3OY4A

Crystal structure of hiv-1 l76v protease in complex with the protease inhibitor darunavir.
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVVVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Crystal Structure of HIV-1 L76V Protease in Complex with the Protease Inhibitor Darunavir.
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3oy4A00
1TQFA 2Q11A 3IVHA 3Q6YA 1QBSA 3MSLA 5P14A 5P8PA 2QZXA 1LYAB 5P4XA 3EL0A 5OZ1A 1W50A 4FSEA 2ZJKA 1KJHA 1NSOA 3ZKGA 2JXRA 4U7QA 4Y57A 2P3BB 1DP5A 3VUCA 3T3CA 2V0ZC 3O9FA 2AQUA 5OZRA 2QI7A 3UFLA 3OAGB 2QZLA 1PROA 4R8YA 4DPIA 5OYWA 5P53A 2VS2A 3L5BA 5OZ8A 4DFGA 5P0CA 3OGPA 4JP9A 5AHCA 5KQFA 3T11A 3NXEA 5P7EA 3OU1B 4Z22A 1BV7A 2IS0A 2BPXA 2F81A 1BXOA 5P2EA 4OBFA 2QI4A 4LL3A 3B7VA 4GJAA 5P5XA 3QP0A 1ZJ7A 2RKGA 4NPUA 2HS2A 2O4SA 3O9GA 4Y3SA 2IGXA 1PFZA 3FNUA 3UDKA 4EP2A 1FQ5A 5P60A 4KE1A 5COOA 4D89A 2ZJJA 1AIDA 2HPEA 2F3EA 5P6TA 2IENA 3FV3A 1E82E 3UQWA 4L6BA 5P6JA 3ZPSA 5KR8A 4ACUA 1ENTE 2OHMA 1HTEA 4I0FA 3M9FA 3LIXA 1TSQA 5P50A 5PEPA 5P5VA 5P1PA 5HU0A 3OADA 5P4DA 3UQRA 4K4RA 4LP9A 4EPJA 2B60A 5KOSA 1WKRA 4ER2E 4FL8A 4D8CA 4RCEA 5P28A 4DJXA 3NLSA 4Y3NA 1BILA 3I25A 2B8VA 5P4YA 5DGUA 3OY4A 4Y3JA 4DI2A 5J25A 2PK5A 5P0IA 1A30A 2I4VA 3DV1A 5P4NA 5OYRA 4I0HA 1MRWA 5I3YA 4Y35A 5KQXA 5P6VA 5P4HA 5P6PA 5P7NA 1MEUA 5OZGA 3O9HA 3G72A 1HPSA 5P3DA 3URJA 3TKGA 5P61A 5P5GA 5P3UA 2NNPA 3A2OA 4ZPEA 3O9EA 4Y3XA 4DQFA 2AIDA 3PI5A 3TOHA 3EKTA 1FG6C 4Y48A 2BKTA 3H5BA 3ST5A 2G1YA 1M43A 2I4XA 2QI3A 5P73A 2V00A 4OBDA 3GI4A 5OZAA 3LPJA 3FSMA 5IS4A 5P4BA 3SM1A 5P2IA 2G1SA 3CKPA 3IN3A 3S43B 4Y3EA 2QAKA 4E43A 1GVXA 1GVUA 3LIQA 1KJFA 4Y36A 3S7MA 4FRSA 2R5PA 5P0RA 3SACA 2FNSA 3OK9A 1CZIE 3BHEA 3CYXA 2VA7A 5P31A 1LYBA 5P8BA 1HRNA 3TPJA 5P8CA 1AVFA 2NPHA 3APRE 2ZHTA 2ZHUA 3OUCA 1M4HA 4Z50A 3ZLQA 2H6SA 3JVWA 5ER2E 1APWE 5P0UA 5OYTA 2UY0A 4Y5BA 3VLAA 1T6GA 2P4JA 1QBUA 3PSGA 2QD7A 3BUHA 3WZ7A 3KYRA 1LS5A 2QZWA 2V13A 1FF0C 1F34A 4FS4A 4EYRA 3EM4A 3UQXA 4B00A 2PYMA 4YCTA 1IIQA 4ZPGA 3L38A 5P6MA 4QGIA 3T7XA 2UPJA 3UDHA 5P0SA 4DJPA 5E5KA 3SA4A 1MT9A 5IVQA 5CLMA 1B6PA 5P0LA 1HSGA 5P6EA 2VA6A 4GIDA 2VNMA 3L5CA 1KZKA 5P5IA 2FS4A 5P4TA 1MUIA 5P2DA 2IEOA 1QS8A 5OYZA 1SDVA 4I8ZA 4DJRA 1HVLA 2AOIA 5AH9A 2AOHA 4NKKA 5DQCA 3KFPA 5P0KA 5P0QA 3PGIA 5P2QA 5P6BA 1Z1RA 5OZLA 3BC4A 5P4PA 5P7SA 3T7PA 1D4YA 3UDQA 4GZFA 1EPOE 3UPJA 3EKVA 3Q3TA 4QJ2A 2Q55A 5P7PA 3GGXA 4JOOA 4PZXA 5P3QA 5ER1E 4FGXA 3OUDB 1HPVA 4QJ6A 3HW1A 3DOXA 5P8DA 3UQPA 3S54A 5HD0A 4LHHA 4ZPFA 1KJGA 4YOAA 4DJYA 1T7JA 5P40A 5P33A 5P67A 1G2KA 3HVPA 3LZVA 1ZPKA 1HEGE 5OZQA 2QI1A 2WKZA 5DQ2A 3O9DA 4FLGA 2R5QA 4OBZA 5P1KA 5P8VA 3VV7A 3OTYA 3VV8A 5P11A 2HB3A 5P55A 2ZYEA 4RYGA 5OYSA 5OZSA 2XFIA 5P0GA 5P6OA 4PHVA 2QMGA 3SQFA 4B72A 4EJDA 4A6CA 5P63A 3UHLA 3HAWA 1IZDA 5P5KA 4PYVA 5P3AA 4J55A 4H3IA 5P25A 4Y58A 3SPKA 4Y3GA 2PC0A 3O9LB 5P3LA 2R3WA 3NU6A 2FMBA 3O9CA 4DH6A 4Y54A 4OD9B 3PCWA 1HVHA 3S53A 4I12A 5P81A 4Y3FA 5P7KA 5P4QA 5HTZA 4GJ6A 5OZ6A 4F74A 3ER5E 5OZZA 4RRNA 5P5RA 1TCXA 1SMRA 4Y51A 1W5XA 4EXGA 3FNSA 4EJ8A 2IRZA 1T6EX 3NU3A 5HCOA 5P2VA 3PI0A 5DGWA 3KDBA 5P1GA 3SFCA 4DQBA 1DAZC 4J1KA 1PPLE 2F3KA 4RROA 1LYAA 3WZ6A 2QD8A 2CENA 2SAMA 3QRVA 3DM6A 4Y50A 3OTSA 5KR0A 3PRSA 5OZ4A 4KUPA 3VFAA 2PWRA 3BXSA 5COKA 3EMYA 2O4PA 1MSMA 2ZHSA 5P5AA 3HAUA 2AVQA 5P2HA 4M8YA 1MRXA 1GNNA 1MIQA 3INHA 4CPXA 4K8SA 3RVIA 5P0HA 1APUE 3GGUA 2QD6A 4TVHA 2ZJIA 3OU1A 3URIA 2V10C 1SBGA 4Y4GA 4A4QA 1HTRB 5DR7A 1EC3A 3D1ZA 5P24A 5P3TA 2OHUA 5P3GA 4YBFA 3R4BA 3PBZA 3MXDA 2PK6A 5AH8A 3SKFA 2F8GA 1SGUA 5P4UA 3EKWA 2XYFA 2BJUA 4GMIA 2BBBA 3KFRA 5P1FA 2I0DA 2ZHRA 5P7FA 5P2WA 1IVPA 2BQVA 4J0PA 3HD8A 3DV5A 2QI6A 1N49A 1D4IA 5OZFA 5P29A 3PVKA 5P3SA 1AXAA 3PB5A 3ZKIA 1NPVA 3URLA 1EPQE 2G1RA 4Y3WA 2FXDA 3K1WA 5P69A 4NJSA 2WF0A 4HE9A 3JVYA 5P09A 5P4GA 5P1OA 2WL0A 3S45A 4I11A 5P38A 4Y4UA 1FB7A 4YBIA 3TPPA 1MT7A 4FM8A 4Y3YA 3EC0A 1IVQA 1XDHA 1XE5A 4UPJA 3SLZA 4LAPA 3EBZA 5OZCA 2PQZA 5P3CA 5P75A 1MT8A 6APRE 5P2YA 1ODYA 3KMYA 2AOGA 4RVIA 5SY3A 1A8GA 4PZWA 2OHQA 2PSVA 5P2RA 1D4LA 3OQKA 5P8RA 5P8HA 2B7ZA 1LF2A 1EBYA 4CPRA 4CP7A 5P01A 5FIVA 2O4LA 4RGHA 3AUPA 2Z54A 2JE4A 1APTE 3PBDA 1DMPA 5P5PA 3IAWA 1K6PA 2FDDA 5OZHA 2WEZA 5P1BA 4R93A 3DCKA 1PSAA 2J9KA 5P6DA 5P1HA 5OZ5A 3VFBA 4F75A 5TOLA 4DV9A 1EC1A 4GJBA 1GNOA 4ER1E 2BKSA 3L58A 3FX5A 4HDPA 3CYWA 3QRMA 2QI5A 5P26A 4OC6A 1EPLE 4Y4AA 5JG1A 1K2BA 3LZSA 5P4MA 3NDUA 5OYXA 4Y4EA 5P5EA 2G21A 4Q1WA 2AZ9A 3HLOA 2F3FA 4JPCA 4H1EA 2VIYA 1B6JA 1FMXA 5P86A 3OQDA 3TPLA 4CKUA 2MIPA 5P07A 2CEMA 2VKMA 2AOJA 4COEA 4J1FA 1IBQA 3NU4A 4I0DA 1B11A 3FNTA 5P8NA 1HIIA 3EKQA 3TOGA 2O4KA 2Q5KA 3D20A 1AJXA 1PPKE 3CMSA 5DR4A 2ER7E 5P42A 3OQAA 4QJ7A 5P6QA 1SP5A 1KJ7A 4APRE 5P43A 2A1EA 3BGCA 4ZSQA 4YHQA 3LIZA 5P59A 1AAQA 1HSIA 1XN3A 2G27A 1D4SA 1FGCC 3LINA 4KB9A 3KFSA 1TZSA 3NR6A 5E5JA 5P6HA 1OD1A 3OU4A 1AZ5A 1LYWA 1TSUA 3QROA 5P71A 1AJVA 3I8WA 2R8NA 5P0ZA 3SA5A 5OZPA 4XX4A 5P6CA 5IVTA 2QU2A 4L7GA 5DR3A 2QK5A 3GGAA 4Y4TA 2I4WA 5P0PA 1NPWA 4QJ9A 4FSLA 5P1QA 5P04A 5P7JA 2R3TA 1B5FB 4B70A 4S1GA 5P4OA 5P51A 5P0OA 3UQUA 5P4IA 5P2NA 5OZXA 5P3RA 4XXSA 3D1YA 4BEKA 3QBHA 3EXOA 2IGYA 3KM4A 2QP8A 2ZJLA 5ENMA 2AVSA 2QNQA 4K9HA 5AH6A 2ASIA 4I8WA 4I0EA 1LZQA 5P13A 4CMSA 4K4QA 3L5DA 5P0YA 3IA9A 4YDFA 3PLDA 4HZTA 4YD5A 3DCRA 3I7EA 5ISJA 4DQHA 5P1DA 5HE4A 1NPAA 5HDVA 1UH7A 3OHHA 4R91A 3VYEA 4EHCA 4D85A 5P0DA 2G20A 5P6XA 1W5VA 4QJ8A 2BPYA 1C6ZA 5P41A 3R0WA 3RSVA 1XE6A 4BELA 3SAAA 4Y6MA 3QRSA 1FQ7A 4Y39A 4GJ9A 2FNTA 1FG8C 5P2AA 5HVPA 2FDPA 1W6HA 2Q63A 2NXMA 3KFNA 3SA8A 2J9JA 5OZMA 1U8GA 3KA2A 3BUFA 4FE6A 4AUCA 4Z2ZA 1FIVA 4Y5KA 5KQZA 5P87A 2G1NA 5HDZA 1BDQA 4HDBA 3HVGA 3VYDA 3ZOVA 5SY2A 7HVPA 3SM2A 4OBJA 2ANLA 3ZKMA 4XX3A 5P89A 2HAHA 2AZBA 5P7DA 5DQ1A 2PH6A 1HOSA 3R0YA 4KE0A 5AHAA 4ZSMA 4Y4BA 5P62A 1SIPA 3O9BA 1UH9A 2I4UA 3OXXA 4B0QA 3ER3E 1MVPA 3GI0A 1BXQA 4Q1YA 4Y44A 5P3XA 4HDFA 1ZBGA 3PWRA 1FKNA 4Y4XA 1GKTA 1YTHA 1MTRA 1ZP8A 4Y3MA 5P8JA 4B77A 2I4QA 3QN8A 1IZEA 5P2CA 3OOZA 4X2LA 5P2UA 3OADB 5P37A 1BVGA 4Y5NA 1ME6A 5P2MA 4L7JA 5OZ7A 3WZ8A 5P0XA 5P4ZA 4QLHA 4K4PA 2QMPA 1OHRA 3BVAA 1ODXA 1BWAA 2OHLA 3SA3A 5C9DA 1FMUA 5P3ZA 5P7XA 2P83A 3LPKA 4XKXA 4JECA 3DK1A 1SDUA 5P8IA 2H6TA 5ENKA 3TKWA 5P76A 2QHYA 2PMAA 4DVFA 5P5WA 4I0GA 4B1EA 3ZKQA 4Y3AA 5DQ4A 2WJOA 3AIDA 1SH9A 5AGZA 2R43A 1K6CA 2PSGA 5P1YA 3L3AA 1HVKA 1FFIC 4FM6A 3T6IA 5P0WA 3U6AA 5BWYA 5P45A 1QRPE 3HZCA 5P1CA 2Q15A 3KT2A 1YTJA 4AA8A 5P0JA 3R2FA 5P52A 1APVE 5P2BA 5P3KA 4TRWA 1A8KA 4CPSA 3PMUA 4I10A 5P7VA 2WF2A 3Q4BA 1RPIA 5P0VA 4B05A 5APRE 5HDUA 4X7IA 2G26A 5OZ9A 4OBKA 4DQGA 2R38A 2I4DA 4ER4E 5P1VA 5P3JA 5P30A 4Y3PA 5P12A 3VEUA 4MC2A 5P6UA 4R92A 2OAHA 2QZKA 5F01A 1LYBB 1MESA 5P6AA 2G22A 4Y5EA 4LXMA 1FEJC 3D91A 3Q5HA 4PEPA 1LEEA 2VNNA 2PH8A 2ZGAA 2AZ8A 4B78A 4ZE6A 1CPIA 2UXZA 1W6IA 5P3YA 2RSPA 3GW5A 3VSWA 4Y47A 4EJKA 4Y3RA 3APPA 1Z1HA 1HHPA 4JPEA 1T3RA 5P4LA 4EQ0A 1YM2A 5KOQA 4YCKA 1FQ4A 1EPPE 4GJCA 4MC1A 3QAAA 5P5DA 2FGUA 3RTHA 1UH8A 3K4VA 1JLDA 3LIVA 3T7QA 5P19A 5P84A 4J0YA 1BBSA 2ZE1A 1GVTA 3NUOA 5P0FA 5P82A 3ZKNA 4LBTA 5OZDA 5P22A 4HEGA 5P8UA 5IVSA 1IDBA 3KF0A 2P3BA 3O9AA 5P8EA 3TPRA 5JFPA 3OAGA 5EZXA 5OZTA 5P5TA 4B1CA 4YD7A 4I1CA 4RZ1A 3CKTA 1ZLFA 2AOFA 4CPTA 1OEWA 3QVCA 5OZYA 4Q5MA 2VIZA 5ISKA 3OUBA 5P88A 4AMTA 2OHPA 1EBZA 1BWBA 5B18A 5P6KA 2FGVA 5P7GA 1D4KA 5P5HA 4RLDA 2BB9A 3EL9A 3OQ7A 5KR1A 1BDLA 2XYEA 4D88A 5P2TA 3R1GB 4YCYA 2JJJA 1NH0A 3SA7A 2OHSA 3EL1A 4Y3HA 2WEAA 4B1DA 5P72A 2QNNA 1HSHA 1ER8E 5P7RA 4J54A 5P16A 3KDCA 5P54A 1LF3A 1W5YA 2ER9E 4RVJA 3Q70A 5P7WA 4NJTA 3LZUA 3BXRA 2BPVA 5P6RA 1YTIA 5P5CA 1EEDP 1Z8CA 4OBZB 2QMDA 4DJWA 4FRJA 3HDKA 5CONA 3QBFA 1W51A 3ZL7A 4ZLSA 2JJIA 2P8HA 4HLAA 3SABA 3PJ6A 5P6GA 2AZCA 3I2LA 1M0BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1TQF A;  2Q11 A;  3IVH A;  3Q6Y A;  1QBS A;  3MSL A;  5P14 A;  5P8P A;  2QZX A;  1LYA B;  5P4X A;  3EL0 A;  5OZ1 A;  1W50 A;  4FSE A;  2ZJK A;  1KJH A;  1NSO A;  3ZKG A;  2JXR A;  4U7Q A;  4Y57 A;  2P3B B;  1DP5 A;  3VUC A;  3T3C A;  2V0Z C;  3O9F A;  2AQU A;  5OZR A;  2QI7 A;  3UFL A;  3OAG B;  2QZL A;  1PRO A;  4R8Y A;  4DPI A;  5OYW A;  5P53 A;  2VS2 A;  3L5B A;  5OZ8 A;  4DFG A;  5P0C A;  3OGP A;  4JP9 A;  5AHC A;  5KQF A;  3T11 A;  3NXE A;  5P7E A;  3OU1 B;  4Z22 A;  1BV7 A;  2IS0 A;  2BPX A;  2F81 A;  1BXO A;  5P2E A;  4OBF A;  2QI4 A;  4LL3 A;  3B7V A;  4GJA A;  5P5X A;  3QP0 A;  1ZJ7 A;  2RKG A;  4NPU A;  2HS2 A;  2O4S A;  3O9G A;  4Y3S A;  2IGX A;  1PFZ A;  3FNU A;  3UDK A;  4EP2 A;  1FQ5 A;  5P60 A;  4KE1 A;  5COO A;  4D89 A;  2ZJJ A;  1AID A;  2HPE A;  2F3E A;  5P6T A;  2IEN A;  3FV3 A;  1E82 E;  3UQW A;  4L6B A;  5P6J A;  3ZPS A;  5KR8 A;  4ACU A;  1ENT E;  2OHM A;  1HTE A;  4I0F A;  3M9F A;  3LIX A;  1TSQ A;  5P50 A;  5PEP A;  5P5V A;  5P1P A;  5HU0 A;  3OAD A;  5P4D A;  3UQR A;  4K4R A;  4LP9 A;  4EPJ A;  2B60 A;  5KOS A;  1WKR A;  4ER2 E;  4FL8 A;  4D8C A;  4RCE A;  5P28 A;  4DJX A;  3NLS A;  4Y3N A;  1BIL A;  3I25 A;  2B8V A;  5P4Y A;  5DGU A;  3OY4 A;  4Y3J A;  4DI2 A;  5J25 A;  2PK5 A;  5P0I A;  1A30 A;  2I4V A;  3DV1 A;  5P4N A;  5OYR A;  4I0H A;  1MRW A;  5I3Y A;  4Y35 A;  5KQX A;  5P6V A;  5P4H A;  5P6P A;  5P7N A;  1MEU A;  5OZG A;  3O9H A;  3G72 A;  1HPS A;  5P3D A;  3URJ A;  3TKG A;  5P61 A;  5P5G A;  5P3U A;  2NNP A;  3A2O A;  4ZPE A;  3O9E A;  4Y3X A;  4DQF A;  2AID A;  3PI5 A;  3TOH A;  3EKT A;  1FG6 C;  4Y48 A;  2BKT A;  3H5B A;  3ST5 A;  2G1Y A;  1M43 A;  2I4X A;  2QI3 A;  5P73 A;  2V00 A;  4OBD A;  3GI4 A;  5OZA A;  3LPJ A;  3FSM A;  5IS4 A;  5P4B A;  3SM1 A;  5P2I A;  2G1S A;  3CKP A;  3IN3 A;  3S43 B;  4Y3E A;  2QAK A;  4E43 A;  1GVX A;  1GVU A;  3LIQ A;  1KJF A;  4Y36 A;  3S7M A;  4FRS A;  2R5P A;  5P0R A;  3SAC A;  2FNS A;  3OK9 A;  1CZI E;  3BHE A;  3CYX A;  2VA7 A;  5P31 A;  1LYB A;  5P8B A;  1HRN A;  3TPJ A;  5P8C A;  1AVF A;  2NPH A;  3APR E; 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 3DM6 A;  4Y50 A;  3OTS A;  5KR0 A;  3PRS A;  5OZ4 A;  4KUP A;  3VFA A;  2PWR A;  3BXS A;  5COK A;  3EMY A;  2O4P A;  1MSM A;  2ZHS A;  5P5A A;  3HAU A;  2AVQ A;  5P2H A;  4M8Y A;  1MRX A;  1GNN A;  1MIQ A;  3INH A;  4CPX A;  4K8S A;  3RVI A;  5P0H A;  1APU E;  3GGU A;  2QD6 A;  4TVH A;  2ZJI A;  3OU1 A;  3URI A;  2V10 C;  1SBG A;  4Y4G A;  4A4Q A;  1HTR B;  5DR7 A;  1EC3 A;  3D1Z A;  5P24 A;  5P3T A;  2OHU A;  5P3G A;  4YBF A;  3R4B A;  3PBZ A;  3MXD A;  2PK6 A;  5AH8 A;  3SKF A;  2F8G A;  1SGU A;  5P4U A;  3EKW A;  2XYF A;  2BJU A;  4GMI A;  2BBB A;  3KFR A;  5P1F A;  2I0D A;  2ZHR A;  5P7F A;  5P2W A;  1IVP A;  2BQV A;  4J0P A;  3HD8 A;  3DV5 A;  2QI6 A;  1N49 A;  1D4I A;  5OZF A;  5P29 A;  3PVK A;  5P3S A;  1AXA A;  3PB5 A;  3ZKI A;  1NPV A;  3URL A;  1EPQ E;  2G1R A;  4Y3W A;  2FXD A;  3K1W A;  5P69 A;  4NJS A;  2WF0 A;  4HE9 A;  3JVY A;  5P09 A;  5P4G A;  5P1O A;  2WL0 A;  3S45 A;  4I11 A;  5P38 A;  4Y4U A;  1FB7 A;  4YBI A;  3TPP A;  1MT7 A;  4FM8 A;  4Y3Y A;  3EC0 A;  1IVQ A;  1XDH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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