3OUCA

Mdr769 hiv-1 protease complexed with p2/nc hepta-peptide
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Nine Crystal Structures Determine the Substrate Envelope of the MDR HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords MDR HIV-1 protease
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3oucA00
5P0PA 3LZYA 5P83A 4OBDA 5OZXA 1QS8A 3FIVA 2OHUA 1XE6A 4YCKA 4OBZA 1BDLA 4FRKA 4WY6A 4Y44A 4D83A 2AVMA 2VIYA 3S7LA 2HS1A 5OZGA 2QMFA 5P7XA 4DUSA 5P2LA 4Y4EA 1W50A 2RMPA 2QAKA 2G24A 2NTRA 1ZBGA 3D1YA 4RCEA 4Y5GA 3VEUA 3CKRA 2BBBA 2XFKA 2O4PA 3VF5A 1EC3A 5P3JA 2PMAA 1DAZC 5OZFA 2FXDA 5P2OA 5P55A 3TTPA 4R8YA 3VF7A 1SDUA 3CYXA 2P83A 1B6PA 5P6EA 4K4RA 3HDKA 3L5DA 4Y3PA 5P2VA 3UDRA 4Y53A 4NPTA 3TPRA 1LZQA 5HU0A 5P84A 4ER1E 3OTYA 1HVHA 3R2FA 3OXCA 5KQFA 1EBKC 4GB2A 4FL8A 3BXSA 3PVKA 2PWRA 1GVVA 3QBFA 4J0PA 2R38A 3T7QA 5P33A 4U7VA 1XN2A 4LL3A 5P16A 2G1NA 1FG8C 3UDHA 5P1PA 3UQWA 2IGXA 4Z4XA 1OEXA 1SDVA 5OZKA 3PLDA 1PSOE 1TW7A 3OADB 3EKVA 3G72A 1SMRA 3OAGB 4Y3QA 5P7ZA 2BKTA 1APUE 5OZIA 3LITA 4L1AB 3RU1A 3UDMA 4I1CA 5P52A 3I25A 5DQ4A 5IVRA 3C9XA 4CPQA 1MT9A 4YBFA 2NNPA 2PSUA 2WEBA 3PI0A 5AH9A 4OBGA 5P7AA 3OTSA 1MTBA 2J9JB 5P2BA 5KOSA 4EHCA 4DJXA 1FLHA 1B6JA 3SM2A 4ZPFA 3VCMA 5P80A 5P70A 5P5PA 5P8EA 2FDDA 4OBJA 3OU1A 5OZNA 3SKFA 4APEA 5P30A 1NPWA 4FGXA 4E43A 1ZPKA 4YOBA 2AOJA 2IDWA 4R93A 4Y6MA 4Y3SA 5P12A 3INHA 3URLA 4RLDA 4AZYA 2FDEA 5P7PA 1TZSA 5P2EA 4TRWA 1T7KA 3PMYA 1UH7A 4Y3GA 7UPJA 2V11C 3S43A 2ZDZA 2QP8A 1FKNA 5P81A 2P3CA 4YD7A 3LIYA 3KFPA 4FM7A 1MSNA 5P4MA 4B1EA 5KR0A 3UDJA 5OZMA 2V0ZC 1DP5A 1AAQA 2VIJA 3S53A 5P4UA 6FIVA 1T7IA 2ER9E 3L59A 4DQFA 4OD9A 1TSQA 4FM8A 4HEGA 2OHSA 2EWYA 2OF0A 3LZVA 4LXMA 1K6CA 2I1AA 5P2MA 5P49A 4B72A 1QBTA 5P0ZA 2P3BA 5JG1A 3UFNA 1YTJA 3LIZA 2WKZA 5HDZA 5J25A 5OZ7A 4N00A 3TOGA 4EXGA 4ZSRA 2Q3KA 4HDBA 4Y3FA 5OZ2A 4YD3A 4CMSA 5OZ1A 4Y3AA 3KM4A 3RSVA 5P0UA 3UDYA 2QD8A 4Y43A 1JLDA 5P26A 2VJ7A 4TRZA 4CPUA 1IVQA 2HAHA 5P5AA 4Y5LA 3I7EA 5P2WA 2Q5KA 1FQ6A 2O4LA 1AZ5A 4K4PA 4A4QA 1W5VA 5P3FA 2VJ9A 5P0KA 2WF2A 1B6KA 4D8CA 4ZLSA 3FKTA 3ZKXA 2G22A 1FQ8A 3NU9A 5OYVA 5P7MA 5DQ1A 3UTLA 2ZJLA 3SABA 4ER2E 3O9CA 5P2ZA 4XKXA 4DJVA 3NDWA 4Y3MA 1U8GA 2AVOA 3BUFA 5P2JA 5OZ5A 2WEAA 3ZKNA 3HAWA 2WF4A 4PPHA 1TCXA 4J0YA 3O9FA 3OY4A 3SA4A 4GJ7A 5P8RA 4B78A 3HZCA 2XFJA 2IKUA 5P8DA 5SZ9A 2WL0A 4B1DA 5P8FA 1N49A 5E5KA 4BFBA 5OZQA 4LXKA 4ZSPA 2SAMA 5OYYA 3UQUA 1EC0A 4PZWA 4Y4BA 5P3NA 1M4HA 4B1CA 4Y9WA 5P1ZA 1EEDP 4L7HA 4Y3JA 5HDUA 2PH6A 3EM6A 3IAWA 2B8VA 4FRJA 2HPEA 4YOAA 5P5LA 5P6YA 1ZP8A 3DUYA 3OQ7A 1ENTE 1HWRA 3EBZA 3SA8A 3ZKIA 4MC1A 3PEPA 3OU4B 4HE9A 1D4HA 1HSGA 2IENA 5P85A 3PSYA 5P5DA 5P3OA 4YBIA 5P4KA 5OZSA 5P89A 5P74A 5HCTA 5P2IA 2ZGAA 5P5GA 5P8IA 3GI0A 1HIIA 5HE5A 4FAEA 5P0YA 4TVHA 3LINA 2B60A 1SMEA 1SGZA 4L6BA 5P1VA 4QGIA 3K5DA 1LF3A 5P6PA 3SO9A 1XN3A 3ZPTA 3PRSA 4J5JA 1VIJA 5P48A 5I3WA 3EKWA 3S8IA 3EL9A 1KJ7A 3OUDA 1ZSFA 4RRSA 5P2TA 3NUJA 3R1GB 3TH9A 1GVXA 2RKGA 4Q1WA 5P6MA 2V13A 3CKTA 5IVQA 5EZZA 4HVPA 4J55A 4Y54A 3UHLA 4JOOA 5P27A 4A6CA 1SBGA 3EL4A 1HVSA 4EP2A 1HVKA 4KE0A 3DK1A 4OBFA 1YG9A 3QP0A 1GNNA 3L38A 2QI0A 8HVPA 3ZKGA 3O9LB 2PH8A 5P4BA 1APWE 2IGYA 5P0OA 4Y36A 4R91A 2OAHA 2NXLA 4GJCA 5P50A 4RYCA 1UH8A 1B5FA 5P6XA 3EC0A 1BVGA 5P0QA 2ZE1A 3KFRA 5DQCA 3RTNA 5P6LA 5HD0A 5P8NA 1SDTA 4GJAA 3GI4A 4DQBA 3GGAA 5OYRA 4I0ZA 2G27A 1IDAA 4APRE 5OZEA 5P1FA 3D20A 2P8HA 1EPRE 5P7WA 4F73A 5P0NA 1ZAPA 1HIHA 1BXQA 3HVGA 5P20A 1D4KA 3L5BA 1FGCC 4Y3YA 1PFZA 2PK6A 4YCTA 5P0VA 4IVTA 4QJ7A 5P8HA 4F76A 5P08A 5P3ZA 3S45A 1D4LA 5OZCA 3SA7A 4XXSA 5P4SA 4ZSQA 5P8KA 4OC6B 4Q1NA 4EJ8A 5P8SA 2AIDA 5P1QA 4GJDA 4NJTA 3UDPA 1YT9A 2AZ8A 5P6DA 5ER1E 4Q1YA 5P7FA 1AM5A 3VV6A 1BWAA 3OOTA 3RTMA 4Q5MA 2VA6A 3ER3E 5P2AA 1KJHA 3VG1A 3DJKA 4Y3ZA 4J1KA 4Y4UA 1HPXA 1SP5A 1APTE 5P3MA 5P3DA 1RPIA 3T11A 3QRMA 4Y56A 1LYAA 1AVFA 3H0BA 5CONA 3OGPA 4U7QA 2JXRA 2XFIA 5OZBA 5PEPA 4ZEAA 3UDNA 1HXWA 2Q63A 1GVTA 1YTGA 2NR6A 2ZJHA 2R43A 1BWBA 2OHNA 5P1IA 1HEFE 3SLZA 4Y4GA 1FG6C 4Y58A 2F3EA 4BELA 4MC6A 3K5FA 5P7CA 5P8BA 3KT2A 3KT5A 5P4GA 2ZJMA 3VLAA 5BS4A 4H3FA 5P8JA 1LV1A 5P3IA 3S7MA 5P68A 1EBWA 5P4EA 3URJA 4ZSMA 4CKUA 1HHPA 2HB4A 3DV5A 3O9IA 3ZOVA 2BB9A 5OYQA 5OYTA 3KDCA 5P7EA 4Y41A 5JFUA 1A8KA 1HOSA 1NSOA 5P3XA 5ISKA 4KUPA 4DQHA 2F3FA 4DJYA 1ZTZA 3U6AA 2O40A 5P3GA 5P5FA 4F74A 3TOFA 1MTRA 4Y57A 4IVSA 1E80E 2AOHA 3O9HA 1UH9A 2VNMA 5KQXA 4GIDA 3UQRA 2A4FA 5P75A 3FNSA 4M8YA 2ZJJA 3CMSA 3EKYA 5P3UA 4GZFA 2G1YA 5P3CA 1KZKA 3GGXA 5P14A 5P4VA 1A8GA 5P8QA 1FQ5A 5OZPA 3DM6A 4K4QA 5P59A 5P3RA 3D1ZA 5C9FA 3Q5HA 2WJOA 1LYWB 3HAUA 4AUCA 5AH6A 4Y4XA 2I4DA 2I4XA 4Y4TA 3LZSA 5P2KA 3ST5A 2VIEA 2RKFA 5P73A 2ZYEA 4J1IA 5HTZA 5P71A 3D1XA 5FIVA 9HVPA 1LS5A 1WKRA 1K6PA 4Y50A 4YE3A 5P05A 5P8UA 1AJVA 5P6IA 2JJIA 2B42A 3Q3TA 5P3QA 3PGIA 5P46A 3VFBA 3ZPSA 2BPXA 1QBRA 5P5EA 3ZMGA 4Y3NA 4DJPA 1BAIA 4PZXA 2IL2A 5P1OA 1TSUA 2QI5A 2R3TA 5P4YA 4OD9B 3LPIA 1MRXA 2JJJA 2VIZA 5P8GA 1HVJA 3VSWA 1MT7A 3K5CA 3R4BA 4Q1XA 2AZCA 1FQ7A 1C6ZA 5P3LA 3G6ZA 5P2RA 4MC2A 5P0MA 5P5RA 5AHAA 4ACUA 1G6LA 3PCWA 2V10C 5P6GA 4J1EA 4I0IA 3BHEA 1T7JA 1HVIA 4Y5AA 5AHCA 2PSGA 5P1AA 5JODA 5HU1A 3WZ6A 3QN8A 2XYEA 5P01A 2F81A 1WBMA 4B0QA 2QI3A 1EPLE 4I10A 3M9FA 4Y3DA 7HVPA 3SA6A 2QNPA 4K9HA 4YCYA 3PBZA 5P8TA 2QI6A 4RVXA 2OHKA 5P3AA 5P4HA 3PWRA 3ZLQA 4Y5EA 2AOGA 2OHQA 3VFAA 2PWCA 3DOXA 3EKTA 5OYXA 3DCKA 5P2NA 5P25A 1PPKE 2R5PA 2I4VA 5AH7A 1ZPAA 3T3CA 1MSMA 3O9AA 4FLGA 3BXRA 3IVIA 4DFGA 2FDPA 1FQXA 5P5JA 2WF3A 1GKTA 2Q15A 1HRNA 1ME6A 4Y4DA 5P7LA 5P07A 5P41A 5P37A 4I8ZA 5P62A 3WSJA 5I3VA 4GJ6A 4Z2ZA 5P86A 2R3WA 4JPCA 5P1NA 3KMXA 3PWWA 3QROA 5P1KA 3IN3A 5P66A 4GYEA 3UPJA 4RYGA 4Y3LA 2IS0A 3JW2A 3S54A 3T7PA 2MIPA 5P2CA 3I2LA 4AA8A 5OZ6A 4RGHA 5P6VA 4YDGA 2Q54A 5P4AA 3TLHA 1OHRA 1IZEA 3PJ6A 4EWOA 3BUGA 4B05A 2G1OA 4ZPGA 5P10A 1ODYA 3OADA 4Y3WA 1DIFA 2QNNA 5P2SA 5P0JA 5P39A 3OAGA 2QI4A 3WB4A 4YA8A 2QK5A 3CYWA 5P1SA 4YHQA 4L1AA 1IZHA 5P06A 1MIQA 3G70A 1D4IA 3L3AA 1RNEA 4AA9A 4EQ0A 3DV1A 5P35A 3N3IA 5P34A 3WB5A 2CEMA 5P5QA 2R5QA 2O4KA 2I4WA 3NWXA 4NJSA 3L58A 1KJ4A 3T6IA 2QCIA 3OUAA 3EL5A 3FSMA 4R95A 3GGVA 2VA7A 4HZTA 1PROA 2QMPA 4B00A 1MERA 1QBSA 2PYMA 5P4DA 5P6HA 5P5KA 2F3KA 3KFNA 2FLEA 4Y35A 3EXOA 3HD8A 1DMPA 3EKQA 3LIXA 3KYRA 5P1GA 5P00A 5P47A 2APRA 1NPAA 3QPJA 1C6YA 5DR1A 2Z54A 5P7HA 2V12C 3ECGA 5P61A 2J9KA 3I6OA 4Z50A 1HEGE 1AXAA 2O4NA 1FMBA 3IXKA 6APRE 5P40A 1M43A 2QD6A 3FNTA 4FCOA 5P4WA 1W5YA 1ER8E 4DI2A 4Y4WA 1FQ4A 2F8GA 4X7IA 4U8WA 3QIHA 2G26A 1MEUA 5P22A 2CEJA 2PSVA 2QMGA 4Y5PA 1QBUA 1NH0A 1B5FB 3VSXA 2IKOA 3JVYA 1LYBB 5P38A 5C9DA 1LF4A 5P3BA 5OZLA 5P58A 5P88A 3EM3A 2WECA 5P1CA 4UPJA 4Y4JA 4H3JA 5P5NA 2I0AA 2WHHA 5P7QA 3INEA 4R5NA 5P44A 1KJGA 5P2XA 5P2QA 5P8VA 4WY1A 3OGQA 5P7YA 3HBOA 3QRSA 5P7JA 4Y47A 5P17A 5P31A 3CIDA 1XL2A 3LIVA 5P6FA 1WBKA 2B7ZA 5OYSA 5P3YA 2I4UA 4Z22A 2FMBA 3IGBA 4QJ2A 4YD4A 5OZAA 4YDFA 5ENKA 5P53A 4WTUA 4Y4AA 5P60A 3TPLA 2RSPA 5P0CA 1EBYA 3SM1A 5P5CA 1QDMA 2IRZA 1T6GA 5P0XA 3MSKA 2V16C 1OEWA 5P7NA 4OBHA 5DR7A 4J1FA 3EKXA 2ZJKA 5P0DA 5P4RA 3QBHA 3VV8A 2BPVA 1C70A 3VF3A 1AIDA 4Y4ZA 3IXOA 5P4CA 3OQFA 1ODXA 1E5OE 3NDUA 4D85A 4GJ5A 1E81E 2G94A 5ISJA 1K1UA 5P3WA 5P0EA 2FGVA 4EQJA 3ZKSA 2PC0A 3S85A 1KJFA 3UF3A 1MRWA 3K4VA 3QAAA 5OZ4A 5OZZA 1OD1A 3GW5A 1IIQA 3SAAA 5P7TA 1EPQE 3TPPA 5DR0A 4J0VA 4Y5KA 4EXHA 5P2UA 4DV9A 2OHRA 4I8WA 1IZIA 1Z1RA 4ZIPA 5IS4A 1YM2A 4CP7A 3JVWA 3LNKA 4I0HA 5P6BA 3OOZA 4J54A 2WF0A 4J1HA 1TCWA 5P3EA 2HIZA 4OBZB 3D91A 3L5CA 1HPVA 5P7GA 3OUCA 5P6ZA 3S2OA 3O9GA 2XYFA 5OZOA 2AZ9A 2NPHA 5DQ2A 3TKGA 1YX9A 4QJ6A 2PQZA 4OBKA 2WEZA 3WZ7A 4EP3A 5P5YA 4GJBA 2QI7A 5P6SA 5P7KA 3SA9A 1EBZA 1EPOE 5P64A 5P1UA 2Q11A 3VYEA 3AIDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0P A;  3LZY A;  5P83 A;  4OBD A;  5OZX A;  1QS8 A;  3FIV A;  2OHU A;  1XE6 A;  4YCK A;  4OBZ A;  1BDL A;  4FRK A;  4WY6 A;  4Y44 A;  4D83 A;  2AVM A;  2VIY A;  3S7L A;  2HS1 A;  5OZG A;  2QMF A;  5P7X A;  4DUS A;  5P2L A;  4Y4E A;  1W50 A;  2RMP A;  2QAK A;  2G24 A;  2NTR A;  1ZBG A;  3D1Y A;  4RCE A;  4Y5G A;  3VEU A;  3CKR A;  2BBB A;  2XFK A;  2O4P A;  3VF5 A;  1EC3 A;  5P3J A;  2PMA A;  1DAZ C;  5OZF A;  2FXD A;  5P2O A;  5P55 A;  3TTP A;  4R8Y A;  3VF7 A;  1SDU A;  3CYX A;  2P83 A;  1B6P A;  5P6E A;  4K4R A;  3HDK A;  3L5D A;  4Y3P A;  5P2V A;  3UDR A;  4Y53 A;  4NPT A;  3TPR A;  1LZQ A;  5HU0 A;  5P84 A;  4ER1 E;  3OTY A;  1HVH A;  3R2F A;  3OXC A;  5KQF A;  1EBK C;  4GB2 A;  4FL8 A;  3BXS A;  3PVK A;  2PWR A;  1GVV A;  3QBF A;  4J0P A;  2R38 A;  3T7Q A;  5P33 A;  4U7V A;  1XN2 A;  4LL3 A;  5P16 A;  2G1N A;  1FG8 C;  3UDH A;  5P1P A;  3UQW A;  2IGX A;  4Z4X A;  1OEX A;  1SDV A;  5OZK A;  3PLD A;  1PSO E;  1TW7 A;  3OAD B;  3EKV A;  3G72 A;  1SMR A;  3OAG B;  4Y3Q A;  5P7Z A;  2BKT A;  1APU E;  5OZI A;  3LIT A;  4L1A B;  3RU1 A;  3UDM A;  4I1C A;  5P52 A;  3I25 A;  5DQ4 A;  5IVR A;  3C9X A;  4CPQ A;  1MT9 A;  4YBF A;  2NNP A;  2PSU A;  2WEB A;  3PI0 A;  5AH9 A;  4OBG A;  5P7A A;  3OTS A;  1MTB A;  2J9J B;  5P2B A;  5KOS A;  4EHC A;  4DJX A;  1FLH A;  1B6J A;  3SM2 A;  4ZPF A;  3VCM A;  5P80 A;  5P70 A;  5P5P A;  5P8E A;  2FDD A;  4OBJ A;  3OU1 A;  5OZN A;  3SKF A;  4APE A;  5P30 A;  1NPW A;  4FGX A;  4E43 A;  1ZPK A;  4YOB A;  2AOJ A;  2IDW A;  4R93 A;  4Y6M A;  4Y3S A;  5P12 A;  3INH A;  3URL A;  4RLD A;  4AZY A;  2FDE A;  5P7P A;  1TZS A;  5P2E A;  4TRW A;  1T7K A;  3PMY A;  1UH7 A;  4Y3G A;  7UPJ A;  2V11 C;  3S43 A;  2ZDZ A;  2QP8 A;  1FKN A;  5P81 A;  2P3C A;  4YD7 A;  3LIY A;  3KFP A;  4FM7 A;  1MSN A;  5P4M A;  4B1E A;  5KR0 A;  3UDJ A;  5OZM A;  2V0Z C;  1DP5 A;  1AAQ A;  2VIJ A;  3S53 A;  5P4U A;  6FIV A;  1T7I A;  2ER9 E;  3L59 A;  4DQF A;  4OD9 A;  1TSQ A;  4FM8 A;  4HEG A;  2OHS A;  2EWY A;  2OF0 A;  3LZV A;  4LXM A;  1K6C A;  2I1A A;  5P2M A;  5P49 A;  4B72 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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