3PMYA

Endothiapepsin in complex with a fragment
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A small nonrule of 3 compatible fragment library provides high hit rate of endothiapepsin crystal structures with various fragment chemotypes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endothiapepsin
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
total genus 86
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2010-11-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pmyA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pmyA01
4EXHA 4GJDA 5P83A 5ENKA 4Z2ZA 5BRYA 3ZKNA 2VKMA 2FGUA 3O9IA 1HRNA 5P8IA 3UDYA 5P57A 4FM6A 2ER9E 5P53A 5P7AA 2PH6A 3IVHA 1HTRB 2QMDA 3VSXA 4QJ8A 4A6CA 5P7JA 3ER5E 1HVJA 3QP0A 4Y56A 5P10A 4CPTA 5P1DA 1CZIE 2FXDA 3HBOA 1BDQA 3FV3A 5OYUA 5P0NA 3EL4A 5P5EA 1EPNE 3OXXA 5P0MA 4Y5BA 3UQUA 3LZUA 5P3UA 1BBSA 5C9DA 3NXNA 3MSLA 5P7WA 5HTZA 2WF2A 1EC0A 2VIZA 5P46A 2IGXA 5P54A 3K5DA 3ZKQA 1HVRA 1KJ7A 3VG1A 1GNNA 1ER8E 4GB2A 2I1AA 3EKVA 4Y5KA 3VF7A 5P30A 2ER7E 4K4QA 2ZYEA 1U8GA 2O4LA 3H5BA 4GJ6A 2ASIA 1ODYA 1DIFA 3FNSA 2VS2A 4EQJA 5OZOA 1G6LA 3PCZA 4R8YA 2B60A 3O99A 3BVBA 3UFNA 2HPFA 1T7IA 5P4SA 2PK6A 4GMIA 5P1EA 3KMXA 4MC1A 3OQ7A 4OBDA 2V13A 1QBTA 3VV7A 1SDVA 5P0DA 4LBTA 3SAAA 1AXAA 3VLBA 2V12C 5P6KA 4YD5A 2P3AA 1F34A 3QIHA 2QD6A 1WBMA 2CEMA 1ZSRA 4PHVA 5P2NA 5E5JA 4JPCA 3TKGA 4U7VA 5P6QA 1LF4A 2I4XA 1IVPA 5P17A 3S7LA 3SKGA 4ACUA 5P0GA 4DFGA 4UPJA 4RLDA 4YOAA 5P1YA 4Q5MA 2BPWA 5P11A 2OHRA 1DPJA 5P1RA 5P1JA 5P3PA 5P2BA 1XS7D 4Y51A 3WZ6A 4JECA 5P0HA 2WF4A 5P1ZA 5P2AA 5EZXA 5P1BA 3TKWA 5DQ4A 2J9JB 4JP9A 3LIXA 4DJRA 5P6EA 3O9CA 1W51A 3QS1A 2G94A 4I0GA 1HTFA 3NUOA 4Q1XA 4RROA 3EC0A 4Y5AA 1TSQA 3PMUA 2F3FA 2R5QA 4GYEA 1MUIA 1IDAA 5F00A 1EBWA 3B80A 3BXRA 1TZSA 4RYGA 3L5EA 3L5DA 5P72A 3RSVA 1EBZA 3R4BA 2H6TA 1PPKE 2F80A 4FM8A 1EBYA 2NTRA 3OOTA 4ZPFA 4I0ZA 3T7PA 5ISKA 2QI7A 3QROA 4FSLA 5DQ5A 2I4WA 5DR7A 1W5YA 3B7VA 3OQFA 5P55A 2Q3KA 5P00A 2IRZA 3VSWA 3T3CA 1NSOA 2HS1A 3PWRA 3EM6A 5P63A 3KDDA 5P7MA 2ZHTA 5P7TA 2Q63A 3O9HA 2VNNA 1M4HA 3D3TA 4OC6B 5OZZA 3TPJA 4NPUA 1PFZA 5P0IA 4ZSMA 1VIJA 3PBDA 1E82E 3T7XA 4OBKA 2I4QA 1Z8CA 4RCEA 1ZLFA 5OZ4A 2AOCA 5P0CA 3PSUA 1ZPAA 2RENA 2BKSA 3EKWA 4K8SA 5P36A 1SIPA 2FXEA 3D1ZA 3OGPA 1XE6A 4GJ9A 5I70A 1FFIC 4I0HA 2ZGAA 1W5XA 4L7GA 3OAGA 3F9QA 5OZMA 4GJ5A 5P86A 1ZAPA 1BWBA 1T6GA 5P84A 1ME6A 2R38A 5P6XA 5P47A 3BUHA 4RVXA 2HIZA 3WSJA 1FLHA 3L38A 4OBZB 4QJAA 2PSUA 3GGUA 4BFDA 2AOFA 1NPVA 5P6FA 5P3RA 4YCYA 1OHRA 3OXWA 5P3VA 5APRE 5KR2A 2BPVA 3EL0A 4Q1WA 2AOEA 3O9GA 1QDMA 3VYDA 3EXOA 4Y3PA 1FKNA 5P5UA 3UFLA 3BUGA 5P50A 4ZE6A 5P74A 5OZSA 2WEDA 4AMTA 3NSHA 4AUCA 1MPPA 4LXKA 1FEJC 3Q3TA 4GJ7A 5P1PA 5P5WA 5P6VA 4HZTA 4DJQA 4B70A 3LIQA 5P3XA 5P4PA 4AZYA 2ZJJA 3FIVA 2AZCA 4X2LA 1EAGA 5P44A 5SY3A 3DM6A 3SA9A 5HDVA 5P33A 1BV7A 1HPVA 3NU5A 1OEWA 5P4IA 2Z54A 4J1CA 5P61A 5P7PA 2OHTA 3EKQA 1HTGA 3TPPA 5OZDA 4YHQA 1BXOA 5DQCA 4LHHA 2A4FA 1GKTA 1UPJA 3SA4A 5P7XA 3R1GB 3K1WA 4ER1E 2QZLA 1HSIA 3QI1A 2QHCA 2I4DA 4Y4BA 1MERA 2QP8A 3O9BA 4QGIA 3LPIA 4OBJA 5KOQA 4B05A 5P8CA 4CPUA 1HEFE 3GI4A 4J1HA 1MT9A 2VJ9A 4ER4E 1W5VA 5T4SA 4R5NA 2XYEA 4KUPA 2B7FA 5HDUA 5KAOA 3EM3A 3OADB 4PEPA 4HDFA 4TRZA 2WEAA 2I4VA 4Y3GA 2PSGA 3URIA 4E43A 3UQXA 3L59A 1HVIA 2JYSA 4FE6A 4A4QA 1FQ7A 3SABA 3SA3A 1LZQA 2PMAA 5IVSA 1ZJ7A 4YBIA 3EBZA 3S54A 5P6DA 3WZ8A 2HB3A 3NU9A 3GI0A 3VV6A 2FNSA 4FS4A 4LXAA 2I0DA 3SA6A 3N4LA 2Q55A 1TSUA 3PMYA 4CPQA 2Z4OA 3MWSA 1T3RA 5P7RA 4RGHA 3MXEA 1EPQE 4Y4TA 3K5CA 3SQFA 5P4XA 3QRSA 5P0EA 5AHCA 1ODWA 5P4EA 3KT2A 4Y3TA 5P6TA 4B1EA 4N00A 3PLLA 3DCKA 1MTBA 5OZFA 5P0OA 2APRA 3DV1A 5P7GA 5DPZA 3OY4A 5P2GA 5P3ZA 2NMYA 2BBBA 2G20A 5DR8A 3SACA 4B1DA 5P2KA 5P3IA 3G6ZA 3UDKA 2ZJIA 4Y58A 5P0QA 4HEGA 5P4OA 5P4CA 5P8JA 4NJSA 4I0JA 1BV9A 2B8LA 3EMYA 2WEZA 3KF0A 1META 1FFFC 2BKTA 2RSPA 4PZWA 2P3BA 4I10A 1HBVA 4YE3A 5P7HA 4DJWA 1C6ZA 1QRPE 1KJFA 4EPJA 5P3MA 5PEPA 3PEPA 2B7ZA 1B6LA 4J0ZA 4Y47A 5P1VA 4RZ1A 3MXDA 2O4NA 5P6GA 4YD3A 2QMPA 1NH0A 3LIYA 4DQEA 4X7IA 4Y4ZA 4ZLSA 1A30A 3HW1A 1HSGA 3R2FA 3HAUA 4FRKA 3IVIA 5OZLA 5P8MA 4R91A 5P6LA 1W50A 4YCTA 1PSNA 1AZ5A 3MSKA 4M8XA 5P8VA 3KM4A 3OU4A 5BWYA 1LF2A 5IS4A 5P2SA 2ZJKA 3M9FA 5P5NA 5P6IA 1E81E 4RVJA 5P42A 2QHYA 2XFKA 5I3VA 5DGWA 1HXWA 3RU1A 1B6KA 3SFCA 4COEA 5P8GA 5C9FA 4Y4DA 3QVIA 1HXBA 2I0AA 5P6OA 5P3QA 3OGQA 5CONA 1K2CA 3PBZA 5P0VA 5P3JA 1B6JA 2JJIA 2OHSA 5P31A 1APUE 1TCXA 5P1XA 4DI2A 2Q5KA 2VA5A 5OZNA 1HIIA 3DV5A 5OZIA 5P2CA 4QJ7A 1LYBB 1EPPE 2IKOA 5P2FA 1IVQA 2RKGA 3SO9A 5P3OA 2WHHA 5P3HA 4NJUA 4QLHA 1C70A 3N3IA 5OYTA 2FDDA 4ZPEA 4DJXA 1B6MA 2V11C 2XYFA 5P5YA 3EKTA 3K5GA 5P4BA 1M43A 3OQAA 4B1CA 5P20A 3QBFA 4Y48A 5OZCA 5KR8A 3ZL7A 1EBKC 2V0ZC 4NJVA 3QRMA 1WBKA 1HIVA 3LZYA 4ZIPA 2R8NA 1D4KA 5P7VA 5P5IA 3OTSA 3D1XA 4AA8A 1G35A 4APEA 4B78A 3TLHA 2B42A 4GJBA 5P8AA 2FGVA 3K4VC 1UH7A 2AZ8A 3LPKA 4I11A 5EZZA 4L6BA 1SP5A 2AOGA 5P1IA 1MIQA 3OAGB 5OZAA 5P4TA 5OYXA 4CPWA 2CEJA 3IA9A 1HVCA 5P6NA 3OUDA 2QI5A 4Q1YA 3TTPA 4J0PA 4OBGA 5P3KA 3HAWA 3D1YA 5TOLA 3G72A 4MC9A 3U71A 1IIQA 2PSVA 5P2MA 5P5QA 1HHPA 3UPJA 4WY1A 1K2BA 5OZUA 5DGUA 5P4DA 4AA9A 5P2QA 5P87A 5HDZA 2AVQA 5P2IA 4K4RA 2V10C 2AOHA 3MSJA 3KT5A 1YX9A 3PM4A 1AM5A 1TW7A 4Z22A 1PPLE 5P0AA 5P8PA 5P06A 5P80A 5P09A 3SKFA 4YBFA 3TPLA 2V16C 3QN8A 1HWRA 2IS0A 1AVFA 5P7CA 3S2OA 3LHGA 5P18A 2WL0A 3CICA 3VEUA 1HSHA 3D91A 3SA7A 1FG6C 4CKUA 3TNEA 1FQ5A 5P1WA 5P7DA 5P1CA 1ZPKA 2AVSA 4L7HA 5P2OA 5HU0A 3PSYA 4XKXA 5P7QA 2G26A 4LAPA 1BIMA 3UQRA 3IXKA 4DQFA 1A8KA 3HVPA 4BELA 4Y5EA 5P19A 6APRE 5P5ZA 4FRJA 1APWE 1SMRA 4JPEA 5P1AA 5P77A 2HM1A 1GVXA 5P6AA 5P58A 1SGUA 2Q54A 4NPTA 3D20A 5F01A 5P3SA 1AJVA 3EL9A 3PHVA 2G1NA 1D4IA 4YDFA 4DJYA 5P1GA 5P35A 4Y3YA 3INFA 1BVGA 5P0WA 5SY2A 5P59A 4EJLA 5JFPA 3IN4A 5P41A 4J1KA 4DPIA 1TCWA 6UPJA 1DAZC 5P49A 4L1AB 4I1CA 1LEEA 2IQGA 1APTE 1B5FA 3PI5A 1A9MA 1FMBA 3APPA 4B72A 5ISJA 1C6YA 5P4ZA 4HA5A 5P7YA 3TL9A 2VIJA 3AUPA 2BPYA 2VA7A 4I12A 4DUSA 2A1EA 2G24A 3NDXA 1BDRA 2NR6A 2ER0E 3INHA 5SXNA 3BRAA 5DR3A 3NU4A 5P1FA 2AVMA 2QI3A 2UXZA 4GJAA 1BDLA 5P3AA 4LL3A 3O9LA 4HDBA 2RMPA 5P4AA 1LYAA 1W6HA 3LZSA 2P4JA 2VJ6A 1SDUA 4J0YA 4ZPGA 1HIHA 3IXOA 2AOJA 3PWWA 4RRNA 4ACXA 5P8OA 4Z50A 5P23A 1Z1HA 5P4QA 3GI6A 1M0BA 1T7JA 3NXEA 2IDWA 5DR1A 2QMGA 5P38A 1F7AA 5P7KA 5OYZA 1GNMA 2QD7A 1AIDA 1YM4A 3ZPTA 2PWCA 5AH8A 1KJHA 2IGYA 3SM2A 5OZ8A 4XX3A 3KFPA 5OZVA 3FKTA 5IE1A 1GVVA 3T11A 5I3XA 5P26A 5P62A 4F73A 1AJXA 3VYEA 5P4JA 1ZP8A 5P8BA 5P3GA 3S85A 4FM7A 5COPA 4J5JA 5P28A 2JE4A 5C9BA 5P8KA 5P66A 3S43B 5P76A 2IL2A 3NLSA 1UH8A 3VF3A 4Y4WA 1XDHA 5P3YA 2PYNA 3H0BA 5OZJA 1ZTZA 1YG9A 3KMYA 5KQXA 4APRE 3ZKXA 4EHCA 5KR0A 5JFUA 5P34A 3CIBA 1EC3A 4WY6A 5P1KA 4J0VA 4Y3NA 2R5PA 1K1TA 5P32A 5P8NA 3OXCA 4ZSQA 1QBRA 2F8GA 4Y6MA 4OD9B 5P4UA 4RCDA 4Y4GA 4L7JA 3KA2A 1IZDA 3L5BA 5ER2E 4EQ0A 4DJOA 3S53A 5P6HA 4PZXA 4Z4XA 4J1IA 1LV1A 3I6OA 1SBGA 1MRWA 5P6WA 5P03A 1XN3A 1YTIA 2PK5A 3T6IA 5P4KA 4F74A 4Y3RA 5OZQA 1PROA 5P3BA 5UPJA 3LZVA 5P1TA 3IAWA 3SLZA 4ZEAA 5OZYA 2HAHA 1BAIA 4EJDA 5P04A 4ZSRA 4WTUA 2UPJA 5P6UA 1FMXA 1FB7A 5P5CA 4FLGA 1HVSA 4K4PA 1MVPA 1DW6C 1IDBA 2NNPA 2MIPA 5P1LA 3QVCA 4Y3DA 2QNNA 4FCOA 3L5FA 5OYSA 5P2EA 4A6BA 2IEOA 5P43A 1B11A 1K6VA 3C9XA 3ZKIA 4OBHA 2PYMA 5P69A 3UCBA 5P01A 2ZE1A 3I25A 4Y44A 4Y3XA 1FQXA 4MC6A 3EM4A 2AVOA 5KR1A 3L5CA 5P08A 5P29A 3FX5A 5P0XA 5P2LA 2R3TA 3ZPUA 2AOIA 3O9EA 2NXDA 3INDA 4DJUA 5P5TA 4D83A 4Y3QA 4Y37A 5P78A 5P8RA 5B18A 1NPWA 4GJCA 3S45A 2CENA 4B0QA 1GVWA 3O9FA 3NU6A 1SMEA 2ZHSA 5OZWA 1EPOE 3IGBA 1W5WA 4HDPA 5P3DA 5AH6A 3TOFA 2ZJNA 3GI5A 2BB9A 3OOZA 3SPKA 2XFJA 3OUDB 1EC1A 5P0TA 4EJ8A 5P6CA 4ZSPA 5P0BA 5DR4A 5P0PA 2VNMA 5P6JA 4GIDA 5P70A 2F81A 3T7QA 2JXRA 5P0FA 1EPME 5P25A 4Y35A 2UY0A 1PPME 4DQGA 5HCTA 5P4GA 4Y3AA 4OBZA 2WF0A 4NKKA 3GGXA 5P2XA 5OZKA 2BJUA 5P0RA 4CPXA 2OAHA 3UDPA 5P3FA 3NR6A 4RCFA 1J71A 5P5MA 2PQZA 4Y53A 3S56A 5P3LA 4HE9A 1MEUA 3HVGA 5P02A 4LXMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4EXH A;  4GJD A;  5P83 A;  5ENK A;  4Z2Z A;  5BRY A;  3ZKN A;  2VKM A;  2FGU A;  3O9I A;  1HRN A;  5P8I A;  3UDY A;  5P57 A;  4FM6 A;  2ER9 E;  5P53 A;  5P7A A;  2PH6 A;  3IVH A;  1HTR B;  2QMD A;  3VSX A;  4QJ8 A;  4A6C A;  5P7J A;  3ER5 E;  1HVJ A;  3QP0 A;  4Y56 A;  5P10 A;  4CPT A;  5P1D A;  1CZI E;  2FXD A;  3HBO A;  1BDQ A;  3FV3 A;  5OYU A;  5P0N A;  3EL4 A;  5P5E A;  1EPN E;  3OXX A;  5P0M A;  4Y5B A;  3UQU A;  3LZU A;  5P3U A;  1BBS A;  5C9D A;  3NXN A;  3MSL A;  5P7W A;  5HTZ A;  2WF2 A;  1EC0 A;  2VIZ A;  5P46 A;  2IGX A;  5P54 A;  3K5D A;  3ZKQ A;  1HVR A;  1KJ7 A;  3VG1 A;  1GNN A;  1ER8 E;  4GB2 A;  2I1A A;  3EKV A;  4Y5K A;  3VF7 A;  5P30 A;  2ER7 E;  4K4Q A;  2ZYE A;  1U8G A;  2O4L A;  3H5B A;  4GJ6 A;  2ASI A;  1ODY A;  1DIF A;  3FNS A;  2VS2 A;  4EQJ A;  5OZO A;  1G6L A;  3PCZ A;  4R8Y A;  2B60 A;  3O99 A;  3BVB A;  3UFN A;  2HPF A;  1T7I A;  5P4S A;  2PK6 A;  4GMI A;  5P1E A;  3KMX A;  4MC1 A;  3OQ7 A;  4OBD A;  2V13 A;  1QBT A;  3VV7 A;  1SDV A;  5P0D A;  4LBT A;  3SAA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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