3OU1B

Mdr769 hiv-1 protease complexed with rh/in hepta-peptide
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKTIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Nine Crystal Structures Determine the Substrate Envelope of the MDR HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords MDR HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ou1B00
5P3WA 1D4YA 5P3DA 3U7SA 1MTRA 5P0RA 3CIDA 4HVPA 1IZDA 1B6PA 5P46A 3RTNA 2JE4A 4ZEAA 5I70A 5P6DA 5P1YA 1Z8CA 4R91A 5P8FA 4Y37A 3UCBA 2VNNA 3LZYA 1IDAA 3PRSA 3SA3A 5P4LA 5P1JA 1B6LA 1EBKC 1WKRA 3LZSA 5P3HA 2J9JA 2OHKA 5P52A 4PZWA 5P2EA 3KDCA 1G35A 4RCDA 3OGQA 1HVLA 4YBFA 3INDA 1YTGA 2AZ9A 2G1OA 1FG6C 2I4UA 4CPSA 4DI2A 1E82E 3RTHA 4Y3FA 5OZPA 4EP2A 4Y45A 5HVPA 3DCKA 4JOOA 4Y4WA 5OZ5A 3O9LB 4Y4EA 3SM2A 2JYSA 4OBHA 5P7LA 2G26A 4EXHA 5P0WA 4J1FA 5P68A 3MSJA 2R9BA 1HVIA 3GW5A 3BXRA 5SZ9A 4FRIA 2P3BB 1SP5A 2R5QA 3R1GB 3D20A 3INEA 4PYVA 3NDWA 1LYWA 3CKRA 5P8HA 3VF5A 4EYRA 5P74A 1SH9A 5OYXA 2QMGA 4MC6A 5P5JA 4D89A 5DQ1A 4MC2A 3PSYA 3PMYA 3EM3A 5P6VA 3UDNA 3N3IA 1SMEA 2P4JA 1EPOE 4K4PA 4Y3EA 1D4SA 4B1EA 5P8PA 4ZSMA 2RKFA 5P7PA 3VF7A 1HEFE 3PWMA 3BUFA 2PC0A 1LZQA 1HVRA 5P7IA 3VFBA 1RL8A 2Q5KA 5P4QA 4YCTA 3UHLA 3R4BA 3IXJA 2UY0A 4Y5NA 2AOFA 3EL1A 4Y5EA 1DAZC 3GGUA 3OQDA 5P7YA 3IA9A 1MRXA 5P5FA 5P7HA 2PWCA 2VJ6A 5P5IA 4IVSA 3F9QA 1FQXA 5P39A 5P7SA 2V16C 4Y4XA 1MT7A 5P4DA 5P7UA 2NPHA 2XYFA 4H3GA 1MSMA 4KB9A 3IXKA 1LYAB 1EPNE 4Y53A 4ZSPA 4Z4XA 3TPLA 5IVTA 4YD3A 1BXOA 3ZPSA 1MVPA 1MRWA 1SMRA 3OQKA 1A8GA 1QDMA 3ZKGA 2BPZA 2OAHA 2R5PA 2WHHA 4U7VA 5P50A 3RSXA 5OYVA 2O4PA 1D4JA 2PYMA 5HDZA 3BVBA 5P0AA 2UPJA 4I0DA 2ZE1A 1F34A 3ZKMA 5P1DA 1T7IA 1W5XA 5P0NA 5P4UA 1QBUA 5P3PA 1GNMA 2G27A 2AVOA 4Y3TA 2QZKA 4GYEA 3O9DA 4OBDA 5P44A 4DJUA 4DQFA 3BHEA 4EJ8A 4HEGA 2NR6A 4HDBA 5AH7A 2QD6A 5P0TA 1PSOE 4GJBA 1C6ZA 2PWRA 1ZPAA 3OUDB 4DUSA 5AH8A 1MUIA 3UQPA 2HS1A 3ZPTA 4DQCA 3S43B 5DPZA 5KR1A 2PK6A 5OYZA 1GVWA 5P1ZA 3PI0A 4ZPFA 5EZZA 4ZE6A 2NNKA 2G1YA 5P4SA 1Q9PA 3ST5A 4Y38A 4B00A 3D1XA 4GJ6A 2WEAA 1FB7A 4KE1A 3HVPA 5P6BA 3UDYA 2PSUA 5P8VA 3AUPA 1MEUA 2J9KA 5P14A 1SDTA 2OHTA 2FGVA 1CZIE 4YD7A 3FKTA 5P03A 4FSEA 3O9EA 3QIHA 1TW7A 5KQFA 3TOFA 3SACA 3DK1A 3ZPUA 2Q54A 3MXDA 2F81A 1HSHA 3QP0A 4D85A 2QZXA 4R95A 5P0OA 3PBDA 1APVE 3QVCA 5P1AA 1FIVA 2QHCA 2O40A 1NH0A 5OZIA 5P4NA 3VYDA 4DV9A 3OU1A 3U6AA 5P7CA 3SKFA 4M8XA 4DJOA 3T11A 5JFUA 5P6UA 3QVIA 5P17A 5P6SA 4YDGA 4AA9A 4I8ZA 4I0ZA 4FRKA 4JECA 1MSNA 5AH9A 5SY2A 4RZ1A 1FGCC 4Y48A 2QAKA 3OY4A 4NPUA 5P2CA 3VYEA 4DQHA 1LF2A 3K4VC 2VA6A 2Q15A 3PGIA 2HB2A 3PLDA 2H6SA 2QZWA 2AOEA 2HPFA 5P1OA 5COKA 3SPKA 4Q1NA 5OZHA 4EPJA 3KYRA 1FQ7A 5P42A 5AHAA 1AJXA 3R0WA 1U8GA 4CPRA 5HCOA 5IE1A 4I0JA 2B60A 2NXMA 5P4CA 2ZGAA 3WSJA 4GB2A 1AIDA 4HE9A 3D1YA 3LINA 5P8LA 2QCIA 5DR7A 5P6PA 5P4AA 2PYNA 4DFGA 3WB4A 1FFFC 5P19A 5HE7A 3BGBA 3OTYA 2RMPA 3BGCA 5AH6A 3EKQA 3OADA 2QD7A 3L5FA 2B8LA 5P2GA 5P81A 5P5ZA 4TRWA 2QNNA 4FLGA 1KJ7A 3ER3E 5DR0A 1ZSFA 2FNTA 4J5JA 1FMBA 5P5QA 1B5FB 1EPLE 2ZJNA 3EKTA 4H3IA 3CMSA 2IKOA 5P1VA 4FCOA 5HU1A 3HDKA 4B70A 4R92A 3UFNA 5P15A 3S85A 2WECA 5P3FA 5P69A 1PSNA 1K6TA 5P4GA 4Y3MA 3L38A 2HIZA 1BBSA 3K5CA 4WTUA 4UPJA 4Y3SA 4I0IA 4Z2ZA 3G72A 5P7AA 2G20A 1ZJ7A 5P1QA 5P7NA 2R43A 4ZLSA 5BS4A 4Y4TA 5P8NA 2OHSA 5P40A 5P65A 1TSQA 1EC1A 3KT5A 5P3SA 5SY3A 3QRSA 4M8YA 4J0TA 4X2LA 4HZTA 4J55A 5KR2A 4OBFA 2IS0A 5P2MA 4Y47A 5BWYA 2QNQA 5P5UA 1J71A 1ZP8A 2I0DA 1XS7D 3APPA 4FS4A 5P84A 4J0PA 3OUBA 5P1IA 2VA7A 4BFDA 2BJUA 2WKZA 5P4RA 3R0YA 1IIQA 1YTHA 3ER5E 3QN8A 3LIYA 3RVIA 4Y51A 3CKPA 5P0YA 1FQ5A 3LIQA 4FAFA 3PSGA 3TL9A 3O9AA 5P0JA 4FIVA 3IVIA 3NU4A 5KR0A 5OZWA 5P58A 5P2DA 2G1SA 2HS2A 1OHRA 4YE3A 5AGZA 1N49A 3KN0A 3B80A 1YG9A 4RROA 1YM4A 5ENKA 5P24A 5P2YA 4RVXA 2IENA 1APTE 4Y41A 3NWXA 3NWQA 4FAEA 2BPYA 1K6CA 5P18A 1HWRA 4K4QA 4RCEA 2RSPA 4DQBA 3HBOA 3GGAA 2I4XA 5P6OA 2Q64A 4FE6A 4TVGA 3S2OA 5C9BA 5P4IA 4I0GA 4J54A 1EBWA 2G94A 1MTBA 3CKTA 5P87A 2RKGA 2ER6E 4F75A 3OQFA 4J0YA 1HPXA 2R38A 3O9LA 2H6TA 3DUYA 3KFNA 5P5OA 3UDRA 5P4HA 1M0BA 1W6IA 5P66A 2AVSA 4ER1E 5P8OA 2AVVA 4GJDA 4GMIA 3UDMA 2I1AA 3SA8A 5HDXA 2P3BA 5FIVA 1E81E 5P0FA 2G24A 1RV7A 1EEDP 4Y4BA 1TCXA 1ZLFA 3QBFA 3D3TA 3BXSA 3KT2A 3SA9A 2QI7A 4R8YA 5P70A 3QRVA 5JG1A 5JFPA 2AODA 4APRE 1EAGA 1M43A 1LEEA 3O9IA 1HTGA 1OD1A 1NPWA 3DOXA 5P6EA 5C9FA 5P3MA 2ZDZA 5P62A 2OHUA 4ZPGA 5P4EA 1PFZA 5P09A 4QJ6A 5P6KA 5P6FA 5P45A 4YCYA 5C9DA 5DR3A 3VV8A 2OHPA 4Y5MA 3NXNA 3SFCA 3S53A 3PCWA 2ZYEA 4J1KA 3K5FA 4B1CA 2HM1A 4H1EA 1KJGA 5OYYA 2HPEA 4YOAA 5E5JA 3S45A 1BILA 4FGXA 4QJ7A 3OUAA 5P63A 4J1IA 5P8IA 3G70A 3IGBA 1DMPA 4Y57A 1IVPA 2F80A 5OYQA 4CPQA 4Z22A 1E5OE 1LYAA 1YX9A 5P2KA 3EL4A 1BIMA 2SAMA 3JW2A 1HEGE 3UDQA 5P7QA 4Y4ZA 4DJPA 5BRYA 2JJJA 2IDWA 4RVJA 2PH6A 4BFBA 3BC4A 1KZKA 4KUPA 3URIA 5P0ZA 5P1PA 5P4VA 3KMYA 2AOJA 3BUHA 5P2LA 3VF3A 2IL2A 3OXXA 5P3KA 2XFJA 5KOSA 3ZKSA 4DJXA 5P8TA 3OTSA 4Y44A 5P3RA 2BBBA 5P75A 3OAGB 1AM5A 4OD9B 3OUDA 2G69A 2AVQA 3HVGA 2R8NA 1MESA 3S43A 3UQUA 4QJAA 2ZHRA 5P4XA 1IBQA 5F00A 5I3XA 1C6YA 2XFKA 2Q3KA 3PCZA 3S8IA 5P7MA 5P5EA 4YOBA 4RRNA 4ACUA 3HD8A 5OZNA 5DQ5A 2PK5A 3FNSA 5P1UA 3PWRA 5P3NA 3HW1A 4LHHA 4Y5KA 3SKGA 4TRYA 5P0KA 3S7LA 4RGHA 2A1EA 1HVSA 2V0ZC 1KJ4A 5APRE 1FQ4A 4LXKA 5P2WA 3HLOA 3UFLA 3UQRA 5P4OA 5OZFA 1Z1RA 3KA2A 4HDFA 5P0SA 1SDUA 5P8JA 5HD0A 4Y3PA 5I3WA 1BWBA 3O9FA 5P8EA 2OF0A 3OXWA 1Z1HA 4LXAA 2QI3A 5P3CA 5J25A 5OZTA 1ME6A 3URLA 5OZYA 5P5RA 5P72A 5P3ZA 2WF3A 2Z54A 1C6XA 2QZLA 8HVPA 4RLDA 2WF2A 1RNEA 5DQ2A 4XKXA 4OBKA 4CPXA 5P7ZA 4RYGA 1FLHA 1G0VA 3KFSA 5P79A 5P5GA 2IRZA 4R93A 4H3JA 4FSLA 4RRSA 2P8HA 2QP8A 1T6EX 5P04A 1QBRA 1D4IA 4Y39A 5P0UA 5P38A 5P23A 5P5MA 1LYBB 1VIKA 5P6TA 5OZ2A 4Y3YA 3SO9A 3K4VA 7HVPA 4D8CA 5P6RA 2PSVA 1G2KA 2ER9E 3HZCA 5P02A 1MERA 2HC0A 1A8KA 1BV7A 4Y5GA 5P77A 4PEPA 3TKGA 5IS4A 3VSWA 5P28A 4EJLA 3LNKA 2FDDA 3PVKA 4MC9A 4RYCA 2P3AA 4J0ZA 4A4QA 2F3KA 3NLSA 3OHHA 4B05A 1A30A 4Y43A 1BDRA 3K5DA 5P2OA 3RU1A 1YTJA 1T7KA 5P8UA 1FQ6A 4YHQA 5P3TA 4GJAA 5P5CA 5P1MA 3DV1A 1TCWA 3LZUA 5IVRA 1MT8A 5OZ8A 3FV3A 5P4KA 5P34A 4LXMA 4OBJA 4FRSA 4OC6B 4YD6A 5P1EA 2IKUA 2ZHSA 4NPTA 2VJ9A 4CP7A 3L3AA 2QNPA 5P6ZA 5P6XA 4Y36A 3N4LA 4J1HA 4A6BA 2QU2A 2FNSA 1SIVA 5P5YA 1KJHA 1AVFA 1T3RA 5P11A 1VIJA 3LIVA 4LL3A 2I4DA 3GI4A 1B5FA 5P89A 5OZGA 4AA8A 4LC7A 2FXEA 2BPVA 3R2FA 2I4VA 4Y35A 3I6OA 1F7AA 4Y3LA 1XN3A 3EL5A 5P7DA 4DVFA 4I11A 3Q70A 3EKVA 5P25A 5P5TA 2PQZA 4NKKA 4L1AB 5P1BA 1PPKE 2CEMA 1EBYA 3UDPA 4BEKA 3GI6A 5P7XA 1K6VA 5P86A 3SA4A 4Q5MA 5P35A 5P1GA 3OQ7A 1CMSA 2F8GA 1UPJA 3NU9A 4B72A 5KQYA 5UPJA 3KF0A 1DP5A 3NYGA 5P5KA 3SAAA 3PSUA 4I8WA 5P29A 4ER4E 5P1FA 1IDBA 4F76A 1XDHA 4Y3RA 1AZ5A 4JPEA 2FMBA 1T7JA 5P0BA 5P3VA 5P1XA 1EPPE 2BPWA 5P2VA 3JVWA 4QGIA 4XX3A 5P0VA 4AZYA 3OU3A 5P7GA 1K2CA 4B77A 1BVGA 3LIZA 1LS5A 4YDFA 4OBGA 5SXNA 3UDKA 3QBHA 4CKUA 3NDTA 4GJ9A 5P3IA 3EL9A 1B6JA 5P3AA 2IGXA 3CYWA 4FM7A 4D88A 4K8SA 1EPME 5P5XA 1GNNA 3IN4A 3T7XA 3WB5A 2Q11A 1YT9A 5OYSA 4DJYA 3IVHA 3L5DA 1ODXA 3HAUA 3Q6YA 3GI0A 1ENTE 3NXEA 5OYWA 1XE6A 2QMDA 5P59A 1QBTA 4FM8A 5P8KA 1ZBGA 1NPAA 4ACXA 2UXZA 2V10C 2VIEA 1FF0C 1BXQA 4Q1WA 4Y3JA 1SBGA 1BAIA 4Y50A 4OBZB 5P2XA 3D1ZA 4L6BA 6FIVA 2HB3A 4DPFA 4APEA 3UTLA 4FL8A 5P0EA 5P2JA 1JLDA 1DPJA 5P80A 1B6KA 3VG1A 1HVJA 4CPTA 4EHCA 5AHCA 3T6IA 4J1CA 4N00A 1HOSA 5P0PA 3KFPA 5P53A 2ZJKA 2XFIA 5P4ZA 2QHZA 5P3OA 5P06A 3S7MA 1RPIA 2HB4A 5OZ1A 5P4WA 2AOCA 5P20A 1W51A 4DQGA 2AVMA 5TOLA 2P3DA 2AOIA 2QHYA 3GGXA 1LF4A 3TNEA 3NR6A 1HTEA 3WZ6A 2NMYA 4Q1XA 3PMUA 4Y4AA 5OYRA 1W50A 5OZ0A 2EWYA 1HIVA 3GI5A 2ER7E 2B42A 3JVYA 5DR8A 1FMXA 3Q4BA 4Z50A 4Y3GA 4HDPA 1IZEA 2RENA 1XN2A 5P5SA 5P0GA 2G21A 2B7ZA 3LZVA 3OOTA 5B18A 4AUCA 3NU3A 5HTZA 5OZRA 4NJSA 4DH6A 2ASIA 3G6ZA 3L59A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3W A;  1D4Y A;  5P3D A;  3U7S A;  1MTR A;  5P0R A;  3CID A;  4HVP A;  1IZD A;  1B6P A;  5P46 A;  3RTN A;  2JE4 A;  4ZEA A;  5I70 A;  5P6D A;  5P1Y A;  1Z8C A;  4R91 A;  5P8F A;  4Y37 A;  3UCB A;  2VNN A;  3LZY A;  1IDA A;  3PRS A;  3SA3 A;  5P4L A;  5P1J A;  1B6L A;  1EBK C;  1WKR A;  3LZS A;  5P3H A;  2J9J A;  2OHK A;  5P52 A;  4PZW A;  5P2E A;  3KDC A;  1G35 A;  4RCD A;  3OGQ A;  1HVL A;  4YBF A;  3IND A;  1YTG A;  2AZ9 A;  2G1O A;  1FG6 C;  2I4U A;  4CPS A;  4DI2 A;  1E82 E;  3RTH A;  4Y3F A;  5OZP A;  4EP2 A;  4Y45 A;  5HVP A;  3DCK A;  4JOO A;  4Y4W A;  5OZ5 A;  3O9L B;  4Y4E A;  3SM2 A;  2JYS A;  4OBH A;  5P7L A;  2G26 A;  4EXH A;  5P0W A;  4J1F A;  5P68 A;  3MSJ A;  2R9B A;  1HVI A;  3GW5 A;  3BXR A;  5SZ9 A;  4FRI A;  2P3B B;  1SP5 A;  2R5Q A;  3R1G B;  3D20 A;  3INE A;  4PYV A;  3NDW A;  1LYW A;  3CKR A;  5P8H A;  3VF5 A;  4EYR A;  5P74 A;  1SH9 A;  5OYX A;  2QMG A;  4MC6 A;  5P5J A;  4D89 A;  5DQ1 A;  4MC2 A;  3PSY A;  3PMY A;  3EM3 A;  5P6V A;  3UDN A;  3N3I A;  1SME A;  2P4J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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