3QAAA

Hiv-1 wild type protease with a substituted bis-tetrahydrofuran inhibitor, grl-044-10a
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title Design of substituted bis-Tetrahydrofuran (bis-THF)-derived Potent HIV-1 Protease Inhibitors, Protein-ligand X-ray Structure, and Convenient Syntheses of bis-THF and Substituted bis-THF Ligands.
pubmed rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qaaA00
1ZLFA 3SA5A 2O4PA 1MEUA 2EWYA 5OZFA 5P22A 1AAQA 4DQEA 1CPIA 1EC2A 3UTLA 3SFCA 3OXVA 3LIZA 4Y38A 1MRWA 2OAHA 2QMPA 1B6JA 5UPJA 2P3AA 5OZSA 2O4KA 5OZVA 4ACXA 3ER5E 3GGAA 3O9DA 5P0QA 2QI7A 3KMXA 2VJ9A 2O4SA 2ER9E 3ZKXA 2WKZA 2FDPA 2NR6A 3QP0A 4Y4GA 3OY4A 4OC6A 2IKUA 1UH8A 3K5CA 4Y3EA 1YTGA 3BXRA 2NXLA 5P2DA 3SPKA 5P85A 2I4DA 3O9CA 1RQ9A 5BRYA 5E5JA 3SACA 1K6VA 2MIPA 4I0FA 4DQBA 3ZOVA 5OYRA 4Y5MA 5COKA 5P78A 5ENKA 2H6TA 2IS0A 2AODA 3R0WA 5P82A 1ODYA 2FS4A 5HDZA 3MXEA 4FL8A 3DV5A 5DQ2A 4L7JA 5IVQA 4FAEA 5P8OA 5P5IA 3VUCA 4QJAA 1YTHA 2VA6A 5P3NA 3HAUA 3DV1A 1XE5A 3I2LA 4D8CA 3GGUA 2PK5A 4EJKA 4XX4A 5P35A 1MVPA 3TOFA 3VEUA 4Y5AA 1U8GA 5P1XA 5P1OA 3PRSA 1TSQA 3SA3A 3SA8A 1PPLE 4HVPA 4Y3HA 3UCBA 4AUCA 3K5DA 3PWMA 3IVHA 2XFJA 5P24A 2WF0A 3TTPA 3NWXA 3NUJA 2HC0A 5P39A 1LZQA 2QI6A 5IE1A 3HAWA 3U71A 2FDEA 3PLLA 5P7TA 4QJ8A 4QLHA 2G94A 4B00A 3UDHA 4GJDA 3O9LB 5P6CA 5P12A 5I3WA 1FIVA 3S43A 5DR1A 3K5FA 5P7VA 2B7FA 4YCKA 4Y4AA 5P1SA 4X2LA 3VG1A 3QPJA 2WEBA 4Y47A 4K9HA 5P8UA 4DVFA 2Q15A 3FKTA 4DJQA 3GGVA 2G1NA 2P3BA 4Y58A 4CKUA 4HE9A 4OBKA 3HDKA 4FSEA 1GNOA 4J1HA 4FCOA 4GZFA 5P41A 2V10C 3QVCA 1D4HA 3L5CA 3FNUA 1VIKA 2WF1A 4EQJA 4I0IA 5P4DA 4Y4EA 5P2YA 5P04A 1BAIA 4Y3RA 5P8BA 3QRVA 2NMZA 4HZTA 3DUYA 3PCWA 2FNSA 5OYYA 2PC0A 2OHLA 4I0GA 2RMPA 4M8XA 4ER4E 3O9FA 4DJWA 5P5PA 3GI0A 3ZPSA 3EKVA 4Y41A 3QRSA 4DJUA 4DQCA 1LF2A 1FQ5A 5P19A 1D4YA 4LP9A 4U7VA 1MRXA 5P0PA 4Y50A 1W51A 4H1EA 5P4QA 5OZ8A 4A6BA 3L5BA 3L5FA 2UXZA 4DJYA 1LYAB 2FGVA 5OZAA 4MC1A 4Y35A 4OBJA 5P57A 2BBBA 1G6LA 5P6VA 4FE6A 4ACUA 1ODXA 5P7RA 4OD9B 1SH9A 2HM1A 4DFGA 5OZCA 3UDPA 3OQ7A 1OEXA 4JP9A 3O9BA 3OGPA 2PYNA 2QK5A 5P75A 4D83A 3L59A 4Y57A 2P3DA 4EXHA 5P1QA 3INFA 2XFIA 1DP5A 2AVVA 3IAWA 1YM2A 3A2OA 4Y43A 5P3ZA 3OU1B 1Z8CA 1EPQE 2PH6A 4WY1A 4A6CA 4GJ8A 4R5NA 5P8CA 1K2BA 2XYFA 4NJUA 5KR8A 4YOAA 1B6MA 2WHHA 5P4UA 2VKMA 1SGUA 5P0DA 1IIQA 5ENMA 5P2RA 3KMYA 4R95A 5P18A 4B1CA 4OBHA 1ZPKA 2VJ7A 4Y3WA 5HDXA 5P5FA 1HEFE 1TCWA 3T7XA 1BDRA 1HTRB 5P4MA 1F7AA 2B42A 4QJ2A 1AM5A 4CPRA 3OQFA 5P8NA 5SXNA 3EM3A 1NPVA 5P0MA 4X7IA 1HVRA 5E5KA 1PFZA 5COPA 2G1RA 4J1EA 3ECGA 2QZWA 5P61A 3BHEA 3IA9A 3K4VC 2OHUA 5AHBA 5P5VA 4ZPGA 4UPJA 1IZDA 3WZ8A 1FMUA 4MC9A 3TPPA 1TSUA 5IVRA 4BEKA 5P3TA 1AJVA 3DM6A 1IZHA 1HVLA 3OXXA 3O9EA 2AZ9A 1DIFA 4Y3JA 5P0OA 5P5NA 2G69A 1MUIA 2UPJA 2ZHRA 3CKRA 2A1EA 3PM4A 5P1KA 1D4JA 1B6LA 1EPPE 2QNNA 2HS2A 1HVCA 2P83A 3EKWA 5P74A 1EPLE 4Q5MA 5P2KA 2VIJA 4Y48A 4L7GA 2G21A 5P5KA 5DQ5A 2QZXA 1D4KA 4Y5PA 2BKSA 5P6MA 3VV6A 2B60A 2JJJA 2BB9A 3G6ZA 3N3IA 1XN2A 2AOJA 4KE0A 3EM6A 3NUOA 1APWE 2B7ZA 4Y3TA 3QRMA 1ZTZA 4H3IA 5P56A 1YTIA 2R8NA 4I11A 1GVVA 1J71A 2ANLA 5HTZA 5P1FA 1HSIA 2ZHTA 1B5FB 3QVIA 4ZPFA 1IZEA 3OHHA 2QCIA 1G35A 5KR0A 3SM1A 5P1LA 4R92A 5P65A 3QS1A 3OU4A 1XS7D 2V13A 5P4GA 1HVIA 2JYSA 1CMSA 1E5OE 4J0VA 3WZ6A 5P3IA 4RCEA 4NKKA 5KR2A 1G2KA 3OADA 3EMYA 1YT9A 5P3OA 5P6YA 5JFPA 3TOGA 1N49A 5P1YA 5P6QA 1M4HA 4HDFA 5P62A 3INHA 5DGWA 4HEGA 2I1AA 3H5BA 3L3AA 4JOOA 5P8LA 5OZGA 2V0ZC 4TRWA 2V12C 4LXAA 1PROA 1IDAA 5P2QA 5P5UA 5OZDA 5AHAA 1RV7A 3S7MA 1VIJA 1YG9A 4ZEAA 5P1HA 4JPCA 5P7NA 4GJ6A 2RENA 5P6LA 5P76A 1FG8C 3NXNA 5P79A 4LBTA 4LHHA 5P38A 4GJ7A 1SGZA 5P8JA 3LHGA 3NDWA 5P40A 1D4IA 3SO9A 5P3BA 2I0DA 5P6ZA 1HIVA 1HVJA 5P4WA 5P09A 3JW2A 1HVSA 5P01A 5P0XA 4PZXA 2QD6A 1BVGA 4DPIA 5P3SA 4RVJA 4EP2A 2V00A 2O40A 2OHKA 4M8YA 3UF3A 5P3EA 2P3CA 5OZRA 3OUCA 5OZLA 4BFBA 2IEOA 1TCXA 4EJLA 5P02A 5P37A 1QBSA 3UQUA 2QI3A 3OUBA 4DQHA 5P0EA 2AOCA 2ZDZA 4K4RA 5OZ7A 3VYFA 4Y3SA 3PI5A 3LIQA 7UPJA 5P5LA 3SA7A 5P16A 3LZUA 5P28A 3NDXA 5I3VA 4COEA 1LYAA 2A4FA 5CLMA 5P84A 1QS8A 4I10A 4GB2A 3S54A 2R3TA 4OD9A 4LL3A 5P7UA 4DPFA 3VV8A 2HAHA 5P10A 3PB5A 3UDJA 3R0YA 5P5AA 5P2LA 5P6WA 5P8AA 3FV3A 5DR7A 5TOLA 5P6NA 3EM4A 2AVSA 4PYVA 3SKGA 5JFUA 3OWNA 4Y5BA 3WB4A 4B72A 1SIVA 1IBQA 2IQGA 4J1KA 2AQUA 3D91A 5IS4A 3VFBA 5P86A 5DPZA 5CONA 5P7MA 3TKGA 1HRNA 4F76A 4LAPA 1KZKA 1FFIC 1OD1A 4OBZB 3L5DA 1BXQA 2QI1A 3D3TA 3OQDA 1K6TA 5C9DA 5P7KA 4J1IA 3RSXA 4YA8A 3NLSA 4DQFA 3EBZA 3IVIA 2PSVA 3OUAA 1MIQA 5P6DA 5P5RA 5P3MA 4J0ZA 4Y51A 1SBGA 3OOTA 5P2TA 5KQFA 1XDHA 5P0WA 3KDBA 2Q54A 5P4OA 2ZE1A 3JVWA 1XN3A 3BVAA 2BPXA 1SDTA 5P4BA 3RTNA 3S7LA 3WB5A 3PHVA 3PGIA 4CPQA 1C6XA 3FX5A 5P07A 5OYZA 3KN0A 4B0QA 2I0AA 1FKNA 4FRIA 4Q1XA 5P6XA 2AOHA 6FIVA 3U7SA 1AJXA 2PSGA 4J1CA 3EKYA 1APVE 1MSNA 3INDA 2UY0A 4Y4DA 5F00A 4B70A 1W5XA 2FXDA 5P3AA 2F3KA 1XL2A 1TW7A 3KM4A 3I25A 5AGZA 5DQ4A 3T11A 3ZLQA 1D4LA 1ZAPA 2ER0E 5APRE 1MERA 4RZ1A 1MTBA 5P47A 3PEPA 3OTSA 2ZGAA 1SP5A 1HWRA 1QBUA 4E43A 5P0KA 5P1BA 5ER1E 4H3FA 3TNEA 4DJPA 1HBVA 4YHQA 3IXKA 4FRSA 5OZ6A 5P4EA 4F74A 5P3PA 5AH6A 1YM4A 3HW1A 5P6TA 3PBDA 5P58A 2Z4OA 1F34A 1LYWB 1HEGE 5P7ZA 5P7CA 1M43A 5P0UA 3O99A 4J5JA 3NU5A 4B1EA 3LIXA 1YTJA 5P42A 3R4BA 3Q5HA 4FSLA 3BVBA 2WEDA 1CZIE 5OZ5A 1BDQA 2IDWA 4KE1A 4Y5EA 1HPVA 5P30A 3EKPA 5JG1A 5C9BA 3F9QA 3QI1A 2WF3A 2VNMA 2AOGA 4RCFA 5P0RA 4I0JA 4MC2A 2HB3A 2JE4A 3VSWA 2AVQA 5P1VA 1PSNA 2VS2A 5P6OA 4N00A 3ZKIA 9HVPA 5P1DA 5OZWA 2AZ8A 4Y4JA 5P63A 1NPAA 5OZ0A 4GJ9A 2NNKA 1WBMA 2I4UA 4AZYA 4ER2E 1LYBA 5AH7A 3S8IA 3FNTA 2QMFA 1YX9A 2Q5KA 2AOEA 5P81A 4EP3A 5P8MA 1FMBA 1EC3A 4YCYA 5I3XA 3UDNA 5P5SA 4DI2A 5P69A 3PLDA 4IVSA 5P7XA 3O9IA 3EXOA 1WBKA 4HLAA 3PWWA 4CPUA 2QU2A 5P5ZA 5P73A 3AUPA 3INEA 5P5MA 1B6KA 2Z54A 5P4VA 3LIVA 3IGBA 4Y5KA 1LF4A 2ZHUA 3BUHA 3MSKA 2PQZA 1GKTA 4AMTA 2WEAA 5P5HA 4Y5CA 7HVPA 5P0JA 4L1AA 5P5OA 2NTRA 4A4QA 3BXSA 3QIHA 1DMPA 1MPPA 5P8EA 5P7YA 3SLZA 5P8KA 3OUDB 3CKPA 4EJDA 1HPSA 3IXJA 5P0YA 5EZZA 5P7QA 3VSXA 5P14A 4KUPA 5DR3A 5P0GA 2SAMA 4F73A 5P15A 5P25A 1BDLA 2FLEA 3NDTA 3GGXA 5P8HA 1IVQA 3BGCA 5P6UA 4EJ8A 1NSOA 1MSMA 4B1DA 5P5JA 3EKXA 5COOA 5P5BA 5P3DA 5P6PA 1W5WA 4YE3A 4RLDA 4EXGA 1OEWA 4HDPA 4OC6B 1M0BA 3WSJA 2Q64A 2ZJJA 5P6GA 4Y4ZA 2J9KA 5P50A 5OZOA 3LPIA 3B80A 4R93A 5P0VA 5P2XA 5P2UA 2PK6A 4LXKA 4CPXA 4U8WA 2Q55A 2VIEA 4I8ZA 5FIVA 5HE7A 1HPXA 5P03A 5P2VA 3UDQA 3RTHA 3LPJA 3UQRA 3EL0A 2FIVA 1A30A 5SY3A 1E80E 5ISJA 4OBZA 3LIYA 5OYQA 3OQKA 4J55A 5P0ZA 3HZCA 5P0IA 5P4KA 5P52A 4Y3DA 4Q1NA 5P3LA 1LV1A 4RCDA 5DGUA 2VA7A 4APRE 1BV7A 3OK9A 5OZNA 4J0PA 3HLOA 5P4LA 4OBGA 1EPME 5OZEA 3VLBA 2QHZA 1UH7A 5P4SA 1BV9A 4ZSRA 1OHRA 2ZHSA 5P48A 2V16C 1A8GA 3HVPA 4YD3A 1ODWA 1HTGA 5P51A 2RSPA 3S2OA 1W5VA 3LPKA 5P13A 4TRZA 5P8SA 2OHNA 1B6PA 2Q3KA 1XE6A 3K1WA 1FQ4A 3KFRA 3UDKA 5DR0A 2WEZA 3NU9A 1FMXA 1ER8E 3SA4A 5P5WA 2H6SA 1EBYA 2J9JB 3URLA 5OZPA 3PSYA 4FM8A 2FXEA 3D1YA 1DPJA 3APRE 4Y3ZA 2G27A 3DOXA 4NJTA 3O9HA 4YD4A 4Y3FA 1ME6A 2QI5A 1FG6C 5HU0A 1EPNE 3S43B 2G20A 2QI0A 3S45A 3UPJA 4Y45A 3TPJA 4I0ZA 4Y54A 5ER2E 3I6OA 5OYSA 5OZ9A 5P6HA 2VIZA 5P17A 3OAGB 3Q6YA 1PSOE 5OYTA 4HDBA 1DW6C 2WECA 4I1CA 2QZLA 3EL9A 3R2FA 1HXBA 4Y44A 5P8IA 4RRNA 2IGYA 4NJSA 2G24A 3UDYA 5P5CA 1HPOA 5DR8A 5P5GA 1MESA 5P6BA 5OZBA 4J54A 1ZBGA 1K6CA 4EQ0A 5P1IA 4Y3QA 5OZQA 5P3UA 3T3CA 3GI4A 2AZBA 3KFNA 3O9LA 3PVKA 4YOBA 4WTUA 2OHMA 3D20A 4I8WA 4DV9A 5OYUA 5P1NA 5P71A 5P1AA 5P72A 4EPJA 1A9MA 1LYWA 5P8QA 2ASIA 3L38A 5OZTA 1MT9A 1GVXA 1W5YA 5P7PA 2OHQA 5P44A 1EBWA 1SDUA 3O9GA 5P1UA 2HIZA 5P53A 1Q9PA 3AIDA 5P6FA 1HTEA 3URIA 4RRSA 5P7OA 2PH8A 5P6RA 4Q1YA 1MT8A 3TPLA 2QNQA 5P3XA 2ER6E 4LC7A 5P87A 1HHPA 5P34A 1FF0C 5OZIA 4XX3A 5P70A 3VF7A 5AH8A 3KYRA 3NU4A 4Y3MA 3OOZA 5P2SA 2QD7A 5SY2A 5P49A 2R5QA 2QD8A 3OTYA 4OBDA 3GI6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZLF A;  3SA5 A;  2O4P A;  1MEU A;  2EWY A;  5OZF A;  5P22 A;  1AAQ A;  4DQE A;  1CPI A;  1EC2 A;  3UTL A;  3SFC A;  3OXV A;  3LIZ A;  4Y38 A;  1MRW A;  2OAH A;  2QMP A;  1B6J A;  5UPJ A;  2P3A A;  5OZS A;  2O4K A;  5OZV A;  4ACX A;  3ER5 E;  3GGA A;  3O9D A;  5P0Q A;  2QI7 A;  3KMX A;  2VJ9 A;  2O4S A;  2ER9 E;  3ZKX A;  2WKZ A;  2FDP A;  2NR6 A;  3QP0 A;  4Y4G A;  3OY4 A;  4OC6 A;  2IKU A;  1UH8 A;  3K5C A;  4Y3E A;  1YTG A;  3BXR A;  2NXL A;  5P2D A;  3SPK A;  5P85 A;  2I4D A;  3O9C A;  1RQ9 A;  5BRY A;  5E5J A;  3SAC A;  1K6V A;  2MIP A;  4I0F A;  4DQB A;  3ZOV A;  5OYR A;  4Y5M A;  5COK A;  5P78 A;  5ENK A;  2H6T A;  2IS0 A;  2AOD A;  3R0W A;  5P82 A;  1ODY A;  2FS4 A;  5HDZ A;  3MXE A;  4FL8 A;  3DV5 A;  5DQ2 A;  4L7J A;  5IVQ A;  4FAE A;  5P8O A;  5P5I A;  3VUC A;  4QJA A;  1YTH A;  2VA6 A;  5P3N A;  3HAU A;  3DV1 A;  1XE5 A;  3I2L A;  4D8C A;  3GGU A;  2PK5 A;  4EJK A;  4XX4 A;  5P35 A;  1MVP A;  3TOF A;  3VEU A;  4Y5A A;  1U8G A;  5P1X A;  5P1O A;  3PRS A;  1TSQ A;  3SA3 A;  3SA8 A;  1PPL E;  4HVP A;  4Y3H A;  3UCB A;  4AUC A;  3K5D A;  3PWM A;  3IVH A;  2XFJ A;  5P24 A;  2WF0 A;  3TTP A;  3NWX A;  3NUJ A;  2HC0 A;  5P39 A;  1LZQ A;  2QI6 A;  5IE1 A;  3HAW A;  3U71 A;  2FDE A;  3PLL A;  5P7T A;  4QJ8 A;  4QLH A;  2G94 A;  4B00 A;  3UDH A;  4GJD A;  3O9L B;  5P6C A;  5P12 A;  5I3W A;  1FIV A;  3S43 A;  5DR1 A;  3K5F A;  5P7V A;  2B7F A;  4YCK A;  4Y4A A;  5P1S A;  4X2L A;  3VG1 A;  3QPJ A;  2WEB A;  4Y47 A;  4K9H A;  5P8U A;  4DVF A;  2Q15 A;  3FKT A;  4DJQ A;  3GGV A;  2G1N A;  2P3B A;  4Y58 A;  4CKU A;  4HE9 A;  4OBK A;  3HDK A;  4FSE A;  1GNO A;  4J1H A;  4FCO A;  4GZF A;  5P41 A;  2V10 C;  3QVC A;  1D4H A;  3L5C A;  3FNU A;  1VIK A;  2WF1 A;  4EQJ A;  4I0I A;  5P4D A;  4Y4E A;  5P2Y A;  5P04 A;  1BAI A;  4Y3R A;  5P8B A;  3QRV A;  2NMZ A;  4HZT A;  3DUY A;  3PCW A;  2FNS A;  5OYY A;  2PC0 A;  2OHL A;  4I0G A;  2RMP A;  4M8X A;  4ER4 E;  3O9F A;  4DJW A;  5P5P A;  3GI0 A;  3ZPS A;  3EKV A;  4Y41 A;  3QRS A;  4DJU A;  4DQC A;  1LF2 A;  1FQ5 A;  5P19 A;  1D4Y A;  4LP9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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