3OUAA

Mdr769 hiv-1 protease complexed with p1/p6 hepta-peptide
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/peptide
molecule keywords HIV-1 protease
publication title Nine Crystal Structures Determine the Substrate Envelope of the MDR HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ouaA00
4LXAA 5OZCA 4Y3FA 4DPIA 1FG6C 4DJXA 5P7YA 1HPVA 3GW5A 3G72A 3NDUA 3SLZA 5AHBA 2NNKA 5P7WA 5P0MA 4U7QA 3T7PA 1IBQA 3FSMA 5E5KA 3TL9A 1HPSA 2IEOA 3BUGA 5P2WA 2WEDA 1TCXA 3QS1A 3SA3A 5P4PA 4FAEA 5P6NA 4H3IA 3VG1A 5P1FA 5C9BA 2R3WA 1ZAPA 5DPZA 4D8CA 5ISJA 3IVHA 5P0AA 2J9JB 4PEPA 2G94A 5OZFA 5P4TA 3OXCA 5P2GA 2V10C 1N49A 2OHQA 2VA7A 1K6VA 4B1DA 3PWWA 3OADA 5P28A 4BFDA 5HTZA 3OGPA 1AVFA 5KQFA 5P6OA 4NKKA 2QHZA 3UHLA 4FRKA 5P3UA 5P4SA 2FMBA 3PMYA 3URLA 4DJQA 5P4GA 3T7XA 3K5CA 2JJIA 5OZTA 5E5JA 5P5KA 5DR7A 1LYWB 3L3AA 5P4KA 1K1TA 3HVGA 1FQXA 1GVUA 1EC1A 5P2EA 5B18A 2G20A 1PSNA 5P0PA 2VA5A 1EEDP 2Q3KA 1F7AA 5DR3A 3EM6A 1FMBA 2F3EA 5P0JA 2AZ9A 1NSOA 5P4MA 2HB4A 4CPUA 3NU9A 4FRSA 5OZ3A 1HXWA 2ZHVA 1FQ5A 5P7PA 4Y44A 2I4QA 1LS5A 1LF4A 5P0CA 2QU2A 2ASIA 4Q1NA 5P08A 1K6PA 5P3BA 3UQUA 3QRVA 5P6VA 5P2KA 1CMSA 3OOTA 4Y5AA 2G1SA 4YD3A 1T3RA 4DUSA 3SA7A 3S45A 3UF3A 3OQ7A 5P7AA 1YTJA 4J1EA 4RRSA 4R93A 2O4PA 1M43A 4NJUA 1FFIC 4DJRA 5OZZA 3KMXA 2H6SA 5P2VA 3OXXA 5I3YA 2ZDZA 4PPHA 1ZSFA 4HA5A 2IL2A 4I1CA 3LHGA 4Y4AA 4OBJA 1FQ7A 2IGXA 5KR2A 5P87A 1HVCA 4YA8A 4N00A 1CZIE 5P43A 5OZKA 4B70A 2IRZA 5AH8A 3OAGA 1MIQA 5COKA 1B6JA 4QJ6A 5P35A 3LITA 4YBFA 2VIYA 5P46A 1MUIA 3WZ8A 4Y36A 1ZBGA 4KE1A 5P1TA 1QBTA 3EKPA 2O4SA 4R95A 3S56A 1AZ5A 3PCZA 3Q6YA 2VJ7A 5P4LA 1E80E 1YT9A 5P62A 3VYFA 4Y4DA 2O4KA 1QRPE 3H5BA 4Y39A 1C70A 5P5BA 1K2BA 3OGQA 1BVGA 1EPLE 2QD8A 4Y4UA 1LV1A 3EM3A 3SACA 2AOGA 2QHYA 3B7VA 2G1YA 3SABA 4J0PA 4Y38A 3BUFA 3B80A 2PH8A 4Q1WA 3KN0A 3NDTA 3GGVA 3PRSA 5P1WA 4H1EA 4Y5NA 4GIDA 5BWYA 3Q3TA 4B1EA 5P7JA 4DPFA 3NXEA 2Z4OA 5OYSA 2G22A 1EPNE 3CYWA 5P4XA 3TPJA 6FIVA 5P1AA 3G6ZA 3TNEA 5SXNA 4QJ7A 4I8WA 2FNTA 3BVAA 5P51A 1EPOE 1EBKC 2AQUA 3K1WA 5P0EA 5P3NA 1KJHA 2FDEA 4OBDA 3SA8A 4XKXA 3T11A 4KB9A 3NXNA 1KJGA 5OZVA 5P8PA 2AOEA 4AA8A 4APRE 1F34A 4RCDA 5P8LA 5KR8A 1HIHA 2F81A 1XL5A 3K5GA 3UDNA 1XS7D 3T3CA 5P3ZA 3TOGA 2OHUA 4YD6A 2APRA 5P3PA 3S7LA 5P80A 3OXVA 4Y53A 5OYXA 4X2LA 1D4SA 4D89A 1T7IA 1HIVA 1E5OE 3BXRA 3INDA 4FM7A 5OZRA 5C9FA 3S43B 1IDAA 3L38A 1FQ4A 5P2AA 5P1HA 3WSJA 1SMRA 4Y3PA 3PLLA 1MRWA 3URIA 4YCYA 2ZHTA 2AOFA 5P3XA 5KQXA 3GGUA 5P41A 4Y43A 2PSUA 3MSLA 3EKYA 2AZBA 3KFNA 3O9HA 3U7SA 3VSXA 3QBFA 1GKTA 3MWSA 1BIMA 2EWYA 3ZMGA 3LZVA 2NR6A 4L1AB 3EBZA 5P0LA 4I12A 3VUCA 5OZOA 5P1RA 3PWMA 4CPRA 4B1CA 4DV9A 4RCFA 4GJDA 5P27A 1M4HA 1FF0C 2QI6A 2WECA 3EMYA 5P5MA 4EJKA 1M0BA 4DQEA 3R1GB 2QI3A 1A9MA 3KDBA 1C6ZA 1HWRA 3UDMA 5P3MA 5F00A 1EBWA 1ZTZA 3URJA 5P25A 5HU0A 1YM2A 2HPEA 3IA9A 5P2RA 4ZPEA 1IZHA 2G1NA 2QHCA 5P2CA 5P7UA 3RSXA 3PI5A 4RZ1A 2V00A 2P3BB 5OZ0A 1G0VA 4FIVA 3DV5A 4Y4BA 3IXJA 2QNQA 4Y5CA 3CKRA 3IXKA 5P8KA 5P4ZA 5P66A 1J71A 5P0YA 2QZWA 4L7JA 3ZKXA 3INFA 4GJ9A 5SY2A 2QAKA 3GI0A 3DOXA 5CLMA 3O9BA 5P06A 3R4BA 2IGYA 5P14A 5P3EA 5IVTA 1BXOA 4B72A 2AODA 4NJSA 1GNNA 3SAAA 5P70A 5OYYA 3SA4A 1PPME 4LXMA 4B78A 1A94A 5T4SA 1LZQA 5P8TA 4GJ7A 3SQFA 4EJLA 2AVMA 5DR0A 4DJYA 3QBHA 5P4AA 2WF0A 3EL9A 5P88A 3BGCA 2PK5A 1HPXA 2HB3A 5P5HA 5IS4A 5P82A 5P3IA 2OF0A 2O4LA 5KQZA 4OC6A 2G69A 1AJXA 2UPJA 3PBZA 4EQJA 5P6LA 5P26A 3R0YA 3PLDA 2B7FA 5P7DA 5P73A 3GI4A 2JYSA 1IVPA 3I8WA 1NPWA 5PEPA 4K4QA 1BDRA 5KR0A 5P8RA 5UPJA 5P07A 3PI0A 1BV9A 3WB4A 3INHA 2XFJA 1W5YA 2ZHUA 2ER9E 3OU3A 5P8SA 3NU3A 3GI6A 4Y45A 5P4NA 3APRE 4EWOA 4J0VA 3QROA 4BELA 4J55A 1AXAA 4EXHA 1META 2I4WA 5P2YA 4AUCA 2Q63A 4FLGA 3BVBA 4A6CA 4ZPFA 5HE7A 3O9AA 5OZMA 4ER2E 2P4JA 3U71A 4OBZA 1D4IA 3VEUA 2V0ZC 1AJVA 1BWAA 5KQYA 3KF0A 3VV7A 5P44A 2ZJHA 1SIPA 4EQ0A 2FXEA 4DJPA 1AM5A 4GJCA 1OEWA 2WHHA 5P6AA 2F8GA 2BKTA 1BDLA 5P3JA 5P1EA 5P22A 5ENKA 5P2FA 2ZE1A 4OBKA 3BC4A 4F76A 2FGUA 2QK5A 2FLEA 2XFIA 3HLOA 3WZ7A 3L5CA 5OZYA 5OZ7A 4AZYA 4Y4ZA 4Y3WA 5P6WA 1EC0A 3UDYA 2SAMA 5P49A 3IVIA 4Y4WA 1MT9A 5OZQA 4ZLSA 3FNUA 4RVIA 3UDKA 5P6BA 5P52A 3GGXA 4JECA 5P02A 5P31A 5P3TA 1EAGA 3OQAA 1EBZA 1E81E 1HXBA 4EXGA 5P23A 2NXLA 4CPSA 1KJ7A 3OUAA 3UCBA 5P0RA 4Y5PA 1MT7A 5P7QA 5P7HA 1Q9PA 5HDVA 3D91A 5P5WA 2P83A 3K5DA 1KZKA 3I2LA 1PFZA 3HAUA 4Y3HA 2NPHA 4DVFA 1WKRA 3LIVA 2WEZA 3BHEA 4ZE6A 1JLDA 3S2OA 3K4VC 5AH7A 1RNEA 5P74A 3ZKSA 5KOSA 3RSVA 4EJDA 2PH6A 5OZ1A 5HDXA 1ZPAA 3BXSA 2AVQA 5P7IA 1BBSA 3VF7A 1IIQA 5P6CA 1W6IA 3S43A 4Y3TA 2QMFA 3O9LA 1ZPKA 5P0ZA 5P1OA 2WEAA 5P5XA 4DJWA 5P5DA 2OHLA 4TRWA 2Q64A 2BQVA 5P67A 4GYEA 2QMPA 4L7HA 5P2XA 5P4EA 1LYAB 1B5FA 5OYTA 5P1NA 4PZXA 1W51A 3PMUA 4RRNA 1FG8C 4RVXA 2IENA 2HAHA 1QDMA 4OD9A 2WJOA 1D4JA 3ZPUA 1SDVA 1MPPA 5OZ8A 2OHTA 5P55A 5P4VA 4XX4A 2HB2A 3OXWA 4HEGA 1MSNA 5P6PA 2BPYA 1DAZC 4I0FA 3NU4A 4FSLA 7UPJA 5P3SA 1APVE 4BFBA 3NDXA 5OZXA 4Y5LA 2AVSA 4A4QA 2Q11A 3QRSA 1AIDA 5P8HA 2R38A 5P72A 3VCMA 3O9DA 5P3DA 5P81A 3GI5A 5P53A 3PGIA 3L5DA 5J25A 5P3YA 1B6PA 1MT8A 5P18A 4Y35A 2R5PA 5OZUA 5P4IA 5P09A 4R5NA 3HD8A 3LNKA 5SY3A 5P15A 4H3GA 3MSJA 3ZOVA 1SGZA 3IN3A 3F9QA 2ER7E 5P1SA 1UH7A 2HS2A 6APRE 4Y4TA 3FV3A 3CMSA 4APEA 4UPJA 4QGIA 3T7QA 2B8VA 3LIZA 1DPJA 5P2LA 5P8MA 4H3JA 5P2MA 5OZ5A 3VF5A 3TOHA 1EC3A 5TOLA 5P4WA 5P6QA 5P89A 5P0OA 3OY4A 5OZLA 4PYVA 4FS4A 1EPQE 5P7BA 5P47A 5P6MA 4ACUA 1YM4A 1PPKE 3WZ6A 4DQCA 1D4YA 3LZUA 2CEMA 5P2OA 1LYBB 4GJ8A 4HDBA 3EKVA 1PPLE 2WF1A 1GVWA 5P8BA 4Y5EA 1HSGA 5P11A 3L58A 2WKZA 1BAIA 1KJFA 3OHFA 5P84A 3OU1A 5HCOA 5P4JA 1MESA 3HW1A 5P34A 3A2OA 3OUBA 1BDQA 2Q15A 2PWRA 2FGVA 4J5JA 5P68A 3RTNA 5P42A 5P6UA 3GGAA 5P8GA 2JJJA 2BPXA 5P5LA 3PSGA 5P7TA 2HC0A 3TH9A 4OBGA 3RTHA 5P1QA 1EPRE 4TRYA 2MIPA 5P6HA 5OYWA 5COOA 1HRNA 5P65A 1GNMA 2QMGA 1XN3A 5P45A 4CMSA 4Y57A 1MTRA 3TPRA 4TVGA 4Y3DA 3PJ6A 3IXOA 1E82E 4NPUA 4L7GA 4WY1A 2OHNA 5JFUA 1OHRA 3RU1A 3G70A 4HVPA 3OUDA 3N3IA 4EPJA 1HEFE 1UH9A 5P1KA 5P8FA 1G35A 4GB2A 2P8HA 1TZSA 1A30A 5F01A 3TTPA 2ZJNA 4B77A 4FCOA 5P8QA 5P00A 5OZ6A 3LZSA 2QD7A 5P3OA 2R43A 4LBTA 2I0DA 4YD7A 1ODYA 1W5XA 5P0TA 4I0GA 4I8ZA 4FM6A 1RV7A 5P5IA 4CPQA 3UPJA 4OBHA 4JPCA 1HHPA 2V12C 5P3WA 2FIVA 1IZDA 4GJ5A 2QI1A 1MEUA 5P7KA 4R92A 5P5TA 5SZ9A 5P3CA 3EL5A 4Y3ZA 1MTBA 5ISKA 2B42A 2FNSA 3HBOA 4Y3JA 4Y5MA 4ZIPA 1YTHA 5P5RA 3O99A 4YDGA 1A8KA 1OEXA 4F73A 1HTEA 3DV1A 5P3LA 4GMIA 3DCRA 4YE3A 4Y3AA 4YD4A 3FIVA 5P03A 5P1JA 1BVEA 2O40A 4DQFA 4GJ6A 5ENMA 1HVRA 2J9JA 2RMPA 3QRMA 3OQKA 4Z2ZA 5P4BA 1HEGE 5P40A 3PHVA 2O4NA 1B6KA 1SMEA 1SIVA 5P48A 5P7FA 1HBVA 2P3CA 1K1UA 4FAFA 2F3KA 2BJUA 2RENA 4DQHA 3D20A 5ER1E 2QI4A 3IAWA 4Y3XA 3H0BA 5P8UA 5AHAA 5P7VA 5P2UA 5P75A 1UH8A 4RGHA 3KMYA 1Z8CA 5P3VA 3PSYA 4ACXA 2QZKA 5P7OA 3S7MA 5P6TA 3K5FA 2AVOA 1B11A 5JODA 3QVIA 2I4DA 5P0NA 5P6XA 1ZSRA 3NU5A 4PHVA 1LYWA 4Y6MA 3LIQA 1DIFA 3NWQA 4Y37A 2NXMA 4K4RA 4NJTA 4IVSA 3OTYA 4EP3A 2HIZA 5P7RA 1SH9A 4YD5A 1IVQA 3IN4A 3CYXA 1EBYA 3SA6A 4FRIA 5P2NA 3N4LA 4Y4GA 2CENA 1EPME 5P7NA 3LIXA 3LIYA 3BUHA 2B7ZA 1IZEA 5P8CA 4Y5GA 2JXRA 3ST5A 2CEJA 4HZTA 2G24A 3EL4A 5P0WA 2BB9A 3OK9A 5P16A 2WF3A 5OYUA 3EKTA 3VFAA 2AOJA 1NH0A 4AMTA 1LF2A 5P78A 1WBKA 5AH6A 2F80A 3R0WA 4J17A 3UQWA 4RYCA 3VLBA 1SBGA 4DJUA 4MC2A 2F3FA 3HDKA 5P8JA 5DQ4A 2G26A 3L5BA 5P24A 5OYVA 1GVTA 5P29A 2ZGAA 5P7CA 4YHQA 5P6IA 1K6CA 1FEJC 3OAGB 2AOCA 2VIJA 4HE9A 5P1UA 3TPPA 5P1DA 4TVHA 2OHSA 5OZGA 5OZNA 4QJAA 2IQGA 3EKXA 5P32A 2I4VA 1T6GA 4ER1E 4EP2A 5P76A 5P8OA 2IS0A 2Q55A 5APRE 5P0BA 4J1IA 4FE6A 3NR6A 4JPEA 2HPFA 5P4QA 5P4UA 1QS8A 2B60A 2OAHA 4I0HA 5AHCA 3QPJA 5P0UA 4DQGA 4U8WA 3NU6A 1W5VA 3O9CA 4JP9A 4U7VA 5P7EA 1D4KA 4WY6A 1EPPE 5DQ1A 1XE6A 3M9FA 5I70A 5P17A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LXA A;  5OZC A;  4Y3F A;  4DPI A;  1FG6 C;  4DJX A;  5P7Y A;  1HPV A;  3GW5 A;  3G72 A;  3NDU A;  3SLZ A;  5AHB A;  2NNK A;  5P7W A;  5P0M A;  4U7Q A;  3T7P A;  1IBQ A;  3FSM A;  5E5K A;  3TL9 A;  1HPS A;  2IEO A;  3BUG A;  5P2W A;  2WED A;  1TCX A;  3QS1 A;  3SA3 A;  5P4P A;  4FAE A;  5P6N A;  4H3I A;  3VG1 A;  5P1F A;  5C9B A;  2R3W A;  1ZAP A;  5DPZ A;  4D8C A;  5ISJ A;  3IVH A;  5P0A A;  2J9J B;  4PEP A;  2G94 A;  5OZF A;  5P4T A;  3OXC A;  5P2G A;  2V10 C;  1N49 A;  2OHQ A;  2VA7 A;  1K6V A;  4B1D A;  3PWW A;  3OAD A;  5P28 A;  4BFD A;  5HTZ A;  3OGP A;  1AVF A;  5KQF A;  5P6O A;  4NKK A;  2QHZ A;  3UHL A;  4FRK A;  5P3U A;  5P4S A;  2FMB A;  3PMY A;  3URL A;  4DJQ A;  5P4G A;  3T7X A;  3K5C A;  2JJI A;  5OZT A;  5E5J A;  5P5K A;  5DR7 A;  1LYW B;  3L3A A;  5P4K A;  1K1T A;  3HVG A;  1FQX A;  1GVU A;  1EC1 A;  5P2E A;  5B18 A;  2G20 A;  1PSN A;  5P0P A;  2VA5 A;  1EED P;  2Q3K A;  1F7A A;  5DR3 A;  3EM6 A;  1FMB A;  2F3E A;  5P0J A;  2AZ9 A;  1NSO A;  5P4M A;  2HB4 A;  4CPU A;  3NU9 A;  4FRS A;  5OZ3 A;  1HXW A;  2ZHV A;  1FQ5 A;  5P7P A;  4Y44 A;  2I4Q A;  1LS5 A;  1LF4 A;  5P0C A;  2QU2 A;  2ASI A;  4Q1N A;  5P08 A;  1K6P A;  5P3B A;  3UQU A;  3QRV A;  5P6V A;  5P2K A;  1CMS A;  3OOT A;  4Y5A A;  2G1S A;  4YD3 A;  1T3R A;  4DUS A;  3SA7 A;  3S45 A;  3UF3 A;  3OQ7 A;  5P7A A;  1YTJ A;  4J1E A;  4RRS A;  4R93 A;  2O4P A;  1M43 A;  4NJU A;  1FFI C;  4DJR A;  5OZZ A;  3KMX A;  2H6S A;  5P2V A;  3OXX A;  5I3Y A;  2ZDZ A;  4PPH A;  1ZSF A;  4HA5 A;  2IL2 A;  4I1C A;  3LHG A;  4Y4A A;  4OBJ A;  1FQ7 A;  2IGX A;  5KR2 A;  5P87 A;  1HVC A;  4YA8 A;  4N00 A;  1CZI E;  5P43 A;  5OZK A;  4B70 A;  2IRZ A;  5AH8 A;  3OAG A;  1MIQ A;  5COK A;  1B6J A;  4QJ6 A;  5P35 A;  3LIT A;  4YBF A;  2VIY A;  5P46 A;  1MUI A;  3WZ8 A;  4Y36 A;  1ZBG A;  4KE1 A;  5P1T A;  1QBT A;  3EKP A;  2O4S A;  4R95 A;  3S56 A;  1AZ5 A;  3PCZ A;  3Q6Y A;  2VJ7 A;  5P4L A;  1E80 E;  1YT9 A;  5P62 A;  3VYF A;  4Y4D A;  2O4K A;  1QRP E;  3H5B A;  4Y39 A;  1C70 A;  5P5B A;  1K2B A;  3OGQ A;  1BVG A;  1EPL E;  2QD8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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