3PMYA

Endothiapepsin in complex with a fragment
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A small nonrule of 3 compatible fragment library provides high hit rate of endothiapepsin crystal structures with various fragment chemotypes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 86
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2010-11-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pmyA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pmyA01
5HCOA 5P36A 4QLHA 5P6RA 4DQEA 2G27A 4QJ8A 1BVEA 3D1XA 3RSXA 5HCTA 4DVFA 5P86A 1ENTE 5P4AA 2I0AA 3VV8A 3TKWA 4EHCA 1TW7A 5T4SA 3GGVA 5P1UA 3ZPUA 2G1SA 1KJGA 5P59A 3FNTA 2Q11A 3PCWA 4L1AA 3OY4A 3L38A 4COEA 1D4YA 3RTHA 1DW6C 5P5MA 1EBKC 1RL8A 1W51A 3PLDA 4R95A 5OYWA 5OZ0A 5P15A 3SM2A 5SY3A 1UH8A 3SA8A 4Y5PA 5P83A 1B6KA 5P7MA 5P2IA 2NMZA 5P3ZA 5P3DA 4Y36A 5P4VA 3GGXA 3CICA 5JODA 3QIHA 2IQGA 5F01A 5P4ZA 3BUHA 2HS1A 1LYBB 4ZSPA 5P54A 3APPA 5AHBA 2ZJHA 3IVIA 3WB5A 1GVXA 4FS4A 5OYTA 2UPJA 4Y4EA 4F75A 4ZPEA 4I0GA 3OUDB 3OU1B 2AZCA 1B11A 3CKTA 5P73A 3OAGA 2ER6E 5P4BA 3U7SA 1C6YA 1EPQE 2CEMA 2WEDA 5P4RA 5P6LA 4Y4TA 3EMYA 3VYEA 4Y3AA 1EPOE 2VNNA 1AJVA 5P5DA 5OZ3A 5P4LA 4Y3YA 3OHHA 2QD7A 5P8EA 3OXVA 2WL0A 4Y53A 5KOQA 1EPPE 2J9KA 4Y4ZA 1PSNA 5P2XA 5P6ZA 2QNPA 3KDBA 1N49A 3D1YA 2IKUA 5P87A 5P6KA 2AOIA 1IZIA 2QNQA 3NU6A 3NWQA 2AZBA 2JJJA 5P52A 4ZSMA 5P1YA 4RVIA 1RQ9A 3G70A 4OBFA 5P04A 3VF5A 5P3LA 1B5FB 3SAAA 4I0FA 5P1IA 3OQFA 5B18A 3HDKA 5OZFA 3ER5E 3QPJA 2QD6A 1EC3A 5P18A 3UFNA 5P3EA 5ER2E 1LZQA 2ZHRA 5OZBA 2G69A 4Z4XA 4DFGA 1IBQA 3PB5A 5P2BA 3INDA 5OYUA 4L7JA 4R91A 5P6PA 5P8VA 1PPME 5AGZA 4ZSRA 2OF0A 3K5CA 4FM7A 4I8WA 5OZYA 5IS4A 5OZCA 1QS8A 2QZKA 1XS7D 5P20A 3QBFA 1FQ5A 2J9JB 3T11A 1DIFA 4U8WA 3UDNA 1K6CA 4DPIA 5P0XA 1MTBA 3VV7A 3KDDA 3O9EA 1KZKA 2APRA 3T7XA 4YCTA 5P8SA 5P82A 3UDKA 4LL3A 2F8GA 4Y5MA 4FLGA 2ZDZA 2QHCA 2ZHTA 2ZYEA 2PH8A 4CPXA 5I70A 3HZCA 2QI0A 5P0CA 3KYRA 5P0DA 5P7KA 1HVIA 4RYCA 4CPWA 5P5IA 4B05A 2VA6A 5P0PA 1WKRA 3OQ7A 2VIZA 5DGUA 5OZNA 3APRE 3NXNA 1LEEA 5P5LA 5P6AA 1GVTA 4EPJA 2AOCA 5P05A 5P5HA 1HPXA 3B80A 1PSOE 3UQRA 2ZJKA 3MSLA 1EPNE 1D4KA 5DR7A 3K4VA 2BBBA 2QD8A 3LIQA 1RPIA 1GNNA 3EXOA 5P61A 1MESA 5P0UA 1HIIA 2BKSA 3BGCA 2O4LA 1PROA 5P2OA 4UPJA 5P79A 2I4UA 1EC2A 5HD0A 2QK5A 4ZIPA 2VIYA 4WTUA 4BFDA 4J1EA 1BWAA 3EL9A 3NU4A 5P1LA 1D4IA 3DV1A 4J0VA 3EL4A 5P5JA 5OYVA 1QBUA 4Y45A 5OZ8A 4IVSA 4Y4WA 2H6TA 3OGQA 2ZGAA 2PSUA 2BKTA 1UH9A 5P07A 3WZ7A 1XE5A 2FGUA 1WBMA 1M0BA 5P4QA 4DJPA 4HA5A 1ZPAA 5P7SA 2AOFA 3T7PA 5P4XA 3QVIA 1HVJA 1FLHA 3Q70A 1EBWA 5P7TA 6FIVA 2A1EA 2VIEA 3S43B 5P26A 5P0OA 3WB4A 5DQ5A 4RCDA 2NXDA 5P66A 1ZP8A 5P3VA 5P8DA 4I11A 4Y3WA 1YT9A 2FLEA 4FM8A 1KJ4A 3ER3E 2BPYA 3T3CA 1GKTA 3TNEA 3EC0A 4Y5GA 1FMBA 2QHYA 4RVJA 4KUPA 3TL9A 1PFZA 3ZKMA 1MSNA 1NPAA 5P2YA 3O9GA 2ZJLA 3OU4B 4DV9A 1IZDA 1FF0C 3PMYA 2F3EA 8HVPA 2V13A 5P25A 2F81A 1SDUA 2BJUA 3BXRA 5P5NA 5KQFA 1TQFA 1AXAA 5P6QA 3JVWA 5HE5A 2ZHVA 2HC0A 4J1KA 4YBIA 4I0DA 3INHA 5P3QA 5P16A 5P4GA 1HEGE 4TRYA 3TTPA 3HVGA 1G0VA 4DJOA 4CMSA 2Q3KA 3BHEA 1HVRA 2R8NA 5P4MA 5P80A 2JYSA 3BRAA 1B6JA 3S45A 2HB2A 3UTLA 4QGIA 5OZPA 4LC7A 5P8HA 1C6XA 5KAOA 4R92A 1MEUA 1W5WA 5JFPA 3O9LB 5P5UA 3TH9A 1MT8A 4FRSA 3SLZA 5P7ZA 1J71A 1XN3A 3LZSA 4JP9A 5P2GA 1HOSA 5ISKA 1ZBGA 5P0HA 1SIPA 4GJ5A 2XFIA 3KF0A 5E5KA 1EAGA 4RROA 5P7DA 3KFRA 3KFPA 3NDWA 1T6GA 4B72A 5P3AA 5P48A 4FRIA 4CPSA 1KJHA 1LF3A 2FS4A 1K6TA 2QU2A 5P0EA 2AVSA 4OC6B 1HPVA 3OHFA 5P41A 4D83A 3OUAA 3LPJA 1UH7A 1HVLA 5OZTA 4Y37A 3SA7A 2NXMA 2AODA 3BUFA 2OHNA 5P5OA 1YM4A 2Z4OA 4XX4A 2QP8A 5P1PA 1SIVA 5AHCA 3O99A 5P1RA 1F7AA 3L58A 5P51A 3BVBA 3TOGA 5OZOA 4H1EA 4DQCA 1BXOA 3GW5A 2VKMA 3PWWA 3OU3A 5P42A 3KDCA 1ER8E 4ACUA 3SQFA 5P8KA 4FGXA 1IDAA 3PMUA 3KT2A 3OTSA 5P1CA 1XL5A 3QN8A 4B1CA 4LXAA 5P7LA 3Q4BA 5P5VA 1MIQA 3IXKA 3QAAA 2NNKA 6UPJA 3HBOA 3PSYA 5P67A 3U71A 4HLAA 5OZKA 5P77A 2OHTA 5P74A 1OEXA 4KE0A 2QZLA 2OHKA 5DR4A 3ZLQA 4Y3LA 5HDUA 3S54A 4D88A 3BGBA 3HW1A 4Y3NA 3FX5A 1YTGA 2MIPA 3GI4A 5OZ1A 4Y5CA 4DJWA 5P02A 3PM4A 4HDPA 1BV7A 5P5WA 2O4PA 1EEDP 5P3NA 3OUBA 4OBDA 4DQBA 4ER1E 2A4FA 3CIBA 1QBTA 3PI5A 2CENA 5P70A 4B1DA 1APVE 1YX9A 3VG1A 5P0IA 3EKTA 1MPPA 1A94A 2WEZA 3O9DA 1ODWA 3GI5A 3KT5A 4J1CA 3MXEA 5P1EA 1AJXA 4FRJA 4IVTA 4BFBA 1FQ4A 5C9DA 1G35A 1T7JA 3OADA 5P17A 3VLAA 1W5XA 5P5FA 1GVVA 4NJTA 1IDBA 3EKQA 4K8SA 1BBSA 2BPWA 5P29A 2WF1A 1GVWA 1PSAA 5P35A 5P3OA 5P8TA 3QP0A 3KN0A 3SA3A 5P6HA 4JOOA 5P7VA 5KR0A 3FIVA 3R0YA 2ANLA 4NJSA 5EZZA 1K1UA 5OZ5A 5HTZA 5P14A 3PEPA 3AIDA 2WECA 4M8YA 3KMXA 4H3GA 9HVPA 5P39A 1HHPA 3H5BA 1K6VA 2VA7A 1C6ZA 2FIVA 1TSUA 1ZLFA 4FL8A 5OYRA 3S7LA 4YCYA 4DJVA 5P50A 4JPEA 3KFSA 2XYEA 5P4JA 5P2UA 3QI1A 1META 5KR2A 3TPPA 5P0LA 2FGVA 1SBGA 3VUCA 3O9BA 3NXEA 1LYAA 3SA6A 1G2KA 5P12A 5PEPA 5P1HA 2B7FA 2WF0A 2EWYA 4GJ8A 4GMIA 2IGYA 2I4XA 5P2JA 5HE7A 2V0ZC 2HM1A 5DGWA 2WJOA 3GI0A 3RSVA 4YD6A 5EZXA 5AHAA 5AH8A 5DQ1A 5DR0A 4NJUA 5P2KA 3SACA 3SPKA 5P2CA 2R3TA 2P3BB 1NH0A 1BDLA 3VCMA 3ZKGA 1ZTZA 5P37A 5P7QA 3K5GA 1SGZA 5P03A 3LIVA 1XDHA 2P3CA 5P0NA 3VEUA 4DJYA 1AAQA 5HVPA 4Z22A 3EM4A 3L5FA 5P1WA 4GJCA 1AM5A 1PPLE 4Y3MA 2OHQA 4MC9A 1BWBA 5E5JA 1Z8CA 4M8XA 2ER9E 3EKPA 4RCFA 1KJ7A 2O4SA 3ZMGA 1XN2A 2P83A 1BILA 3LINA 4FRKA 3TPLA 5DR1A 1W5YA 2V00A 3PVKA 3EL0A 1ODYA 4K4RA 5P1BA 3L3AA 3CKPA 3M9FA 5DQ4A 4I0JA 3NYGA 3VSWA 4Q1WA 4NPUA 1FGCC 3I2LA 5IVRA 4Y38A 4DI2A 5P1XA 4Y4XA 4Y50A 2QI7A 2BB9A 1BAIA 2VA5A 5P08A 4L7HA 5P88A 4Y9WA 5P4FA 4Y35A 4EJKA 5P3JA 3I8WA 5P2NA 1B5FA 4D89A 5P7WA 5P6CA 4F73A 2OHLA 4A4QA 5P46A 4J17A 3DCRA 4Y5LA 2HPFA 1A8GA 2NPHA 2F80A 4Y4BA 3NDUA 2ZJMA 3EKYA 5P2EA 2FDDA 5P3RA 3SABA 4L6BA 2AOJA 1EPRE 2B42A 3HAWA 5P69A 1M4HA 5BRYA 2CEJA 5APRE 2G21A 4RZ1A 4WY1A 1C70A 2AVQA 2ASIA 4YCKA 1OEWA 1TZSA 5P6EA 3C9XA 5P8JA 2BPZA 3UDPA 1FFIC 5P0ZA 5P23A 1AVFA 3RU1A 4QJAA 5P3UA 4K4QA 4OBHA 5P4CA 1HIHA 1HTFA 5P3KA 5P8FA 5P2WA 1SMEA 4EJLA 3WSJA 1FQ6A 2I4VA 3TKGA 1VIJA 2VJ7A 5P7YA 4DUSA 5P0TA 4GJAA 4Y39A 1NSOA 3LPIA 4J0YA 1D4SA 1PPKE 1APTE 3UDHA 2B8LA 2JXRA 3OXXA 5P13A 4Y4AA 2I4DA 3IXJA 4I10A 5P4DA 5P0BA 4Y3EA 5P30A 2XYFA 5JFUA 1ZAPA 5P1OA 4Y41A 2PYNA 1HSGA 5P1MA 1XE6A 3OOZA 4YDFA 3IA9A 1YTJA 3AUPA 3G6ZA 4CPTA 5P7UA 5OZQA 1SP5A 2AIDA 3LHGA 2WEBA 2QMGA 1CZIE 5P27A 2B7ZA 5P7EA 5KOSA 5DR3A 2VJ9A 1DAZC 2QMPA 5P6OA 4RVXA 1W5VA 5HDZA 1ZJ7A 3Q3TA 1IIQA 4CP7A 2G26A 3IN4A 3LNKA 5P5KA 4GJ9A 5P34A 4YD4A 4PZXA 2NTRA 3Q6YA 4LXMA 5P4KA 4MC1A 5P85A 4Y56A 4Y54A 4Y3DA 1GNOA 5P6UA 4Q5MA 4J0ZA 3S56A 2VS2A 4OBGA 2AZ8A 1K6PA 4R5NA 2PWCA 5P3BA 2BPVA 4OD9B 2RKGA 4AA9A 5P7BA 3S43A 1A8KA 5P64A 1E81E 4TRWA 3EM6A 4Y44A 3QRVA 2IL2A 4OBZA 1HVCA 5P8OA 4ZEAA 1SMRA 4GYEA 3R1GB 4Z2ZA 2G1NA 3OWNA 4EYRA 3WZ8A 4LP9A 5ISJA 4S1GA 4DJXA 2XFKA 5P3FA 3PCZA 2IKOA 5P6BA 4EWOA 5P5EA 3NUOA 3OU4A 1W6HA 5P3HA 5P6VA 5CLMA 5J25A 2QI6A 3OQAA 1AZ5A 3FNSA 5P6IA 3ZKSA 5P5SA 1FQXA 4NJVA 3ZL7A 3S8IA 5P09A 3NR6A 3PI0A 2FDEA 3LITA 2OHUA 3VV6A 4HZTA 5P7RA 2FNTA 5P7FA 3VYDA 1T6EX 4QJ6A 5P60A 5DQCA 1U8GA 5P6YA 1T7IA 2P3DA 1HWRA 5BWYA 5KQZA 2OAHA 5P3YA 2WKZA 3UDMA 3PWRA 1JLDA 5P5YA 3RTNA 1MSMA 2IDWA 5P2SA 4PYVA 1D4HA 1LYWB 1G6LA 5ER1E 5P71A 4Y3TA 1TSQA 4I0IA 1MVPA 3TOFA 5P47A 4HEGA 3ZOVA 3UDRA 2O4NA 4YBFA 1D4LA 2P8HA 2V12C 1DP5A 4OBKA 4KE1A 2UXZA 4J0PA 1FB7A 1BDRA 2PWRA 4LAPA 5P2RA 4Y4GA 4J54A 2RENA 3UPJA 3SA4A 2HB4A 5P2QA 5C9FA 5P1JA 1HVSA 4I1CA 1Q9PA 4Y3GA 5P5RA 2PSVA 3FV3A 4Y5AA 2QAKA 4NKKA 5P1NA 1HPSA 4I0EA 5P0RA 5P4HA 5P32A 3PSGA 3TPJA 3URJA 3VYFA 2BQVA 1K1TA 3VSXA 3S2OA 2HB3A 5P1TA 5OZ9A 3SO9A 2I4QA 2IS0A 3S85A 5P3SA 1IZEA 4RGHA 3DCKA 3PSUA 3UFLA 4DQHA 5UPJA 4DJQA 5P01A 5P4IA 3JW2A 1QBSA 5P5GA 1W50A 4APRE 3L5CA 4FM6A 4Y3PA 4YD5A 2JJIA 5AH9A 3LPKA 5HU1A 3GI6A 5HDVA 4B1EA 1HVHA 5P31A 5P0YA 2H6SA 1BV9A 5P3CA 5P2ZA 1SDTA 4BELA 2QMDA 3OADB 3UQUA 2G1RA 1B6PA 2Q15A 4DH6A 1RNEA 1QRPE 3UHLA 2QI4A 4J1HA 5P8LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5HCO A;  5P36 A;  4QLH A;  5P6R A;  4DQE A;  2G27 A;  4QJ8 A;  1BVE A;  3D1X A;  3RSX A;  5HCT A;  4DVF A;  5P86 A;  1ENT E;  5P4A A;  2I0A A;  3VV8 A;  3TKW A;  4EHC A;  1TW7 A;  5T4S A;  3GGV A;  5P1U A;  3ZPU A;  2G1S A;  1KJG A;  5P59 A;  3FNT A;  2Q11 A;  3PCW A;  4L1A A;  3OY4 A;  3L38 A;  4COE A;  1D4Y A;  3RTH A;  1DW6 C;  5P5M A;  1EBK C;  1RL8 A;  1W51 A;  3PLD A;  4R95 A;  5OYW A;  5OZ0 A;  5P15 A;  3SM2 A;  5SY3 A;  1UH8 A;  3SA8 A;  4Y5P A;  5P83 A;  1B6K A;  5P7M A;  5P2I A;  2NMZ A;  5P3Z A;  5P3D A;  4Y36 A;  5P4V A;  3GGX A;  3CIC A;  5JOD A;  3QIH A;  2IQG A;  5F01 A;  5P4Z A;  3BUH A;  2HS1 A;  1LYB B;  4ZSP A;  5P54 A;  3APP A;  5AHB A;  2ZJH A;  3IVI A;  3WB5 A;  1GVX A;  4FS4 A;  5OYT A;  2UPJ A;  4Y4E A;  4F75 A;  4ZPE A;  4I0G A;  3OUD B;  3OU1 B;  2AZC A;  1B11 A;  3CKT A;  5P73 A;  3OAG A;  2ER6 E;  5P4B A;  3U7S A;  1C6Y A;  1EPQ E;  2CEM A;  2WED A;  5P4R A;  5P6L A;  4Y4T A;  3EMY A;  3VYE A;  4Y3A A;  1EPO E;  2VNN A;  1AJV A;  5P5D A;  5OZ3 A;  5P4L A;  4Y3Y A;  3OHH A;  2QD7 A;  5P8E A;  3OXV A;  2WL0 A;  4Y53 A;  5KOQ A;  1EPP E;  2J9K A;  4Y4Z A;  1PSN A;  5P2X A;  5P6Z A;  2QNP A;  3KDB A;  1N49 A;  3D1Y A;  2IKU A;  5P87 A;  5P6K A;  2AOI A;  1IZI A;  2QNQ A;  3NU6 A;  3NWQ A;  2AZB A;  2JJJ A;  5P52 A;  4ZSM A;  5P1Y A;  4RVI A;  1RQ9 A;  3G70 A;  4OBF A;  5P04 A;  3VF5 A;  5P3L A;  1B5F B;  3SAA A;  4I0F A;  5P1I A;  3OQF A;  5B18 A;  3HDK A;  5OZF A;  3ER5 E;  3QPJ A;  2QD6 A;  1EC3 A;  5P18 A;  3UFN A;  5P3E A;  5ER2 E;  1LZQ A;  2ZHR A;  5OZB A;  2G69 A;  4Z4X A;  4DFG A;  1IBQ A;  3PB5 A;  5P2B A;  3IND A;  5OYU A;  4L7J A;  4R91 A;  5P6P A;  5P8V A;  1PPM E;  5AGZ A;  4ZSR A;  2OF0 A;  3K5C A;  4FM7 A;  4I8W A;  5OZY A;  5IS4 A;  5OZC A;  1QS8 A;  2QZK A;  1XS7 D;  5P20 A;  3QBF A;  1FQ5 A;  2J9J B;  3T11 A;  1DIF A;  4U8W A;  3UDN A;  1K6C A;  4DPI A;  5P0X A;  1MTB A;  3VV7 A;  3KDD A;  3O9E A;  1KZK A;  2APR A;  3T7X A;  4YCT A;  5P8S A;  5P82 A;  3UDK A;  4LL3 A;  2F8G A;  4Y5M A;  4FLG A;  2ZDZ A;  2QHC A;  2ZHT A;  2ZYE A;  2PH8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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