3QBFA

Hiv-1 protease (mutant q7k l33i l63i) in complex with a three-armed pyrrolidine-based inhibitor
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Design of a series of novel three-armed pyrrolidine-based inhibitors for HIV-1 protease
rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (bru isolate)
molecule keywords Protease
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qbfA00
1HEFE 1ZPKA 2WEBA 3HD8A 4GJAA 1EBWA 5P3PA 4DJQA 4Y4GA 2XFJA 5P6VA 4R8YA 5P6QA 1PROA 3UDHA 4GJCA 5P8PA 5P4WA 4GYEA 5P5HA 1HRNA 5KOSA 4RCEA 2FNSA 5P3KA 5P1YA 4YDFA 4OBZA 5P8IA 2QD8A 5KR8A 2I0DA 1Z8CA 4D83A 2J9JB 3KYRA 4TVGA 2A1EA 2R5QA 5P1SA 2G1OA 4EHCA 5P8LA 3KA2A 1MT8A 4Y5AA 4E43A 4PZXA 5P1GA 4Y5MA 1ODYA 3L59A 3ZL7A 3FNSA 1W50A 5I70A 3SKGA 3I8WA 1XN2A 3OTSA 5JFUA 2F3KA 4U8WA 1GVUA 5P52A 4RROA 1LV1A 4ZSPA 5FIVA 4TRYA 4Y45A 5P1CA 3PVKA 5P5ZA 1IIQA 5DPZA 5P62A 1HTEA 2OHNA 5P7ZA 4GJ6A 1BVGA 4Y54A 4HZTA 3PEPA 4L1AA 3OQ7A 4Y3GA 1MESA 3BXRA 2QI3A 2VIJA 5P6BA 2O40A 3SA6A 3BVAA 3HW1A 1UH9A 3MSKA 1EPNE 2ZYEA 2ER7E 5OZSA 5P0TA 2WKZA 5P22A 1U8GA 3URJA 4FLGA 2PSVA 4Y3LA 4QJ6A 2QCIA 4R5NA 2P3CA 4TRZA 5P2CA 5P7GA 2OHKA 1EAGA 3IN3A 1APWE 4RVJA 1G2KA 2WF1A 5DR3A 5P3FA 2APRA 5P1VA 1Q9PA 4F75A 2VA7A 3L5BA 2HS1A 4CPSA 4AZYA 5AH8A 3PGIA 1VIJA 1J71A 3U7SA 3PWRA 5P09A 2PMAA 1LYBB 4Y3JA 5P7OA 1FMXA 2UY0A 1TSQA 2WECA 4EQ0A 5DQ1A 3ER5E 1AXAA 2ZJLA 2QHZA 4K8SA 1HPSA 5AHCA 4Y41A 2QD6A 3ECGA 4FM7A 1W5VA 3VF3A 4MC2A 1AJVA 1FKNA 3PB5A 2A4FA 2I4UA 3GI5A 1WKRA 5P4CA 1DW6C 1BWAA 2VS2A 5P65A 1EPRE 1OD1A 2CENA 2OAHA 4LBTA 3DV1A 5P7QA 4YHQA 2OHSA 4I11A 4DQGA 3OU1A 3R0WA 5P84A 4YD3A 2FMBA 2HAHA 5ER2E 5P4JA 5P1BA 1DP5A 4Y3SA 4NKKA 4J1IA 2V12C 5P81A 2ZHSA 3DJKA 4Y4AA 3EKWA 2AODA 5AH7A 5P2QA 4NJUA 3KFSA 3GI0A 1NPAA 3OHHA 3ST5A 2ZJIA 3N3IA 1GNNA 1PPLE 5OYRA 5HE7A 4B00A 4EYRA 3TOGA 5P7TA 5I3YA 3QI1A 1HTFA 3LNKA 5OZ2A 3RSVA 1TCWA 2WEDA 3CYXA 4Y4JA 5DQ5A 1KJGA 2QNQA 2CEJA 3ER3E 1HXWA 3OY4A 5P0JA 4BFBA 5OZPA 3EM3A 5P2RA 2FDDA 5P0RA 5P0YA 3OXVA 3R1GB 5P1WA 1T7IA 1C6ZA 3OUBA 2QU2A 1B6JA 4I0JA 2B8LA 5P4IA 4RVIA 4YA8A 3K1WA 5C9FA 1EBYA 1A8GA 2QI4A 1PSNA 3M9FA 3OGPA 3LIVA 2WEAA 3BXSA 3JVWA 2Q11A 5OYQA 3N4LA 5P7JA 4L7HA 5P6AA 5P8GA 5P01A 5P7UA 5P24A 3EBZA 4Y5BA 5KQFA 2R3WA 3PMUA 4JECA 2QI1A 5AHAA 3RTHA 5KAOA 5P3TA 5P2XA 1HHPA 3UDJA 1IZDA 5P4NA 1MEUA 3TPRA 1YTIA 1MVPA 5P7KA 3A2OA 3SPKA 2OHRA 1XS7D 1HVLA 2AOIA 4GJ5A 2Z4OA 5P5RA 3PCWA 5P0IA 4DQHA 1FEJC 3UQRA 1LZQA 5P37A 3OTYA 3CKPA 5P71A 4S1GA 4RZ1A 2R8NA 4OC6B 1DAZC 1TZSA 3INEA 3UTLA 3UQUA 1CZIE 4JOOA 1E80E 5P4YA 2G94A 5P10A 4QJ8A 2Q3KA 4J5JA 5P79A 2QI0A 3ZMGA 4NPUA 5OZ5A 3EMYA 5P4XA 5P7DA 3ZKGA 4CP7A 5P4MA 4FS4A 2QZXA 1W5YA 4ZPGA 5P15A 4RVXA 3TLHA 5F00A 5P3UA 4Z4XA 2RMPA 5P51A 4Y3EA 3APPA 5P7RA 5P3ZA 2QK5A 5KR0A 3ZKQA 2F80A 3O9IA 3GGXA 3L58A 2VNNA 5P1HA 2PQZA 2ZHUA 4LL3A 3OHFA 4FRIA 5P3DA 1B11A 1E82E 3BRAA 4HE9A 5P16A 4OBDA 4GJBA 2AZCA 4YDGA 1AIDA 2QMPA 3VYDA 5P82A 4HEGA 5P5DA 1BXQA 4Y44A 4Y3QA 5P6CA 3FV3A 4RYCA 4I8WA 1BAIA 1QBUA 4H3IA 3NU6A 2BPXA 5KR1A 3UDNA 1HVSA 3HZCA 5P56A 3BUFA 1T6EX 3QRMA 3GGAA 5P45A 5IVSA 2AVMA 4ER1E 5P2BA 3O9EA 5OYYA 3CIBA 3DK1A 1DIFA 5P8JA 4J0TA 1DPJA 1SBGA 4Z50A 4YBIA 4I0HA 5P4KA 3RTNA 5P29A 4APRE 4GJDA 3T7XA 5P03A 5P8KA 3NWXA 5P3BA 5HD0A 1LS5A 1M43A 2FGUA 4Q5MA 4I0FA 1K2BA 5P5PA 5OZ4A 5P5QA 2BPVA 2AVOA 3EL5A 4DQEA 5HCOA 5P2AA 3LPKA 2JE4A 4HA5A 4CPXA 3S56A 1B6KA 2ZJNA 5P0CA 4OC6A 5P38A 5KQZA 1GVXA 4KUPA 5P1PA 2NXDA 4J1EA 2IDWA 1SMEA 5P66A 3S54A 4D88A 4JPEA 2P4JA 5P19A 1BVEA 5P7PA 5HDXA 5P34A 1EPLE 3MSJA 4OBZB 5AH9A 4NJSA 5SY3A 3UDYA 4YOBA 3K5DA 5P1IA 3UFLA 2PK5A 5P73A 2QI6A 4F73A 4K4RA 1DMPA 5P18A 3NDWA 4OBJA 1SIVA 1META 2NMYA 2VA6A 5P8VA 5P5VA 3GGVA 2ZJHA 2IGXA 1YTHA 5P5CA 4Y3RA 5P6MA 5P61A 4U7QA 2AQUA 4GMIA 5P39A 4FM8A 2WF2A 4DPFA 2BJUA 1MT9A 4L1AB 3PI0A 5P05A 3OAGA 1TQFA 5P2LA 4GIDA 1ZTZA 5P0FA 1HOSA 5P0WA 1KJFA 5HE4A 4RRNA 1ER8E 3K5CA 4B1CA 2ZJKA 5P6UA 3EM6A 3IXOA 5P6ZA 5P0VA 3S43A 1MUIA 1LF3A 3O9AA 5P0MA 5P1LA 3WZ7A 3PJ6A 1FIVA 2V0ZC 3LZUA 1HPOA 1XE5A 4I0ZA 3PSGA 4RLDA 5P2DA 5P14A 3B80A 1MT7A 1K1UA 4EP3A 2AOCA 2VJ7A 1OEWA 5OZRA 4J0ZA 1GNMA 5OZIA 4ZEAA 5P5GA 3KN0A 2RSPA 3RTMA 2V13A 5P8EA 3D1ZA 3QN8A 4R92A 3OOZA 5COKA 4PPHA 5P02A 1FG8C 3WB5A 4EJDA 2I4VA 3VSWA 5P2IA 3LZYA 2OHUA 4LC7A 5DQCA 5ENMA 3BVBA 5P75A 3SFCA 3FSMA 4FCOA 3IXKA 3ZKSA 4TVHA 2FIVA 2BKSA 3L3AA 5P13A 5COOA 2NXLA 4LXMA 5P2FA 2BPZA 3URLA 5OZGA 2AIDA 2VIYA 5P60A 1HSIA 5DGUA 2I4QA 2RENA 3TTPA 3L5DA 5BRYA 4Y50A 1KJHA 3KMXA 4H3GA 5P3QA 5P6KA 1BIMA 2IQGA 1GVTA 5P1XA 5P85A 1D4SA 3OU1B 2IGYA 1G6LA 1QRPE 1MRWA 1OHRA 1FQ4A 5P5EA 3URIA 2PYNA 5P1EA 5P77A 1JLDA 4YD5A 1BDLA 1B6MA 5HVPA 5KOQA 3G6ZA 1ZBGA 5P7FA 5P4SA 2QNNA 5OYWA 4NJTA 2SAMA 2P3DA 4XX4A 2HIZA 2PH6A 5DGWA 5KR2A 5P2VA 1EC3A 4OBHA 3BHEA 4EP2A 4ER4E 3GI4A 2VIZA 3QP0A 1SIPA 1T6GA 5P8TA 3AUPA 2B60A 2PYMA 5P7XA 4B05A 2IKUA 4I12A 5P36A 1MTRA 5P3XA 5P7NA 1MSMA 4Y56A 3KM4A 5HDZA 1Z1HA 1EPME 4IVSA 3LITA 1G0VA 4OBGA 2VJ6A 5P2KA 3OADA 3FKTA 1EPQE 3K5GA 3FX5A 3L5FA 4CMSA 2FXEA 5P41A 2FXDA 3I7EA 1BDQA 3TPPA 3O9GA 5P63A 4KB9A 5OZYA 3VG1A 5P7LA 5ISKA 3ZLQA 3VSXA 5P33A 5IVRA 1QS8A 1QBSA 4EQJA 3VV6A 3UCBA 3TL9A 3SA7A 4J1KA 2HC0A 1M0BA 4DJPA 5P6WA 1HPXA 5P0BA 3JW2A 4Y6MA 3L5CA 5OZ0A 5P88A 3JVYA 3EKVA 4PZWA 5OZQA 5HTZA 4LAPA 5IVQA 1FGCC 3IAWA 3LZVA 3T6IA 3CKTA 1MSNA 3FIVA 3WB4A 3IA9A 4DH6A 5P76A 5OYXA 2JJIA 3LIXA 1W6IA 2QD7A 3OQDA 5OZNA 3SM2A 1ZLFA 5HDVA 2BB9A 2AOGA 3QS1A 1FLHA 5P2SA 3QPJA 5OZMA 5P1QA 2G21A 4EXHA 1FFFC 3UDPA 3SLZA 3KT2A 3LIZA 3ZKMA 3UHLA 3O9HA 5P0XA 2FLEA 4I8ZA 3S85A 1FQ6A 2QNPA 1KJ7A 4ZIPA 3O99A 3T7PA 5P5JA 5CLMA 4OBKA 3S7MA 5P68A 3NYGA 2QZLA 3SO9A 3LPJA 4Y5EA 4Y47A 1D4KA 5ISJA 5P4OA 2F8GA 3SABA 4DQFA 2B8VA 5DR8A 4Q1WA 5P4BA 4YD6A 4Y4BA 4Y5NA 1EC0A 1FQ8A 5P1TA 1HTRB 5P6HA 3KDCA 5P6EA 4DQCA 1ENTE 2ZE1A 1APTE 5P1AA 4NPTA 4COEA 1MRXA 4QJ7A 2QP8A 3OWNA 3GGUA 3OQAA 3Q5HA 3S53A 5AGZA 5P31A 4QJ2A 2IENA 3PMYA 5P2TA 2O4KA 5P32A 4I0IA 1KJ4A 5P59A 4DJYA 4WY6A 3OUAA 3NXEA 4QLHA 5P3WA 4DJWA 2ZJMA 2EWYA 4M8XA 3APRE 4JPCA 4YCTA 2R5PA 5P5IA 5CONA 4I1CA 1F7AA 3K4VC 2IS0A 2QI7A 2RKGA 1A8KA 4B78A 5P0GA 5P07A 4Y3WA 3RSXA 2RKFA 4JP9A 3UDQA 1K6PA 4RCDA 4DPIA 5P5KA 1IZEA 3G70A 1TSUA 3Q6YA 3ZPUA 1E81E 4I0DA 5P4UA 1LYWA 5OZHA 1ZSRA 1BXOA 5P1MA 1HXBA 2HS2A 2HPFA 5P8DA 2P83A 5P3VA 2Q63A 3VEUA 4LXKA 3ZKNA 5DR7A 3D91A 5C9BA 3TPJA 4RGHA 5E5JA 5P4ZA 3S8IA 2PSGA 5P11A 5E5KA 4CKUA 2XYFA 5P1KA 3GI6A 3VV7A 1ODWA 5P5FA 3U71A 4Y48A 3ZPTA 3QBHA 3I2LA 4Y39A 3NSHA 1K6CA 3NUJA 2G1SA 4ZPFA 3S2OA 4Z22A 2Q55A 4XXSA 1D4HA 4K9HA 1FF0C 3NXNA 5P0UA 5P1NA 4OD9B 3CIDA 5P2NA 3INHA 3VUCA 2I1AA 4FRSA 5P3CA 4EJKA 4GJ9A 1WBKA 5OYZA 4FAEA 5P48A 4GJ8A 4APEA 3NDTA 1D4LA 2V10C 5OZBA 3PBDA 2O4SA 3UPJA 3PWMA 4H1EA 3KF0A 4FRKA 5P46A 2VKMA 1EC1A 4EJ8A 2ZDZA 2PSUA 5P3YA 3TKGA 3WSJA 3ZOVA 3IVHA 2NMZA 5P8SA 1SP5A 5P1FA 5PEPA 1HWRA 4Y4EA 5P4TA 3OAGB 5HU0A 3KFPA 1AJXA 4Y51A 5OZFA 3PBZA 5P0DA 3WZ8A 4Y3FA 5OZ9A 2R38A 5P12A 4Y3PA 3VLBA 1B5FA 3S43B 1YM2A 3CYWA 5OZ7A 3KDDA 5P1RA 3H0BA 1BBSA 4Y5KA 5P69A 4WTUA 1W51A 5P7SA 6APRE 5OZTA 4F74A 4ZPEA 1FMBA 1CMSA 3D1XA 5P0AA 2MIPA 5P6TA 1FQ5A 1HEGE 1EPPE 4AUCA 3O9CA 3DM6A 5P70A 2XFKA 2BKTA 5P74A 1RPIA 2I4XA 1RQ9A 1NSOA 5P2EA 1A30A 2AZ8A 4B70A 4DJRA 5P64A 3SA9A 1M4HA 5P3LA 5HDUA 5P78A 1F34A 5P17A 4Z2ZA 3K5FA 5P6OA 4A6BA 3VV8A 4N00A 1BV9A 4Y4WA 1YTGA 4Y4DA 5P53A 5P7MA 5P6FA 5DR1A 4Y38A 3OOTA 5OZOA 1GVWA 2ER6E 3OXWA 5P35A 1C6XA 3MSLA 5P8AA 3HVPA 5P4QA 5IVTA 4A4QA 4ZSMA 4FSLA 1C6YA 5DR4A 4BEKA 1AM5A 3WZ6A 3HAUA 2UXZA 2V11C 1BV7A 5HU1A 5P6DA 1LEEA 4H3FA 2P3BB 2OHMA 3BUHA 4MC6A 4DFGA 2H6SA 5P4FA 4J0YA 5OZ3A 3EL1A 1GVVA 4OD9A 5P0QA 5P0PA 5SXNA 5P3MA 5P4EA 2R43A 1NPVA 4CPRA 2F3FA 4AA8A 1HVCA 3SQFA 3TKWA 6FIVA 3SACA 5I3XA 3O9LA 5P5WA 3UDRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HEF E;  1ZPK A;  2WEB A;  3HD8 A;  4GJA A;  1EBW A;  5P3P A;  4DJQ A;  4Y4G A;  2XFJ A;  5P6V A;  4R8Y A;  5P6Q A;  1PRO A;  3UDH A;  4GJC A;  5P8P A;  5P4W A;  4GYE A;  5P5H A;  1HRN A;  5KOS A;  4RCE A;  2FNS A;  5P3K A;  5P1Y A;  4YDF A;  4OBZ A;  5P8I A;  2QD8 A;  5KR8 A;  2I0D A;  1Z8C A;  4D83 A;  2J9J B;  3KYR A;  4TVG A;  2A1E A;  2R5Q A;  5P1S A;  2G1O A;  4EHC A;  5P8L A;  3KA2 A;  1MT8 A;  4Y5A A;  4E43 A;  4PZX A;  5P1G A;  4Y5M A;  1ODY A;  3L59 A;  3ZL7 A;  3FNS A;  1W50 A;  5I70 A;  3SKG A;  3I8W A;  1XN2 A;  3OTS A;  5JFU A;  2F3K A;  4U8W A;  1GVU A;  5P52 A;  4RRO A;  1LV1 A;  4ZSP A;  5FIV A;  4TRY A;  4Y45 A;  5P1C A;  3PVK A;  5P5Z A;  1IIQ A;  5DPZ A;  5P62 A;  1HTE A;  2OHN A;  5P7Z A;  4GJ6 A;  1BVG A;  4Y54 A;  4HZT A;  3PEP A;  4L1A A;  3OQ7 A;  4Y3G A;  1MES A;  3BXR A;  2QI3 A;  2VIJ A;  5P6B A;  2O40 A;  3SA6 A;  3BVA A;  3HW1 A;  1UH9 A;  3MSK A;  1EPN E;  2ZYE A;  2ER7 E;  5OZS A;  5P0T A;  2WKZ A;  5P22 A;  1U8G A;  3URJ A;  4FLG A;  2PSV A;  4Y3L A;  4QJ6 A;  2QCI A;  4R5N A;  2P3C A;  4TRZ A;  5P2C A;  5P7G A;  2OHK A;  1EAG A;  3IN3 A;  1APW E;  4RVJ A;  1G2K A;  2WF1 A;  5DR3 A;  5P3F A;  2APR A;  5P1V A;  1Q9P A;  4F75 A;  2VA7 A;  3L5B A;  2HS1 A;  4CPS A;  4AZY A;  5AH8 A;  3PGI A;  1VIJ A;  1J71 A;  3U7S A;  3PWR A;  5P09 A;  2PMA A;  1LYB B;  4Y3J A;  5P7O A;  1FMX A;  2UY0 A;  1TSQ A;  2WEC A;  4EQ0 A;  5DQ1 A;  3ER5 E;  1AXA A;  2ZJL A;  2QHZ A;  4K8S A;  1HPS A;  5AHC A;  4Y41 A;  2QD6 A;  3ECG A;  4FM7 A;  1W5V A;  3VF3 A;  4MC2 A;  1AJV A;  1FKN A;  3PB5 A;  2A4F A;  2I4U A;  3GI5 A;  1WKR A;  5P4C A;  1DW6 C;  1BWA A;  2VS2 A;  5P65 A;  1EPR E;  1OD1 A;  2CEN A;  2OAH A;  4LBT A;  3DV1 A;  5P7Q A;  4YHQ A;  2OHS A;  4I11 A;  4DQG A;  3OU1 A;  3R0W A;  5P84 A;  4YD3 A;  2FMB A;  2HAH A;  5ER2 E;  5P4J A;  5P1B A;  1DP5 A;  4Y3S A;  4NKK A;  4J1I A;  2V12 C;  5P81 A;  2ZHS A;  3DJK A;  4Y4A A;  3EKW A;  2AOD A;  5AH7 A;  5P2Q A;  4NJU A;  3KFS A;  3GI0 A;  1NPA A;  3OHH A;  3ST5 A;  2ZJI A;  3N3I A;  1GNN A;  1PPL E;  5OYR A;  5HE7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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