3OU4B

Mdr769 hiv-1 protease complexed with tf/pr hepta-peptide
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKTIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Nine Crystal Structures Determine the Substrate Envelope of the MDR HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 protease
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ou4B00
3RTNA 5P48A 3UCBA 4R93A 4XKXA 4LC7A 4XX3A 3ZKIA 3PBDA 3FX5A 1SGUA 4FM7A 1A94A 1DAZC 5OZZA 1GVUA 1IIQA 1BBSA 3FKTA 1AIDA 5P8UA 1A8GA 3SA5A 4DQGA 4YOAA 4BELA 6UPJA 4Y3MA 2AZBA 2RKFA 1MRWA 3O9HA 3DV5A 4LL3A 5P29A 5P7UA 2APRA 5KR8A 4Y43A 4CPSA 3PMYA 2WF2A 1KJ4A 3PCWA 3VYDA 2R5QA 3DJKA 5P58A 1UPJA 5P59A 4Y3HA 5OZ5A 2PK6A 4Y50A 5OYUA 3UQWA 2QP8A 2NMYA 3OUCA 3UHLA 5P5DA 3I2LA 2P8HA 1BWBA 3O9DA 4Y4DA 1MIQA 3OUDA 4Q1WA 4Y3FA 5P8IA 2O4NA 3IXKA 4WY1A 2IS0A 4YBIA 2FXEA 3ZKNA 4Z50A 3EL5A 5P0WA 4EXHA 3I7EA 1NSOA 3LINA 3SAAA 3NR6A 3URJA 3OY4A 3OXCA 5AH8A 1U8GA 3O9EA 1SBGA 1TSQA 2WF1A 3IN3A 3QRMA 4EYRA 5DGUA 4Z2ZA 1HTGA 2FXDA 3GGXA 5P5NA 5P42A 3LIXA 5P2MA 4Y44A 1HVRA 3CMSA 2A1EA 5KQYA 4L7HA 4NPUA 3U7SA 4DJXA 3PB5A 5C9DA 1IZDA 4OC6A 4PZWA 5P65A 4Y56A 1CPIA 4Y9WA 1K2CA 2OHRA 5OZ3A 1B11A 5P1AA 5P2HA 4Y4UA 5P2RA 2AIDA 5P3XA 1HVIA 2HM1A 1RV7A 1D4LA 4APEA 5HU1A 1ZPKA 3CIDA 2RENA 5P06A 3S54A 5P7KA 4Y4TA 1FIVA 1EPQE 3LZVA 1META 2V16C 4I0EA 3KF0A 4LP9A 3KYRA 4Y3XA 4Y39A 5P57A 2IKUA 4Y3YA 3K5DA 3INHA 1F7AA 3CIBA 3EKTA 3ER5E 3NDUA 4J55A 3GI5A 4ZPEA 1APUE 2VIYA 5P1DA 4EJDA 4MC6A 1AJVA 3KA2A 1FQ6A 5P16A 5P4JA 5P72A 2G27A 3RU1A 4FRKA 2AZ8A 2R5PA 2VA6A 4PHVA 1DPJA 2OAHA 2QI4A 5P3TA 1MEUA 4UPJA 1EC2A 5IVSA 5P7CA 5P8AA 5P6BA 3WZ8A 3SLZA 3UQPA 2I4QA 3Q70A 2BQVA 5P7WA 3IVIA 3HAUA 4GJ7A 5P8GA 1SGZA 1PSOE 3B80A 4GJ5A 4RCFA 5P2KA 3S7MA 4EJKA 1FQ8A 5DQ1A 2V11C 1IZEA 6FIVA 2F3FA 5P8TA 2Z4OA 1LEEA 2OHSA 5OZFA 1NPVA 3EL9A 3IGBA 5P37A 2G1NA 4CPWA 5P1FA 4PZXA 1LYWB 5P7BA 5P8FA 3OAGA 1W5YA 4EJ8A 4YCTA 2NPHA 5P7DA 4Y4ZA 3LPJA 3HLOA 4Y36A 1CZIE 1FG6C 3S8IA 1W5WA 3G72A 4ZPFA 5F00A 5P8KA 4B72A 3KFNA 4I0GA 2NTRA 2BKTA 2QHYA 3INDA 5P0OA 1HXWA 5P1EA 3PVKA 3OQAA 2IDWA 2WKZA 5OZNA 4RRSA 4DFGA 3UDKA 5P1OA 4LAPA 4MC9A 1BILA 4IVTA 1PPLE 5HDZA 1CMSA 2BKSA 4K4RA 1IVPA 4EQ0A 4J0TA 5P4GA 1HTFA 5COKA 2OHTA 5HDUA 5P0EA 3SA3A 3VLBA 3Q4BA 5P5TA 5FIVA 4Y3AA 4EPJA 3OU3A 1DIFA 5DR8A 1FGCC 2CEJA 3MSJA 3DM6A 5P0NA 5P36A 1MSMA 3KMXA 3NUOA 4Q1NA 1HIVA 5P04A 5P6OA 5P6TA 5P23A 5P35A 3ZKMA 3H5BA 4FRIA 1BVEA 2F3EA 4WTUA 5P1LA 4Y4GA 5UPJA 3O9LB 5P1CA 4PYVA 5P6HA 5P41A 3PI0A 1E81E 1OEWA 3NLSA 3OWNA 4DJWA 1Q9PA 2NNPA 1RPIA 4J1EA 2G69A 3UDHA 3NU9A 1HRNA 4EJLA 4CP7A 3OQDA 1PSAA 2P83A 1ENTE 5OZ4A 3QRVA 5I3YA 3O99A 2HPFA 5P7EA 5HVPA 1MSNA 5P6XA 4OBHA 4GJDA 1AAQA 3BGBA 4L1AB 2R3WA 3INFA 4DQHA 5C9FA 2NMZA 4LHHA 3LZYA 5DPZA 2BJUA 1EPOE 5P03A 3VV6A 5P46A 5P7MA 5DGWA 3NU3A 2NNKA 3PGIA 4RCDA 4YDFA 5JFUA 1SDUA 5CLMA 5P7YA 5P73A 3SFCA 5P4RA 4B77A 5P7JA 3NYGA 1HPVA 4J1IA 3PLDA 3S56A 1E5OE 3SACA 4YBFA 5P5HA 5I70A 5OZJA 3LITA 3VG1A 4M8XA 5P1YA 2B7FA 2VIZA 2B7ZA 3QN8A 2QMPA 5P6FA 3MSKA 1EPME 5P7IA 3TTPA 3NU5A 2QZXA 3BXRA 3R0WA 4CKUA 3RSVA 1ODXA 5P0ZA 3NWQA 5P3DA 5P1BA 5OZLA 1LF4A 3LIQA 2WEAA 4Y4WA 3WSJA 1HVKA 5ER1E 3TOGA 1BAIA 5OYSA 4RROA 1LS5A 5HE7A 3TL9A 1F34A 2O40A 5OZSA 2O4PA 2OF0A 1HSIA 3JVYA 4DJQA 2VNMA 2IENA 2AODA 2G24A 2IGYA 4RZ1A 5P1RA 3VV7A 1NPWA 3VYFA 1D4KA 3C9XA 1MERA 5P4OA 3SA6A 5P4BA 2EWYA 1FQ4A 4I0JA 5I3XA 4D88A 5P86A 2ZJNA 1APVE 3ZKSA 4EP3A 5P2LA 1FQ5A 5OZ7A 3TLHA 5SZ9A 3ZOVA 5P7PA 1SMEA 3ZPTA 4COEA 2ZHUA 3S45A 5OZHA 4I0DA 5JFPA 3BUFA 1IZHA 3L38A 5OZCA 1SDTA 3EKPA 5P1QA 5P5KA 4Y3SA 3BHEA 5P83A 1GVXA 4ZE6A 4GJBA 1FKNA 4I0IA 1UH7A 5P2BA 4RYCA 4DJRA 5P3HA 4CPTA 3UF3A 2OHUA 5P30A 5P5UA 1AXAA 5P70A 3QROA 5P5JA 4QGIA 3T7PA 1LYWA 3PSGA 5P1MA 1ZBGA 4Y4BA 5P2ZA 4ZPGA 5P53A 5P5FA 3GGVA 4Y54A 1XE5A 2QK5A 4I0HA 1ZP8A 4ZLSA 3S7LA 5OZ6A 3O9BA 3OK9A 3LIZA 4R92A 1B6LA 4RGHA 5P26A 4YD3A 3RVIA 2JJIA 1HSGA 3WZ6A 4EQJA 2AQUA 1GNMA 2QNNA 3SM2A 5C9BA 1HTEA 2P3DA 5P1JA 1BXQA 1RL8A 4Y3EA 4F76A 2FIVA 5PEPA 1OHRA 2ER6E 4Y5BA 1LF2A 1QRPE 3R4BA 5P2IA 1VIJA 4Y4XA 4NJUA 5P7NA 5OZVA 3PBZA 4OD9A 5P1GA 4OBKA 4I0FA 5P7VA 4A6CA 2QI3A 5P3AA 3PCZA 2ZE1A 3BVBA 2Z54A 3KFRA 1TSUA 5AGZA 2IGXA 3F9QA 3O9LA 4GJ8A 4KE1A 2WJOA 3TOHA 5P2WA 3SKGA 5P4YA 1MVPA 4Y3ZA 4FIVA 2ZYEA 3VF3A 5P0JA 1GKTA 2UXZA 5OZMA 1G2KA 2R3TA 2HB4A 5P3BA 1C70A 5P71A 1HVSA 1EAGA 1SH9A 3LIVA 1LV1A 5P3GA 4CPUA 2BB9A 1OD1A 3TPPA 1T7IA 1EPRE 1FMXA 5P38A 4FAEA 2O4SA 5P19A 2PSVA 1BDLA 5P4TA 1MT8A 3VFBA 3CYXA 4NJSA 3EL1A 2J9JB 4WY6A 3EKWA 2I4XA 4Y4AA 3SPKA 2QI7A 5DQ4A 4JP9A 7HVPA 5HD0A 4F74A 3NDTA 3RSXA 5P1TA 1B6PA 1FG8C 3T7XA 3UQXA 3IAWA 4YHQA 1RNEA 3I25A 5HE5A 2V13A 1GNNA 5P4UA 1HVHA 2BPZA 2QCIA 3DCRA 5P43A 5P80A 1EC1A 4MC1A 2PH8A 5AH7A 4EHCA 4ZIPA 1IVQA 1W6IA 3QBHA 2AVMA 2P3CA 1MT7A 2Q54A 4DJVA 8HVPA 3IXJA 5P2FA 3DK1A 5P50A 4AA8A 2G1OA 3PRSA 4FAFA 5P4IA 5P2AA 4B0QA 2IEOA 2FNSA 5P74A 5HE4A 3GGUA 1GNOA 2I4VA 1FLHA 2I0AA 3KFSA 1W50A 4Y3QA 3L3AA 3PEPA 4DQCA 2WECA 3EM3A 2B42A 5OZWA 4YCKA 1E82E 5P1IA 3VV8A 1W6HA 1SIPA 5SXNA 4EXGA 5P0MA 2V10C 2QI5A 2RKGA 5P66A 4CMSA 4D89A 2WF0A 1HIHA 3TKWA 3IN4A 4L6BA 5P5SA 4NJVA 5AHAA 3UDJA 3L58A 4Y47A 1ZLFA 5OZ9A 3UDQA 4FM8A 2BPVA 3OQ7A 2F8GA 3R1GB 1C6ZA 5P4NA 2VS2A 3VLAA 3K5FA 4B1DA 4D8CA 2Q3KA 3H0BA 5P3PA 1HVCA 3HD8A 2WEBA 4KUPA 1RQ9A 4J0PA 5P0AA 1Z1RA 3Q6YA 3BUGA 1G6LA 4Y5MA 4TRYA 1SMRA 5P5LA 4R91A 4B05A 5P7QA 3KDCA 2ZJJA 1AZ5A 5P8HA 5CONA 3LNKA 4K9HA 4YD7A 5OZGA 5P4MA 4YD6A 5P82A 5ER2E 1YM4A 2I4DA 4Y3PA 3LHGA 1YTJA 2FLEA 5IVTA 4Y5LA 2QNQA 2ZJHA 2ZHTA 5P2TA 3OUBA 2UPJA 3L5BA 3CKRA 4Y3GA 5P4LA 4I11A 3RTHA 5OZPA 1QS8A 3K1WA 5P10A 4XXSA 3PM4A 5P15A 5P4ZA 5P32A 2ZDZA 1A8KA 3EXOA 3CYWA 5OYVA 1EBYA 4GYEA 1B5FB 1XDHA 4Q1YA 2IKOA 5P8PA 3BXSA 3L5DA 1K6TA 4J54A 3RTMA 1PROA 5HCTA 5P77A 2IL2A 1ZSFA 5P4WA 5P6SA 5JG1A 2Q5KA 4ZSPA 3O9CA 1M0BA 5P02A 4L7GA 4R95A 5P8DA 3L5EA 1BV9A 4HDPA 5P6DA 1MT9A 3M9FA 2FDDA 3UDYA 1K6PA 4RYGA 5P8VA 4Y5CA 4Y3RA 3OADB 5P0BA 5P31A 5HDXA 5P8SA 3PWMA 2VIEA 5P56A 1BXOA 5DR1A 4QJ6A 5OZAA 5KR0A 1MUIA 4BEKA 3EKVA 2G22A 1HEGE 4FRSA 5P5AA 5P3RA 4AMTA 5P4XA 3VF5A 5P6JA 2F81A 2FGUA 3O9AA 1HEFE 1TCWA 5T4SA 5P0YA 2QD7A 5P2YA 3KN0A 3EL4A 1G35A 2AOJA 4I8ZA 2VNNA 3NXEA 1C6XA 5P0VA 5HCOA 5P3FA 4YCYA 5P7LA 4KE0A 4H3IA 3OTYA 3URIA 5BWYA 3CICA 3SM1A 4ZSRA 4DQEA 5P0TA 1EC0A 2BBBA 3GI0A 1D4HA 5OZEA 3UQRA 1ER8E 2AVSA 4JECA 5P6PA 2WEDA 3MXDA 4I12A 1FQXA 2QMDA 3TPLA 3LPIA 3OU4B 2AVQA 4A4QA 3ZKQA 3NWXA 3L59A 5P3SA 5P4AA 4YD4A 1EBZA 2R9BA 4DUSA 1M4HA 4U7VA 2QU2A 3UFLA 2OHLA 1VIKA 3O9FA 1MESA 4HZTA 3K4VC 3NXNA 4DQFA 2PYMA 5P01A 1TQFA 3VSWA 1SIVA 3BGCA 5P24A 2WF4A 1XL2A 3OUDB 4Y48A 3T3CA 5P5PA 3S53A 3VF7A 5I3WA 4TRZA 2JJJA 4RLDA 4Y37A 4J5JA 5P6QA 4DJUA 5P2QA 4NKKA 4ZSMA 5KR1A 3TPJA 1B6JA 5IE1A 3R2FA 5DR3A 3IA9A 5P1ZA 2VIJA 4Y5GA 5P2GA 5COPA 5P33A 3ZMGA 4FRJA 5OZ1A 5P76A 7UPJA 3UFNA 3EMYA 1SP5A 4X2LA 2VA5A 3OTSA 1FMBA 1HXBA 4Y3NA 5P2EA 5BRYA 5P3OA 5OZ0A 3FV3A 5OYXA 4OC6B 5E5JA 5P45A 3MXEA 1XS7D 5P39A 3QS1A 4NPTA 5OZRA 3UDPA 3ECGA 3NUJA 2QZKA 3QP0A 5P0FA 3PJ6A 4PEPA 2G94A 4ER1E 1DMPA 3PSYA 5P0HA 3WB4A 5P4QA 3I6OA 4XX4A 2P4JA 5P6IA 3NU4A 5P2JA 5P0UA 3SO9A 2MIPA 3OXVA 3O9GA 4J1HA 1HIIA 2PYNA 3AIDA 2JXRA 5P7AA 5P7ZA 1C6YA 5P7FA 5OZOA 2QD6A 3KM4A 4CPXA 4L7JA 5P2OA 1QBUA 2WHHA 2AZ9A 4Z4XA 1HHPA 4Y38A 1EC3A 2B60A 4Y3WA 5EZXA 4Y53A 1LF3A 1LYBB 3G70A 5P8LA 1B6KA 2ZJKA 4HA5A 1B6MA 5P69A 1APTE 2XFJA 2VJ7A 5OZTA 1YX9A 5P8BA 5APRE 5ENMA 3B7VA 5P28A 4TRWA 2G26A 4YOBA 5P34A 3PWRA 5OZUA 3OXWA 5P18A 4Y3DA 5P6LA 4APRE 2IQGA 1B5FA 2QHZA 2FDEA 2R38A 5P85A 4HLAA 1QBSA 4A6BA 3T6IA 1T3RA 4F73A 2OHNA 3FIVA 4J1CA 5P4CA 5P5CA 5P54A 4Y57A 4YA8A 4FSEA 1FFFC 1HPSA 1IZIA 3KT5A 1T6GA 5KAOA 2PWRA 4HDFA 3OADA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RTN A;  5P48 A;  3UCB A;  4R93 A;  4XKX A;  4LC7 A;  4XX3 A;  3ZKI A;  3PBD A;  3FX5 A;  1SGU A;  4FM7 A;  1A94 A;  1DAZ C;  5OZZ A;  1GVU A;  1IIQ A;  1BBS A;  3FKT A;  1AID A;  5P8U A;  1A8G A;  3SA5 A;  4DQG A;  4YOA A;  4BEL A;  6UPJ A;  4Y3M A;  2AZB A;  2RKF A;  1MRW A;  3O9H A;  3DV5 A;  4LL3 A;  5P29 A;  5P7U A;  2APR A;  5KR8 A;  4Y43 A;  4CPS A;  3PMY A;  2WF2 A;  1KJ4 A;  3PCW A;  3VYD A;  2R5Q A;  3DJK A;  5P58 A;  1UPJ A;  5P59 A;  4Y3H A;  5OZ5 A;  2PK6 A;  4Y50 A;  5OYU A;  3UQW A;  2QP8 A;  2NMY A;  3OUC A;  3UHL A;  5P5D A;  3I2L A;  2P8H A;  1BWB A;  3O9D A;  4Y4D A;  1MIQ A;  3OUD A;  4Q1W A;  4Y3F A;  5P8I A;  2O4N A;  3IXK A;  4WY1 A;  2IS0 A;  4YBI A;  2FXE A;  3ZKN A;  4Z50 A;  3EL5 A;  5P0W A;  4EXH A;  3I7E A;  1NSO A;  3LIN A;  3SAA A;  3NR6 A;  3URJ A;  3OY4 A;  3OXC A;  5AH8 A;  1U8G A;  3O9E A;  1SBG A;  1TSQ A;  2WF1 A;  3IN3 A;  3QRM A;  4EYR A;  5DGU A;  4Z2Z A;  1HTG A;  2FXD A;  3GGX A;  5P5N A;  5P42 A;  3LIX A;  5P2M A;  4Y44 A;  1HVR A;  3CMS A;  2A1E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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