3OXWA

Crystal structure of hiv-1 i50v, a71v protease in complex with the protease inhibitor darunavir
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGVGGFIKVRQYDQIPVEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title Structural and thermodynamic basis of amprenavir/darunavir and atazanavir resistance in HIV-1 protease with mutations at residue 50.
pubmed doi rcsb
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3oxwA00
2QZXA 4Y4WA 5OYZA 3D91A 4H3FA 5P7OA 5OZQA 2ZE1A 3SA5A 4F73A 3QRMA 4OD9A 5P8QA 5P7ZA 1XE5A 2FDDA 5P1NA 5P7DA 3OWNA 2P3DA 5P3LA 6FIVA 1EC2A 5P6JA 5P8VA 4J0YA 3OADA 2QI7A 4ER2E 2V0ZC 2BJUA 3S7LA 4Y4UA 2FIVA 3SM1A 2I4WA 5P51A 3KDCA 5P8OA 2WEZA 3PBDA 3T11A 5OZ8A 3NWQA 5P57A 4J54A 4FSEA 4DQHA 4JPEA 3EKXA 4QLHA 1W6HA 3G70A 5J25A 2P4JA 3PSUA 4GJ5A 4LXMA 5P7LA 4TRZA 2QD7A 5P0GA 5P4NA 3OQKA 2G1SA 5HE4A 3ZLQA 4Y3RA 2R38A 1QBRA 3DCRA 1MTBA 3MSLA 5TOLA 5DQ4A 3PVKA 5P5FA 5P2YA 5P84A 1IZHA 5OZ2A 3LIQA 4OBHA 1FFIC 5P5DA 5OZCA 2VIYA 3NDUA 4L7JA 1SMRA 5KQFA 5OZMA 3MSKA 4Y38A 5P3JA 2QMPA 5P7CA 3KA2A 2WKZA 1SMEA 1E80E 3UQPA 5P19A 3EKVA 2ER6E 2Q63A 5P52A 3QIHA 4Z4XA 3NUJA 4Y45A 1GVWA 1GVTA 5P1UA 5DR0A 2VS2A 2ZYEA 2QZLA 4TRWA 5PEPA 4Y3HA 1BV7A 5KQXA 2NXLA 1D4LA 3Q5HA 3BUGA 2FNTA 3VF7A 3KDBA 1SDUA 5P10A 1HOSA 3EM6A 5HTZA 1LS5A 5KR2A 5OYVA 1TCXA 5P6VA 2XFIA 3TKWA 1AJXA 5P37A 2WL0A 5OZHA 1HPSA 5DQ5A 1RPIA 2IQGA 3OXVA 2AOCA 4PEPA 5P47A 1YM2A 3K5FA 3K5DA 5P41A 5P3YA 1Z8CA 5P2TA 3U71A 5ER1E 2P3AA 2WF4A 5P1SA 4DQCA 3LZVA 3VYEA 4OBFA 3CMSA 4L7HA 3I6OA 1AZ5A 4R8YA 4JECA 4RGHA 4YD5A 5F01A 5P33A 5P4PA 3SPKA 4DI2A 2F81A 3N4LA 4Q1WA 2G21A 5DQ2A 2NNPA 1XDHA 4YD7A 1IBQA 2V10C 3OQFA 4ZLSA 2ZJIA 3OHHA 4I11A 4Y48A 5P0UA 1ZPAA 2HB4A 4Y39A 3HLOA 3PSYA 2AOHA 1YM4A 5P7FA 4F75A 1MRWA 2BPYA 2NMYA 5P0BA 2CEJA 4N00A 4MC9A 4R95A 3DJKA 4A6BA 1C6XA 3T7PA 3PJ6A 5P7SA 1EBYA 3PLLA 4ZEAA 2NPHA 3SLZA 5P62A 3BC4A 3O9LB 5P15A 5P1WA 2WEAA 3EL0A 4Y3QA 4B77A 5HU0A 4Y41A 1HIVA 2HS2A 3EL4A 2I4DA 5P7WA 3CKTA 4ZSQA 5OYSA 3SAAA 3UFNA 4YOBA 5P3KA 3KDDA 4GJ9A 5OYXA 2BKTA 2Q3KA 3NXNA 3D1XA 5P0QA 5APRE 5P3UA 1QRPE 3D3TA 5P22A 1LYWA 5P86A 2A1EA 3PB5A 3L3AA 8HVPA 2O4NA 4WY6A 1B6MA 2AVOA 4OBZB 4LHHA 3QRSA 5HE5A 2PSUA 4I0EA 4GJCA 5OZJA 2RSPA 5P0MA 5P5IA 4K4QA 2ZJKA 1G2KA 3FNUA 3VV8A 3PM4A 3OTSA 5P8JA 4ACXA 4L6BA 3I8WA 1TW7A 3DK1A 4Y3JA 4QJ6A 5P68A 2AZ8A 2QNPA 5P8TA 4NJTA 2WF0A 1PSOE 2R5QA 5HVPA 1VIKA 4Q5MA 4APRE 3EM4A 4Y44A 4D83A 2RENA 3TKGA 5P2CA 5P46A 4LC7A 1IIQA 5P88A 4DJUA 2I4VA 3S43A 1OEXA 4CPXA 5I3XA 2FGVA 1K2BA 1BIMA 2WEDA 5P36A 4I0HA 3UDRA 5P5GA 3IVHA 1HPVA 5P50A 4A6CA 5OZZA 2WF1A 5P8EA 5P5HA 4FRKA 1PPLE 4Y5LA 3UDJA 5P4EA 2G27A 1SGUA 3R0WA 5DPZA 5P73A 1B6PA 3OUDB 3L5FA 5P0CA 5SZ9A 4HDPA 5DR3A 1LF3A 3OXXA 2ZHSA 5P31A 4FRIA 1QDMA 3KM4A 4I12A 5B18A 3LIXA 5P2VA 2ER9E 4MC6A 3IN4A 3JW2A 2FS4A 5P8BA 2O4KA 3AUPA 5P79A 5DQCA 1BWBA 4EHCA 1A9MA 2G94A 2BPZA 4QJ2A 5SY3A 3EL1A 3S54A 1FQXA 2QAKA 4R5NA 5P1CA 1TCWA 5P74A 2J9KA 3CKPA 4ZPFA 4GMIA 4Y57A 4DQEA 5HE7A 4B00A 3SA3A 3HDKA 9HVPA 2PK6A 3VUCA 4Y3WA 2APRA 3PCWA 1MIQA 3OY4A 4Y9WA 4QJ8A 2QU2A 4RROA 5P5ZA 5COOA 5JFPA 3O9CA 2QMFA 3QN8A 5OZLA 5P5JA 3TOFA 3ZPTA 4AA9A 3H0BA 5P0VA 2FDPA 1FGCC 5P3GA 4Y3AA 2RMPA 5P2SA 2WEBA 3MXEA 3OU1B 5KQZA 2AOGA 5HCOA 3UDHA 2PH8A 5P7IA 5BS4A 5P38A 5DR1A 1ZLFA 1A8GA 4I8ZA 3PWMA 5P1OA 2B7FA 5E5KA 4QJAA 1BDRA 5BRYA 1IVQA 1RNEA 3Q70A 5P89A 4I1CA 4LXKA 5P7GA 2F3EA 5P1LA 4ZSMA 4BFBA 1HRNA 5OZOA 1EPNE 5P8KA 4R92A 2QI3A 1CZIE 5P14A 1EC1A 5P05A 5P5EA 3EKQA 3ER5E 1Z1HA 3O9FA 4YDGA 3QI1A 4YD4A 3QPJA 3VEUA 1EAGA 1HTRB 2AVMA 4Y5NA 4JP9A 3Q3TA 1HHPA 4CMSA 1TSQA 1ODYA 3S45A 1APWE 3B7VA 4Y3PA 3IN3A 5KQYA 4QJ7A 5P8FA 1A94A 3ZL7A 5OZ1A 1DW6C 3HAUA 1AIDA 4B05A 5P7JA 4B78A 4ZIPA 5P0IA 1EC0A 3PWWA 1ZAPA 5P4WA 5P3IA 1HTFA 2PC0A 3WB5A 4HVPA 1C6YA 2WF2A 5P5VA 5P61A 3AIDA 4EYRA 4LL3A 3UDYA 1M0BA 1HVCA 4EJKA 4TVGA 4J1EA 4RYCA 1EPPE 2R5PA 2FDEA 3FIVA 4U7QA 4KE1A 2VA5A 5P6AA 1W6IA 3UDNA 1T7JA 5P26A 1D4HA 2PYMA 2PSGA 5P0KA 2OHNA 1FG8C 2QMGA 1TQFA 4RCEA 1ENTE 5P1IA 1PPKE 4ER1E 4HZTA 4DJPA 1HSGA 3Q6YA 5P3SA 3DUYA 3I2LA 5P0WA 4GB2A 5P4QA 4Y54A 5P53A 5P7VA 4NJVA 2ZHTA 3S53A 1HVJA 1C6ZA 1CMSA 5HDVA 3IXKA 5P3QA 3RVIA 3SKGA 4DVFA 4Y4JA 1MT9A 3BVBA 3T7QA 5EZXA 4BELA 3KF0A 2QNQA 1BVGA 4YOAA 1GNMA 5P16A 5P3NA 3SABA 3QAAA 5CLMA 3LZSA 3OUBA 1XN2A 2AOIA 1EBWA 5P2UA 1SP5A 2IRZA 2R3WA 2UPJA 1ZBGA 2PWRA 4KB9A 5P8IA 3VYDA 5P3VA 4EJDA 4NPTA 2VA7A 3LPKA 3K4VC 2VNNA 3IVIA 3MWSA 3NYGA 7UPJA 5KOSA 1XN3A 3I25A 1IZDA 4D89A 5P7UA 3HVGA 4YD6A 4PPHA 4ZSRA 5P4AA 5I3VA 5HDXA 2IGYA 4YA8A 3LIYA 4DPFA 4DQBA 3L5BA 1GKTA 5P8HA 3CIDA 1ZP8A 4YBIA 4DJXA 2ANLA 4K4PA 2HPEA 1MTRA 4B72A 3VFBA 5P6WA 4QJ9A 1BDLA 1EPRE 5P1KA 1DMPA 1PFZA 1AJVA 5P1QA 5AHAA 2AZCA 4H3IA 4J17A 1NPWA 4FM7A 2R43A 1K1TA 2FNSA 1W5VA 5ISKA 3EM3A 3DM6A 2I0DA 3QS1A 3B80A 4CPWA 5P3XA 3BRAA 3KMXA 4MC2A 4Z22A 5P6TA 4GJ7A 3RTHA 5P1TA 5P3RA 3IXOA 2ZJLA 1EEDP 5OZ6A 3VSXA 3UF3A 1LF2A 2G1RA 2QCIA 3VLAA 2V11C 2PK5A 5P4TA 4B1EA 3RTMA 2NNKA 1HVKA 4Y3XA 4Y35A 5P2LA 3BXRA 4Q1XA 3O9LA 4R91A 5P3AA 2PYNA 1PPME 1HVLA 2PWCA 2FMBA 5DQ1A 3R1GB 3ZKNA 3GI6A 5COKA 2V13A 3LINA 5ER2E 4JPCA 2FXEA 4I0FA 4J0TA 3UDPA 5P0AA 5DGWA 4E43A 2XYEA 2ZGAA 2Q15A 2AVVA 3UQUA 3L5EA 5P4VA 4I0IA 3QBHA 4Y4EA 4WTUA 5P32A 5P7PA 4DJOA 1EPME 1FEJC 5IVQA 4OBZA 4BEKA 2OHMA 4OBJA 4X7IA 4DJQA 4Y4DA 3INHA 5EZZA 1FG6C 2QHYA 3FX5A 1DIFA 4YCKA 5IVSA 4TRYA 5OZIA 4Y3EA 5P78A 4H3JA 5P8AA 4KE0A 2O4LA 4J0PA 5P4FA 4DJWA 3SA8A 5P3ZA 4GJ6A 1QBSA 5JG1A 3OGPA 4FL8A 1LYBB 5P8NA 6UPJA 2QI6A 4DV9A 2JXRA 5P83A 2R8NA 3URLA 3S85A 2HAHA 5DR7A 5P4HA 3IA9A 4I0DA 4RRNA 3R2FA 1D4JA 5P3BA 2G69A 5P4GA 4I0JA 2FGUA 3BUFA 2NR6A 5CONA 2NMZA 4Y3MA 3PGIA 5P2BA 1HPXA 5P5KA 1F7AA 4FM8A 3D1YA 3UQWA 5IE1A 4RRSA 3PSGA 1B5FB 5P6UA 5OZ9A 3SO9A 3EL9A 4QGIA 5AH7A 2F3FA 3OUDA 4COEA 4Y5CA 4RLDA 2IGXA 3TPPA 2OHRA 3OQDA 5P5NA 5P2QA 3PHVA 5KR0A 2VKMA 4FSLA 4HEGA 3VLBA 3OQAA 3OAGA 2R9BA 3L59A 4OBGA 5P1MA 2V12C 2Z54A 5P3PA 5P2EA 2F8GA 4J55A 4R93A 1QS8A 2VJ6A 4Y3YA 5P5CA 3R4BA 3BUHA 2ZJJA 1ZSFA 4Y53A 1SDTA 1WBMA 3RSXA 2QI4A 3SM2A 3GI5A 3D1ZA 5P8RA 1BVEA 2VA6A 1K2CA 4EP2A 4ZPEA 3BXSA 5KR1A 1HVHA 1N49A 1SGZA 5P4ZA 4FRJA 2FLEA 5P5XA 3S8IA 2JYSA 5OZNA 1HXWA 3PMUA 3RTNA 5OZEA 2A4FA 2Q5KA 4I8WA 4Y3NA 5OYRA 2IEOA 3OU1A 2QNNA 3ZOVA 3O9IA 2HS1A 1WBKA 3GW5A 2QK5A 1W5XA 2AOFA 5OZUA 5OZSA 2OHKA 3NUOA 4Y4GA 1MSMA 1D4KA 1GVXA 3T6IA 3VCMA 5P39A 4AZYA 1FQ4A 1IDAA 5P63A 1DP5A 4Y3FA 4LBTA 1BWAA 5P6NA 5DR8A 5P8CA 4M8YA 5P2IA 5JODA 3TOGA 1PROA 2UXZA 3KYRA 1KJGA 1MERA 1XS7D 1GNOA 5E5JA 3EC0A 3IAWA 5P1YA 2BPVA 2J9JB 1EC3A 2V00A 4IVTA 4Y43A 5AH9A 3MXDA 1B6JA 3TLHA 2VJ7A 3KFSA 1UH8A 4Y47A 3ZMGA 5P7EA 3UQXA 5P77A 3OAGB 2NTRA 2BPXA 2G1OA 2I1AA 4Y3GA 2PSVA 5OZ4A 1D4IA 3APRE 1T6GA 1BBSA 3ZPUA 4OBDA 4L7GA 5P0FA 4B1DA 2NXMA 1W5YA 5P1HA 5P6CA 5P44A 5P54A 5P4BA 1VIJA 3GI0A 3LIVA 5P8MA 3UDMA 5T4SA 2VIJA 5BWYA 3JVYA 5P6RA 5P0PA 3LZUA 5P48A 3SA9A 4RVIA 5P0TA 5OZGA 5P4SA 1W50A 1MSNA 4D8CA 5P7YA 2P8HA 5P7RA 1K6TA 4DUSA 1PSNA 1AM5A 3K5CA 2QP8A 3SA6A 5P6DA 5P7KA 5P6YA 1K6PA 2UY0A 3RU1A 4Y4XA 4J1HA 2G1NA 3U6AA 3VF5A 3TPRA 1APUE 5P1XA 5P24A 1T6EX 5P01A 5P3OA 1XL2A 1YTIA 3WB4A 3GGAA 5P18A 1KJHA 1G0VA 2QHZA 4ZSPA 1APVE 3SA4A 4EJLA 4J0ZA 2BPWA 1ZSRA 1LV1A 4Y4BA 5IVRA 3ZKGA 2I4XA 2V16C 2OF0A 1M4HA 2BB9A 1MT8A 5P87A 3BGBA 4GJBA 5OYTA 5P0HA 2ZJHA 1HTEA 4Y5BA 2JJJA 5P4CA 3RSVA 4Y3TA 3QROA 4Z50A 5P1BA 5P43A 4FRSA 5P2NA 3S2OA 2G1YA 4RVXA 4CKUA 4WY1A 3EXOA 3K4VA 2OHQA 1MEUA 5ISJA 5HDZA 2XFJA 3OQ7A 4I0ZA 2HB2A 3O99A 3TH9A 2H6SA 1BDQA 3NLSA 4PHVA 4Y4AA 3CICA 5OZ0A 2BQVA 1SIVA 4U7VA 1A30A 4DFGA 4L1AA 1RV7A 3VF3A 4S1GA 2P83A 5P06A 4RYGA 3OOZA 3ECGA 5P3EA 3I7EA 5P1GA 1FQ7A 5P5RA 3UFLA 5P2AA 4DQFA 4Y6MA 4J5JA 5P65A 5HCTA 1BAIA 3KMYA 5P6GA 1META 3HVPA 5P6BA 5P4IA 3K5GA 1K6CA 5P3MA 1AXAA 2Q54A 4I10A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QZX A;  4Y4W A;  5OYZ A;  3D91 A;  4H3F A;  5P7O A;  5OZQ A;  2ZE1 A;  3SA5 A;  4F73 A;  3QRM A;  4OD9 A;  5P8Q A;  5P7Z A;  1XE5 A;  2FDD A;  5P1N A;  5P7D A;  3OWN A;  2P3D A;  5P3L A;  6FIV A;  1EC2 A;  5P6J A;  5P8V A;  4J0Y A;  3OAD A;  2QI7 A;  4ER2 E;  2V0Z C;  2BJU A;  3S7L A;  4Y4U A;  2FIV A;  3SM1 A;  2I4W A;  5P51 A;  3KDC A;  5P8O A;  2WEZ A;  3PBD A;  3T11 A;  5OZ8 A;  3NWQ A;  5P57 A;  4J54 A;  4FSE A;  4DQH A;  4JPE A;  3EKX A;  4QLH A;  1W6H A;  3G70 A;  5J25 A;  2P4J A;  3PSU A;  4GJ5 A;  4LXM A;  5P7L A;  4TRZ A;  2QD7 A;  5P0G A;  5P4N A;  3OQK A;  2G1S A;  5HE4 A;  3ZLQ A;  4Y3R A;  2R38 A;  1QBR A;  3DCR A;  1MTB A;  3MSL A;  5TOL A;  5DQ4 A;  3PVK A;  5P5F A;  5P2Y A;  5P84 A;  1IZH A;  5OZ2 A;  3LIQ A;  4OBH A;  1FFI C;  5P5D A;  5OZC A;  2VIY A;  3NDU A;  4L7J A;  1SMR A;  5KQF A;  5OZM A;  3MSK A;  4Y38 A;  5P3J A;  2QMP A;  5P7C A;  3KA2 A;  2WKZ A;  1SME A;  1E80 E;  3UQP A;  5P19 A;  3EKV A;  2ER6 E;  2Q63 A;  5P52 A;  3QIH A;  4Z4X A;  3NUJ A;  4Y45 A;  1GVW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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