 3PB5A 5P30A 1YM2A 5P0AA 2FIVA 2IENA 4LXMA 5P6OA 3PEPA 2XFJA 3QRMA 1LYBB 5P6VA 4L7GA 4DPFA 1W50A 1YTGA 5DR0A 1B6LA 2AZ8A 5P4RA 4ZEAA 4GB2A 2UY0A 5P3PA 5SXNA 2OHKA 1FG8C 5P1KA 4I11A 2IEOA 5P0OA 5P25A 1RL8A 5P7RA 4YHQA 5P1PA 1QBTA 2PK6A 5P82A 5OZAA 4HE9A 3VFBA 2PSVA 3VEUA 1YX9A 4RCEA 2OHLA 2BPWA 2O4SA 2I4VA 1FFFC 3KDBA 3ZKMA 1C70A 3OXWA 5HCOA 3VCMA 1WBMA 3QBHA 5OZOA 4I0JA 5OZHA 1HPOA 2Q3KA 2R3WA 2P3DA 4Y3TA 2F81A 3KMXA 1META 1JLDA 1HEFE 2NXLA 3VLAA 3GW5A 1T7KA 3I6OA 5P4TA 2QP8A 5P32A 4J55A 3CIBA 5AH7A 5P36A 5P4HA 4L7HA 3HZCA 5P1XA 2VJ7A 1MSNA 4ZSQA 1B5FA 1MVPA 1KJFA 3URJA 5P7GA 1G6LA 3PCZA 5P8VA 5OZ0A 5P2YA 5JG1A 1XE6A 2QZXA 5P2RA 1GVWA 4B78A 1HVRA 5P67A 5P8JA 2PWCA 3KDCA 1IZHA 1AXAA 5P63A 1EBZA 5P2DA 1TW7A 5P2GA 6APRE 2VS2A 4HEGA 5T4SA 4JOOA 3APPA 5OZFA 5P60A 1MT7A 2J9KA 5P22A 3NR6A 4I10A 3QRVA 5P3GA 5P1TA 3LIVA 2R3TA 1W6HA 1APVE 3C9XA 3LNKA 4CPQA 3PMYA 5P55A 4XX3A 3NUOA 4S1GA 3HLOA 3GGUA 2QMPA 1E82E 3S43B 4Y3JA 5P0BA 3L58A 3LITA 5P3FA 4RZ1A 4DQFA 2SAMA 1KJ4A 5P7FA 3PCWA 3I8WA 3G70A 1EPOE 5AHCA 1ODXA 5ISKA 3UDRA 5BWYA 4OBZB 5P8LA 4DJXA 2R5PA 4H3FA 5P1MA 5P46A 5COKA 5KQXA 2QI7A 4DQGA 3MWSA 3URLA 3UQXA 1GNMA 1EEDP 1MTBA 2PYNA 3NWQA 5P79A 2PSGA 1LZQA 5P1QA 3G6ZA 3NXEA 3LZVA 1FQXA 4RYCA 5P4LA 3UTLA 1IZEA 3JW2A 3PHVA 2I4QA 2OHPA 2VNMA 3H5BA 5C9BA 3LPIA 4K4RA 5P5GA 4YCKA 4Y3SA 4OBKA 1PSNA 3UQPA 3KT2A 5OZWA 5P4DA 5DGUA 1RQ9A 4DJPA 3T7QA 1OD1A 4Y3FA 1HXBA 5P40A 5P6GA 3RTNA 3LIXA 3HDKA 2HM1A 4Y3AA 5OZ2A 3SABA 1D4KA 2VA7A 2WF0A 3OQFA 3INFA 5OZRA 5P65A 3OUAA 1EC0A 4Y4EA 5P29A 4UPJA 4CPXA 3B80A 3M9FA 1K1UA 1EPRE 1UH7A 3GGXA 2CENA 2ZE1A 3N3IA 5P83A 4TVGA 1PROA 1D4SA 2WEDA 2G1YA 3ER5E 5KR0A 3WSJA 1APUE 5P51A 5P3TA 5P5XA 2QCIA 1MT9A 3O99A 3MXEA 1DMPA 1KJHA 5P8RA 4FSEA 3VV8A 1A8GA 1G2KA 1Q9PA 4FGXA 3SPKA 1U8GA 1B6MA 5P0JA 4Q1NA 3WB4A 2Q54A 3NU3A 2I4UA 1A9MA 2ZJJA 1Z1RA 2G1NA 3BGCA 1AAQA 3VV7A 3GI4A 3ST5A 3S8IA 5P66A 5P74A 5P8HA 4I12A 5I70A 3IAWA 3OOTA 5OYTA 3L59A 4ZLSA 2FS4A 4FLGA 5HE5A 5C9FA 2OHNA 2OHRA 4BFBA 1GVUA 4J1FA 3OTYA 5P5EA 1K2CA 2QNNA 1EC1A 3QN8A 8HVPA 3GGVA 1SP5A 3GI6A 1SMEA 2V11C 3OU1A 3ZLQA 3BVAA 4K9HA 1AJVA 3PMUA 1FQ8A 5P2EA 2A4FA 4EJKA 1BBSA 4Y43A 5P3WA 3OTSA 1ZP8A 4X7IA 5BS4A 5ISJA 1FFIC 3N4LA 4NJUA 5P1RA 5SZ9A 5P5MA 3VSWA 3NDUA 2AOGA 2WEBA 3BXSA 3IXKA 1OEXA 1KJ7A 5P84A 5P2ZA 3EM4A 5P04A 1DP5A 5P2SA 1GNOA 5P1VA 5P5IA 5OZEA 5P43A 5P8UA 3UDYA 2P4JA 2VJ9A 3IVHA 3SA9A 5P2LA 2OHQA 4FRJA 1XN3A 4Y3LA 4K4PA 3G72A 4OBHA 1K6CA 2F80A 4PZXA 4Y37A 2PSUA 3SA7A 2JYSA 1YG9A 5DR4A 5P7MA 1LYWB 3ER3E 5P89A 5P7VA 2J9JB 2OHUA 3CICA 2V12C 5P6QA 5PEPA 2IS0A 4RRNA 5P7NA 1UH8A 4DJYA 4DJUA 1IZIA 5P5YA 1APTE 4Y5EA 3RVIA 1M43A 2G1RA 5ENMA 1ZSRA 5HDUA 4EQJA 5P34A 4Z22A 3SM1A 5HCTA 1HXWA 3TKGA 5P0VA 1APWE 4L7JA 4L1AB 2O4PA 4RVIA 5OZQA 3OUBA 5P2KA 2WL0A 2RKGA 1RV7A 1HEGE 3PBDA 1CZIE 3MSLA 5COPA 2P83A 5P5JA 2QNPA 5AH8A 1IVQA 4EJDA 2WEAA 1BWAA 5P77A 2G26A 4YD4A 5OZGA 4J1CA 2VA6A 4Y9WA 3PI5A 1HRNA 4EHCA 4Y3PA 3EL9A 5ER1E 2O4LA 5P3VA 3T6IA 5P2CA 5P4IA 5P1CA 3OQKA 3CKPA 3R2FA 5AHAA 5HU1A 1LYAB 3PVKA 4CPSA 5P5NA 5KOSA 1LF4A 2I0DA 4EJLA 2B8LA 1ENTE 2JE4A 5P59A 1MESA 1AM5A 5P81A 4FS4A 3RSVA 2WJOA 1HTEA 2QMGA 2JJIA 2BBBA 3UFNA 1SIVA 3KFRA 3O9EA 2VIYA 3SM2A 1ER8E 4AMTA 1QBSA 3EKYA 4LC7A 3Q70A 1YTIA 2NMYA 3D1XA 4ZSPA 2ZJNA 5P3EA 3FSMA 1BVGA 1MEUA 5P7DA 1TSUA 4FAEA 5P8DA 5OZDA 5P4FA 4J0YA 1T7IA 3VF3A 5P7KA 3LZSA 5P0QA 3EL0A 5P4ZA 1B11A 1EBWA 2QZWA 3O9BA 3HVPA 5BRYA 4R91A 2QHYA 2XFIA 5P5CA 4I0EA 1F7AA 5HTZA 4FRIA 5OZIA 2FNTA 2QAKA 5P5ZA 5P5AA 4YA8A 2QI6A 1LYBA 5CLMA 1WKRA 4OD9A 5P5WA 5P58A 5P6TA 3UDQA 3HAUA 4HDBA 5I3XA 3BUFA 5P02A 3INDA 2NNKA 1HVJA 3OUDB 2CEMA 5P6DA 5P7BA 4YD3A 2IRZA 4Y58A 9HVPA 1BV7A 3PM4A 1T6GA 5P6AA 5P10A 3TKWA 1DPJA 4CMSA 5P8MA 5P5OA 5P7OA 2I4WA 5P3HA 5P5BA 3T7PA 1D4LA 4Y57A 4ZSMA 3KFSA 4BELA 5P8CA 3LZYA 4DQBA 4NJVA 4Y47A 1FLHA 4J54A 5UPJA 1XDHA 5P2NA 4DJWA 2IQGA 3KYRA 2FNSA 2CEJA 5F01A 3UPJA 3S7MA 3S85A 5OZTA 4LHHA 4CPUA 5DQ5A 2QI4A 2R9BA 5P48A 5P62A 2B42A 4X2LA 3O9CA 4GYEA 5P0MA 3WZ7A 1C6XA 5P7IA 2OHMA 3JVWA 4N00A 1HIIA 5P0SA 3CYXA 5P5LA 5P7EA 4CPTA 5P3OA 5OZ1A 2HIZA 1HWRA 5P5QA 2V13A 5P47A 5P16A 3OY4A 5P2FA 3RSXA 5P0CA 5OYXA 4I8ZA 4GJ8A 1M0BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3BHE A;  2AID A;  2QMF A;  3CMS A;  3ZPS A;  2ZJL A;  3BRA A;  4FCO A;  5DQC A;  1T3R A;  1EC2 A;  2HS2 A;  2IL2 A;  3K4V A;  3BXR A;  3ZKN A;  3OWN A;  3DV5 A;  2ZGA A;  3TOF A;  1RNE A;  5P4M A;  5P7Z A;  4KE1 A;  5OZC A;  5P6B A;  3SO9 A;  1QBU A;  3NU4 A;  1BDR A;  1W6I A;  2Z54 A;  3NYG A;  5P4O A;  3SA8 A;  3NSH A;  3NU6 A;  4APE A;  2AOD A;  5SY2 A;  4COE A;  5P5V A;  5P8K A;  4K4Q A;  3TPR A;  5P1Y A;  3NLS A;  1G35 A;  4Y36 A;  3DUY A;  5KQY A;  3L5D A;  1Z8C A;  4XKX A;  5P75 A;  4DJO A;  5P2U A;  1ODY A;  5P1D A;  3QBF A;  3ZMG A;  5P7W A;  2FMB A;  3MSJ A;  5P7P A;  2V16 C;  5P07 A;  2AZ9 A;  1GVV A;  1YTJ A;  1J71 A;  4EP3 A;  3MXD A;  5P17 A;  4M8Y A;  5P1I A;  1HTR B;  2FDE A;  3EM3 A;  4NJS A;  1EBK C;  4RRO A;  4A6C A;  4B1D A;  4DI2 A;  3ZKX A;  1BVE A;  4PHV A;  2P3C A;  5P8P A;  5P6U A;  4J1I A;  5DQ1 A;  5P1O A;  2HS1 A;  4GJ9 A;  5DGW A;  5ER2 E;  1FB7 A;  2NXM A;  5OZL A;  5P8O A;  3UDH A;  4J0T A;  2NXD A;  4R8Y A;  1FG6 C;  3AID A;  3K5G A;  1FQ7 A;  3FNS A;  1BXO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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