3PBZA

Endothiapepsin in complex with a fragment
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A small nonrule of 3 compatible fragment library provides high hit rate of endothiapepsin crystal structures with various fragment chemotypes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 87
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2010-10-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pbzA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pbzA01
5DPZA 1TZSA 5P2RA 5P4XA 4J1KA 3Q5HA 4NPTA 4Y4XA 3UDKA 4EP3A 4J0TA 4HLAA 3OHFA 2ZJJA 2WEDA 3NUJA 3NDTA 5OZMA 5P59A 4DQBA 4ZLSA 5C9DA 5P10A 5T4SA 2RKGA 2B60A 2QI1A 5P1UA 4ZIPA 3QRMA 2R3TA 6APRE 3BVBA 5P2DA 2I4QA 3I2LA 2QK5A 5P1FA 2OHTA 4OC6A 5P72A 4Y3WA 1QBUA 5P2IA 4DPIA 5P2XA 5AHBA 1CPIA 1XN3A 4Y37A 4Y48A 3DM6A 4B70A 1FKNA 4J17A 5P23A 1META 3K5GA 2J9JA 1E82E 4LXMA 3HD8A 5P30A 3TLHA 3NU9A 5DQ4A 3OGQA 5P7FA 4I8WA 5P7VA 5P8VA 4DV9A 1MT9A 3JVWA 2QNPA 1EPRE 4KUPA 4LAPA 3R1GB 5BRYA 1K1TA 4MC9A 2HB4A 5HCOA 1APVE 1OEXA 5P1LA 3CICA 4DQHA 2G22A 3WB4A 1HXWA 5P80A 5IVTA 4R91A 2R5PA 3IVIA 4DQCA 3LZUA 5P6JA 4Y3GA 3CYWA 3LITA 3UPJA 3D91A 5P0XA 2EWYA 4B05A 1AVFA 5E5KA 3NR6A 2QI4A 1FQ7A 2B42A 4Y54A 5KOQA 2HC0A 3UHLA 5OYWA 5P3AA 4Y5PA 5OZ9A 3LZVA 5P05A 5P0BA 4RYCA 5KR0A 1D4HA 4Q5MA 1XL2A 3SA9A 3OGPA 5P1WA 4DJVA 5OZLA 3HDKA 3OQAA 2AOIA 5P4JA 1FG8C 3KDDA 4LXKA 5JFPA 3URLA 3PBZA 5P5ZA 5I3VA 5P4TA 1HTGA 5P76A 2AOEA 3K4VC 5P8QA 5P28A 3IA9A 1MSNA 5P20A 1XN2A 1GVTA 5P8FA 1K6CA 2B8LA 4RYGA 5P7AA 1MT8A 5P16A 5P45A 2QHYA 3EBZA 4H3FA 4OBZA 1WKRA 2BJUA 4RGHA 5OZ3A 1B6KA 3TKGA 5DR8A 5SZ9A 4FAFA 3DCRA 1NPWA 1VIKA 3NYGA 1HSIA 2AVMA 3OXCA 2G21A 5P27A 4EQJA 3DJKA 3PHVA 2AOGA 5DQ5A 3OUBA 5BS4A 3PSUA 5P6YA 5P4SA 4Y43A 1DW6C 3EXOA 4Y44A 3OUCA 5P7TA 3ER3E 3LIVA 4Q1XA 2JJJA 3OADB 5HCTA 1QDMA 4FRIA 5P8IA 2OHUA 1GVVA 4B0QA 3OWNA 5P0SA 2G1OA 3ZPTA 3SKGA 2O4NA 3BUHA 5P7YA 3SAAA 2G26A 5PEPA 5P1DA 2WEBA 3PJ6A 1W5WA 4DJOA 2OF0A 4CPTA 5HE7A 1YTIA 3DV1A 3NDUA 2JYSA 1BDRA 4QLHA 1YM4A 5P2YA 5OZFA 1MIQA 5P35A 4WY6A 4A6BA 2UY0A 2AVQA 4BFBA 3O9HA 5OZEA 5DQ2A 4J0VA 3CKPA 5IVQA 1W5XA 5P7WA 1GNOA 4Y3ZA 4EWOA 1T7IA 5P43A 1BVGA 3K1WA 5P2KA 2QZLA 4I0GA 5P62A 1W5VA 4OC6B 3EL1A 4ZPFA 2Q64A 4J1HA 3UDMA 4U7QA 1ZPKA 3R4BA 3I25A 5P51A 5P41A 4I0HA 2BPZA 3ZPSA 5P3FA 5HVPA 3OQDA 5P6ZA 4OBJA 3EKPA 3TNEA 2FLEA 2J9JB 5F01A 1FGCC 2I1AA 5OZUA 1BDLA 2I0AA 2BPYA 1HEFE 2QI0A 3CYXA 3T11A 4J5JA 3RSXA 2G69A 1D4IA 2A1EA 4DJRA 3HAWA 4L7HA 5P3TA 2VIYA 3PVKA 3EL5A 3QRSA 5KQZA 4S1GA 5P83A 1XE6A 1HOSA 5P7RA 3ZKIA 4PHVA 3NU3A 3OU4A 1AXAA 2RENA 2AIDA 4FIVA 4HA5A 4Y4WA 5P1HA 2MIPA 2PC0A 2QMFA 2WECA 4FM7A 3QI1A 1BXQA 4IVTA 5P8MA 3EKWA 2G27A 3KDCA 3TTPA 3FNUA 5P6OA 2V00A 5P63A 4JECA 5P6SA 1APTE 5P33A 3T6IA 5JG1A 5P86A 2NPHA 1MRWA 3NSHA 5P39A 5P3JA 3A2OA 2ZYEA 5P3PA 3RTNA 4EXGA 5P7GA 5P6BA 4CPRA 5P5PA 1VIJA 5P77A 2VA7A 4PZXA 1M43A 5P06A 1SGZA 5HE5A 2QI6A 5P4EA 2IKOA 2QMPA 2ZHTA 5P8DA 5DR0A 5E5JA 4Y4BA 5P44A 2HS1A 3R0WA 3K4VA 3L59A 2BKTA 5P42A 3KMXA 4JPCA 1B6LA 2IDWA 4K4QA 2JJIA 3TPPA 3TL9A 5P09A 1EPPE 3UQUA 4WTUA 5P2MA 5HDXA 2WKZA 1OEWA 4OBZB 4YD4A 1UH9A 2O4LA 4Y5AA 5P4RA 1BWAA 5EZXA 4ZSMA 1FG6C 3UCBA 2CEMA 3GGAA 4LXAA 5P04A 3VF7A 1RPIA 4J1FA 5KAOA 5P7JA 4R95A 4L6BA 4LC7A 1IDBA 5P6FA 2ZJIA 5P55A 4HZTA 2HS2A 5P4HA 1ZBGA 2B8VA 1HSHA 3SA6A 2VNMA 4B77A 4NJVA 4FSLA 4PZWA 4Y5KA 2ZDZA 5P0FA 2QU3A 5KOSA 3DK1A 3UDNA 4Y35A 4APRE 1IVPA 5P2CA 2O4KA 3BUFA 3LINA 3Q3TA 5P5YA 5P03A 1FF0C 2B7ZA 4R93A 5P0HA 2B7FA 1B5FA 5P01A 5P0OA 4DJQA 5OZRA 5P1KA 2Z54A 4I0IA 1MVPA 2QZXA 4A4QA 1NPVA 4CPSA 3NWXA 3WZ7A 1TCWA 4FAEA 2R8NA 5P7BA 4Y5CA 2BB9A 4YD6A 4N00A 2VJ9A 5P3NA 3U6AA 4AZYA 3NXEA 2WF2A 5P7OA 4JP9A 2FS4A 1IIQA 3IGBA 4PEPA 4D8CA 4Y3AA 3L5EA 4DQGA 2HPFA 3IAWA 5IE1A 5ISKA 1SP5A 1XS7D 5P5CA 1D4SA 3O9LA 1HVKA 5P1OA 2HAHA 2BKSA 5P3ZA 4Y39A 2QNQA 1XDHA 3KA2A 5P1EA 4ER1E 4HDPA 1BBSA 3O9AA 3NDWA 2AVVA 3RTHA 2I4DA 5P5OA 1SDVA 3L3AA 5DR4A 4J0ZA 5OZTA 1MPPA 5P1ZA 3UQWA 2G1SA 3MXEA 1SBGA 5P4ZA 4F73A 3KYRA 3SA3A 2I4XA 2AOFA 5J25A 3IXKA 4DJXA 2IS0A 4EJLA 4I10A 4Y3JA 3S2OA 1YG9A 4Y3LA 5P8OA 3OU4B 1ME6A 1MRXA 4CPWA 3TOFA 5OZSA 1HWRA 5P47A 4Y4TA 3CKTA 1HIHA 5P2SA 3ZLQA 5AHCA 2R38A 2P3BA 5P0LA 4NJTA 4NJSA 1MSMA 5P3GA 3K5CA 3HZCA 1B6PA 5P2GA 5KQYA 1MUIA 2VIEA 4HDFA 1UH7A 5P4VA 5ISJA 1MT7A 4YCYA 3H0BA 5KR8A 3WB5A 2IL2A 5P3UA 1D4LA 2IQGA 5P29A 1HVSA 1G6LA 4DJYA 2HPEA 1KJGA 5OZAA 5P3SA 1CMSA 1D4JA 1Z8CA 5P7UA 3UQRA 5OZDA 3FIVA 5P8SA 4H3IA 5P7XA 5P87A 1PFZA 5P7QA 2P3DA 3TOGA 5OZQA 2PWCA 4GJ6A 1FQ4A 5P5JA 2NXMA 5P5AA 2AOHA 1IZHA 4ZEAA 4Y5EA 4BELA 5P2AA 3PMUA 3MSJA 2ASIA 2AZ8A 1KJ7A 5UPJA 1W50A 4CPQA 4FS4A 1ZJ7A 2HB3A 2FGVA 5P7ZA 1IBQA 5P69A 1ZPAA 3PI0A 5P1NA 2PK6A 3PI5A 4D83A 2J9KA 5P34A 2F3EA 5P7NA 5P26A 2AZCA 1C70A 4CP7A 5P6AA 5HU1A 1EPME 1WBKA 3BC4A 4YDGA 2OHKA 2XYEA 5P61A 1J71A 6UPJA 3FNTA 5OZOA 3PLDA 2P3AA 1LEEA 2FGUA 4Y3DA 5OZJA 2FIVA 2FXDA 3NLSA 2ER6E 2V0ZC 4YA8A 1B11A 3D3TA 1FB7A 1M0BA 5P4LA 1A9MA 3EM4A 1GNNA 4EP2A 3QAAA 1B5FB 2FNSA 5P71A 5P8BA 4EJDA 5JFUA 5P3XA 3S43A 5OZZA 2Q63A 5P22A 5DQ1A 5OZNA 1FQ8A 3PWRA 3K5FA 5P88A 5P2BA 1JLDA 5P49A 2P3CA 3AUPA 1HTFA 3VLAA 2NMZA 3EL9A 3D1XA 1B6JA 3L5CA 5P5HA 5P6DA 4UPJA 5P15A 1Z1RA 3HW1A 4CKUA 1QRPE 2I0DA 2G1RA 3NU4A 4QJ8A 3K5DA 3HVPA 5P2NA 3L5BA 3O9LB 4AMTA 1C6XA 1PPLE 2ER0E 4MC2A 1NSOA 5OZGA 2ER9E 4ZPEA 5P56A 3BXRA 1HIVA 5OZCA 5P8LA 5P4MA 3EM6A 5P5UA 1QS8A 5AH7A 2PWRA 3APPA 3LPIA 5P3QA 4D88A 2NXDA 3FKTA 1IVQA 1A8KA 1K6VA 3I6OA 5P8RA 5OZKA 3ZL7A 5P0ZA 3BXSA 4DJPA 3OY4A 3BRAA 3O9BA 1SMEA 5P7HA 3FX5A 4HDBA 2ER7E 4Y53A 2BQVA 4GJCA 5AH6A 4RROA 3D1YA 2JE4A 5P07A 1LF2A 5P7DA 4XX4A 1BXOA 2HM1A 1HVJA 5P3OA 4ACUA 3OU1A 1PPME 4Y5MA 5P1IA 2P3BB 5P02A 3BGCA 4Y41A 3QVCA 5COPA 4JOOA 1C6ZA 2QP8A 3INDA 5OYYA 2QI3A 2P83A 4Y4EA 1BAIA 4IVSA 3VF5A 2XFKA 5HTZA 3U7SA 1A30A 2F80A 3QROA 1BVEA 1MTRA 5AGZA 5OZXA 5OZVA 2SAMA 4Q1WA 4F74A 3LIQA 4WY1A 1ZSFA 2CENA 2OHRA 3QIHA 4DH6A 2WHHA 2PSGA 2F3KA 1ODWA 4R5NA 5P8HA 4Y58A 4Y4JA 3OHHA 5HU0A 5P14A 3KFNA 4EJKA 4GJ7A 4QJ2A 3OTYA 1FMUA 1LF3A 2F81A 4OD9A 5ENKA 1OD1A 3OQ7A 3OUDA 1FMBA 5P17A 4ER4E 1ER8E 5P2EA 1LV1A 4L7JA 2O4PA 5P32A 5P24A 3IXOA 4A6CA 3O9FA 4AA8A 4M8XA 5AH9A 5P0NA 3QPJA 2IGYA 4NPUA 3UDJA 3EKXA 4TVHA 5P00A 4FRKA 3CKRA 1F7AA 3NU5A 3DUYA 1HHPA 2G24A 4FRSA 5P4AA 4Y5GA 5P85A 1LYBA 5P1YA 2Q5KA 3D1ZA 2VNNA 4Y45A 5P3KA 2WEAA 2R43A 4FL8A 5P0JA 4RVIA 4DPFA 3T7QA 4FLGA 1T6GA 1U8GA 5P4CA 2ZGAA 3MSLA 1XL5A 4B1CA 9HVPA 2PSUA 4J1IA 1HXBA 3TKWA 1BV9A 1HIIA 4I12A 1EPNE 4QJ9A 2QZKA 5OZ2A 3G70A 5P3LA 5P6QA 5P8AA 4RLDA 3T3CA 2ANLA 2JXRA 4FE6A 2VS2A 3OXWA 2QNNA 1EBYA 2RMPA 5OZPA 2RKFA 3QBHA 3NXNA 1D4KA 3NDXA 3GI5A 4Y3PA 4EXHA 2VJ6A 5OZ1A 3UQPA 4Y9WA 1KJHA 5P3CA 3O9CA 2I4WA 3PLLA 2QU2A 2UXZA 5HE4A 4R8YA 1NH0A 4DVFA 2R9BA 1SDTA 5AH8A 4GB2A 3LPJA 3VSXA 3QBFA 1ENTE 5P5WA 1DP5A 2ZHUA 1EAGA 2WL0A 5P6EA 2QAKA 1HRNA 2O40A 3LIXA 2APRA 4OBHA 1HPOA 1MERA 1ZP8A 4PPHA 1LYWA 3OK9A 5P0KA 1PSOE 2OHQA 2G1YA 5P1XA 5P0MA 4GMIA 2ZJHA 4I0ZA 3EL0A 4FM8A 1AJXA 5P6IA 5I70A 2G20A 4Y3HA 2AZ9A 3KDBA 1C6YA 5P25A 1SH9A 3GW5A 2NNKA 2QHCA 1K1UA 5P6HA 3OU1B 2RSPA 4Y3YA 1KZKA 1DAZC 1RQ9A 5P46A 4KB9A 2QZWA 3EC0A 2QD6A 3ECGA 4Y38A 5P48A 5P8EA 5P8NA 1EBKC 1D4YA 4DJWA 2BPWA 5P0IA 2PQZA 4GJ5A 5P8TA 5P5MA 3O9IA 2OHMA 4XKXA 3OTSA 2AZBA 3CIDA 3HVGA 5P4IA 5P1VA 3LIZA 2OHPA 4J54A 4I11A 5P5BA 3WZ6A 5P84A 3SA7A 3PBDA 4YOAA 1M4HA 3VFBA 4YD3A 5DGUA 3OQKA 4DFGA 3OXVA 2AVOA 3VYEA 5P4GA 3ZKXA 2V16C 4Y57A 5DGWA 3SM1A 4OD9B 5P75A 1HSGA 1N49A 2QI7A 3SA4A 2G94A 3O9DA 1MEUA 3OUDB 3B80A 1K6TA 1HVRA 5OZ4A 4L1AA 4GIDA 2QD8A 3VV7A 1PPKE 3BHEA 5EZZA 5OZYA 5P6PA 5P53A 4CPUA 4Y3MA 1BWBA 2BBBA 2IENA 5C9BA 5P6MA 3Q70A 5P2JA 1UPJA 5OZWA 2WF1A 4I0EA 1XE5A 5P2HA 1LYBB 4H3JA 4FRJA 5P6RA 4RCFA 4XX3A 4RCEA 4ER2E 1G0VA 4LP9A 1AJVA 3I7EA 2QI5A 2ZJMA 5P0CA 2QHZA 2NXLA 4Y6MA 5P4NA 3UTLA 4L7GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DPZ A;  1TZS A;  5P2R A;  5P4X A;  4J1K A;  3Q5H A;  4NPT A;  4Y4X A;  3UDK A;  4EP3 A;  4J0T A;  4HLA A;  3OHF A;  2ZJJ A;  2WED A;  3NUJ A;  3NDT A;  5OZM A;  5P59 A;  4DQB A;  4ZLS A;  5C9D A;  5P10 A;  5T4S A;  2RKG A;  2B60 A;  2QI1 A;  5P1U A;  4ZIP A;  3QRM A;  2R3T A;  6APR E;  3BVB A;  5P2D A;  2I4Q A;  3I2L A;  2QK5 A;  5P1F A;  2OHT A;  4OC6 A;  5P72 A;  4Y3W A;  1QBU A;  5P2I A;  4DPI A;  5P2X A;  5AHB A;  1CPI A;  1XN3 A;  4Y37 A;  4Y48 A;  3DM6 A;  4B70 A;  1FKN A;  4J17 A;  5P23 A;  1MET A;  3K5G A;  2J9J A;  1E82 E;  4LXM A;  3HD8 A;  5P30 A;  3TLH A;  3NU9 A;  5DQ4 A;  3OGQ A;  5P7F A;  4I8W A;  5P7V A;  5P8V A;  4DV9 A;  1MT9 A;  3JVW A;  2QNP A;  1EPR E;  4KUP A;  4LAP A;  3R1G B;  5BRY A;  1K1T A;  4MC9 A;  2HB4 A;  5HCO A;  1APV E;  1OEX A;  5P1L A;  3CIC A;  4DQH A;  2G22 A;  3WB4 A;  1HXW A;  5P80 A;  5IVT A;  4R91 A;  2R5P A;  3IVI A;  4DQC A;  3LZU A;  5P6J A;  4Y3G A;  3CYW A;  3LIT A;  3UPJ A;  3D91 A;  5P0X A;  2EWY A;  4B05 A;  1AVF A;  5E5K A;  3NR6 A;  2QI4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3NU6 A;  3KT2 A;  3EL4 A;  2WF0 A;  3PEP A;  5COK A;  4Y3X A;  5OYR A;  3FSM A;  5IVR A;  2Q55 A;  2P8H A;  4LL3 A;  4OBF A;  1HVH A;  4RZ1 A;  3VV6 A;  5P0G A;  4D85 A;  4EHC A;  4Y5B A;  1EPQ E;  4K4P A;  3LZY A;  1HPX A;  3SAC A;  4PYV A;  3F9Q A;  4GJB A;  3KFS A;  1ODY A;  1YTH A;  2ZE1 A;  2WJO A;  5P3R A;  5P4K A;  5P6N A;  3Q4B A;  4J55 A;  3G6Z A;  2H6S A;  2QMG A;  4DI2 A;  1IZI A;  2VIJ A;  3KM4 A;  1YTJ A;  1GVU A;  4Y50 A;  5OYU A;  5P7P A;  3L5F A;  2OAH A;  3OQF A;  4ZSQ A;  3UFL A;  5P1C A;  1RNE A;  5P2O A;  1FQX A;  2OHN A;  4MC6 A;  3R2F A;  8HVP A;  4E43 A;  4Z4X A;  3EKV A;  5IS4 A;  3OAG B;  3OOZ A;  3M9F A;  5P12 A;  3VG1 A;  3H5B A;  3UDR A;  5P0R A;  5OZB A;  1ZAP A;  2H6T A;  1HBV A;  5P3D A;  3QN8 A;  5I3W A;  2OHS A;  5P18 A;  2ZJN A;  4J0Y A;  3ZMG A;  2R3W A;  1HPS A;  3PMY A;  5P4O A;  1EBW A;  4Q1Y A;  5P73 A;  5OZ6 A;  5P6V A;  3ZKG A;  5DR1 A;  3GI0 A;  4F75 A;  3S85 A;  3T7P A;  5P58 A;  5P64 A;  4TRW A;  3GGX A;  5P4Q A;  3EKT A;  5OZ5 A;  2FNT A;  4H1E A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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