3OXXA

Crystal structure of hiv-1 i50v, a71v protease in complex with the protease inhibitor atazanavir
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGVGGFIKVRQYDQIPVEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Structural and thermodynamic basis of amprenavir/darunavir and atazanavir resistance in HIV-1 protease with mutations at residue 50.
pubmed doi rcsb
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3oxxA00
2AODA 3SFCA 4Y3SA 4DVFA 4ER4E 3QAAA 2OAHA 5IVTA 2QMGA 4TRYA 3OQAA 4QLHA 2QZXA 1HTEA 3Q5HA 5P6PA 3OTYA 5OZBA 1RL8A 2QHYA 2O4NA 5P2VA 1BXOA 5P62A 5IE1A 1WBKA 2J9KA 4R91A 5P3WA 3ZL7A 3I7EA 5P4RA 1EBKC 4M8YA 5P6FA 1T3RA 5P7HA 5P0YA 5P7ZA 1Q9PA 5P23A 3R1GB 5P79A 5P06A 1ME6A 5P2FA 1HXBA 3PWRA 3EKXA 3QIHA 5DR8A 3NU5A 2BB9A 2FLEA 4I0EA 2AOJA 4KB9A 4YD3A 2QNQA 5P3JA 3OUCA 5OYSA 5P7AA 5P88A 3LPJA 5P6EA 2G1SA 3DCKA 5P05A 2F81A 5C9BA 5P42A 5P22A 3UPJA 3EM3A 5OZSA 4L7HA 5P0FA 1KJGA 3DCRA 5P2QA 2I4UA 2AVMA 2ZDZA 1RNEA 3HW1A 1AJXA 3PM4A 2ANLA 5HDVA 1AXAA 1T7JA 2RKGA 3QVIA 2FXEA 1ZPKA 2WECA 5P25A 2OHKA 2I4DA 1HIHA 2BKTA 5HE7A 4Y5LA 3EKQA 2F80A 5OZ5A 5P8UA 4DJOA 3PMYA 3UQRA 4OBKA 5P2YA 1ZJ7A 5P3CA 2NTRA 5COKA 3S8IA 2I0AA 1RV7A 5OZ7A 4Y51A 5P8OA 1SH9A 5OZ1A 5P4NA 2ZJJA 2P4JA 4I0ZA 3OY4A 5P7YA 1Z8CA 1EPLE 1EPQE 1KJFA 5P2TA 5P4CA 1ENTE 4Y4DA 5P48A 2FGVA 3PI5A 2IS0A 2HC0A 3ST5A 2IKOA 4I12A 3SABA 5P80A 4GIDA 4IVTA 4ZSMA 3QVCA 3SKGA 2I4VA 1SP5A 4ZSQA 2CEMA 4BEKA 1FMUA 1EPNE 1SIVA 5KOSA 3RSXA 2B8LA 5P6UA 2O4SA 2Q63A 4R93A 5OZ4A 5DQCA 1CZIE 2NMYA 5OZ8A 1A8KA 3URIA 2OHNA 2P3DA 3LNKA 5P58A 3L5BA 3PSUA 4FAFA 5CLMA 1ZP8A 1W51A 3LHGA 2CEJA 3ZKXA 5P75A 4Y9WA 2FNSA 3L5DA 3MXEA 5P24A 3UDRA 3VG1A 5HTZA 1FB7A 3VF3A 2VNMA 5P26A 2Q3KA 5P1BA 2WKZA 3LIXA 3CYXA 3QRVA 5P0LA 5DGWA 1LF2A 5HCOA 5P8LA 2QNNA 3S53A 3OADA 5P5AA 1DMPA 2OHMA 4BFDA 4YD5A 3NWQA 2Z54A 4B70A 3TLHA 3IAWA 5OZQA 4ZLSA 3OAGB 5P7SA 1HVLA 3FV3A 4J1EA 5P2AA 5P44A 3ZPTA 2QAKA 4DQBA 1ODXA 4I0IA 4Y53A 5SZ9A 5P4LA 3NDWA 3S43A 5P67A 2WJOA 2NMZA 3S85A 2P3AA 5AH8A 3L5EA 1NH0A 1OEWA 1SGUA 5P29A 3SO9A 4TVGA 3TKWA 1B6KA 4JPCA 2Q54A 3UHLA 5ENKA 2F8GA 3BUHA 4DJYA 4RCDA 5P1SA 4ZSRA 5HE4A 4DQFA 5P2OA 3HD8A 5P6KA 1HSGA 4Z22A 1UPJA 5P4XA 3MXDA 4OBJA 5ISJA 4FM7A 1BWBA 2VIJA 1FEJC 3R0WA 5P4IA 3ZMGA 4LBTA 3PLDA 7HVPA 3UDQA 3D1YA 1FQ6A 3BRAA 3CIDA 3MSJA 5P4WA 5P02A 5P61A 3N3IA 5KQYA 5DQ5A 3M9FA 4J0PA 3LZUA 5P5WA 5OZEA 5OZWA 4OBHA 4U7QA 3PMUA 5OZGA 4FRIA 3OXWA 3LZVA 5P71A 1EPPE 1G2KA 3UCBA 1YTHA 6APRE 2UY0A 2QD7A 1PROA 4J0ZA 1XN2A 5P35A 2R3TA 3LINA 3WB4A 1AZ5A 5P5HA 5C9DA 3UQPA 4NPTA 4J1CA 4L1AA 1APTE 1ER8E 4ZE6A 1EEDP 4Y43A 3D3TA 5P6ZA 3TL9A 3DV1A 4CPSA 2HAHA 5AH9A 1Z1RA 5P1GA 5P65A 5P17A 4OBDA 2AOCA 3SA8A 1G0VA 1LZQA 4YCYA 2WEBA 4K9HA 3OUDA 5P28A 2ZHVA 4Y5AA 5P4KA 3URLA 3JW2A 3IVHA 4Q1YA 4Y3HA 1BWAA 5F01A 4F74A 3PVKA 4Y3AA 1ZBGA 3K5GA 1T7IA 5P4DA 2IEOA 1W5XA 2MIPA 4Q1NA 1WKRA 3TOFA 1M0BA 2G94A 4J0TA 1K6PA 2QCIA 5OYWA 3VUCA 3PBZA 4XX4A 5I3YA 3L38A 3KFPA 5P8GA 3EL1A 5OZCA 5P7MA 5DQ1A 5P54A 2ZJIA 4I1CA 3HAUA 3LPKA 4LL3A 5P2DA 1IDBA 3Q70A 5P3IA 5P86A 3TOGA 4DQCA 4NPUA 1K6TA 1K6VA 5P07A 4D83A 4Q5MA 4FRSA 4Y3RA 2F3KA 5P49A 5P1VA 2V11C 5AGZA 2IGYA 5KR8A 4ER1E 4Y44A 4I0FA 3KDDA 4GB2A 4PPHA 3NU6A 5P8BA 5P89A 4DJXA 4J1KA 3S7MA 1YM4A 1E82E 1LS5A 5P0JA 1FQ7A 2BPXA 3EM6A 4Y3EA 5C9FA 5P59A 4FGXA 1IBQA 1HVCA 5ER1E 5HDXA 5P1PA 3CIBA 1EPME 1B6JA 2VS2A 5P5QA 4Y3PA 2AVQA 4D89A 5I3WA 1C6YA 4Y41A 3OQFA 4OBGA 6FIVA 5P7NA 3PB5A 3DV5A 5OZTA 5DR1A 3OHHA 5P7PA 5SXNA 5P8EA 5P5PA 3NUJA 3NXEA 4I10A 5P0OA 3OQ7A 4B72A 5P5FA 5OZYA 4J5JA 4LP9A 4FSLA 1YG9A 3OU4B 1EBYA 3CICA 5P7DA 1IZHA 4ZIPA 4YA8A 5UPJA 2WEDA 5P3DA 1SBGA 3KFRA 2OF0A 3KMXA 3VV6A 2JJJA 5P85A 3UDPA 5P1HA 5P6TA 5P34A 2I4QA 3DUYA 2HB4A 5P4VA 5P5ZA 5P3KA 5P6VA 5P27A 4YDFA 4XKXA 5AHCA 5E5JA 1HOSA 4EYRA 1APWE 1TW7A 2QD6A 5J25A 4PZXA 3ZKGA 5OZPA 2ZHSA 1BAIA 5P5OA 5P4PA 4ZPFA 5P6NA 4RCEA 1APVE 3TOHA 4RVXA 1MTRA 4Y3YA 2O4LA 2JE4A 4LHHA 2AOEA 3VCMA 5P8SA 5OYRA 5BRYA 5P53A 4I8ZA 2V00A 5OZLA 3OXXA 2WF4A 2SAMA 4APRE 3O9BA 4CPXA 5P20A 4L7GA 5KQFA 4D8CA 2ER0E 1AAQA 2CENA 3OWNA 2PSGA 4FS4A 1ZSRA 3G70A 1VIJA 4DQGA 2R5QA 3O9IA 5P3ZA 3WSJA 2QZLA 4OBZB 4K4RA 5HVPA 1XL2A 3QBFA 4HLAA 5P2CA 4A6BA 5P4UA 2BPYA 3FX5A 1LYBA 4RCFA 3GI4A 1HTGA 5P5RA 3OAGA 3SA4A 1LYAB 5P4ZA 2F3FA 2IL2A 4KE0A 5P50A 3T7PA 4DPFA 4YBFA 1ODYA 5P1TA 1E81E 4E43A 5P64A 1HPSA 5OZ6A 5P0EA 3NU3A 3Q6YA 5SY3A 5P4BA 2Q11A 2O40A 4R92A 2QI7A 2WHHA 5P0IA 5P4YA 3KFSA 3LITA 5P7IA 5P2HA 4YBIA 5P68A 3B7VA 5P6XA 5P6CA 1AJVA 1MERA 3GGUA 1CPIA 1HTFA 5P2MA 1MT7A 3NR6A 5P4GA 1K2CA 5P2IA 5P33A 3BUGA 3D1ZA 3HLOA 5P7GA 4RYCA 3U71A 4AMTA 1W5VA 4JOOA 5P7QA 2G26A 1RPIA 4K8SA 4PEPA 1QBTA 4GMIA 3EL4A 3T7QA 4EXGA 4J0VA 2ZJMA 5EZXA 5P70A 1UH7A 5P6WA 3T6IA 4KUPA 3VV8A 2OHLA 5P0VA 2NXLA 5P4JA 3ZKNA 5OZXA 3IXOA 2R38A 5APRE 5OYTA 5P2JA 3VF7A 3I25A 1D4KA 3INHA 4RROA 2BPWA 5OYYA 5P51A 1EBWA 2HS1A 3CKRA 4Y5GA 2IQGA 5P0UA 4YOBA 4J1FA 2G21A 5DGUA 1XDHA 2ZJNA 5P5KA 1MT8A 3SA7A 4Y35A 2RENA 5P82A 1TQFA 3G72A 1FKNA 2QK5A 4HDFA 4FAEA 3K1WA 4FL8A 1HPOA 4B1EA 6UPJA 2ZYEA 4X7IA 5DR4A 3SA6A 3QRSA 2B7ZA 1FGCC 2QU3A 1YX9A 3IXJA 4FRKA 3VSWA 4F73A 1A8GA 5P38A 3EKVA 4HDPA 5P78A 5HCTA 3WZ6A 3O9EA 3PCWA 5P6OA 3GW5A 1FQ5A 4MC9A 1DP5A 3KT5A 5P6QA 5P8KA 3IGBA 4A6CA 4GJ5A 5P31A 3OU1B 3GGVA 4HA5A 5ENMA 1D4SA 1PFZA 4BELA 4ZEAA 5P0WA 2BJUA 5P77A 3I2LA 4NJSA 3TPLA 3GGAA 3ZKMA 5P04A 4YCKA 2OHSA 4Y4JA 5B18A 5P5DA 1HRNA 5P6LA 1FFIC 2ZJKA 1U8GA 2ZHRA 4H3IA 3NLSA 3T11A 1ZTZA 1BV9A 1E5OE 3TH9A 3OXCA 4Y50A 5ER2E 3I6OA 3EKPA 4DFGA 2AZ9A 4Y39A 3OTSA 1LV1A 4QGIA 2WF2A 4DJPA 1D4IA 1GNOA 4GJBA 3VYEA 4FM8A 4GJAA 5P4EA 5DR7A 5P7CA 4FE6A 3OK9A 4Y5MA 3AIDA 1SMEA 2FXDA 5P4HA 4FRJA 4Y4BA 3G6ZA 2G24A 1HEGE 2WEAA 1DPJA 4DQEA 3OU4A 3ER3E 5P87A 2ZJLA 5P1EA 1PPME 4I11A 4DJVA 5P3XA 1B6LA 3ZKSA 4R5NA 3QN8A 2PYMA 5P3YA 3PWMA 2HM1A 5P0DA 2VA7A 1FQ8A 3K5CA 2QZWA 3PGIA 1SDTA 3HDKA 5P3GA 2QU2A 3SAAA 1B6PA 4Y47A 3PSGA 5JODA 5OZAA 5P2XA 3VFAA 3O9HA 3BHEA 4GJ6A 2G1OA 3OU3A 1ZSFA 2QNPA 2WEZA 3VYDA 2JXRA 4Y4AA 5TOLA 4H1EA 4EJLA 5SY2A 4CPRA 5KAOA 5P76A 5OZ9A 1GNMA 1SMRA 2B42A 4Y48A 2JYSA 4QJAA 1EC2A 1GNNA 3O9GA 2V13A 1FF0C 2HPEA 5P2EA 4NKKA 3OQKA 1W6IA 5P7RA 3SKFA 3GI6A 3PEPA 5P14A 4N00A 4Z50A 2AOGA 8HVPA 3R0YA 4Y5PA 4OBZA 4YCTA 4NJUA 3SM2A 1HSIA 5KR0A 5P5JA 5P3BA 4NJTA 1K2BA 1SGZA 3PI0A 5P2LA 5P2RA 1IVPA 5P8IA 5P0SA 1Z1HA 1MRWA 4AA8A 3UTLA 3HZCA 4OC6B 1YTGA 1EPRE 5P0HA 4M8XA 4CKUA 1G35A 1BIMA 3R2FA 5FIVA 5P4QA 1BV7A 4XX3A 2I4WA 2VIEA 5P7KA 5AHBA 4Y4TA 3BUFA 1YM2A 3WB5A 1EC1A 3UFNA 3ER5E 3IN4A 1B6MA 4ZSPA 2VA6A 1HVIA 1MRXA 5OZHA 2P83A 4U7VA 2QMDA 5P4FA 1MTBA 2QI1A 5P0CA 5AHAA 5P45A 4AA9A 2I0DA 5P8PA 2G22A 1QDMA 3SQFA 1MESA 1LYWB 5P5VA 2P3BB 3INFA 2VJ7A 3LIQA 5P32A 5HDZA 3A2OA 4DUSA 5P69A 4RVJA 5OYXA 5P7JA 3TNEA 2OHTA 1F34A 5P3AA 2G1NA 5P3RA 4Y4WA 1FQXA 5OZVA 2FMBA 3L59A 2QP8A 3C9XA 4RYGA 7UPJA 2RKFA 2FNTA 4Y4GA 2B8VA 1K1UA 2NXMA 2NNKA 3PHVA 1K6CA 3NWXA 3NUOA 2G27A 4AZYA 3CYWA 3VLBA 5P2GA 5P3TA 3CMSA 3HAWA 5OZRA 5COPA 4DV9A 3KM4A 5P7BA 3SA5A 4Y3ZA 5P8AA 5EZZA 2J9JB 4EJKA 4GZFA 3TPPA 5I3VA 3KN0A 3QP0A 4OD9B 1QBUA 1T6EX 2ZGAA 5HU1A 4EJDA 3UQXA 1C70A 3HBOA 4J1HA 5P3OA 4Y3DA 5P0QA 1N49A 2AQUA 5P16A 4DI2A 3FIVA 5P52A 4HVPA 2EWYA 3EC0A 5P8RA 3UDKA 4Y5KA 4RRSA 2PQZA 3HVGA 5P3FA 1MIQA 5P1YA 5PEPA 1GVWA 4YE3A 1VIKA 1FFFC 5P7EA 3T3CA 2AOHA 5P39A 4GJDA 5P5CA 2IENA 5P3SA 4B78A 1QS8A 1UH9A 4PZWA 4PHVA 1QBRA 2HB3A 3APPA 5P5IA 3NDTA 1PPLE 3K4VC 5P7VA 3DK1A 1YTJA 2G1RA 5P5LA 3OU1A 4MC2A 4Y4EA 3LZYA 1HBVA 4R8YA 5DQ4A 1HHPA 5P1IA 2HPFA 1FG8C 4K4QA 5P8CA 3S43B 4S1GA 3S2OA 3PCZA 1SIPA 1PPKE 3NDXA 5P3LA 1M4HA 3NU9A 1EPOE 5P13A 2XYEA 5P6IA 3RTMA 2PSVA 4DH6A 4Y3WA 3PLLA 4Y37A 5P3EA 4WTUA 5OYUA 2Q55A 2BPVA 2RSPA 4COEA 5HU0A 3B80A 5KOQA 4F76A 1D4LA 1HWRA 5P6MA 3WZ7A 2AIDA 4YDGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2AOD A;  3SFC A;  4Y3S A;  4DVF A;  4ER4 E;  3QAA A;  2OAH A;  5IVT A;  2QMG A;  4TRY A;  3OQA A;  4QLH A;  2QZX A;  1HTE A;  3Q5H A;  5P6P A;  3OTY A;  5OZB A;  1RL8 A;  2QHY A;  2O4N A;  5P2V A;  1BXO A;  5P62 A;  5IE1 A;  1WBK A;  2J9K A;  4R91 A;  5P3W A;  3ZL7 A;  3I7E A;  5P4R A;  1EBK C;  4M8Y A;  5P6F A;  1T3R A;  5P7H A;  5P0Y A;  5P7Z A;  1Q9P A;  5P23 A;  3R1G B;  5P79 A;  5P06 A;  1ME6 A;  5P2F A;  1HXB A;  3PWR A;  3EKX A;  3QIH A;  5DR8 A;  3NU5 A;  2BB9 A;  2FLE A;  4I0E A;  2AOJ A;  4KB9 A;  4YD3 A;  2QNQ A;  5P3J A;  3OUC A;  5OYS A;  5P7A A;  5P88 A;  3LPJ A;  5P6E A;  2G1S A;  3DCK A;  5P05 A;  2F81 A;  5C9B A;  5P42 A;  5P22 A;  3UPJ A;  3EM3 A;  5OZS A;  4L7H A;  5P0F A;  1KJG A;  3DCR A;  5P2Q A;  2I4U A;  2AVM A;  2ZDZ A;  1RNE A;  3HW1 A;  1AJX A;  3PM4 A;  2ANL A;  5HDV A;  1AXA A;  1T7J A;  2RKG A;  3QVI A;  2FXE A;  1ZPK A;  2WEC A;  5P25 A;  2OHK A;  2I4D A;  1HIH A;  2BKT A;  5HE7 A;  4Y5L A;  3EKQ A;  2F80 A;  5OZ5 A;  5P8U A;  4DJO A;  3PMY A;  3UQR A;  4OBK A;  5P2Y A;  1ZJ7 A;  5P3C A;  2NTR A;  5COK A;  3S8I A;  2I0A A;  1RV7 A;  5OZ7 A;  4Y51 A;  5P8O A;  1SH9 A;  5OZ1 A;  5P4N A;  2ZJJ A;  2P4J A;  4I0Z A;  3OY4 A;  5P7Y A;  1Z8C A;  1EPL E;  1EPQ E;  1KJF A;  5P2T A;  5P4C A;  1ENT E;  4Y4D A;  5P48 A;  2FGV A;  3PI5 A;  2IS0 A;  2HC0 A;  3ST5 A;  2IKO A;  4I12 A;  3SAB A;  5P80 A;  4GID A;  4IVT A;  4ZSM A;  3QVC A;  3SKG A;  2I4V A;  1SP5 A;  4ZSQ A;  2CEM A;  4BEK A;  1FMU A;  1EPN E;  1SIV A;  5KOS A;  3RSX A;  2B8L A;  5P6U A;  2O4S A;  2Q63 A;  4R93 A;  5OZ4 A;  5DQC A;  1CZI E;  2NMY A;  5OZ8 A;  1A8K A;  3URI A;  2OHN A;  2P3D A;  3LNK A;  5P58 A;  3L5B A;  3PSU A;  4FAF A;  5CLM A;  1ZP8 A;  1W51 A;  3LHG A;  2CEJ A;  3ZKX A;  5P75 A;  4Y9W A;  2FNS A;  3L5D A;  3MXE A;  5P24 A;  3UDR A;  3VG1 A;  5HTZ A;  1FB7 A;  3VF3 A;  2VNM A;  5P26 A;  2Q3K A;  5P1B A;  2WKZ A;  3LIX A;  3CYX A;  3QRV A;  5P0L A;  5DGW A;  1LF2 A;  5HCO A;  5P8L A;  2QNN A;  3S53 A;  3OAD A;  5P5A A;  1DMP A;  2OHM A;  4BFD A;  4YD5 A;  3NWQ A;  2Z54 A;  4B70 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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