3PSUA

Hiv-1 protease in complex with an isobutyl decorated oligoamine (symmetric binding mode)
Total Genus 20
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
20
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Multiple binding modes of a symmetric inhibitor in HIV-1 protease
rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1
molecule keywords Protease
total genus 20
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-12-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3psuA00
5P7BA 4EHCA 4CP7A 3NYGA 5P22A 5P06A 5P3RA 2PK5A 5P8LA 1BDQA 1LYAA 4L6BA 2ASIA 5P5HA 5P6HA 3S85A 5P12A 3ZPUA 4CPWA 5P26A 1HHPA 1OEXA 5P85A 3HVPA 2OF0A 2P3DA 2O4SA 5P3JA 3Q70A 5P3DA 2BJUA 4JPEA 5P5XA 5P48A 4Y43A 4DI2A 5P03A 1AJXA 4RVXA 2QMDA 2I4DA 3D1XA 5OYXA 5P4NA 4OBZB 3NSHA 5P2LA 3JW2A 2ZJLA 5P8HA 1FMBA 5P5QA 3GI6A 4NJVA 4Y3MA 1E80E 5P78A 3FKTA 4Y3LA 5P09A 2WF2A 5P6TA 3UDKA 3UDHA 1PSAA 5P55A 5OZWA 5P1AA 4PEPA 5P73A 4IVTA 2RKFA 5P6CA 1B6PA 3CKTA 4X2LA 5P16A 2WF4A 2G1RA 4LXAA 4Y3JA 2IDWA 4GB2A 5P2RA 3EXOA 4I12A 5P7OA 3T7PA 2RMPA 2ZDZA 1ZPKA 4R92A 3C9XA 2H6TA 5CLMA 3H5BA 4DQFA 1FG6C 2G26A 5P7TA 3RVIA 5OZYA 2CEMA 5P5RA 3UDRA 5OZHA 4R93A 5P0IA 4I0EA 4Y4ZA 1MVPA 2XYEA 3CKRA 5BS4A 3KT5A 5P45A 5P5DA 2P3BA 5OZ2A 5OZLA 5P1LA 5P7CA 4L1AA 4DUSA 5HU1A 3NUJA 1W5VA 5P58A 3WZ6A 1T6GA 5P6MA 3L5CA 4B05A 5P29A 5P8EA 4AA8A 3G72A 2AZBA 3URIA 5P3CA 5UPJA 5P2XA 1FQXA 2V11C 2IQGA 3OU1B 3CYXA 5P2GA 3S2OA 4L7JA 3CIBA 2OHPA 5AH8A 4GJBA 1APWE 5P6UA 5P7DA 5OZBA 3CYWA 2P3AA 3ZKIA 4RRNA 5HVPA 2QCIA 5P0XA 3H0BA 4LXKA 5P19A 5P7PA 1QRPE 5P89A 1C6XA 4EYRA 4J0PA 2XFJA 1EPQE 4RYCA 4GJCA 3PI5A 5P8SA 2PK6A 1FEJC 2V00A 4CPTA 4FM7A 6APRE 5OYRA 4J1KA 2EWYA 4WY6A 4B70A 3PWRA 2QZXA 4CPQA 1EPLE 4RLDA 5P7KA 3OADB 2IEOA 1PROA 4FE6A 1HVJA 4GJ5A 5DQ1A 5OZXA 4Y4XA 4LHHA 5P5YA 3TTPA 4GJ7A 5P7SA 3VF7A 1LF2A 4DH6A 5P1KA 1AXAA 5P65A 4YBIA 4AZYA 4RCFA 5HE7A 3K4VA 5P3AA 5OZEA 4Y5CA 2V16C 2R3WA 4Y57A 1EAGA 5P13A 5P3UA 4OD9A 5P3ZA 5HE4A 5OZ5A 2VS2A 2R5QA 2FDDA 1W5WA 3QROA 4ZSQA 1VIKA 5IS4A 4ZLSA 5P0UA 1DPJA 4NJTA 2I4UA 1AM5A 1YX9A 4CKUA 3VEUA 4J5JA 3VV6A 4QJ7A 5P76A 3ER3E 5P4BA 3FV3A 1D4JA 2XFKA 5P4JA 3L59A 5P5EA 3TKWA 2IENA 1HTFA 5P50A 2G1OA 1QDMA 2HS1A 4IVSA 1IDBA 4WTUA 4U7VA 4GJ6A 1B11A 3NWXA 2P83A 5IVSA 1EBZA 1HVKA 1FQ8A 3GGXA 3OHHA 5PEPA 2ZJHA 5P3GA 3APRE 4XXSA 5HDVA 3LIZA 5P4GA 1IVQA 1HWRA 3EKYA 5P81A 4L7HA 5P82A 1KJ7A 3FSMA 3LPJA 5I3WA 4YDFA 5P37A 2QU2A 5P4HA 4Y5BA 3PMUA 4GJ9A 4F76A 3LINA 5DQ4A 5DR3A 5P0EA 5P62A 1FG8C 3R0WA 1BV9A 3HVGA 5P0OA 5P17A 4A4QA 3OUDA 2B8VA 5P1ZA 2AVQA 5F00A 2PH6A 3NDUA 1ZSFA 3B80A 5OYWA 2OHMA 5P0ZA 3R1GB 5HCTA 1DIFA 2B42A 3PHVA 2G21A 5P83A 1A8KA 5P1FA 3VF3A 2J9JB 2QHZA 2O4KA 2P3BB 4D85A 2VA7A 5P33A 4Y37A 3M9FA 5SXNA 3QPJA 5COKA 5P23A 5HE5A 3UDNA 4UPJA 1EC0A 1FMUA 3OAGA 2QI5A 4QJ6A 2JJJA 4YCYA 3EKVA 3O9IA 3HBOA 3VYEA 5P14A 5P7AA 4F75A 4DJUA 2NXDA 4FLGA 3UFLA 1W5YA 3D3TA 3T7QA 4NJSA 5P5TA 3PBZA 1FF0C 3R4BA 1EBYA 4RVJA 2UXZA 3U7SA 1B6LA 5P7JA 3EM4A 3HDKA 1HVIA 5DR4A 4EP2A 1A30A 3G70A 5P1SA 4AUCA 4DPFA 2QI6A 2VIZA 4EJDA 3VFAA 3NXNA 2VA5A 3RTHA 2R5PA 3TL9A 5KQZA 3HW1A 4I0DA 3RU1A 1C6YA 4OBKA 5OZVA 3VV7A 1EC1A 4OBZA 4EJLA 9HVPA 3KDDA 4Y3XA 1B5FB 5IE1A 3SQFA 1F7AA 5P18A 4JP9A 5KAOA 3EC0A 5P6BA 1SIVA 1MSMA 5P4EA 2G24A 5P3EA 4LC7A 3ZKXA 3NU4A 5COOA 5P10A 3QRVA 3BXSA 2FNSA 1HVHA 3SA5A 3OHFA 3OOZA 1APVE 5P1GA 3QBFA 1XN2A 5I3VA 2VJ6A 2Q55A 2G1YA 1OHRA 1M43A 4F73A 1HVLA 1ZJ7A 4NPTA 5OZ4A 4BFDA 4U7QA 4ER4E 4EQ0A 2WL0A 2APRA 5AH6A 5P4SA 5P5PA 2R38A 5P88A 1FGCC 1MT8A 1HVCA 5P4LA 3O9GA 1PSNA 2BPWA 3U71A 5P27A 1KJ4A 5P51A 4PHVA 3QN8A 5SZ9A 1SDUA 1W50A 1TCWA 5P0WA 3QAAA 4I0FA 4B00A 4YD5A 1ODWA 3LZYA 3K1WA 2QHYA 3JVYA 1GVVA 5P61A 5HDUA 4QJ8A 5I70A 2AVMA 4Z2ZA 1MUIA 4Y53A 2OHNA 4KE1A 3OU1A 5P7HA 4FRJA 4FCOA 3QRMA 4S1GA 4RCDA 5P84A 4Y4AA 3QIHA 4DJQA 2AOFA 1ENTE 4ZIPA 5OYQA 5P0YA 1IZEA 1BXOA 2B8LA 4AMTA 4LXMA 3SA7A 4Z50A 1FQ4A 3PSGA 5OZ6A 5P8RA 2ZHTA 4TRWA 4Y4EA 5AH9A 1EPRE 3KT2A 2QD6A 4YCTA 3BUGA 3KFPA 2ZJIA 3I2LA 3INDA 5P8MA 5P66A 5OYSA 4FGXA 5OZMA 3DV5A 3EKXA 3TOFA 1PFZA 3VF5A 5P4YA 5P2MA 4EPJA 3OQKA 2AODA 3OADA 5P5JA 3GI5A 1AVFA 4B1DA 3INHA 4FL8A 4Y5EA 3PLLA 4FSLA 1RV7A 3JVWA 1BV7A 5P49A 4APEA 5P2BA 4Y3HA 3L3AA 2QZWA 1LYWB 3LPIA 5P0QA 5P0GA 4OC6B 1HPXA 2VNMA 2A1EA 5P3OA 5P3YA 1HXWA 5P0VA 4LAPA 1T6EX 4YD3A 5OZIA 1YTIA 3IN4A 5KQXA 5AGZA 5P0RA 3U6AA 5P11A 4ZSPA 2MIPA 5OZFA 5P34A 3RTNA 3EL5A 2AZCA 4HDBA 1QBRA 4Y5NA 1TSQA 1U8GA 5P5IA 1FQ6A 1QBUA 3VUCA 3O9LB 1ME6A 4I8ZA 2P4JA 2IGYA 1A94A 5P64A 5HTZA 3IN3A 2BBBA 3WZ8A 3OOTA 5P2WA 5P6WA 3CMSA 2IKUA 5P2SA 5OYUA 3F9QA 5JFUA 1DMPA 2QHCA 1D4LA 1DAZC 4HLAA 1RPIA 5P2VA 3FIVA 3TLHA 5P2QA 2O4NA 5P6NA 5P71A 4Y3GA 2QMFA 3SKFA 2VKMA 2PC0A 4Z22A 5OZ0A 3MSJA 3K5CA 2QI1A 5AHBA 2IL2A 3GI4A 1A9MA 3VYFA 3SA3A 1XL2A 5P8NA 3SAAA 2QMGA 5ER1E 5OZSA 4I0IA 3O9FA 5OZKA 5P7UA 3TKGA 1FFFC 4QJAA 1HXBA 4FS4A 5OZ3A 1KJFA 3UDJA 5P1VA 3LNKA 2PYNA 2IRZA 1LF4A 5P3QA 3KM4A 3I6OA 5P1RA 4K8SA 5P70A 5P20A 3ZMGA 2AOGA 5P8FA 5P30A 3UQRA 3NWQA 5P7YA 1GNOA 1YM4A 4KB9A 4NPUA 2J9JA 3EKWA 4YD6A 3Q3TA 4DVFA 5P2FA 4I0JA 4Q1YA 4HDPA 5P2OA 4TVGA 5P6YA 5C9DA 2QP8A 5P5SA 1HPOA 2JJIA 5P6AA 1HIIA 5P8CA 3QRSA 1HIHA 4Y4TA 1LZQA 5DGWA 2PQZA 3MSKA 4ACUA 5KQYA 4YDGA 4DJPA 4GYEA 3UQWA 3L5FA 5P7IA 3HD8A 2QU3A 2ZJNA 4Y4WA 3LITA 5P2YA 1XS7D 4FAEA 4B1CA 3WSJA 2NTRA 3Q4BA 3SPKA 4DQGA 1J71A 3SLZA 1LYBB 5P5VA 4DJXA 3K5DA 3KDCA 2ZE1A 4Y47A 3FNTA 5DR1A 5DR7A 2IGXA 3S56A 3ZPTA 4LP9A 3N3IA 1SP5A 4Y4GA 5P0DA 1ZTZA 5P4DA 4KE0A 2AZ9A 2G20A 5BWYA 3TPPA 1HPSA 5P1XA 1Z1HA 2I4QA 1MT7A 1E5OE 3INEA 3D1ZA 1KZKA 1B6KA 2OHRA 4Y5PA 3ZKNA 1B5FA 4Y5AA 5KQFA 1WBKA 3LZVA 1AIDA 3ECGA 2I0DA 3TOGA 5P41A 4FIVA 5P4VA 5HCOA 3URLA 3IXOA 2PWRA 5DQ5A 5P68A 4ZPEA 2AOEA 4H3GA 2I4VA 3SA8A 3PWMA 3TH9A 5P4MA 3MXEA 2G94A 4DJVA 5P36A 4H3FA 5P3KA 2Q54A 3QVIA 5I3YA 1OD1A 1SH9A 2FGUA 3N4LA 1BIMA 4HA5A 5HD0A 5P6ZA 2ER0E 4Y4DA 4R8YA 1LF3A 3PGIA 5P8BA 3EKQA 4Y5MA 5P6JA 5SY3A 3BUHA 2WJOA 5P3PA 5P4UA 3DUYA 3T7XA 4DQCA 4CPRA 3LHGA 2FIVA 3MSLA 1B6JA 3HAUA 1BDLA 3K5GA 1W6IA 2R9BA 5P3MA 3VSWA 5KOQA 5FIVA 3VSXA 4EXGA 3CKPA 5P0MA 5P38A 5P5WA 3IA9A 3PB5A 5BRYA 2P3CA 3OU3A 1TZSA 1EPOE 4D88A 5P3XA 1YG9A 2AOHA 3BGCA 2QI0A 2VIEA 5P4CA 1HVRA 5P46A 5OZ1A 5P6GA 4Y3SA 4K4RA 1FKNA 3AUPA 3OQ7A 5P0CA 5P35A 3MXDA 5P0AA 4GIDA 1EC2A 3QI1A 1ZPAA 5P0BA 1IDAA 3PVKA 1T7IA 5KR0A 2Q5KA 1XDHA 3SABA 4RYGA 4K9HA 2QD7A 3SACA 1YT9A 2HB2A 5AH7A 4Y6MA 4A6BA 3S8IA 1EBKC 3EL9A 3NU3A 4M8YA 4Y36A 1DP5A 4I0HA 5P0PA 1HTRB 2BPXA 4E43A 4FRSA 5P8TA 2R3TA 2AIDA 1G0VA 5IVRA 3EL0A 5ISKA 3ZPSA 1MT9A 1E82E 1HTGA 4J1EA 3BVAA 4Y51A 1HTEA 5P8UA 2Z54A 1CPIA 5P2DA 3SM1A 5P07A 2SAMA 3OU4B 3VLBA 1HSIA 1G35A 2WF0A 5OZNA 5P3WA 5P6SA 4Y3RA 1EPPE 1OEWA 3OQFA 5P7QA 3BUFA 5P1IA 2WEZA 2QAKA 4H3JA 1SDVA 3PSYA 2FNTA 4QLHA 3GI0A 3VG1A 4Y45A 3ZKMA 4WY1A 3PI0A 3I7EA 3S54A 1LYWA 2NXMA 3OXWA 4OC6A 3ST5A 4BEKA 5DR0A 7UPJA 4DJOA 3OK9A 1EPME 1W6HA 1HBVA 1MEUA 4FSEA 5P4TA 4QJ9A 3ZKSA 5SY2A 3SKGA 1SMRA 2HPEA 5P02A 2H6SA 4RVIA 4Y5KA 5P2NA 3UFNA 3Q5HA 2FS4A 2ZHVA 3QS1A 1HOSA 4I1CA 3HLOA 4FRIA 1FIVA 4J1HA 5P6LA 1T7KA 5P1QA 2I4WA 4PZXA 2OHKA 2I1AA 2OHSA 2QMPA 3O9LA 3KFSA 5P31A 2BPVA 2AOJA 3D1YA 3PEPA 4R91A 2VA6A 1HVSA 3S7LA 5P0SA 2FDEA 1Z1RA 5OZCA 2OHTA 2NR6A 2O4LA 3D20A 4RRSA 2OHLA 5P5MA 3INFA 5P3TA 1K1TA 2ZYEA 5ER2E 4CPXA 4A6CA 4OBJA 1NSOA 3VYDA 2F3FA 4XKXA 1ER8E 3O9BA 2I0AA 3DM6A 5P6RA 2HAHA 5P32A 1TW7A 3PSUA 3AIDA 2F3KA 3L5BA 4U8WA 5P54A 3OY4A 3OUCA 1MESA 4H3IA 4XX4A 4Y54A 1QS8A 5IVTA 5P8OA 4J0VA 4Q5MA 5P2CA 4J0ZA 3NDWA 4RROA 5P2UA 5OZUA 1PPKE 4DPIA 4QGIA 4I0GA 4JPCA 5OZQA 3RSXA 3QP0A 1W5XA 5DQCA 4J17A 4Y38A 1MRWA 4Y4BA 5P8IA 5OZRA 3NDTA 1CMSA 3KFNA 3KYRA 1GKTA 3L5EA 3UQUA 3QBHA 3O9DA 5E5KA 4YOBA 3LIYA 1D4SA 3O9AA 3KMXA 3K5FA 2NMZA 3PM4A 4ACXA 5B18A 5P1DA 4JOOA 4F74A 5C9BA 5P1MA 2FMBA 2WEAA 3GGUA 3R0YA 5P08A 5P24A 2HB4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7B A;  4EHC A;  4CP7 A;  3NYG A;  5P22 A;  5P06 A;  5P3R A;  2PK5 A;  5P8L A;  1BDQ A;  1LYA A;  4L6B A;  2ASI A;  5P5H A;  5P6H A;  3S85 A;  5P12 A;  3ZPU A;  4CPW A;  5P26 A;  1HHP A;  1OEX A;  5P85 A;  3HVP A;  2OF0 A;  2P3D A;  2O4S A;  5P3J A;  3Q70 A;  5P3D A;  2BJU A;  4JPE A;  5P5X A;  5P48 A;  4Y43 A;  4DI2 A;  5P03 A;  1AJX A;  4RVX A;  2QMD A;  2I4D A;  3D1X A;  5OYX A;  5P4N A;  4OBZ B;  3NSH A;  5P2L A;  3JW2 A;  2ZJL A;  5P8H A;  1FMB A;  5P5Q A;  3GI6 A;  4NJV A;  4Y3M A;  1E80 E;  5P78 A;  3FKT A;  4Y3L A;  5P09 A;  2WF2 A;  5P6T A;  3UDK A;  3UDH A;  1PSA A;  5P55 A;  5OZW A;  5P1A A;  4PEP A;  5P73 A;  4IVT A;  2RKF A;  5P6C A;  1B6P A;  3CKT A;  4X2L A;  5P16 A;  2WF4 A;  2G1R A;  4LXA A;  4Y3J A;  2IDW A;  4GB2 A;  5P2R A;  3EXO A;  4I12 A;  5P7O A;  3T7P A;  2RMP A;  2ZDZ A;  1ZPK A;  4R92 A;  3C9X A;  2H6T A;  5CLM A;  3H5B A;  4DQF A;  1FG6 C;  2G26 A;  5P7T A;  3RVI A;  5OZY A;  2CEM A;  5P5R A;  3UDR A;  5OZH A;  4R93 A;  5P0I A;  4I0E A;  4Y4Z A;  1MVP A;  2XYE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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