3OU1A

Mdr769 hiv-1 protease complexed with rh/in hepta-peptide
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Nine Crystal Structures Determine the Substrate Envelope of the MDR HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords MDR HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ou1A00
5P68A 4YD3A 2ZJMA 2B8LA 3PRSA 4OBFA 3O9FA 1QS8A 2H6SA 5KR2A 5KAOA 4R8YA 4KUPA 5P1QA 4EJKA 2R43A 2PQZA 3S2OA 2O4SA 2HIZA 1T7JA 4M8XA 5P8JA 4ER2E 1XS7D 5P83A 4Y4EA 4Y41A 5HTZA 1KJ7A 3EM6A 2R38A 5P7BA 3NU9A 3PSYA 2IENA 4F76A 4AA8A 4Z2ZA 5AH7A 4LXKA 1FMBA 1MSMA 4YHQA 3T6IA 4J1EA 2JE4A 4Y56A 5P3YA 5P3LA 2Q55A 1HTGA 3TNEA 3OXVA 1UH9A 5HCOA 1K2BA 3OUDB 5P7SA 5P2JA 2Q64A 4LC7A 3PLLA 3SA7A 2QI3A 4LBTA 4ZSQA 2HM1A 2OHMA 2NNPA 2B7ZA 5P0SA 3Q3TA 3LIQA 5P06A 1QBSA 4RROA 3GGAA 1EPQE 5HE5A 5P4WA 4GJ8A 4DQEA 2H6TA 4I0ZA 4HDFA 2I1AA 5COOA 4Y5BA 3PCZA 3BVAA 2I4WA 2IKOA 3RSVA 1FFIC 3S43A 3VG1A 2AZ8A 3ZPTA 3OQFA 2P8HA 4B78A 1RQ9A 2PSVA 3KDCA 1VIKA 1LYWA 1EEDP 5P09A 5P6BA 4MC2A 1OHRA 3QRMA 1D4LA 1HSGA 4K8SA 3R0YA 3HW1A 4J1KA 3BXRA 5P6VA 5P49A 3BUFA 5P41A 2QAKA 5P58A 5DQ4A 4R93A 4B72A 2JYSA 2QNQA 4FL8A 3S56A 1N49A 3SAAA 1W51A 4EXHA 5P4QA 5P0VA 3OOTA 2FGVA 3QBHA 3ER5E 5P70A 1EBZA 2WKZA 4APEA 5ENMA 5P4FA 1A94A 5P8PA 3FX5A 3OU1A 5P0KA 1VIJA 1HXBA 3DV1A 4ZPGA 2Q5KA 3I6OA 3QI1A 4I8WA 4PZWA 4HE9A 3L5EA 5T4SA 2ANLA 3PI0A 2AQUA 5P3CA 4S1GA 2ER0E 3N3IA 3QRVA 5P54A 4LXAA 5P37A 1FMUA 1F7AA 2G94A 5P3HA 3K4VC 5P0XA 5P5MA 3INDA 2HS2A 2OHTA 2QI6A 4GJ9A 1CPIA 5P3TA 4Y3GA 3PEPA 4CPQA 5P2QA 1SDTA 3Q4BA 3WZ6A 4DJUA 2A1EA 2AOFA 3CKRA 2NPHA 4E43A 2I0AA 5DPZA 5P7LA 4Y53A 3VFAA 2VIEA 1B6JA 1HRNA 2NXLA 3L5FA 1HPVA 4FIVA 1C6YA 2QI1A 3VF7A 5KQYA 1EBYA 1NH0A 2CENA 5CONA 2OHUA 1EBKC 3RSXA 2WEAA 4Y45A 2UXZA 4RVIA 1IDAA 5P5WA 3SA4A 5P5SA 5P46A 4Y3NA 5DGUA 5P5VA 1NSOA 5P0RA 5AHBA 5P44A 4YCYA 5P84A 5P1CA 5P7VA 5P7NA 4Y4TA 5P4MA 2Q3KA 1YTIA 2R3WA 3JVWA 1ZPKA 4OC6A 5KOQA 5P40A 1TCWA 3UFNA 5P2BA 5P2WA 1W50A 3DUYA 2EWYA 1T3RA 2PWRA 4QGIA 1OEXA 3K5CA 3UDHA 4CPTA 4Y5CA 5P4KA 4L7JA 1K6PA 3SKGA 5AH8A 4APRE 4I11A 4ZLSA 1IZDA 5DR7A 4DJXA 5C9BA 5P3AA 1WBMA 2A4FA 1GNOA 3HZCA 3BGBA 3FV3A 3ZLQA 4TRWA 1CMSA 4J1IA 5P8MA 2AVVA 2BPZA 4XX3A 3UF3A 4YCKA 5P4IA 4EXGA 3UQRA 2ZGAA 1GKTA 3EC0A 4PYVA 1XE5A 2F8GA 5P3SA 2I0DA 3GI5A 5OZ3A 4OBZB 1Z8CA 1AAQA 1G2KA 1B6KA 4FSEA 3SM1A 1ODXA 3D1XA 3QROA 2BPYA 7HVPA 3TPRA 3S7LA 3OADA 4H1EA 2WHHA 1HIIA 3UDMA 1FQ7A 5P6EA 2NXMA 4Y3MA 5DR8A 1SGUA 3NWXA 2PYNA 3QIHA 1LEEA 5P1MA 2QI5A 5P5XA 3ZKNA 1AZ5A 5OZNA 5P5NA 3KM4A 3U6AA 3G6ZA 1NPVA 1FGCC 5HDUA 4U7QA 3CIDA 3T11A 5P6UA 3SA6A 4Y50A 2FLEA 5P3KA 4K9HA 5P6GA 1FKNA 5P8DA 4B1CA 3GI6A 1GVWA 5P0FA 3LIYA 3URJA 1M43A 5P16A 1HEGE 5P4CA 2AIDA 1MIQA 3OGQA 2ZYEA 5AHAA 4KE1A 4R92A 1YT9A 5HD0A 5P75A 5P67A 1EAGA 1EPPE 2ZHTA 5P05A 1APTE 2FNSA 1DIFA 5F01A 2I4UA 2FS4A 4ER4E 1B6MA 1KJHA 1K1UA 3PWMA 5HCTA 5P0OA 5P6CA 4Y47A 2WF2A 4NJUA 3UDRA 5ER1E 2HS1A 5P29A 5P3OA 5P4LA 4YE3A 2VA5A 3VV8A 4M8YA 4CPXA 1W6HA 2WF4A 3LNKA 3R0WA 4RVXA 1LYBA 5IVSA 5HU0A 3LPKA 4I0FA 5JFPA 3VV7A 5P0HA 1ZSFA 4DQCA 5KQXA 2QMFA 4L1AA 5P1YA 3QP0A 1MEUA 1PSNA 3R2FA 1MPPA 5P50A 3K5FA 4B70A 5P2IA 4I0IA 5P0WA 5P8GA 5P3NA 5ER2E 3MWSA 2RKFA 1OD1A 4FE6A 5P7WA 2NMYA 3IXJA 1FIVA 5P6WA 2QNPA 1D4IA 2G24A 2HPEA 2AVSA 3EM4A 4HZTA 1HVLA 2FNTA 3PLDA 5P1LA 3WZ7A 5KR8A 5P5KA 5P60A 1W6IA 4NJSA 5P33A 4H3FA 5P8KA 2QD8A 5P6PA 3L59A 5P7TA 1IIQA 3PM4A 4K4PA 2G1YA 3KFSA 1FB7A 4I0HA 1HSIA 5P4NA 4J0ZA 1GVUA 3OXXA 4QJ8A 3TOGA 5P2YA 3EL0A 3CIBA 3UQUA 5OZAA 3EKXA 2P4JA 3I2LA 2WF3A 3NSHA 7UPJA 3H5BA 4RZ1A 1PSAA 1BV7A 1W5WA 4GJAA 5OZKA 2ZHVA 3OHFA 1LF3A 3QVCA 5OZPA 5P1FA 5P1BA 3LPJA 3NUOA 5P86A 3F9QA 4RCFA 5DR1A 4GJCA 5P35A 1LV1A 2XFKA 5P77A 3IAWA 1HIHA 5OYUA 5OYRA 5P26A 5I3XA 2I4QA 4Y4GA 5P1EA 4B1DA 2WEZA 5J25A 3EKWA 3B7VA 5OYTA 3OU4B 4Y5KA 2ER6E 1LYAB 2QI0A 1BVGA 4H3GA 1AXAA 1M0BA 3NU5A 3VEUA 1HOSA 2IRZA 1XE6A 5P0AA 5DQ2A 2HC0A 3ZOVA 3BVBA 3I8WA 4Y3WA 3L5BA 5P1SA 4PZXA 1C70A 4DJWA 5P63A 5P3MA 5IVRA 1BXQA 3KA2A 1HVHA 4QJ6A 2G22A 3MSJA 3OXCA 2HPFA 6APRE 3GI4A 5P79A 2B7FA 1MESA 5C9FA 3IXOA 4DJVA 4FSLA 5P7OA 1Z1RA 5P1HA 5P5QA 4J0VA 5I3YA 1BILA 4ZE6A 5P8VA 1EPOE 3O9EA 5P7QA 2G20A 5P5HA 2AZCA 4DPIA 1EPME 5P66A 1G0VA 5P1OA 3G72A 6FIVA 5P8CA 4NKKA 5P4ZA 2PC0A 3D1ZA 1FQ4A 5P8EA 1LF2A 4EHCA 5AH6A 4R91A 5P4SA 4EP2A 2NR6A 5OZ5A 2P83A 1AM5A 1MERA 2P3AA 3KFRA 4YOBA 3SLZA 4Y3DA 2ZJIA 2QMDA 5P0YA 5OYYA 5I70A 2CEJA 1YTHA 4FAEA 3VLBA 3WB5A 5HDXA 1YM2A 5OZJA 3CYXA 4DQBA 1EPNE 2R3TA 1DW6C 5P2UA 5P85A 5P4DA 1BAIA 1KJFA 5P8IA 5OZHA 3PSUA 5P8UA 1RNEA 2IQGA 5P34A 1HVJA 5P07A 2P3DA 1UH7A 2G27A 3D1YA 3ZKIA 1APWE 5P56A 3L3AA 5P2SA 4Y4DA 5E5KA 5P74A 3NXEA 1SIVA 2HB2A 5P4XA 5P3RA 4RCDA 1GVXA 5P1RA 3SFCA 5OZSA 4QJ7A 4JOOA 3KF0A 5P3ZA 1PPKE 5P1DA 2PH6A 3SACA 2OF0A 3QAAA 4WY6A 4Q1XA 3UTLA 1ZPAA 5P6MA 5SZ9A 5P0JA 1FQXA 4FS4A 1YX9A 5KOSA 1HPXA 3ZKXA 4Y5AA 2FIVA 5P53A 4ZEAA 1HVKA 3SABA 4J1CA 1YTJA 4I0DA 3T7QA 5P24A 1E82E 3EM3A 4FRJA 4CPWA 4LP9A 4FM6A 3Q6YA 3OQAA 3L38A 5OZYA 5P11A 1PPLE 3OUAA 3ZMGA 5P1NA 3DCRA 5P55A 5IVQA 4J1FA 5P27A 3SA5A 4DJRA 5P2VA 3HD8A 2BQVA 1FG8C 5P8HA 1XL2A 4EJLA 1YTGA 1AIDA 3FNUA 4Y5PA 2R5PA 3O9IA 2XYFA 4CPUA 5P8SA 5AH9A 4XKXA 5P4AA 4XXSA 3INEA 5P7AA 5OZ8A 2O4PA 4YD7A 1E5OE 1T6GA 3AUPA 5P0DA 3EL9A 4U8WA 1B5FA 3TOFA 2F3EA 1BVEA 4Y3JA 5OZQA 4D83A 1HBVA 4KE0A 2VS2A 3VF5A 3SA3A 2G26A 4Y4XA 3SPKA 4FRKA 4L7GA 3QRSA 5P8OA 5OZTA 4FRIA 4PPHA 5P6ZA 3WB4A 3EKTA 3BUHA 4GJBA 1BWBA 3UQPA 5P1PA 4OBDA 3LZYA 1EC3A 4J5JA 1TCXA 3UDNA 4AMTA 4RCEA 4HDPA 5P3XA 2AOHA 5KQFA 5P7HA 5P3QA 2VNNA 4ZPFA 5P4YA 2F81A 5P1VA 1XN2A 3SQFA 2PK6A 1SMEA 3EL1A 1WBKA 1HHPA 5P43A 2FGUA 1BDRA 1WKRA 4ER1E 2P3BA 4FAFA 5OZ6A 3PCWA 2ZJKA 3OY4A 1FMXA 3DCKA 5P0QA 3UFLA 5P7CA 2PSUA 2JJJA 4Q1YA 1ZSRA 5P8BA 2FXDA 4GJ5A 5P2OA 4I12A 3PVKA 1K6TA 2I4VA 3MXDA 3DM6A 5P7KA 1FQ6A 4Y4BA 5P7DA 4AA9A 1FFFC 5P1KA 5P82A 3AIDA 5P18A 4EQ0A 4TVHA 2HB4A 4Y38A 5P6DA 3S85A 4Y35A 4FLGA 4YCTA 2B60A 1T7KA 4Y4AA 5P39A 5P6QA 4R5NA 2O4LA 5JODA 4YD4A 1YM4A 4NJTA 5P2ZA 2G1NA 1FLHA 3RTHA 3O9LA 5P72A 5P36A 5P15A 4F75A 1DPJA 3ECGA 5P3FA 5P5CA 1PROA 5P8TA 3ZPSA 5OZFA 1A30A 1EPLE 4MC6A 4EWOA 4DQFA 1D4JA 4N00A 3UDQA 5P6IA 3HDKA 5P3UA 4U7VA 5P4UA 5P73A 2RKGA 2AOCA 5AHCA 2O4KA 4GMIA 5P6OA 3GW5A 5P3BA 3S43B 5P7RA 5P1ZA 3IXKA 3IVHA 1QBTA 4RVJA 1LYWB 2V13A 5P8LA 3O9BA 5P5RA 5P0EA 1HXWA 1QDMA 4Y3LA 3FNTA 4OD9A 3NU6A 5P6LA 3URLA 4DQHA 2V12C 3VF3A 5P1GA 5P25A 2AVQA 5OZ9A 1PSOE 2PYMA 3LIVA 3OUCA 4WY1A 1APUE 2AOGA 1E81E 5FIVA 3OAGA 3EXOA 3IVIA 1HTRB 5I3WA 3FIVA 5HE7A 3EKPA 1FEJC 3DJKA 1EPRE 3PBDA 4F74A 3T3CA 1NPWA 1HVCA 5IE1A 4MC9A 2G1OA 3PB5A 5P4EA 2WJOA 4J0PA 4I0JA 4GYEA 4EJ8A 3OU1B 4I1CA 5HDZA 4GJDA 5OZCA 2J9JA 5P48A 3KFNA 5P1AA 5DQ5A 2Q63A 3O9CA 3VSXA 1IZHA 3HAWA 1A9MA 3K5DA 1FF0C 5P2NA 3JW2A 5P22A 3IA9A 1XDHA 4D88A 3NDTA 5P45A 2WEDA 4Y54A 2FMBA 4YA8A 4B00A 3TPPA 3TOHA 5P3IA 4GJ6A 5P71A 2V16C 1BWAA 3OTSA 1B6PA 2QZXA 3OQKA 2PSGA 1AJVA 1MT9A 5P5BA 5P7FA 5KQZA 2R5QA 3PSGA 3PHVA 3U7SA 3MXEA 1K6VA 4QJ9A 4Z50A 4Y5NA 3NR6A 4HA5A 2VA6A 1G35A 5P7PA 2F3FA 4Y58A 5P4VA 1E80E 2JXRA 3MSKA 3NU3A 4I0EA 5P0GA 2V10C 3OOZA 2OHKA 2J9KA 3ZKGA 5P88A 3ZKMA 2O40A 3EKYA 5SXNA 5OZRA 2CEMA 1K6CA 2NTRA 4B0QA 5IVTA 4OC6B 5OZIA 1BDQA 3LZVA 1IZIA 3OUDA 4ACXA 1APVE 3L5DA 5PEPA 4Y4WA 4J54A 5P1JA 5OYQA 5BWYA 4Y9WA 4LAPA 4YOAA 4LHHA 3VYFA 1EBWA 3K4VA 5P7YA 2QU2A 2QI4A 3SKFA 5OZUA 3OTYA 3CKPA 2BPWA 2ZJJA 2BPVA 3KT2A 4Y4JA 2BJUA 1HSHA 1SDVA 2ZDZA 1TQFA 3NUJA 4AUCA 2P3CA 5P5LA 4JPEA 3PMYA 4PEPA 5P64A 3VCMA 2NXDA 5KR1A 4H3JA 5EZZA 5P2AA 3C9XA 1ODWA 3VV6A 4OBGA 5P0BA 3OGPA 4QJAA 4X2LA 4Y3QA 5P8RA 3VSWA 5P59A 4EPJA 4DJYA 1TSQA 2IGYA 5P5OA 5P0IA 5E5JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P68 A;  4YD3 A;  2ZJM A;  2B8L A;  3PRS A;  4OBF A;  3O9F A;  1QS8 A;  2H6S A;  5KR2 A;  5KAO A;  4R8Y A;  4KUP A;  5P1Q A;  4EJK A;  2R43 A;  2PQZ A;  3S2O A;  2O4S A;  2HIZ A;  1T7J A;  4M8X A;  5P8J A;  4ER2 E;  1XS7 D;  5P83 A;  4Y4E A;  4Y41 A;  5HTZ A;  1KJ7 A;  3EM6 A;  2R38 A;  5P7B A;  3NU9 A;  3PSY A;  2IEN A;  4F76 A;  4AA8 A;  4Z2Z A;  5AH7 A;  4LXK A;  1FMB A;  1MSM A;  4YHQ A;  3T6I A;  4J1E A;  2JE4 A;  4Y56 A;  5P3Y A;  5P3L A;  2Q55 A;  1HTG A;  3TNE A;  3OXV A;  1UH9 A;  5HCO A;  1K2B A;  3OUD B;  5P7S A;  5P2J A;  2Q64 A;  4LC7 A;  3PLL A;  3SA7 A;  2QI3 A;  4LBT A;  4ZSQ A;  2HM1 A;  2OHM A;  2NNP A;  2B7Z A;  5P0S A;  3Q3T A;  3LIQ A;  5P06 A;  1QBS A;  4RRO A;  3GGA A;  1EPQ E;  5HE5 A;  5P4W A;  4GJ8 A;  4DQE A;  2H6T A;  4I0Z A;  4HDF A;  2I1A A;  5COO A;  4Y5B A;  3PCZ A;  3BVA A;  2I4W A;  2IKO A;  3RSV A;  1FFI C;  3S43 A;  3VG1 A;  2AZ8 A;  3ZPT A;  3OQF A;  2P8H A;  4B78 A;  1RQ9 A;  2PSV A;  3KDC A;  1VIK A;  1LYW A;  1EED P;  5P09 A;  5P6B A;  4MC2 A;  1OHR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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