3OU4B

Mdr769 hiv-1 protease complexed with tf/pr hepta-peptide
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKTIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/peptide
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Nine Crystal Structures Determine the Substrate Envelope of the MDR HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ou4B00
3L3AA 4H3FA 4NJVA 5P70A 4HDPA 4Y37A 5ISJA 4Y43A 5AH9A 3S7MA 3EL5A 2AZBA 4Y36A 5P2AA 5P6JA 2ZHSA 5IS4A 4OBKA 3UQPA 1NPVA 2NR6A 4PEPA 4D83A 2VJ7A 3L38A 4I0ZA 1TCXA 2P83A 3U6AA 4F75A 1EBKC 1HVRA 2AVSA 3CIBA 4FS4A 2ASIA 2OHRA 3OXXA 4AZYA 5P8NA 4Y3GA 1YM4A 2XYEA 2QHYA 2OHKA 4RVXA 4DJOA 5P2YA 1TQFA 4Q1WA 1HSHA 3L59A 5CLMA 5KR1A 5P02A 5P6VA 3O9BA 5P6MA 4J5JA 4JECA 1W6IA 5P4VA 3VF7A 1EPOE 2XYFA 4GJAA 2PK5A 1K6PA 5E5KA 3QVIA 4EP2A 3IA9A 2IRZA 3IXKA 3OUDA 5P6SA 3ER3E 3GI5A 4Y45A 2WEDA 5P6EA 3AIDA 3EL1A 3Q3TA 3NDXA 2I4XA 3G72A 1B5FB 2ZHTA 4R91A 5OZDA 4Y4EA 4TRZA 1VIJA 2J9JB 3VV8A 1PPME 2SAMA 3K5GA 1DPJA 1YTGA 3Q4BA 2G1SA 5P6KA 3RSVA 3FNTA 2FDDA 4CPSA 1EPME 5AHBA 3KT2A 5TOLA 1HPOA 2P3CA 5P8DA 4HZTA 3BHEA 3NWXA 5P0MA 3HVPA 5P8AA 5P6DA 3VLBA 2NXDA 3BGCA 2ZHUA 5AH7A 2AOEA 3OU4A 3OU1A 4A4QA 5P81A 4CMSA 3QIHA 3DM6A 1OEWA 4Y3NA 1HIIA 5KOQA 4Y3HA 2A4FA 5OZ7A 3Q6YA 3OTYA 5P2KA 3LZYA 4OBJA 3UDKA 1LZQA 5P23A 3QN8A 3VYEA 3KFRA 4HVPA 5B18A 3PEPA 1WBKA 3CIDA 1W6HA 4WTUA 4YCTA 5I3YA 2FMBA 3SA8A 3NYGA 5P5QA 1PFZA 1CPIA 2BPVA 5P3HA 1A30A 1HPVA 3S53A 1SGZA 1RL8A 1KZKA 1D4JA 4HDBA 3UDMA 1HSIA 3FKTA 2QI1A 3EC0A 1T7JA 4R8YA 3L5FA 5P1YA 2NPHA 1KJFA 1BDQA 5P2GA 2ER7E 2QI7A 3ZPTA 4FAEA 3EM4A 3BC4A 5OZCA 4RYGA 5P1LA 3B80A 4MC2A 4DPFA 1QS8A 5P10A 4Y5GA 1C70A 1T7IA 2WF0A 3O9LA 3UQWA 5P0FA 5P3YA 2G1RA 5P0ZA 5P12A 3PLDA 5P68A 1BDLA 2NNKA 4BFBA 5OZ3A 2WECA 3UFLA 1RQ9A 2CEJA 2OHTA 3VF3A 2Q64A 5ISKA 1ZTZA 1HVHA 5P8IA 4B77A 4Y4GA 5P73A 4HLAA 1MERA 1K2BA 4GJ6A 5P3GA 5P24A 5P2JA 3HLOA 1Z1RA 5P22A 8HVPA 5P1DA 2G22A 5P1NA 4JP9A 5P0TA 2NXLA 3L5DA 5P0EA 4J1FA 2ZJNA 4XXSA 2QZXA 3PI0A 1YTIA 3KFSA 2V13A 3OTSA 5P48A 2VKMA 3D20A 5P2EA 1F34A 1LF4A 2QD8A 4ZPGA 5P16A 4RRNA 5P8GA 5F01A 4Y4AA 4GJ7A 1HPSA 3LIQA 2JJJA 4I8WA 4I0FA 3U7SA 2G24A 1SBGA 3OADB 5P63A 2BB9A 4K8SA 5P3BA 4H3JA 1W5VA 5P4XA 5COOA 3U71A 1HPXA 4EQ0A 1BDRA 5P1UA 3SA6A 4DPIA 2BJUA 3FV3A 2IGXA 5ER1E 4TVHA 4QJ9A 3LZUA 1MUIA 4EJLA 5I3XA 3VSXA 3KM4A 1MESA 5P7DA 3PLLA 5IVQA 1K1TA 4OBZA 3OUAA 9HVPA 2CENA 3I8WA 4AA9A 1APWE 1FKNA 3RTNA 5P76A 3HDKA 1K2CA 2WF2A 1G0VA 4Y54A 5P06A 2VNNA 2ZJKA 2RKGA 1TZSA 2I4VA 5P5ZA 2PWRA 4Y48A 1NH0A 5OZKA 5P18A 4B00A 4YOBA 5P79A 4DJYA 5P11A 3D3TA 3LHGA 4UPJA 1MT7A 4Y4TA 2IL2A 3TOFA 5DR3A 1OHRA 2QAKA 4Y3RA 5SY2A 3O99A 2BPWA 2QD7A 5P1EA 4QJ6A 5ENMA 1HBVA 1BILA 5P5NA 2IDWA 1ZBGA 4FM7A 1D4LA 4FM6A 5P1IA 3OXVA 5P2UA 5P40A 2HB3A 5KQYA 4HDFA 2VJ9A 3QVCA 2WJOA 5P6XA 5OYZA 7UPJA 2RENA 3BVAA 3ER5E 5P0RA 2FGUA 3VSWA 3SM1A 4JPEA 1A9MA 5P7UA 2RSPA 3T7XA 5P7OA 3IXJA 5P3PA 1A94A 5P2OA 3ZLQA 5OZFA 5P14A 3BVBA 2QI6A 4Y3QA 5P7TA 5P7GA 1D4IA 4GJBA 4ZPEA 4A6BA 2AOJA 1ZAPA 4IVSA 4Y4BA 5P3MA 1AVFA 3EKQA 2WHHA 3KMXA 4Y3EA 5P86A 1LYWA 2B7ZA 2O4KA 5P8OA 1HOSA 3WSJA 1MTBA 1T6EX 1BVEA 1BV9A 4DI2A 4Y4ZA 2OHSA 2VJ6A 1AJXA 1W5WA 1YTHA 3OK9A 4B05A 4NKKA 1G2KA 5KR2A 1HVLA 3NU9A 1MRXA 4LL3A 2WEBA 3T3CA 5P7IA 2I0AA 2ZYEA 1HWRA 5P3IA 5SXNA 5IE1A 2F3EA 3JW2A 4R95A 4MC9A 2AVMA 3S45A 5P80A 5P67A 4B1DA 5OYYA 5JFUA 2NTRA 5CONA 4ZE6A 5P6GA 5IVRA 3OUDB 2QK5A 4GIDA 3GI0A 5EZXA 4NJSA 3O9AA 2MIPA 3TPJA 3GGVA 3K5DA 5P62A 3NU6A 2FDPA 5P0AA 5P5CA 5P4FA 5P7FA 5DR7A 4FIVA 3BXSA 1EPLE 4B72A 1TSQA 3S2OA 4DQBA 3TKWA 4I0EA 4Y5MA 5P28A 4I8ZA 5BRYA 4MC6A 3KDCA 5P3DA 2PMAA 2G20A 3O9EA 2R5PA 4X7IA 4L7JA 1NPAA 2PH8A 5P59A 4Y3FA 3S8IA 2XFJA 1FQ5A 5P1AA 4B0QA 5HE5A 4F74A 3UDYA 1ZP8A 4Q1NA 4YHQA 2QCIA 4R92A 3DJKA 3URIA 3OU4B 3OU1B 3CYWA 3K1WA 3WB4A 4RCDA 2JJIA 4J55A 2V0ZC 4DQEA 1W5YA 4B78A 2BPYA 5HD0A 5P4QA 5P6PA 2Z54A 4FGXA 1FLHA 4YDGA 3PHVA 4Y5KA 5OZGA 5P2WA 4YE3A 1NPWA 5P0SA 3QRVA 5P2VA 5P47A 5P54A 5P3NA 5P4YA 4R5NA 5OZLA 1GNOA 5P8BA 4M8XA 5P6CA 5P6WA 3GW5A 4ZPFA 5P1JA 3PMYA 5P1CA 1LEEA 5P0BA 3WZ8A 5P7SA 5P5LA 5P83A 5DQ2A 5P19A 4DJPA 2OAHA 4DH6A 3INEA 5I3VA 4CPXA 1GVTA 2VNMA 5OZHA 1MSNA 4CPWA 3VFAA 1T7KA 5OZPA 2WF3A 1M4HA 3OQ7A 3F9QA 2UY0A 1LYAA 4Y3JA 4Y53A 3O9LB 5OZRA 4R93A 5P5GA 1HXBA 2JE4A 1FB7A 5P7HA 5COKA 2OHUA 3KA2A 4KE0A 1DAZC 1B6MA 5P6ZA 2BKTA 2HM1A 5P57A 3I2LA 5P00A 3EKWA 2VIJA 5P89A 5P2XA 3S85A 4Y5EA 2Q5KA 3VV6A 3WB5A 4ZIPA 2ZGAA 4DQFA 5P0VA 5P6IA 2FDEA 4Z4XA 5BWYA 4D85A 4KE1A 3S43A 1N49A 3SPKA 5F00A 1PSOE 1ZJ7A 5P4EA 4RGHA 4TRYA 4GZFA 4EYRA 5P30A 3G70A 5P5SA 5P31A 3ZKXA 3TLHA 3PM4A 4OBHA 4GMIA 1MIQA 3KF0A 4HE9A 4M8YA 5P3KA 1B11A 3SA4A 1BBSA 1BXOA 3KMYA 5AHAA 3VUCA 3ZKGA 5P7CA 2AOIA 4ACUA 3TOHA 3JVYA 3G6ZA 5P3LA 3FX5A 5P6QA 3DUYA 5KOSA 3QP0A 3UTLA 2OHMA 5P3RA 4YDFA 4J1KA 5BS4A 2I4WA 4Y3WA 1UH8A 5OZ9A 3PWMA 4CPQA 1ZSRA 5P5YA 1ZPAA 1D4KA 5P0GA 2ZHVA 5P0UA 3K5CA 3PB5A 4U7VA 4Y47A 4YD3A 4J0YA 5OZ6A 3BRAA 1APTE 3LITA 1QDMA 1MT9A 1OEXA 3KFNA 3UHLA 2QZWA 5OZSA 5P8UA 4J0TA 5OZYA 2R3TA 4OBZB 1MVPA 3TL9A 3BGBA 4Y51A 5P5RA 2QMGA 1FMBA 1LV1A 3EL9A 3NR6A 1ODXA 5P65A 3SKGA 3NU4A 3MSLA 5COPA 2ER6E 2FXEA 3B7VA 3SA3A 3NDWA 4QGIA 1UH7A 5HU1A 5P4UA 2P3BA 4Y5CA 4I12A 4Y4UA 4Y58A 2I4DA 1K6VA 2G27A 4LXAA 1E5OE 3OAGB 4Y5NA 3UQXA 1APVE 3ZPUA 5P6RA 5T4SA 4DJXA 3ECGA 5P0KA 3EM6A 2I4QA 1YT9A 4OBFA 2PSGA 5P8TA 1HTRB 1EC2A 3PSUA 2ZJLA 3ZOVA 4DUSA 4OC6B 3I25A 4KUPA 4E43A 3O9FA 3C9XA 3LNKA 4APEA 3N4LA 3DOXA 5HDUA 5KR8A 3CKTA 2VIZA 5P4JA 4Q5MA 2VIEA 4J17A 1W50A 5DR8A 3OHFA 5P36A 3QBFA 2O4LA 3PBZA 5P1KA 4EHCA 5P7RA 1MEUA 4RZ1A 4K4QA 3OOTA 2ZHRA 1META 3LIYA 2VA7A 5P5DA 4PZXA 1PSNA 2AOCA 5EZZA 4RYCA 5P77A 5P2SA 4GJ5A 1HVKA 1EBWA 3TTPA 1QBUA 3BUGA 5E5JA 5P1RA 5P5HA 5KAOA 2HPEA 2HB2A 2QI3A 3VYDA 1PPLE 1E81E 5HU0A 4DQCA 4Y3SA 5P56A 2WF1A 4Y4JA 1FFIC 4CKUA 4Q1YA 5P2HA 1BWAA 1DMPA 4DJRA 4BFDA 5P5XA 4YD4A 1SMEA 4JPCA 1GVWA 1HSGA 7HVPA 2AOFA 5P5IA 3NU3A 1APUE 2HPFA 5P69A 3SABA 3APRE 2FNTA 2QI5A 3SAAA 1FMXA 5P25A 3CYXA 1HVIA 2AZCA 4KB9A 4J1IA 5P4NA 1W5XA 5P7PA 4DV9A 3NWQA 2WKZA 5DQ1A 5P0JA 4H3IA 3QPJA 1LS5A 5P5KA 4APRE 5P2QA 5P37A 5P41A 3CKRA 3JVWA 4GB2A 5SY3A 1KJHA 4YA8A 4DQGA 2QI0A 3UPJA 1K6TA 3SA7A 2HB4A 2BKSA 2NNPA 4BELA 5P0DA 5P6FA 3LPJA 2J9JA 3LIZA 3NUOA 3UDPA 2HC0A 5P2LA 1HTEA 5P44A 5P6TA 5P6BA 3FIVA 2PK6A 4WY6A 2QMFA 4Y50A 5OZMA 2ZJHA 3UDJA 2Q11A 3WZ6A 3UCBA 2EWYA 1BXQA 5P1WA 4Y6MA 1T6GA 3MSJA 3WZ7A 1IBQA 3T6IA 4A6CA 3EL0A 3OGQA 1HIVA 3IGBA 1GVVA 4L1AB 2QNPA 5P4RA 3R2FA 1HTGA 5P4PA 1TCWA 4FCOA 5OZNA 3LZSA 5OZQA 4EWOA 1XL2A 4NJUA 3KFPA 3INHA 3PWRA 4CPTA 1RNEA 2F3KA 1AAQA 2Q55A 5P8RA 3OQDA 4QJAA 3DCKA 5P7BA 3ZMGA 5P66A 5P2CA 1HIHA 3KYRA 4Y39A 3ZL7A 4PZWA 3ZKQA 5P74A 2O40A 5P09A 1YG9A 2WF4A 3PSYA 1HXWA 3VFBA 2PWCA 4DJQA 5P4GA 1LYAB 3D1YA 3EKPA 3S7LA 5P5PA 1WBMA 5P7ZA 4Y3TA 5P29A 3OGPA 3TOGA 1IDBA 2VA5A 1HEFE 5DR0A 3CMSA 2G21A 4PYVA 5P3EA 2AVVA 5P6OA 3S54A 5IVTA 2OHQA 4RCFA 4BEKA 3INDA 1YX9A 4I0GA 5P0NA 1E80E 4GJCA 1C6ZA 2QZKA 3CKPA 3PWWA 5P07A 3SM2A 4YD5A 1RPIA 2PQZA 2FNSA 3R0WA 5P4AA 1EPQE 5FIVA 3TH9A 1HEGE 2B7FA 3L5CA 2QMPA 1RV7A 5P84A 1IDAA 4K4PA 1M0BA 5P2IA 5P5UA 5I70A 3T7QA 5P7JA 5P20A 1QBRA 5OZXA 1B6JA 2V11C 4Z22A 2PH6A 5UPJA 1HVSA 3GI6A 3AUPA 2ER9E 5P8HA 3EM3A 2FS4A 2XFIA 4LXKA 2G1OA 2P3AA 1Z1HA 1D4YA 1K1UA 5P3CA 1FQXA 1MSMA 5OZIA 3IN4A 4YCKA 4B70A 3HVGA 5P4MA 1UPJA 4I11A 4DJWA 5P01A 3UQUA 2FIVA 2I0DA 2VA6A 1PSAA 2V00A 3MWSA 3KN0A 5P78A 5P5FA 5HDZA 5P1ZA 5P1TA 5P6AA 6UPJA 2H6SA 1D4SA 1SGUA 2IKUA 5P4BA 3UF3A 5P0XA 2B60A 4Y3DA 5P03A 3PVKA 3OADA 4NJTA 1ME6A 2VS2A 3SA5A 5P0QA 1FQ8A 3LPKA 5P6UA 1AJVA 5C9DA 3OWNA 2PYMA 3OHHA 4L7GA 1IZDA 1AIDA 5P2RA 1B6LA 1B6PA 5P8JA 2UXZA 1QBSA 5P35A 3QROA 3OQKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3L3A A;  4H3F A;  4NJV A;  5P70 A;  4HDP A;  4Y37 A;  5ISJ A;  4Y43 A;  5AH9 A;  3S7M A;  3EL5 A;  2AZB A;  4Y36 A;  5P2A A;  5P6J A;  2ZHS A;  5IS4 A;  4OBK A;  3UQP A;  1NPV A;  2NR6 A;  4PEP A;  4D83 A;  2VJ7 A;  3L38 A;  4I0Z A;  1TCX A;  2P83 A;  3U6A A;  4F75 A;  1EBK C;  1HVR A;  2AVS A;  3CIB A;  4FS4 A;  2ASI A;  2OHR A;  3OXX A;  4AZY A;  5P8N A;  4Y3G A;  1YM4 A;  2XYE A;  2QHY A;  2OHK A;  4RVX A;  4DJO A;  5P2Y A;  1TQF A;  4Q1W A;  1HSH A;  3L59 A;  5CLM A;  5KR1 A;  5P02 A;  5P6V A;  3O9B A;  5P6M A;  4J5J A;  4JEC A;  1W6I A;  5P4V A;  3VF7 A;  1EPO E;  2XYF A;  4GJA A;  2PK5 A;  1K6P A;  5E5K A;  3QVI A;  4EP2 A;  3IA9 A;  2IRZ A;  3IXK A;  3OUD A;  5P6S A;  3ER3 E;  3GI5 A;  4Y45 A;  2WED A;  5P6E A;  3AID A;  3EL1 A;  3Q3T A;  3NDX A;  2I4X A;  3G72 A;  1B5F B;  2ZHT A;  4R91 A;  5OZD A;  4Y4E A;  4TRZ A;  1VIJ A;  2J9J B;  3VV8 A;  1PPM E;  2SAM A;  3K5G A;  1DPJ A;  1YTG A;  3Q4B A;  2G1S A;  5P6K A;  3RSV A;  3FNT A;  2FDD A;  4CPS A;  1EPM E;  5AHB A;  3KT2 A;  5TOL A;  1HPO A;  2P3C A;  5P8D A;  4HZT A;  3BHE A;  3NWX A;  5P0M A;  3HVP A;  5P8A A;  5P6D A;  3VLB A;  2NXD A;  3BGC A;  2ZHU A;  5AH7 A;  2AOE A;  3OU4 A;  3OU1 A;  4A4Q A;  5P81 A;  4CMS A;  3QIH A;  3DM6 A;  1OEW A;  4Y3N A;  1HII A;  5KOQ A;  4Y3H A;  2A4F A;  5OZ7 A;  3Q6Y A;  3OTY A;  5P2K A;  3LZY A;  4OBJ A;  3UDK A;  1LZQ A;  5P23 A;  3QN8 A;  3VYE A;  3KFR A;  4HVP A;  5B18 A;  3PEP A;  1WBK A;  3CID A;  1W6H A;  4WTU A;  4YCT A;  5I3Y A;  2FMB A;  3SA8 A;  3NYG A;  5P5Q A;  1PFZ A;  1CPI A;  2BPV A;  5P3H A;  1A30 A;  1HPV A;  3S53 A;  1SGZ A;  1RL8 A;  1KZK A;  1D4J A;  4HDB A;  3UDM A;  1HSI A;  3FKT A;  2QI1 A;  3EC0 A;  1T7J A;  4R8Y A;  3L5F A;  5P1Y A;  2NPH A;  1KJF A;  1BDQ A;  5P2G A;  2ER7 E;  2QI7 A;  3ZPT A;  4FAE A;  3EM4 A;  3BC4 A;  5OZC A;  4RYG A;  5P1L A;  3B80 A;  4MC2 A;  4DPF A;  1QS8 A;  5P10 A;  4Y5G A;  1C70 A;  1T7I A;  2WF0 A;  3O9L A;  3UQW A;  5P0F A;  5P3Y A;  2G1R A;  5P0Z A;  5P12 A;  3PLD A;  5P68 A;  1BDL A;  2NNK A;  4BFB A;  5OZ3 A;  2WEC A;  3UFL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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