3Q6YA

Endothiapepsin in complex with a pyrrolidine based inhibitor
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
330
structure length
305
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Endothiapepsin in complex with a pyrrolidine based inhibitor
rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Endothiapepsin
total genus 77
structure length 305
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2011-01-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3q6yA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3q6yA01
3S8IA 4FRSA 3IGBA 4NPTA 5P1OA 4Y5BA 3S85A 1HTGA 5P00A 3S53A 2QU3A 3PWRA 1FQ8A 5PEPA 3UDNA 4XXSA 3KN0A 2R5QA 4Y3PA 4Y4AA 4K4RA 5P6TA 3OU4B 5P2WA 3VFAA 2V11C 5P45A 5IVSA 2WF0A 4KE0A 3BC4A 5P5NA 1SIPA 3HAWA 4QJ8A 1FF0C 5P85A 1IBQA 1QRPE 3DCKA 4LHHA 5P67A 1B5FB 1AJVA 2IGYA 3WZ8A 1C70A 4JOOA 3KA2A 5P3SA 3VF3A 1HSGA 2BQVA 2A4FA 4EJDA 1EBWA 3ZKXA 1SGZA 5P1WA 3I2LA 3HVGA 3ZPSA 3NUJA 2G1YA 4OC6A 5P44A 3ER5E 1W51A 3T7QA 3NYGA 1TCXA 1EBKC 1D4SA 4FS4A 1MT7A 1BXQA 2QI1A 1HSHA 3INFA 4PPHA 5P15A 3OHHA 4Y5MA 1D4LA 1B6PA 5AH7A 2I4VA 4Y3SA 5HE4A 4Z4XA 4FSLA 4Q5MA 2BPWA 4ACUA 3K1WA 5C9FA 4RRSA 5OZ1A 3URJA 3LIYA 3QS1A 4OBFA 5P8KA 1IZIA 3OHFA 5P1ZA 3CIDA 5P56A 2PH6A 4YE3A 2XFIA 1IVQA 3O9CA 4Y36A 5P5OA 3PVKA 3HBOA 1YG9A 5P0DA 4Y38A 2Q5KA 5P4JA 2CEMA 2PH8A 4HEGA 4YBFA 4MC2A 4NJVA 5P4RA 4FM6A 2VJ7A 3NWQA 3OTYA 3IN3A 3ZKNA 3MXEA 1FMXA 3SACA 4HE9A 2PSVA 3EL4A 3FSMA 3ECGA 5OYTA 3DV1A 5P3RA 5P7IA 2FXDA 1ZLFA 2B7FA 2V16C 4NJUA 2ZJLA 3ZKMA 5P52A 3SA5A 5P8GA 2VS2A 3TH9A 3PGIA 2B8VA 1BWAA 1FQXA 4B77A 5P3UA 5P02A 1TQFA 2NNKA 4TVHA 3OADB 2ZJMA 3GI4A 4Y5LA 4J1HA 4R93A 5HDXA 2G1OA 4H3GA 1W6IA 3N4LA 3FNUA 3N3IA 5P4NA 3EKPA 2VIEA 3DCRA 3T7PA 3H0BA 5P8DA 5OZPA 2O40A 4LL3A 5P4QA 1LYWA 5P2TA 5EZXA 3S54A 5P3NA 2QZXA 5P76A 3RSXA 5P8JA 3LPJA 2ANLA 5P09A 3D1YA 5OZYA 5P7PA 4GJDA 1MIQA 5ENKA 3OU4A 4GB2A 4B78A 2OHNA 5P5AA 4AA9A 2FIVA 4BELA 4DJOA 5OYXA 4FIVA 4GYEA 5P2HA 5P51A 5P2ZA 2IDWA 1DIFA 1AAQA 4B72A 4AA8A 2PSGA 5B18A 4F73A 2R5PA 1FG6C 3LHGA 3L38A 1UPJA 1KJHA 5P1KA 1WKRA 1LF4A 1M0BA 4H3IA 3FV3A 2ZJIA 3HVPA 5OZFA 5OZ4A 5P3PA 4GJ6A 3OU1B 1MEUA 5P24A 5OZJA 3OUBA 2QD8A 5P6MA 2ZYEA 2V0ZC 1XL5A 1GVXA 5P0YA 4ER4E 4RZ1A 5P4BA 5P8NA 4OBZA 1Z8CA 3QVCA 1GNMA 3EM6A 1HTFA 2JYSA 4EP3A 1KJFA 1FMBA 3G72A 4DQGA 5P26A 3L58A 4A6CA 4KUPA 4A6BA 1MSNA 2F81A 2G27A 2Q15A 3OOTA 5P5LA 2ZJNA 4MC6A 2R8NA 4Y4XA 3ST5A 5P05A 5DR0A 5P6BA 4Y5CA 3K4VC 5P07A 4R8YA 5OZBA 3RVIA 4GJ9A 2QMDA 5OYVA 2O4LA 3GI6A 5P0IA 4RROA 1FFFC 5P0VA 5P7DA 5P1FA 5F00A 2QU2A 2AZBA 4OD9B 5P6AA 4OBJA 5P5MA 2BPXA 3VLBA 4I1CA 4J1KA 5HE7A 1FFIC 5P8PA 1XDHA 3EKQA 5I3VA 1K1TA 1UH8A 4DI2A 3Q6YA 1B6MA 2NPHA 4J1IA 1ODWA 3VF5A 1YM2A 2HPEA 3FX5A 5DQ5A 5OZEA 3NUOA 3SO9A 1PSOE 1HRNA 4EHCA 3SA8A 3TTPA 5P8CA 5KQZA 3OK9A 5P4EA 2VA5A 4Y3GA 1YM4A 3L3AA 3PLDA 5P4VA 4Y54A 5P2JA 4IVTA 5P0ZA 4Y3NA 3SM1A 3QRMA 1HVKA 4YDGA 5P7HA 4APEA 1AIDA 4Y3MA 5P1BA 5P78A 1META 3OGQA 5DR4A 1BBSA 2P3DA 3D1ZA 2Q11A 2OAHA 5P5ZA 4B70A 2ER6E 5OZMA 5KOQA 5P0KA 1D4HA 2J9JB 4Y43A 2QD7A 2WF2A 1HTEA 1EPNE 2R43A 5JFUA 1HBVA 4L1AA 3HDKA 2HB4A 1LYAB 2QI0A 4ZIPA 2ZGAA 5P2BA 4EJLA 3SA3A 4TRYA 4WTUA 4U7QA 3SLZA 1B6KA 1TSQA 3VV6A 2VKMA 5HU0A 2QNNA 2QI4A 4RCFA 5P2DA 1SMEA 3OQDA 4I12A 3TOGA 4UPJA 2QZWA 3BRAA 3VUCA 3QP0A 1RQ9A 5P01A 3PSGA 3A2OA 5P25A 1SDUA 3EBZA 5P1JA 3OU1A 3GI5A 1MESA 2UXZA 2H6TA 3KM4A 5P28A 2APRA 5P6PA 3TPPA 1FKNA 5P7KA 2V10C 5P7UA 5P89A 5P3XA 4X2LA 1HOSA 5DPZA 5P5RA 3INDA 4I11A 3BVBA 4LAPA 4QJ7A 1HEGE 5P0PA 3QBHA 3L5FA 5P5WA 5P2FA 3PB5A 3CKTA 5P6UA 2A1EA 2QD6A 5P68A 3TOHA 2V12C 4Y3WA 5P87A 1YTGA 4DFGA 3QROA 1SDVA 1BDQA 2FGVA 5P4ZA 3CMSA 4ER2E 1MRWA 4N00A 3IVIA 2OHPA 4PZXA 1HWRA 1U8GA 4J0TA 3PSUA 5P1CA 4I0IA 3K4VA 3O9BA 3ZOVA 4OD9A 1GNOA 1MRXA 5P71A 4I0GA 5P0EA 2AOHA 4H3JA 1IZDA 3NDTA 2QMGA 4DJRA 2UPJA 4CKUA 5OZ7A 5I70A 2OHQA 3EM3A 2ER9E 4TRWA 2PSUA 4QJ9A 5EZZA 1HVCA 1B11A 5P3DA 3EC0A 5OZDA 5P75A 5P0JA 2AOEA 1GNNA 4Y3FA 4GIDA 4DJPA 4GJAA 2BBBA 2RMPA 4Y5EA 2WEAA 1HPXA 5P70A 4CPXA 2IRZA 1IDAA 4LP9A 2B7ZA 1F34A 2F3EA 5P0BA 4RRNA 3M9FA 5DGUA 2WEZA 5OZRA 4FM8A 5P3EA 3ZPTA 1DAZC 5P18A 2FGUA 2PQZA 4ZSPA 1HSIA 5P59A 4YCYA 2OHSA 3Q70A 2QNQA 5P43A 4Y3AA 4KE1A 5P3VA 4I0ZA 5P7NA 4L6BA 3NLSA 2I0DA 4FRJA 5P5PA 1T7JA 2HB2A 3K5DA 3NSHA 3T11A 3QIHA 5P5DA 5P7CA 3BGCA 5P2IA 5F01A 2OF0A 5P2EA 5P54A 5P06A 1LYAA 3EKWA 2ZHUA 3D91A 1HPOA 2EWYA 3OAGB 4Q1NA 4M8YA 4BEKA 3R2FA 1EPPE 5P80A 4Z22A 5DQCA 5E5JA 5P1QA 5SZ9A 1B6LA 5P2GA 3O9GA 2Q63A 1C6ZA 5P72A 3SQFA 4D8CA 3EL0A 4I0DA 1FB7A 5P7GA 5P6KA 4GJ5A 3S7LA 4Y41A 2WL0A 3RU1A 4IVSA 5HDZA 5P6CA 2NR6A 3NU3A 1G6LA 1T6EX 4JECA 4ZPEA 5P37A 2IEOA 4HDBA 3NXEA 3NDWA 2NMZA 5P6YA 3OXVA 5OZNA 2WF1A 3ZKGA 1W5VA 2QCIA 4DQBA 3NU6A 5P0FA 1LYBA 5P11A 5P2NA 4Y5KA 3UDPA 3UF3A 1HVSA 1E81E 3B80A 5P6DA 5AHCA 4I0JA 3WSJA 1VIKA 4DQCA 3O9AA 5P8AA 5P8IA 5ER2E 2R38A 5P1SA 3OUDB 3OWNA 4B1CA 5OYQA 4J5JA 4MC9A 5P8OA 4CPWA 3LIXA 4J1CA 3VCMA 5HCTA 2P3AA 2ZJJA 4GZFA 5P5QA 1D4IA 5P8TA 3GGUA 5P3MA 4B1EA 4YD5A 7HVPA 1TZSA 1FQ4A 5SY2A 5P0LA 3KFPA 4YCTA 5IVRA 5T4SA 5P5SA 3KT5A 5P2VA 3IXJA 5P19A 1PSNA 3BXSA 2VIZA 4YOBA 5P2YA 5SY3A 3UHLA 1SIVA 3RTMA 3IXKA 2FMBA 5DQ4A 2OHMA 2WF4A 4NPUA 5P3BA 1EPRE 1NSOA 3K5GA 3LIQA 2ZE1A 3EL1A 4DJUA 3HD8A 3DJKA 1GVUA 3PCWA 4ZPGA 5P62A 3O99A 3OOZA 2O4SA 5P3LA 1DW6C 1XE5A 4Y58A 3VV8A 4QLHA 4J0PA 2FDPA 5HTZA 2NXMA 4EXHA 3UDMA 3D3TA 3PMYA 1ME6A 3KDDA 2FNSA 4EQ0A 3BVAA 3RTHA 4Y39A 3BHEA 4YD6A 3EL5A 5P4AA 5P4TA 1F7AA 5P4XA 5I3YA 5OZCA 3OXXA 4YHQA 1FMUA 3U7SA 5P0AA 2I4UA 5P6QA 5P8HA 4EP2A 2IKOA 1VIJA 1TSUA 2HIZA 3WB5A 4YDFA 5P4CA 4XX4A 1ZSFA 5OZAA 4Y5NA 3Q3TA 1TW7A 3OAGA 1PFZA 4MC1A 4LXAA 5OZLA 3PI0A 3BUHA 5P2XA 3G70A 5P49A 1HVRA 5P5YA 5OZWA 2G21A 2MIPA 2AZ8A 4FAEA 1SDTA 3DOXA 3JW2A 1PROA 3U71A 4Y4TA 4LBTA 4DJYA 2I4DA 1YTIA 4J0VA 1JLDA 3OXWA 4COEA 5P3QA 4FSEA 3O9LB 5OZTA 1B5FA 3NDUA 1QBTA 1HEFE 4GMIA 4HDPA 2VIYA 5P7XA 3UDKA 1MUIA 5AH9A 3KT2A 3VSWA 4OBKA 3QI1A 5P29A 4K4PA 4YA8A 2R9BA 1A30A 1MTRA 3OUDA 5P6RA 4TRZA 5P5TA 2AIDA 4EQJA 4Y4WA 3TKWA 1T7KA 3SKGA 5J25A 3VLAA 4J1FA 5COOA 5P74A 4DQFA 5P7FA 2QAKA 2AZ9A 5P8VA 3AUPA 4Y4BA 3OTSA 3OY4A 5HDVA 5P5KA 2PC0A 4R5NA 4DV9A 2RKFA 3APRE 2OHRA 4FRIA 5JFPA 1CPIA 4Y9WA 3ZKIA 2F3FA 3KDBA 4AMTA 2BKTA 3JVWA 2G94A 2QI7A 3CKPA 5P4KA 1DP5A 1RNEA 4Y51A 1UH7A 2BB9A 5P8BA 4QJAA 2G22A 4JPCA 5OYSA 3WZ7A 5OZZA 4TVGA 5CONA 3EKYA 5P3JA 5KAOA 5DR3A 3TOFA 4LC7A 1G0VA 1XS7D 3KMYA 3PBDA 4Y4DA 1ZPKA 5P42A 3UCBA 3OQKA 4CMSA 1UH9A 4R95A 2FS4A 3OXCA 3SA9A 3Q5HA 3TL9A 1BWBA 3OADA 4CPRA 3MSJA 3VFBA 4DPIA 2QI3A 1MERA 1HTRB 4PYVA 2OHKA 4I0HA 4DQHA 3UQXA 1ODYA 1K6VA 3TKGA 5OZSA 2R3TA 5P3ZA 3EL9A 2QZKA 2WHHA 1NPAA 5P5EA 5P1NA 1OEWA 2F80A 5P5IA 4XX3A 3S45A 5P50A 1HPSA 2P4JA 3LZVA 5OZHA 2QI6A 5UPJA 3UDHA 5HD0A 4RYCA 1D4JA 4NKKA 2FXEA 1EC0A 1E80E 5P65A 2HB3A 5P3KA 3KMXA 5DR1A 5P34A 2OHLA 3OQFA 5P5JA 4D89A 3OU3A 1AZ5A 5P4WA 2QZLA 5P1LA 3EXOA 5P10A 3SA4A 5P48A 1IZEA 2NNPA 3CIBA 4DQEA 5OZIA 1K6PA 5P2SA 1PSAA 4FRKA 4RYGA 3GGAA 5P0UA 4Y4EA 5P0RA 1HIHA 5KQYA 4PEPA 3R0WA 5C9DA 5IE1A 3I25A 3QBFA 1QS8A 3K5CA 5P57A 2FLEA 3SA7A 5OZQA 5P53A 5P1HA 4L7GA 1BV7A 3KDCA 6FIVA 5KOSA 3BXRA 5HE5A 4Q1XA 2XYFA 4Z2ZA 3GGVA 2CEJA 3ZKQA 5E5KA 3GI0A 5P7LA 3TPJA 5P1VA 3UQUA 1BVEA 5ISJA 2SAMA 1YTHA 4EJKA 2XFJA 2OHUA 3LZUA 4GJ7A 1APTE 5P46A 3SFCA 3QRVA 1GVTA 2JJJA 2WEDA 5P6XA 5P2CA 1N49A 4FLGA 5OZUA 4U7VA 1SGUA 3FNTA 2RKGA 2I0AA 4KB9A 2P3CA 1HXBA 4Y3RA 4QJ6A 5OZ2A 2G69A 2VJ9A 2ZHTA 3S56A 5P36A 4Y3JA 2BPVA 5P2LA 2G1NA 1Z1RA 2F3KA 1EC3A 5P4GA 5KQFA 5P7WA 4I0FA 2F8GA 3WB4A 5P1GA 1HVHA 4Y50A 5P0OA 5P0XA 4DVFA 4CP7A 5P6OA 3DV5A 2VJ6A 4EJ8A 4CPSA 4Y3EA 2UY0A 3NU9A 5P6IA 3ZPUA 2QMFA 3LIZA 2ER7E 3I8WA 5TOLA 4H3FA 1J71A 5P7AA 1ZAPA 5P1YA 4Y4ZA 2O4KA 5OZXA 3I6OA 1WBMA 5P5FA 2QHCA 4Y44A 3BGBA 3UFNA 4Y57A 5P1XA 4QJ2A 1XN3A 5P6EA 1FQ7A 1D4KA 1XE6A 5P40A 5DQ2A 5P8MA 1W5XA 1Q9PA 3D1XA 1HVIA 2J9JA 5P6JA 6UPJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3S8I A;  4FRS A;  3IGB A;  4NPT A;  5P1O A;  4Y5B A;  3S85 A;  1HTG A;  5P00 A;  3S53 A;  2QU3 A;  3PWR A;  1FQ8 A;  5PEP A;  3UDN A;  4XXS A;  3KN0 A;  2R5Q A;  4Y3P A;  4Y4A A;  4K4R A;  5P6T A;  3OU4 B;  5P2W A;  3VFA A;  2V11 C;  5P45 A;  5IVS A;  2WF0 A;  4KE0 A;  3BC4 A;  5P5N A;  1SIP A;  3HAW A;  4QJ8 A;  1FF0 C;  5P85 A;  1IBQ A;  1QRP E;  3DCK A;  4LHH A;  5P67 A;  1B5F B;  1AJV A;  2IGY A;  3WZ8 A;  1C70 A;  4JOO A;  3KA2 A;  5P3S A;  3VF3 A;  1HSG A;  2BQV A;  2A4F A;  4EJD A;  1EBW A;  3ZKX A;  1SGZ A;  5P1W A;  3I2L A;  3HVG A;  3ZPS A;  3NUJ A;  2G1Y A;  4OC6 A;  5P44 A;  3ER5 E;  1W51 A;  3T7Q A;  3NYG A;  1TCX A;  1EBK C;  1D4S A;  4FS4 A;  1MT7 A;  1BXQ A;  2QI1 A;  1HSH A;  3INF A;  4PPH A;  5P15 A;  3OHH A;  4Y5M A;  1D4L A;  1B6P A;  5AH7 A;  2I4V A;  4Y3S A;  5HE4 A;  4Z4X A;  4FSL A;  4Q5M A;  2BPW A;  4ACU A;  3K1W A;  5C9F A;  4RRS A;  5OZ1 A;  3URJ A;  3LIY A;  3QS1 A;  4OBF A;  5P8K A;  1IZI A;  3OHF A;  5P1Z A;  3CID A;  5P56 A;  2PH6 A;  4YE3 A;  2XFI A;  1IVQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1MVP A;  5P32 A;  5P66 A;  3AID A;  3L5D A;  1B6J A;  2I1A A;  3KFR A;  4I10 A;  3TLH A;  1BDL A;  5OZ5 A;  5APR E;  3MSK A;  4FE6 A;  4AUC A;  3PWM A;  5P12 A;  2AVM A;  3NXN A;  4RVX A;  1LYB B;  2G26 A;  1AVF A;  3URI A;  5P5G A;  4L7H A;  1SMR A;  2FDD A;  4ZSR A;  3NU5 A;  4DJV A;  5P0H A;  3DM6 A;  3URL A;  1SP5 A;  4HVP A;  1FQ6 A;  5P83 A;  1LF2 A;  1EBY A;  1HVJ A;  3MWS A;  4OC6 B;  3VV7 A;  5SXN A;  5P7S A;  1C6Y A;  2WF3 A;  5P13 A;  1HVL A;  4Y3Z A;  1TCW A;  2HC0 A;  5P5X A;  3OQ7 A;  4YD7 A;  5P0M A;  5ENM A;  2IKU A;  5P7Q A;  4B1D A;  5IVQ A;  3IAW A;  3BUF A;  1APU E;  3R4B A;  1LV1 A;  1T3R A;  2NMY A;  1LS5 A;  1IDB A;  3D20 A;  5DGW A;  5HDU A;  2ZHV A;  1CZI E;  5OZK A;  3QVI A;  4B0Q A;  4Y3Q A;  3SKF A;  5IVT A;  1A94 A;  4RGH A;  4HDF A;  5P5V A;  5P7Y A;  4PHV A;  5P14 A;  5P4O A;  4F74 A;  3SPK A;  3ER3 E;  2ASI A;  5P6H A;  4E43 A;  5P2A A;  1ER8 E;  5P3W A;  3VYF A;  4Y5A A;  2VNM A;  4L7J A;  2HS1 A;  5HCO A;  4ZEA A;  3GW5 A;  3OQA A;  5P1R A;  5P2M A;  4ZSQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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