3OQAA

Crystal structures of multidrug-resistant clinical isolate 769 hiv-1 protease variants
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPSNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title Contribution of the 80s loop of HIV-1 protease to the multidrug-resistance mechanism: crystallographic study of MDR769 HIV-1 protease variants.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3oqaA00
3PRSA 5P59A 3ZOVA 3PLLA 4D89A 1IZHA 3PBDA 4DQCA 3TOFA 4RRNA 1WBKA 3OADA 1KJHA 2WF0A 3KFRA 5OZCA 1ZPAA 3A2OA 1MVPA 5P62A 5P1IA 5P0WA 5OZ6A 2NNKA 1DIFA 1AVFA 3UFLA 4E43A 1LYWA 3NU9A 5OZQA 5P5WA 3EL5A 4I0DA 1EBZA 5P0YA 3SACA 5P84A 4NPUA 4DQBA 1QS8A 3DV5A 5AH7A 5P3HA 3PBZA 3VV7A 5P6RA 2A1EA 4WY6A 1EPOE 5SXNA 3DK1A 2P83A 5P1TA 2OHKA 5OYWA 4OD9A 3SM1A 4Y35A 3PCZA 2JYSA 4GJ8A 4LXAA 5P1RA 1MTRA 4APRE 1MRXA 5P1SA 1NPWA 3N3IA 4YCKA 2VJ6A 3UDRA 2G26A 3DOXA 3SKGA 2F81A 2BPYA 3LIXA 2Q3KA 5KQXA 5P2WA 4Y3EA 2R3TA 5P4BA 2AVVA 5P1KA 2ZHUA 1QRPE 5P3EA 1GNMA 3JVWA 4K4PA 5P7IA 4Z4XA 3SQFA 2ZHRA 2F3FA 4Y5MA 5P65A 3I2LA 2QK5A 3VLAA 5HVPA 3NDUA 5P45A 1ZTZA 3EM3A 4H3FA 4MC6A 4YCTA 4FCOA 4ZPGA 1G35A 5SY2A 4A4QA 5P76A 4YCYA 5P3NA 1EAGA 2G21A 1XE6A 4FE6A 5P1YA 4PZXA 5P5ZA 3WZ8A 4JPCA 3PWMA 1LYBB 3UDJA 1RPIA 1TZSA 4KUPA 1C6ZA 3IN4A 4Y4JA 5OYZA 2B7FA 5P7AA 4K4RA 2XYFA 1JLDA 5P2XA 4Y3WA 2WEZA 5P8AA 3UDQA 5P4LA 4I0HA 7HVPA 3MWSA 2P8HA 4F76A 1GVTA 5P48A 1ODXA 5P4GA 5P68A 3QI1A 1ODWA 2QZXA 3HW1A 5P8DA 4AMTA 4I0JA 4DJYA 1IDBA 5P7BA 5OZ7A 3L38A 1HIVA 4EJLA 3K5CA 5P7PA 3UDMA 2HB4A 2G1NA 3R1GB 3PM4A 5P8FA 3ZPUA 3MXDA 2PK5A 5OZRA 5P6PA 2ER0E 1MRWA 2V12C 4M8YA 4EJ8A 1MUIA 5P1OA 5HDUA 3OQAA 2AZBA 1SDUA 4OC6B 3VFAA 5P1GA 2BB9A 2AOIA 2NR6A 2HC0A 4EQ0A 5P4YA 3OQFA 2PWRA 3MSKA 4HZTA 3O9AA 4YOAA 4I0IA 4Y4AA 5P25A 7UPJA 2B8VA 3APPA 1T7KA 2PH6A 4EYRA 2A4FA 3GGUA 4TRZA 3BGBA 1TCXA 5OZTA 3HZCA 3EKWA 4Y3FA 3OADB 3OHFA 4FAEA 4DJVA 3LIVA 5P0PA 1VIJA 5P4XA 3IN3A 3LIQA 3VSXA 2BPWA 5P8CA 2F8GA 3WZ7A 1ZLFA 3K5FA 3TH9A 3QN8A 5EZXA 5P81A 1LYWB 2HPEA 3PWRA 3M9FA 4F73A 5OZEA 4Y5CA 5P31A 2V00A 5P1ZA 2JJJA 5P09A 4ZSRA 1FF0C 5P5LA 5P23A 5P0JA 4OD9B 1KZKA 1SIVA 1FEJC 5P39A 5UPJA 3NUOA 2AOHA 2ASIA 3INFA 2V11C 5P0MA 4WY1A 3K5GA 3CKRA 2HS2A 2V10C 5P8RA 3KT5A 2RKFA 3DUYA 4ZE6A 5AH6A 1FLHA 3DM6A 3QRVA 3TNEA 2P3BA 4GJDA 2CEMA 4Y3RA 3OQDA 5IVRA 1HIIA 3ZKSA 2PK6A 5P1UA 1FMBA 5OZSA 5P4SA 4L7JA 3O9HA 2RENA 5CLMA 9HVPA 3BVBA 1GVXA 4J17A 4R5NA 4PHVA 5P5KA 3WB4A 2VKMA 5P2AA 1M4HA 3OXVA 2ER6E 1W5XA 4I0GA 5P57A 1OEWA 2FNSA 1FQ6A 3T6IA 5P5YA 1MESA 2VNMA 2H6SA 4I1CA 2O4LA 3OHHA 1FQ5A 2OHSA 4B70A 3OU3A 4J0PA 5OYSA 5P08A 4DJPA 1FKNA 1ZAPA 1FFIC 5P6CA 5P2SA 1TSQA 5DQCA 1FMXA 2QNPA 1B11A 5P86A 4D85A 2IKOA 3ZKNA 4Y4XA 2P3AA 5P7ZA 4Q1WA 5P6BA 3B7VA 3O9IA 3VYDA 4ZLSA 4Y53A 5KOQA 2WHHA 4HDFA 3OU1A 4QJ8A 1W6HA 3KMYA 1HPSA 4Y3GA 2RSPA 5OYYA 4YD5A 3PI0A 4LP9A 4HDBA 1CMSA 4AZYA 5T4SA 2WF2A 5P7QA 3RVIA 5P8UA 4Y3SA 5HCOA 3UPJA 5P3PA 5P0XA 5P8LA 3IXJA 3VUCA 2AZ8A 5P2JA 1BV9A 2ZHSA 4D8CA 5DPZA 5SY3A 3H0BA 5P28A 5J25A 3RTMA 1BIMA 5P8SA 2QAKA 3S43A 4DH6A 4JPEA 2WKZA 4XXSA 2WEDA 3D20A 3ZKXA 4YBFA 1BAIA 4ACUA 5JODA 4H3JA 3UFNA 3OWNA 4LHHA 3WSJA 5P8HA 4RVJA 5P4DA 4TVHA 3VF7A 5P01A 4Y3LA 4R95A 2NMZA 4I10A 4YD6A 4NJVA 4DQEA 2CENA 3LINA 3LPIA 3S85A 3NXEA 4FRSA 4M8XA 5I3XA 1YTGA 4ER1E 5P5BA 5P56A 2R38A 5JFPA 4RVXA 5P89A 5P5HA 4LL3A 4OBHA 5P3IA 4DQHA 4Y36A 2XFIA 4DPIA 1C6YA 5P72A 5P4ZA 4Y3ZA 3QP0A 5P3KA 5OZZA 3CYXA 5P5FA 1FQ7A 2QMDA 3KT2A 1YTJA 3ZPSA 2IEOA 2ZE1A 3HD8A 3TPJA 4FM7A 5APRE 1FG6C 4FM8A 4AA9A 3SA7A 3GW5A 3C9XA 2O40A 2IGYA 3LZVA 2VIJA 1YX9A 1NPAA 4EJKA 3ST5A 1W5WA 4GYEA 4Y56A 6UPJA 3NUJA 3SA6A 4KE0A 3O9BA 1EPME 4Z2ZA 5P1LA 3BRAA 5P3MA 5KAOA 4FRJA 3GI0A 4Y3AA 5P78A 1IZDA 5OZGA 2OHUA 4AA8A 5P8MA 3S8IA 4QJ2A 3L5EA 1BXQA 1MSNA 5P52A 3INEA 4DJOA 1HVRA 4B00A 2QI7A 3K5DA 5P5XA 4Y3MA 1PPKE 5P3JA 3BUHA 2B60A 5P1JA 3K4VA 5IS4A 2BKTA 4ER2E 5P0IA 4Y37A 3UQRA 3LPJA 5P6NA 2PH8A 3FKTA 4Y4EA 3PWWA 2FDEA 3EKTA 5P8KA 1HOSA 5P0HA 1AJVA 1QDMA 3NDTA 4A6BA 1XS7D 3NDWA 4Y4GA 5OZLA 3O9LA 1HTEA 4J1HA 3OU1B 5OZAA 3EKXA 1MPPA 2AODA 2NXLA 5P3FA 2R43A 5P22A 4U7QA 2HIZA 2VIYA 5DR7A 1XE5A 4Y3XA 5P7DA 2OHLA 4DVFA 4CMSA 2ZJKA 2AIDA 1SBGA 3NDXA 5P3LA 5I3YA 4J1FA 1ZBGA 4B1DA 1CPIA 3VV8A 3HAWA 1GNNA 4Y3QA 5DR8A 3GGAA 4N00A 3I8WA 4CPSA 2FXEA 5P6LA 3QRMA 2I1AA 3S7MA 1Z8CA 3ER5E 1APTE 5P43A 3SLZA 3S43B 5P4CA 2PSUA 5HE5A 2I0AA 3LZUA 2OHNA 5P8PA 5P6VA 4PZWA 3ECGA 4Y4ZA 4Y5KA 2AOGA 3S45A 1F34A 3SPKA 4K8SA 5P0TA 4QJ7A 5P2NA 2B7ZA 3QAAA 1NSOA 1W5YA 4J0TA 4LAPA 1HEFE 5DGUA 3ZPTA 5AGZA 5P2FA 2ZGAA 3VSWA 1MTBA 5P5JA 1XL2A 2QHYA 2AOJA 4UPJA 5P2BA 3RTNA 5P2TA 4Y4BA 5P51A 1RV7A 4Y4UA 3VF3A 2G1OA 1A8KA 5OZOA 1ZPKA 5OZDA 2QD7A 5P4OA 3U7SA 1APUE 5P5DA 2QZKA 1HVHA 3ZKIA 5P66A 5P58A 3S54A 4Y44A 2G69A 2I4XA 4ZPFA 3R4BA 3KM4A 4U7VA 2WJOA 2VIZA 3PMYA 1D4SA 5DQ1A 4DPFA 4GB2A 5P8VA 4J1EA 5P34A 4CKUA 3ZLQA 4TRYA 3ZKQA 5DQ2A 2MIPA 1LF3A 3MXEA 2QU3A 4YA8A 3S2OA 1SP5A 2BPXA 2FNTA 3D1XA 5P1FA 1HVLA 5P4MA 2HPFA 1FQ4A 1UH9A 5P1BA 4DJWA 3LNKA 3NSHA 1LYAA 4K4QA 5P3XA 1D4HA 3EL1A 3RU1A 2WF1A 2NXMA 4Y43A 2PYNA 1T7IA 5P2QA 4PEPA 2FDPA 3DCKA 4RCEA 3OUAA 1LF4A 1BDQA 1QBSA 2R3WA 5P3YA 3OAGA 3PB5A 3UDYA 1LS5A 1BDRA 4Y9WA 5DR3A 2BPZA 1FGCC 3B80A 1HPXA 3NU5A 5P3GA 1KJGA 2BPVA 1ER8E 5I3VA 5P00A 5OZ1A 1HRNA 2AVOA 3QIHA 4DJUA 1NPVA 2QI1A 5P41A 5P2KA 3T11A 1PSAA 5P0CA 5P50A 4FRKA 2WEBA 3Q3TA 2NPHA 5P6AA 1VIKA 2QU2A 2VJ9A 3O9LB 4ER4E 5P33A 1OEXA 2AQUA 3S7LA 1T3RA 3BVAA 3VG1A 5ISKA 4H3IA 3O99A 4BFBA 4Y45A 3Q5HA 3H5BA 2RMPA 4R91A 5P4QA 5TOLA 3FNSA 4YHQA 5HU0A 4J0YA 5COPA 2R5QA 5EZZA 3KDCA 2OHQA 5KR2A 3DJKA 4LBTA 5P5MA 2VA6A 5P7MA 1RL8A 1XL5A 5P30A 1IZIA 1PFZA 4HLAA 3ZKGA 3UQWA 4EXHA 3IAWA 4J55A 5OZ9A 5P1AA 5DR1A 2V13A 1A94A 4J54A 4APEA 1IVQA 5OZ0A 1IDAA 2HS1A 4Z22A 3EM6A 5P8IA 3T7QA 1CZIE 5F01A 4GJ5A 5IVQA 3IXOA 2F3EA 1GNOA 3VLBA 3EL4A 5P3SA 5P7TA 3ER3E 5P5PA 4EQJA 2FDDA 2IGXA 4RVIA 5OZHA 5P6QA 3U6AA 5P3CA 5P7RA 4TRWA 3PVKA 2HB3A 5P27A 2VS2A 2IENA 4ACXA 5OZ3A 2F3KA 1XN2A 3URLA 3FIVA 3MSLA 5P17A 1HXBA 3NWXA 3PJ6A 2AZ9A 1HSGA 1SMRA 3K1WA 5P3VA 5ISJA 4Q1XA 4PYVA 4Y57A 3OY4A 3QPJA 2P4JA 3ZL7A 5P14A 2R5PA 3ZKMA 2NNPA 5P05A 3G72A 4YDGA 2XYEA 5P4JA 5P6HA 1DPJA 5P60A 4CPQA 4GJ9A 1AJXA 1FQXA 1LYAB 3UDNA 5KOSA 1MIQA 5HE7A 3BC4A 5P79A 2G20A 5P6TA 3VF5A 4GMIA 1G0VA 3QROA 1E82E 4J0ZA 4X7IA 3OXWA 4MC9A 3BGCA 2AVSA 3IXKA 3EC0A 1D4IA 1W51A 4Q5MA 5P6GA 2QMFA 1SGUA 1HXWA 3OAGB 3LHGA 4F75A 4JECA 5PEPA 4R93A 1HEGE 3GI5A 4EP3A 5P1DA 3L58A 4B1EA 5DQ4A 2QMPA 5AHAA 5OZXA 4I8WA 3R0YA 5P1VA 3UTLA 5P7LA 5COOA 5P11A 1EEDP 5P5EA 2G27A 3JVYA 2WF3A 4CPXA 3OU4A 1KJ7A 4ZIPA 5P3WA 2V16C 3R2FA 3CIDA 1C6XA 3SA8A 5P5UA 5P2EA 1HHPA 4Y5NA 3UQPA 5OZ8A 3EKYA 2PQZA 5P2MA 4FM6A 3UDHA 3HDKA 4I0EA 5P5IA 5P4RA 3QBFA 1EC1A 3MSJA 2P3DA 3OQ7A 1J71A 2QMGA 5P24A 2QZLA 2PMAA 5P40A 1AIDA 3IA9A 1K6VA 5DR0A 2G22A 2G1YA 5P6SA 4D88A 2R8NA 3URIA 3EKPA 5P5AA 5P4AA 5P6YA 5P4WA 3PSYA 3INHA 2APRA 4LXMA 3G70A 5OZFA 5P7JA 2Q55A 1HPOA 2ANLA 5P7CA 2WEAA 2I4VA 5OYTA 1HPVA 5OZ2A 5P2GA 3S56A 2AZCA 1WKRA 4CPWA 5KR8A 3EMYA 3OGPA 4RCFA 5P1CA 1EPRE 4U8WA 5P6IA 4JP9A 2I4QA 4FSEA 3QS1A 4FRIA 5P0ZA 3PSGA 4I0FA 5KQFA 3UDKA 4CP7A 1W6IA 3IVHA 2F80A 5P7XA 3O9FA 1FFFC 5OZYA 5P0SA 4DJQA 1AAQA 3TPPA 2CEJA 3UF3A 5HTZA 4NJSA 4LXKA 2QHCA 3T3CA 3KFPA 3VCMA 4NJUA 2Z4OA 3Q4BA 5P46A 4RGHA 2AOCA 3OUDA 3PGIA 4BEKA 1SIPA 1HVKA 5P1MA 3UCBA 5P54A 5P7NA 2P3BB 3LIYA 3NYGA 2RKGA 2QP8A 2VJ7A 1EC3A 1OD1A 4FSLA 5OYQA 2Q63A 4HDPA 5BRYA 1T6EX 1ZP8A 1IBQA 2B42A 2IL2A 1BWBA 4Y4TA 5P2LA 4J1IA 2V0ZC 4MC1A 1BVGA 4Y3JA 4NPTA 1ME6A 1EPLE 1YTIA 3K4VC 1EC0A 5E5KA 3CYWA 5P5TA 1GVVA 5P18A 1EBYA 3DCRA 3RTHA 4D83A 1LV1A 3KDDA 3TL9A 5SZ9A 4Y5GA 4YD4A 3AUPA 5KR1A 2Z54A 4ZPEA 3WZ6A 2HAHA 4GIDA 5AH9A 4Y47A 1HTRB 5AHCA 4Y3YA 5P61A 4RRSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PRS A;  5P59 A;  3ZOV A;  3PLL A;  4D89 A;  1IZH A;  3PBD A;  4DQC A;  3TOF A;  4RRN A;  1WBK A;  3OAD A;  1KJH A;  2WF0 A;  3KFR A;  5OZC A;  1ZPA A;  3A2O A;  1MVP A;  5P62 A;  5P1I A;  5P0W A;  5OZ6 A;  2NNK A;  1DIF A;  1AVF A;  3UFL A;  4E43 A;  1LYW A;  3NU9 A;  5OZQ A;  5P5W A;  3EL5 A;  4I0D A;  1EBZ A;  5P0Y A;  3SAC A;  5P84 A;  4NPU A;  4DQB A;  1QS8 A;  3DV5 A;  5AH7 A;  5P3H A;  3PBZ A;  3VV7 A;  5P6R A;  2A1E A;  4WY6 A;  1EPO E;  5SXN A;  3DK1 A;  2P83 A;  5P1T A;  2OHK A;  5OYW A;  4OD9 A;  3SM1 A;  4Y35 A;  3PCZ A;  2JYS A;  4GJ8 A;  4LXA A;  5P1R A;  1MTR A;  4APR E;  1MRX A;  5P1S A;  1NPW A;  3N3I A;  4YCK A;  2VJ6 A;  3UDR A;  2G26 A;  3DOX A;  3SKG A;  2F81 A;  2BPY A;  3LIX A;  2Q3K A;  5KQX A;  5P2W A;  4Y3E A;  2R3T A;  5P4B A;  2AVV A;  5P1K A;  2ZHU A;  1QRP E;  5P3E A;  1GNM A;  3JVW A;  4K4P A;  5P7I A;  4Z4X A;  3SQF A;  2ZHR A;  2F3F A;  4Y5M A;  5P65 A;  3I2L A;  2QK5 A;  3VLA A;  5HVP A;  3NDU A;  5P45 A;  1ZTZ A;  3EM3 A;  4H3F A;  4MC6 A;  4YCT A;  4FCO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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