3Q70A

Secreted aspartic protease in complex with ritonavir
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
342
structure length
334
Chain Sequence
QAVPVTLHNEQVTYAADITVGSNNQKLNVIVDTGSSDLWVPDVNVDCQVTYSDQTADFCKQKGTYDPSGSSASQDLNTPFKIGYGDGSSSQGTLYKDTVGFGGVSIKNQVLADVDSTSIDQGILGVGYKTNEAGGSYDNVPVTLKKQGVIAKNAYSLYLNSPDAATGQIIFGGVDNAKYSGSLIALPVTSDRELRISLGSVEVSGKTINTDNVDVLLDSGTTITYLQQDLADQIIKAFNGKLTQDSNGNSFYEVDCNLSGDVVFNFSKNAKISVPASEFAASLDKCQLLFDVNDANILGDNFLRSAYIVYDLDDNEISLAQVKYTSASSISALT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The bindingmode of HIV-1 protease inhibitors to pepsin-like aspartic proteinases
rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Candidapepsin-2
total genus 92
structure length 334
sequence length 342
ec nomenclature ec 3.4.23.24: Candidapepsin.
pdb deposition date 2011-01-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3q70A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3q70A01
1WKRA 2WL0A 5P2MA 1EPRE 3IN4A 3RTHA 2BBBA 5P3BA 4A6CA 5P89A 4N00A 4QJ7A 2Q64A 2FMBA 3FNSA 4QJ9A 1YTHA 2IKOA 3DCKA 1XN2A 3B80A 5P67A 2ZHTA 3PI0A 3EL4A 3HLOA 4RYGA 3VFAA 3QAAA 2OF0A 4HA5A 5DR0A 3OTYA 5OZ7A 5P3XA 4DJWA 4LC7A 4ZIPA 1C6XA 1T7IA 5SXNA 2NXLA 5P0JA 4FLGA 5P2DA 3ECGA 1K1TA 4I0EA 2I1AA 5P18A 3NU9A 4J1CA 4EJKA 4ER4E 3SA3A 5P0HA 2UXZA 1YTGA 1GVWA 5P0VA 1B6LA 5P3VA 4EPJA 5P6SA 4D85A 3PLDA 5OZ8A 4HDBA 4D8CA 2VA6A 5P0BA 4B0QA 1HVHA 3BVAA 5P2ZA 5P0UA 3PSYA 5P7IA 4I0GA 2O4KA 5P4NA 2F81A 1FKNA 4Y4WA 2AOCA 3F9QA 1ZTZA 5P2OA 1APWE 5P48A 4Y3EA 3IVIA 1D4JA 1LZQA 5DQ2A 5P7WA 4MC1A 1SGZA 3I7EA 1APVE 5P4LA 1DIFA 3O9FA 4DQEA 2QMDA 3EKTA 2AZCA 4Y4AA 2WEZA 5P40A 5P2RA 2B7ZA 3RVIA 3CMSA 2VS2A 1E5OE 4NJTA 3CYWA 2FLEA 3EMYA 5P6QA 5P6PA 1HTRB 1ME6A 1HBVA 1T7JA 4FE6A 1SH9A 3L5EA 3SABA 3S53A 1UH9A 2NNPA 2ZYEA 1FMXA 3UQPA 3UDYA 2BPVA 2QHYA 5P5TA 1HIHA 4CP7A 4Y4XA 2PQZA 5EZZA 4PEPA 3KF0A 5P1BA 5P5IA 4L1AA 5E5KA 5P06A 3TPRA 4COEA 4Y3AA 2JJIA 4Y35A 1BWAA 2P8HA 3IVHA 1FGCC 5OYUA 5P6VA 5P56A 5OZ5A 1FEJC 2HB4A 4DJVA 2QP8A 4GJ6A 3EBZA 5P4GA 4Y3PA 2XFIA 4J0TA 5P5PA 4Y3TA 5P8GA 1HIIA 1XL5A 5OZ1A 2BJUA 4J1EA 3OUAA 2QMFA 5P12A 5P5OA 1SMEA 5F01A 2QI4A 4GIDA 1PROA 3L3AA 5P7PA 5JODA 5P6YA 3UDJA 5P0SA 4FAEA 4PYVA 5HDUA 1HVSA 1OHRA 3EL0A 4YOBA 4FM6A 3OK9A 2I4UA 5IVRA 1HEGE 1YX9A 3HZCA 1AAQA 3OY4A 2G27A 1FLHA 3QRVA 5P3QA 4Y5LA 2ZHSA 1M43A 1C70A 3LPKA 3APRE 5P69A 2OHTA 5P64A 2J9KA 5P8TA 3U6AA 3GI6A 5P2TA 1EPPE 3OUDA 2F8GA 4OC6A 5AHCA 2AOEA 4J1KA 3VSXA 5P0TA 3ER5E 5P1MA 1KJGA 1BIMA 5P5HA 3NU4A 3PWRA 4I0HA 3S8IA 5P46A 4ZSRA 5KQFA 4Y53A 3ZMGA 5HE4A 5P85A 3SACA 4NJVA 3SLZA 3KMXA 2PWCA 5P5LA 4Y51A 5OZOA 1EC1A 5P4OA 5P6FA 4Y4DA 1NSOA 5P5SA 4AZYA 3VEUA 1GNMA 5P2SA 5P61A 4Q5MA 2JE4A 4HLAA 1NPVA 3K5DA 1KJ4A 5P31A 4EHCA 5AH6A 4K4QA 1MTRA 3OQAA 3HVGA 5HDVA 2VIZA 3SA5A 4GMIA 1HPXA 5OZJA 4ZPFA 5DQ5A 3MSJA 2FDEA 4U7VA 3O99A 5OZ6A 3CKTA 3B7VA 2R9BA 4YCTA 3H5BA 1BILA 3SA9A 1AXAA 3NLSA 1LYBB 2FGUA 3S7MA 4Y45A 5P2XA 5JFUA 1T6GA 2ER6E 4H3GA 1TW7A 1TZSA 4Y3MA 5P7XA 1PPME 4I0IA 3U7SA 3BUHA 2NMYA 5P1DA 4F76A 4MC6A 4GZFA 2J9JA 3L5BA 5P7JA 5P1XA 4HE9A 5HE5A 2R5QA 2BPYA 3PLLA 5KAOA 1HXWA 1YG9A 5FIVA 4EJLA 1G6LA 1QDMA 3DCRA 3NYGA 5P60A 2I4XA 2WEAA 3CIDA 3LITA 2ZJJA 3BGBA 3KYRA 4Y38A 4Y5MA 3LPIA 2RSPA 4J17A 3S43B 4B05A 5P6RA 4FCOA 3MSLA 2QAKA 4NJSA 3INFA 5C9DA 5P1OA 4RZ1A 2V10C 3HAWA 2O40A 5P8MA 2QI5A 2P3CA 5P63A 1IDBA 1AJXA 2G1RA 1C6ZA 3UTLA 5P53A 1W6HA 3VF5A 5P1KA 2NXDA 3PRSA 5P0NA 2G20A 3A2OA 5P8NA 1B6KA 2B7FA 5ISJA 2F3KA 4FAFA 3KFPA 3OUCA 4FRJA 1QS8A 2G21A 4DQBA 3OGQA 2IDWA 3UHLA 4DPIA 5AH7A 3URJA 2HC0A 5P2UA 2AIDA 2Z4OA 3N3IA 1ZPKA 5P7GA 5P03A 3FNTA 4ZE6A 5DR3A 3D1YA 5P80A 4PZXA 1JLDA 1HIVA 2R3TA 1D4HA 5P2VA 5P32A 4YHQA 5P0XA 3QVIA 5P2EA 2WEBA 4J55A 1J71A 3HVPA 3D91A 2QCIA 3T6IA 5P6CA 3HDKA 4Y41A 5P5XA 4Y3JA 4RCEA 2QMGA 4EXHA 1N49A 5TOLA 3K5GA 2WF3A 3UFLA 2QD7A 5P28A 2P83A 5P6XA 3INDA 3TKWA 4I1CA 1A94A 2WKZA 2G1NA 5P00A 2G69A 4JOOA 3VV8A 3UDRA 1ZLFA 3HD8A 5P01A 2AVVA 3INEA 4L7JA 1FB7A 3K1WA 5P24A 1SBGA 3PHVA 3CIBA 1XE5A 3O9BA 2ER7E 2V12C 3PJ6A 3TH9A 3OUBA 3URIA 2AQUA 1PPKE 1G0VA 2OHQA 1FG8C 5P0FA 2PK5A 4X7IA 3LZVA 4OC6B 2QD8A 1ZAPA 1G35A 4RROA 1HOSA 4NKKA 1F7AA 3LZYA 2F80A 2APRA 3UQUA 5P1PA 1DPJA 3OQDA 3H0BA 5DGWA 1TSQA 3EM3A 3CICA 5P08A 5P68A 4YDFA 1OEWA 3CKPA 4JPEA 1MEUA 5P3GA 5P7UA 3NDTA 2Q55A 4Q1WA 5P0KA 3DV5A 4Y3RA 2IKUA 5P1NA 5ER2E 4MC9A 3VF7A 1UH7A 2I0DA 5P7FA 1FIVA 5P8BA 3IXJA 4YCYA 5J25A 3GI0A 3OTSA 1HWRA 5P3EA 5PEPA 1PSOE 4Q1XA 1K6PA 4RCFA 4DQHA 4CPQA 1C6YA 3D3TA 1MT8A 4QLHA 1ZPAA 5P17A 3S85A 1RV7A 4EYRA 3EKQA 5AGZA 2I0AA 3NU3A 5ENKA 4I0ZA 2IQGA 3ZKMA 5P2NA 3IAWA 2ZDZA 5P1ZA 3PB5A 1DAZC 2HS2A 3KA2A 5P37A 1SIVA 2OHNA 5P33A 1MERA 1XN3A 5P6WA 5P78A 3I25A 5EZXA 3URLA 1BXOA 1W5YA 3OOTA 5P6MA 5P5CA 3L5DA 3K4VC 2FNTA 4EXGA 2VIJA 1GVXA 1FMBA 3R4BA 1FQ5A 1XS7D 4WY6A 5HU0A 4R92A 1HXBA 2AZ9A 3JVYA 3BHEA 1ZSFA 3LPJA 5OYTA 3SA8A 3NUOA 4RLDA 3LZUA 2AOHA 2VJ6A 3FIVA 3I2LA 3OU3A 2G1YA 3DOXA 1DP5A 3NUJA 4Y4BA 4D88A 2FGVA 5OZ2A 4L7HA 2IGYA 3PEPA 1EBWA 3QROA 5P3KA 5I70A 5OYXA 2ZHUA 1FQ7A 4XXSA 5P05A 4H3FA 5P1EA 5OZ0A 3PMYA 3NWQA 4U8WA 2OHRA 5P3YA 5P11A 2G22A 1YM2A 5OZ4A 3SA7A 5SY2A 4Y3YA 5P1FA 2Z54A 2P3BB 2I4DA 2AVQA 3PI5A 1LYBA 4Y3SA 2QI6A 1HRNA 3OADB 1ER8E 4R95A 1XE6A 5IE1A 4OBJA 5IS4A 3KFSA 1K1UA 5P1LA 3L58A 3FX5A 4DVFA 6FIVA 1PSAA 3LIXA 4J0YA 3NDXA 3KDCA 2VKMA 3JVWA 5P6ZA 4I0FA 1MT9A 3VLAA 3VYEA 4EP3A 3ZPSA 2O4PA 3ZPUA 1HVRA 5OZSA 5P5YA 5OZLA 1QRPE 4Y44A 3IN3A 3KDBA 5P5KA 1B5FA 3S43A 3R0YA 4Y47A 5I3YA 2ZJNA 2A1EA 5P0QA 2CEMA 5P3CA 5P3NA 5P4UA 4B78A 5B18A 1HTFA 1K2BA 2XFJA 1LYWB 5AHAA 5P10A 4Y3DA 1KJ7A 3Q3TA 3TL9A 5P20A 5P75A 4J1HA 2Q3KA 2V13A 1MT7A 1B6JA 3WSJA 3ZKIA 5P5RA 2HPEA 1B6PA 1HEFE 1GNNA 1QBRA 2BQVA 5P4QA 1U8GA 5DR1A 1EPNE 1IIQA 2VNMA 5P70A 5P6UA 4ACUA 3GGXA 2P4JA 4B72A 5AHBA 1UPJA 5P6KA 4DJYA 4MC2A 3QIHA 4K9HA 5P7NA 5P0IA 2I4QA 1IVPA 5IVTA 3HBOA 5HDXA 4Y58A 1HVIA 5P0OA 5HTZA 4I0JA 4Z22A 5P62A 5P50A 1Z1HA 3DV1A 5P1JA 2ER9E 3BVBA 5P42A 1YT9A 1W6IA 2G26A 4Y4GA 3EXOA 5ER1E 5P7CA 5P2IA 4I11A 1APUE 2PWRA 2ZHRA 3PCWA 1ZBGA 3IXOA 7HVPA 2QMPA 1EBZA 4UPJA 2NR6A 2UY0A 3G6ZA 2PH6A 3KDDA 3EKXA 5I3VA 4YBFA 5P5VA 1Z8CA 4NPUA 1MRXA 3BXRA 5P6GA 3PWWA 5P23A 4I8WA 1MTBA 5T4SA 2QU2A 4BELA 4Y3WA 4HEGA 5P6EA 4OD9B 5P47A 4AUCA 4Y5AA 3UCBA 3GGVA 1HPOA 5P4TA 2SAMA 5P8OA 2O4NA 4YA8A 4J1FA 4LBTA 5P7ZA 1ZJ7A 3UDKA 5P6OA 3C9XA 3PBZA 5P4ZA 5P87A 5P4YA 5P4JA 2O4LA 1DW6C 5IVSA 4TVGA 5OYVA 5OYWA 4S1GA 1HSHA 5AH9A 4GJ8A 5P4VA 5P3FA 5P4KA 4HDFA 1FQXA 3EKWA 2BKTA 5P35A 5JFPA 3KT5A 5DR8A 2R3WA 4M8XA 1W50A 3T7XA 5OZNA 5P5FA 4LP9A 3O9CA 4WTUA 3EKYA 3OXWA 3BRAA 1QBTA 5P3OA 5OZFA 2RKFA 5OZ3A 5P4FA 4CPTA 1HTEA 1EEDP 2B60A 3ZL7A 2PC0A 4PPHA 1AJVA 2FXDA 3ZKSA 5P1GA 2QNPA 4KUPA 5P0DA 1W5XA 4OBZA 2QNQA 1ODXA 3VYFA 3R0WA 5P3LA 4B70A 4Y9WA 9HVPA 5P02A 3S56A 5P6TA 2Q54A 4Y48A 4FSLA 5P6HA 1FQ6A 4FIVA 3TOHA 3NDUA 4LAPA 3BGCA 3OHFA 2Q5KA 5P4DA 5P74A 5P39A 4Q1NA 4GJ9A 2PMAA 3BC4A 3VFBA 4CPUA 5P54A 5P2WA 5C9FA 3UQXA 3QN8A 2IGXA 3GGAA 3NR6A 3Q70A 4YE3A 5KOSA 1ENTE 5IVQA 1KJHA 3T11A 4J0PA 4WY1A 2B42A 1GVVA 4H1EA 1HSIA 1EPME 3BUGA 2NXMA 3PWMA 3LHGA 4M8YA 5P7KA 3UQRA 5HD0A 4OBHA 3OXCA 1EPQE 4DI2A 2R38A 3G70A 3RSXA 5OZEA 5P4IA 4AMTA 1B5FB 5P7RA 6UPJA 3VG1A 4RGHA 5OZGA 4EWOA 3ZKNA 2Q63A 4LXMA 1BAIA 3EL5A 3ZKXA 4YD6A 2PH8A 5P0EA 1FQ8A 2H6SA 3O9GA 5P4PA 4APEA 5DPZA 5P0RA 5P57A 4I8ZA 3K5FA 2HIZA 2VIYA 4EP2A 5I3XA 3RTMA 4GJCA 5HDZA 4U7QA 4DJPA 2P3BA 5P3DA 1W5WA 4D89A 4HZTA 1T7KA 5P7BA 5KR1A 3OADA 5P1TA 3TPPA 3PM4A 1TQFA 1K6TA 4FSEA 3QBFA 5P7DA 5P66A 1FFFC 4I0DA 5P79A 4B1CA 5P16A 4Y4UA 5P8HA 3TLHA 7UPJA 3OXXA 5OYSA 5P8DA 1BV7A 4Y36A 3WZ7A 3EL9A 4Y4JA 1BBSA 1A30A 4D83A 2V16C 2AVMA 5OZUA 2QD6A 2WJOA 3ST5A 2AZBA 5OYZA 5F00A 1MIQA 5SZ9A 5KR0A 4FRIA 5P2LA 1IZIA 2ASIA 4LL3A 2PSGA 2FDPA 2AOJA 5P04A 2NTRA 1EBKC 3PSUA 5P82A 5P0AA 4EQ0A 5P4HA 1IBQA 2XYFA 4GYEA 1K6CA 2ER0E 3I6OA 4Y5KA 2ZJKA 3OU1A 3UFNA 4B1DA 5KQYA 4TRZA 1LYWA 4PHVA 3GI5A 1SIPA 5ENMA 2NPHA 4DJQA 5P1UA 1META 5SY3A 1M4HA 3VV7A 1BV9A 1NH0A 5BS4A 2QI3A 3KN0A 4Y3ZA 3ZLQA 2QK5A 3KMYA 3UPJA 2AODA 2FXEA 4YBIA 3PMUA 4LXKA 1HPVA 2AOGA 5P26A 1FG6C 3Q6YA 5AH8A 5P3RA 2VJ9A 2WHHA 2F3FA 5P1SA 4X2LA 1KZKA 4YD5A 2QI0A 3WB4A 5P4SA 3OAGB 5P1AA 3PCZA 1A9MA 5OZAA 5P2QA 1M0BA 5P5WA 4OBFA 3O9EA 1MRWA 4RCDA 3FKTA 5HVPA 1W51A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1WKR A;  2WL0 A;  5P2M A;  1EPR E;  3IN4 A;  3RTH A;  2BBB A;  5P3B A;  4A6C A;  5P89 A;  4N00 A;  4QJ7 A;  2Q64 A;  2FMB A;  3FNS A;  4QJ9 A;  1YTH A;  2IKO A;  3DCK A;  1XN2 A;  3B80 A;  5P67 A;  2ZHT A;  3PI0 A;  3EL4 A;  3HLO A;  4RYG A;  3VFA A;  3QAA A;  2OF0 A;  4HA5 A;  5DR0 A;  3OTY A;  5OZ7 A;  5P3X A;  4DJW A;  4LC7 A;  4ZIP A;  1C6X A;  1T7I A;  5SXN A;  2NXL A;  5P0J A;  4FLG A;  5P2D A;  3ECG A;  1K1T A;  4I0E A;  2I1A A;  5P18 A;  3NU9 A;  4J1C A;  4EJK A;  4ER4 E;  3SA3 A;  5P0H A;  2UXZ A;  1YTG A;  1GVW A;  5P0V A;  1B6L A;  5P3V A;  4EPJ A;  5P6S A;  4D85 A;  3PLD A;  5OZ8 A;  4HDB A;  4D8C A;  2VA6 A;  5P0B A;  4B0Q A;  1HVH A;  3BVA A;  5P2Z A;  5P0U A;  3PSY A;  5P7I A;  4I0G A;  2O4K A;  5P4N A;  2F81 A;  1FKN A;  4Y4W A;  2AOC A;  3F9Q A;  1ZTZ A;  5P2O A;  1APW E;  5P48 A;  4Y3E A;  3IVI A;  1D4J A;  1LZQ A;  5DQ2 A;  5P7W A;  4MC1 A;  1SGZ A;  3I7E A;  1APV E;  5P4L A;  1DIF A;  3O9F A;  4DQE A;  2QMD A;  3EKT A;  2AZC A;  4Y4A A;  2WEZ A;  5P40 A;  5P2R A;  2B7Z A;  3RVI A;  3CMS A;  2VS2 A;  1E5O E;  4NJT A;  3CYW A;  2FLE A;  3EMY A;  5P6Q A;  5P6P A;  1HTR B;  1ME6 A;  1HBV A;  1T7J A;  4FE6 A;  1SH9 A;  3L5E A;  3SAB A;  3S53 A;  1UH9 A;  2NNP A;  2ZYE A;  1FMX A;  3UQP A;  3UDY A;  2BPV A;  2QHY A;  5P5T A;  1HIH A;  4CP7 A;  4Y4X A;  2PQZ A;  5EZZ A;  4PEP A;  3KF0 A;  5P1B A;  5P5I A;  4L1A A;  5E5K A;  5P06 A;  3TPR A;  4COE A;  4Y3A A;  2JJI A;  4Y35 A;  1BWA A;  2P8H A;  3IVH A;  1FGC C;  5OYU A;  5P6V A;  5P56 A;  5OZ5 A;  1FEJ C;  2HB4 A;  4DJV A;  2QP8 A;  4GJ6 A;  3EBZ A;  5P4G A;  4Y3P A;  2XFI A;  4J0T A;  5P5P A;  4Y3T A;  5P8G A;  1HII A;  1XL5 A;  5OZ1 A;  2BJU A;  4J1E A;  3OUA A;  2QMF A;  5P12 A;  5P5O A;  1SME A;  5F01 A;  2QI4 A;  4GID A;  1PRO A;  3L3A A;  5P7P A;  5JOD A;  5P6Y A;  3UDJ A;  5P0S A;  4FAE A;  4PYV A;  5HDU A;  1HVS A;  1OHR A;  3EL0 A;  4YOB A;  4FM6 A;  3OK9 A;  2I4U A;  5IVR A;  1HEG E;  1YX9 A;  3HZC A;  1AAQ A;  3OY4 A;  2G27 A;  1FLH A;  3QRV A;  5P3Q A;  4Y5L A;  2ZHS A;  1M43 A;  1C70 A;  3LPK A;  3APR E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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