3OQDA

Crystal structures of multidrug-resistant clinical isolate 769 hiv-1 protease variants
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPFNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title Contribution of the 80s loop of HIV-1 protease to the multidrug-resistance mechanism: crystallographic study of MDR769 HIV-1 protease variants.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3oqdA00
3SA6A 2R3WA 4B0QA 1BXOA 3TOGA 5P5WA 3O9DA 5P8BA 4J1FA 3KFSA 4QJ6A 3SA5A 2VS2A 3TL9A 3A2OA 4Y45A 4Y3TA 4DJXA 3ZKQA 5P2YA 5OZIA 3JVYA 5EZXA 2PSUA 3RSXA 5P2AA 3TPPA 4Y38A 3ZL7A 3MSLA 1BVGA 1GNNA 4QGIA 3NU4A 2NXLA 1EBWA 1UPJA 1FMXA 4HZTA 5P1MA 1FFIC 4EHCA 1FGCC 2QHYA 4HVPA 4QJAA 4JECA 3L38A 5P1XA 3HZCA 4PHVA 3UDQA 4J55A 4DPIA 5E5KA 3R0WA 2G20A 5OZEA 5P6HA 3LZVA 5P7MA 5DQ1A 4FRKA 2VKMA 4Y4TA 3VF7A 3OU1B 1SIPA 5P0WA 3PCWA 5DR8A 2ZHRA 3GI0A 4Y43A 3EL5A 3QRMA 3SM1A 4B1CA 2QD7A 3VFAA 5P8NA 2QK5A 4Y4JA 1HHPA 5P7VA 5P2FA 4J0VA 3URJA 5AHBA 4YD4A 3S45A 1BWBA 3Q5HA 1RV7A 4B1EA 5P3SA 1E81E 1XL5A 4DQEA 5OZDA 1SDTA 2VIYA 4APEA 2QI4A 2QNNA 3R0YA 3CMSA 4DQBA 4HDFA 2PK6A 4F75A 4B78A 2NXMA 5P6GA 1MERA 5BS4A 3IGBA 3K5DA 5OZ4A 2QZLA 4GIDA 5P1NA 4XKXA 1NPAA 5APRE 3LIYA 5P4HA 3VSXA 5CLMA 2OHTA 2AOGA 5P51A 1CPIA 1G0VA 2OHKA 5P88A 5P5CA 2ZHUA 5P6SA 4U8WA 3PLLA 3PCZA 3DK1A 4S1GA 4FAFA 1C6ZA 5P4JA 5HU1A 4D85A 4GZFA 1IBQA 5P72A 5P01A 1GNMA 5P64A 3VYFA 5CONA 2OHRA 2PC0A 4FE6A 2ZHVA 1TSQA 2Q11A 2ER9E 3DV1A 1MVPA 4HE9A 5P8OA 1Q9PA 5P5LA 2PWCA 3G70A 3KDBA 5P11A 4B77A 5P1LA 3NLSA 3PWMA 3NUOA 5P23A 5P2BA 2QZKA 3APRE 5P3BA 3UQPA 1C6YA 2HB3A 3BHEA 3UDRA 5P0BA 5P0AA 2RKFA 5P34A 5P2MA 3KT2A 4I12A 5P4CA 4APRE 4LC7A 5P39A 3T3CA 5OZHA 4Y3HA 5P4PA 4DV9A 3OQAA 4ZSMA 5P6JA 5HDZA 5P4TA 5P3KA 5P3EA 3HD8A 5P4DA 4YDGA 3SA3A 5OYSA 5P8FA 3B80A 5P80A 3UFLA 2O4LA 5P70A 4Y3JA 1ZP8A 2QMGA 4Y37A 4NPTA 5HCOA 2QAKA 4RCDA 1TCXA 3HAWA 5P0GA 1HOSA 5P56A 3S7MA 5P69A 3O9EA 2P3BB 1MT8A 4Y41A 1LYAB 5P42A 2V16C 4Y4WA 3QAAA 1D4SA 2QU3A 5SXNA 4GJBA 5B18A 1E80E 1TZSA 1VIJA 3QROA 1A9MA 2FDPA 4TRYA 5AH9A 2AVSA 1WBKA 3KT5A 2ER6E 3HDKA 3FNUA 1MSMA 1HTEA 4OBHA 2PSVA 5DQ4A 3OU4A 3T7PA 2ZDZA 2XFIA 3SABA 5P52A 3D3TA 4RZ1A 3TLHA 2AODA 4EXHA 5P57A 2HB4A 4Z2ZA 5P35A 1XN3A 4BEKA 5P6RA 1SGZA 1NPWA 2AZBA 4Y39A 3OUBA 5P1QA 4XXSA 5P26A 4QLHA 5P0SA 4J5JA 3EM3A 1SH9A 5P03A 2P3AA 5P73A 5P7QA 3OHFA 4ZEAA 2G1SA 5P65A 1A94A 1J71A 1Z1HA 5OZJA 1HVIA 1IZHA 1HBVA 4Y3PA 1YTIA 5P6KA 1A30A 4H3JA 2ER0E 4GJDA 5P3YA 1LYAA 2Z54A 3NDXA 2I0AA 4I0GA 2I0DA 4Z50A 5P10A 2Q54A 2WJOA 5OZ1A 5P4MA 4GJ8A 2G1OA 5P0VA 5P2EA 4YOAA 3B7VA 2ANLA 2QI1A 4K9HA 5P27A 3OUDA 1EC3A 4OD9A 5P63A 1F34A 1FKNA 3QRVA 4L7GA 5P28A 4ER2E 1BIMA 2O40A 3KMYA 2BB9A 2NXDA 2G94A 4ZE6A 2QI6A 1FQ7A 4KE1A 3VUCA 5HCTA 5OZPA 1B6MA 2QU2A 4OBZB 5HD0A 5OYVA 4FM6A 5P5EA 2OF0A 5AHCA 3PSYA 3BUHA 3SKGA 3DM6A 4DH6A 1EC1A 3UPJA 4Y3AA 3HLOA 3BUFA 1APVE 2QI7A 4BELA 1ODXA 4HEGA 4J1IA 5P8SA 3ZKMA 1M0BA 3SACA 5OZOA 2VA7A 2ZGAA 3O9GA 5OZLA 1FB7A 1EEDP 4Y3SA 2P4JA 1UH7A 3BC4A 5KR1A 3IN3A 1APUE 2PK5A 2BPXA 3I25A 3L5DA 4EXGA 2G1NA 1EBZA 3UQUA 4X7IA 3O9LB 5P4AA 5P5TA 2R9BA 3OQKA 4Q1XA 4KB9A 2WEBA 5P8CA 3UF3A 4R91A 3ZKGA 5F00A 3EL4A 3LIZA 4Y5BA 4TVGA 4NKKA 4ZPEA 4FLGA 4NJVA 3CIBA 5P0XA 5OZZA 5P0UA 2R3TA 4EP2A 3S54A 2F3FA 2VNMA 1NPVA 2ER7E 3PWWA 3OADB 5P5PA 1SMRA 5P0RA 4LAPA 2OHQA 3KDDA 5OYXA 3NR6A 5P77A 2AVQA 5P8QA 1HSGA 3QI1A 4DQHA 1FMUA 5KR8A 5P3JA 4WY6A 5IVRA 2ZJJA 2B60A 2HC0A 4ZSRA 4J1CA 2QHZA 5P0NA 4Y3GA 5P4ZA 5UPJA 3S2OA 2BBBA 3O9IA 3ZKXA 3DV5A 3EMYA 4YBIA 4Y54A 4Y4AA 3K5GA 3OQFA 5ENKA 2VIJA 4OBZA 3H0BA 3Q6YA 1OEWA 3NU5A 5P2SA 2QCIA 4H3FA 4D83A 5P7KA 5DR7A 3OTYA 4Y35A 3VLAA 2F3EA 2IS0A 5P5DA 2HB2A 1HIIA 5P1KA 5P4RA 1TW7A 5P31A 3TOHA 5P5SA 5F01A 4Y5MA 3LIVA 1DMPA 2WEZA 3BXSA 4RYGA 5P3ZA 1MIQA 1QBRA 3I2LA 5IS4A 1HPSA 4FL8A 4YCTA 5P40A 4FS4A 3S43A 1ODYA 3O9BA 5T4SA 2JE4A 2J9JB 1HXBA 5ENMA 4D8CA 2PYNA 5P68A 5P8LA 5P09A 1YG9A 4NPUA 5OYZA 5OZUA 1IZIA 5P15A 2Q63A 3OHHA 3SA8A 4YOBA 5KQXA 4LHHA 5HU0A 5P13A 4R95A 2PH6A 2OHSA 3CYXA 3Q4BA 5P3LA 5P1FA 1ZSRA 3URLA 1QBUA 4Y5GA 3S85A 3OXCA 3IXOA 5P46A 2RSPA 4L6BA 2O4KA 5KOSA 4ACXA 4DQCA 5P8JA 5P6TA 2IQGA 3VV8A 5P54A 4CMSA 1CMSA 1META 1PROA 2AIDA 4ZSQA 4Y9WA 5OZ6A 4DJUA 5P1AA 4L7HA 1ZPKA 4BFDA 5OYTA 3RSVA 5P2TA 3KA2A 5C9DA 4OBKA 1B6JA 2ZJHA 3EKPA 1W5XA 3QP0A 1K6PA 1T7JA 1B5FA 3EXOA 5I3YA 3TTPA 2B8LA 2WF2A 3BVBA 3HVGA 3BGCA 5OZSA 2WEDA 4I8ZA 1BDLA 1IDAA 3TNEA 3VYEA 1EPME 1LYBB 5OZ2A 1GVTA 4FSLA 2IKUA 5P04A 4L1AA 5ISJA 5P02A 5P7YA 5P1WA 4E43A 5P7LA 5HE7A 4Y3LA 5C9BA 1HSIA 5P00A 1BDRA 3CICA 5P4NA 5PEPA 4COEA 5P6YA 5P7UA 1AIDA 3D1XA 1GVVA 5OZGA 2PSGA 4OBDA 2XFKA 1ZTZA 5JODA 3D20A 1D4IA 4Q1NA 5P17A 3OUAA 5P0QA 4N00A 5P1HA 4GJ9A 4RGHA 5COOA 4J0PA 3NUJA 2P3CA 3FIVA 5DR0A 3UQWA 5AH6A 3PVKA 2B7FA 5P29A 6FIVA 4EWOA 4I0DA 3IXKA 1M43A 4B72A 4JPCA 5P7SA 5P0FA 5P7JA 5P5YA 4BFBA 1MPPA 2R43A 3L5BA 1ER8E 3VF3A 1YM2A 3I7EA 3PGIA 3LPJA 1HPVA 2FNSA 5P43A 1LF2A 1U8GA 2A4FA 2VIZA 3ZKNA 2P83A 3HW1A 5P6VA 3ZPTA 1SMEA 1HXWA 5P1OA 4ER1E 5P62A 1XE5A 4L7JA 5IE1A 5P7AA 3LZUA 2AOJA 2IGYA 3EM4A 2Q3KA 2G24A 1FIVA 5P6IA 5P85A 3S7LA 3O9CA 4U7QA 4I0HA 4Y4GA 4Y3YA 3LPKA 3T7QA 1YM4A 4HDBA 4J0YA 5P4OA 4GJ7A 3HVPA 1K6VA 1EPNE 3UTLA 3GGVA 1PPME 3NU3A 4Y57A 3IAWA 5P84A 5P8MA 4FM7A 4GB2A 5C9FA 3VYDA 1MUIA 2ASIA 5P1BA 4DUSA 2B7ZA 4WTUA 3SPKA 3I8WA 2VJ9A 4B1DA 3MXEA 5P1RA 5OZWA 2WF0A 4WY1A 2UPJA 5P45A 1UH8A 3URIA 1D4JA 2V0ZC 1GVXA 2ZHTA 3D1YA 1EPOE 5P3TA 5P81A 2OHMA 5P3XA 5P06A 1T7IA 1ZJ7A 1M4HA 3OU1A 2QI3A 4DJQA 3D91A 3TPLA 3LPIA 3SM2A 5P83A 3LZYA 1BV7A 5P8TA 5SY3A 5KQZA 5P3DA 5P37A 1HWRA 5P89A 4UPJA 1T7KA 5AH8A 5P1GA 2FGUA 1XL2A 2WKZA 5P19A 4Y5EA 1XE6A 1KJGA 5ISKA 5P14A 4YD5A 5P4KA 3ZKIA 4Y4BA 4Y36A 2VIEA 3VSWA 2FXEA 1KJFA 5P0LA 4Y5NA 4NJTA 3BRAA 5I3VA 4I8WA 3RTHA 4DPFA 3OGPA 5P2KA 4GMIA 5P2UA 1DPJA 4ACUA 2OHPA 3G72A 3GGUA 1W5WA 2F80A 5P1VA 3R2FA 1HPOA 1JLDA 2IKOA 2PYMA 4KUPA 2FNTA 1HEGE 5EZZA 4DI2A 4EPJA 3PBZA 3BGBA 5P4LA 2R5PA 3LIXA 1NSOA 5P4FA 5P3NA 5P4XA 2IDWA 1LF4A 5P3UA 3SA7A 1QDMA 2AOEA 5OZFA 2FGVA 1BBSA 2O4NA 5P1SA 1GVUA 2R5QA 5P7WA 4R93A 1MT7A 3JW2A 2I4UA 1PPKE 5OYRA 1HVKA 3GI4A 5P5ZA 3I6OA 5OZKA 4M8YA 1SDVA 5P3QA 1EAGA 5P5KA 3RVIA 4J1KA 1BWAA 2AZ9A 5P5FA 1MTBA 4Y5LA 8HVPA 5KAOA 1HVSA 1LV1A 3G6ZA 5P55A 4OBGA 1IZEA 2AZCA 3OXVA 3INEA 5P2OA 4Y3NA 3OXXA 3SFCA 3PBDA 1IDBA 3OOTA 5HVPA 5P6LA 3ZPUA 5P4UA 1BV9A 4J17A 4CKUA 1D4KA 2VA6A 1Z8CA 3BUGA 3ZPSA 5P5RA 1SDUA 1HSHA 5HDVA 1K1TA 4Y56A 1YTJA 4QJ9A 4YBFA 5P7ZA 2WECA 3PMUA 4ZSPA 3C9XA 1XN2A 5HDXA 5OZTA 2Q15A 5P79A 2BQVA 4YD3A 2QD8A 4MC9A 2P3BA 2HS1A 4RROA 5DQ2A 1D4LA 3WB5A 2FMBA 3TH9A 4EYRA 1EC0A 3N4LA 1FG8C 5P3HA 1EPRE 3QBHA 5P8AA 1AJXA 2WHHA 2ZJMA 4GJ5A 6APRE 3CKTA 4MC6A 4EJLA 2NMZA 2I4XA 5P22A 5P0JA 5KR0A 3FSMA 5P4GA 5P3CA 5P2JA 1W6HA 1Z1RA 1HVRA 3D1ZA 5KQYA 3S8IA 2BKSA 3KYRA 2IL2A 2F3KA 5OZ3A 2QNPA 4R8YA 2QD6A 3N3IA 4NJUA 4TRZA 4Q1WA 1KZKA 2CENA 4FRIA 5P66A 1DIFA 2Q64A 3UDMA 1MTRA 5P38A 4LBTA 4DJPA 2NNKA 3TPJA 2FLEA 3L5EA 1FLHA 5P20A 5P75A 4Y53A 5P7BA 4OBFA 5P2IA 3EL0A 1HVHA 1N49A 5P1DA 1IVPA 5P0MA 5P7CA 3TPRA 5P6ZA 4YCYA 1T6GA 7UPJA 5P60A 3S56A 5BRYA 4GJCA 5P3GA 5P3MA 2NNPA 4Y5AA 2F8GA 1W5VA 4ZPGA 1HTRB 2RENA 2PWRA 4B05A 5P7EA 2BPVA 3ZOVA 1YTHA 1FQ5A 4I0IA 4DJYA 5P8UA 4I0EA 5KQFA 5P4VA 9HVPA 1SGUA 4ZLSA 2AOFA 5P6FA 4I0FA 3U7SA 3OXWA 4KE0A 3ER5E 3QN8A 5DGUA 5OZ7A 5P1ZA 3UDNA 1K2CA 3MWSA 2JXRA 4F76A 1FMBA 5P25A 4PEPA 1HTGA 4DJVA 3OGQA 3UDYA 4Y4EA 3IVIA 1HVCA 5OZXA 3KF0A 2JJIA 3DCRA 5OZYA 4Y3DA 4Y5KA 4Y4DA 4XX4A 3L58A 2CEMA 4CPUA 5P8VA 5JG1A 2AVVA 3UFNA 4DFGA 2G69A 1ZSFA 4DQGA 2HPEA 3UDJA 1CZIE 3APPA 3QPJA 1E5OE 3L5CA 2SAMA 1FF0C 3QVIA 2P3DA 4CPRA 1G6LA 2QMPA 3O9LA 3PI0A 5P08A 4Z4XA 1B6KA 4Y4ZA 5P2CA 5OZQA 3NDWA 3WZ6A 2F81A 4CPSA 4OC6B 4GJAA 5P7IA 2QI5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SA6 A;  2R3W A;  4B0Q A;  1BXO A;  3TOG A;  5P5W A;  3O9D A;  5P8B A;  4J1F A;  3KFS A;  4QJ6 A;  3SA5 A;  2VS2 A;  3TL9 A;  3A2O A;  4Y45 A;  4Y3T A;  4DJX A;  3ZKQ A;  5P2Y A;  5OZI A;  3JVY A;  5EZX A;  2PSU A;  3RSX A;  5P2A A;  3TPP A;  4Y38 A;  3ZL7 A;  3MSL A;  1BVG A;  1GNN A;  4QGI A;  3NU4 A;  2NXL A;  1EBW A;  1UPJ A;  1FMX A;  4HZT A;  5P1M A;  1FFI C;  4EHC A;  1FGC C;  2QHY A;  4HVP A;  4QJA A;  4JEC A;  3L38 A;  5P1X A;  3HZC A;  4PHV A;  3UDQ A;  4J55 A;  4DPI A;  5E5K A;  3R0W A;  2G20 A;  5OZE A;  5P6H A;  3LZV A;  5P7M A;  5DQ1 A;  4FRK A;  2VKM A;  4Y4T A;  3VF7 A;  3OU1 B;  1SIP A;  5P0W A;  3PCW A;  5DR8 A;  2ZHR A;  3GI0 A;  4Y43 A;  3EL5 A;  3QRM A;  3SM1 A;  4B1C A;  2QD7 A;  3VFA A;  5P8N A;  2QK5 A;  4Y4J A;  1HHP A;  5P7V A;  5P2F A;  4J0V A;  3URJ A;  5AHB A;  4YD4 A;  3S45 A;  1BWB A;  3Q5H A;  1RV7 A;  4B1E A;  5P3S A;  1E81 E;  1XL5 A;  4DQE A;  5OZD A;  1SDT A;  2VIY A;  4APE A;  2QI4 A;  2QNN A;  3R0Y A;  3CMS A;  4DQB A;  4HDF A;  2PK6 A;  4F75 A;  4B78 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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