3PBDA

Endothiapepsin in complex with a fragment
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A small nonrule of 3 compatible fragment library provides high hit rate of endothiapepsin crystal structures with various fragment chemotypes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 87
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2010-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pbdA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pbdA01
1SBGA 5P1HA 3BUFA 1SGZA 3OQ7A 4I10A 5I3YA 3B80A 3BXRA 4JPCA 1EEDP 3OGQA 3PSYA 5P0GA 5P8VA 2HM1A 5P0FA 3NWQA 3FNUA 3BUGA 5P3IA 4DQEA 1TCWA 3BGCA 5P8KA 4FIVA 5P6CA 3O9LB 1LF2A 3EKPA 3L5FA 3FNSA 1EPNE 1K6TA 3NR6A 4J54A 5P17A 3ZKQA 4YD4A 3PRSA 2APRA 4CKUA 2V16C 3LPIA 4JP9A 5F01A 4Y3XA 4Y3YA 1KJHA 1AIDA 1HPVA 1SH9A 4I0DA 5OYVA 5P04A 3I7EA 1W50A 3WSJA 3APRE 5P3ZA 3KT2A 3JVWA 3KFRA 4LXAA 5OZDA 2VIEA 5P13A 2WEBA 3BVBA 4EWOA 3EKVA 5P19A 3AIDA 3PM4A 3OU1A 3PSGA 1KJFA 4QLHA 3EKXA 1BDQA 1SP5A 2OHRA 4TRZA 5P4IA 4LP9A 2NNPA 5P8MA 4CPTA 3VSWA 4Y36A 3DV5A 4R8YA 2AVMA 3AUPA 5P6RA 1MUIA 4H3GA 1NH0A 1LYWA 5P1EA 3ZKNA 3TPPA 4TRYA 5OZXA 4H3IA 5P88A 3HAWA 2V13A 1FQXA 2AZCA 1BXOA 2R43A 5P0PA 5OZ7A 2I0DA 1TQFA 5P72A 3ZPSA 5P30A 1T3RA 3EMYA 4J0PA 1M4HA 5P69A 5OYXA 3BUHA 5P81A 3PBZA 4HDPA 3GGXA 3SA7A 2HC0A 5P8FA 4Z22A 1YM4A 2PSVA 4QJ7A 2IKUA 2MIPA 2V11C 3BHEA 2QI4A 5P73A 3LPKA 1W5VA 1YT9A 4Y48A 4LL3A 4R93A 5OZSA 2AVQA 5P3GA 3G72A 5PEPA 1HVKA 4Y5MA 3UDHA 1HTFA 4Y4JA 3PMYA 4Y57A 1FQ6A 5P8EA 1XN3A 8HVPA 1RPIA 2I4DA 5P1UA 4PPHA 3LIVA 1M43A 1ZLFA 4Y5NA 2NPHA 4CPRA 5P3CA 5P2CA 1HSHA 3T7PA 4Y5AA 2JJJA 4YCYA 1A94A 3F9QA 3PCWA 3CKTA 1GNOA 2ANLA 2AIDA 4UPJA 5P3UA 5P4GA 5HU0A 5OZ9A 1MTRA 3Q6YA 5ER2E 5HD0A 2BPVA 4Y4WA 5P34A 3R0YA 5P5SA 1BV9A 5P7QA 2ER7E 5P55A 4CPUA 1HBVA 3O9CA 5C9DA 1J71A 5P8OA 4WY1A 4B72A 3VYFA 3S45A 2QD8A 3KT5A 4Y39A 2FMBA 5HVPA 1EBKC 2AOHA 4Y3DA 5P6GA 3SA5A 2G26A 3NU9A 1HVIA 5AGZA 4OBZA 1A8GA 3UDJA 4NPUA 3NU3A 3TOGA 3VF7A 2PMAA 4FS4A 1DIFA 4RGHA 5P66A 1EBYA 3SKFA 5P50A 5P6WA 4XKXA 1ZSFA 4Y3MA 3OQDA 2ZHSA 3S8IA 1FIVA 2PC0A 3NWXA 4K4PA 5P2XA 4FSLA 5P6ZA 5P75A 5P15A 3D1XA 3URIA 4DQBA 4Y3AA 5P0QA 3L38A 5P6SA 3QBHA 1AXAA 3VLBA 1FQ7A 5DR8A 2QMDA 3VCMA 1MT7A 2P3DA 1M0BA 3SA9A 4AA8A 5P48A 3NXEA 3SKGA 3N3IA 1BV7A 5HDVA 4I12A 4J1KA 2P3BB 4OC6B 1HWRA 3UDKA 5P1ZA 5P41A 5P8RA 4Y4GA 5DGWA 2I1AA 2QK5A 5P20A 4B0QA 1NPVA 4GJ6A 5P2VA 3H0BA 4DJWA 2B7FA 5P3QA 1HRNA 5P8LA 3OQFA 3LINA 5P7KA 5P7YA 5AHBA 1HOSA 3KMXA 5P05A 5P67A 1SIPA 2PWCA 5DR7A 4B1CA 5P3HA 5OZBA 4DPIA 2FGVA 5OZ8A 5P7OA 4JOOA 5P0RA 3LITA 5P25A 3T11A 3U71A 5P6QA 5P2GA 4DJRA 5P7IA 5P8IA 1APWE 2XYFA 2ER0E 3QRVA 5I3XA 5I70A 3OUCA 5P6TA 4D88A 4RCEA 1HEFE 5P7RA 2A1EA 3FX5A 4YCKA 5P7BA 1HTEA 3O9HA 2J9JA 4FRSA 3KFSA 3OK9A 4F76A 2AOGA 5P46A 5P0ZA 3HVGA 3VSXA 2PYNA 3INHA 3EKQA 5OZGA 4FSEA 5P5EA 4I0GA 1APUE 1TW7A 5OZEA 2JYSA 2ZJKA 1HPXA 2OHNA 1ZSRA 2VNMA 3KMYA 1A9MA 1IIQA 4Y3ZA 2BPYA 5P12A 4RZ1A 4QGIA 5P5CA 5P5WA 1PPKE 1MERA 4I0ZA 4GJDA 2VJ9A 1EBWA 2BPZA 5OZLA 3GGUA 1MTBA 5P5JA 2O4PA 5P1VA 2ZJHA 3OOZA 3HW1A 5P4LA 3BGBA 4PZWA 5IVTA 2AODA 1TZSA 3KDCA 2Q3KA 5COPA 4HVPA 1EBZA 3ER3E 2ZJMA 5P08A 2P4JA 5FIVA 4Y38A 5OYTA 5P3KA 4EPJA 5P27A 5P18A 1B5FB 5P42A 5P6LA 2PYMA 5P16A 3OXVA 5E5JA 1E80E 5P8TA 1BVGA 2O4SA 1AJXA 2P3AA 5P0OA 4Y53A 1ZPAA 4Y3RA 4HE9A 1KJGA 1PSNA 2QI7A 4ZIPA 1LYAA 5KR2A 1FB7A 5P54A 2QNNA 4U7QA 5P0AA 3VV7A 2QZKA 2FIVA 5P6KA 1T7JA 3NLSA 2BBBA 1EAGA 5P4AA 2HB3A 5P7GA 5KQFA 5P37A 4Y4AA 1OHRA 2WECA 5P43A 1FQ5A 3EBZA 4L1AB 5P2UA 4OBDA 5P1YA 5P4SA 5P3VA 5IS4A 4Y6MA 5SZ9A 3ER5E 5SY3A 4GYEA 5P2JA 4GJ9A 1B6LA 2UPJA 2IGXA 4PYVA 2OAHA 4OBFA 3PI0A 4I0FA 5DQ2A 1LV1A 5P3OA 5P3TA 1MT8A 3EM4A 3WB4A 1T6EX 1BDRA 3TKGA 2XFKA 5KQYA 1G0VA 3RTMA 4QJAA 1MPPA 2QP8A 3I25A 4JECA 4B1DA 2F3FA 5P32A 4ZSQA 4ZPFA 1FFFC 3GGAA 6FIVA 3S43B 4RLDA 5P4CA 1DPJA 2B60A 2WF4A 2Z4OA 3NDWA 3UDMA 1APVE 3BXSA 4JPEA 4DQGA 5P1SA 4Y5GA 3SM2A 5P2KA 5HDXA 3DK1A 2Q5KA 1FMUA 2O4NA 5EZZA 5P0LA 5ER1E 4LHHA 4Q1WA 5P4JA 3SA6A 5P7NA 4YDFA 5ENKA 1LZQA 5OZZA 3VG1A 3KA2A 4CP7A 3S85A 2NR6A 2IRZA 5OZ6A 3LPJA 3IVHA 1AAQA 5P6FA 3PCZA 4DJUA 4K9HA 5P8HA 5P1DA 2QMPA 3CMSA 2HB4A 1AZ5A 1KJ4A 5OZ0A 2I4WA 3OTYA 4GJAA 1YTGA 2B7ZA 5OZCA 2R5QA 4ACXA 4Y47A 1W5XA 5P6UA 1D4KA 5OZPA 5P8GA 4CPXA 4Y3NA 3HD8A 4Y54A 4NPTA 4J1CA 4Y51A 5P70A 1FF0C 5OZTA 5P5KA 2RKGA 3UQWA 4FM6A 5EZXA 1ZAPA 5P2DA 3ZPTA 3MSJA 1T7IA 1G6LA 3NXNA 3HVPA 5DQ5A 2ZJNA 1MRXA 5AH6A 4HDFA 3KDDA 4FRKA 4Y35A 3VV6A 3ZOVA 5P2AA 5P6OA 3WZ8A 5P0SA 1ER8E 2F3EA 5BS4A 3PLDA 1HIVA 3OUDB 2OHPA 5P5YA 3OAGA 4J0YA 3MWSA 4GMIA 1BWAA 5P59A 5CLMA 3DUYA 3EL4A 3OY4A 3R2FA 3UQUA 4DV9A 5IVQA 4COEA 2OHKA 1HXBA 1CMSA 5P09A 2HS1A 1K6CA 4Y3GA 3Q4BA 3OHHA 5P0CA 2HS2A 4Y4XA 5KQXA 4DJOA 5HCOA 2AOJA 4ZSPA 3TNEA 1IVQA 3ZKXA 5UPJA 5P1QA 3SQFA 1E5OE 2QHZA 3L58A 2WHHA 3IVIA 5E5KA 5HE7A 5P5BA 4J0ZA 1PPLE 4NJVA 5P56A 4YD5A 3CKRA 1C70A 6UPJA 5BRYA 4RYCA 1XS7D 2V10C 5P2RA 4KB9A 4BFDA 2WEDA 5P49A 5OZVA 1FQ4A 3GGVA 3GW5A 5OZWA 5P7JA 4DI2A 3INDA 5P68A 1T6GA 3CICA 2FNSA 3LZUA 3ECGA 4J0TA 1K6PA 4J55A 4MC1A 5KR0A 2Q15A 2QMFA 5P7CA 3TOFA 3PHVA 4OBGA 4FGXA 5P4BA 5P4YA 2V0ZC 5P3FA 4Y4TA 4ER1E 1F34A 4FAFA 1E81E 2CEMA 1HVCA 1YG9A 4EJLA 2QI5A 5F00A 3T7XA 3UQXA 5P0NA 3LZYA 3EXOA 1GVVA 2AVOA 5P85A 4Y4BA 3UDPA 2OHUA 4Q1YA 4ER2E 1UPJA 4WY6A 5P2QA 3TPLA 3BRAA 4Y3SA 3NUOA 2ZHRA 2AZ8A 4H3JA 3GI4A 4PEPA 5P5GA 2PWRA 3QVIA 1AVFA 5P2SA 3UCBA 5P4ZA 5T4SA 3L5DA 5P4QA 1T7KA 3LNKA 2HPFA 1MSNA 5P1NA 5DQCA 1LYWB 3LHGA 3NYGA 1K1TA 2P3CA 3PWMA 4ACUA 1G35A 2AZ9A 5HCTA 5I3VA 4F74A 3FV3A 1HVSA 2QZWA 3CKPA 5P79A 1SDVA 5HE5A 5P4EA 3LIZA 3K5GA 5P3LA 1UH7A 5KOSA 3TOHA 2R8NA 5P29A 3K5DA 2F3KA 2VJ7A 2VA7A 4DJYA 5P3YA 5HDUA 2QNQA 3G6ZA 2H6TA 4GIDA 3NUJA 1LS5A 5P0WA 4EQ0A 4I11A 4GJBA 4Y5PA 1FLHA 4PZXA 3HZCA 4LC7A 4S1GA 2G1RA 2BPXA 5P3SA 1IBQA 3KFPA 4YOAA 5P3EA 1F7AA 4Q1XA 3INEA 2RKFA 2HPEA 3PJ6A 5OYWA 3TPJA 5P64A 2AVVA 3PLLA 2HIZA 2P3BA 3OHFA 4Y4UA 4Y3EA 4R91A 2XYEA 4F75A 2PH6A 2QI0A 1JLDA 5P4MA 5P7TA 3FIVA 4K8SA 5P7VA 2I4VA 1WBMA 1LYBB 2OHLA 3O9AA 1SIVA 4Y50A 4HEGA 5P3NA 3T3CA 3IXKA 5SY2A 3KYRA 5P2NA 3U7SA 2G21A 4D83A 1FMBA 4OD9A 5P2IA 3OXCA 2F81A 4DQFA 1Z1RA 3ZL7A 3K5FA 5P8JA 5P1PA 5P3XA 2Z54A 5OZHA 3Q3TA 5P39A 3DV1A 1K2CA 3Q5HA 4IVSA 3VEUA 4I1CA 3EKTA 3HDKA 5HE4A 5P44A 2B8VA 3EL9A 2VIJA 3UQRA 3EL1A 1WBKA 5P3AA 4A6CA 1XL5A 3MXDA 2FS4A 3EM3A 3OGPA 5OYYA 2Q63A 2IDWA 5P5FA 3IN4A 3S54A 2VIZA 4CPSA 2AZBA 1YTIA 5OZMA 4DUSA 5P8BA 1LF4A 4XX3A 1CPIA 5P4KA 1Q9PA 5P6NA 3BC4A 5P45A 3O9BA 5OZRA 4RVIA 2FDPA 4QJ6A 3I8WA 5P1WA 2WF0A 3UHLA 4Y3FA 3K1WA 4EQJA 5OZNA 5P14A 2WL0A 4AMTA 5ISKA 5P3WA 3UDNA 1ZBGA 5P1FA 4GJCA 5P87A 2VNNA 5P63A 5P0IA 5P7XA 1HEGE 2QI6A 3TPRA 1A30A 5P51A 1GVUA 3LZVA 5OZOA 2BKSA 1HVLA 2G94A 2QCIA 3OXWA 5DR1A 5DQ1A 3K4VC 5P5QA 3RSXA 3GI0A 4YE3A 3K5CA 1B5FA 5P74A 1IZHA 3OUAA 4DQHA 1RL8A 5P77A 1ODWA 2HB2A 4MC6A 3IGBA 3SO9A 1GVWA 2ZJIA 3KDBA 3O9DA 5OZIA 1HPOA 1DP5A 5C9FA 2NTRA 2FXDA 5IVRA 5P01A 3VYEA 2Q64A 2O4LA 3SAAA 1PSAA 1AJVA 1BXQA 4HZTA 5P0VA 4ZPEA 1LEEA 5HTZA 4ZSRA 5DQ4A 1KJ7A 1PPME 4L1AA 4APRE 1HXWA 5AHAA 4FRIA 3RTHA 5P7WA 1MSMA 2QZXA 1Z8CA 5P00A 2PK6A 2O4KA 3KM4A 3WB5A 2AOFA 3PSUA 3H5BA 1QDMA 1BILA 1YX9A 5P2TA 5P5PA 1FFIC 3IXJA 2QMGA 3URJA 1K1UA 3OU4A 1XE5A 2IKOA 4J1HA 4WTUA 5BWYA 3EKYA 5P4WA 2Q55A 3RVIA 4A4QA 3S7LA 4Y37A 4J17A 5J25A 3L59A 3FKTA 5P07A 5P5TA 4X2LA 4B77A 3L5BA 4DJXA 3APPA 2BQVA 1G2KA 5P2FA 3S43A 5P7ZA 4EHCA 3DOXA 5AHCA 2IENA 1VIKA 5P5XA 2JXRA 2B42A 1GNNA 3IN3A 4J1EA 1BVEA 4ZE6A 5P1LA 5OZUA 3CIBA 3VF3A 3NU6A 4GJ7A 3GI5A 3O9EA 4YCTA 3IAWA 4DQCA 4B70A 3HLOA 2WF2A 4YD3A 5P7MA 5AH8A 4YD7A 5P1MA 5P8NA 4AA9A 2NXDA 5P6IA 3JW2A 3G70A 5P7PA 4H1EA 2RMPA 5P1IA 1LYAB 2G24A 5OZAA 1DMPA 3VV8A 5JFPA 4I0EA 4HDBA 5P0YA 4APEA 1PFZA 4FM7A 2QHYA 3D20A 4RCFA 4TVGA 5B18A 4BELA 5P2BA 3OADB 5P4PA 5P47A 5P4XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1SBG A;  5P1H A;  3BUF A;  1SGZ A;  3OQ7 A;  4I10 A;  5I3Y A;  3B80 A;  3BXR A;  4JPC A;  1EED P;  3OGQ A;  3PSY A;  5P0G A;  5P8V A;  2HM1 A;  5P0F A;  3NWQ A;  3FNU A;  3BUG A;  5P3I A;  4DQE A;  1TCW A;  3BGC A;  5P8K A;  4FIV A;  5P6C A;  3O9L B;  1LF2 A;  3EKP A;  3L5F A;  3FNS A;  1EPN E;  1K6T A;  3NR6 A;  4J54 A;  5P17 A;  3ZKQ A;  4YD4 A;  3PRS A;  2APR A;  4CKU A;  2V16 C;  3LPI A;  4JP9 A;  5F01 A;  4Y3X A;  4Y3Y A;  1KJH A;  1AID A;  1HPV A;  1SH9 A;  4I0D A;  5OYV A;  5P04 A;  3I7E A;  1W50 A;  3WSJ A;  3APR E;  5P3Z A;  3KT2 A;  3JVW A;  3KFR A;  4LXA A;  5OZD A;  2VIE A;  5P13 A;  2WEB A;  3BVB A;  4EWO A;  3EKV A;  5P19 A;  3AID A;  3PM4 A;  3OU1 A;  3PSG A;  1KJF A;  4QLH A;  3EKX A;  1BDQ A;  1SP5 A;  2OHR A;  4TRZ A;  5P4I A;  4LP9 A;  2NNP A;  5P8M A;  4CPT A;  3VSW A;  4Y36 A;  3DV5 A;  4R8Y A;  2AVM A;  3AUP A;  5P6R A;  1MUI A;  4H3G A;  1NH0 A;  1LYW A;  5P1E A;  3ZKN A;  3TPP A;  4TRY A;  5OZX A;  4H3I A;  5P88 A;  3HAW A;  2V13 A;  1FQX A;  2AZC A;  1BXO A;  2R43 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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