3PLLA

Endothiapepsin in complex with a fragment
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A small nonrule of 3 compatible fragment library provides high hit rate of endothiapepsin crystal structures with various fragment chemotypes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2010-11-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pllA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pllA01
4H1EA 4COEA 4OBZB 4Y6MA 5OYSA 5J25A 2WF4A 4DPIA 4GJ7A 3VV8A 3CMSA 3ZLQA 1EC2A 3SA4A 4ZSQA 4QLHA 2BPVA 5P65A 4XKXA 3L59A 2IQGA 3OY4A 3SM2A 1BVGA 4XX4A 5C9BA 1TSQA 4Y5GA 2F8GA 4I11A 1QS8A 5DQ2A 4EP3A 3PMUA 4EJLA 5P8GA 3OTSA 5P0HA 4Y5PA 5P1AA 4Y53A 5P3MA 2AOJA 4B77A 3C9XA 3HZCA 5OZJA 1GVWA 5OZKA 5P35A 5P2KA 3S45A 5P2LA 5HCTA 5SY2A 2O40A 5P5XA 3QS1A 4J1FA 1Z1RA 3KMXA 5P4CA 3SPKA 1G2KA 4BEKA 1FQ6A 2AOEA 5DQCA 2QI3A 4EXHA 4PEPA 4GIDA 8HVPA 1KJ7A 4I0IA 5P4YA 2B42A 1W5XA 3DJKA 4QJ9A 1B6KA 3OXXA 2QD8A 2I4XA 5DR0A 5P74A 2OHNA 5HU1A 1RV7A 2AVVA 2ER7E 3UDNA 5P4PA 2ZJJA 5P89A 5OZYA 3ZOVA 4RCEA 3PLLA 1Q9PA 3FSMA 3TPPA 3LIYA 4Y3MA 5OZ6A 5ISKA 3O9CA 5P19A 3O9FA 5P7ZA 5OYXA 4AMTA 1AIDA 1ZLFA 3O9IA 1BAIA 1FMUA 1YG9A 1IBQA 3PI0A 5P1OA 3NXNA 2O4PA 3VLAA 3OTYA 5P01A 3G72A 5P7FA 4Y3TA 1FF0C 4Y39A 1HPOA 2B8LA 2RENA 5JFUA 1YTIA 2WEDA 3UDMA 4NJVA 4J55A 4D83A 4A6CA 1IZDA 1AZ5A 5P1BA 5P72A 2UY0A 2QU3A 3LZUA 3H5BA 5KQYA 4Y3EA 5P22A 2HB3A 5APRE 4Y9WA 5P1KA 5SY3A 3OUBA 4DFGA 3BGCA 3UQRA 3RSXA 5P3PA 3NDWA 4FE6A 2Q55A 3PRSA 5OYTA 3KYRA 4OBKA 4LAPA 3FNTA 4MC2A 4DQHA 5P3WA 5P5UA 3I2LA 1M0BA 2FNSA 2G26A 5P7HA 1IVPA 3K4VC 4Y44A 4Y5NA 5EZZA 3QRMA 2I0AA 2FGUA 1IZHA 1K2BA 5P5QA 1EAGA 3H0BA 2G21A 4DVFA 3ZKIA 4NPUA 2G1SA 2QMPA 2VS2A 2HB2A 5P88A 2IDWA 4FIVA 4Y3WA 5P4ZA 4FRSA 4YE3A 3UCBA 3KDDA 2XYEA 4A6BA 3WB5A 5P7LA 4YCTA 5P1MA 5AH9A 2VJ6A 1ZSFA 3EKYA 5P6IA 5P8EA 3UDJA 4I0DA 1UH8A 3S43A 3O9GA 3I7EA 3ZKGA 3PGIA 2QNPA 4MC9A 2F81A 1QBTA 3VSWA 5P5OA 1LYAB 1EC1A 3LZSA 4Y4JA 5P3AA 5P7IA 4J0PA 5P41A 4YD4A 3INDA 5DR4A 3O9LA 4LHHA 1PSAA 1ENTE 5I3YA 5IE1A 5P0AA 3ECGA 1IDAA 2AVSA 2NNPA 2QZKA 3D20A 1TW7A 4JECA 3I8WA 4YHQA 2I1AA 5P0BA 4EWOA 3HAUA 4JPCA 5JODA 3VFBA 1LF3A 3ER3E 2BJUA 4D89A 5P8OA 4GZFA 5P3ZA 4RVIA 1FKNA 1HIHA 1HEFE 1SDVA 1SDTA 3WZ7A 4J1HA 4WY6A 1YT9A 5P83A 1GVXA 3DCRA 1A30A 2AOIA 4HLAA 4Y50A 5P6OA 4R5NA 1RL8A 4WY1A 3KF0A 3S43B 5P6JA 5COPA 2FIVA 3B7VA 5P5JA 5HE4A 3QBHA 2Z4OA 5P1LA 2AVQA 4DQFA 1RNEA 5P6XA 5P85A 4YDFA 4DQCA 5P02A 3GI6A 2FLEA 5P7BA 5P2JA 2JYSA 5P36A 4JP9A 2ZHUA 3IVHA 5P5WA 3OU3A 3T7XA 1BBSA 5ISJA 1HHPA 4DJRA 4YOAA 3D1YA 5P6AA 2OHKA 4R8YA 5P8TA 4EXGA 1LEEA 4QJ2A 4EHCA 5OZBA 3QRSA 5ER1E 3OU4B 1EPLE 4I8ZA 5DR8A 2PYMA 4ZIPA 4YA8A 2ASIA 4D88A 3QBFA 5P42A 5P3NA 3OXVA 5P6RA 5P5KA 3VSXA 5P2TA 1YM2A 5P53A 3BUFA 4HDPA 2IKOA 2G94A 5P59A 4OBDA 3PI5A 2ZDZA 1PPLE 3Q6YA 4Y3XA 2RMPA 5P0VA 4CPXA 5P60A 5P20A 1GNOA 2NXLA 4ER2E 3DUYA 5P7GA 5P8IA 3FNSA 4J54A 2HPEA 4R91A 5OZXA 5P6LA 5P8DA 2QI0A 2QZLA 4I0FA 2FDEA 5P2XA 1HIVA 5P0MA 4ER1E 3EL5A 1ZP8A 5P5TA 5P70A 5P80A 2QMGA 5I3WA 5TOLA 4Y5BA 5P7PA 1UH7A 2V0ZC 3S7MA 5HDUA 3OWNA 5OYWA 5P3XA 1EPRE 5AH6A 3LZYA 4XX3A 4RYGA 1CPIA 2AZ8A 5P5MA 2FGVA 5OYQA 1FG8C 1KJ4A 4Y48A 1EPQE 5P5BA 1GKTA 3CKPA 5P6SA 5P8CA 4PZXA 2P3BB 1APTE 1WBMA 1A8GA 1MT9A 5P7UA 4RZ1A 3ZKNA 2AZCA 5P1UA 2WJOA 5P2CA 3OU1A 4CPQA 5OZ9A 2QNQA 4LXAA 3UDYA 5P8JA 3QROA 4Y56A 1ZAPA 3RSVA 2B8VA 1BILA 5OZ1A 1ZSRA 5JFPA 2QD6A 3O99A 5P0OA 4YD7A 2QMDA 4Y3ZA 3KT5A 4BFBA 5P69A 3SA5A 3K5FA 3GI0A 1D4HA 3UDPA 3PLDA 4EQJA 4APRE 5P3KA 4Z2ZA 2JE4A 5P5VA 2Q63A 1XN2A 1XL5A 2P4JA 1PFZA 5P3CA 4ZLSA 3JW2A 5OZ0A 3TPRA 2J9JA 1T7KA 3Q70A 3BC4A 2Q54A 1TSUA 1D4SA 2OF0A 2I4VA 3KA2A 1E80E 3OQAA 1MUIA 4EPJA 3BUGA 3QN8A 4QGIA 5HU0A 5P50A 5P0CA 1RPIA 4HDBA 1HWRA 5P0SA 1C70A 3FNUA 2VKMA 3EM3A 5P4EA 4LC7A 2UPJA 4D85A 2XYFA 4Y4WA 2OHPA 1FQ5A 5C9FA 2P3CA 2QP8A 4QJ8A 2HM1A 3U7SA 5P8PA 5OZEA 5P09A 2AQUA 5ER2E 4OBFA 4DJVA 1BDQA 3K5GA 3PBDA 5P4KA 5P3EA 4ZPFA 4LBTA 2VNNA 5P4OA 4J0TA 5P43A 5P31A 4DJXA 5P4LA 3UQPA 4Y4AA 5P45A 1CMSA 4Y3GA 3TH9A 2BPXA 2VJ9A 1EEDP 3IXJA 5E5KA 4BELA 5P6DA 2WEAA 2HIZA 4NKKA 1EPPE 3NXEA 4R93A 1ZTZA 3OUCA 5P4VA 5P5PA 4F74A 1QBRA 4GB2A 3VYFA 2J9JB 2QMFA 3OUAA 3LNKA 2QI1A 4WTUA 3R2FA 2IRZA 2PK5A 5P49A 5P5CA 3S7LA 3EKQA 3EL4A 2WEZA 3D3TA 5P67A 5P0IA 5OYVA 1EPNE 3NU4A 4ZPEA 2AZ9A 5KR0A 4HA5A 3TPJA 1T7JA 5P79A 1LV1A 5P2DA 3TNEA 2VIZA 2ANLA 3EM4A 1HIIA 5AHBA 3EM6A 2NMZA 4OBHA 2O4SA 4JPEA 5OZCA 4Y3HA 3PJ6A 4Y3PA 4PYVA 4I8WA 1TQFA 4B1DA 2WF3A 3L5DA 1W50A 5P0XA 3SA6A 1DIFA 2ZJKA 2RKGA 2QZXA 3RVIA 2RSPA 4J1CA 1E5OE 5P1XA 5P8QA 3FX5A 3JVWA 5P1DA 1AVFA 2V10C 5OYUA 2PC0A 5P66A 3N4LA 5UPJA 5C9DA 3CIDA 4YCYA 1AM5A 4Y3YA 4Y5KA 3HD8A 1SIVA 2G27A 4DH6A 4GJ5A 1FLHA 1K6PA 4PZWA 5P4NA 4CKUA 2BPWA 4DJPA 5P04A 5KOSA 2HPFA 4Q1YA 3MSLA 5P14A 3HDKA 1SGUA 5P4FA 3NU5A 1F34A 1KJFA 3EKTA 1HRNA 3OUDB 4Y5LA 1B11A 5HDXA 3O9EA 5OZFA 5P8BA 2FMBA 4M8YA 3SABA 5P15A 1FGCC 3N3IA 3PVKA 1PSOE 5P27A 3PSGA 2NMYA 3DCKA 4Q1NA 4Y4ZA 7HVPA 3EXOA 5P5AA 5P44A 1W6IA 1HBVA 1BXOA 1KJHA 3MXEA 1K6TA 3OQKA 5KQFA 4YBIA 3K4VA 1YM4A 2FNTA 4OBJA 1DP5A 3CICA 3OXWA 5P52A 5P5LA 2Q5KA 5P3HA 2RKFA 5P8UA 3PBZA 2A1EA 4IVSA 2XFIA 1LYAA 4I0HA 2Q11A 1XS7D 3EBZA 1APUE 4YD5A 2QI5A 4FCOA 3QP0A 5HE5A 3AUPA 2VIJA 4B00A 2FXEA 1WBKA 1ODYA 4YD6A 5P6BA 4I12A 4Y36A 4CP7A 4L7GA 1DW6C 1YTGA 5P4GA 5P3FA 3B80A 1VIKA 3OQFA 5P3YA 5P4JA 5P1EA 3KM4A 2R38A 3NDTA 3O9BA 4H3IA 1ODWA 1K1UA 4TRWA 4K4PA 3EL1A 3I6OA 2QHYA 5P0YA 4Q1XA 3WZ6A 1HTRB 4NPTA 1PPKE 4Y4GA 1B6PA 2P8HA 5OZRA 3LITA 1QBSA 1DAZC 1EPOE 4DPFA 6APRE 1MESA 4YOBA 4QJ6A 3PCZA 4J1EA 5HDVA 5OZHA 5P2IA 3VG1A 1SH9A 3DV5A 2AODA 3KFPA 4Y3QA 5P5FA 1NSOA 4GYEA 1LS5A 1OHRA 4ACXA 5P1FA 3ER5E 2G1NA 4LL3A 2QD7A 5AHAA 4Z50A 5P6YA 1MSNA 1OEWA 5P1VA 4HEGA 5KOQA 3INFA 1B6MA 3PWWA 2BB9A 3SQFA 4FS4A 3PWRA 4XXSA 5OYRA 3OU4A 5ENKA 3TTPA 1SMRA 3L5EA 2PSUA 4HVPA 4HE9A 2VA5A 5P3LA 1MEUA 1C6YA 3WZ8A 1BDLA 3CKTA 2WKZA 3EKWA 2V12C 4DUSA 5P16A 3RTHA 5DGUA 3D1XA 1HPVA 4AUCA 4Y37A 1TCXA 1HVJA 2AVMA 1FMBA 3WSJA 2A4FA 4R92A 1W6HA 1MRXA 2QAKA 2XFKA 4CMSA 4EJDA 3OADB 2B60A 3NUOA 4RVJA 2HC0A 1EBWA 1ER8E 4Y3LA 5P0UA 4KUPA 5P77A 3KFRA 4GJDA 4Y3SA 5IS4A 4EP2A 5COOA 3TKWA 3SFCA 4Y4BA 3UTLA 1SP5A 3UDHA 3K5DA 1DMPA 2Q3KA 4H3JA 2G69A 3LIZA 5P3SA 1HOSA 3VV6A 5SXNA 4U7VA 2R8NA 4FL8A 3ZKSA 4DJQA 1M4HA 3PEPA 5P7YA 3LPKA 1FQ8A 3OHHA 1UH9A 4I0GA 5OZWA 5P8FA 4RROA 5P32A 5P2VA 5IVTA 2QZWA 4ZSRA 5P8VA 2ZJIA 4DJWA 5P6MA 5OZOA 4AA8A 5P2GA 3QIHA 3HLOA 3INEA 1WKRA 2VIEA 3APRE 3UPJA 5P06A 2P3BA 3VCMA 5P82A 1QRPE 3U71A 4ZEAA 5P7NA 3SLZA 4RRSA 1MVPA 2PYNA 4RGHA 5DR1A 1EC0A 4Y45A 2PMAA 3S56A 1TCWA 3FIVA 1HSGA 5P6TA 4YDGA 4EQ0A 5P11A 5P4DA 1HSHA 2IEOA 5P1TA 5DQ1A 3PSYA 3OOZA 5P7KA 4FRIA 3BXSA 5HTZA 4H3FA 3S85A 4Y38A 5P5GA 5P48A 3IGBA 4Y4UA 2ZJMA 4L6BA 3UF3A 4U7QA 5OZ8A 5OZZA 5P73A 1SGZA 5P39A 4BFDA 4B1EA 5P7JA 3TKGA 5P6WA 1FFIC 2AOCA 1Z1HA 5P18A 4DV9A 2BPYA 5P1NA 5CONA 1APWE 1D4YA 5P0JA 4DJYA 3DV1A 4B1CA 1HTFA 3BVAA 2G22A 3R0YA 3SM1A 3NR6A 1HVRA 5P64A 5P1ZA 4Q5MA 5KAOA 5P4IA 5IVRA 5KQXA 5P3UA 5P5NA 1AXAA 3L5CA 1LYWB 1A9MA 5P7RA 4Y3DA 5P58A 3DOXA 5AH8A 3IN3A 4Y54A 2G1YA 2WF0A 2ZHRA 2FDDA 5P3QA 2I4UA 4TRZA 3HVPA 3URJA 5P4WA 3UFNA 1HXWA 2J9KA 4Y3NA 4Y4TA 5P8MA 4KB9A 5P8NA 5P8RA 2FS4A 4L1AB 5P05A 5P10A 3IVIA 3T3CA 2PWRA 5OZLA 3L5BA 4A4QA 5P2YA 1OEXA 3ST5A 4I0ZA 2F3KA 4RYCA 5P1IA 3OK9A 2ZHTA 1GVUA 4ZPGA 5P7TA 4FRJA 5OZ7A 5P4QA 5P2HA 4I1CA 3HVGA 1D4IA 2F80A 4B70A 2PH8A 1FEJC 3O9DA 1QDMA 4FAFA 2OHUA 3NU6A 6UPJA 5P6GA 5P7AA 4Y3JA 5DR3A 1YX9A 1BV9A 5P17A 2HAHA 5OZMA 2ZYEA 5ENMA 4RRNA 2ZHVA 3VYEA 3KDCA 5P76A 5HVPA 1EBKC 5P68A 3SA8A 5P1SA 2ER9E 5P56A 1NPVA 1A94A 5P8AA 1W51A 3S2OA 2O4NA 2WF1A 2IGYA 3O9HA 5OZ4A 5OZ2A 2B7ZA 5P30A 4ACUA 5P6VA 3IA9A 1BV7A 5OZSA 5P1PA 4DQBA 4NJTA 4OC6A 5HDZA 1KZKA 2NNKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4H1E A;  4COE A;  4OBZ B;  4Y6M A;  5OYS A;  5J25 A;  2WF4 A;  4DPI A;  4GJ7 A;  3VV8 A;  3CMS A;  3ZLQ A;  1EC2 A;  3SA4 A;  4ZSQ A;  4QLH A;  2BPV A;  5P65 A;  4XKX A;  3L59 A;  2IQG A;  3OY4 A;  3SM2 A;  1BVG A;  4XX4 A;  5C9B A;  1TSQ A;  4Y5G A;  2F8G A;  4I11 A;  1QS8 A;  5DQ2 A;  4EP3 A;  3PMU A;  4EJL A;  5P8G A;  3OTS A;  5P0H A;  4Y5P A;  5P1A A;  4Y53 A;  5P3M A;  2AOJ A;  4B77 A;  3C9X A;  3HZC A;  5OZJ A;  1GVW A;  5OZK A;  5P35 A;  5P2K A;  3S45 A;  5P2L A;  5HCT A;  5SY2 A;  2O40 A;  5P5X A;  3QS1 A;  4J1F A;  1Z1R A;  3KMX A;  5P4C A;  3SPK A;  1G2K A;  4BEK A;  1FQ6 A;  2AOE A;  5DQC A;  2QI3 A;  4EXH A;  4PEP A;  4GID A;  8HVP A;  1KJ7 A;  4I0I A;  5P4Y A;  2B42 A;  1W5X A;  3DJK A;  4QJ9 A;  1B6K A;  3OXX A;  2QD8 A;  2I4X A;  5DR0 A;  5P74 A;  2OHN A;  5HU1 A;  1RV7 A;  2AVV A;  2ER7 E;  3UDN A;  5P4P A;  2ZJJ A;  5P89 A;  5OZY A;  3ZOV A;  4RCE A;  3PLL A;  1Q9P A;  3FSM A;  3TPP A;  3LIY A;  4Y3M A;  5OZ6 A;  5ISK A;  3O9C A;  5P19 A;  3O9F A;  5P7Z A;  5OYX A;  4AMT A;  1AID A;  1ZLF A;  3O9I A;  1BAI A;  1FMU A;  1YG9 A;  1IBQ A;  3PI0 A;  5P1O A;  3NXN A;  2O4P A;  3VLA A;  3OTY A;  5P01 A;  3G72 A;  5P7F A;  4Y3T A;  1FF0 C;  4Y39 A;  1HPO A;  2B8L A;  2REN A;  5JFU A;  1YTI A;  2WED A;  3UDM A;  4NJV A;  4J55 A;  4D83 A;  4A6C A;  1IZD A;  1AZ5 A;  5P1B A;  5P72 A;  2UY0 A;  2QU3 A;  3LZU A;  3H5B A;  5KQY A;  4Y3E A;  5P22 A;  2HB3 A;  5APR E;  4Y9W A;  5P1K A;  5SY3 A;  3OUB A;  4DFG A;  3BGC A;  3UQR A;  3RSX A;  5P3P A;  3NDW A;  4FE6 A;  2Q55 A;  3PRS A;  5OYT A;  3KYR A;  4OBK A;  4LAP A;  3FNT A;  4MC2 A;  4DQH A;  5P3W A;  5P5U A;  3I2L A;  1M0B A;  2FNS A;  2G26 A;  5P7H A;  1IVP A;  3K4V C;  4Y44 A;  4Y5N A;  5EZZ A;  3QRM A;  2I0A A;  2FGU A;  1IZH A;  1K2B A;  5P5Q A;  1EAG A;  3H0B A;  2G21 A;  4DVF A;  3ZKI A;  4NPU A;  2G1S A;  2QMP A;  2VS2 A;  2HB2 A;  5P88 A;  2IDW A;  4FIV A;  4Y3W A;  5P4Z A;  4FRS A;  4YE3 A;  3UCB A;  3KDD A;  2XYE A;  4A6B A;  3WB5 A;  5P7L A;  4YCT A;  5P1M A;  5AH9 A;  2VJ6 A;  1ZSF A;  3EKY A;  5P6I A;  5P8E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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