3OU4A

Mdr769 hiv-1 protease complexed with tf/pr hepta-peptide
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/peptide
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Nine Crystal Structures Determine the Substrate Envelope of the MDR HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ou4A00
2Q64A 1PROA 4YOBA 3O9AA 5HTZA 5P1BA 3EKVA 5P4MA 2NMZA 6FIVA 3OTYA 1W5YA 2VIJA 5T4SA 3D91A 4GJAA 3ZKMA 3VF5A 3R1GB 1B5FA 3UQWA 3MSLA 2I4WA 1SDTA 4CPSA 5DPZA 4KUPA 6UPJA 5P5BA 2RMPA 1TCWA 1EBYA 4Y3EA 4HE9A 1LYBB 4L1AB 4H3GA 5P2DA 1ZP8A 1SH9A 5J25A 1E82E 3BUGA 3KT2A 1Z1HA 1G0VA 1T6EX 5P8QA 2HB3A 5P3UA 1SGZA 1EAGA 4AA8A 2FMBA 1HVIA 3LIXA 5DGWA 2BB9A 1D4HA 4EXHA 4OD9B 1MSMA 4MC2A 3NXEA 4EHCA 4FS4A 5P35A 4Y3SA 4OBGA 4Y36A 3PSGA 4DQEA 4FL8A 3S53A 4GJ8A 2V11C 3K5CA 1HVJA 4Y4WA 2XYEA 4TRZA 5P1IA 3DK1A 3VLAA 3MSJA 3OQDA 1DIFA 5P8CA 2HB4A 1QBUA 5P1SA 2B42A 4EJLA 5P0GA 4EJDA 5P5VA 2VNNA 3RTMA 3CICA 1GKTA 3O99A 2NPHA 5P5FA 5C9BA 2ZJHA 2QNNA 3BGCA 3SQFA 4Y3ZA 4B77A 1NH0A 3K4VC 5P3YA 4NJVA 2FIVA 4KB9A 1XE6A 2FDEA 2AOFA 4OBFA 3WB4A 4Y4DA 4Y56A 2QD6A 1BIMA 4OC6A 5P7AA 3UDRA 2PYNA 3PI0A 4U8WA 3OXXA 3CIBA 4Y5AA 5P83A 5P1NA 5OZRA 3K1WA 3QBFA 1APUE 4U7QA 5P59A 4TVHA 2R43A 2FGVA 3KN0A 3T7QA 5P49A 5P5IA 5AH7A 5E5JA 2ZDZA 2NXLA 4FIVA 5KQZA 2QHZA 5OZWA 3URLA 4K4RA 4Y5KA 5P10A 5P4TA 5AGZA 5SY3A 3QIHA 5KR1A 3MWSA 5OZFA 4DJQA 5P0XA 3TKGA 2JJIA 4M8XA 5P8DA 4ER2E 1XDHA 1Z8CA 3OTSA 5P0HA 5P4BA 4N00A 1FF0C 5P5KA 4DJUA 2QMFA 1HVCA 3A2OA 1GVUA 2F3KA 5IVRA 2QHCA 5KQFA 1BAIA 4AZYA 8HVPA 2BPZA 4I0HA 3KDCA 4DH6A 1ZPAA 1E5OE 3VV6A 3OY4A 4QLHA 4Y3WA 2ZJMA 2JJJA 5P47A 1M43A 4DPFA 3QN8A 2R5PA 4ZPEA 4LXAA 1G2KA 1JLDA 1MIQA 3ZKIA 3OHHA 1IVPA 3KFSA 5P52A 1SDVA 1BVGA 5P3CA 1RNEA 5OZZA 1LF2A 3SO9A 4I0EA 1MTRA 3PMUA 3NU4A 1LF3A 1FQ8A 5P69A 4YDGA 3NUJA 2IENA 2Q54A 1ZPKA 4Y3PA 3TNEA 5JODA 1KJ7A 3IN4A 1KJHA 3PM4A 4PPHA 5P48A 3NWQA 4BFDA 2O4SA 2QZXA 5OZSA 5P8LA 3VYFA 5P3EA 1LYBA 4L1AA 5P57A 3HZCA 4ZSQA 2QI7A 3DOXA 5OZDA 5DQ5A 2AOCA 1YTIA 2BPVA 4RYGA 5P7UA 3ZPUA 3O9IA 5P1MA 5P3IA 3OGPA 3LIYA 3LNKA 4Y3MA 2AOEA 1D4SA 1HSGA 5P77A 5P7NA 1T7IA 1SBGA 4KE1A 4YD5A 5HCTA 4OD9A 3H0BA 4D89A 2WHHA 5P1VA 4DI2A 4Y3DA 4Y38A 3L5BA 1AXAA 4F73A 2FXDA 3QS1A 5P40A 2QNQA 5P6IA 5BRYA 5P37A 3RSVA 3PCWA 5P8VA 3NU9A 4GYEA 1GNNA 2NXDA 3G72A 2ZJNA 3UDHA 2QU2A 3K5FA 3UDKA 5P4SA 1SP5A 2G27A 5P6EA 4I8WA 3UDYA 4RZ1A 5C9FA 3OUAA 3EKTA 4GJ9A 1EC1A 3N4LA 3D1ZA 1ODXA 4GB2A 3EKXA 5P5ZA 1MSNA 4MC9A 3PEPA 5P2YA 4U7VA 3IA9A 1HIIA 4CMSA 1M4HA 1HEGE 5DQ4A 2AOHA 2I0DA 5AH6A 1YT9A 5P84A 5HDXA 3R4BA 5P0OA 5KQXA 2RENA 5P0CA 5DR7A 1APTE 3EBZA 3O9FA 3TTPA 2OHPA 2SAMA 2EWYA 5P5SA 5P54A 4K4PA 2PC0A 2O4KA 5HDVA 3KMXA 3KYRA 1FQ5A 3S85A 4J0TA 1AIDA 5P32A 3TOFA 3UDPA 1FQ7A 3QI1A 5P1RA 5DR1A 2P3CA 3QP0A 1HWRA 5P2UA 4OBJA 4DQCA 1BXOA 5P6SA 4JOOA 4I12A 2HAHA 4HEGA 1ZTZA 1B6JA 1K6TA 4EYRA 2A1EA 4OBKA 3T7XA 5DR0A 5FIVA 5P3MA 1M0BA 5P39A 5P6ZA 4Y3JA 2F81A 5P5AA 1BV9A 1W51A 3PJ6A 5P4ZA 4I8ZA 1WBMA 3DCKA 3Q3TA 1YX9A 3KA2A 4DPIA 2B7ZA 3IXJA 5B18A 5OZQA 5P1AA 1T6GA 4HDBA 3C9XA 2AZCA 3S7MA 1QBRA 4B1CA 1E81E 4CPUA 5AHAA 5UPJA 5P3VA 4LP9A 1LYAB 5P02A 3ZKNA 4RCEA 2Z54A 5OZGA 2I4DA 2AZBA 5P1DA 5P2JA 2QMDA 2QD8A 3SACA 2G20A 2P83A 3LZVA 2G24A 2PH6A 4L6BA 3BXSA 3TPRA 3PI5A 2UY0A 1GVWA 4ER4E 1A30A 1W5VA 4LC7A 2VNMA 1KJ4A 4RVIA 4J1HA 1ZSRA 3R0YA 4Y43A 5P8KA 5P7TA 4R92A 5P04A 5P50A 5P87A 5C9DA 3FNUA 2AQUA 1ENTE 4B05A 3KF0A 3U71A 4DJPA 3M9FA 5P3OA 4I0JA 2G1NA 3UPJA 1BXQA 1HSHA 3AIDA 3UF3A 5KR2A 2HB2A 3L3AA 1VIKA 3H5BA 5I3YA 4YA8A 4DQBA 2VIEA 2OHTA 1IDBA 5P38A 4YD6A 2QI6A 3OHFA 5P67A 4GJ7A 5P8EA 5P7XA 4X7IA 4CPWA 3EL0A 5P4HA 4HZTA 3QPJA 3D1XA 5P2NA 3SA7A 4XKXA 5P7IA 4PEPA 4XX3A 1G6LA 5P6UA 3INEA 2ZHSA 2FGUA 2OHLA 5DR3A 5P68A 3HW1A 5P0EA 5P2BA 5P3ZA 1MVPA 3NUOA 5DQCA 5P4IA 2Z4OA 4LAPA 2IGYA 1NPVA 2AZ9A 3KFNA 1MT8A 3LPJA 4A6BA 3LZYA 3BVAA 1IVQA 1DAZC 3OGQA 4Y3GA 2PSGA 5HU1A 5P7VA 5P4CA 5P64A 4Y51A 3IXKA 4FAEA 3LZUA 2IQGA 1XL2A 4R93A 1RQ9A 4B78A 1T7JA 2R38A 1UPJA 1K1UA 5P2LA 2VIZA 5P24A 5P8RA 5P5DA 4ZSRA 5KOSA 1QRPE 4DQFA 4DJWA 5P73A 1FB7A 5P3WA 5P4XA 3KT5A 4Y54A 3O9BA 2I4UA 5P7GA 2ZJIA 4EJ8A 1BBSA 2PSUA 3KMYA 1MESA 3VV7A 1EPLE 5P4YA 4D8CA 4Y3AA 2OHQA 4QJ7A 4Y6MA 4Y58A 1WKRA 3KFPA 2G26A 5P89A 5P3AA 2AVSA 5P7HA 3WSJA 2Q15A 4J0ZA 2R3TA 4R95A 4Y5LA 2G1OA 4QJAA 5OZJA 5P17A 1EPPE 4FM7A 4EWOA 1U8GA 5P7MA 1LYAA 1EBKC 4XXSA 3JW2A 5P8TA 3SFCA 1K6PA 3G6ZA 5ISJA 1DW6C 5P43A 3QRSA 5P82A 4RCFA 1E80E 5P3DA 4HDFA 4FRSA 3ECGA 4LXKA 4H3FA 2QZKA 1HVLA 5P70A 3OQ7A 5P5WA 3L38A 5P7QA 3HBOA 3I6OA 5P8MA 2B60A 3DJKA 2R8NA 3DCRA 1AJXA 4JPCA 5OZPA 5OZBA 3VYDA 2BKTA 3U6AA 4YCTA 5P7SA 5OZEA 3NDUA 5P4PA 4YD3A 5I70A 1EC3A 5ER2E 5P29A 1XL5A 3UDJA 4YHQA 5P5QA 3SM2A 4CPQA 4WTUA 5P6TA 1IBQA 4Y5GA 1SDUA 2IS0A 1DMPA 1IZHA 1VIJA 4PHVA 3K4VA 4Y3XA 4GJDA 5OYUA 5CONA 2BPYA 3O9DA 5P13A 1F7AA 4BFBA 4YCKA 5P72A 3EXOA 2ER9E 3ZKSA 4BEKA 4Y9WA 3OUDB 2H6SA 1K1TA 4Y5PA 2JXRA 4LBTA 2IRZA 3I8WA 3APPA 1FEJC 3HVGA 2P3AA 2FS4A 3OXWA 5P7OA 4B1DA 3IAWA 1PPLE 3TLHA 5P23A 1HEFE 2I4QA 3NR6A 1T3RA 5HU0A 2AOJA 4Q1YA 2VJ7A 5P33A 5EZZA 2PK6A 2NMYA 2ZHVA 3DM6A 5OZ6A 5P1OA 3EKWA 1HIHA 3URIA 2PMAA 4IVTA 2QK5A 1Z1RA 2FNTA 4J1FA 3UFLA 5P5XA 4Y3HA 3TL9A 4QJ8A 3ZPSA 4Y44A 5P6FA 3HLOA 2G1SA 2VA5A 2AODA 3OXVA 4Y3LA 1TW7A 3T3CA 1FMUA 1SIVA 4GZFA 4Y45A 5SXNA 2QMGA 1B6LA 2XYFA 5CLMA 2P3DA 3ZPTA 5HVPA 5P41A 1HTGA 1BWBA 5P5NA 4Q1NA 2RKFA 2F8GA 4HLAA 1HXBA 5P7FA 5KR8A 4K4QA 4RROA 5P53A 4FRIA 5P06A 5DQ1A 4L7HA 2WEAA 3NLSA 3SA9A 1FQ4A 3S8IA 5SZ9A 3TPPA 4A4QA 5OYTA 4UPJA 5OZVA 3FKTA 2B8LA 4OBDA 3UFNA 5I3VA 3NU6A 3NDXA 5EZXA 2WF3A 3ZKQA 2PH8A 5P5PA 2NNKA 2O4LA 3BUFA 1W5XA 5P8AA 1EBWA 1OD1A 3S56A 3TH9A 4FGXA 2OHUA 4JPEA 3UQXA 4PZWA 2ZHUA 5P6YA 1HVKA 5P0PA 3O9EA 4ZPGA 4L7JA 4HDPA 5P11A 5P60A 3WZ7A 2BQVA 4ZPFA 5AH8A 1SGUA 2RSPA 1OEWA 1HPSA 4CP7A 2IDWA 2V00A 5DGUA 3FSMA 3IN3A 5OZ4A 3SKFA 5P6CA 3OOTA 5P56A 4TRWA 4R91A 5OZHA 1FGCC 4Y5MA 5P7DA 3G70A 4ER1E 1FMXA 4Y3NA 4DUSA 2R9BA 4COEA 4E43A 1ODYA 4GMIA 2OF0A 5P3PA 4IVSA 1UH7A 2QP8A 1CZIE 2ZHTA 2V16C 4HA5A 4RLDA 1B6PA 1SIPA 1MPPA 3S54A 3SA4A 4Y4TA 5P27A 4FCOA 5P4UA 5OYRA 2G94A 5P8OA 5P18A 4NJTA 2FXEA 5P81A 5OZTA 4EP2A 2R5QA 4EXGA 4J0YA 4J55A 2ER7E 4Y4BA 5P1KA 4DFGA 5P51A 3SKGA 4F75A 1KJGA 3RU1A 5P7JA 5SY2A 2P4JA 1CPIA 3OUDA 5P1QA 2XFJA 5OZMA 1CMSA 4QJ9A 2QHYA 2QI5A 1GNMA 1MT9A 5P4FA 3U7SA 5OYSA 1K2CA 3NXNA 5ER1E 1KJFA 5P8FA 4M8YA 5P2HA 5PEPA 5P4LA 1D4LA 1IZDA 3IGBA 3PGIA 5P6XA 5P6VA 4Q1WA 3UHLA 3RTHA 3ST5A 2V12C 3SLZA 3RSXA 3ZOVA 3D20A 5OZOA 4NPTA 5P2TA 3Q70A 5P3RA 1NPWA 5P86A 2QU3A 4B70A 2UXZA 2WL0A 4Y48A 1QBSA 5P2VA 2J9KA 5P55A 4JP9A 1J71A 4J17A 4EJKA 1META 3PHVA 4EP3A 3B80A 4NKKA 1GVXA 2RKGA 2ZJLA 2IKUA 4ACUA 2FLEA 5P8UA 3CKPA 1PSAA 2HM1A 2NTRA 5P0MA 2AOIA 3EMYA 5OYQA 1C6XA 3TKWA 1MEUA 5P6GA 4H3IA 1N49A 1A9MA 4Y4JA 5P0YA 2A4FA 2CEMA 5P8SA 5P8NA 1B6MA 1FIVA 1HBVA 1HTRB 5P8JA 3VF3A 5P07A 4J0VA 3INFA 1B5FB 2AVQA 2PK5A 2NXMA 5AH9A 3CYWA 4FRKA 3MSKA 2ER6E 4TRYA 2F3FA 3L5FA 2WECA 5P3JA 3HAUA 2IEOA 3VFAA 3LPIA 1RL8A 2AVVA 5ENKA 4D85A 7HVPA 1ME6A 3R2FA 2I4VA 2WEBA 2V10C 3PWWA 3T11A 3OQFA 4Y3FA 2AZ8A 3OADB 1ZJ7A 1HHPA 4I0FA 4RVXA 5OYXA 2P3BB 1TSQA 5P6DA 4PZXA 5P3TA 4F74A 3GI0A 1HPOA 1IDAA 1YM2A 3O9LB 5P6AA 5P05A 4RYCA 1PPME 5P31A 5P7BA 5P7WA 1TSUA 4RVJA 3K5DA 5OZ9A 3CMSA 3GGVA 1EPQE 1BVEA 3VEUA 4DJOA 5P4QA 4NPUA 1EEDP 1FQ6A 1BV7A 3TPJA 3PWMA 5P62A 5P0LA 1HVSA 2Q63A 2AVOA 5P6QA 4ACXA 1ZBGA 4Y4UA 4BELA 2WF4A 2Q3KA 3KFRA 3DUYA 5AHBA 3PSUA 4LXMA 3OUCA 4FSLA 3S45A 5P5MA 5P8HA 5DR8A 5P7YA 3HAWA 5DR4A 5OZXA 5APRE 3S7LA 5JG1A 1APWE 3NU5A 2G22A 5P7CA 1NPAA 5P4GA 4Y47A 1QDMA 5P7PA 4OBZB 5P2XA 3OOZA 5P45A 4B1EA 3S43B 3SA5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2Q64 A;  1PRO A;  4YOB A;  3O9A A;  5HTZ A;  5P1B A;  3EKV A;  5P4M A;  2NMZ A;  6FIV A;  3OTY A;  1W5Y A;  2VIJ A;  5T4S A;  3D91 A;  4GJA A;  3ZKM A;  3VF5 A;  3R1G B;  1B5F A;  3UQW A;  3MSL A;  2I4W A;  1SDT A;  4CPS A;  5DPZ A;  4KUP A;  6UPJ A;  5P5B A;  2RMP A;  1TCW A;  1EBY A;  4Y3E A;  4HE9 A;  1LYB B;  4L1A B;  4H3G A;  5P2D A;  1ZP8 A;  1SH9 A;  5J25 A;  1E82 E;  3BUG A;  3KT2 A;  1Z1H A;  1G0V A;  1T6E X;  5P8Q A;  2HB3 A;  5P3U A;  1SGZ A;  1EAG A;  4AA8 A;  2FMB A;  1HVI A;  3LIX A;  5DGW A;  2BB9 A;  1D4H A;  4EXH A;  4OD9 B;  1MSM A;  4MC2 A;  3NXE A;  4EHC A;  4FS4 A;  5P35 A;  4Y3S A;  4OBG A;  4Y36 A;  3PSG A;  4DQE A;  4FL8 A;  3S53 A;  4GJ8 A;  2V11 C;  3K5C A;  1HVJ A;  4Y4W A;  2XYE A;  4TRZ A;  5P1I A;  3DK1 A;  3VLA A;  3MSJ A;  3OQD A;  1DIF A;  5P8C A;  2HB4 A;  1QBU A;  5P1S A;  2B42 A;  4EJL A;  5P0G A;  4EJD A;  5P5V A;  2VNN A;  3RTM A;  3CIC A;  1GKT A;  3O99 A;  2NPH A;  5P5F A;  5C9B A;  2ZJH A;  2QNN A;  3BGC A;  3SQF A;  4Y3Z A;  4B77 A;  1NH0 A;  3K4V C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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