3QBHA

Structure based design, synthesis and sar of cyclic hydroxyethylamine (hea) bace-1 inhibitors
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
388
structure length
375
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure based design, synthesis and SAR of cyclic hydroxyethylamine (HEA) BACE-1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 99
structure length 375
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-01-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qbhA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3qbhA02
4RVJA 4XX4A 4OD9A 3MSLA 4Q1NA 3O9EA 4CPUA 4YDFA 2FMBA 5P1HA 2PMAA 4LXKA 5P2SA 2MIPA 4HVPA 4Y4JA 4IVTA 4OBHA 3PWRA 4ZSMA 2O4KA 5P4MA 4L1AA 2AVVA 1A30A 5KOSA 2QI6A 5P5TA 3HBOA 3S8IA 5P31A 3K1WA 3NLSA 3OUDA 2V0ZC 1XN3A 1C6XA 1M4HA 4Y5BA 2A4FA 3S45A 2IDWA 4OBDA 1HPSA 2NXDA 2FXEA 2I4QA 3PEPA 5P5BA 2HAHA 2QI1A 1C70A 1AVFA 4FE6A 3NUOA 3H0BA 2PYNA 2IKOA 1MUIA 4TRZA 3BXRA 5OZXA 5P5NA 5P8BA 4TVGA 5B18A 5P04A 5P4JA 3FKTA 5P7GA 4HDFA 4Q1YA 2BBBA 2H6SA 4J0VA 1K6PA 1CPIA 5SZ9A 1FMXA 4J1IA 5I70A 2BPVA 3OGQA 5OZGA 2I1AA 5OYVA 3OXWA 5P3NA 2O4LA 5P0WA 3L59A 5P3JA 5P2VA 5P30A 3MXDA 5JODA 3H5BA 1FLHA 3PSYA 2QD6A 1EPPE 2QCIA 3FV3A 2VIZA 4FRSA 5P8EA 2FS4A 5P8QA 4Y3TA 1SGZA 2WF1A 3MXEA 4EP2A 5P47A 2G22A 3TLHA 3VV6A 5P6BA 5P14A 3K5FA 4LAPA 4CPWA 4PZWA 5P0HA 3L5EA 5P3XA 5P0LA 2P3AA 4YD6A 5P4IA 1D4IA 4Y36A 5P0YA 5P2ZA 3OQ7A 1FG6C 1T6GA 4DPIA 5P66A 1BWBA 3OU4B 2HM1A 5CONA 2FGUA 3IXOA 4DQFA 3OTYA 4J54A 1K6VA 3SO9A 2A1EA 5P7YA 2OHQA 3EL4A 5OYWA 5UPJA 4AA9A 4PZXA 5OZUA 4Z2ZA 3TPJA 2I4DA 1G0VA 1EPNE 5P7QA 3SLZA 4RGHA 5P8LA 4I1CA 5OZ4A 3D91A 3I6OA 5P7RA 5P4UA 3HVGA 3OQFA 5P71A 5P7IA 4GJCA 4Y4EA 2AVMA 2V10C 2R5PA 5DQ5A 5P43A 1B6KA 5P28A 5BWYA 5P4YA 5OZYA 5P4ZA 5FIVA 4DJPA 1YTGA 5P1TA 3EM3A 4I0IA 4L7GA 5OZHA 3NU4A 4A6BA 1FIVA 4Y5EA 4Y5NA 2VNNA 3S2OA 4EJKA 3QRVA 3NDTA 5P73A 1HWRA 5P74A 2VIJA 1AXAA 2VS2A 9HVPA 3C9XA 5APRE 4M8YA 5P1MA 3VLAA 4EQJA 5P7VA 5P53A 1DMPA 4I0HA 1UH9A 2V12C 1HHPA 1K2BA 2B8VA 4NPTA 5P07A 2G24A 4GJ6A 2NMZA 4D85A 5P6YA 3PWMA 1SBGA 5JG1A 1SH9A 1NH0A 5DQ4A 2FIVA 1BVEA 1LYWB 3OXCA 1KZKA 4RCDA 2FLEA 4CKUA 3BC4A 3PLDA 4Y3EA 5HDXA 1EBYA 1K2CA 1ODYA 2IRZA 5IE1A 3CMSA 4J1CA 1F7AA 5P5JA 3PCWA 1E81E 3SKGA 5P0FA 3NU9A 4B77A 5P46A 1YTIA 2VA5A 2ZE1A 5P5FA 4PHVA 2HPEA 3RU1A 1EPQE 5P0AA 2PC0A 3VV8A 4FM8A 4J0ZA 2P3BA 3OAGB 4B1DA 5P7EA 3QBHA 5P7JA 1LEEA 1HRNA 2AOEA 5P79A 2ZJLA 4YD7A 4Y3MA 3IGBA 4ZE6A 3NR6A 5SY3A 4F75A 3BXSA 4I0FA 4NJSA 2BKSA 1PPME 3APRE 3KMXA 1DPJA 5P0SA 3O9IA 5P12A 5P4CA 3SQFA 1Z8CA 5EZZA 3EL0A 3LZSA 3S7MA 1RPIA 3L5BA 4Y3FA 3O9GA 4B70A 2BPZA 3INHA 4L6BA 2AODA 4OBZA 5ENMA 3DM6A 4RRNA 1YTJA 2IGXA 5P80A 5P0EA 1ZJ7A 3LIVA 4EWOA 5P3QA 5OZRA 5P7LA 5COOA 3UQRA 5P2EA 4Y9WA 5P86A 4X2LA 2QK5A 3L3AA 3OTSA 3RTNA 3KDCA 4FSLA 2QNPA 5P3SA 5E5JA 5HTZA 4Y3AA 2IS0A 3DCRA 4YOAA 3TKGA 4Y3WA 5P8TA 4Y56A 5P4PA 1ZAPA 4KUPA 3UDRA 5P3BA 3VYEA 1HXWA 2IGYA 3D1ZA 4Y3QA 5P6SA 5P7TA 4Y4AA 4Y37A 5P8FA 3ZKGA 4Y5MA 5P4NA 1GNOA 4DQGA 5P0RA 2WF3A 3ST5A 1FFFC 3ZKIA 4Z4XA 3UDPA 3VF5A 4Y45A 3MSKA 5P2CA 3R1GB 2ZHTA 3URJA 2WL0A 4GJDA 4DI2A 2G94A 4GJBA 2NMYA 2OHTA 3TL9A 3LNKA 2VIYA 2VNMA 2AZ9A 4Y6MA 5P2LA 5P52A 2P4JA 1NPWA 4B1EA 1M43A 3T6IA 1BV7A 4QJ8A 4DQHA 4R91A 5P0PA 5P5IA 4ZPGA 5P0JA 1IZHA 1MESA 3Q3TA 5P0MA 5P50A 3BUHA 5J25A 1ZBGA 3EKVA 1C6ZA 4FIVA 1KJGA 5P7OA 5P6EA 2IENA 4U8WA 2J9JA 5OZKA 4AZYA 4Y3JA 3URIA 3AIDA 5P5RA 5P7AA 3UDKA 3A2OA 4Y5CA 4RVIA 1EPRE 2CEMA 3K4VA 5P3PA 1YG9A 4LP9A 3O9LB 4QLHA 1HSIA 4LXMA 5P5SA 4Y4XA 5F01A 5P8HA 3QBFA 5P4TA 4FCOA 2I0DA 1D4KA 5P49A 3L38A 5P6VA 3EMYA 2QMDA 4H3JA 3LPJA 3FNTA 4QJAA 5P4LA 2Q11A 5P72A 1AJVA 5OZLA 5P68A 3CYXA 1DP5A 2ZHVA 3SAAA 5P5CA 2NXMA 5HU1A 3OK9A 1RNEA 4HDBA 3BHEA 5P6WA 1QDMA 3WB4A 4OC6B 5CLMA 3D20A 5KOQA 5I3YA 2QMGA 2R5QA 4B05A 5DR3A 5F00A 1Z1HA 4Y41A 3BUGA 3URLA 5KQXA 3G6ZA 2PK6A 1DW6C 5P1SA 3ZLQA 5OZBA 5P3OA 3BGBA 1XL2A 4PYVA 4RLDA 4EHCA 4B00A 4R5NA 2AZCA 5HE4A 3S43A 1BVGA 5I3XA 1UH7A 1LYBA 5P78A 2OHNA 4GJ5A 5P8RA 2XFKA 5P1VA 1A9MA 2O40A 5P4RA 2BQVA 5SXNA 2JJIA 5KR8A 1HSHA 1QBUA 3O9FA 2F3EA 3PMYA 5OYTA 1SMEA 4Z50A 5OZCA 4NJUA 5P6UA 3ZPTA 5P2HA 4QJ2A 3CICA 1DAZC 5P89A 3CIBA 1D4LA 5KR1A 1LYAB 3U7SA 3KFNA 5P8MA 2QD7A 5P3GA 3ZKNA 1B6LA 1JLDA 5EZXA 5P45A 5P8OA 5OZ8A 1BDRA 4YCTA 5P15A 1VIKA 5P60A 2QNQA 1LF4A 4L7HA 5P6GA 5P67A 4FAEA 2BPYA 2AOGA 2ZJKA 4ZPFA 5P51A 5P0OA 2V16C 5P1JA 3OQKA 4Y47A 5P2XA 2NR6A 4EJ8A 3ER3E 2BJUA 2PK5A 5P2QA 3T11A 3L5FA 2HS1A 3R0YA 1XE5A 4DJVA 3DCKA 3KDDA 4QJ6A 4K4RA 1IBQA 3LPKA 3KF0A 2F8GA 5DQ2A 5P7FA 2JYSA 2FGVA 2R38A 2OHLA 5P10A 5KAOA 4Y5LA 1WBKA 3NU3A 1EBKC 2Q64A 5AH6A 2B7FA 3UTLA 2AOFA 4EXGA 3OU1B 5P4GA 2HS2A 3MSJA 3QVIA 4EQ0A 2FDDA 5P0KA 4WY6A 3SA5A 4Y4ZA 5P34A 5P0ZA 5P3DA 3UFLA 4FM6A 5P75A 1EPOE 5OZPA 5P0VA 3SM2A 5P88A 4CPTA 3NXEA 3T7PA 2AZBA 4J1HA 3QAAA 4MC9A 3SKFA 5P1QA 5E5KA 3OXVA 5P0DA 4MC2A 5P2YA 3S7LA 2G1RA 3GGAA 4Q5MA 3NYGA 5P4DA 5P5EA 4GJ7A 5P03A 4B1CA 5P83A 4Y3SA 2ER7E 3UDNA 4YCKA 2JXRA 2QZXA 5OYSA 2R3TA 1BXQA 1GVVA 4Q1XA 5P4VA 4J5JA 5IVRA 3PBZA 3WZ6A 3K4VC 1EC1A 3SM1A 2UPJA 4FRJA 1MERA 1HIIA 4RYCA 1PPKE 1MRWA 1PSOE 2QMFA 1EC3A 3UDYA 5P2NA 3OWNA 5P5KA 3VG1A 1AAQA 3LPIA 2BB9A 5BS4A 2QAKA 3OHFA 3Q5HA 5P1GA 4DJWA 1W6HA 3TTPA 4EPJA 5P4HA 2FDPA 5AHAA 3IVHA 5P5ZA 5DGUA 1VIJA 2AQUA 1MIQA 4CP7A 5P6XA 2G27A 3SA6A 5P6MA 5P2JA 1HTEA 2XYFA 1HVHA 1PSAA 5P4FA 5P7KA 1MT9A 4QJ7A 3S56A 4D83A 4E43A 3BVAA 4FM7A 2VIEA 4DUSA 1XS7D 5OZSA 2OAHA 2WEZA 5P0XA 1UPJA 5P5YA 5OYRA 3PWWA 3QPJA 3PGIA 1PROA 5P4OA 2I0AA 5OZEA 5P1PA 2Q55A 4BFDA 4EJLA 3WZ7A 3ZMGA 5P0TA 2ASIA 3GI4A 2G1SA 2IQGA 4JOOA 3PM4A 3KFPA 2UXZA 5OZFA 3OQDA 2VJ7A 1A8KA 1FF0C 5SY2A 5OZOA 3ZKMA 5IVTA 3TH9A 4YBIA 5P56A 1FQ5A 4S1GA 4D89A 2WEDA 2VKMA 4I0EA 2V00A 5IVQA 2I4UA 1C6YA 5OZTA 3RSXA 4Y3YA 1APTE 1MRXA 4LXAA 2OHMA 4IVSA 2I4XA 2OHUA 1HIHA 4K9HA 4CMSA 4Y4TA 4TVHA 5C9BA 4FL8A 2WJOA 5OZ9A 5P35A 3SABA 3VSXA 3NDUA 5P32A 1EBWA 3OADB 3UQWA 2RENA 4APRE 1D4SA 4Y3HA 4HZTA 3OUAA 1D4HA 4DQCA 1HSGA 1K1TA 5P57A 1EBZA 5OZJA 3N3IA 3LIZA 5HE5A 3WB5A 2AOJA 1A94A 5OZIA 1T7IA 5P8UA 3K5GA 5P61A 5P8VA 2WECA 5HU0A 1HVCA 3T7XA 5DR8A 3I8WA 1LV1A 3OOTA 4F74A 3K5DA 5AH9A 1ENTE 5KQYA 1RL8A 5P06A 5P77A 2HB4A 2G69A 4GB2A 5OZDA 4CPQA 1CZIE 4BFBA 4NJVA 3DK1A 1T3RA 5P76A 1FMBA 1HPVA 4K8SA 4LL3A 1SDUA 3KMYA 1FFIC 2B7ZA 2WF0A 5P40A 4YE3A 3NWQA 3SA8A 5P0UA 3EKTA 3R2FA 5P6OA 4I8WA 5P5MA 4CPSA 4OD9B 3SA3A 3VCMA 1UH8A 3I7EA 5P6RA 5P3TA 3VFAA 2AVQA 5P7SA 5C9FA 2R43A 5OZ7A 5DR0A 5P6QA 1HTFA 4L1AB 2ZHRA 3EC0A 4Y58A 1LF3A 1CMSA 1ZSRA 1HVRA 3QRMA 4Y57A 5P17A 1F34A 5P6HA 1B5FA 4A4QA 2QHYA 2QP8A 2QZKA 3OUDB 1W6IA 3Q6YA 1QBSA 3FNSA 5P2MA 5P6DA 3TOGA 1T6EX 3FNUA 2WKZA 4DQBA 5OZ6A 1KJFA 4GYEA 2B42A 4DVFA 1EPME 3LINA 1FQ7A 5OZWA 4R93A 1HEGE 2ZJJA 1IZEA 1W5XA 5P5QA 5P27A 5P5HA 1BV9A 3BUFA 4AUCA 1SGUA 3TOFA 3HZCA 3PVKA 4B72A 2ZYEA 4MC1A 5P1LA 5P0CA 2QZWA 4N00A 1BAIA 4F73A 5DR7A 3G72A 5P59A 5P1OA 3TNEA 1LZQA 4B0QA 5KQZA 2I4VA 5P0QA 5KR2A 1LS5A 5OZ1A 4FS4A 3KT2A 4XX3A 5OYQA 3KT5A 2UY0A 4MC6A 2ZGAA 2RKGA 3EKQA 5AHBA 3T7QA 3VSWA 4FAFA 4RVXA 4RROA 5KR0A 2BPWA 4RRSA 2PWCA 3BGCA 5JFPA 4J17A 3PI5A 5P1CA 5P7NA 5HE7A 5P3RA 4I0JA 4DJUA 4J0PA 3JVYA 3L5CA 5DQ1A 4ZSRA 3ZPSA 2PSVA 3OUBA 5OZMA 3OUCA 2ER0E 5P1XA 5OZAA 1AJXA 1U8GA 5P7XA 3UCBA 4Y3LA 1B6PA 2AOCA 5P84A 5P8JA 4Y4GA 1XL5A 2QI0A 5P5PA 5P3IA 4A6CA 5P38A 1E80E 2ANLA 1K1UA 5P3VA 5OZ5A 5P01A 4DPFA 4ZEAA 5HD0A 5P2DA 2HB2A 5TOLA 4GJ9A 2HB3A 4YD3A 3NWXA 2NTRA 2G1YA 5P81A 3NU5A 1META 2QU3A 5P8SA 5HVPA 1ZSFA 3EKWA 5P3HA 5P4BA 5AH8A 3UDJA 7UPJA 4JPCA 4Y44A 2OHSA 3N4LA 5P3YA 1TZSA 3SA7A 3OXXA 4DV9A 3FSMA 5P11A 6UPJA 1BXOA 5PEPA 4L7JA 3F9QA 4CPRA 3OGPA 3OU4A 2PQZA 5P6FA 4HA5A 5P70A 1MPPA 2Q3KA 1IVPA 5P4AA 1MTBA 4ACUA 4RYGA 1GVUA 4FLGA 2B8LA 4Y35A 4Y39A 3QROA 3ZKSA 1MSMA 5P33A 1MVPA 1RV7A 1XN2A 4ZSPA 4K4PA 3RTHA 3SPKA 5OZ0A 4DJOA 4DQEA 4EXHA 2FNTA 4I10A 4DJRA 2QZLA 1SIVA 3VV7A 5P63A 4J1KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RVJ A;  4XX4 A;  4OD9 A;  3MSL A;  4Q1N A;  3O9E A;  4CPU A;  4YDF A;  2FMB A;  5P1H A;  2PMA A;  4LXK A;  5P2S A;  2MIP A;  4HVP A;  4Y4J A;  4IVT A;  4OBH A;  3PWR A;  4ZSM A;  2O4K A;  5P4M A;  4L1A A;  2AVV A;  1A30 A;  5KOS A;  2QI6 A;  5P5T A;  3HBO A;  3S8I A;  5P31 A;  3K1W A;  3NLS A;  3OUD A;  2V0Z C;  1XN3 A;  1C6X A;  1M4H A;  4Y5B A;  2A4F A;  3S45 A;  2IDW A;  4OBD A;  1HPS A;  2NXD A;  2FXE A;  2I4Q A;  3PEP A;  5P5B A;  2HAH A;  2QI1 A;  1C70 A;  1AVF A;  4FE6 A;  3NUO A;  3H0B A;  2PYN A;  2IKO A;  1MUI A;  4TRZ A;  3BXR A;  5OZX A;  5P5N A;  5P8B A;  4TVG A;  5B18 A;  5P04 A;  5P4J A;  3FKT A;  5P7G A;  4HDF A;  4Q1Y A;  2BBB A;  2H6S A;  4J0V A;  1K6P A;  1CPI A;  5SZ9 A;  1FMX A;  4J1I A;  5I70 A;  2BPV A;  3OGQ A;  5OZG A;  2I1A A;  5OYV A;  3OXW A;  5P3N A;  2O4L A;  5P0W A;  3L59 A;  5P3J A;  5P2V A;  5P30 A;  3MXD A;  5JOD A;  3H5B A;  1FLH A;  3PSY A;  2QD6 A;  1EPP E;  2QCI A;  3FV3 A;  2VIZ A;  4FRS A;  5P8E A;  2FS4 A;  5P8Q A;  4Y3T A;  1SGZ A;  2WF1 A;  3MXE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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