3PHVA

X-ray analysis of hiv-1 proteinase at 2.7 angstroms resolution confirms structural homology among retroviral enzymes
Total Genus 13
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
13
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray analysis of HIV-1 proteinase at 2.7 A resolution confirms structural homology among retroviral enzymes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Hiv-1 m:b_hxb2r
molecule keywords UNLIGANDED HIV-1 PROTEASE
total genus 13
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1991-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3phvA00
5P64A 1EEDP 3KMYA 4J1EA 4OBGA 3SPKA 2R43A 5P2HA 1FQ8A 3DV5A 3PGIA 5P4FA 5P7TA 3ZPSA 1HTRB 3TKWA 5P72A 5P04A 1AVFA 2A1EA 5ENKA 4I0IA 4Z22A 2QMGA 3GI5A 3ZPUA 5P12A 5P4HA 3I2LA 1MPPA 2EWYA 5P1MA 2OHSA 4YOAA 4I1CA 2PWCA 2BPZA 2P3AA 1EPPE 3G72A 5P55A 1D4LA 4B70A 3LIQA 4MC1A 1BDLA 3EM4A 1HVCA 3NUOA 3LZUA 5AH6A 5P0AA 4OD9A 5P4CA 5P5UA 3PLDA 5P8BA 5P6ZA 3EKXA 4PHVA 2AQUA 2A4FA 5AHAA 4GJBA 1ODWA 3NSHA 4TRWA 5P6MA 1ZTZA 3KFRA 5P8HA 4ZIPA 3HBOA 3MSLA 3APRE 4Y3YA 1IZHA 5P1GA 3VF5A 4H3JA 2NNKA 4I8WA 5P5NA 5P8UA 1YTIA 3DK1A 5IVSA 5SY3A 4RVIA 4EWOA 5P18A 4UPJA 4YDGA 2QI5A 5P0JA 2G1YA 4D83A 4R8YA 1QBSA 1XL2A 2G21A 2QCIA 5P6RA 8HVPA 3RSVA 5ER1E 1LV1A 5OZHA 2OHPA 3UTLA 1FMBA 3O99A 2XFKA 1SIVA 2QI3A 3L3AA 4L7JA 5P40A 3MXDA 5P2NA 3OY4A 3S85A 4B78A 2BBBA 4EYRA 5P1CA 3U6AA 1MTBA 1K2CA 5KOQA 4PYVA 3VSWA 3D3TA 3QBHA 2I4XA 3ZKXA 5P3UA 1KJ7A 3OK9A 2VKMA 1FMUA 2ZHRA 5P09A 4B72A 1MT7A 2FXEA 4OD9B 4J54A 4FRSA 3OUCA 5P7EA 4RVJA 4B05A 3HVPA 5P3TA 4GJ5A 5OYXA 5HU1A 4FIVA 1FGCC 4TVGA 5DPZA 1SDVA 4LP9A 2RENA 1T3RA 5P6WA 4K8SA 4R91A 4DI2A 1FKNA 3DOXA 5P1YA 4QJ2A 1AIDA 5P7IA 3IA9A 4GJ8A 3EL4A 2ZJHA 5P5QA 1MUIA 1IZDA 1MRWA 5P4JA 1HSGA 2QZKA 5IVQA 3LPJA 5P7UA 3F9QA 3OWNA 5P0DA 5IVRA 4NPTA 1A94A 5DQ1A 4MC9A 5P3EA 3NU3A 1QRPE 3K4VC 4EJKA 1HVJA 3KFPA 2V11C 4AA9A 1BVGA 1OEWA 5P80A 1MVPA 5P41A 5P65A 1B6LA 2QZWA 4CKUA 1MERA 1A8KA 5P69A 3IGBA 3L5CA 2F80A 5HDXA 5I3VA 4L6BA 1NSOA 1FEJC 5COPA 2AOIA 1HTEA 3QN8A 2PH6A 3QS1A 3PI5A 5OZKA 1PPKE 2Q64A 4GIDA 4JPCA 5P87A 3FV3A 5P7VA 4CMSA 2P3DA 1HPOA 5PEPA 1SMEA 3IN3A 4FRKA 4YE3A 3HW1A 5P38A 5P10A 1K6TA 1T6GA 5P4BA 3EL5A 2WHHA 5OZ4A 5P2QA 5OZ8A 1C70A 5P7RA 1MRXA 2SAMA 5OZUA 5P7MA 2OHQA 5P62A 3IXJA 5HDUA 1FQ5A 2B8VA 5P0PA 1NH0A 4I10A 5P0SA 5I3XA 3VF3A 5OZVA 5P71A 5P6CA 3WSJA 4BFDA 5P2YA 3ZKMA 5P6KA 4Y4JA 2AZ8A 1QBRA 1U8GA 1DPJA 4Y3XA 1T6EX 4LXKA 4NJUA 5AGZA 3BUFA 3C9XA 5P0MA 2AOJA 2HAHA 4Y58A 2OHUA 5P6VA 4AMTA 2ZJLA 3SA6A 5P6JA 5IE1A 3PJ6A 1QDMA 5P0EA 1PROA 5OYRA 3IXKA 5P5WA 2ANLA 3KFNA 1EBYA 2P3CA 5JFUA 3HAUA 5P34A 2XYFA 5P5IA 2B60A 1APUE 5P3NA 3TH9A 2O4SA 1EPLE 4Y3FA 1ODXA 5DR8A 2P8HA 5P8FA 4YBIA 2FNSA 3I25A 2ER7E 4Y5PA 2RKFA 4EQJA 4K4PA 2QI7A 3FIVA 1EC1A 5DR4A 5P0QA 3MSJA 2B7ZA 2V10C 3OU4B 2VIZA 4RZ1A 3BXSA 1FFFC 5APRE 1A8GA 3K5FA 2JJJA 2WF2A 5P5SA 3U7SA 1HIHA 1YTHA 2PSVA 3UDMA 2HB2A 4ACXA 2G1RA 5P3SA 5DR7A 3INFA 1HEGE 3Q3TA 2PYMA 3K5GA 3PSYA 3S43A 2P3BA 3WB4A 4GJCA 3GI6A 4Y4AA 2QD6A 5P01A 3LZVA 5P17A 5P0UA 4XXSA 1YM4A 4PPHA 1EPNE 5B18A 5KQXA 5P1SA 3ZL7A 2IGXA 2G1OA 3BRAA 5P7QA 3RU1A 6UPJA 1TSUA 2UY0A 2VIYA 2OF0A 3ZPTA 2G94A 2OHKA 3QBFA 5P0BA 4Y3TA 1A9MA 2FDDA 4LL3A 3O9BA 3QRMA 3KYRA 5P1NA 1HOSA 4JPEA 4HDPA 4ZSRA 5AHBA 5P6BA 5P6FA 2BB9A 4QJ6A 5P0TA 4EPJA 5P6EA 6APRE 4OC6B 5P5PA 5P08A 5P1IA 3SA9A 3LNKA 5P2VA 5IS4A 5OZIA 4HDFA 5P16A 2I4WA 2QNPA 4IVSA 4Y38A 3ER5E 3CIDA 4RCEA 4EJLA 1APTE 2HPFA 3NR6A 4JECA 4Y3ZA 4D88A 1SDTA 5OZ2A 2ZYEA 5P47A 4AUCA 1LF4A 1D4HA 1HVHA 3UQUA 3EXOA 4MC2A 3KDDA 5SXNA 1XS7D 5P5TA 3S43B 5P3CA 1HVLA 3OAGA 5P0CA 5E5KA 5P4VA 5P63A 5P7LA 5P33A 3EM3A 5P4QA 2V13A 3OQKA 5P74A 4Y3MA 1NPAA 4DPIA 3VFAA 3VLAA 3IN4A 5I3WA 2BPYA 5ER2E 1HSIA 2V0ZC 4XX4A 1EPME 5C9FA 2O40A 1DW6C 1HVSA 5P0RA 5P5VA 1FLHA 5OZZA 5P66A 2R3WA 4DJRA 2AVMA 4Z4XA 1B6MA 5P2GA 4WY6A 4GJDA 4K9HA 5P29A 2OHLA 3UDPA 4OBKA 3DJKA 5P3GA 1G2KA 3T7XA 2VS2A 2RMPA 5P4OA 5P2ZA 1GVVA 3L38A 3UPJA 2Q15A 4GZFA 3NDWA 3RSXA 2QI4A 5P3FA 4J5JA 2BJUA 2QZXA 1TSQA 2Q11A 4X7IA 4H3FA 3CKRA 2VA7A 3B80A 3KN0A 3PCWA 3D1XA 3G6ZA 3FX5A 5P54A 4Y5CA 3PWMA 1ZSFA 4Y4TA 2WEZA 1F7AA 3JVWA 2G1SA 1MSMA 5P2OA 3T3CA 2FMBA 2QD8A 3TOHA 5P77A 5P0OA 4QJAA 5P2BA 4BELA 1CMSA 4J1FA 5P4XA 4DJPA 3EM6A 4YOBA 4DJYA 5KQZA 1CPIA 3PI0A 3PM4A 1AZ5A 5P78A 4ZSMA 1APVE 1GVXA 2QI6A 2Q55A 3EKPA 3KDBA 4RYGA 5P5HA 5P20A 4J55A 3SLZA 4Q1YA 4D85A 1BVEA 5P02A 4Y5KA 2IL2A 3OXWA 4Y3GA 4DVFA 1HPXA 5P0NA 4FS4A 1FQ6A 1Q9PA 4NJTA 2PC0A 1MT8A 3OTYA 4Y3HA 5P1XA 2FXDA 5OZ0A 2G1NA 4QLHA 5HE4A 2OHRA 4J1CA 2ZJJA 2QMFA 5OZWA 2R3TA 5P2FA 3TPRA 5P2XA 5P3AA 3BHEA 4RRNA 3D20A 3GGVA 2ZDZA 5P5MA 3VG1A 4AA8A 5P0GA 2J9KA 5P0VA 4OBFA 1SP5A 3VEUA 3DCRA 3HD8A 1AJXA 1AJVA 5P1ZA 5P5EA 3UDNA 4YD3A 1CZIE 4KB9A 4Y9WA 3OADA 1FG6C 5OYTA 4Q5MA 3QP0A 1YX9A 5ENMA 5COOA 5HE7A 5P7HA 5P25A 5P6IA 4FM8A 5P6XA 4Y4UA 2RSPA 5UPJA 5C9DA 5P0LA 1GNOA 4Y44A 5KQYA 3LIVA 1G35A 5P5OA 2BKSA 5P2IA 1HVIA 3BUGA 4Y4WA 2I4QA 1ZPKA 1BIMA 3QRVA 5OZGA 4ER4E 3EL0A 1ER8E 3HAWA 5P73A 4Y41A 5P35A 3I8WA 5P0FA 4EP3A 3TTPA 5P11A 3INHA 4ZEAA 3FNTA 1D4KA 1IBQA 5P6TA 2AOGA 5P3QA 1RPIA 1BXQA 3TPLA 3MWSA 2QNQA 4I12A 5OZCA 1M4HA 5P37A 3TPJA 5P1FA 1D4SA 3GW5A 5P1HA 3UDYA 1GVWA 5P46A 2PWRA 2Q63A 3IXOA 5P3RA 3QIHA 5P2SA 1UH7A 1DMPA 5P0IA 5BWYA 3T7PA 3UQRA 3QAAA 3S45A 3OADB 4Y57A 5OZDA 5P24A 5EZXA 1LS5A 1C6XA 1EAGA 1B11A 4BFBA 3VCMA 4Y3JA 3QVCA 5OZOA 4FL8A 5P2RA 3RTMA 2VA5A 4Y3NA 5P7CA 5P2AA 2IENA 4Q1NA 5P6AA 3CICA 3Q70A 1PSNA 5P3HA 3O9LA 5OZEA 5P0YA 2AOFA 5P2UA 1T7IA 2VJ6A 3VSXA 5P7SA 3OXVA 2AVQA 1TQFA 3CKPA 3OUDA 3VV6A 5HCTA 2MIPA 4LAPA 2J9JA 1MESA 5KR1A 2I0DA 1HWRA 3OUBA 2HPEA 1K6PA 1IDAA 4PZXA 5P5DA 5P8IA 5I3YA 5DQ4A 3CIBA 2R8NA 1LYWB 2BPWA 1BDQA 5P67A 3LINA 4GMIA 3PWWA 4CPSA 2O4KA 5P1QA 5P3XA 3LZYA 2I4UA 5P7JA 3OU4A 1IZIA 1Z1RA 4LBTA 5P22A 1WKRA 1KJHA 3QI1A 3PMUA 4DFGA 2O4LA 1IVQA 2HM1A 1GVUA 5P2LA 1QBUA 5P58A 3UDJA 5OZPA 3GI4A 1BV7A 3O9LB 3HLOA 3D1ZA 2VNMA 5P4PA 3TPPA 4U7VA 4TRZA 3EC0A 5P4RA 5P8QA 1HVKA 3NUJA 3R0YA 5P00A 1IIQA 2Z4OA 3UQXA 3OUDB 2IKUA 3HVGA 4M8XA 1OHRA 1IVPA 5P49A 5OZ1A 3EKQA 1B6KA 3S8IA 1HHPA 2J9JB 5OZFA 3SM1A 4I0DA 4Y3RA 4Y36A 1RV7A 4ZPFA 4B0QA 4ER2E 4F75A 5OYQA 4FSEA 2ZHSA 1T7KA 4H3IA 4I0GA 2I4DA 5P8VA 5OZ3A 1HSHA 2G69A 4Y47A 4FRJA 1EPQE 3OQFA 1W50A 3VYFA 3CYWA 4GB2A 2I0AA 4B1DA 3OTSA 2QD7A 5DGWA 5P68A 2AZCA 5SZ9A 1HBVA 4LC7A 1GVTA 4OC6A 5OZNA 5P3ZA 3SA4A 5HCOA 5P06A 3GGAA 3PRSA 2QI0A 2ZJIA 1WBMA 3L5BA 1ZP8A 2CEMA 1AAQA 1EPRE 2WF4A 4Y4EA 3O9HA 4DQFA 4QJ7A 5P5RA 4Z2ZA 4Y3EA 4GJAA 1PPLE 2OHNA 1HVRA 5F01A 2WECA 3MSKA 3TLHA 5P4AA 3URLA 5P4UA 5OZLA 3D1YA 1EBKC 2PSGA 3BGCA 4Y5EA 5DR0A 4DJOA 4EJDA 1E5OE 5P3YA 5P5FA 4R93A 3WZ7A 3S54A 2CENA 5P07A 1K2BA 4PZWA 5P6LA 5KAOA 3DCKA 5P2KA 3S7MA 4CPUA 2G27A 2IEOA 1LYAA 1RQ9A 4FM7A 4ACUA 4Y3AA 2ER0E 3MXEA 4I0ZA 2QZLA 4CPWA 4F74A 4HE9A 1PSAA 3PEPA 5P6OA 3KT5A 4Y5NA 2ZHTA 1EC0A 5HE5A 1RL8A 2V12C 5OZSA 5JFPA 3JVYA 2JYSA 3N4LA 4Y45A 4FLGA 4FGXA 5P79A 5P4WA 1ZPAA 2WF1A 4YCTA 4J17A 1XE6A 5AH7A 1D4YA 5P75A 5P8LA 5ISKA 5P03A 2NXDA 2JE4A 5P4EA 2ZJNA 4Y37A 3S53A 4R92A 3OGPA 3ZOVA 4K4QA 5DR3A 1GNNA 1YTGA 4DJQA 4DH6A 3ER3E 5P45A 2QP8A 3SABA 2HS1A 9HVPA 4EJ8A 2AVOA 2WEAA 5TOLA 5P5CA 3PLLA 5P52A 4RVXA 1APWE 1QS8A 1LEEA 3JW2A 4YHQA 5P5ZA 5J25A 1BILA 1J71A 3CKTA 2UXZA 2FNTA 3OQDA 1K1UA 3IVHA 2ZJMA 1E82E 3OQ7A 4HEGA 4RRSA 3NWQA 4Y56A 5OYVA 5EZZA 4X2LA 3ST5A 4B00A 3OOZA 5P8CA 5P36A 4GYEA 2AZBA 5E5JA 4BEKA 1MIQA 1MEUA 4GJ9A 1OEXA 1VIKA 1LYAB 5OYZA 1ODYA 5P7WA 5OZYA 7HVPA 3TOGA 2AOHA 5KR8A 5P26A 2I4VA 2NMYA 3ZLQA 5OYYA 5P51A 2VIJA 4LHHA 1AM5A 5P7OA 3NDXA 3URIA 4ZSPA 1YT9A 5P86A 4Y50A 4B1EA 2NPHA 4YBFA 4J0ZA 5P1DA 1IDBA 1WBKA 3KA2A 4OBJA 4WTUA 3UDQA 4EXHA 4GJ6A 1FFIC 5P3BA 1W5XA 2AIDA 4S1GA 5P7PA 5OZ9A 5P27A 4A6BA 3RVIA 3BVAA 5P60A 5P2JA 2AOCA 4Y4BA 5AH9A 2RKGA 1B6JA 3RTNA 5P59A 4NKKA 4Y35A 3UF3A 4DQCA 3UDRA 4Y4XA 4QJ9A 2FS4A 1G6LA 3CYXA 3URJA 5P7ZA 5OZMA 2WL0A 4CPXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P64 A;  1EED P;  3KMY A;  4J1E A;  4OBG A;  3SPK A;  2R43 A;  5P2H A;  1FQ8 A;  3DV5 A;  3PGI A;  5P4F A;  5P7T A;  3ZPS A;  1HTR B;  3TKW A;  5P72 A;  5P04 A;  1AVF A;  2A1E A;  5ENK A;  4I0I A;  4Z22 A;  2QMG A;  3GI5 A;  3ZPU A;  5P12 A;  5P4H A;  3I2L A;  1MPP A;  2EWY A;  5P1M A;  2OHS A;  4YOA A;  4I1C A;  2PWC A;  2BPZ A;  2P3A A;  1EPP E;  3G72 A;  5P55 A;  1D4L A;  4B70 A;  3LIQ A;  4MC1 A;  1BDL A;  3EM4 A;  1HVC A;  3NUO A;  3LZU A;  5AH6 A;  5P0A A;  4OD9 A;  5P4C A;  5P5U A;  3PLD A;  5P8B A;  5P6Z A;  3EKX A;  4PHV A;  2AQU A;  2A4F A;  5AHA A;  4GJB A;  1ODW A;  3NSH A;  4TRW A;  5P6M A;  1ZTZ A;  3KFR A;  5P8H A;  4ZIP A;  3HBO A;  3MSL A;  3APR E;  4Y3Y A;  1IZH A;  5P1G A;  3VF5 A;  4H3J A;  2NNK A;  4I8W A;  5P5N A;  5P8U A;  1YTI A;  3DK1 A;  5IVS A;  5SY3 A;  4RVI A;  4EWO A;  5P18 A;  4UPJ A;  4YDG A;  2QI5 A;  5P0J A;  2G1Y A;  4D83 A;  4R8Y A;  1QBS A;  1XL2 A;  2G21 A;  2QCI A;  5P6R A;  8HVP A;  3RSV A;  5ER1 E;  1LV1 A;  5OZH A;  2OHP A;  3UTL A;  1FMB A;  3O99 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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