3OU3A

Mdr769 hiv-1 protease complexed with pr/rt hepta-peptide
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/peptide
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Nine Crystal Structures Determine the Substrate Envelope of the MDR HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ou3A00
1MSNA 5P0TA 2PH8A 1LS5A 1OEXA 3ZKMA 3EKWA 4GB2A 5OZ9A 3EMYA 4J0TA 5P7CA 2HIZA 3EXOA 2IS0A 5P2BA 5OZ4A 4DPIA 2G27A 5OZFA 4EHCA 3UQRA 1IBQA 5P8RA 4Y3QA 3KA2A 5P2XA 3MSJA 1AXAA 5P0CA 3IGBA 1IZHA 5E5JA 5P5LA 1FQ8A 3EL4A 2PQZA 2QZKA 4OC6B 1DMPA 1EBKC 5P0EA 5P16A 5P3XA 5AHAA 4Y3WA 3K5FA 5P8UA 2BQVA 1AVFA 5OYWA 4F75A 5P19A 2VKMA 2I0DA 4RYCA 2NNPA 3IN4A 4RCEA 5P5DA 5P8HA 5OZJA 4CPRA 5P2SA 3N3IA 5P3DA 1HSGA 3C9XA 1SDVA 1EAGA 5P1QA 2PSVA 5P6SA 4LBTA 5OZZA 5P78A 4GJAA 4LP9A 1LV1A 4ZSMA 5IVSA 3PEPA 5P36A 1IZIA 3FX5A 3OXWA 2FXEA 3OQKA 3OUBA 1LF4A 3LPKA 3NLSA 1TZSA 2NPHA 3UCBA 1YTHA 3O9IA 3DV1A 4I0GA 4GJBA 5P8VA 4FM6A 5OZBA 5OYVA 2OF0A 1YM4A 1K6PA 3PWRA 3OTSA 3NR6A 3RSXA 5P28A 1LYBB 4Y3RA 4Y4GA 1MRXA 5P2UA 1QRPE 5P6CA 4R92A 3EKVA 4Q1WA 5P6ZA 4Z4XA 1G0VA 4I0DA 1EBWA 1G2KA 5KOSA 4Y53A 5P7SA 1SBGA 5P2MA 2AIDA 2R38A 5P38A 1FQXA 2ZDZA 5P44A 4HLAA 4H3JA 5P76A 1IVPA 3UPJA 5P2DA 5P4RA 5P49A 1FFIC 4Y3PA 1W6IA 2ZJHA 1KJHA 2Q5KA 1HWRA 4H1EA 5P2AA 4FSLA 4QLHA 5OZ0A 2BPYA 1QBSA 5P57A 3A2OA 5OZAA 3ZPTA 5P5YA 1ZJ7A 5OZLA 3VF5A 4FAEA 5OYTA 4QJ7A 1XL2A 3EL9A 2A1EA 2V12C 4ZE6A 3PMUA 4NJVA 2QHYA 1E81E 5P65A 3VSWA 1HVCA 4Y3MA 3NSHA 5HU0A 4MC1A 4LXMA 2OHSA 4YD4A 5P55A 3UTLA 3AUPA 5OYRA 1K6TA 4GYEA 3D3TA 1LYAB 4HZTA 3OOTA 3KN0A 5P2EA 5P3AA 1RPIA 3OUDA 1APVE 1XDHA 3UDHA 2AVVA 2NNKA 1TCWA 3OWNA 5P4HA 4HE9A 2QD7A 3URLA 1GVVA 1EPNE 5P4VA 3QP0A 2I4UA 3RTHA 5P5AA 5P7AA 5P1MA 2VIYA 3JVYA 5DR4A 3TNEA 1LYBA 1G6LA 3LIZA 5HU1A 5SY2A 3Q6YA 3O99A 5DQ2A 5DR7A 5FIVA 3KDDA 2HAHA 4Y3EA 3VF7A 3UDPA 4R91A 3PCZA 2FS4A 3ZKSA 4Y5NA 5JODA 5P5UA 4Y5BA 2IGYA 3AIDA 3K4VC 5KAOA 5P2OA 1HPOA 1LYWA 4H3IA 3U7SA 4Y4WA 5OZEA 5OZDA 5P05A 4Y50A 3T7PA 2IRZA 2ZJJA 2OHNA 1LEEA 5ENKA 5P56A 2ZJNA 2P3AA 5P4UA 3PSGA 5P08A 1BAIA 2AOJA 2I1AA 5P42A 4K4RA 4RGHA 1SH9A 2QU2A 4Q1YA 2WJOA 3OADB 3D1YA 1HSIA 4KUPA 2QNQA 3RSVA 1QS8A 4DI2A 4DQCA 2FLEA 1NH0A 3EKXA 3OQ7A 5P3QA 5DQ5A 5P7MA 5P5HA 2F3EA 1HVKA 3KT5A 2OHUA 5P7KA 3TL9A 2F3FA 2QMFA 5P25A 2SAMA 4Y3JA 5SXNA 3PBDA 4Z50A 2PWCA 3BUGA 1DW6C 5ENMA 1K6CA 5P4MA 5COKA 2WEDA 3SQFA 5OYYA 3I7EA 5KR0A 2BPWA 3O9LA 4GJ7A 4GIDA 3OU3A 2Q63A 3ER3E 3NWQA 1XE6A 5P8AA 4TRYA 4FRKA 2CENA 5P35A 3UQWA 5DPZA 2WF3A 5P0BA 2FNSA 5B18A 1B6MA 2B7FA 5T4SA 3VSXA 5P31A 5P7LA 3INEA 4WY1A 2AZCA 2AZ8A 4B72A 1XN2A 1B6PA 4OBJA 1UH7A 2BPVA 4Y3YA 3MXDA 3OXXA 1FMXA 3VFBA 2F8GA 5HDUA 3I6OA 4JECA 2P3CA 5P1IA 3BVBA 3UDKA 4QJAA 4MC9A 3OK9A 3URIA 3KFPA 5P6JA 5P8JA 4I0FA 5P4QA 5KQFA 5IVQA 5P1PA 5OZ7A 5P2FA 4DJVA 3SA8A 4KE1A 5OZUA 1CZIE 1MTBA 3MSKA 5P7GA 3L5EA 3IXJA 5P68A 5P4KA 3GI4A 5P6PA 2OHQA 3KDBA 5P1OA 3OADA 4Y5AA 3FKTA 3OQAA 4GJ5A 3S56A 5P7WA 5P6WA 4ER4E 3EKYA 1B5FA 4PEPA 3O9DA 5P3UA 1SIPA 1IVQA 5P7EA 4PZWA 2G1RA 5IE1A 4A4QA 5P32A 5F01A 3CKRA 4Y5PA 1W6HA 5P4FA 3KFRA 5KR1A 3KFNA 3MSLA 4Y47A 4I1CA 4BFDA 2IL2A 4YE3A 3SM1A 5P7NA 4COEA 5IVTA 2FDEA 4U7VA 3HZCA 2QMPA 3NXNA 5OZVA 2QNNA 1MUIA 1META 3CMSA 5P2NA 1YX9A 4FE6A 2ANLA 3MXEA 4Y5CA 5P5GA 1TSQA 4AA9A 3OU4B 3UFNA 4CPSA 4Y5KA 3I2LA 1F7AA 5P3VA 4I10A 5P67A 5HDZA 3BVAA 1BVEA 5P10A 4DUSA 2QHZA 4DJWA 4Y4ZA 5HCOA 2BJUA 3VF3A 5HTZA 3WZ7A 3ZKQA 5P85A 2A4FA 5P5MA 3EKQA 3PI5A 2PK5A 4PZXA 3O9FA 2AQUA 4YD3A 3PLLA 1A8GA 5P7YA 2RKGA 1FFFC 4I8ZA 4Y4TA 3VV6A 2VA7A 3QRSA 1MERA 5SY3A 2CEJA 3S85A 3FV3A 4OBGA 5P5TA 1ZLFA 5KQZA 1W5VA 4DH6A 1MVPA 5P8FA 2QHCA 4I0JA 3L5BA 5OZMA 5P52A 5P3KA 2AOIA 3TOGA 5P5WA 4CPTA 4B05A 4ER2E 5ER2E 1C6ZA 3IN3A 2G1YA 5HE5A 3K5GA 4OBHA 4IVSA 5P5ZA 5P1RA 4TVGA 3OTYA 1FB7A 1GVXA 5P64A 3QIHA 3SFCA 1ENTE 5P61A 4HVPA 4Y3FA 2NR6A 5P84A 5P7IA 5P22A 3ZKGA 1OEWA 2G22A 1MEUA 4Y3DA 5P77A 4L1AB 5OYXA 4FM8A 1HEFE 5P58A 1T7JA 2QI1A 2OAHA 4PHVA 5UPJA 3UFLA 4QJ2A 1B6JA 5AHBA 1NSOA 5P4CA 4Y3HA 3SAAA 2V11C 5P6QA 1KJ7A 5OZTA 3D1ZA 4J54A 4J1FA 5P5KA 4L7JA 4X7IA 5P5NA 3OU4A 3L5DA 5AH7A 5C9FA 5P89A 1ODWA 4FIVA 5P1VA 1HTFA 5P0WA 1KJ4A 4EJKA 3BGBA 3LIXA 4QGIA 5P7FA 1ZPAA 1IDAA 3LZSA 3HVPA 2WF0A 4EQJA 1NPAA 3D91A 3QS1A 5P3EA 5P7UA 3S43B 1HPSA 2FIVA 2I4VA 1W50A 3NU5A 1BV9A 3EM6A 3FNSA 4FGXA 1HXWA 3Q5HA 2FXDA 2PYNA 3U71A 5P0VA 5OYSA 1BDLA 2IDWA 5P13A 4HDFA 4B1CA 2QI5A 9HVPA 3EC0A 3OY4A 5P07A 1ME6A 1CMSA 3TPLA 2WECA 1LZQA 2B7ZA 2O4SA 1N49A 5P34A 4FRSA 5P6OA 3SABA 5P14A 5P88A 2ER9E 2NXMA 5OZHA 2G69A 3K4VA 5P75A 5P0UA 1EBZA 1EC3A 5P1SA 3GI5A 3D1XA 3OHHA 1MIQA 3B80A 3NUOA 1SGUA 5P5IA 1D4KA 2QK5A 3ZL7A 5P0FA 5P1ZA 3CIBA 4YD5A 2WHHA 3R0WA 5I3XA 1M0BA 4ZSQA 2ZJIA 3NDWA 1Z1RA 5P4SA 1UH8A 3CIDA 3H5BA 4XX4A 3RTMA 1SMEA 3FNTA 5P3ZA 1APTE 5OYZA 4XKXA 5P7RA 5P59A 3UQPA 1VIJA 2JJJA 1ZAPA 2PYMA 5P4IA 4Y3LA 5P2ZA 2JXRA 1BWBA 3UDNA 4DJRA 3LHGA 1D4YA 3TPJA 1GVTA 3IXOA 3O9GA 4Y4XA 5HE7A 1F34A 5OZRA 4Y5GA 8HVPA 1GVUA 3S43A 3APRE 2O4LA 5P4DA 3QN8A 2ZJKA 4OBDA 1GKTA 1EPOE 4L7GA 3DCRA 4FL8A 4R93A 3RTNA 3EL5A 4YA8A 2Z4OA 5P1XA 2QMDA 5P30A 3VV7A 2ZHTA 3DOXA 5P4JA 3INHA 1J71A 2B42A 4Y57A 1IZEA 3FSMA 3PMYA 4JPCA 2Z54A 1PROA 5BRYA 4OC6A 5AH8A 4NKKA 4RRSA 3JVWA 1NPWA 1D4SA 3M9FA 5P8PA 5P79A 4FCOA 5P6YA 1AAQA 4H3GA 2AZBA 2UY0A 3DUYA 5P7JA 2J9KA 1HVLA 3QPJA 5P5OA 5BS4A 3S53A 5E5KA 2Q55A 3O9CA 1WBKA 2G1NA 1LF2A 2F80A 1PPME 1IIQA 1A94A 5P8QA 3LITA 2VJ6A 3KMXA 5P72A 4DFGA 5P1JA 4EP2A 3GI6A 5OZCA 4Y58A 2HB4A 4JOOA 4Y4UA 1BV7A 4HDBA 1EC0A 1QBTA 4DQBA 2PC0A 2VA6A 3HBOA 5P01A 3L38A 5P81A 1OHRA 1BDQA 1XL5A 4J1EA 5P7VA 3PSYA 1WKRA 4JPEA 4Q1XA 5JFPA 5P8NA 4Y4AA 1BVGA 5HD0A 5P29A 4Y3TA 1XE5A 5P0MA 4YCYA 3JW2A 5P43A 2AOCA 4J0PA 5AH6A 1YT9A 4YOAA 2QP8A 3WB5A 3BHEA 3HAWA 2B8VA 5P4NA 1C70A 5PEPA 1HIHA 2P3DA 5P8KA 5P50A 3QRMA 5P4WA 4EJ8A 2O4NA 1RNEA 5I3WA 1SP5A 3ZLQA 2QZLA 4I0ZA 3OU1B 4Y5EA 5P46A 3UDRA 3PB5A 4I0HA 3I25A 5BWYA 4PPHA 4Y4EA 2AODA 4MC2A 2V10C 3O9HA 5P63A 4DPFA 5P24A 5P0PA 2NTRA 3OQDA 1BILA 5HDVA 5P82A 5OYQA 5P6KA 3NUJA 1E82E 5P6FA 1HPVA 1APWE 3S7MA 2BKSA 3SKFA 2WEAA 2AVOA 2NMYA 4HA5A 5P8MA 5P0XA 4GZFA 2BPZA 5P0LA 1HTGA 4ZIPA 5IVRA 5P6DA 1YTGA 3G72A 1ZBGA 1D4JA 4FRJA 5OZXA 2V00A 2WF2A 3EBZA 3KM4A 1HOSA 4DJXA 1EPQE 4LL3A 1LYAA 4J0ZA 5P69A 4YCKA 3VLBA 4Q5MA 1A30A 3GGAA 1C6XA 4LAPA 3LPJA 4ZLSA 2PK6A 4Y45A 5OZ2A 3WSJA 5P6HA 3NDXA 2XFJA 3EM4A 5P8EA 3ZKIA 4Y36A 1PSAA 2APRA 1SIVA 5P3JA 3ECGA 4ZSRA 3TKWA 4Y44A 1FQ4A 5P8CA 4KE0A 3BXSA 1MT7A 3O9AA 3QBFA 5APRE 3OXCA 2ZJMA 1GNMA 2RKFA 1HVHA 3OGPA 4QJ8A 5P8LA 3PM4A 1UH9A 4J55A 3SACA 1DAZC 2ZHSA 1NPVA 3Q4BA 4FRIA 3PLDA 5HDXA 5P6RA 3S8IA 5P7QA 4Y3ZA 5P6BA 5OZQA 2OHLA 3R2FA 5P1YA 3EM3A 1FIVA 1XS7D 2H6SA 5P1HA 4K4QA 5P53A 3OGQA 1HTEA 3WB4A 5P5FA 5P3FA 2Q15A 2ZHRA 3KT2A 4Q1NA 4HDPA 3KDCA 5P5VA 5I3VA 3PWMA 4RVJA 1EPLE 1HBVA 2PWRA 1FMUA 2HS2A 1K2BA 1T6EX 1HEGE 1EC2A 5P20A 5P83A 2I4DA 3OAGB 1K1UA 1PSOE 2H6TA 1DPJA 3PVKA 3DCKA 4J17A 5P3HA 5P1WA 1K2CA 2G21A 5P3CA 4AMTA 3NU3A 2V13A 2IKUA 4GJ8A 4D83A 4DQEA 3RVIA 3IA9A 4R8YA 1EEDP 3GGVA 1EBYA 2ZYEA 5P0DA 4Y4DA 1MTRA 1BXOA 4Y3XA 2VS2A 3OOZA 3SKGA 3GGXA 1HVJA 4YCTA 5P6AA 2BB9A 5P39A 1UPJA 6APRE 4LXAA 2HPFA 5P3MA 3CYWA 3LINA 7UPJA 1EC1A 2RENA 5P54A 2J9JB 5P3GA 4NJUA 1FG6C 4H3FA 2FGUA 5EZZA 2IQGA 4OD9B 2RMPA 1HVRA 4YDFA 2WF4A 4JP9A 5P3OA 4TRWA 3TTPA 5P2GA 4Y43A 3T7QA 3O9BA 3QRVA 5P1BA 4LC7A 4I8WA 3SPKA 4N00A 3NDTA 1FLHA 5DR0A 4J1CA 3KF0A 2RSPA 1IDBA 4APRE 1GVWA 1B6LA 5P27A 4I12A 5P40A 1C6YA 2I0AA 2ZHVA 5TOLA 1U8GA 4B00A 1MT9A 4A6CA 3VYDA 3LIYA 3HVGA 4OBFA 3ST5A 4M8YA 5KQXA 1BXQA 5P04A 5P4XA 5AH9A 4R5NA 2O4PA 5P6EA 4ACXA 5P4YA 3S45A 3CICA 3ZOVA 1B6KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MSN A;  5P0T A;  2PH8 A;  1LS5 A;  1OEX A;  3ZKM A;  3EKW A;  4GB2 A;  5OZ9 A;  3EMY A;  4J0T A;  5P7C A;  2HIZ A;  3EXO A;  2IS0 A;  5P2B A;  5OZ4 A;  4DPI A;  2G27 A;  5OZF A;  4EHC A;  3UQR A;  1IBQ A;  5P8R A;  4Y3Q A;  3KA2 A;  5P2X A;  3MSJ A;  1AXA A;  5P0C A;  3IGB A;  1IZH A;  5E5J A;  5P5L A;  1FQ8 A;  3EL4 A;  2PQZ A;  2QZK A;  4OC6 B;  1DMP A;  1EBK C;  5P0E A;  5P16 A;  5P3X A;  5AHA A;  4Y3W A;  3K5F A;  5P8U A;  2BQV A;  1AVF A;  5OYW A;  4F75 A;  5P19 A;  2VKM A;  2I0D A;  4RYC A;  2NNP A;  3IN4 A;  4RCE A;  5P5D A;  5P8H A;  5OZJ A;  4CPR A;  5P2S A;  3N3I A;  5P3D A;  1HSG A;  3C9X A;  1SDV A;  1EAG A;  5P1Q A;  2PSV A;  5P6S A;  4LBT A;  5OZZ A;  5P78 A;  4GJA A;  4LP9 A;  1LV1 A;  4ZSM A;  5IVS A;  3PEP A;  5P36 A;  1IZI A;  3FX5 A;  3OXW A;  2FXE A;  3OQK A;  3OUB A;  1LF4 A;  3LPK A;  3NLS A;  1TZS A;  2NPH A;  3UCB A;  1YTH A;  3O9I A;  3DV1 A;  4I0G A;  4GJB A;  5P8V A;  4FM6 A;  5OZB A;  5OYV A;  2OF0 A;  1YM4 A;  1K6P A;  3PWR A;  3OTS A;  3NR6 A;  3RSX A;  5P28 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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