3OUAA

Mdr769 hiv-1 protease complexed with p1/p6 hepta-peptide
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Nine Crystal Structures Determine the Substrate Envelope of the MDR HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 protease
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ouaA00
5KQXA 2QI3A 4Y3PA 4B1CA 4RVJA 1Z8CA 5P66A 1HHPA 1XDHA 3PEPA 2V16C 5DR0A 5P5RA 5HCOA 1FF0C 3O9HA 1F7AA 4Y3JA 3PMUA 2UY0A 4DVFA 4Y37A 2H6SA 3ER5E 4JECA 4XKXA 3S7LA 4HVPA 4YCTA 4FRJA 5DGWA 3VV6A 1QBTA 4COEA 1Q9PA 5P2DA 3FKTA 3UDRA 5HE7A 5P8EA 1META 5P19A 4Z22A 4FM8A 1CMSA 5P8PA 4I10A 2PYNA 5P3WA 5P3UA 5SZ9A 4K4QA 3D20A 4TVGA 3EXOA 5P2JA 3TOHA 4Y3ZA 4RYGA 4Z2ZA 1K6PA 5P84A 5P27A 5P06A 5COPA 4PZWA 1EBWA 4BFBA 3VYDA 5P73A 1DPJA 2HPFA 5P60A 2OHUA 5P8KA 4I1CA 5P5EA 2XYEA 3LHGA 4GMIA 3OGPA 5OZVA 4CPSA 4YD6A 3BC4A 4YA8A 1D4KA 1SMEA 5DQ2A 5OZEA 5OZUA 4MC2A 3SAAA 5P28A 5AH9A 5P4UA 3RSVA 5IE1A 3PHVA 5OZXA 3VYEA 4CPQA 5P26A 5CONA 4Y45A 3AUPA 3NXNA 3DCRA 5P34A 5OZHA 2OHNA 3UQPA 4RZ1A 1OEWA 5P59A 4FRSA 3OK9A 3BUHA 2O4NA 2BPXA 4BFDA 3I2LA 2JE4A 1G35A 3LIYA 2AODA 3IXOA 3MWSA 4WY1A 1SDUA 4FE6A 3PRSA 3ZOVA 4Y4XA 4Y57A 3N4LA 3T6IA 5DQCA 1BDRA 4DQHA 3EBZA 4HZTA 2B7FA 5DPZA 5P4OA 3L5CA 4Y48A 3KN0A 4Y58A 4Q5MA 4J54A 3OY4A 1HXBA 1IDBA 3MSKA 5P8SA 5P1NA 5P77A 1FLHA 5P8JA 3UDPA 3TPLA 1D4YA 5IVSA 5P4RA 5P6WA 3R4BA 5I3VA 4Y39A 3GI0A 3ST5A 1WBMA 2PH6A 1MVPA 3VV7A 2JJIA 2BBBA 3APPA 2P3DA 3NU9A 4ZPEA 5P29A 1QBRA 4D8CA 1APVE 4H3IA 3L3AA 1ME6A 4LXKA 5P38A 1EPRE 4Y3EA 2FDDA 1SP5A 2J9JA 4YDFA 5I70A 3SFCA 3PBDA 1SDTA 1FQ8A 2R38A 3EKVA 1LV1A 4EJKA 5P0GA 1N49A 1YTGA 5P0LA 2QNPA 2F3KA 5P8LA 3T11A 2P8HA 4Q1YA 4Y36A 5P2EA 4FM7A 5P0YA 2OAHA 5OZQA 3LPIA 2EWYA 5FIVA 2BKTA 2HAHA 5P5DA 3UHLA 2NMYA 5ER2E 4RRSA 3I25A 2FNSA 2G94A 5I3YA 5OZGA 1MEUA 2RMPA 2NNKA 5P1BA 3RTMA 3NXEA 4PYVA 2QI1A 5P6HA 5P32A 4H3JA 3KFPA 3KMXA 1B11A 1QDMA 2ZJHA 2B60A 7UPJA 3OU1A 4QJ6A 1BVGA 4B05A 3D91A 3TOFA 1ZSRA 4JP9A 2ZGAA 2JYSA 4J1IA 2JXRA 2ZYEA 3OHFA 1HPOA 5P4SA 3SA6A 2NXDA 3DOXA 5P4HA 5P8FA 1EC1A 3INHA 5HDZA 2PMAA 1ODYA 4FRKA 1ZAPA 1UH7A 1IZEA 3IAWA 5P7KA 1MRXA 3HAUA 3PSYA 5P2VA 2QHZA 2B7ZA 2RKFA 5IS4A 4GJ7A 5P8AA 3GGXA 5P3XA 3SPKA 2ZDZA 3OXXA 1LS5A 4NPTA 5P5YA 1YG9A 1FQ6A 5P0RA 3OXCA 2WJOA 4X2LA 5P3IA 4CPUA 3Q70A 2NNPA 3B7VA 5P78A 4GZFA 4QGIA 3QI1A 4FSEA 4Y3HA 3LITA 1C70A 5P86A 4Y3DA 5P8NA 4WTUA 4Y3QA 3S85A 5OZYA 5P1IA 3EL9A 4Y3MA 5OZJA 4TVHA 2QCIA 5P20A 3UCBA 3PB5A 5OZDA 1A30A 1HVSA 5P3VA 5P81A 5P08A 4MC9A 4EHCA 4EQJA 4OBZA 2QAKA 3S43A 1BBSA 5P1SA 2F8GA 4U7VA 2ANLA 3O9IA 5P42A 5P00A 4EQ0A 3EKTA 3L5DA 2O4KA 5KOQA 5P2TA 5ER1E 1FB7A 1BILA 1FGCC 5HCTA 1A94A 5OYRA 1ZLFA 1SIVA 5APRE 2FDPA 5OZ9A 4GJ9A 1WKRA 4I0EA 2VS2A 5OZKA 3QRSA 1ZBGA 1ZPKA 5P85A 3KDCA 5P7FA 4Y4UA 4MC1A 1AZ5A 1BXOA 5P09A 3OU3A 5P5NA 4Y56A 2AOIA 3HAWA 3IVHA 4J1KA 5P5ZA 4Y5LA 5HU0A 3UFNA 4H3FA 1PPKE 5P4EA 2HM1A 5P1OA 1QS8A 3KT2A 3BRAA 1HVJA 1GKTA 2AVSA 5P6CA 4FAFA 6UPJA 5P1JA 3R1GB 2QI4A 2WF3A 1D4HA 5P6XA 1LF2A 2ASIA 2IS0A 5P61A 1NSOA 5P7QA 2NXMA 4OBKA 3EM4A 4YCKA 1HXWA 3IXKA 3EL4A 1RPIA 2BPVA 4LBTA 3VFAA 3VG1A 4Y3XA 5P7LA 1XS7D 2QK5A 5P1UA 5P6QA 5P6FA 3FV3A 1YT9A 4Y3LA 3B80A 4Q1XA 5P2FA 4YOAA 3CKTA 2QHYA 3R2FA 1APTE 4J17A 2R5PA 4Y3NA 4F73A 3WZ7A 1IZIA 5P4VA 2F80A 2FNTA 3GI5A 2QMFA 3UDNA 3R0WA 3L58A 5KAOA 3VCMA 5ISKA 1T7KA 1FIVA 1MRWA 3G72A 1EC0A 3SKFA 4Y3TA 3QBHA 4Y5KA 1B6PA 2V00A 4Y5PA 5P7WA 1AIDA 4Y3FA 4L7HA 1W5VA 5P5BA 2SAMA 4A6BA 1TQFA 1UPJA 1FMUA 1MPPA 1C6YA 4TRYA 2IRZA 3CIBA 3QS1A 4I0DA 5P0FA 4IVSA 3L5BA 4PPHA 5P5VA 1HBVA 2ER6E 5P4YA 4Y44A 1NPWA 5E5JA 4B77A 2G26A 3DV5A 3EKXA 4DJYA 1M43A 5OZ6A 3GW5A 3OHHA 2PC0A 1XL5A 5P7HA 3Q3TA 2B8LA 2AZ8A 4ZSMA 1NH0A 3S8IA 4HDPA 1FMXA 1B6KA 4PZXA 3K5DA 1XE5A 5P72A 2I0DA 2QZWA 5P1FA 3RVIA 5P7RA 1D4SA 6FIVA 1APUE 4U7QA 4ZEAA 3CIDA 8HVPA 2J9JB 5P10A 2AVMA 2Z4OA 3TH9A 4R5NA 1GNNA 2NXLA 1ZP8A 2FMBA 1SMRA 1B6LA 4YE3A 4I0ZA 5P0XA 3NU5A 1Z1HA 4GJBA 3VF3A 2OHSA 3O9LB 5P4LA 5P5LA 5OZRA 4JPEA 3SA8A 5P8VA 5P5OA 5P63A 2VA7A 5P6LA 6APRE 2VKMA 5BRYA 3PLDA 4EXGA 5B18A 3VLAA 1FG8C 5P2XA 5KQYA 1BWAA 5J25A 4L6BA 5P69A 2O4LA 3VSWA 1EAGA 3IXJA 3RTHA 4DJPA 2HB4A 3ZKGA 2PH8A 5P18A 2ER7E 4DH6A 4B78A 3OU1B 3Q6YA 1BDQA 5P01A 2MIPA 4EP2A 2QZXA 5P7OA 4AA8A 3L5FA 5P3TA 5P79A 4Y5GA 3DV1A 5P6PA 5P2RA 5E5KA 5P3MA 2I4UA 5P31A 3HDKA 2Q63A 3VUCA 1DMPA 5P51A 2OF0A 2F3FA 2P3AA 2RSPA 3GI6A 4KB9A 5P7SA 1G2KA 2PSVA 5P8CA 4DJQA 4Y5MA 2ZHVA 2B42A 5T4SA 5P7DA 4F76A 4QJ2A 3VLBA 5UPJA 3K5FA 2ZHRA 1HPVA 5ENKA 1TW7A 2VIJA 5P8HA 1LYBA 3NU6A 4HA5A 2WHHA 4Y3WA 2BKSA 3BVAA 5P0SA 2QD8A 4LC7A 5TOLA 1HTGA 4BEKA 3OADA 4I8ZA 5P2MA 3KMYA 3BUFA 5P4ZA 5EZZA 4KUPA 5P0TA 2RKGA 3G6ZA 5P6RA 1Z1RA 2V12C 2P3CA 5OZ1A 4Y3SA 5P8GA 2WEDA 1MT8A 2FS4A 5P2CA 1ER8E 3C9XA 5P1VA 4OBZB 3PLLA 2PWCA 1BDLA 4Y5CA 3S43B 5P24A 5OYWA 3MXEA 3F9QA 1AJVA 5P45A 1EEDP 5OYQA 3ZKQA 2R8NA 3O99A 5P2UA 4Y53A 3OTSA 1DP5A 3QP0A 5P7UA 5P0WA 5P33A 1XN2A 5P17A 3PWRA 3ECGA 3NWXA 5BS4A 2QNNA 5P8MA 4Y4ZA 3VEUA 4OBDA 1NPAA 2F81A 5DGUA 4NKKA 4X7IA 5P05A 5P80A 1HTRB 3UFLA 3VF5A 4XX3A 1LYAA 1HPSA 3L38A 5P25A 3BGBA 3DK1A 3EM6A 1ZJ7A 5P5UA 4B72A 4I0GA 3PWMA 1W5XA 4K8SA 5P8QA 4FLGA 5P6KA 5OYUA 1CZIE 4FRIA 4CKUA 3OUBA 2O4PA 1FQXA 3SA4A 3FNSA 5P1ZA 1XL2A 4LXAA 1RV7A 3BXRA 3S53A 2HC0A 1SGZA 5P2KA 3OU4A 3HW1A 5P7EA 4B1EA 3O9LA 4I8WA 1MT7A 3LZVA 2PYMA 2A1EA 5P3FA 4A6CA 1HTFA 2PQZA 5P4AA 4OC6A 4F74A 3SA5A 5P3YA 3WB4A 2R5QA 2IKOA 4BELA 4EJDA 2IGYA 5P1LA 4XXSA 5P6SA 2IEOA 2NR6A 4ZIPA 5P67A 1AXAA 2QP8A 2QZKA 5P1WA 5P1DA 3NU4A 3D1YA 4I0JA 4ZSPA 4ZE6A 3SA7A 2JJJA 5DR1A 3VFBA 5P12A 2OHKA 4APRE 5P74A 5P1PA 5JODA 5JG1A 2I4XA 3DUYA 3OOZA 1VIJA 5EZXA 3Q5HA 5OZPA 5P7ZA 2QZLA 2IQGA 4H1EA 4HLAA 3APRE 3KA2A 1YM2A 1HEFE 1GVWA 5P5MA 4TRWA 3FNUA 3NUJA 3EMYA 3QVCA 3BHEA 4AA9A 3MXDA 3FX5A 4AMTA 3O9DA 4M8XA 3ZKNA 5KR8A 3ZKMA 5P88A 1EPPE 5P5XA 2ER0E 2IDWA 3O9CA 5OZCA 4Y50A 5HTZA 1FFFC 2QHCA 1GVUA 5P1KA 3EKWA 4OBGA 3OUDA 4CPTA 4J0PA 4Y5NA 1HVKA 4NJVA 5P0KA 2WKZA 4U8WA 2FXDA 3T3CA 2I4QA 2FDEA 5P3PA 5P7NA 3OQKA 2G22A 5P6BA 3QN8A 4GYEA 5HVPA 4YD4A 3NU3A 2ZE1A 3SQFA 5P6JA 5IVQA 5P68A 4ZSQA 5P5CA 2V0ZC 2ZHTA 4DFGA 4HEGA 5OYXA 2G21A 2G20A 2V13A 3TNEA 1T7JA 3NLSA 5IVRA 4N00A 1HIHA 3WB5A 5P6UA 4RGHA 1PPLE 3OOTA 9HVPA 5C9FA 5P4IA 1OEXA 1K6VA 5KR1A 2QMDA 4RCDA 3K4VA 3U6AA 3UDMA 4PEPA 5DR4A 3ZKSA 3U7SA 1D4IA 4OBJA 4FS4A 4Y4BA 1IVPA 1HVCA 1GVVA 2F3EA 4RLDA 3TTPA 3CKPA 4YD5A 3ZL7A 4Y4EA 4ER1E 3OUAA 5C9BA 3KF0A 4R91A 2NPHA 5P49A 4KE0A 5P71A 2Q15A 2CEJA 5P6ZA 1MSMA 5DR7A 2XYFA 3PWWA 3L5EA 1DIFA 2AZBA 5P2ZA 5P6GA 1QRPE 5HDVA 3UQXA 3EKYA 5P87A 4E43A 4CPRA 1ZSFA 3JVWA 1UH8A 3JW2A 2XFIA 5P5HA 5I3XA 4Y41A 3QBFA 5P7BA 5SY3A 2OHRA 1LYBB 2QNQA 2AOEA 1D4JA 2WF0A 1KJFA 5KR2A 2G1NA 5P5KA 1T6GA 3OADB 5P0CA 1K1UA 4XX4A 3GI4A 1MSNA 1PFZA 1TSQA 3OAGA 2G1OA 1OD1A 1YM4A 4FCOA 4J1HA 4OD9A 3QVIA 3RTNA 5P0NA 2PK6A 4ACXA 2HS2A 3SM1A 2NMZA 2R3WA 1B5FA 3KYRA 3HBOA 1GVTA 2ZJKA 2QMGA 5P4WA 4DJUA 1AM5A 2O4SA 2VNMA 1W5YA 4K9HA 3CKRA 3I6OA 3NYGA 4YDGA 2WECA 3SM2A 2OHMA 3QPJA 2QD6A 5P8IA 5P4JA 3I8WA 4J55A 4PHVA 3ZPTA 4EJ8A 3KDBA 4A4QA 4J1CA 5P2GA 3URIA 5P8BA 5P6VA 2HPEA 4I12A 3FIVA 3OXVA 4KE1A 4J0ZA 3IVIA 1EC3A 1MT9A 2AOHA 4Y4JA 1EPNE 1FQ5A 3IN3A 3OQDA 5OZAA 3GGUA 5P43A 1ODXA 4FL8A 5OZTA 5P36A 1SH9A 5HDXA 1BIMA 3EL1A 1LYAB 2BB9A 5P7JA 3KFRA 5P02A 5P6EA 3BVBA 5DQ5A 1T6EX 2Q5KA 3N3IA 1NPVA 4YHQA 5OZ0A 2QI6A 5P1MA 5P0JA 4J1EA 5P15A 4J1FA 2Z54A 5P0VA 1PSAA 3INFA 3OQ7A 5P2LA 4ZSRA 5P4FA 3S45A 2AZ9A 3EKQA 4MC6A 4ER4E 2QU2A 1FQ7A 3HLOA 4DQEA 1BVEA 4I0HA 4Q1NA 5OYVA 4QJ8A 3OU4B 4UPJA 5OZWA 5AHCA 4EWOA 1FQ4A 3O9EA 3MSJA 5P4TA 4HDBA 3D3TA 1K2CA 1RNEA 5P2AA 5P7VA 2G1RA 5AGZA 3TL9A 1HIIA 1SDVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KQX A;  2QI3 A;  4Y3P A;  4B1C A;  4RVJ A;  1Z8C A;  5P66 A;  1HHP A;  1XDH A;  3PEP A;  2V16 C;  5DR0 A;  5P5R A;  5HCO A;  1FF0 C;  3O9H A;  1F7A A;  4Y3J A;  3PMU A;  2UY0 A;  4DVF A;  4Y37 A;  2H6S A;  3ER5 E;  4JEC A;  4XKX A;  3S7L A;  4HVP A;  4YCT A;  4FRJ A;  5DGW A;  3VV6 A;  1QBT A;  4COE A;  1Q9P A;  5P2D A;  3FKT A;  3UDR A;  5HE7 A;  5P8E A;  1MET A;  5P19 A;  4Z22 A;  4FM8 A;  1CMS A;  5P8P A;  4I10 A;  2PYN A;  5P3W A;  5P3U A;  5SZ9 A;  4K4Q A;  3D20 A;  4TVG A;  3EXO A;  5P2J A;  3TOH A;  4Y3Z A;  4RYG A;  4Z2Z A;  1K6P A;  5P84 A;  5P27 A;  5P06 A;  5COP A;  4PZW A;  1EBW A;  4BFB A;  3VYD A;  5P73 A;  1DPJ A;  2HPF A;  5P60 A;  2OHU A;  5P8K A;  4I1C A;  5P5E A;  2XYE A;  3LHG A;  4GMI A;  3OGP A;  5OZV A;  4CPS A;  4YD6 A;  3BC4 A;  4YA8 A;  1D4K A;  1SME A;  5DQ2 A;  5OZE A;  5OZU A;  4MC2 A;  3SAA A;  5P28 A;  5AH9 A;  5P4U A;  3RSV A;  5IE1 A;  3PHV A;  5OZX A;  3VYE A;  4CPQ A;  5P26 A;  5CON A;  4Y45 A;  3AUP A;  3NXN A;  3DCR A;  5P34 A;  5OZH A;  2OHN A;  3UQP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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