3OXVA

Crystal structure of hiv-1 i50v, a71 protease in complex with the protease inhibitor amprenavir.
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGVGGFIKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and thermodynamic basis of amprenavir/darunavir and atazanavir resistance in HIV-1 protease with mutations at residue 50.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 Protease
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3oxvA00
4CPUA 2AODA 2P3DA 3O9LB 5P5CA 2QI0A 4Y58A 3SA6A 4Y5EA 4Y5BA 4Y36A 2UPJA 5HDUA 3ZKQA 5P34A 2AOHA 2APRA 3VYEA 2H6SA 4WY6A 2OHMA 4ZIPA 5P4VA 3NWXA 2J9JA 5P6EA 5DQ2A 1SIVA 3CIBA 3OWNA 4PZXA 4TRWA 3PWRA 5I70A 5P2XA 3GGXA 5BRYA 2WF0A 5P5SA 4I11A 4Y39A 2CEMA 4Y57A 1XL5A 5P1TA 2OHNA 4CPQA 5P5RA 4PPHA 2EWYA 4Y4AA 5P2GA 2VNMA 4B70A 3LIXA 3VF5A 3URJA 1LEEA 5ISKA 5P0LA 5P1OA 5P4OA 4S1GA 3QN8A 4Q1NA 5COPA 1EC2A 3IXOA 1ZJ7A 4I0GA 1EC3A 1EBWA 3L58A 1GNOA 4HZTA 3WZ6A 2RKGA 1NSOA 4H3GA 3OY4A 5P6HA 4NJSA 5P3UA 4J1IA 3LZSA 4J1EA 3TNEA 3VLAA 1K6TA 1W5XA 3OUAA 3VV7A 3WSJA 1SH9A 3OUBA 4B1EA 4FAFA 2B8VA 3OXCA 2UY0A 3INFA 2AVQA 1APTE 5KQXA 1YTGA 2I4XA 1FB7A 4JPEA 1BVEA 3K5FA 4YDFA 5F00A 3EM3A 4OD9B 5P2QA 3NXNA 5P59A 5HE5A 2WF4A 4LXMA 3QS1A 3VF3A 4Y3FA 4LL3A 5P09A 2Z4OA 5ER1E 4Y56A 3UHLA 3UDPA 5P68A 3PJ6A 5P6TA 2ZYEA 1EBKC 3S43B 2G94A 3WB5A 2I4WA 7UPJA 1HWRA 3SA9A 3O9BA 2F8GA 2VIEA 5OYUA 5P32A 4LHHA 3IVIA 5P8BA 2F3KA 4I0IA 4Y45A 2G20A 5P1FA 5P5XA 3L5DA 4YBIA 1NH0A 5P0OA 4OBJA 3EL4A 3NXEA 3EM4A 2I4QA 3S2OA 4XX3A 1YTIA 3IVHA 3DM6A 3URIA 5BS4A 4R93A 3NSHA 3PCWA 3N3IA 1EAGA 4NKKA 4U7QA 2QMDA 4TRZA 4I10A 4Y5AA 3UDQA 2G69A 1MPPA 3KFPA 1MEUA 5P4KA 5P78A 5P4BA 4DUSA 4L7HA 2J9KA 3UQUA 3EM6A 4HDFA 3PGIA 1W50A 1T7KA 5OZ7A 5OYQA 5OZHA 3VV8A 2F80A 4ER1E 1TSQA 5P5JA 1BDLA 1G35A 3I7EA 5P3YA 3KDBA 2V0ZC 3EL0A 2R8NA 3CICA 3K1WA 5P06A 3R1GB 5P5BA 3PVKA 2FLEA 4Y9WA 3O9IA 1AAQA 3KMYA 3EKTA 5OYXA 5P0AA 5P6IA 1OD1A 1WKRA 5P4MA 3VG1A 3S45A 1HEFE 2P3CA 5P0FA 5P07A 1T6GA 1W51A 2AIDA 2CEJA 4GYEA 1HVHA 5P76A 4QJAA 3EKYA 4RROA 5P49A 3I6OA 5P3IA 4KB9A 5P82A 1RL8A 5P7YA 4R5NA 3OQDA 1EEDP 1EC0A 5DR1A 2NMZA 1BDQA 1KJHA 2Q11A 3KDDA 2AVVA 3MSLA 2OAHA 1YT9A 4DQBA 2BKSA 5P6MA 2AVOA 5P2VA 4FL8A 5P1AA 3L59A 2XFJA 1OEXA 4Q1XA 3R0WA 4YA8A 3L3AA 3IN3A 1AVFA 5P1ZA 3ER3E 3DJKA 4Z4XA 5P84A 1CPIA 2HB2A 3EMYA 4EPJA 3VEUA 5P0IA 5P7VA 2I0AA 3MSJA 1K1UA 1IVPA 3O9GA 2BPVA 5P4UA 4D83A 5P8GA 3EL1A 4J0VA 3MSKA 1FGCC 5P7UA 3BGBA 3FNTA 2ZHUA 3TOGA 5P44A 2PYNA 4EYRA 2AOEA 1HTEA 4NPTA 1ODWA 1AZ5A 4IVTA 2V11C 4YBFA 3KDCA 3CKTA 2AOCA 3QRMA 5OZ6A 3PWMA 4L6BA 3FV3A 4Y5LA 3ST5A 2FDPA 4B72A 3KMXA 4K4RA 1FQ7A 2O4LA 2WHHA 4HEGA 4WTUA 5P8RA 5P4HA 5E5KA 2XYEA 5DR4A 5HDVA 1QRPE 3VLBA 3WZ7A 2P3BA 3ZKMA 5P4AA 2R43A 1MRXA 3ZL7A 1HTFA 5P46A 2P3AA 5P31A 3GW5A 5OZSA 4Y54A 3D3TA 3L5BA 5P3GA 1PPLE 3ZOVA 4AMTA 3LHGA 5OZZA 3ZLQA 4J0YA 4A6CA 2AZ8A 5DPZA 3UDYA 5P3KA 5P6UA 4Y47A 5P62A 4FRJA 1FEJC 1G6LA 1VIKA 5P40A 5P5VA 3EKPA 3BC4A 1A8KA 3ZPUA 5OZ5A 2WJOA 3INHA 4J17A 3U71A 5P5LA 5I3XA 4D88A 3S8IA 4FLGA 5P0PA 3O9EA 1HSGA 4K8SA 2QNNA 3IA9A 4Y53A 5P8AA 5P4YA 2VS2A 1GNMA 5P0HA 5P6CA 5COKA 4L1AA 1QBRA 4CPXA 2JE4A 5OZIA 5P1MA 5P8KA 4Q1WA 4GJ9A 3H5BA 1T3RA 3EL5A 5P0WA 5KR1A 2Q63A 3KA2A 5P7SA 3UF3A 5P7OA 3VV6A 3ZMGA 5OZJA 4OBFA 2Z54A 1A94A 3INEA 5P64A 4PEPA 4Y3MA 4J0PA 3BXRA 5P7IA 3PB5A 1DMPA 5DR0A 2ZHVA 5APRE 2ZGAA 3SQFA 4I1CA 3H0BA 4Y3EA 5P7XA 4ZLSA 1MT8A 3TPLA 4FAEA 3OU4B 3CKPA 3NR6A 1FMXA 4F76A 4GZFA 2O4NA 4B05A 3S56A 2HM1A 3G72A 1MTBA 2QD7A 6FIVA 3SAAA 2G26A 3HLOA 2NXMA 2QMPA 5P1IA 4Y5PA 1PSNA 5P8HA 5HE4A 3IN4A 5P2KA 4Y3RA 3QBHA 5OZYA 2OHTA 4GB2A 1SP5A 2QI3A 4ZSQA 4RYGA 1HHPA 1HPXA 3LIYA 2I0DA 5DR8A 3KYRA 4APRE 2G22A 3O9FA 3LZYA 2B7ZA 5IVQA 1ZP8A 3VFBA 3OAGB 4DFGA 2ZDZA 1FFIC 2SAMA 1AJXA 1EPNE 4FE6A 2RENA 5P6WA 3D20A 3QVIA 4Z22A 3Q70A 1GVVA 3IXKA 3QP0A 1W6HA 3D1XA 5P2OA 3LINA 5P7TA 1TCWA 6APRE 1B6MA 3OQFA 4Y38A 2ZJMA 4GIDA 5P2JA 5P08A 4GJ8A 2OHKA 5EZZA 5P67A 3MXEA 3FNSA 5P8CA 3EC0A 4LAPA 2RMPA 3AUPA 5OZ8A 3UFLA 4Y3YA 1W5YA 4DJPA 4Y3JA 4CMSA 5P1BA 3DV1A 5OZTA 3KFSA 4HVPA 5P61A 5P23A 5ISJA 5P29A 3A2OA 5P13A 5OZPA 4DQHA 2FMBA 1TQFA 5P3SA 2AZ9A 3NYGA 3KN0A 4PHVA 5P3DA 5P5GA 1K6VA 3CIDA 1SMRA 5P8MA 2Q3KA 4D8CA 1FIVA 5P22A 5P2FA 1E80E 4CPTA 4FM8A 5HU1A 5P4DA 5P6AA 4F74A 1DW6C 4Y4XA 4YD7A 5ENMA 4YE3A 1FQ4A 5P5ZA 1EPLE 1SDTA 4Y3ZA 5P2BA 3BXSA 5P5KA 4ZPEA 4GJ7A 5DQ4A 5ENKA 1FQXA 3OU1A 5P6PA 4JECA 5OYZA 2QD8A 5P4NA 1XL2A 1IDBA 3RTHA 2O40A 1BVGA 3BVAA 3HAWA 5HVPA 4RGHA 1PFZA 3PI5A 1OHRA 5AGZA 5P0UA 4Y4GA 1BWBA 3OU1B 1IVQA 1A30A 4Y4BA 1N49A 4BELA 5OZGA 1KJGA 4I0DA 4Y3TA 5P5DA 2AOGA 5BWYA 2F3EA 2IDWA 4QJ2A 3QRSA 2QI5A 3D1ZA 2PWCA 2BB9A 3CYWA 5JG1A 4HA5A 1W5VA 4DH6A 4R91A 1YX9A 2O4PA 4OD9A 3SLZA 1HIVA 4RVJA 2RSPA 4Y5KA 1QS8A 1UH9A 4ZSRA 5P7AA 1ODYA 3EBZA 1SBGA 4DJRA 2BBBA 4ER2E 3LIZA 2G1NA 3FSMA 5OYRA 4D89A 5P1UA 2AVSA 3N4LA 3RSXA 3S43A 3IAWA 1ODXA 4J54A 1ER8E 3D1YA 1TZSA 5P48A 1ENTE 2VJ9A 5P4ZA 1BIMA 3S54A 5P1KA 3KT5A 5P16A 3Q6YA 2PMAA 5KQZA 1LYBB 4A4QA 5P3EA 2FDDA 2QMFA 1QBSA 1GVUA 1LF3A 5P14A 1KJFA 3PCZA 5P77A 4FSLA 1IZHA 2IENA 5P6ZA 5J25A 2QZWA 2IKUA 2VJ7A 2R5QA 3VYFA 3R0YA 1HIIA 5P83A 5P0GA 4DPFA 4Y3GA 1F34A 1FMUA 1APWE 2CENA 1KZKA 4L7JA 4Q5MA 4Y4JA 3KF0A 3OOTA 3SA4A 5P30A 3LZUA 4DJOA 2PSUA 2BPWA 1UH7A 5HCTA 5P8VA 2R3TA 1MT9A 1EPQE 3DUYA 4U7VA 4Y5GA 4QGIA 3QROA 5P3NA 5P01A 4Y4UA 5DQ1A 1LYAA 2PYMA 2FS4A 3UQRA 2OF0A 4H3FA 1GVXA 1LS5A 5P6LA 4I8ZA 3GGVA 3GGUA 5P72A 5P4WA 2AOFA 2V13A 4EJDA 2QI1A 5P6SA 1OEWA 5P81A 4K9HA 3K5GA 3FKTA 4Y3PA 2XYFA 1LYAB 5P7RA 5I3WA 2WL0A 5P50A 2ER6E 2Q64A 3OHFA 4WY1A 5DQCA 1HVJA 3PHVA 5AH9A 4EQ0A 3R2FA 3OQAA 4OBKA 5P3RA 3CKRA 3UCBA 2JXRA 4F75A 1YM4A 5P89A 2HB3A 1TW7A 4I0ZA 5SY3A 5P00A 5P42A 5DGUA 2ZJIA 3SKFA 5P7KA 1BILA 1WBKA 2O4KA 4Q1YA 3OTSA 5P7PA 4D85A 5P39A 1D4LA 4LXAA 1FLHA 1MVPA 4GJBA 5P8PA 5OZ2A 3URLA 2QU3A 5P2DA 1K6PA 1MESA 2VIJA 4IVSA 2HAHA 1NPWA 5P1JA 4ZSPA 5P0EA 3OK9A 3HD8A 4Y4DA 3Q5HA 1BV9A 1NPAA 5P35A 4LXKA 5P6FA 3UDRA 5C9DA 1AJVA 8HVPA 2PH8A 1E5OE 2NNPA 4EXGA 2B60A 3OOZA 1MERA 3NUOA 3ECGA 5P7FA 5P5FA 5P70A 1DAZC 4R8YA 4J0ZA 1ZPAA 1ZLFA 3T11A 1HEGE 5P24A 2UXZA 4K4QA 5P5PA 5P1QA 2V12C 3VF7A 2G27A 3ZPTA 3SA5A 3UDNA 4UPJA 4TRYA 5KR0A 3ZPSA 1T7IA 1IIQA 2G1RA 4AZYA 3GI0A 2BJUA 5DR3A 1C6XA 4RCFA 4EWOA 2BKTA 3OXWA 2ZHSA 3NU5A 3MXDA 3UTLA 2QZLA 2H6TA 5HE7A 2WECA 5P85A 4JP9A 3Q3TA 3ZKNA 2IQGA 5B18A 2PSVA 4EHCA 5P2SA 1FQ6A 4ZPFA 5P3TA 2MIPA 1HVRA 2IGXA 5P55A 3PWWA 1UH8A 1W5WA 2WEAA 5P0DA 3TPJA 1EBYA 3KFNA 5P2YA 5P6OA 3BUGA 1M4HA 2BPYA 4APEA 3T7XA 2WF2A 1YM2A 4AA8A 1XDHA 1YTHA 3QI1A 4GJ6A 4OBZB 4RYCA 4X7IA 1E82E 2AOJA 1Z8CA 2FXEA 4FRSA 5P10A 3PLLA 1ZAPA 2JJIA 1FKNA 4U8WA 4NPUA 4Y3DA 5AHAA 5P4JA 5KR8A 5P5WA 4H3JA 2B7FA 3AIDA 3SA8A 4XXSA 2V00A 2QNPA 4YHQA 5P5YA 5DR7A 5HDXA 2B8LA 4Y35A 3TTPA 2B42A 5P5AA 3JW2A 3LPJA 3BUHA 7HVPA 4GMIA 5C9BA 5P4TA 5C9FA 1B6LA 1HVCA 5F01A 5P75A 2QK5A 3QVCA 3OUCA 3UDMA 2ZJNA 4R95A 5P2AA 5P0CA 3RTNA 3OADB 2NNKA 4RVIA 3OU4A 4Z2ZA 5P54A 4N00A 4R92A 3U6AA 3R4BA 1IZDA 5P7JA 4B00A 2PQZA 5P11A 5P4CA 3DCRA 3JVWA 4HE9A 1SGUA 5P0ZA 5OZEA 1HSHA 3HVPA 5P7NA 5HDZA 1PROA 4GJ5A 3EKVA 1E81E 5P8FA 3QRVA 1C6YA 5P53A 4MC2A 5OYVA 3SA7A 1XS7D 4B77A 2ER0E 2HB4A 1MRWA 5P3BA 3S7MA 1EPRE 5OZNA 4AUCA 5OZ3A 4L7GA 5P58A 5P73A 1LYWA 2OHUA 4Y3LA 3WZ8A 3TLHA 3F9QA 3OHHA 3PSGA 3OAGA 3OXVA 5P5NA 3O9HA 5P1YA 4Y4WA 1IZIA 4FIVA 4KE1A 2HPEA 5P4RA 1LYWB 2ER9E 3HZCA 1T6EX 2BPZA 5P36A 5P3FA 1MTRA 4MC6A 3PBZA 1A9MA 4ZSMA 2Q55A 4I8WA 5OZRA 1B6KA 1HTRB 1PSOE 9HVPA 4ACXA 2QZXA 4FM6A 5P7BA 5AHBA 5P8QA 3NUJA 5P87A 4XX4A 4RCDA 1BWAA 1AXAA 5ER2E 1PPME 1TSUA 1PSAA 2QD6A 5OZ0A 4I0FA 1SDVA 5P25A 1FG8C 1NPVA 1TCXA 1VIJA 3RSVA 5P8OA 3MWSA 5P2HA 5AH7A 4QJ7A 5I3YA 1F7AA 5P6VA 5P2CA 2NMYA 3B80A 5JODA 4J5JA 2Q5KA 4LC7A 5OZMA 4JPCA 3INDA 5P3LA 5SXNA 5P5TA 5P7MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CPU A;  2AOD A;  2P3D A;  3O9L B;  5P5C A;  2QI0 A;  4Y58 A;  3SA6 A;  4Y5E A;  4Y5B A;  4Y36 A;  2UPJ A;  5HDU A;  3ZKQ A;  5P34 A;  2AOH A;  2APR A;  3VYE A;  2H6S A;  4WY6 A;  2OHM A;  4ZIP A;  5P4V A;  3NWX A;  2J9J A;  5P6E A;  5DQ2 A;  1SIV A;  3CIB A;  3OWN A;  4PZX A;  4TRW A;  3PWR A;  5I70 A;  5P2X A;  3GGX A;  5BRY A;  2WF0 A;  5P5S A;  4I11 A;  4Y39 A;  2CEM A;  4Y57 A;  1XL5 A;  5P1T A;  2OHN A;  4CPQ A;  5P5R A;  4PPH A;  2EWY A;  4Y4A A;  5P2G A;  2VNM A;  4B70 A;  3LIX A;  3VF5 A;  3URJ A;  1LEE A;  5ISK A;  5P0L A;  5P1O A;  5P4O A;  4S1G A;  3QN8 A;  4Q1N A;  5COP A;  1EC2 A;  3IXO A;  1ZJ7 A;  4I0G A;  1EC3 A;  1EBW A;  3L58 A;  1GNO A;  4HZT A;  3WZ6 A;  2RKG A;  1NSO A;  4H3G A;  3OY4 A;  5P6H A;  4NJS A;  5P3U A;  4J1I A;  3LZS A;  4J1E A;  3TNE A;  3VLA A;  1K6T A;  1W5X A;  3OUA A;  3VV7 A;  3WSJ A;  1SH9 A;  3OUB A;  4B1E A;  4FAF A;  2B8V A;  3OXC A;  2UY0 A;  3INF A;  2AVQ A;  1APT E;  5KQX A;  1YTG A;  2I4X A;  1FB7 A;  4JPE A;  1BVE A;  3K5F A;  4YDF A;  5F00 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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