3PWMA

Hiv-1 protease mutant l76v with darunavir
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVVVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The L76V Drug Resistance Mutation Decreases the Dimer Stability and Rate of Autoprocessing of HIV-1 Protease by Reducing Internal Hydrophobic Contacts.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-12-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pwmA00
3EKPA 1HVSA 3ZL7A 5SY3A 1M0BA 2OHRA 4NJSA 2NXLA 4L7HA 5OZ1A 5ENMA 3UTLA 1NSOA 4NJTA 3PHVA 5P19A 4Y3QA 4Y4EA 4Z50A 2RKFA 4Y3MA 4HDPA 1HRNA 3O9CA 4K4RA 2QK5A 2HPEA 1SDVA 2V10C 4Y3NA 5P25A 3ZKSA 3NUJA 4F73A 5HDVA 2IDWA 2AZBA 2F3FA 1QBTA 5P13A 4I0JA 1SDUA 1ME6A 4N00A 2R9BA 3PBDA 2BJUA 1AM5A 3DM6A 4I11A 3RTNA 4CP7A 2Q11A 2PH6A 4BFDA 4DH6A 2VNNA 3PI0A 1ZPAA 5BRYA 2AOJA 5OZEA 3OUDA 5P02A 5P6MA 5P39A 5DR1A 1T7IA 2O4LA 3URJA 4EJDA 3S54A 1HVIA 3QVIA 3FNTA 2QI1A 3TTPA 5P3AA 4GJ5A 3LNKA 3EKVA 5EZXA 4Y53A 2HB3A 2QP8A 5DR3A 4I8ZA 3PRSA 5KQYA 5P2KA 6UPJA 5P2NA 5P36A 2WEAA 1DW6C 4Y5LA 3ZKGA 1HHPA 1W6HA 5OZIA 5P7TA 3ZOVA 3WSJA 3ZPTA 1TW7A 3TOHA 3GI5A 1LV1A 1HTEA 3R2FA 5COOA 5P7MA 5P8EA 3BRAA 3LZSA 1VIJA 3I25A 5P6XA 2QZWA 3NU6A 5P6CA 3PSUA 3BUGA 3MSLA 3PWMA 2I4XA 4J0YA 4MC1A 1IVPA 5HU0A 4ZSMA 4ER2E 5P86A 3RSXA 4RRSA 2WF4A 5DQCA 5P6BA 3DCKA 5P58A 3OHFA 2OHMA 1MTRA 2QMDA 4LXMA 1EBZA 3NDWA 4NJVA 1YG9A 4J1HA 5P3WA 3EL1A 5P3JA 1PROA 1ZPKA 1RL8A 1K1TA 3S43A 3HW1A 3JVWA 3ZKXA 1HXWA 5SZ9A 5P5OA 1FFIC 1HPXA 5P2IA 3VF5A 5AHAA 3BHEA 2P83A 4I10A 1XE6A 5AH7A 4LXKA 5P5MA 1EC0A 1ENTE 3PWWA 3KN0A 5UPJA 3NXNA 4Y3TA 4EXHA 1AXAA 1MRWA 4J17A 2AVQA 1IZDA 4EQJA 5P7QA 3PSYA 4Y5NA 1MUIA 5P12A 2OAHA 2R38A 2PYMA 2CENA 3RTMA 1PPKE 1QBUA 3GI0A 5P3XA 4Y5EA 3SKFA 3LIVA 1G35A 2VJ7A 4EHCA 5P4MA 2P3BB 3LIXA 5P0YA 3D1XA 5P55A 1JLDA 4DQGA 5P6IA 5P6ZA 1QBRA 1KZKA 2FNTA 4I8WA 3HVPA 5P5JA 3HAWA 1TCWA 1QBSA 3OU4A 2G1SA 5P1JA 4TVGA 2B42A 1A8GA 3EMYA 2ANLA 2QZKA 3ST5A 2IGYA 4B05A 5P1ZA 4QLHA 3SO9A 3VV8A 3PEPA 2WKZA 4ZEAA 3G6ZA 1MRXA 3D1YA 3O9LA 2PK5A 3ZPSA 2AOCA 3OADA 1EPLE 4YD4A 2QHZA 3S7LA 3ECGA 3QPJA 3NYGA 2QZLA 5P2GA 2BPZA 1D4YA 2BPVA 4GJCA 2V0ZC 5P8VA 3OQFA 2O40A 2H6TA 2JE4A 3KYRA 4Y44A 3EKQA 4Y3WA 2I4WA 4Y50A 5P2TA 1B6MA 2VJ9A 1LEEA 1B6JA 3BXRA 2ER6E 1MT7A 5P28A 3SQFA 3K1WA 3QBHA 5KQXA 1YTIA 5OZFA 2PMAA 5P61A 3VLBA 4R93A 4NKKA 3LHGA 2PQZA 5P47A 5P6VA 1GVWA 3EL9A 3NXEA 5P77A 5OYYA 1HTGA 2VIYA 4Y4UA 1G2KA 4I0EA 1TSUA 1SMRA 1HPSA 1QDMA 4GZFA 2JJJA 5KR1A 3ZMGA 5P8PA 3H5BA 4AMTA 4J55A 4DQHA 2BBBA 5P6UA 2G20A 3SACA 3VV6A 1GVXA 3NLSA 2ZHUA 5P7GA 3L5BA 3UDPA 1Z1RA 3D20A 3NUOA 4Z4XA 4Y4ZA 3OWNA 2OHNA 5P83A 5P6YA 3RVIA 2ZJLA 3OOTA 3PMYA 4TRZA 1SGZA 4M8YA 5SXNA 4GJ9A 2PWRA 4Z2ZA 2NMZA 3UDHA 3LITA 3KFSA 5P26A 2VIZA 1C70A 3OTYA 4R92A 5JFUA 4ER1E 5P0JA 1ZBGA 5P75A 3DJKA 4Y3JA 5P2QA 2ER9E 1T6GA 3T3CA 5P16A 5P3TA 3DUYA 5P0ZA 1FQ8A 1FB7A 4Y38A 3OK9A 4OBHA 2HM1A 1FQXA 1B6PA 1HTRB 5HU1A 3I8WA 1YT9A 1DPJA 5P1PA 5P2WA 2O4SA 1FFFC 3VYDA 3MXEA 3PLDA 2WJOA 5P3QA 3LIZA 5P2UA 5P6OA 5P27A 5P0SA 3PM4A 3JVYA 4DJXA 2QD7A 5P1DA 5P1UA 3QRSA 3S2OA 2FMBA 3L3AA 5KQFA 4D8CA 4QJ9A 3FNUA 5P4ZA 5P3YA 1MPPA 1W5YA 2Q15A 3MSKA 1HOSA 5P76A 2WEZA 4B1EA 3EC0A 4DFGA 1OD1A 4Y43A 4F74A 2P3AA 4OBJA 2QMPA 4Y3YA 3KFPA 4CPUA 2BPWA 2HC0A 3UDKA 1K2CA 2J9JA 4PZXA 2P8HA 1F34A 2I4UA 3NU9A 5P3FA 4FM6A 4YDFA 4LP9A 3L5FA 3OUAA 1FQ4A 3EL5A 3UQXA 2Q3KA 3EKYA 2F80A 3RTHA 5P35A 5OYZA 4J1CA 4AUCA 3S43B 5OZXA 3TNEA 4Y3ZA 4DUSA 2FIVA 4Y5CA 2G21A 5P7KA 5P0LA 2G22A 5P44A 3SA7A 5P2YA 4EQ0A 5OZQA 1D4LA 3TL9A 4GJDA 1EAGA 4Q1YA 2BB9A 3JW2A 5DGWA 3BGBA 2NMYA 3L5EA 3I6OA 4IVTA 3IVIA 2AOFA 2B7FA 4UPJA 2PSVA 1ZSFA 5P1CA 1B11A 4ZSQA 2QNPA 4Y51A 3T7QA 5P48A 2ZJJA 4YBFA 1M43A 1LYWB 2VKMA 3DCRA 3R0WA 5P8AA 2Z4OA 4HLAA 6FIVA 4JPCA 5P4BA 1LF3A 3RSVA 3OU4B 5P8GA 2FGVA 4JOOA 4H1EA 4QJ8A 2R5QA 5P65A 1FGCC 4H3IA 3UDJA 1IZIA 3K4VA 2QHCA 5P32A 3S85A 1B5FA 3IVHA 5OZYA 2PSGA 2NNPA 4KE0A 5P7NA 3T11A 4DJQA 1A94A 3TOFA 3VF3A 4PZWA 1EC2A 3O9LB 3PMUA 3HZCA 1TSQA 3OADB 1AVFA 1PPLE 5P4GA 1MSNA 2VA5A 5CLMA 4FAEA 2UXZA 5KR0A 1NPWA 5P22A 4D85A 2FXEA 3NU5A 4OBKA 2ER7E 5P3PA 2NPHA 3PCZA 3UF3A 1E82E 2R5PA 1BV7A 4B70A 3NWXA 1HVKA 5P6KA 4GJBA 3CMSA 4Y3HA 4PHVA 3OGPA 5HCOA 5P68A 3KMYA 5P0PA 5P8KA 2AZ8A 1RV7A 1BAIA 2FDEA 5P4YA 5P4OA 1C6ZA 3HVGA 3A2OA 2JYSA 5P8SA 5JG1A 1MESA 1D4HA 3T7PA 2V12C 2VNMA 3EM6A 1ZSRA 2FGUA 5IS4A 4Y5GA 3NWQA 5DPZA 5P2JA 5P2FA 3KMXA 3I7EA 3Q5HA 5IVTA 5TOLA 1GVTA 1XS7D 3WB5A 5OZTA 1AJXA 2BPXA 3WZ8A 2QMGA 5AHBA 5P3RA 4NPTA 1DIFA 2A1EA 5P5IA 5P2AA 4ER4E 5I3WA 1WBMA 5P4DA 1D4KA 1LYBA 5E5JA 5P3KA 4Y4AA 3L5CA 3VF7A 3CIBA 5P1KA 5OZBA 5KOQA 3L5DA 5P1OA 3SA9A 1CZIE 5OZ5A 1HIVA 4LAPA 3KDDA 4F75A 5OYQA 3GGVA 5P17A 3DOXA 2QD8A 1DP5A 5P7LA 4FS4A 5P0NA 3QRVA 3LZYA 2VS2A 4YD5A 2G1NA 3QBFA 5P3IA 1A8KA 4DQBA 3ER3E 4BEKA 1DMPA 4WTUA 2RKGA 4YHQA 5P5VA 3CKTA 2AVMA 2P3CA 4Y3SA 2IKOA 5P30A 3TPJA 2IQGA 1KJ4A 3U7SA 2QCIA 1FMXA 3ZKQA 2ZJMA 5P5QA 4FGXA 2QAKA 5I3YA 4FIVA 2J9JB 3UHLA 4PPHA 2ZYEA 5P0TA 4Y37A 5AH6A 5P6AA 4DPFA 5I70A 4GJ7A 2V16C 1T3RA 5OZDA 5P5FA 1TCXA 1SH9A 5P0VA 5OYTA 5AH8A 3OXVA 5P1IA 5P89A 4S1GA 1FKNA 3G70A 1D4JA 5DR8A 1T7JA 4DQCA 5P1RA 1E81E 4X7IA 2QNNA 5P6PA 5P1MA 1E5OE 3VYFA 1C6XA 3C9XA 1CMSA 1PSOE 5P46A 4EP2A 2VJ6A 4APEA 5P7DA 4M8XA 5P03A 3UQUA 1BXQA 2F81A 3QRMA 5P18A 3UPJA 4Y3FA 1HSHA 3VFAA 2QI5A 3DK1A 5P4XA 4EYRA 1HPVA 4LL3A 3VFBA 5P84A 5I3VA 5P5KA 4J5JA 1MSMA 5P1WA 2AZ9A 4RRNA 1RQ9A 5P1EA 2SAMA 3O9DA 3TPLA 4J1FA 3PB5A 4FSLA 4DI2A 5KAOA 5P5BA 4TVHA 5OZNA 3SM1A 3T6IA 1T7KA 1K6VA 3R4BA 5P3VA 5P3CA 1B5FB 1BDRA 3INFA 5HDXA 3URIA 1MERA 4F76A 5OZOA 5P5NA 1KJGA 3OQAA 1D4SA 1HEFE 1LYWA 3PLLA 3IXJA 4Y3XA 5OYWA 4YD7A 4PEPA 9HVPA 5P7UA 1AIDA 4GMIA 2WF3A 3NDXA 5P8OA 5P5SA 5JODA 1ZAPA 3INDA 4XXSA 2ZDZA 3OXXA 4RCFA 1QS8A 3S53A 3WZ7A 4I0ZA 5OZ3A 4YD3A 1G6LA 5P87A 5P72A 3SPKA 3CYWA 4H3GA 4J1EA 5B18A 3PJ6A 5P5PA 5P7HA 5P74A 6APRE 3CYXA 5DQ5A 5P50A 2J9KA 3H0BA 4X2LA 3UQRA 5P1SA 5HCTA 4KE1A 5P0WA 3EKWA 4I1CA 2ZHRA 4GB2A 5OZWA 4DPIA 4GJ8A 2AOEA 5P64A 5P7EA 2IENA 4TRWA 5I3XA 1VIKA 3O9IA 4RZ1A 4HDBA 5P8FA 2WEBA 1U8GA 1XDHA 1SIVA 3KFRA 3SLZA 4Q5MA 5P2XA 3UDYA 1NPVA 4DJVA 4MC2A 3OU3A 3MSJA 3IA9A 4Y5AA 3HDKA 3BC4A 5HTZA 3PWRA 5P38A 3VYEA 4YD6A 5P54A 1FMBA 3VSWA 1SMEA 2OHTA 4HEGA 1GVVA 2G27A 5P62A 5P3SA 2Q55A 5AH9A 5P6GA 4AZYA 3VCMA 1T6EX 3LPKA 3NDUA 5P2RA 4B78A 5P8UA 4EJ8A 4Y41A 1LYBB 1NH0A 3CKPA 4OBDA 3AIDA 5P10A 2FLEA 3UQPA 3K5GA 1HBVA 4RYGA 3EXOA 4J54A 1SGUA 1DAZC 5P05A 5P5EA 4XX3A 1EPQE 3BUFA 5P0IA 5P51A 2Z54A 3O99A 1GNMA 5P88A 1J71A 1FQ7A 4LHHA 2MIPA 5OZMA 1D4IA 1BVEA 5P7ZA 2ZHVA 4XKXA 5P31A 2V13A 3TOGA 4Y4DA 4L6BA 1LF2A 5P4VA 1SBGA 4Y4BA 5P2ZA 2WEDA 4HDFA 3FV3A 4FM8A 1ZP8A 1KJHA 5P6HA 2B60A 3PBZA 5P0BA 5P45A 2FDPA 1ODXA 2HAHA 2NXDA 1EEDP 2BPYA 4Y9WA 5CONA 1EBYA 2OF0A 5P5UA 5DQ1A 5P3ZA 4U7QA 1YTGA 3EKTA 5P00A 3I2LA 3FKTA 1SDTA 3NSHA 1XE5A 5P2HA 2XYEA 1A30A 1K6PA 2RMPA 3QP0A 5P1BA 3UDNA 5DR7A 2ER0E 2EWYA 2H6SA 1CPIA 5P2LA 3UDQA 1HPOA 5PEPA 5P1XA 5BS4A 3EBZA 1EPOE 1RNEA 3SA4A 3SA3A 2Q5KA 5OZVA 3K5CA 3K4VC 1AAQA 2B7ZA 3PVKA 2WF0A 3HLOA 2QZXA 4EP3A 2ASIA 4CPWA 5P0MA 3EKXA 5P6DA 4EJLA 3OTSA 3QAAA 2HS1A 4HA5A 5P4JA 3Q4BA 4PYVA 3QROA 4YA8A 3O9HA 5P2OA 2XYFA 4OC6A 1WKRA 4Y3AA 2I0AA 3VLAA 2PYNA 3D91A 4FRJA 2BKSA 2R3WA 5P3LA 5P8TA 4OD9B 5P2BA 5P0UA 2I0DA 3M9FA 5P7JA 2AODA 3GW5A 2I4VA 5P7AA 4A4QA 2QI6A 3K5DA 5OZAA 5P7IA 1XL2A 3KDBA 1F7AA 3LPIA 3VG1A 5C9FA 2WHHA 1UH8A 5P1GA 5OZJA 5OZ6A 3UQWA 5P09A 5P40A 5OZPA 1EBWA 5HD0A 1A9MA 3FX5A 2PH8A 2QI4A 3MWSA 3LPJA 1B6LA 1MT9A 4KB9A 3ZLQA 5KQZA 4RYCA 1IDAA 4B1CA 2Q63A 5P4EA 5P0AA 4GJAA 4RVIA 4CPTA 1META 2IEOA 1BXOA 4U7VA 3KA2A 4I12A 5P5WA 5P24A 5P6WA 2HB2A 5P7XA 5F01A 2ZE1A 2G1OA 3O9GA 1TQFA 4J0ZA 2ZJHA 5P4TA 4GIDA 5KR8A 1KJ7A 5P8JA 4Q1NA 5P1QA 5P4FA 1PFZA 5P7CA 1MTBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EKP A;  1HVS A;  3ZL7 A;  5SY3 A;  1M0B A;  2OHR A;  4NJS A;  2NXL A;  4L7H A;  5OZ1 A;  5ENM A;  3UTL A;  1NSO A;  4NJT A;  3PHV A;  5P19 A;  4Y3Q A;  4Y4E A;  4Z50 A;  2RKF A;  4Y3M A;  4HDP A;  1HRN A;  3O9C A;  4K4R A;  2QK5 A;  2HPE A;  1SDV A;  2V10 C;  4Y3N A;  5P25 A;  3ZKS A;  3NUJ A;  4F73 A;  5HDV A;  2IDW A;  2AZB A;  2F3F A;  1QBT A;  5P13 A;  4I0J A;  1SDU A;  1ME6 A;  4N00 A;  2R9B A;  3PBD A;  2BJU A;  1AM5 A;  3DM6 A;  4I11 A;  3RTN A;  4CP7 A;  2Q11 A;  2PH6 A;  4BFD A;  4DH6 A;  2VNN A;  3PI0 A;  1ZPA A;  5BRY A;  2AOJ A;  5OZE A;  3OUD A;  5P02 A;  5P6M A;  5P39 A;  5DR1 A;  1T7I A;  2O4L A;  3URJ A;  4EJD A;  3S54 A;  1HVI A;  3QVI A;  3FNT A;  2QI1 A;  3TTP A;  5P3A A;  4GJ5 A;  3LNK A;  3EKV A;  5EZX A;  4Y53 A;  2HB3 A;  2QP8 A;  5DR3 A;  4I8Z A;  3PRS A;  5KQY A;  5P2K A;  6UPJ A;  5P2N A;  5P36 A;  2WEA A;  1DW6 C;  4Y5L A;  3ZKG A;  1HHP A;  1W6H A;  5OZI A;  5P7T A;  3ZOV A;  3WSJ A;  3ZPT A;  1TW7 A;  3TOH A;  3GI5 A;  1LV1 A;  1HTE A;  3R2F A;  5COO A;  5P7M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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